Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017898.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17931, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1330 original size:666 final size:663
Alignment explanation
Indices: 1--3517 Score: 4633
Period size: 666 Copynumber: 5.3 Consensus size: 663
* * **
1 TTAATTTTCGATCAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGT
1 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
* * * *
66 GGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATATCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAA
66 GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * **
131 CTAAGCCGGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCTTGATGGTTAATACACGATTTCGGC
131 CTGAGCC-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTAGC
* * *
196 TAAATATTTGATAAAACTAAAACAAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACCCATAAAAA
195 TAAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-CTA-AAAAA
* * * * *
261 ATATATAATTCAACGCTAAAACTATATAAGGGCTTTTCATGCTTCAAGTATGATTTTTTTTTTTA
258 AAATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATG--GTTTTTTTTT-
* * * *
326 AATTTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAA-TTCGTATGCTCGTTAAAACATA
320 -ATTTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAG-ATGCTCGTAAAAAGATT
* * *
390 TACTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGTTGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGT
383 TCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGC
* * * * *
455 CAAAAATCATGCAAAACTAAATCGGAGCCCCGAAACGCATTTTCAGCCAGAAACCATGAT-GTT-
448 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAG--CCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTA
518 AGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCC
511 AGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCC
* *
583 AAAATATGCATAAATAATATATAAGTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACCCTTCTAAT
576 AAAATATGCATAAATAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
*
648 ATCGTATTTTCTATTTTTTTCGAAA
641 ATCGT-TTTTCTA-TTTTTTCCAAA
*
673 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAACATTCAGATGCTCGTAAAAA-ATATCCTTAAATCCAATAA
1 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
* *
737 GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCCCGACGCCAAAAAT-ATGCAAAA
66 GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
** * * *
801 CAAAGCCGGGGCCCCGGAACTCCTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACACTATTTTAGCT
131 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTAGCT
*
866 AAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTAGGCCACAATACTAAAAAAAAA
196 AAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTAAAAAAAAA
*
931 CTATAATT-AAGGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTCCTTTTTATT
261 -TATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTT--TTTTTATT
995 TTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAGATTTCCTT
323 TTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAGATTTCCTT
* **
1060 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTGTAAGCCAAAA
388 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCC-AAA
* *
1125 AATAATGCAAAACTGAGTCGGAG-CGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACTGTGATGGTTAATGTAC
452 AATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAA-GTAC
** * *
1189 ATGATTTCGGCTAAAATTTTATAAAAATTAACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTACCCAAAAT
516 ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAAT
* * * * *
1254 ATGTATAAAAAATATATAATTGAACCCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTATTAACGT
581 ATGCATAAATAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
1319 TTTTCCTATTTTTTCCAAA
646 TTTT-CTATTTTTTCCAAA
* *
1338 TTAATTTTCGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
1 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
* * * * *
1403 GGTTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGCCCCAAAAATCATGTAAAA
66 GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * *
1468 CTGAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCTAGAAGCCGTGATAGTTAGTACACAATTTTCAGC
131 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTT-AGC
* * * * * *
1533 TAAAT-TTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTTGTAAATTTTTGGACACAATACTCATAAAAA
195 TAAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTAAAAAAAA
* * *
1597 ATATATATTCAACG-CAAAATTATTTAAGGGTTTTTCATGCCTCAAATAT-GTTTTTTTTTA---
260 ATATA-ATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTTTTTATTT
* * * *
1657 ----TCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAGATACTCGTAAAAATG-TTTCCTT
324 TTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAA-GATTTCCTT
* * * * * *
1717 AAATCCAATATGGTTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTTTTTGCGTCAAAA
388 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAA
* * * * *
1782 ATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGTAACCCATTTTCAGCCAGAAACCGTGATGATT-AGTAC
453 ATCATGCAAAACTGAGTCGGAG--CCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAAGTAC
* * * *
1846 ATGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTAAACTCCTCAATTTTTG-CAAG
516 ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT---TTCCTCAATTTTTGCCCA-
* *
1910 AAATATGCCTAAGTAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
577 AAATATGCATAAATAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
1975 TCGTTTTTACTATTTTTTCCTGTTTTTTCCAAA
642 TCGTTTTT-CTA----------TTTTTTCCAAA
* * * * **
2008 TTAATTCCCGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATTTCCTTAATTCCAATGT
1 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
* * * * * *
2073 GGAC-GAGATTTGATTAGATAATTATAGATATTTGAATGAGTCTCGGTGCCAAAAATCTTGCAAA
66 GG-CTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* *
2137 ACTGAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAA-AAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAG
130 ACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAG-CAAGAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTAG
* * * * * *
2201 TTAAATTTTTTATAAAATTGAAACGAAAAG-TTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAA
194 CTAAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTAAAAAAA
* * * *
2265 AATATATATTCAACG-CAAAGCTATTCAAGCGCTTTTCATGCCTCAAATAT-G-------TT-TT
259 AATATA-ATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTTTTTATT
* * * * * *
2320 TTTTTTCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTAAGATACTCGTAAAAATATTTCCTT
323 TTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAGATTTCCTT
* * * * * * *
2385 AAATCCAATGTGGCTTATATTTGATTAGATGAATTTA-ATAATTTCAATGAGTCTTTGTGCGAGA
388 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGAT-ATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAA
* * * *
2449 AATCATGCAAAACTGCGCCGTAGCCCCGGAACACGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAA-TA
452 AATCATGCAAAACTGAGTCGGAG--CCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAAGTA
* *
2513 CATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTGCCAAAAA
515 CATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAA
* * * *
2577 TACGCCTAAATAATATATAAGTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG
580 TATGCATAAATAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
2642 TATTTTCTA-TTTTTCCAAA
645 T-TTTTCTATTTTTTCCAAA
* *
2661 TTAATTTCCGATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCATTAAATCCAATAA
1 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
* * * *
2726 GGCTGAGATTTGATTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCCCGGCGCCAGAAATCATTCAAAA
66 GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * *
2791 CAGAGCCGGGGCCCCGGAACTCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACAAGATTTTAGCT
131 CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTAGCT
* *
2856 AAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTAGGCCACAATACTCAAAAAAAT
196 AAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACT-AAAAAAAA
* *
2921 ATATAATTCAAGGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTCTTTTTTAT
260 ATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT-TTTTAT-T
2986 TTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAGATTTCCTT
323 TTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAGATTTCCTT
* *
3051 AAATCCAATGTGGGTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCACCAAAA
388 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAA
* *
3116 ATAATACAAAACTGAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAACGTA
453 ATCATGCAAAACTGAGTCGGAG--CCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAA-GTA
* *
3181 CATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTTCCCAGAA
515 CATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAA
* * * *
3246 TATGCATAAAAAATATATAATTGATCCCCAAAAAGATTTGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
580 TATGCATAAATAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
3311 TTTTTCCTATTTTTTCCAAA
645 TTTTT-CTATTTTTTCCAAA
* *
3331 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATACATATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
1 TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
* * * *
3396 GGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGCGCCAAAAATACATGTAAA
66 GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAAT-CATGCAAA
* * * *
3461 ACTGAGCCGGGGCCCGCCAGAATGCGTTTTCAGCCAGAACCCGTGATGGTTAATACA
130 ACTGAGCCGGGG-CC-CCGGAACGCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACA
Statistics
Matches: 2507, Mismatches: 266, Indels: 143
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
652 4 0.00
653 202 0.08
654 33 0.01
655 41 0.02
656 25 0.01
657 151 0.06
658 2 0.00
659 31 0.01
660 81 0.03
662 2 0.00
663 26 0.01
664 84 0.03
665 191 0.08
666 398 0.16
667 199 0.08
668 283 0.11
669 257 0.10
670 331 0.13
671 86 0.03
672 44 0.02
673 36 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (663 bp):
TTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATAA
GGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCAAGAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTAGCT
AAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTAAAAAAAAA
TATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTTTTTATTTTT
TTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAAGATTTCCTTAAA
TCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATC
ATGCAAAACTGAGTCGGAGCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAAGTACATGAT
TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATATGCA
TAAATAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
TATTTTTTCCAAA
Done.