Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017858.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17891, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3614
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Found at i:2310 original size:333 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1178--3605 Score: 2162
Period size: 319 Copynumber: 7.4 Consensus size: 328
1168 TGCGTTTCGA
* * * ** *
1178 TTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTATGCT-AAAACGCCTT-TCGGACCCTCGAC
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCT-GGGTCC-CGGC
** * * * *
1241 TCAGTTCAGCATGATTTTTTATGCCAAGACTC-CTTGAAATATCTATATTCAT-AAGAACAAATC
64 TCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCAC-TGAAATATCTATATTCATCTA-ACCAAATC
* * * * *
1304 TCAGTCGCATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTATGAGCAT-ATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
127 TCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCA-AAATCTAGTTTCGATTTAATTA-
* * * ** * * **
1367 CAATTAATTCGGAAAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGTTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTG
190 TAAATAATTCAGAAAAAAA-A-AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTG
* * * * * *
1432 ACATTGACTTATATATATTTTTTATGGGTATTGTGG-ACAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGTT
253 ACGTTGAATTGTAT-T-TTTTTTATGAGTATTGTGGCA-AAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTT
1496 CAGTTTTTTGCAAAAT
315 CAG--TTTTGCAAAAT
* * *
1512 TTTAGCCGAAATCGTGCACAAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTC
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTC
* * * * * * * * * *
1577 AGTCTTGGACGATTTTTGACGCCAAGAGTCATTGATATATCTATATTTATTTAACCAAATATAAG
66 AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
* * * *
1642 GCACATTGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGAATCAAAAT-TCAGTTTCGATTTAATAATAAAA
131 CCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCT-AGTTTCGATTTAATTAT-AAA
* * *
1706 TAATTCGAGAAAAAAAAAGGGAAAATGATATTA-AAGCGTTAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGACG
194 TAATTC-AGAAAAAAAAA--AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACG
* *
1770 TTGAAATG--TTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAAA-TGAGTAAAAATCTTTCGGTTCACTT
256 TTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTT
1832 TTAGCAAAA-
320 TT-GCAAAAT
* * * * * * *
1841 TTTAGCCAAAATCGTCTCCTAACCATCA-AAGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTATGAGTCCCGGCT
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGA-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCT
* *
1905 CAGTTTTGCAT-ATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATA-TCATTCTAACCAAATCTC
65 CAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCA-TCTAACCAAATCTC
* ** * *
1968 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGTGA
129 AGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTAGTTTCGATTTAATTA-TAA
* * * * *
2033 TTAATACAGAAAAATATGAAAAAAAAT-ATATTAGAAGCGTGAAAAGTCATTTAATATTTTTGAC
193 ATAATTCAGAAAAA-A--AAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGAC
* * *
2097 GTTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTAATGTGGCAAAACAATTGAATAAAAATCTTTAGGTTCAGT
255 GTTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAA-AATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGT
2162 TTGTGCAAAAT
319 TT-TGCAAAAT
* * * * * *
2173 TTTAGCCGAAATCGTATACTAACCGTCAAGATTTTTTGCTAAAATCGTGTTCTGGGTCCTGGCTC
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTC
*
2238 AGTTTTGCATGATTTTTGACGTCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
66 AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
* * * * * * *
2303 TCACATTGAATTTAAGCATTTGTTTTTATGAGTATCAAAATCAAGTTTCAATTTAATGATAAAAT
131 CCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTAGTTTCGATTTAATTAT-AAAT
* ** * * ** * ** * * *
2368 AATT-GGGTAAAAACAAAAAATGATATTTGTTGCGTGAAAATCCCTTCGATGTTTTAG-TGTTGA
195 AATTCAGAAAAAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGA
* * * * * *
2431 ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAAATTAAGGAAAAA--TTT---TTC-G-GTT-C
260 ATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTGC
2488 -AAA-
324 AAAAT
* ** * ** * * *** *
2491 TTTAACAAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGACT
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCG-TTCTGGGTCCCGGCT
* * * * * ** **
2556 TAGTTTAGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATAAAAATAAATCTCA
65 CAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* * * * * * *
2621 GCCACAATGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAAT
130 GCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTAGTTTCGATTTAATTA-TAAA
* ** ** * *
2686 TAATTCA-AAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCC-TTAATCTTTTTGAAGTT
194 TAATTCAGAAAAAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTTAATCTTTTTGACGTT
* * * * *
2749 GACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGG-ACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTTGTTTCAGTTTT
258 GAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCA-AAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAG--TT
2813 TTGCAAAAT
320 TTGCAAAAT
* * * * ** * *
2822 TTTAGCTGAAATCATATACTAATCATCTTGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGTCCCGGCT
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC-ACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCT
* * * * *
2887 CAGTTTTGCATGATTTATGACACCAAGACTCATTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCTCA
65 CAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* * * * *
2952 GTCATATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAA
130 GCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTAGTTTCGATTTAATTAT-AAA
*
3017 TAATTCAGAAAAAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGAC
194 TAATTCAG--AAAAAAAAA--AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGAC
* * * * *
3082 ATTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAACATTTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCTGTT
255 GTTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTT
3147 TCTGCAAAAT
320 T-TGCAAAAT
* * *
3157 TTTAGCCGAAATCGTGTGC-ACCCATCAC-AGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCAGCT
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGA-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCT
* * *
3220 CAGTTTCGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT-TGAAACAAATCTC
65 CAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTC
* * * * *
3284 AGCCACATTGAATATAAGAATTTGTTTTTACAAGTC-TCAAAATCCAGTTTCGATTT-A--ATGA
129 AGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-CATCAAAATCTAGTTTCGATTTAATTATAA
* * ***
3345 ATAATTC-G-----AAAAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTATT
193 ATAATTCAGAAAAAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTT
* * * * * * * * *
3404 GAAATATATATTTCTGATGAGTATTGCGGCAAAAAATTGAGAAAAAATCTTTCAGTTCAATTTTA
258 GAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTT-
*
3469 ACAAAAT
322 GCAAAAT
* * * ** * **
3476 TTTA-ACGAAATCGTATATTAACCATCACGATTTTAGGCTAAAATCGCGTT-TCGTGCCCCCGGC
1 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCT-G-GGTCCCGGC
* ** * *
3539 TTAAATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTC-CTTGAAATATCTATATTAATCAAACCAAATCT
64 TCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCAC-TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
3603 CAG
128 CAG
3606 GTACACTGG
Statistics
Matches: 1698, Mismatches: 324, Indels: 158
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
318 51 0.03
319 299 0.18
320 95 0.06
321 8 0.00
322 1 0.00
323 1 0.00
324 6 0.00
325 1 0.00
327 18 0.01
328 141 0.08
329 128 0.08
330 65 0.04
331 210 0.12
332 93 0.05
333 240 0.14
334 117 0.07
335 114 0.07
336 110 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTC
AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
CCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCTAGTTTCGATTTAATTATAAATA
ATTCAGAAAAAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAA
TTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTGCAA
AAT
Found at i:2935 original size:650 final size:648
Alignment explanation
Indices: 1177--3605 Score: 2405
Period size: 661 Copynumber: 3.7 Consensus size: 648
1167 CTGCGTTTCG
* * ** * *
1177 ATTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTATGCT-AAAACGCCTTTCGGACCCTCGAC
1 ATTTAACCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTATGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGAC
* * *
1241 TCAGTTCAGCATGATTTTTTATGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATAAGAACAAATCTC
66 TCAGTTTAGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATAAAAACAAATCTC
* * * *
1306 AGTCGCATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTATGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAA
131 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAA
* * * *
1370 TTAATTCGGAAAAAAATAGGGAAAACGATATTAAAAGTTTGAAAAGC-CCTTTAATCTTTTTGAC
196 TTAATTC---AAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCC-TTAATCTTTTTGA-
* * * * *
1434 A-TTGACTTATATATATTTTTTATGGGTATTGTGGACAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCA
256 AGTTGAC-TA-GTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTAGGTTCA
** *
1498 GTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACAAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
319 GTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCA-GGTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
* * * * * * *
1563 CTGGGTCCCGGCTCAGTCTTGGACGATTTTTGACGCCAAGAGTCATTGATATATCTATATTTATT
383 CTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
* * * *
1628 TAACCAAATATAAGGCACATTGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGAATCAAAATTCAGTTTCGA
448 TAACCAAATCTCAGTCACATTGAATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGTATCAAAA-TCAGTTTCGA
* *
1693 TTTAATAATAAAATAATTCGAGAAAAAAAAAGGGAAAATGATATTAAAGCGTTAAAAGCCCTTAA
511 TTTAATGATAAAATAATTCGAGAAAAAAAAA--GAAAATGATATTAAAGCGTGAAAAGCCCTTAA
* * * * * * *
1758 ATCTTTTTGACGTTGAAATGTTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAAATGAGTAAAAATCTTTC
574 ATCTTTTAGACGTTGAAATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAAATAAGGAAAAATCTTTC
1823 GGTTCACTTTTAGCAAA
639 GG------TTTA-CAAA
* * * ** * * ** *
1840 ATTTAGCCAAAATCGTCTCCTAACCATCAAAGTTTTTTGCTAAAAACGTG-TT-ATGAGTCCCGG
1 ATTTAACCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTATGCTAAAAACGAGTTTCA-GACCCCCGA
* * ** *
1903 CTCAGTTTTGCAT-ATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATA-TCATTCTAACCAAATC
65 CTCAGTTTAGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-TAAAAACAAATC
* *
1966 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGT
129 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGC
* * * * * * *
2031 GATTAATACAGAAAAATATGAAAAAAAATATATTAGAAGCGTGAAAAG-TCATTTAATATTTTTG
194 AATTAATTCA-AAAAATA-GGAAAAACA-ATATTAGAAGCTTGAAAAGCTC-CTTAATCTTTTTG
* * * * * *
2095 ACGTTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTAATGTGG-CAAAACAATTGAATAAAAATCTTTAGGTTC
255 AAGTTGACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGAC-AAA-AATTGAGTAAAAATCTTTAGGTTC
* * * * *
2159 AG-TTTGTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCGTCAAGATTTTTTGCTAAAATCGTGT
318 AGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATC-AGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * *
2223 TCTGGGTCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGTCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCAT
382 TCTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
* *
2288 CTAACCAAATCTCAGTCACATTGAATTTAAGCATTTGTTTTTATGAGTATCAAAATCAAGTTTCA
447 CTAACCAAATCTCAGTCACATTGAATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATC-AGTTTCG
* * * *** * **
2353 ATTTAATGATAAAATAATT-GGGTAAAAACAA-AAAATGATATTTGTTGCGTGAAAATCCCTTCG
510 ATTTAATGATAAAATAATTCGAGAAAAAAAAAGAAAATGATA-TTAAAGCGTGAAAAGCCCTTAA
* * *
2416 ATGTTTTAG-TGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAAATTAAGGAAAAATTT
574 ATCTTTTAGACGTTGAA--ATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAAA-TAAGGAAAAATCT
2480 TTCGG-TT-C-AA
636 TTCGGTTTACAAA
* *
2490 ATTTAACAAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGAC
1 ATTTAACCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTATGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGAC
* * * *
2555 TTAGTTTAGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATAAAAATAAATCTC
66 TCAGTTTAGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATAAAAACAAATCTC
* *
2620 AGCCACAATGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAA
131 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAA
2685 TTAATTCAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCCTTAATCTTTTTGAAGTTG
196 TTAATTCAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCCTTAATCTTTTTGAAGTTG
* *
2750 ACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTTGTTTCAGTTTTTT
261 ACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTAGGTTCAGTTTTTT
* * * * *
2815 GCAAAATTTTAGCTGAAATCATATACTAATCATCTTGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGT
326 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATC-AGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGT
* * * *
2880 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTATGACACCAAGACTCATTGAAATATTTATATTCATCTAATCA
389 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
*
2945 AATCTCAGTCATATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
454 AATCTCAGTCACATTGAATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGTATCAAAAT-CAGTTTCGATTTAAT
*
3010 GATAAAATAATTCAGAAAAAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCT
517 GATAAAATAATTC-GAGAAAAAAAAA-G-AAAATGATATTA-AAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCT
* * * * * * * ** * *
3075 TTTTGACATTGAATTGTATTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAACATTTGAGTAAAAATCTTTCGG
578 TTTAGACGTTGAA--ATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAAATAAGGAAAAATCTTTC-G
*
3140 TTCTGTTTCTGCAAA
640 ----G-TT-TACAAA
* * * * * * * * ***
3155 ATTTTAGCCGAAATCGTGTGC-ACCCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCG-TTCTGGGTCCC-A
1 A-TTTAACCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTATGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGA
* * * **
3217 GCTCAGTTTCGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTGAAACAAATC
65 -CTCAGTTTAGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATAAAAACAAATC
* * * * * **
3282 TCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGTTTTTACAAGTC-TCAAAATCCAGTTTCGATTTAA-T-G
129 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* ** * * *
3344 -AA-TAATTC--GAAA-A--AAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGC-CCTTCAATCTTTTTGGT
193 CAATTAATTCAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCCTT-AATCTTTTT-GA
* * * * *
3401 A-TTGAAATA-TATATTTCTGATGAGTATTGCGG-CAAAAAATTGAGAAAAAATCTTTCA-GTTC
256 AGTTG-ACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGAC-AAAAATTGAGTAAAAATCTTT-AGGTTC
* ** * * * ** *
3462 A-ATTTTAACAAAATTTTA-ACGAAATCGTATATTAACCATCACGATTTTAGGCTAAAATCGCGT
318 AGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCA-GGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
** * ** * *
3525 T-TCGTGCCCCCGGCTTAAATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTA
382 TCT-G-GGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
*
3589 ATCAAACCAAATCTCAG
445 ATCTAACCAAATCTCAG
3606 GTACACTGG
Statistics
Matches: 1459, Mismatches: 250, Indels: 124
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
648 23 0.02
649 96 0.07
650 204 0.14
651 30 0.02
652 135 0.09
653 87 0.06
654 21 0.01
655 122 0.08
656 38 0.03
657 16 0.01
658 25 0.02
659 28 0.02
660 36 0.02
661 214 0.15
662 88 0.06
663 135 0.09
664 118 0.08
665 28 0.02
666 15 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (648 bp):
ATTTAACCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTATGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGAC
TCAGTTTAGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATAAAAACAAATCTC
AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAA
TTAATTCAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCCTTAATCTTTTTGAAGTTG
ACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTAGGTTCAGTTTTTT
GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCAGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCC
CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
TCTCAGTCACATTGAATTTAAGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCAGTTTCGATTTAATGATA
AAATAATTCGAGAAAAAAAAAGAAAATGATATTAAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTAGACG
TTGAAATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAAATAAGGAAAAATCTTTCGGTTTACAAA
Done.