Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* * * *
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*
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** * * *
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* * *
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66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGA-
* * * **
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*
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194 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATG-----G
* * * * *
594 TTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACT
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*
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* * * * * *
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* * *
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* ** * *
804 TTTCAGCTAAAATTTTGCA-AAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCGTCAATTTTT-GCCAGAAATA
130 TTTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCA-CAATA
* * * * * *** * * *
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192 T-CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT-
* * * *
931 TTTTC---TATTTTTTTCGAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAA
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* *
993 AACATATCCTTAAAT
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** * * *
1008 CCAATAAGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAG-CCCCGACGCCAAAAATC
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* * *
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* * *
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* * *
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193 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTT
* * *
1263 TCCTTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAATTCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAA
258 T-C-TTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
1328 TGATTTCCTTAAAT
321 T-ATTTCCTTAAAT
*
1342 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATAA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * *
1407 TGCAAAACTAAGTCGGAGCCCCGGAACGCGTATTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAACGTACATG
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* * * * * *
1472 ATTTCGGCTAAAATTTTGCA-AAAATTG-AACTGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAAT
129 ATTTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAAC-GAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAAT
* * ** *** * * *
1534 ATGCATAAAAAACATATAATTGAA-GCCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
191 AT-CATAAAAAATATATAATTCAACG-CCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGG
* * *
1598 TTTTTC--CTA-TTTTTTCCAAATTAA-TTTTCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAG--C--A
254 TTTTTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCT-GATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
1655 AACATA--TCCTTAAAT
318 AA-ATATTTCCTTAAAT
** * *
1670 CCAATAAGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCTGCGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * *
1735 TGTAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTCAGCCAGAACCCGTGATGGTTAATACACGAT
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* *
1800 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGACCACAATACTC
130 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TC
* *
1865 ATAAAAAA-AAATATATTCAACG-C-AAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCCTCAAATAT-G----
194 ATAAAAAATATATA-ATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTT
* * * *
1922 ----TT-TTTTTTTCGAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAATAT
258 TCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA-AT
1982 ATTTCCTTAAAT
322 ATTTCCTTAAAT
* * * *
1994 CCAATGTGGCTGACATTTGATTACATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTCTGCGCTAAAAATCA
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* * * * ** * *
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* * * *
2122 TTTAGCT-AAATATTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTAGGACACAATACTC
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* ** *
2186 ATAAAAACTATATAATTCATGGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTT-ATGCTTTAAATATGGTTTTT
194 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT
* * * *
2250 CCTTTCTTTTTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATCAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAA
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* *
2315 GCATTTTCTTAAAT
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*
2329 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATAA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * * *
2394 TGCAAAATCT-TGTCGGAGCCCTGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAATCGTGATGGTTAACGTACAT
66 TGCAAAA-CTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAA--TACAC
* * ** * * * *
2458 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAT-AAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAAT
128 GATTTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAAT
* * * ** *** * * *
2521 ATGCATAAAAAACATATAATTGAACCCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
191 AT-CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT
* *
2586 TTTTC--CTA-TTTTTTCCAAATTAA-TTTTCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG--C--AA
255 TTTTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCT-GATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
*
2643 ACATA-AT-CTTAAAT
319 A-ATATTTCCTTAAAT
** * * *
2657 CCAATAAGACTGAGATTTGATTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
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* * * * * * *
2722 AGTAAAA-TAAGGCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAGAACCCGTGATGGTTAATACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGA-
*
2786 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTC
130 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TC
* * * * *
2851 ATAAGAAATATAT-ATTAAACG-C-AAAGTATTTAAGGGCTTTTTATGCCTCAAATAT-G-TTTT
194 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT
* * * *
2911 CTTTTTCTTTTTTTCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAAT
259 C-TTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAT
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*
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**** * * * *
3053 TGCAAAACTGAGCTAATGCTCCGGAACACGTTTTCAGCCAGAAACTGTGATCGTTAATACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
* * *
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131 TTCAGCTAAAAT-TTTGATAAAACTGAAACG-AAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-T
* * * *
3182 CATAAAAAATATATAATTCAATGCTAAAACTATTTAAGGGCTTCTCATGCCTCAAATATGGTTTT
193 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTT
* * * *
3247 TTTTTAATAATTTTTTTCTAAATTAAGTTTTGATTAAATCGAAACAAGAGTCAGATGCTCGTAAA
258 TCTTT--T-ATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AA
3312 AATATTTCCTTAAAT
319 AATATTTCCTTAAAT
*
3327 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGCTATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * * **
3392 TGTAAAACTGAGCCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACTGTGATGGATAGTACATAAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
* * * ** * * * *
3457 TTCAGTTAAAATTTTTCA-AAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATATG
131 TTCAGCTAAAA-TTTTGATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATAT-
* * * ** *** * ** * * *
3520 CATAAATAATATATAAGTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGTTTTTCACCCATCTAATATCGTATT
193 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT-TT
* * * *
3585 TTCTATT-TTTTTTTCCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAACATTCAGATGCTCGTAAAAA
257 TTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAA
* *
3649 CATATCCTTAAAT
321 TATTTCCTTAAAT
** *
3662 CCAATAAGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCT-TGACGCCAAAAATC
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTG-CGCCAAAAATC
* * * * * * * *
3726 ATACAAAACAGAGCCGGGGCCTCGGAACTCGTTTTCAACAAGAAACTGTGATGGTTAATACACTA
65 ATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGA
* *
3791 TTTTAGCT-AAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAAGATTTTCGTTAATTTTTAGGCCACAATAC
130 TTTCAGCTAAAAT-TTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTT-GGCCACAATA-
* * *
3855 TCAAAAAAATATATATAATTCAAGGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTACAAATATGGTT
192 TCATAAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTT
** * *
3920 TTTCCTTTTTATAATTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAA
256 TTT-C-TTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-A
* *
3985 AAAGATTTCCTAAAAT
318 AAATATTTCCTTAAAT
* ** *
4001 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTCTAAGCCAAAAATAA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * *
4066 TGCAAAACTGAGTCGGAGCCCTGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAATCGTGATGGTTAACGTACATG
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAA--TACACG
* * * ** * * * *
4131 ATTTCGGCTAAAATTTTGCA-ATAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATA
129 ATTTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA
* * * ** *** * * * *
4194 TGCATAAAAAACATATAATT-GAGGCCCAAAAAGATTGGCGTGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
192 T-CATAAAAAATATATAATTCAACG-CCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT
* *
4258 TTTTC--CTA-TTTTTTCCAAATTAA-TTTTCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG--C--AA
255 TTTTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCT-GATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
4315 ACATA--TCCTTAAAT
319 A-ATATTTCCTTAAAT
** * * * *
4329 CCAATAAGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * *
4394 TGTAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAATGCGTTTTCAGCCAGAACCCGTGATGGTTAATACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGA-
* *
4459 TTTCAACTAAAATTTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACTC
130 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TC
* * * *
4524 ATAAAAAATATAT-TTTCAACG-C-AAACAATTTAAGGGCTTTTCATGCCTCAGATA--------
194 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT
* * * * *
4578 -TATT-TTTTTTTCGAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAATA
259 CTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAATA
*
4641 TTTCCTTAATT
323 TTTCCTTAAAT
* * *
4652 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTATGCGCTAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * * *
4717 AGTAAAACTGAGTCGGGGCCCCGTAACGCGTTTTCAGCCAGAACCCGTGATGG-T-ATACATGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
* * * *
4780 TTTAGCT-AAATATTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTCATTAATTTTAGGCCACAATACTC
131 TTCAGCTAAAAT-TTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TC
* *
4844 ATAAAAACTATATAATTCAAGGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTT-ATGCTTCAAATATGGTTTTT
194 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT
* * * * * * * * * *
4908 CCTTCT-TTGTTTTCCAAATTAAATTCTGATCAAATCTAAACAAAATTTAGAAGCTCATAAAAGC
259 -CTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA-T
*
4972 ATTTTCTTAAAT
322 ATTTCCTTAAAT
* *
4984 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATAA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
** * * * * *
5049 TGCAAAACTTTGTCGGAGCCCTGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAATCGTGATGGTTAACATACAAG
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTT-A-ATACACG
* * * ** * * * *
5114 ATTTCGGCTAAAATTTTGCA-ATAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATA
129 ATTTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA
* * ** *** * * *
5177 TGCATAAAAAACATATAATTGAA-GACCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
192 T-CATAAAAAATATATAATTCAACG-CCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT
* * *
5241 TTTTC--CTA-TTTTTTCGAAATTAA-TTTTCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG--C--AA
255 TTTTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCT-GATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
5298 ACATA--TCCTTAAAT
319 A-ATATTTCCTTAAAT
** * *
5312 CCAATAAGGCTGAGATTTGATTAGATGGATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * * *
5377 AGTAAAA-TGAGGCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAGAACCCGTGATGG---ATACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGA-
* *
5438 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAATGAAAAGTTTTTCGTTAATATTTGGCCACAATACTC
130 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TC
* * * *
5503 ATAAGAAATATAT-ATTAAACG-C-AAAGTATTTAAGGGCTTTTCATGCCTCAAATAT-GTTTTT
194 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT
* * * *
5564 -TTTTATTTTTTTCGAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCATATACTCGTAAAAATA
259 CTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAATA
5628 TTTCCTTAAAT
323 TTTCCTTAAAT
*
5639 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTTGCGCCAAAAATCA
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* ** * * ** *
5704 TACAAAACTGAGCCGAAGCCCCGGAACGCGTTTTCTGCCATAAACCGT-AACG----TACATGAT
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* ** * * * *
5764 TTCAGCTAAAATTTTGCA-AAAATTGACCCGAAATATTTTTTC-TCAATTTTTGTCCA-AACTGT
131 TTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAA-TAT
* * * * *** ** * **
5826 GCCTAAATAATATATAATTGAACGCC-AAACAGATTGGCGGGCTTTTCACACTTCTAATAAAGTT
193 -CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAC-TATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTT
* * *
5890 TTTACTATTTTTTCCTAGTTTTTCCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
256 TTT-C--TTTTAT--T--TTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* *
5955 CGTAAAAACATTTCCTTATAT
314 CGT-AAAATATTTCCTTAAAT
* * * * *
5976 CCAATGTGGCCGAGATTTGATTAGAT-AATTATAGATATATCATTGATTCTCGGCGCCAAAAATC
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**** * * * *
6040 ATGCAAAACTGAGCAAATGCTCCGGAACACATTTTCAGCCAGAAACTGTGATGGTTAATACACGA
65 ATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGA
* *
6105 TTTCAGCT-GAATATTTGATAAAACTGAAACGAAAA-ATTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATACT
130 TTTCAGCTAAAAT-TTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-T
* * * * *
6168 CATAAAAACTATATAATTCAAGGCCAGAACTATTTAAGGGCTTCTCATGCCTCAAATATGGTTTT
193 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTT
* *
6233 TCTTTAATAATTTTTTTTCCAAATTAAATTCTGATTAAATCGAAACAAAAATT-AGATGCTCGTA
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*
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* *
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* * ** * * * *
6444 ATTTCGGCTAAAATTTTGCA-AAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATA
129 ATTTCAGCTAAAATTTTG-ATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA
* * *** * * *
6507 TGCATAAAAAATATATAATTGAACCCCAAAA-TGATTGGCGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
192 T-CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACT-ATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT
* *
6571 ATTTTC---TATTTTTTTCCAAATTAA-TTCTGATTAAATAGAAACAACATTCAGATGCTCGTAA
255 -TTTTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-A
* *
6632 AAACATATCCTTAAAT
318 AAATATTTCCTTAAAT
*
6648 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATATCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* *
6713 TGTAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTATCAGCCAGAAACCGTGAT-G--AATACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
* *
6775 TTCAGTTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTTGCCACAATACTCA
131 TTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TCA
* * * *
6840 TAAAAAATATATAATTCAACGCTAAGACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAGTAT-ATTTTT-
195 TAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTC
*** * * * * *
6903 TAAAAATTTTTTTGTCCCAATTAAGTTTTGATTAAATTGAAACAAAATTCATATGCTCGTAAAAA
260 T-TTTA-TTTTTT-TCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAA
* * *
6968 CATATACTTAAAT
321 TATTTCCTTAAAT
* * * * * * * *
6981 ACAATGTAGCTGATATTTGAATAGATGAATATAGATATGTCAATCAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
** *
7046 TGTTAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
* * **
7111 TTCAGTTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTCTTGGAAACAATACTCA
131 TTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TCA
* *
7176 T-AAAAA-ATAT-ATTCAACG-CAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCCTCAAATATGGTTTTTT
195 TAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTC
* *
7237 TTTAATATTTTTTTTCTAAATTAAGTTCTGATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
260 TTT--TA-TTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAA
7302 TATTTCCTTAAAT
321 TATTTCCTTAAAT
*
7315 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGCTATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* * * * *
7380 TGTAAAACTGAGCCGGAGCCCCGTAACGCGTTTTCAACCAGAAACTGTGATGTACATGATTTCAA
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATG-----G--TT--A
* * * * * * *
7445 CCAGAACCCGTGATGGTT-A-ATACACGATTTCAACTAAAATTTTGATAAAACTGAAACAAAAAG
122 --A-TACAC--GAT--TTCAGCTA-A-AATTT----T-GAT-------AAAACTGAAACGAAAAG
* * * *
7508 TTTTTCGTTAATTTTAGGCCACAATACTCATAAAAACTATATAATTCAAGGCCAAAACTACTTAA
166 TTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAA
* *
7573 GGGCTTTTCATGTTTCAAATATGGTTTTTCCTCTT-TTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAAT
230 GGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTT-CTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAAT
* * *
7637 CGAAACAA-ATTTTAGATGCTCGTAAAAACATTTCCATAAAT
294 CGAAACAAGA-TTCAGATGCTCGT-AAAATATTTCCTTAAAT
* * *
7678 CCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATAA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
* *** * * * * **
7743 TGCAAAACTAAGTATGAGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACTGTGATGGATAGTACATAAT
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
* * * ** * * * *
7808 TTCAGTTAAAATTTTTCA-AAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGCCCAAAATATG
131 TTCAGCTAAAA-TTTTGATAAAACTGAAACGAAA-AGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATAT-
* * * ** *** ** * *
7871 CATAAATAATATATAAGTGAACGCCAAAAAGATTGGCGGGCTTTTCACCCTTCTAATATCGTATT
193 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGT-TT
* * *
7936 TTC---TATTTTTTTCCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAACATTCAGATGCTCGTAAAAA
257 TTCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAA
* *
7998 CATATCCTTAAAT
321 TATTTCCTTAAAT
* *
8011 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATATCAATGAGTCTCTGCGCTAAAAATCA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
** * * *
8076 TATAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTCAGCCAGAACCCGTGATGGTTAAATACACGA
66 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTT-AATACACGA
* *
8141 TTTCAGCTTAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTCTGGCCACAATACTC
130 TTTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATA-TC
* * * *
8206 ATAAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAACTATTTAAGGACATTTCATGCTTCAATTATGG-TTT
194 AT-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTT
* * * * * * *
8270 T-TTTTAATTTTTTCCAAATTAAGTTTTGATTAAAACGAAATAAAATTCATATGCTCGTAAAAAC
258 TCTTTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAT
8334 ATTTCCTTAAAT
322 ATTTCCTTAAAT
* *
8346 CCAATGTGGCCGAAATTTGA
1 CCAATGTGGCTGAGATTTGA
8366 ATTT
Statistics
Matches: 6645, Mismatches: 1057, Indels: 656
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
317 39 0.01
318 41 0.01
319 14 0.00
320 100 0.02
321 130 0.02
322 62 0.01
323 238 0.04
324 143 0.02
325 134 0.02
326 111 0.02
327 291 0.04
328 597 0.09
329 121 0.02
330 73 0.01
331 113 0.02
332 300 0.05
333 423 0.06
334 718 0.11
335 769 0.12
336 304 0.05
337 246 0.04
338 293 0.04
339 558 0.08
340 113 0.02
341 179 0.03
342 52 0.01
343 10 0.00
344 167 0.03
345 1 0.00
346 3 0.00
347 3 0.00
348 10 0.00
349 6 0.00
350 6 0.00
351 2 0.00
354 2 0.00
355 1 0.00
356 1 0.00
358 1 0.00
362 44 0.01
363 173 0.03
364 4 0.00
365 8 0.00
366 39 0.01
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCTGCGCCAAAAATCA
TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAGAAACCGTGATGGTTAATACACGAT
TTCAGCTAAAATTTTGATAAAACTGAAACGAAAAGTTTTTCGTTAATTTTTGGCCACAATATCAT
AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACTATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCAAATATGGTTTTTCT
TTTATTTTTTTCCAAATTAAGTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATATTT
CCTTAAAT
Done.