Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017969.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18002, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 2453--2510 Score: 71
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2443 CTGTTTAGCA
2453 ACTGTACAGATGAGATTAC
1 ACTGTACAGATGAGATTAC
* * *
2472 ACTGTACACATTAGATTAAAT
1 ACTGTACAGATGAGATT--AC
2493 ACTGTACAGATGAGATTA
1 ACTGTACAGATGAGATTA
2511 TTAGAGCAAC
Statistics
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0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.50
21 16 0.50
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ACTGTACAGATGAGATTAC
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Indices: 3647--8945 Score: 4767
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3637 ATGGTATGTT
* * * * *
3647 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAAATTTTTTGCAACA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC-AATTTTTGGCCACA
* * * **
3712 ATACACATAACAAATATATAATTCAACGCC-AATTAATTCTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATAT
65 ATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATT-TAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATAT
* * * *
3776 AATTTTTCTTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTTAAA
129 CATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA
* * *
3841 GATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATGTTTTAAGGAGTCTT
194 AATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* * * * *
3906 GCTGCCGAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGACCCAGAACGCGCGGTTTTAGCCAAAAACAGTG
259 GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGG-CCTAGAA--CGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTG
3971 ATGGTTAGTA
321 ATGGTTAGTA
* * * * *
3981 TACGATTTCGACCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCACTTTTTGGCCATAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * * * *
4046 AACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAATATAAGGGCTTTTCATGCTT-TAATATCG
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
* * **
4110 TTTTTCCTA-TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTGAGATGCTCGTAAAACC
131 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
* * *
4174 TTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAAATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
196 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
* * * * *
4239 TGCCAACAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGG
261 TGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
4304 TTAGTA
325 TTAGTA
* *
4310 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTTGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * * * *
4375 TACTCATAACAAATATATAATTCAACGCCAATAAATTTTAAGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATAA
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
*
4440 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
131 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
* * *
4505 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAAATGTTTTAAGGAGTCTTGC
196 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
* * * *
4570 TGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGTGACCTAGAACGCGCAGTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
261 TGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGG-GGCCTAGAACGCG--TTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
*
4635 GATTAGTA
323 GGTTAGTA
* * * ** *
4643 TACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAAATTTTCCTCCCTTTTTGGCCAAAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * * * * * *
4708 AACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAGTATAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATCG
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
* * * * **
4773 TTTTACCTA-TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAGATAATTGAGATGCTCGTAAAACC
131 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
* * * *
4837 TTATCCTTAAATCCATGGTGTCTGATATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
196 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
* * * **
4902 TGCCAACAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAGGAACGCG-TTTTAGCCAAAAATTGTGATGG
261 TGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
4966 TTAGTA
325 TTAGTA
* * *
4972 CACAATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAAGTTTTT-GCCACA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTGGCCACA
* * ** *
5036 ATACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATCAATTTTAAGGGCTTTTTCAGGCTTCTAATAT
65 ATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGC-TTTTCAGGCTTCTAATAT
* * *
5101 AATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA
129 CATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA
* * *
5166 AATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTAAGATGAATATAAATGTTTTAAGGAGTCTT
194 AATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* * * * *
5231 GCTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCAAAACGCACGTTTTTAGCGAAAAACAGTG
259 GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGG-CCTAGAACG--CGTTTTTAGCCAAAAACAGTG
5296 ATGGTTAGTA
321 ATGGTTAGTA
* * * *
5306 CACGATTTCGGTCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAGATTTTTCCTCACTTTTTGGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * * * *
5371 TACGCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATCG
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
* * * * *
5436 GTTTTCCTA-TTTTCCGAATGAATTTCTAACTAAAAT-GAAACATAATTAAGATGCTCGTAAAAC
131 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAA-TTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * * * *
5499 CTTATCCTTAAATCC-TCTGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAAAATAGATAATTTAAAGAGTCTT
195 ATTATCCTTAAATCCAT-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* *
5563 GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTTTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT
259 GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
5628 GGTTAGTA
323 GGTTAGTA
5636 CACGATCTT-GGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
1 CACGAT-TTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* * * * *
5700 ATACACCAT---AAA-A-ATAACTCAATGCCAATAAAATTTAAGGACTTTTCAAGCTTCTAATAT
65 ATAC-TCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATAT
* *
5760 CATTTTTCCTATTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT-A---AG--GCTTGTAAAA
129 CATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA
* *
5819 AATTATTCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT-AAGTATAAATATTTTAAGGA----
194 AATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA-TATAGATATTTTAAGGAGTCT
* * * *
5879 ----GCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAACC-AAAACAGTCA
258 TGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGA
*
5939 TGATTAGTA
322 TGGTTAGTA
* * *
5948 CATGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCATAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * ** * * * ** ** * **
6013 AACTCTTAAAAAATATATAATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGGCTTTAGACGGGGTCGT-TTGG
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA-GGCTTC-TAATAT
* * * * ** *** *** * ** ** * *
6077 CATCGTTTT-C-GTTTTTCTG--TT-TTTTGTTTTTGTTTCGTTTTCGTTTTGTTTTTGTTGCGC
129 CAT--TTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG-AAAC---ATAATTCAGATGCTC
** *** ** ** * * * * ** ** *
6137 TGCCAATTTTTGAAAAC--AAAAACATGTTTGGATATACAATTT-AATAGTATGTTTTTA-A-A-
188 -GTAAAAAATT--ATCCTTAAATCCAT-TGTGGCT-GA-GATTTGGTTAG-ATGAATATAGATAT
* ** **** ** ** * ***
6196 -TAAAAAAG--TAAAAGAAAAAAATGGT-TAAAAGC-ATGT-GAGTTACT-GTTCATCACTGTGC
246 TTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAA-CTATGTCG-GGGCCTAG---A--AC---GC
* * * * **
6254 TTCTATGTTTTG-GAAAAACA-TGA----AAACA
301 --GT-T-TTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTA
** ** *** * * * * **
6282 CAAAATTCTTGCTTCCACTTTTTTCCAAAACACTGCTTCTGTTTCCAAAATTTTTGAAACCGGAA
1 CACGA-T-TT-CGGCCAAAATTTTGCAAAA-ACTG-TCCCG----AAAAATTTTT----CC-TCA
** * * * * * * * *
6347 ACAGTCT-GCCA-AATATGTTTTCACTGTTTTGTTTCCAAAAACAGGA-AATTGGAAACAG-AAA
52 A-TTTTTGGCCACAATA----CTCA----------T-AAAAAATA-TATAACT--CAAC-GCCAA
*** ** * ** ** **** * * **
6408 ACAGGAAACAAAAACG-ATGCCAAACGAGAAATTTTCGTTTTT-CTAATTTTTTTTGAATTAATT
97 A-A--AAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA-TATCATTTTTCCT-A-TTTTTCCGAATTAATT
* * * *
6471 TTTAATTAAATCGAAACATAAATCAGATGCTCGTAAAAACA-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
156 TCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA-ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTG
* * ** * ** * *
6535 AGAATGGGTTAGATGAATATAGATATTACAACGACACTTGGC-GCCAAAAATCATGCAAAACTGT
220 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT-GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTAT
* * * *
6599 GTCGGGTCCAAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTA-TGATAGGTTAGTA
284 GTCGGGGCC-TAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-AGTGAT-GGTTAGTA
* ** *
6648 CACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTACTCCTCAATTTTTTGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * *
6713 TACTCA-AAAAAAAATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGTTTCTAATATCA
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
* *
6777 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTGAGTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
131 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
* * *
6842 TTATTCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGC
196 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
* * *
6907 TGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGTCCCTAGAACGCGCCTTTTTAG-CACAAAACAGTGA
261 TGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGG-GCCTAGAACGCG--TTTTTAGCCA-AAAACAGTGA
*
6971 CGGTTAGTA
322 TGGTTAGTA
* *
6980 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAA-TAGTCCCGAAAAATATATT-CTCAATTTTTTTGCCA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACT-GTCCCGAAAAAT-TTTTCCTCAA-TTTTTGGCCA
* * ** * *
7043 CAATACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATCAATTTTAAGGGCTTTTCAGGCCTCTAATA
63 CAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATA
* * * *
7108 TAATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCGGATGCTCGTAAA
128 TCATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAA
* * *
7173 AAATTATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTGGTTACATGAATATTA-ATGTTTTAAGGAGTC
193 AAATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA-TAGATATTTTAAGGAGTC
* * * *
7237 TTGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCAGAATGCGCGTTTTTAGCGAAAAACAG
257 TTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGG-CCTAGAA--CGCGTTTTTAGCCAAAAACAG
7302 TGATGGTTAGTA
319 TGATGGTTAGTA
** * * * *
7314 CACGATTTCGATCAAAATTTTGCAAAAATTATCCCGAAAGA-TTTTCCTCACTTTTTGGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * * * *
7378 TACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAATTTAAGAGCTTTTCATGCTTATAATATCG
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
* * **
7443 TTTTTCCTA-TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCATATGCTCGTAAAACC
131 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
** *
7507 TTATCCTTAAATCCATTGTATCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
196 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
* * ** * *
7572 TGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAAGGCAATATTAGCCAAAAACTGTGATGG
261 TGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGG
7637 TTAGTA
325 TTAGTA
* * * *
7643 CACGATCTCTGCCAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * *
7708 TACACCATAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGGCTTTTTAGGCTTCTAATATC
66 TAC-TCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATC
* * * *
7773 ATTTTTCCTATTTTTCTGATTTAATTTCCAATTAAATAGAAACAT-A---AG--GCTCGTAAAAA
130 ATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * *
7832 ATTATTCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTG
195 ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTG
* * * *
7897 CTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTTGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTCATG
260 CTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATG
7962 GTTAGTA
324 GTTAGTA
* *** * *
7969 CATGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCATAAAAAATTTTTCCTCATTTTTTGGCCATAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * ** * * * ** * *
8034 TACTCTTGAAAAATATATAATTCAAATCCAAAAAGATTGAAGCGCTTTAGACGCTTC-AATTTTC
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAA-TATC
* * * *
8098 GTTTTT-CTAATTTTTTTCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAACTCAGATGCTCGTAAA
130 ATTTTTCCT-A-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * ** * **
8162 AACA-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATTGATATTACAATGACAC
193 AA-ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTC
* * * * * * *
8226 TTGGC-GCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGTCCAAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGT
257 TT-GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCC-TAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGT
8290 GATAGGTTAGTA
320 GAT-GGTTAGTA
* *
8302 CACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTACTCCTCAATTTTT-GCCACA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTT-TTCCTCAATTTTTGGCCACA
*
8366 ATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATAT
65 AT-ACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATAT
8431 CATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA
129 CATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAA
* * *
8496 AATTATTCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTT
194 AATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
** * *
8561 GCTGGAAAAAATCATCCAAAACTATGCCGGGGCCTAGGAACGCATTTTTAGCCAAAAAC--TG-T
259 GCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTA-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
*
8623 --TAACGTA
323 GGTTA-GTA
* * * * ** *
8630 TACGATTTCGGTCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCAAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTGATCTCAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * ** * * * ** **
8695 CACTCATAAAAAATATATAATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGGCTTTAGACACTTC-AAT-T--
66 TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
* * * *
8756 TTCGTTTCTTAATTTTTTCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCACATGCTCGTAAA
131 TT--TTTCCT-ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * *** *
8821 AACA-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGAAGAATATAGATATCACAATGACAG
193 AA-ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAA-G-GAG
* * * * * * *
8885 T-TGGC-GCCAGAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGTCCCAAGAACGCATTTTTAGCCAAAAAC
255 TCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGG-GCCTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
8946 TGTACATGCA
Statistics
Matches: 4015, Mismatches: 750, Indels: 408
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
311 4 0.00
312 77 0.02
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314 12 0.00
315 4 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
TACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCA
TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGC
TGCCAAAAATCATCCAAAACTATGTCGGGGCCTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGT
TAGTA
Found at i:5235 original size:663 final size:658
Alignment explanation
Indices: 3647--8948 Score: 5121
Period size: 663 Copynumber: 8.0 Consensus size: 658
3637 ATGGTATGTT
* *
3647 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAAATTTTTTGCAACA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTC-AA-TTTTTGCCACA
* * * *
3712 ATACACATAACAAATATATAATTCAACGCCAATTAATTCTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATA
64 ATACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATAAATTTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATA
* * *
3777 ATTTTTCTTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTTAAAG
129 ATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
*
3842 ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATGTTTTAAGGAGTCTTG
194 ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTG
* *
3907 CTGCCGAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGACCCAGAACGCGCGGTTTTAGCCAAAAACAGTGA
259 CTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGG-CCTAGAACGCGC-GTTTTAGCCAAAAACAGTGA
* * *
3972 TGGTTAGTATACGATTTCGACCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCACTTTT
322 TGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAAATTTTCCTCACTTTT
* * *
4037 TGGCCATAAAACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAATATAAGGGCTTTTCATGCTT
387 TGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAGTATAAGGGCTTTTCATGCTT
*
4102 -TAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTGAGATGCTC
452 ATAATATCG-TTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTC
*
4166 GTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAAATGAAAATAGATATTTTAAGG
516 GTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGG
* * *
4231 AGTCTTGCTGCCAACAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAAC
581 AGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCG-TTTTAGCCAAAAAC
4296 TGTGATGGTTAGTA
645 TGTGATGGTTAGTA
*
4310 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTTGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAA-TTTTTGCCACAA
* *
4375 TACTCATAACAAATATATAATTCAACGCCAATAAATTTTAAGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATAA
65 TACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATAAATTTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATAA
* *
4440 TTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
130 TTTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAA
* *
4505 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAAATGTTTTAAGGAGTCTTGC
195 TTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGC
*
4570 TGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGTGACCTAGAACGCGCAGTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
260 TGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGG-GGCCTAGAACGCGC-GTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
* * *
4635 GATTAGTATACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAAATTTTCCTCCCTTTTT
323 GGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAAATTTTCCTCACTTTTT
* *
4700 GGCCAAAAAACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAGTATAAGGGCTTTTCATGCTTA
388 GGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAGTATAAGGGCTTTTCATGCTTA
* *
4765 TAATATCGTTTTACCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAGATAATTGAGATGCTCG
453 TAATATCGTTTT-CCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCG
* *
4830 TAAAACCTTATCCTTAAATCCATGGTGTCTGATATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGA
517 TAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGA
* * *
4895 GTCTTGCTGCCAACAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTAGCCAAAAATTG
582 GTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTAGCCAAAAACTG
4960 TGATGGTTAGTA
647 TGATGGTTAGTA
*
4972 CACAATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAAGTTTTTGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAA-TTTTTGCCACAA
*
5037 TACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATCAATTTTAAGGGCTTTTTCAGGCTTCTAATATA
65 TACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATAAATTTTAAGGGC-TTTTCAGGCTTCTAATATA
*
5102 ATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
129 ATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
* *
5167 ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTAAGATGAATATAAATGTTTTAAGGAGTCTTG
194 ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTG
* * * *
5232 CTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCAAAACGCACGTTTTTAGCGAAAAACAGTGA
259 CTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGG-CCTAGAACGCGCG-TTTTAGCCAAAAACAGTGA
* * *
5297 TGGTTAGTACACGATTTCGGTCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAGATTTTTCCTCACTTTT
322 TGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAAATTTTCCTCACTTTT
* * *
5362 TGGCCACAATACGCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTT
387 TGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCATCGCTAAAAAAGTATAAGGGCTTTTCATGCTT
* * * *
5427 ATAATATCGGTTTTCCTATTTTCCGAATGAATTTCTAACTAAAAT-GAAACATAATTAAGATGCT
452 ATAATATC-GTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAA-TTAAATCGAAACATAATTCAGATGCT
* *
5491 CGTAAAACCTTATCCTTAAATCC-TCTGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAAAATAGATAATTTAA
515 CGTAAAACCTTATCCTTAAATCCAT-TGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAA
* *
5555 AGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTTTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA
579 GGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCG-TTTTAGCCAAAA
5620 ACTGTGATGGTTAGTA
643 ACTGTGATGGTTAGTA
* *
5636 CACGATCTT-GGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
1 CACGAT-TTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAATTTTT-GCCACA
** * * * * * *
5700 ATA--CACCATAAA-A-ATAACTCAATGCCAATAAAATTTAAGGACTTTTCAAGCTTCTAATATC
64 ATACTCATAATAAATATATAATTCAACGCCAATAAATTTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATA
* * *
5761 ATTTTTCCTATTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT-A---AG--GCTTGTAAAAA
129 ATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
*
5820 ATTATTCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT-AAGTATAAATATTTTAAGGA-----
194 ATTATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA-TATAAATATTTTAAGGAGTCTT
* ** * * * *
5879 ---GCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAGGAACGCG-TTTTTAACC-AAAACAGTCA
258 GCTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCTA-GAACGCGCGTTTTAGCCAAAAACAGTGA
* * * *
5939 TGATTAGTACATGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAAATTTTTCCTCAATTT
322 TGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAAA-TTTTCCTCACTTT
* * * * *
6003 TTGGCCATAAAACTCTTAAAAAATATATAATTCAAATC-C--AAAAAG-ACTGAAGGGCTTTAGA
386 TTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTC--ATCGCTAAAAAAGTA-T-AAGGGCTTT--T
** *** * * ** ** ** *** ****
6064 CGGGGTCGTT-TGGCATCGTTTTCGT-TTTTCTGTTTTTTGTTTTTGTTTCGTTTTCGTTTTGTT
445 C-ATG-C-TTATAATATCGTTTTCCTATTTTCCG-AATTAATTTTTAATT--AAATCG---AAAC
* ** * ** *** ** * * **
6127 TTTGTTGC-GCTGCCAATTTTTGAAAACAAAAACATGTTTGGATATACAATT-T-AAT-AGTATG
501 ATAATT-CAGATG-C---TCGT-AAAAC---CTTATCCTT--AAAT-CCATTGTGTCTGAG-AT-
* * * * * * * *** * * *
6188 TT-TTTAAATAAAAAAGTAAAAGAAAAAAATGGTTAA-AAG-CATG-TG--AGTTA-CTGTTCAT
552 TTGGTTAGAT-GAAAA-T---AG----ATAT-TTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATC-ATCCAA
* *** ** * ** * *** * * * ** **
6246 CACTGTGCTTCTATGTTTTGGAAAAACATGAAAACACAAAATTCTTGCTTCCACTTTTTTCCAAA
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6311 A
658 A
* * * * * ** * ** *
6312 CACTG-CTTCTGTTTCCAAAATTTTTGAAACCGGAAACAGT-CTGCCAAATATGTTTTCACTGTT
1 CAC-GATTTC-G--GCCAAAA-TTTTGCAA----AAACTGTCCCGAAAAATATATCCTCAAT-TT
* ** * * * ** * * * **
6375 TTGTTTCCA-AAAACAGGA-AATTGGAA-ACAGAA---AACAGGAAACAAA----AA-CG-ATGC
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** **** * ** * *
6428 CAAACGAGAAATTTTCGTTTTT-CTAATTTTTTTTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAA
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* * * * *
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* ** * ** ** * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * ** *
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* *
6940 TA-GAACGCGCCTTTTTAG-CACAAAACAGTGACGGTTAGTA
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*
6980 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAA-TAGTCCCGAAAAATATATTCTCAATTTTTTTGCCAC
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACT-GTCCCGAAAAATATATCCTCAA--TTTTTGCCAC
* *
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* *
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* * * *
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* * *
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** * *
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* * *
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*
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* ** * * * *
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* * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * *
8086 GCTTCA-ATTTTCGTTTTTCTAATTTTTTTCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAACTCA
448 GCTT-ATAATATCGTTTTCCT-A--TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCA
* ** * * * * *
8150 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATTGATAT
509 GATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATAT
** * ** * * * * * *
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* *
8302 CACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTACTCCTCAATTTTTGCCACAA
1 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATATA-TCCTCAATTTTTGCCACAA
* * * *
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*
8432 ATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
129 ATTTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAA
* *
8497 ATTATTCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTG
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** * * * **
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259 CTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCTA-GAACGCGCGTTTTAGCCAAAAACAGTGAT
* * * * *
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** * * * **
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386 TTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTC--ATCGCTAAAAAAGTA-T-AAGGGCTTTTCA
** * * * *
8746 CACTTCA-ATTTTCG-TTTCTTAATTTTTTCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCA
447 TGCTT-ATAATATCGTTTTCCT-A-TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCA
* * ** * * * * *
8809 CATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGAAGAATATAGATAT
509 GATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATAT
*** * * * * * * * *
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*
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* *
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1 TAGACAAGTCTTTTACTCTCTTAT-AAATACTTACCATGTAAATTGTACCTAATAAATCTATTAA
*
17248 TTATAAATACCAGA-TTTCTTGACTA-ATTTAATTAGATCAATTGACTTTTATTTTGATAATTAA
65 TTATAAATACCAGATTTTCTTGAC-AGATTTAATTAGATCAATTGACTTTTATTCTGATAATTAA
17311 TATAGATTACATTTTAGAAAAGGAAACAATAGGAAATCAAA
129 TATAGATTACATTTTAGAAAAGGAAACAATAGGAAATCAAA
17352 AGGCAATTTA
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TAGACAAGTCTTTTACTCTCTTATAAATACTTACCATGTAAATTGTACCTAATAAATCTATTAAT
TATAAATACCAGATTTTCTTGACAGATTTAATTAGATCAATTGACTTTTATTCTGATAATTAATA
TAGATTACATTTTAGAAAAGGAAACAATAGGAAATCAAAGGTATG
Found at i:30733 original size:15 final size:15
Alignment explanation
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30703 AACCCTTTTT
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1 CAAATCCTAAAACAG
*
30743 AAAAT
1 CAAAT
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Statistics
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15 19 1.00
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Consensus pattern (15 bp):
CAAATCCTAAAACAG
Found at i:36344 original size:20 final size:20
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Indices: 36319--36360 Score: 84
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36309 GCTCTCCCTC
36319 TCCTCATTCTTCCAGGTAAT
1 TCCTCATTCTTCCAGGTAAT
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Statistics
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TCCTCATTCTTCCAGGTAAT
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Alignment explanation
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39431 CCTTATCGGA
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1 AACGCAAAAATATGGTTTATGGTGGAATT
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1 A
39500 TTAAGAATAA
Statistics
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Done.