Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017865.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17898, whole genome shotgun sequence
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725 GCGGAAATTT
* * * ** *
735 GTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTAAGGAGTC-CTGCCTCAATTTTGCATG
1 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGTCTC-GGCTCAATTTTGCATG
* * * *
799 ATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCAAACCATATCTCAGCCACATTGGAT
65 ATTTTTGCCGCAAAGACTCC-TGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTAT
* * * * *
864 ATAAAAATATGTTTTTACTAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
129 ATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAA
* *
929 AATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAGACAGTCAATTTTTTTGG-TGTTGAATTATAT
194 AATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATTTTTTTGGCT-TTGAATTATAT
* * * * * *
992 ATATATTTTTGAATATTTTGCAAAAATTTGAGAAAAAACTATTCTGGTTAGTTTTTAGCCAAAAT
258 AT-T-TTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAG-AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAAT
* * ** *
1057 CA-TGTACTAACTATCACTGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCAACTCAGTTTT
320 -AGTGTACTAACCATCAC-G----GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGACCCCGACTCAGTTTT
* * * * * * *
1121 GCATGATTTTTCGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTCATCAAACCAAATCTCAACCAAAA
379 GAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAA
* * *
1186 TAGG-TTTACGGATTTGTTTTTACGAGCATCT-AAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAT
444 T-GGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAA-CTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAAT
* * *
1249 TC-GAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAA
507 TCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAA
* ** * * * * *
1313 TTATTTATTTTTTCAAAGTAATGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAACCTTTTGGCTTAATTTTTGCA
572 TTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCA
* *
1378 AAAGTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTTGCCAACGAAATC
637 AAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTTTTTTT-CCAACGAAATC
* * * * * *
1421 TTGTACTTACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACACATTCCT-GAGTCTCGACTCAATTTTGCATG
1 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATG
* * *
1485 ATTTTTACCGCAAAGACT-C-GAAATATCTATACTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA
65 ATTTTTGCCGCAAAGACTCCTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA
**
1548 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTATTAATTAATTCAGAAAA
130 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAA
*
1613 AATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATA
194 AATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATA
* *
1678 TTTTTCTAAATGTTTTGCAAAAAATTGAG-AAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATAGTG
259 TTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATAGTG
* * ** * * *
1742 CACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAATTGCGTTTCATGACCCCGGCTTAGTTTTGAATGATTT
324 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGACCCCGACTCAGTTTTGAATGATTT
* * *
1807 TTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGTCACAATGGATTTAA
388 TTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAA
* *
1872 GGATTTAATTTTACGAGCATCTGAAACTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAA
453 GGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAACTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAA
1937 AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
517 AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
2002 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
581 TTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
2067 GCCGAAATCATGTACTTTTTTCTTCCAACGAAATC
645 GCCGAAATCATGTACTTTTTT-TTCCAACGAAATC
* * *
2102 GTGTACTAACTATCATGGTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCAT
1 GTGTACTAACCATCA-CG-ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCAT
* * * ** * * * * *
2167 GATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTAAAGTATCTATATTCATCGTACCAAGTCACGGCCACGTTGAA
64 GATTTTTGCCGCAAAGACTCCTGAAA-TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTA
* * * * *
2232 TATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTACAAATTAATTCGGAAA
128 TATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAA
* ** * *
2297 AAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAGCAGCCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT
193 AAATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATAT
* * * *
2361 ATTTTTTCTAAATATTTTGCGAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCAAAATCG
258 A-TTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATAG
* * *
2426 TGTGCGT---CATCACGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
322 TGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGACCCCGACTCAGTTTTGAATGAT
* * * *
2488 TTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATAGATTT
386 TTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTT
* * * *
2553 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGGAAA
451 AAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAACTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC--GGAAA
* *
2618 AAAAA-AG-AAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTA
514 AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATA
* *
2680 TTCTTTT-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TT
579 TT-TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
2743 T--------T-A-G-----------CC-A--AAATC
643 TAGCCGAAATCATGTACTTTTTTTTCCAACGAAATC
* * * *
2755 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTAGCATTA
1 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGA
*
2820 TTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATC
66 TTTTTGCCGCAAAGACTCC-TGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA
* * * * * *
2885 CAAGAATTTGTTTTTACGTGTAGCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTCAGGAAAA
130 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCA-G-AAA
* * *
2950 AAATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCTGTCAATATTTTTGGCTTTGAATCATAT
193 AAATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATAT
* * * * *
3015 ATTTTTCTGAATATTTTGCAGAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATT
258 ATTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAG--AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATA
* * * **
3080 GTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCATGG-CCCCGGCGT-AGTTTCAAAT
321 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC--GGACCCCGAC-TCAGTTTTGAAT
* * * *
3143 GGTTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCGGCCACAATGGA
383 GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGA
* * * *
3208 TTTAAGGGTTTGATTTTATGAGCATCTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGG--
448 TTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAACTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAA
* *
3271 AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAGTTTTTTTGGCATTGAATTATAT
513 AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT
*
3336 ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGAAAAATTT
578 ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
*
3401 TAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTTCCAACGAAATC
643 TAGCCGAAATCATGTACTTTTTTTTCCAACGAAATC
*
3437 GTGTACTAACTATCA
1 GTGTACTAACCATCA
3452 TTGTTTTTTG
Statistics
Matches: 1750, Mismatches: 214, Indels: 138
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
651 140 0.08
652 6 0.00
653 51 0.03
654 61 0.03
655 35 0.02
656 28 0.02
657 112 0.06
658 128 0.07
659 3 0.00
666 1 0.00
668 2 0.00
669 1 0.00
670 1 0.00
676 21 0.01
677 120 0.07
678 7 0.00
679 83 0.05
680 79 0.05
681 140 0.08
682 44 0.03
683 277 0.16
684 152 0.09
685 96 0.05
686 160 0.09
687 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (678 bp):
GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGA
TTTTTGCCGCAAAGACTCCTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATAT
AAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAA
TAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATT
TTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATAGTGTA
CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGACCCCGACTCAGTTTTGAATGATTTTTG
GCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGA
TTTGATTTTACGAGCATCTGAAACTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATG
GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
ATCATGTACTTTTTTTTCCAACGAAATC
Found at i:5306 original size:683 final size:672
Alignment explanation
Indices: 4045--7355 Score: 3468
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4035 GCGGAAATTT
* * * ** * * *
4045 GTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTAAAGAGTCCTGGCTCAATTTTGTATCA
1 GTGTACTTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGA
* * * *
4110 TTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATTTCAGCCACATTGGATA
66 TTTTTG-CGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA
* * * **
4175 TAAGGATTTGTTTTTACTAGCGTGA-AAAACTTGTTTCGATTTAATTATTAATTAATTCGGAAAA
130 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-ATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC-GAAAA
* * * *
4239 AATAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG-AAAGGCAGTCAAAT-TTTTTGGCGTTGAAGTATAT
193 AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCA-TC-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* * * * *
4302 ATTTTTTCTGAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCTAGTTAGTTTTTAACCAAAATC
256 ATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAG-AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATC
* *
4367 GTGTACTAACTATCACTGTTTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
320 GTGTACT-AC-ATCAC-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
** * * * * * *
4432 GATTTTTCACAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTTATCTAACCAAATCTCAGCCAAAATAGG
380 GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAAT-GG
* * *
4497 -TTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATC-CGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAATTTCGG
444 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTC-AATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGA
*
4560 AAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATT
508 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATT
** * *
4625 TATTCTTTCAAAGTAATGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTT-GGCTCAATTTTTGCAAAAT
572 TATTCTTTCTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA-CCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
*
4689 TTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTGTTTCCAACGAAATC
636 TTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTTT-TTCCCAACGAAATC
* * * * *
4728 TTGTACTTACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCATTCCTGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGA
1 GTGTACTTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGA
* *
4793 TTTTTGCCGAAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCCACATTGTATA
66 TTTTTG-CGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA
* *
4858 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAA
130 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC-GAAAAA
* * * * * *
4923 AGAAATAGAAAAATGATTTTAGAAGTGTGAAAATGCCATCAATCTATTTGGCATTGAATTATATA
194 A-AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA
* * * * * *
4988 TTTTTTCTTAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAATAAACATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATC
257 TTTTTTCTAAATATT-TTGCAAAAAATTGAGAA-AAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATC
* * *
5052 GTGTACGT-TATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
320 GTGTAC-TACATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * * *
5116 TTTTTGCAGAAAAAATCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTT
383 TTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTT
5181 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTGAAAAA
448 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-G--AAA
** * * *
5246 AAAAAAAGAAAACCGATATTAGAAGCGTGAAATCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATTTAT
510 AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTAT
* * * * *
5311 TATTTTTCAGTATTGTGGC-AAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTT-
575 TCTTTCTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
5374 ------A----G----------CC-A--AAATC
640 GCCGAAATCGTGTACTTTTTTCCCAACGAAATC
* * * * *
5384 GTGTAC-TA-CATCACGATTTTTGCCTAAAAATGCGTTCCGGAGTCTCTGCTCAATTTTGCATGA
1 GTGTACTTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGA
* * *
5447 TTTTTACCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATC
66 TTTTT-GCGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA
* * * *
5512 TAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTCAGAAAAA
130 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC-GAAAAA
* * * * *
5577 ATAATGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGGCCATCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATACA-
194 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
* * *
5641 TTTTTCTGAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTACCCGAAATCG
258 TTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAG--AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCG
* * * * *
5706 TGTACTAGCCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCATGGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGAT
321 TGTACTA--CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * * *
5771 TTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGATTT
383 TTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTT
* * * * * * *
5836 AAAGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCTTTGTTTTGATTGAATTAGAAATAAATTCGGAAATA
448 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAA
*
5901 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
512 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATT
* * *
5966 TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTACGGGTCAATTTGTGCAAAATTTT
576 CTTTCTCAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTT-CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
6031 AGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTCCCAACGAAAATC
639 AGCCGAAATCGTGTAC-TTTTTTCCCAACG-AAATC
* * * * *
6067 GTGTAC-TATCTATCATGGTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGATTAATTTTGC
1 GTGTACTTA-CCATCA-CG--ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGC
* * *
6131 ATGATTTTTTGCGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGTACCAAATCTCAACCACGTTG
62 ATGA-TTTTTGCGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * * *
6196 TATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGA
126 TATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAA
* ** * * *
6261 AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCAAGAACAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATA
191 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AAGCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
6326 TATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATT-AGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATC
255 TATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATC
* * * *
6390 GTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT-AAAACGCGTTTCGGACCCCGACTTAATTTTGCATGAT
320 GTGTACT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * ** * * * *
6454 TTTTGGCTGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTGGAT-T----TGAT-T---TTACGA-GCATC
383 TTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATT-CATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATT
* * * * * * * * *
6509 T--GAATCTT-TATTTT----G-AT-TTAA--TTAG----AAATAAATATGGAAA-AAACTGGAA
447 TAAGGAT-TTGT-TTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAT-TAGAAATAAATTCGAA
* * * * * *
6558 AAATGATATTG-AAAGCG-TGA--A-AA---A-----CCCTTAAATTTTTTTGGCGTTAAATTAT
509 AAA--AAATGGAAAAACGAT-ATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT
* * * *
6610 ATATTTTTTCTCAGTAATGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCTATTTTTGCAAAA
571 TTATTCTTTCTCAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
* * *
6675 TTGTTA-CCAAAATCGTGTACCTTTTTCCCAATGAAATC
635 TT-TTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTCCCAACGAAATC
* * * *
6713 GTGTGA-TGACTATCATGGTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGC
1 GTGT-ACTTACCATCA-CG--ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGC
* * * * *
6777 ATGATTTTTTGCGTAAATATTCCTTGAAATATCTATATTCATCGTACCAAATCTCAGCCACGTTG
62 ATGA-TTTTTGCGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * * *
6842 TATATAAGGATTTGTTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCG-
126 TATATAAGGATTTG-TTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGA
* * * * * * *
6906 -GAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATAAACAACCCGTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTAT
190 AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AAGCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
* *
6970 ATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAAATCAGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAG-CGAAAT
254 ATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAAT
* * *
7034 CGTGTACTAACCATCACGGCTTTTGGCT-AAAACGCGTTTCGGGCCCCGATTCATTTTTGCATGA
319 CGTGTACT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA
* * *
7098 TTTTTGGCAGAAAAACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACAAAATCTCAATCACAATGGATT
382 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATT
7163 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAA
447 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAA
* * *
7228 AAA-GGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAACCCTTCAAATTTTTTT--CATTTAATTATTTATT
512 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTC-AATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATT
* ** * * *
7290 C-TTCATGAGTATTGCCGCAAAAAATTTAGGAAAAACCTTTCGGATCAATTTTTGTAAAATTTTA
576 CTTTC-TCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
7354 GC
640 GC
7356 AAAAACGGTG
Statistics
Matches: 2238, Mismatches: 275, Indels: 239
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (672 bp):
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TTTTTGCGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATAT
AAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAA
AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
TTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
TACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
GAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAATGGAAA
AACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTCAGT
ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
GTACTTTTTTCCCAACGAAATC
Found at i:5822 original size:323 final size:323
Alignment explanation
Indices: 3456--6012 Score: 2082
Period size: 323 Copynumber: 7.7 Consensus size: 323
3446 CTATCATTGT
* * * *
3456 TTTTTGGC-GTAAAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCGT-ACCAAATCTCAACCACGTTGTA
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* * * * * * *
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* ** * * * *
3583 AAGAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACACGAACAGCTCGT-AACTTTTTTTGGTGTTGAATTA
128 AA-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * *
3647 TATATTTTTTCTAAATATT-TTGCAAATAATTGAG-AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGA
191 TATA-TTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGA
* * *
3710 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTC-GGGTCTCGGCTCAGTTTTGA
255 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGGTCCCGGCTCAGTTTTGA
3774 ATGA
320 ATGA
* * * *
3778 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATT
1 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATT
* * * *
3843 TAATG-ATTTGTTTTGACGAGTATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AA
66 TAA-GAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* *
3906 AAAAA-GG-AAAACGATATTAGAAGCGTGGAAAA--CCTTCAATTTTTTTTGGTGTTAAATTATA
130 AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-GAAAAGCCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTATA
* * * * * **
3967 TATGTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTTATAAAAAAATTTTCGTGTCAGTTTTTCCAAAATT
193 TAT-TTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCG-G---G---TT---AGTTT
* * * * * *
4032 TTAGCGGAAATTTGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTAAAGAGTCCTGGC
247 TTAGCCGAAA-TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATG-GTCCCGGC
* * *
4096 TCAATTTTGTATCA
310 TCAGTTTTGAATGA
* * * *
4110 TTTTTGAC-GCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATTTCAGCCACATTGGAT
1 TTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTAT
* * * * ** * **
4174 ATAAGGATTTGTTTTTACTAGCGTGAAAAAC-TTGTTTCGATTTAATTATTAATTAATTCGGAAA
65 TTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* * ** * *
4238 AAATAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG-AAAGGCAGTCAAATTTTTTGGCGTTGAAGTATAT
130 AAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* * ** * *
4302 ATTTTTTCTGAATATT-TTGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCTAGTTAGTTTTTAACCAAAAT
194 A-TTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * ** * * *
4366 CGTGTACTAACTATCACTGTTTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
258 CGTGTACTAACCATCAC-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGGTCCCGGCTCAGTTTTGAA
4431 TGA
321 TGA
** * * * * * *
4434 TTTTTCACAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTTATCTAACCAAATCTCAGCCAAAATAG-GT
1 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-ACATTGTAT
* * **
4498 TTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCCGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAATTTCGG-A
65 TTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGGAA
* * *
4561 AAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTT
129 AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* * *
4626 ATTCTTTC-AAAGTAATGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTTGGCTCAATTTTTGCAAAATT
194 ATT-TTTCTGAA-TATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAA-ACTTT---TC-------G-------
* * * * * * *
4690 TTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTGTTTCCAACGAAATCTTGTACTTACCATCACGATTTTTGCCT
238 ---G--G--TTAGT----TTTTAG----C--CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * * *
4755 AAAAACGC-ATTCCTGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGA
286 AAAAACGCGTTTCATG-GTCCCGGCTCAGTTTTGAATGA
* * * *
4793 TTTTT-GCCGAAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCCACATTGTAT
1 TTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTAT
* * *
4857 ATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATC-TTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAA
65 TTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAA
* * * * * * * *
4921 AAAGAAATAGAAAAATGATTTTAGAAGTGTGAAAATG-CCATCAATCTATTTGGCATTGAATTAT
129 AAA-AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT
* * * * *
4985 ATATTTTTTCTTAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAATAAACATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
192 ATA-TTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAA
* * * * *
5049 ATCGTGTACGT---TATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCGACTCAGTTTTG
256 ATCGTGTAC-TAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGGTCCCGGCTCAGTTTTG
*
5110 CATGA
319 AATGA
* * * * * *
5115 TTTTTTGCAGAAAAAATCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATT
1 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATT
* * * *
5180 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTGAAAA
66 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-GAA
** * * * *
5245 AAAAAAAAGAAAACCGATATTAGAAGCGTG-AAATCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATTT
129 AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* * * * * ** *
5309 ATTATTTTTCAGTATTGTGGC-AAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTT
194 ATT-TTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTT-A-----G----TTTT
* * * * ** * *
5373 TAGCCAAAATCGTGTACT-A-CATCACGATTTTTGCCTAAAAATGCG-TTCCGGAGTCTCTGCTC
248 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATG-GTCCCGGCTC
* *
5435 AATTTTGCATGA
312 AGTTTTGAATGA
* * *
5447 TTTTT-ACCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTAT
1 TTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTAT
* * *
5511 CTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTAAATC-TTGTTTCGATTTAATTA-ATAATTAATTCAGAA
65 TTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA-AATTAATTCGGAA
* * * * * *
5574 AAAATAATGAAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGGCCATCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATA
129 AAAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATA
* * *
5639 CATTTTTCTGAATATT-TTGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTACCCGAAA
193 TATTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAA
* * * *
5703 TCGTGTACTAGCCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCATGGCCCCGGCTTAGTTTTGAAT
257 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGGTCCCGGCTCAGTTTTGAAT
5768 GA
322 GA
* * * *
5770 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGATT
1 TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATT
* * * * * *
5835 TAA-AGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCTTTGTTTTGATTGAATTAGAAATAAATTCGGAAA
66 TAAGA-ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* *
5899 TAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATA
130 AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATA
* * *
5964 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTACGGGT
195 -TTTTTCTGAATATTGTGGC-AAAAAATTGA-GAAAAAACTTTTCGGGT
6013 CAATTTGTGC
Statistics
Matches: 1788, Mismatches: 321, Indels: 248
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
317 3 0.00
318 50 0.03
319 17 0.01
320 16 0.01
321 24 0.01
322 258 0.14
323 311 0.17
324 217 0.12
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328 1 0.00
329 10 0.01
330 65 0.04
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (323 bp):
TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATT
TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
TTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGT
GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGGTCCCGGCTCAGTTTTGAATGA
Found at i:5986 original size:654 final size:654
Alignment explanation
Indices: 3466--7356 Score: 3768
Period size: 654 Copynumber: 5.9 Consensus size: 654
3456 TTTTTGGCGT
* * * * *
3466 AAAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCGTACCAAATCTCAACCACGTTGTATATAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
* * * *
3531 TTTTTATGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCGGAAAAGAAAAATGGAA
66 TTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAA-AAAAATGGAA
* ** * * * *
3596 AAACGATATTAGAAACACGAACAGCTCGT-AACTTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTA
129 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CATCAA-TCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTA
*
3660 AATATTTTGCAAATAATTGAG-AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
192 AATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * *
3724 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGTCTCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGA
257 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* *
3789 AAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGT
322 AAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
* *
3854 TTTGACGAGTATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAA-GG-AAAA
387 TTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAA
* * * * *
3917 CGATATTAGAAGCGTGGAAAA-CCTTCAATTTTTTTTGGTGTTAAATTATATATGTTTTATGAGT
452 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
* ** *** * * * * * *
3981 ATTGTGGCAAAAAATTTATAAAAAAATTTTCGTGTCAGTTTTTCCAAAATTTTAGC-GGAAATTT
516 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCACGAAAATC
* * * ** * *
4045 GTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTAAAGAGTC-CTGGCTCAATTTTGTATC
581 GTGTACT-ACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCTC-GGCTCAATTTTGCATG
*
4109 ATTTTTGA-CGC
644 ATTTTT-ACCGA
* * *
4120 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATTTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
* * * * *
4185 TTTTTACTAGCGTGA-AAAACTTGTTTCGATTTAATTATTAATTAATTCGGAAAAAATAATGGAA
66 TTTTTACGAGCAT-ATAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAAAAATGGAA
* * * *
4249 AAATGATATTAGAAGCGTG-AAAGGCAGTCAAAT-TTTTTGGCGTTGAAGTATATATTTTTTCTG
129 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCA-TC-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTA
* * * *
4312 AATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCTAGTTAGTTTTTAACCAAAATCGTGTACTAAC
192 AATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * **
4377 TATCACTGTTTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTCAC
257 CATCAC-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
4442 AGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTTATCTAACCAAATCTCAGCCAAAATAGG-TTTAAGGAT
319 AGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAAT-GGATTTAAGGAT
* *
4506 TTGTTTTTATGAGCATC-CGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAATTTCGGAAAAAAATGG
383 TTGTTTTTACGAGCATCTC-AATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGG
* * * *
4570 AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCA
447 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCT
* * * *
4635 AAGTAATGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTTGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
512 GAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA---G---
* *
4700 TCGTGTACTTTTTGTTTCCAACGAAATCTTGTACTTACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCAT
571 -C----AC-----G------A--AAATCGTGTAC-TACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGT
* *
4765 TCCTGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGA
617 TCCAGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTACCGA
* * *
4803 AAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
* * *
4868 TTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAGAAATAGAA
66 TTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATT-AAAATTAATTCGGAAAAAA-AAATGGAA
* * * * * *
4933 AAATGATTTTAGAAGTGTGAAAATGCCATCAATCTATTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTTA
129 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAA
* * * * * *
4998 GTATTGTGGC-AAAAATTGAGAATAAACATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGT--
193 ATATT-TTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAA
* * * *
5060 -TATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCA
256 CCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * * *
5124 GAAAAAATCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTT
320 GAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTT
* **
5189 GTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTGAAAAAAAAAAAAG
385 GTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-G--GAAAAAAATGG
* * * *
5254 AAAACCGATATTAGAAGCGTG-AAATCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATTTATTATTTT-
447 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTTC
* * *
5317 TCAGTATTGTGGC-AAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTTAGC-C-A
511 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCACGA
* * *
5379 AAATCGTGTACTA-CATCACGATTTTTGCCTAAAAATGCGTTCCGGAGTCTCTGCTCAATTTTGC
576 AAATCGTGTACTACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCTCGGCTCAATTTTGC
*
5443 ATGATTTTTACCGC
641 ATGATTTTTACCGA
* * *
5457 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATCTAAGAATTTA
1 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
* * * *
5522 TTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTCAGAAAAAATAATGAAAA
66 TTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAATTCGGAAAAAAAAATGGAAA
* * * *
5587 AACGATATTAGAAGTGTGAAAAGGCCATCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATACA-TTTTTCTGAA
130 AACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAA
* * *
5651 TATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTACCCGAAATCGTGTACTAGCC
194 TATTTTGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * *
5716 ATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCATGGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGA
258 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* * * * *
5781 AAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGATTTAAAGATTTGA
322 AAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
* * * *
5846 TTTTACGAGCATTTGAATCTTTGTTTTGATTGAATTAGAAATAAATTCGGAAATAAAATGGAAAA
387 TTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAA-AAAATGGAAAA
5911 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
451 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
* *
5976 ATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTACGGGTCAATTTGTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
516 ATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCCTT-CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT-------A--
* * * *
6041 GTGTACTTTTTTTCCCAACGAAAATCGTGTACTATCTATCATGGTTTTTTTTGGCTAAAAACGCG
570 --G------------C-ACGAAAATCGTGTACTA-CCATCA-CG--ATTTTTGCCTAAAAACGCG
* * * **
6106 TTCCAGAGTCCCGGATTAATTTTGCATGATTTTTTGCGA
616 TTCCAGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTACCGA
* * *
6145 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGTACCAAATCTCAACCACGTTGTATATAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
* * *
6210 TTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAATTGGAAA
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** * * *
6274 AACGATATTAGAAGCAAGAACAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAA
130 AACGATATTAGAAGCGTGAA-AAGCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAA
6339 TATTTTGCAAAAAATT-AG-AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
194 TATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * * * *
6402 TCACAGTTTTTGGCT-AAAACGCGTTTCGGACCCCGACTTAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAA
259 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA
* ** ** * * * *
6466 GACTCCTTGAAATAGCTATATTGGAT-T----TGAT-T---TTACGA-GCATCT--GAATCTT-T
324 GACTCCTTGAAATAGCTATATT-CATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGAT-TTGT
* * * * * * * *
6518 ATTTT----G-AT-TTAA--TTAG----AAATAAATATGGAAA-AAACT-GGAAAAATGATATTG
387 -TTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAT-TAGAAATAAATTCGGAAAAA--A-ATGG
* * *
6569 -AAAGCG-TGA--A-AA---------ACCCTTAAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTC
447 AAAAACGAT-ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
* * * * *
6620 TCAGTAATGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCTATTTTTGCAAAATTGTTACCAA
511 TGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT-TTAGC--
* * * *
6685 AATCGTGTACCTTTTTCCCAATGAAATCGTGTGA-TGACTATCATGGTTTTTTTTGGCTAAAAAC
572 -A-C--G-------------A--AAATCGTGT-ACT-ACCATCA-CG--ATTTTTGCCTAAAAAC
* ** *
6749 GCGTTCCAGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGT
613 GCGTTCCAGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTACCGA
* * * *
6791 AAATATTCCTTGAAATATCTATATTCATCGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTG
1 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
* * *
6856 TTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG---AAAAAATGGAA
66 -TTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAAAAATGGAA
* * * * * *
6918 AAACGATATTAGAAGCATAAACAACCCGTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTAA
129 AAACGATATTAGAAGCGTGAA-AAGCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAA
* *
6983 ATATTTTGCAAAAAAATCAG-AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAG-CGAAATCGTGTACTAACC
193 ATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * *
7046 ATCACGGCTTTTGGCT-AAAACGCGTTTCGGGCCCCGATTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAGAA
258 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAA
* * **
7110 AAACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACAAAATCTCAATCACAATGGATTTAAGGATTTGTT
323 AGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTT
*
7175 TTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAAAGGAAAAAC
388 TTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAC
* * * * *
7239 GATATTAGAAACGTG-AAAACCCTTCAAATTTTTTT--CATTTAATTATTTA-TTCTTCATGAGT
453 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTC-AATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC-TGAGT
** * * * *
7300 ATTGCCGCAAAAAATTTAGGAAAAACCTTTCGGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCA
516 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCA
7357 AAAACGGTGT
Statistics
Matches: 2723, Mismatches: 337, Indels: 338
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
626 1 0.00
628 2 0.00
629 1 0.00
631 1 0.00
642 1 0.00
644 3 0.00
645 186 0.07
646 165 0.06
647 51 0.02
648 19 0.01
649 75 0.03
650 1 0.00
651 4 0.00
652 77 0.03
653 194 0.07
654 349 0.13
655 164 0.06
656 168 0.06
657 25 0.01
658 95 0.03
659 11 0.00
660 8 0.00
661 20 0.01
662 8 0.00
663 3 0.00
664 3 0.00
665 11 0.00
666 6 0.00
667 19 0.01
668 5 0.00
669 1 0.00
670 2 0.00
672 2 0.00
673 10 0.00
674 48 0.02
675 25 0.01
676 6 0.00
677 9 0.00
678 1 0.00
679 4 0.00
680 2 0.00
681 133 0.05
682 66 0.02
683 286 0.11
684 73 0.03
685 137 0.05
686 8 0.00
687 56 0.02
688 177 0.07
689 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (654 bp):
AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTG
TTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTCGGAAAAAAAAATGGAAAA
ACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATA
TTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA
CTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTT
ACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGAT
ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT
GGCAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCACGAAAATCGTGTA
CTACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTA
CCGA
Done.