Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017857.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17890, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11688
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Found at i:10346 original size:329 final size:328
Alignment explanation
Indices: 9730--10657 Score: 909
Period size: 329 Copynumber: 2.8 Consensus size: 328
9720 CTCTTGAATC
* * **
9730 ATTTTTTTATGAGCACTGTAGTCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATT
1 ATTTTTTTATGAGTATTGTAGGAAAAAATTGA-GAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATT
* * * * * * *
9795 TTAACAGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTT-CGACTAAAAATGCGTTCCGGGCCCCTC--C
65 TTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAG-CTAAAAACGCGTTTCGGGCCCC-CGAC
** * * * * *
9857 TCAGTTTTGCATG-TTTTTCGCGCCATGAGTCTTTTAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTC
128 TCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-CAATCTC
* * * ** * **
9921 ACCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATC-AAAATCCAGTTTCGATTTTAATGATA
192 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAAAAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGC
* * * * * *
9985 AAATATTTC-AAAAAAAAAGAAAAATGATATTAGAAG-TGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTCATG-
256 AATTAATTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCT-TGAAAAG-CCTTTAATCTTT-TTGA
10047 TGTTGAATTAT
318 TGTTGAATTAT
*
10058 ATTTTTTTCCTGAGTATTGT-GGAAAAAATTGAGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATT
1 ATTTTTTT-ATGAGTATTGTAGGAAAAAATTGAGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATT
* * * * * *
10122 ATAACTGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGTGCCCCCGGCTC
65 TTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCCGACTC
* * **
10187 AGATTTGCATGATTTTTTACGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATAAAACCACATCTCAG
130 AGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCA-ATCTCAG
* *
10252 CCAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATC-AATATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAAT
194 CCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAAT
* * * * **
10316 TAATTCGTAAAAAATAGGAAAACCATATTAGAAGCTTGAAAACCCCTTTAAAATTTTTGATGTTG
259 TAATTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAA-GCCTTTAATCTTTTTGATGTTG
10381 AATTAT
323 AATTAT
* * * * * *
10387 ATATTTTAATGAGTATTGT-GGCAAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTTAGTTTTTGCAAAAT
1 ATTTTTTTATGAGTATTGTAGG-AAAAAATTGAG-AAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAAT
** ** ** * *
10451 TTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACATG-TTCTGGG-TCCCGGC
64 TTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCCGAC
* * *
10514 TCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCTTCTAACCGAATCTC
128 TCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC-AATCTC
* ** * *
10579 AGCCACATTGGATTGAACTATTTGTTTTTACAAG-AGTCAAAAATCGTT-TTTC-ATATAATTAG
192 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCA-TCAAAAATC-TTGTTTCGATTTAATTAG
10641 -AAGTTAATTCAGAAAAA
255 CAA-TTAATTC-GAAAAA
10658 TGAGGAAAAA
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 81, Indels: 36
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 78 0.16
328 64 0.13
329 272 0.54
330 83 0.17
331 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
ATTTTTTTATGAGTATTGTAGGAAAAAATTGAGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTT
TAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCCGACTCA
GTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCTCAGCC
ACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAATTA
ATTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCTTTAATCTTTTTGATGTTGAAT
TAT
Found at i:11408 original size:899 final size:894
Alignment explanation
Indices: 9860--11491 Score: 2289
Period size: 899 Copynumber: 1.8 Consensus size: 894
9850 CCCCTCCTCA
* * * *
9860 GTTTTGCATGTTTTTCGCGCCATGAGTCTTTTAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCACCC
1 GTTTTGCATGTTTTTCGCGCCAAGAGTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCC
*
9925 ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTTAATGATAAAATA
66 ACATTGAATTTAAGGA-----TTTT---AG-ATCAAAATCCAGTTTCGATTTTAATGATAAAATA
* * *
9990 TTTCAAAAAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTCATGTGTTGAAT
122 ATTCAAAAAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTCATCTGTTGAAT
* *
10055 TATATTTTTTTCCTGAGTATTGTGGAAAAAATTGAGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAA
187 TATATTTTTTTCATGAGTATTGTGGAAAAAATTGAGAAAAATCTTTCGATTCAATTTTTACAAAA
* * * * *
10120 TTATAACTGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGTGCCCCCGGC
252 TTATAACCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGCCCCCGAC
* ** *
10185 TCAGATTTGCATGATTTTTTACGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATAAAACCACATCTC
317 TCAGATTTGAATGATTTTTTACGCCAAGACCCCTTGAAATATATATATTCATAAAACCACATCTC
* * *
10250 AGCCAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAATATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAA
382 AGACAAATTGGAGTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAATATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAA
*
10315 TTAATTCGTAAAAAATAGGAAAACCATATTAGAAGCTTGAAAACCCCTTTAAAATTTTTGATGTT
447 TTAATTCGTAAAAAATAGGAAAACCATATTAGAAGCTTGAAAACCCCTTTAAAATTTTTGACGTT
* *
10380 GAATTATATATTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTTAGTTTTTG
512 GAATTATATATTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATACTTCGGTTCAGTTTTTG
* * *
10445 CAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACATGTTCTGGGTCC
577 AAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTGGGTCC
** *
10510 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCTTCTAACCGAA
642 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTCTAACCAAA
10575 TCTCAGCCACATTGGATTGAACTATTTGTTTTTACAAGAGTCAAAAATCGTTTTTCATATAATTA
707 TCTCAGCCACATTGGATTGAACTATTTGTTTTTACAAGAGTCAAAAATCGTTTTTCATATAATTA
10640 GAAGTTAATTCAGAAAAATGAGGAAAAATCATTTGTTTCAATTCTTGCAAAATTTTAGCAAAATC
772 GAAGTTAATTCAGAAAAATGAGGAAAAATCATTTGTTTCAATTCTTGCAAAATTTTAGCAAAATC
10705 GTGTGCTGAGCCTATCACGGTTTTTTTTTTACTAACAACGTGTTCCGAGTCCGGCTCT
837 GTGTGCTGAGCCTATCACGGTTTTTTTTTTACTAACAACGTGTTCCGAGTCCGGCTCT
* * *
10763 GTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGAGTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAACTCTCAGC
1 GTTTTGCATG-TTTTTCGCGCCAAGAGTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACC
10828 CACATTGAATTTAAGGA-TTT-G-T-AAAATCCAGTTTCGA-TTTAATGATAAAATAATT-AGGA
65 CACATTGAATTTAAGGATTTTAGATCAAAATCCAGTTTCGATTTTAATGATAAAATAATTCA--A
* * * * * *
10887 AAAATAAAGGGAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTTAGTATTTTTGA-CT-TTGAATTG
128 AAAA-AAA-GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA--ATCTTTCATCTGTTGAATTA
* * *
10950 TA-TTTTTT-ATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGACTAAAAATCTTTCGATTCAGTTTTTGCAAA
189 TATTTTTTTCATGAGTATTGTGG--AAAAAATTGA-GAAAAATCTTTCGATTCAATTTTTACAAA
* * ** **
11013 ATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGGGCCCTTGA
251 ATTATAACCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGCCCCCGA
* * *
11078 CTTAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAGGACCCCTTGAAATATATATATATACATAAAACCACAT
316 CTCAGATTTGAATGATTTTTTACGCCAAGACCCCTTGAAATATATATAT-T-CATAAAACCACAT
* *
11143 CTCAGACACATTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAA-ATCTTGTTTCGAGTTAATTA
379 CTCAGACAAATTGGAGTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATC-AATATCTTGTTTCGAGTTAATTA
* * * * **
11207 GCAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGGAAAGCCCTTTAATCTTTTT
443 GCAATTAATTC-GTAAAAAATAGG-AAAACCATATTAGAAGCTTGAAAACCCCTTTAAAATTTTT
* * * * * * *
11271 TACGTTGAATTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAATTGAGTAAAAGTATTTCGGTTCG
506 GACGTTGAATTATATA-TTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATACTTCGGTTCA
11336 GTTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTT
570 G-TTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTT
* * * * *
11401 TTGGGTCCTGGCTCAGTTTTGCCTGATTTTTTACGCTAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTC
634 CTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTC
*
11466 TAACCAAATCTCTGCCACATTGGATT
699 TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
11492 TATAGGATAT
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 73, Indels: 38
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
889 1 0.00
890 17 0.03
891 32 0.05
892 10 0.02
893 49 0.08
894 123 0.19
895 7 0.01
896 89 0.14
897 51 0.08
898 45 0.07
899 142 0.22
903 10 0.02
904 63 0.10
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (894 bp):
GTTTTGCATGTTTTTCGCGCCAAGAGTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCC
ACATTGAATTTAAGGATTTTAGATCAAAATCCAGTTTCGATTTTAATGATAAAATAATTCAAAAA
AAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTCATCTGTTGAATTATATTTTT
TTCATGAGTATTGTGGAAAAAATTGAGAAAAATCTTTCGATTCAATTTTTACAAAATTATAACCG
AAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTCGGGCCCCCGACTCAGATTTG
AATGATTTTTTACGCCAAGACCCCTTGAAATATATATATTCATAAAACCACATCTCAGACAAATT
GGAGTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAATATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTCGT
AAAAAATAGGAAAACCATATTAGAAGCTTGAAAACCCCTTTAAAATTTTTGACGTTGAATTATAT
ATTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATACTTCGGTTCAGTTTTTGAAAAATTTT
AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTGGGTCCCGGCTCAGT
TTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTCTAACCAAATCTCAGCCA
CATTGGATTGAACTATTTGTTTTTACAAGAGTCAAAAATCGTTTTTCATATAATTAGAAGTTAAT
TCAGAAAAATGAGGAAAAATCATTTGTTTCAATTCTTGCAAAATTTTAGCAAAATCGTGTGCTGA
GCCTATCACGGTTTTTTTTTTACTAACAACGTGTTCCGAGTCCGGCTCT
Found at i:11628 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 10878--11674 Score: 996
Period size: 331 Copynumber: 2.4 Consensus size: 331
10868 AATGATAAAA
* * * * * * * *
10878 TAATTAGGAAAAATAAAGGGAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTTAGTATTTTTGACTT
1 TAATTA-GAAAAA-ATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGT
* *
10943 TGAATTGTAT-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGACTAAAAATCTTTCGATTCAG-TTT
64 TGAATTGTATATTTTTATGAGTATTGTGG--AAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTT
* * **
11006 TTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGGG
127 TTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGG
* * * *
11071 CCCTTGACTTAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAGGACCCCTTGAAATATATATATATACATAAA
192 CCCTTGACTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAAGACCCATTGAAATATATATACATACAT-AA
*
11136 ACCACATCTCAGACACATTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAGT
256 ACCAAATCTCAGACACATTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAGT
11201 TAATTAGCAAT
321 TAATTAGCAAT
* * *
11212 TAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGGAAAGCCCTTTAATCTTTTTTACGTT
1 TAATT-AGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTT
* * *
11277 GAATTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAATTGAGTAAAAGTATTTCGGTTCGGTTTTT
65 GAATTGTATA-TTTTTATGAGTATTGTGG-AAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTT
* ** * *
11342 TGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTTTGGGT
128 TGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGC
* ** * * * * *
11407 CC-TGGCTCAGTTTTGCCTGATTTTTTACGCTAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTC-T-AA
193 CCTTGACTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAAGACCCATTGAAATATATATA-CATACATAAA
* * * * *
11469 CCAAATCTCTGCCACATTGGATTTATAGGATATT-TTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGAT
257 CCAAATCTCAGACACATTGGAGTTA-AGGAT-TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAG
*
11533 TTAATTTGCAAT
320 TTAATTAGCAAT
*
11545 TAATT-GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTG
1 TAATTAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTG
* * *
11609 ACTTGTATAATTCTTATGAGTATTGTGGATAAAAATTGGGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTT
66 AATTGTAT-ATTTTTATGAGTATTGTGGA-AAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTT
11674 G
129 G
11675 CATTTAGCCA
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 55, Indels: 21
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 111 0.28
332 24 0.06
333 99 0.25
334 81 0.20
335 83 0.21
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TAATTAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTG
AATTGTATATTTTTATGAGTATTGTGGAAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGA
AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCCCT
TGACTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAAGACCCATTGAAATATATATACATACATAAACCAA
ATCTCAGACACATTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAGTTAATT
AGCAAT
Done.