Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017866.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17899, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1738 CATATGAATT
1748 ATGTTTCGATTTAA
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1762 ATGTTTCGATTTAA
1 ATGTTTCGATTTAA
1776 TTTGAAAATT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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14 14 1.00
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ATGTTTCGATTTAA
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Indices: 2084--6445 Score: 3118
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2074 TAATTTTATT
* * * * *
2084 TTTGGCGATGAATTATATTTTTTTTTATTAGTATTGTAGCCAAAAATTAAGGAAAAATTATTCGG
1 TTTGACGATGAATTATA-TATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGG
* * * ** *
2149 GTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCTCTAAAAACGC
65 GTCACTTTTTG-AAAATTTAA--GGAAATC--G--CGAA--ATCACAGTTTTTAGCTAAAAATGC
* * * * * * * *
2214 GTTCCGTGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAGTATCTATATT
121 ATTCCGAGG-CCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATT
* * * *
2279 CATCTAACCAAATCTCAAGCACATTGGATTTAAGGAATTGTCTTTACTAGCATCTGAATTATGTT
185 CATCTAACCAAATCTC-AGCACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTT
** * * * * *
2344 TCGTTTTAATTAGAAATCAATTC-------AGA-AAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCCGTT
249 TCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACC-TT
* * * ** *
2401 CCATTTTTTTGGCGATGAATTCCT-T-TTTTTTATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAT
313 CAATCTTTTTGGCGATGAATT-ATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAT
* * * *
2464 CATTCGGATCAATTTCTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCATGTACTAATCATCACAATTTTTGGCT
377 -A-----ATC-ATTT-TGCAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GATTTTTAGCT
* * * ** * * *
2528 CAAAATGCGTTATGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCTACAGTAATTAAAATA
432 AAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTACAGTAATTGAAATA
* * * *
2593 TCTATATTCATCTAA-TCGAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAG
497 TCTATATTCATCTAACT-AAATCTCAG-TACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG
* * * * * * * * * * *
2657 AAACCAGTTTCAGTTTTATTAGAAATTAATTCATAAAATATAGGAAAAACGAGATCACATGCGT-
560 AAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCATG
* *
2721 AAAAAGCCCTTCCAT-TTT
625 AAAAA-CCCTTCAATCTTC
*
2739 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATAAGAATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGG
1 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGG
* * * **
2804 TCACTTTTTGAAAAATTGAGGAAAAC-CGAAATCATTGTTTTTAGCTAAAAATGCATTCCGAGGC
66 TCACTTTTTGAAAATTTAAGGAAATCGCGAAATCACAGTTTTTAGCTAAAAATGCATTCCGAGGC
* * * *
2868 ACAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTTATTCAAATATCTATATTCATCTAACCAA
131 CCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
* * * *
2933 ATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATATTTCGATTTAATT
196 ATCTCAG-CACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATT
*
2998 AGAAATTAATTC-GAAAAACAAAGAAAAACGATATTAGAATCGTGAAAAACCTTCAATCTTTTTG
260 AGAAATTAATTCGGAAAAA-AAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTCAATCTTTTTG
* * * * * *
3062 GGGATAAATTATATACACTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGG-AGA-AA-C-TTTTGCA
324 GCGATGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAATAATCATTTTGCA
* * * * * * *
3123 AAATTTAACCCGAAATCGTGTACTTACCATCATGATTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCG
389 AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GATTTTTAGCTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCC
* * *
3188 GGCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACTGAAT
453 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAAT
* * * *
3253 CTCAAGTACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCGTCAGAAAGCGGTTTCAGTTTAATTAG
518 CTC-AGTACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAG
* * * * *
3318 AAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAACACGATATTAGAAGCATGAAAAACCGTTCCAT-TTT
582 AAATTAATTCAGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCTTCAATCTTC
* * * * *
3378 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATCAGTATTGTGGCAAAAAAATAGAGGAAAAATTAATCGG
1 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTA-AGGAAAAATCATTCGG
* * * * *
3443 GTCAAC-TTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCAGCACAATTTTTGGCTAAAAATG
65 GTC-ACTTTTTG-AAAA-TTTAA-GGAAATC--G--CGAA--ATCACAGTTTTTAGCTAAAAATG
* * *
3507 CATTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGCCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATT
120 CATTCCGAGGCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATT
* * * *
3572 CATCTAACCAAATCTCAGTCATATCGGATATAAAGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATTATGTT
185 CATCTAACCAAATCTCAG-CACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTT
* * * *
3637 TCAATTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGCAA-CGTCAAAAGCCC
249 TCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA-AAGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAA-ACC
* * *
3701 TTCAATCTTGTTGGCGGTGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAA
311 TTCAATCTTTTTGGCGATGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGG-AAA
*
3766 ACTTTAAGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTTTAG
375 A---TAA--TC-A-TTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT--CAGA-TTTTTAG
* * * * *
3831 CTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCG-TTA-AG-ACTCCTTA
430 CTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTACAGTAAT--TGA
* * * *
3893 TAAGACCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-GCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
493 -AATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGTACAT-T-AGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
*
3957 ATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAG
555 ATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAG
* *
4022 AAGCGATGAAAAGCCCTTGAATCTTC
618 AAGC-ATGAAAAACCCTTCAATCTTC
* * * * * *
4048 TTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTT-TGAGTATTGTGACCAAAAATTGAAAGAAAAA-CTTTCG
1 TTTGACGATGAATTATATA-TTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATT-AAGGAAAAATCATTCG
* * * *** * *
4111 GTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTGCTCACAGTTTTTAGCAAAAAACGCATTCC
64 GGTCACTTTTT-GAAAATTTAAG--GAAATCGCGAAATCACAGTTTTTAGCTAAAAATGCATTCC
** * * * * * * *
4176 GAAAACCCAGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCTAAGACTCCTTGTAATTTCTATATTCATCT
126 G-AGGCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCT
* * ** * * * ****
4241 AACAAAATTTCAGGCATGTCAGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCGAAACCGGTTTCAAT
190 AACCAAATCTCA-GCACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAAT
*
4306 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAACAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT
254 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA-AGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA-CCTTCAAT
*
4371 CTTCTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
317 CTT-TTTGGCGATGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGG-AAAA----
** * * * *
4436 TGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATA--A-CAGTTTTTTAGCAAAAAA
376 T-AATC-A-TTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTA-ACCATCAGATTTTTAGCTAAAAA
* * * * * ** *
4498 CGCGCTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTAT
437 CGCGCTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTACAGTAATTGAAATATCTAT
* ** *
4563 ATTCATCTAACAAAATCTCAGGTATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCG
502 ATTCATCTAACTAAATCTCA-GTACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCG
* * * *
4628 GTTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGC
566 GTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAAC
4693 CCTTCAATCTTC
631 CCTTCAATCTTC
* * * ** * *
4705 TTTGACGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTTTAACC-AAAATTGAGGGAAAAA-CTTTCGG
1 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATT-AAGGAAAAATCATTCGG
* * * * * * * **
4768 TTCAAGTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCT
65 GTC-ACTTTTTGAAAATTTAAG--GAAATCGCG-A-AATCACAG-TTTTTAGCTAAAAATGCATT
* * * * * * *
4833 -CAAGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATTAATTTTGGCGCCAAGACTGC-TTGTAATATCTATATTC
124 CCGA-GG-CCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACT-CATTGAAATATCTATATTC
* ** **
4896 ATCTACCCTGATCTCAGGCATGTCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAATCGGATTT
186 ATCTAACCAAATCTCA-GCACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC----T--G----
4961 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAAACCGATTTCAATTTAATTAGAAATTCAA-TCGGAAAAA
240 -A--A-------TT------AT--------G-TTTCAATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAA
* * *
5025 AACTAGAAAAACGATATTAGAAGCGAGAAAAGCCCTTAAATCTTCTTTGGCGATGAATTATATAC
279 AA--AGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-ACCTTCAATCTT-TTTGGCGATGAATTATATAC
* * ** *
5090 -TTCTTATGAGTATTGCGACCAAAAATTGAAGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTA
340 ATT-TTATGAGTATTGTGACCAAAAATTG-AGGGAAAA---T--AATC-A-TTTTGCAAAATTTA
* * * * *
5154 AGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTATTTAGCAAAAAACACGCTCCGAGGCCCCGGCTCA
396 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAGA-TT-TTTAGCTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGGCTCA
* * * * * ** * *
5219 GTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTCAG-
459 GTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGT
* *
5283 GCATGTCAGATTTAAGGATTT-TTTTTAACGAGCATCATAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAAT
524 ACAT-T-AGATTTAAGGATTTGTTTTT-ACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAAT
* *
5347 TAATTCGGAAAAAACAGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTACAATCTTC
586 TAATTCAGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCTT-CAATCTTC
* * * * * *
5404 -TTCAGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTTTGACCAAAAATTAGAGGGAAAAA-CTTTA
1 TTTGA-CGATGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTA-A-GGAAAAATCATT-
* * * * *
5467 CGGTTCAATTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGC-AAAAATCGC
62 CGGGTCACTTTTTGAAAATTTAAG--GAAATCGCG-A-AATCACAG-TTTTTAGCTAAAAAT-GC
** * * * * *
5531 GCTCCG-GGAACCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATAT
121 ATTCCGAGG--CCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
** * * ****
5595 TCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCCGT
184 TCATCTAACCAAATCTCA-GCACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGT
*
5660 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
248 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-A
* *
5725 CCTTCAATCTTCTTTGACGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGA
309 CCTTCAATCTT-TTTGGCGATGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGG-
** * *
5790 AAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGA-TATTA
372 AAAA---T--AATC-A-TTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GATTTTTA
* ** * * * * * * ** * * ** *
5854 GCCTCAAAACGCATTCCGGAGTCTCGGATCAATTTTACATGA-TTTTTGCCGCAAAGACTCCTTC
429 G-CTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-CGCCTACAGTAATTG
* * * * *
5918 AAATATCTATATTCATCGAA-TCAAATCTCAGCCACACT-GTTTATAAGAATTTGTTTTTACGAG
492 AAATATCTATATTCATCTAACT-AAATCTCAG-TACATTAGATT-TAAGGATTTGTTTTTACGAG
* * ** * *
5981 CGTCTA-AATCTTGTTTCGATTTAATTA-ATAATTAATTCAGAAAAAAATAATGGAAAAACGATA
554 CATC-AGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGA-AATTAATTCAG-AAAAAA-CA-GGAAAAACGATA
* ** * *
6044 TTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATCCT-
614 TTAGAAGCATGAAAAACCCTTCAATCTTC
* ** * * * * * *
6072 TTTGGCTTTGAATTATATATTTTTCT-GAA-TATT-TTGCAAAAAAATTGA-GAAAAAACTTTTC
1 TTTGACGATGAATTATATATTTTT-TATAAGTATTGTGGC-CAAAAATTAAGGAAAAATC-ATTC
* * * ** * * * * * *
6133 GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT-ACTAAA---C---ATCACGGTTTTTGGTTACAAACGCG
63 GGGTCACTTTTT-G--AAAAT--T-TAAGGAAATCGCGAAATCACAGTTTTTAGCTAAAAATGCA
* * * * * ** * *
6191 TTTC-ATGGCCTCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGACAGAAAGACTCCTAG-AA-A--TATATT
122 TTCCGA-GGCC-CAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATT
* * * * * *
6251 CATCTAACCAGATCTCGGTCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTAT
185 CATCTAACCAAATCTCAG-CACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TATGT
** * * *
6316 TTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCC
248 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA-AGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA-CC
* * ** * * * *
6381 TTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
311 TTCAATCTTTTTGGCGATGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAA
6446 CTTTTCTGGT
Statistics
Matches: 3098, Mismatches: 430, Indels: 361
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
638 5 0.00
639 255 0.08
640 33 0.01
641 6 0.00
642 6 0.00
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646 3 0.00
648 4 0.00
649 1 0.00
650 179 0.06
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672 1 0.00
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690 1 0.00
693 1 0.00
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697 3 0.00
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701 165 0.05
702 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (642 bp):
TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATCATTCGGG
TCACTTTTTGAAAATTTAAGGAAATCGCGAAATCACAGTTTTTAGCTAAAAATGCATTCCGAGGC
CCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
ATCTCAGCACATCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTA
GAAATTAATTCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTCAATCTTTTTGGC
GATGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAATAATCATTTTGCAAA
ATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAGATTTTTAGCTAAAAACGCGCTCCGGGGCCCCGGC
TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTC
AGTACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAAT
TAATTCAGAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCTTCAATCTTC
Found at i:4260 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 2084--6489 Score: 3588
Period size: 330 Copynumber: 13.3 Consensus size: 331
2074 TAATTTTATT
** * * *
2084 TTTGGCGATGAATTATATTTTTTTTTATTAGTATTGT-AGCCAAAAATT-AAGGAAAAATTATTC
1 TTTGGCGATGAATTATA-TACTTTTTATGAGTATTGTGA-CCAAAAATTGAGGGAAAAACT-TTC
* * * * *
2147 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTTTCT--CTAAAA
63 GGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACAGTTTTT-TAGCAAAAA
* * * * *
2210 ACGCGTTCCGTGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAGTATCTA
123 ACGCGCTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTA
* ** ** * * * * ***
2275 TATTCATCTAACCAAATCTCAAGCACATTGGATTTAAGGAATTGTCTTTACTAGCATCTGAATTA
187 TATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACC
* ** * * * *
2340 TGTTTCGTTTTAATTAGAAATCAATT-----------CAGAAAAAATGATATTAGAAGCATGAAA
252 GGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
* * *
2394 AGCCGTTCCAT-TTT
317 AGCCCTTCAATCTTC
* * * * *
2408 TTTGGCGATGAATTCCT-T-TTTTTTATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAATCATTCGG
1 TTTGGCGATGAATT-ATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGG
* * * * * * ** *
2471 ATCAATTTCTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCATGTACTAATCATCACA-ATTTTTGGCTCAAAAT
65 TTCAATTTTTGGAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTGTAC----CATCACAGTTTTTTAGCAAAAAAC
* ** * * * * * * * * ** **
2534 GCGTTATGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCTACAGTAATTAAAATATCTATA
125 GCGCTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATA
* * * ** ** * *
2599 TTCATCTAATCGAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCAG
189 TTCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGG
* * * * * * * * * *
2664 TTTCAGTTTTATTAGAAATTAATTC--ATAAAATATAGGAAAAACGAGATCACATGCGTAAAAAG
254 TTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* *
2727 CCCTTCCAT-TTT
319 CCCTTCAATCTTC
* * * * * * *
2739 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATAAGAATTGTGGCCAAAAATT-AAGGAAAAATCATTCGG
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAA-CTTTCGG
* * * * * * * ** * * **
2803 GTCACTTTTT-GAAAAATTGAG--GAAAAC-CG-A-AATCATTG-TTTTTAGCTAAAAATGCATT
65 TTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCT
* ** * * ** **
2861 CCGAGGCACAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTTATTCAAATATCTATATTCATC
130 CCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATC
* ** ** * * ***** *
2926 TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATATTTCGA
195 TAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAA
* * *
2991 TTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAACAA-A-GAAAAACGATATTAGAATCGTGAAAA-ACCTTC
260 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
3052 AATCTT-
325 AATCTTC
* * ** * * *
3058 TTTGGGGATAAATTATATACACTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAGAAA--------
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
* * * * * * **
3115 -C---TTTTGCAAAATTTAACCCGAAATCGTGTACTTACCATCATGATTTTTGGTTAAAAACGCG
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC-CATCA-CA-GTTTTTTAGCAAAAAACGCG
* * * * * * * * ** *
3176 TTTCGGGGCCCGGGCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTC
128 CTCCGAGGCCC-GGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTC
** * * * *
3241 ATCTAACTGAATCTCAAGTACAT-T-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCGTCAGAAAGCGGT
192 ATCTAACCAAATCTC-AG-GCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGT
* * * * * *
3304 TTCAGTTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAAATAGGAAACACGATATTAGAAGCATGAAAAAC
255 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * *
3367 CGTTCCAT-TTT
320 CCTTCAATCTTC
* * * * * *
3378 TTTGACGATGAATTATATATTTTTTATCAGTATTGTGGCAAAAAAAT-AGAGGAAAAA-TTAATC
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAG-GGAAAAACTT--TC
* * * * * * *
3441 GGGTCAACTTTTGTAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCAGCACA-ATTTTTGGCTAAAA
63 GGTTCAATTTTTGGAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAA
* ** * * * *
3504 ATGCATTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGCCACCAAGACTCATTG-AGATATCTA
123 ACGCGCTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTA-ATATCTA
* * * * * * * ***
3568 TATTCATCTAACCAAATCTCAGTCATATCGGATATAAAGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATTA
187 TATTCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACC
* * * *
3633 TGTTTCAATTTAATTTGAAATTAATTCGG--AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGCAA-CGTCAA
252 GGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAA
3695 AAGCCCTTCAATCTT-
316 AAGCCCTTCAATCTTC
* * * * **
3710 GTTGGCGGTGAATTATATACATTTTATGAGTATTGTTACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTAAGT
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
* * *
3775 TCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTTTAGCTAAAAACG
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACAG-TTTTTTAGCAAAAAACG
* * * ** * * *
3840 CGCTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGTTAAGACTCCTTATAAGACCTATAT
126 CGCTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATAT
3905 TCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGT
190 TCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGT
3970 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGATGAAAAG
255 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCG-TGAAAAG
*
4035 CCCTTGAATCTTC
319 CCCTTCAATCTTC
* * **
4048 TTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTTTGAGTATTGTGACCAAAAATTGAAAGAAAAACTTTCGGT
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
* **
4113 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGT-GC-TCACAG-TTTTTAGCAAAAAACGCATTC
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCTC
** * * * *
4175 CGAAAACCCAGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCTAAGACTCCTTGTAATTTCTATATTCATC
131 CG-AGGCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATC
* * * *
4240 TAACAAAATTTCAGGCATGTCAGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCGAAACCGGTTTCAA
195 TAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAA
*
4305 TTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAACAGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTC
260 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
4368 AATCTTC
325 AATCTTC
*
4375 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTTGGT
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
*
4440 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATAACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCTC
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCTC
* *
4505 CGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATC
131 C-GAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATC
* *
4570 TAACAAAATCTCAGGTATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAA
195 TAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAA
* * *
4635 TTTAATCAGAAATTAATTCGG--AAAAAACAGGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCCTTC
260 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
4698 AATCTTC
325 AATCTTC
* * *
4705 TTTGACGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTTTAACC-AAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
*
4769 TCAAGTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCT-
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCTC
* * * *
4833 CAAGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATTAATTTTGGCGCCAAGACTGCTTGTAATATCTATATTCAT
131 CGA-GG-CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCAT
* ** * * * *
4898 CTACCCTGATCTCAGGCATGTCGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-GGAATCGGATTTA
194 CTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGG-TTTC
** * * ** *
4962 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAAACCGATTTCAATTTAATTAGAAATTCAATCGGAAAAA--
258 A--A-TT-TAATTA-GA-AAT--TAATTCG----GAA---AA--A-AAA--C-A--GGAAAAACG
* * * *
5025 A-ACTAGAAAAACGATATTAGAAGCGAGAAAAGCCCTTAAATCTTC
300 ATATTAG--AAGCG----T-GAA-A------AGCCCTTCAATCTTC
* * *
5070 TTTGGCGATGAATTATATACTTCTTATGAGTATTGCGACCAAAAATTGAAGGAAAAACTTTCGGT
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
* * *
5135 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTATTTAGCAAAAAACAC
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGC
5200 GCTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATT
127 GCTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATT
* *
5265 CATCTAACGAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTT-TTTTTAACGAGCATCATAAACCGGT
191 CATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTT-ACGAGCATCAGAAACCGGT
*
5329 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAACAGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAC
255 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
5391 CCTTACAATCTTC
320 CCTT-CAATCTTC
** *
5404 TTCAGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTTTGACCAAAAATTAGAGGGAAAAACTTTACG
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATT-GAGGGAAAAACTTT-CG
*
5469 GTTCAA-TTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAATCGCGC
64 GTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGC
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129 TCCGAGG--CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTC
*
5597 ATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCCGTTT
192 ATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTT
5662 CAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC
257 CAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC
5727 TTCAATCTTC
322 TTCAATCTTC
*
5737 TTTGACGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
* * **
5802 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-G-ATATTAGCCTCAAAACG
66 TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACAGTTTTTTAG-CAAAAAACG
** * * * * * * * * **
5865 CATTCCGGAGTCTCGGATCAATTTTACATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATAT
126 CGCTCC-GAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATAT
* * * ** * * * * * **
5930 TCATCGAATCAAATCTCAGCCA-CACTGTTTATAAGAATTTGTTTTTACGAGCGTCTA-AATCTT
190 TCATCTAACCAAATCTCAGGCATGTCAGATT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAAACCG
* *
5993 GTTTCGATTTAATTA-ATAATTAATTCAGAAAAAAATA-ATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
253 GTTTCAATTTAATTAGA-AATTAATTCGGAAAAAAA-ACA-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * *
6056 AAAGGCCGTCAATCCT-
315 AAAGCCCTTCAATCTTC
** * * * * *
6072 TTTGGCTTTGAATTATATA-TTTTTCTGAATATTTTG-CAAAAAAATTGA-GAAAAAACTTTTCG
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGAC-CAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTTC-
* * * ** *
6134 GGTT--A--GTT------TTT-AGCCGAAATCGTGTACTAAACATCAC-GGTTTTTGGTTACAAA
63 GGTTCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC----CATCACAGTTTTTTAGCAAAAAA
* * * * * * * *
6187 CGCGTTTC-ATGGCCTCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGACAG-AAAGACTCCTAG-AA-A--T
124 CGCGCTCCGA-GGCC-CGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGC-GCCAAGACTCCTTGTAATATCT
* ** ** * * *
6246 ATATTCATCTAACCAGATCTC-GGTCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAT
186 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGG-CATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAA
*** ** * * *
6310 CTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAAA-TGGAAAAACGATATTAGAAGCTTG
250 C-CGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* *
6373 AAAAACCCTTCAAT-TTT
314 AAAAGCCCTTCAATCTTC
* * * * *
6390 TTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GGAAAAACTTTTCTG
1 TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTTC-G
** *
6454 G-TCAATTTTTAAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
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6490 TTTTTTTTCC
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
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TCAATTTTTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAAACGCGCTC
CGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATCT
AACCAAATCTCAGGCATGTCAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAAT
TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
ATCTTC
Found at i:4964 original size:35 final size:35
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4908 CTCAGGCATG
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:4995 original size:35 final size:35
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4911 AGGCATGTCG
* *
4921 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAATCG
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1 GATTT
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GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAAACC
Found at i:5602 original size:331 final size:330
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4946 ATCGGAATCG
* *
4956 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGGAAACCGATTTCAATTTAATTAGAAATTCAA-TCGG
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* * *
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* * *
5084 ATATACTTCTTATGAGTATTGCGACCAAAAATTGAAGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAA
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* *
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*
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*
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*
5355 -AAAAAACAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTACAATCTTCTTCAGCGATGAATTA
65 AAAAAAACAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTACAATCTTCTT-AGCGATGAATTA
*
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* * *
5483 AATTTAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTTTTTAGCAAAAATCGCGCTCCG-GGAACCCGGC
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321 AGGCATGTCA
*
5622 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCCGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGA
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGG-
*
5687 AAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT-CAATCTTCTTTGACGATGAATT
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128 ATATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAA
* *** *
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193 ATTTAAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACAGTTATTTAGCAAAAAACACGC--TCCGAG-GAC
* * * * * * * ** * *
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* ** *
5942 ATCTCAGCCA-CACT
316 ATCTCAGGCATGTCA
* * * * ** *
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1 GATT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAAACCGGTTTCAATTTAATTAGA-AATTAATTC
* * * * * **
6019 AGAAAAAAATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGT-CAATCCTT-TTGGCTTTG
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* * * * * *
6082 AATTATATA-TTTTTCTGAATATTTTG-CAAAAAAATTGA-GAAAAAACTTTTCGGGTT--A--G
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* * ** * * * *
6140 TT------TTT-AGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGGTT-TTTGGTTACAAACGCGTTTC-A
186 TTGGAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC----CATCACAGTTATTTAGCAAAAAACACGCTCCGA
* * * * * *
6196 TGG-CCTCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGACAG-AAAGACTCCTAG-AA-A--TATATTCATC
247 -GGACC-CGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGC-GCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATC
* ** **
6255 TAACCAGATCTC-GGTCACATTG
309 TAACCAAATCTCAGG-CATGTCA
* * * *** ** *
6277 GATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGG
1 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAAC-CGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * * * * * *
6342 AAAAAAA-TGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTT-CAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
65 AAAAAAACAGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTACAATCTTCTTAGCGATGAATTA
* * * * **
6405 TATAGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GGAAAAACTTTTCTGG-TCAATTTTTAAAA
129 TATACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTTC-GGTTCAATTTTTGGAA
*
6468 AATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
192 AATTTAAGCCGAAATCGTGTAC
6490 TTTTTTTTCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (330 bp):
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AAAAAACAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTACAATCTTCTTAGCGATGAATTATA
TACTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGGAAAATT
TAAGCCGAAATCGTGTACCATCACAGTTATTTAGCAAAAAACACGCTCCGAGGACCCGGCTCAGT
TTTGCATTATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCA
TGTCA
Found at i:11389 original size:301 final size:302
Alignment explanation
Indices: 10617--11415 Score: 979
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10607 TCGTGTACTA
* * * *
10617 ACCATCATGGCTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGATCCCCAGCTCAATTTTGCATAATTTTTGGC
1 ACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-TCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * * * *
10682 GCAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATGTCAGCCACATGGGATATAAGGATT
65 GCAGAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATT
* * * * * *
10747 TCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAAT-GGAA
130 TGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAAAAAAATATGAA
* * * * *
10811 AAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCTTGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATCTGA
193 AAACAATATTAAAAGCATGAAAAGCCTGCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATATGA
*
10876 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGAATAAACGCTTCAGGTTAGTTTTT
258 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGAATAAACGCTTCAGGTCAGTTTTT
* * * * * * *
10921 AGCCATCATGATTTTTGACTAAAAACGCGTTCTGGGGCCGCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGG
1 A-CCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC-CGGTCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * *
10986 CGCTGAGACTCTTTGAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGAT
64 CGCAGAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGAT
* *
11051 TTGTTTTTACGTGCATCTAAATTTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAAAAAATATGA
129 TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAAAAATATGA
**
11116 AAAACAATATTAAAAGTGTGAAAAGTCCT-CCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTT-TA
192 AAAACAATATTAAAAGCATGAAAAG-CCTGCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTATA
* * * *
11179 TGAGTATTTTTGCCAAAAATTGATGAA-AAATC-TTTC-GGATCA-TTTTT
255 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAATAAA-CGCTTCAGG-TCAGTTTTT
** *
11226 ACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGAATTCCGGTTCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCG
1 ACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * *
11290 CCGAGACTCCTTGAAATATCTATATT-ATCTAATCAAATCTCAGACATATTGGATTTAAGGATTT
66 CAGAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTT
* *
11354 GTTTTTACGAGTATTTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAATATGAAA
131 GTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAA
11416 CAAAAATTTG
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 59, Indels: 26
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
298 13 0.03
301 81 0.19
302 26 0.06
303 24 0.06
304 29 0.07
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306 81 0.19
307 9 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (302 bp):
ACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
CAGAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAA
CAATATTAAAAGCATGAAAAGCCTGCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATATGAGTA
TTGTGGCAAAAAATTGAGAATAAACGCTTCAGGTCAGTTTTT
Found at i:11537 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 11530--11561 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
11520 TATGTTTCTA
11530 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
11562 TAGAATAAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:13590 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 13499--13641 Score: 232
Period size: 69 Copynumber: 2.1 Consensus size: 69
13489 AAACTGCACG
* * * *
13499 AAACCGACAGCTTTTTCACTCACCAAATCGTTTGATTGGTTTTGACGGTCTAGGCGGTTTGAACC
1 AAACCGACAACTTTTTCACTCACCAAATCGTTTGATCGGTTTCGACGGTCTAGGCGATTTGAACC
13564 GTCA
66 GTCA
*
13568 AAACCGACAACTTTTTCACTCACCAAATCGTTTGATCGGTTTCGACGGTCTAGGCGATTTGAACT
1 AAACCGACAACTTTTTCACTCACCAAATCGTTTGATCGGTTTCGACGGTCTAGGCGATTTGAACC
13633 GTCA
66 GTCA
*
13637 GAACC
1 AAACC
13642 TTATGAATAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 6, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
69 68 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.24, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (69 bp):
AAACCGACAACTTTTTCACTCACCAAATCGTTTGATCGGTTTCGACGGTCTAGGCGATTTGAACC
GTCA
Done.