Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017973.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18006, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 900
Length: 1500
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Found at i:785 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 4--1499 Score: 1735
Period size: 330 Copynumber: 4.5 Consensus size: 328
1 GAT
**
4 CCAAAAATTGAGGAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGTTGAAATCGTGTACTAA
1 CCAAAAATTGAGG-AAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAA
*
69 CTATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCG
65 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCG
* * * * *
134 CCAAGTCTCATTGAACTATCTATATACA--TAAACATAATTCTCAGCCACA-CTAGATTTAAGGA
129 CCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCA-AA-TCTCAGCCACATCGA-ATTTAACGA
* * *
196 TTTGTTTTTACGACCATCAGAAACTGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT--AAAAATAGGAAA
191 TTTGTTTTTACGACCATCAGAATCTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAGAAAAATAGAAAA
* *
259 ACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTGGCGTTGAATTTTATATTATTTTATGA
256 ACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAA-CCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTATGA
*
324 GTATTGTT-C
320 GTATT-TTGA
* * * * ** *
333 CCAAAACTTGAGGAAAATCTTTCTGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTATC
1 CCAAAAATTGAGGAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAAC
* * ** * * * * *
398 CATAACAATTTTTGGATAAAAACGTGTTCCGGGGCCCTGGCTAAGTTTTGCATAATTTTTTA-CG
66 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCC-GTCTCAGTTTTGCATAA-TTTTTAGCG
* ** * * * *
462 CCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCAACATCGAATTTAACGATTT
129 CCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATCGAATTTAACGATTT
* * * *
527 GTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAATAAGAAAAA
194 GTTTTTACGACCATCAGAATCTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAA-TTAGAAAAAT-AGAAAAA
* * * *
592 CGATATTAGAAGCGTGAACACCCCTTCAACCTTTTTGACGTTGAATTATATA-T-TTTTATGAGT
257 CGATATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTATGAGT
655 ATTTTGA
322 ATTTTGA
* * *
662 CCAAAAATTGAGGATAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTATACCAA
1 CCAAAAATTGAGGA-AAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAA
* *
727 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAAGTCCCGTCTCGGTTTTGCATAATTTTTAGCG
65 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCG
* * ** *
792 CCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCACCCCGAATTTAAGGATTT
129 CCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATCGAATTTAACGATTT
* * *
857 GTTTTTACGACCTTCAGAAAT-TGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAAAAAAATAGGAAAAC
194 GTTTTTACGACCATCAG-AATCTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAGAAAAATAGAAAAAC
* * *
921 GATATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTATTTTATGAGTA
258 GATATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTATGAGTA
* *
986 TTGTGC
323 TTTTGA
* * ** * * * *
992 CCAAAACTTGAGGAAAATCCTT-CTTGTCCATGTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAT
1 CCAAAAATTGAGGAAAA-ACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * * *
1056 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGGCCTGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTTA-C
65 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGTCCCGTCTCAGTTTTGCAT-AATTTTTAGC
* ** * * * *
1120 GCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCCACATTGAATTTAACGATT
128 GCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATCGAATTTAACGATT
** * * * *
1185 TGTTTTTACGATTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTTATTTAGGAAAAATAAGAAA
193 TGTTTTTACGACCATCAGAATCTGGTTTCAATTTAATTAAAAA-TTAATTA-GAAAAAT-AGAAA
* * * * *
1250 AACGATATTAGAAGCGTGAACATCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATCATATA-T-TTTTATAA
255 AACGATATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTATGA
*
1313 GTATTTTTA
320 GTATTTTGA
* * * *
1322 ACAAATATTGAGGAAAAAACTTAC-GGTCAATTTTTACGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 CCAAAAATTGAGG-AAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAA
* *
1386 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGATCCCGTCTCAGTTTTGCATAATGTTTAGCG
65 CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-TCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCG
* *
1451 CCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCACA
129 CCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
1500 A
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 174, Indels: 53
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
327 6 0.01
328 224 0.23
329 241 0.25
330 367 0.38
331 45 0.05
332 83 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
CCAAAAATTGAGGAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAAC
TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCGCC
AAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATCGAATTTAACGATTTGT
TTTTACGACCATCAGAATCTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAGAAAAATAGAAAAACGAT
ATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATTTTATGAGTATTT
TGA
Found at i:1352 original size:659 final size:658
Alignment explanation
Indices: 5--1498 Score: 2451
Period size: 659 Copynumber: 2.3 Consensus size: 658
1 GATC
**
5 CAAAAATTGAGGAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGTTGAAATCGTGTACTAAC
1 CAAAAATTGAGGAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
*
70 TATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCGC
66 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCGC
* * * * *
135 CAAGTCTCATTGAACTATCTATATACATA-AACATAATTCTCAGCCA-CACTAGATTTAAGGATT
130 CAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAA-TTAAATCTCAGCCACCACGAGATTTAAGGATT
*
198 TGTTTTTACGACCATCAGAAACTGGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTAAAAATAGGAAAACGA
194 TGTTTTTACGACCATCAGAAACTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAAAAATAGGAAAACGA
* * *
263 TATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTGGCGTTGAATTTTATATTATTTTATGAGTAT
259 TATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTGGCATTGAATTATATATTATTTTATGAGTAT
* * * *
328 TGTTCCCAAAACTTGAGGAAAATCTTTCTGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGACGAAATCGTGTA
324 TGTGCCCAAAACTTGAGGAAAATCCTTCTGGTCAATGTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTA
393 CTATCCATAACAATTTTTGGATAAAAACGTGTTCCGGGGCCCTGGCTAAGTTTTGCATAATTTTT
389 CTATCCATAACAATTTTTGGATAAAAACGTGTTCCGGGGCCCTGGCTAAGTTTTGCATAATTTTT
458 TACGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCAACATCGAATTTAACG
454 TACGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCAACATCGAATTTAACG
523 ATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAATAAGA
519 ATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAATAAGA
* *
588 AAAACGATATTAGAAGCGTGAACACCCCTTCAACCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTATGA
584 AAAACGATATTAGAAGCGTGAACACCCCTTCAACCTTTTTGACGTTGAATCATATATTTTTATAA
*
653 GTATTTTGAC
649 GTATTTTGAA
* * *
663 CAAAAATTGAGGATAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTATACCAAC
1 CAAAAATTGAGGAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* *
728 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAAGTCCCGTCTCGGTTTTGCATAATTTTTAGCGC
66 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCGC
*
793 CAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCACCCCGA-ATTTAAGGATTT
130 CAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCACCACGAGATTTAAGGATTT
* *
857 GTTTTTACGACCTTCAGAAATTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAAAAAAATAGGAAAACG
195 GTTTTTACGACCATCAGAAACTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATT--AAAAATAGGAAAACG
922 ATATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTTGGCATTGAATTATATATTATTTTATGAGTA
258 ATATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTGGCATTGAATTATATATTATTTTATGAGTA
* *
986 TTGTGCCCAAAACTTGAGGAAAATCCTTCTTGTCCATGTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGT
323 TTGTGCCCAAAACTTGAGGAAAATCCTTCTGGTCAATGTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGT
* ** * * * *
1051 ACTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGGCCTGGCTCAA-TTTTGCTTGATTT
388 ACTATCCATAACAATTTTTGGATAAAAACGTGTTCCGGGGCCCTGGCT-AAGTTTTGCATAATTT
* *
1115 TTTACGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCCACATTGAATTTAA
452 TTTACGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCAACATCGAATTTAA
* *
1180 CGATTTGTTTTTACGATTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTTATTTAGGAAAAATA
517 CGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTA-GAAAAATA
* *
1245 AGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAACATCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATCATATATTTTTA
581 AGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAACACCCCTTCAACCTTTTTGACGTTGAATCATATATTTTTA
*
1310 TAAGTATTTTTAA
646 TAAGTATTTTGAA
* *
1323 CAAATATTGAGGAAAAAACTTAC-GGTCAATTTTTACGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
1 CAAAAATTGAGGAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* *
1387 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGATCCCGTCTCAGTTTTGCATAATGTTTAGCGC
66 TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-TCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCGC
1452 CAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCAC
130 CAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCAC
1499 AA
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 52, Indels: 15
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
657 1 0.00
658 217 0.28
659 412 0.53
660 146 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (658 bp):
CAAAAATTGAGGAAAAAACTTACGGGTCAATTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCGCC
AAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATATAATTAAATCTCAGCCACCACGAGATTTAAGGATTTG
TTTTTACGACCATCAGAAACTGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTAAAAATAGGAAAACGATA
TTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTGGCATTGAATTATATATTATTTTATGAGTATTG
TGCCCAAAACTTGAGGAAAATCCTTCTGGTCAATGTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACT
ATCCATAACAATTTTTGGATAAAAACGTGTTCCGGGGCCCTGGCTAAGTTTTGCATAATTTTTTA
CGCCGACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGATCAAATCTTAGCAACATCGAATTTAACGAT
TTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAATAAGAAA
AACGATATTAGAAGCGTGAACACCCCTTCAACCTTTTTGACGTTGAATCATATATTTTTATAAGT
ATTTTGAA
Done.