Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017892.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17925, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
Indices: 6013--7485 Score: 1278
Period size: 330 Copynumber: 4.5 Consensus size: 331
6003 ATACTTTACA
* ** * * ** * *
6013 TCATCTAACCAAATCTCAGTAACATTGAATTTAAGAATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTTT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
* * * * * *
6078 TTCGATTTAATTAGAAATTACTT-AGAAAAATAGGGAAA-ATGATATTAGAAA-TGTCAAAAGCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA-TGAAAGACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGTC
** * * **
6140 CTTCAATA---TT-GAATTG---TATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATCAAGGAAAT
129 CTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAATTTAGCTAAAAATTGAGGAAAT
* * * * *
6197 ATCTTTCGGATCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAATAACCATCACAGTTTTCGGA
194 ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACTATCACAGTTTTTGGC
* * * * * *
6262 TAAAAAAGC-ATTCTGGGGCCCCAACTCAGTTTTACATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTAGA
259 TAAAAACGCGTTTC-GGGACCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
*
6326 TATCCATAT
323 TATCTATAT
* * * * * *
6335 CCATCTAATCAAATCTCAGTCACATTGGATTT-AGGAATTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
* * *
6399 TTCGATTTAGTTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAGATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAGACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * * *
6464 CCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATA-TTTTTATGAGTAATTTATCTAAAAATTGAGGAAA-AC
131 TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAATTTAGCTAAAAATTGAGGAAATA-
* * * * * *
6527 TTTTTCGGGTCATTTTTTTACAAAATTTTTGCCAAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGC
195 TCTTTCGGGTCA-ATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACTATCACAGTTTTTGGC
* * * * *
6592 TAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAACTCAATTTCGCATGATTTCTGGCGCCAACACTCTTTGAAAT
259 TAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAAT
6657 ATCTATAT
324 ATCTATAT
* * * * **
6665 TCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTACATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
** * *
6730 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAGACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * * *
6795 TTAAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAAT-ATTATGGATAAAAATTGAGGAAAT
130 TTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAATT-TAGCTAAAAATTGAGGAAAT
* * *
6859 ATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAATAA-TCATCACAGTTTTTGG
194 ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACT-ATCACAGTTTTTGG
** * ** *** * * *
6923 CTAAAAACATGTTCCGGG-GTCCGGTTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGAAA
258 CTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAA
6987 TATCTATAT
323 TATCTATAT
* ** * *
6996 TCATCTAACCAAATC-C-G-GGC----CA-TT---G-----TTTTTACAAGCATCTCAATCATGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
* * * * **
7045 TTCGTTTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATATGAAATACGATATTTGAAGCGTGAAAAGCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAGAAAAATATGAAAGACGATATTAAAAGCGTGAAAAG-T
* * * *
7110 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATGTATTTTTTATGAAT-ATTGTGGCTAAAAATTGAG
128 ---CCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAATT-TAGCTAAAAATTGAG
* * * * * * * * * *
7174 GAAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAATATATTAACCGAAATC-T-T-GTAAC-ATGACGGTTT
189 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACTATCACAG---
* * *** *
7235 TTTTTGGCCAAAAACGCG-TTCTGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCTAA-AC
251 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGA-CCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC-AAGAC
7298 TCCTTGAAATATCTATAT
314 TCCTTGAAATATCTATAT
* *
7316 TCATCTAATTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG----A--TTTACAAGCATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
* * * * **
7375 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAGTAGGAAAGACGATATTAGAATCGTAAAAAACCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-TATGAAAGACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* *
7439 TTCAATATTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAG
130 TTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAATTTAG
7486 TTTGCAAAAT
Statistics
Matches: 934, Mismatches: 170, Indels: 92
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
315 40 0.04
316 38 0.04
317 4 0.00
318 5 0.01
319 16 0.02
320 153 0.16
321 56 0.06
322 61 0.07
323 3 0.00
324 42 0.04
325 4 0.00
326 3 0.00
327 6 0.01
328 28 0.03
329 47 0.05
330 165 0.18
331 109 0.12
332 117 0.13
333 36 0.04
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAGACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAATTTAGCTAAAAATTGAGGAAATAT
CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACTATCACAGTTTTTGGCTA
AAAACGCGTTTCGGGACCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATAT
CTATAT
Found at i:7169 original size:320 final size:318
Alignment explanation
Indices: 6377--7481 Score: 955
Period size: 320 Copynumber: 3.4 Consensus size: 318
6367 AGGAATTGTT
* * * *
6377 TTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAGTTAGAAATTAA-TTC-AGAAAAATATGAAAGAT
1 TTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGA-AAAAATATGAAAAAC
* *** * * * * *
6440 GATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATA-TTTTTATGAGTAA
65 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAAT-A
* * * * * * * ** *
6504 TTTAT--CTAAAAATTGAGGAAAACTTTTTCGGGTCATTTTTTTACAAAATTTTTGCCAAAATCG
129 -TTATGGATAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGAGTCA-ATTTTTGCAAAATATTAACCGAAATC-
* * * * *** * * *
6567 TGTACTAACTATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GACCCCAACTCAATTTCGCATG
191 T-TA-TAAC-ATCACAGTTTTTTGGCCAAAAACACGTTCCGGAG-CCCCGGGTCAGTTTTGAATG
* * * * ** *
6630 ATTTCTGGCGCC-AACACTCTTTGAAATATCTATATTCATGTAATAAAATCTTAGCCACATTACA
252 ATTTTTGGCCCCGAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-C-C---ACA
6694 TTTAAGGATTTA
311 -TT--GGA-TTA
** *
6706 TTTTTATGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAATATGAAAAA
1 --TTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAA
* * *
6771 CGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTTAAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATA
64 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATA
* * * * *
6836 TTATGGATAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
129 TTATGGATAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATATTAACCGAAATC-T-
* * ** *
6901 TAATAATCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACATGTTCCGG-GGTCCGGTTCAGTTTTGAATGATT
192 T-ATAA-CATCACAGTTTTTTGGCCAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGAATGATT
* * *
6964 TTTGGCCCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC-CGGGC-CATT-G-TT-
255 TTTGGCCCCGAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTA
* * * * *
7023 TTTACAAGCATCTCAATCATGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATATGAAATAC
1 TTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCG-AAAAAATATGAAAAAC
* *
7088 GATATTTGAAGCGTGAAAAGCTAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATGTATTTTTTATGA
65 GATATTAGAAGCGTGAAAA---A-CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGA
* * * * *
7153 ATATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAATATATTAACCGAAATC
126 ATATTATGGATAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATATTAACCGAAATC
* * * * * *
7218 TTGTAACATGACGGTTTTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGAT
191 TTATAACATCACAG--TTTTTTGGCCAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGAATGAT
* * * **
7283 TTTTTGCGCCTAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTCAGCCACATTGGATTT
254 TTTTGGCCCCGAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TT
7348 AAGGA
318 ----A
* * *
7353 TTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAAAGTAGGAAAGACG
1 TTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACG
* * * * *
7417 ATATTAGAATCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
66 ATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATT
7482 TTAGTTTGCA
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 101, Indels: 63
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
315 42 0.07
316 38 0.06
317 3 0.00
318 3 0.00
319 22 0.03
320 155 0.24
321 3 0.00
322 4 0.01
323 3 0.00
324 44 0.07
325 3 0.00
328 30 0.05
329 3 0.00
330 41 0.06
331 96 0.15
332 116 0.18
333 39 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (318 bp):
TTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAATATGAAAAACG
ATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATT
ATGGATAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATATTAACCGAAATCTTATA
ACATCACAGTTTTTTGGCCAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGAATGATTTTTGGC
CCCGAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTA
Found at i:7772 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 7486--7797 Score: 482
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 173
7476 AGTATTTTAG
* * * *
7486 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGGTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCAG
1 TTTGCAAAAATTTAGCCGAAATCATGTAATAATCATCACGGGTTTTGCCTAAAAAAGCGTTACAG
*
7551 GGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTAAGACTCCTTGAG-ATACCCATACTCATCTA
66 GGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAGAATACCCATACTCATCTA
7615 ATAAAATCTCACAAAAGTTGAGTTAATATCTTTCCGGTCAATT
131 ATAAAATCTCACAAAAGTTGAGTTAATATCTTTCCGGTCAATT
* ** * *
7658 TTTGCAAAAATTTAGCCGAAATCATGTAATAATCATTACGTTTTTTGGCTAAAAAAGTGTTACAG
1 TTTGCAAAAATTTAGCCGAAATCATGTAATAATCATCACGGGTTTTGCCTAAAAAAGCGTTACAG
* * *
7723 GGTCCCGGGTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTAAGGCTCCTTGAGATATACCCATACTCATCT
66 GGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAGA-ATACCCATACTCATCT
*
7788 AATCAAATCT
130 AATAAAATCT
7798 TAAGCACATA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 14, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
172 99 0.80
174 25 0.20
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (173 bp):
TTTGCAAAAATTTAGCCGAAATCATGTAATAATCATCACGGGTTTTGCCTAAAAAAGCGTTACAG
GGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAGAATACCCATACTCATCTA
ATAAAATCTCACAAAAGTTGAGTTAATATCTTTCCGGTCAATT
Found at i:9365 original size:325 final size:324
Alignment explanation
Indices: 8552--10015 Score: 1336
Period size: 327 Copynumber: 4.4 Consensus size: 324
8542 AAAAATCCTC
* * * * **
8552 CAATA-TTTTGGCATTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATAAATGGAAAAAT
1 CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTAT-GACTAAAATTGA-GG-AAAAT
* * *
8616 TTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAA
63 ATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCAC-GTTTTTGGC--
* * * * * *
8681 AAAAAAAAAAGGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGACGTCAAGACTCCTTG
121 ----TAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCCTTG
** * * * * *
8746 AAATAAATAGATTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTATGGGCA
182 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT-GA-TTAAAGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * * * * *
8811 TCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAGAAAATATA-AAAAACGATATTA-AA
245 TTTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAA
** *
8872 AGCGTGAAAAATCCTC
310 A-CGTGAAAAGCCCTT
* ** * * * *
8888 CAATATTTTTGGCATTTAATTATATATAATCTATGAGTATTGTGATTAAAAATTGAGGGAAAACA
1 CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGACT-AAAATTGA-GGAAAATA
* * * * *
8953 TTTCGCGTTAATATTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCGTCACGGTTTTTTGGCTAGAAA
64 TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCAC-G-TTTTTGGCTAAAAA
* * * * * * * *
9018 TGCGTTTCGGGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGGCAAAACTCCTTGAAGTATCTTT
127 CGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * * * * *
9083 ATTCATGTAGCCAAATCTTAGCCACATTCGA-TAAGGATTTGTTATTACAAGCATTTGAATCATA
192 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT-GATTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATCTTA
* *
9147 TTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGAAAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAACGTGAGAAGC
256 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAACGTGAAAAGC
9212 CCTT
321 CCTT
* *
9216 CAATATTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTATGGCTAAAATTGAGG-AAATATT
1 CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGACTAAAATTGAGGAAAATATT
* * *
9279 TCGGGTCAATTTTTGTCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACCATCATGATTCTTTGGCTAAAAAC
66 TCGGGTCAATTTTT-ACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACG-TT-TTTGGCTAAAAAC
* * * *
9344 GCGTTCCGGGGCCCTGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTAAAATATATCTA
128 GCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCCTT-GAA-ATATCTA
*
9409 TATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATTTAAAGATTTGTTTTTACGAG-TTTCTAAATC
191 TATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG-A-TTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATT-TAAATC
* * * * * *
9473 TTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAATAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAA
253 TTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTT-GAAAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAACGTG-A
***
9538 AAAGGGTTT
316 AAAGCCCTT
* * *
9547 CAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATCACTAGAAATCGAGGAAAAATA
1 CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGACTA-AAATTGAGG-AAAATA
* * *
9612 TTTTGGGTCAATTTTTACAAAA-TTTAGCCAAAATCGTGTACTAACAATCACGTTTTTCGTCTAA
64 TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC---C-ATCACGTTTTT-GGCTAA
* * * *
9676 AAACGTGTTCC-GGGACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-TGCTAAGACTCCTTGAAATAT
124 AAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGC-AAGACTCCTTGAAATAT
* * * * *
9739 CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAACGATTTCTTTTTATGAGCATATAAA
188 CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATT-GA-TTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAA
* * * ** * * * *
9804 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCG-GGAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAATCGTAA
251 TCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAACGTGA
9868 AAAGCCCTT
316 AAAGCCCTT
* ** * * * * * *
9877 CAATCTTTTTAACGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTG-TGAAAATAT
1 CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTAT-GACTAAAATTGAGGAAAATA-
* *
9941 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGGTA
64 -TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC----CATCAC-GTTTTTGGCTA
10006 AAAACGCGTT
123 AAAACGCGTT
10016 ACATGACCAC
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 156, Indels: 75
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 20 0.02
325 135 0.14
326 13 0.01
327 136 0.15
328 54 0.06
329 50 0.05
330 99 0.11
331 94 0.10
332 37 0.04
333 120 0.13
334 10 0.01
335 60 0.06
336 63 0.07
337 46 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (324 bp):
CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGACTAAAATTGAGGAAAATATT
TCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACGTTTTTGGCTAAAAACGCG
TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGATTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATCTTATTTCG
ATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTT
Done.