Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018039.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18072, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2184
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Found at i:465 original size:211 final size:212
Alignment explanation
Indices: 1--572 Score: 943
Period size: 212 Copynumber: 2.7 Consensus size: 212
1 AATTAATATATGGATTAAAACACATTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAG--AAAAATGTCCAT
1 AATTAATATATGGATTAAAACACATTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAGAAAAAAATGTCCAT
* * * *
64 CTTTAAAGAATTTGGGGATGGTGGATATAATTATTTGGAGATGATGAGAAATAATTTGGGTATAA
66 CTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATAATTTGGGTATAA
* *
129 AGTATATTACTTTAGAGATACTGAATTTTGCATATTGTTTAATTATTAGATGACACTAAAATCAT
131 AGTATATTACTTTGGGGATACTGAATTTTGCATATTGTTTAATTATTAGATGACACTAAAATCAT
*
194 ATAGACGGGGTTTATTC
196 ATAGACGAGGTTTATTC
* * *
211 AATTAATATATGGATTAAAACCCCTTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAGAAAAAAATGCCCAT
1 AATTAATATATGGATTAAAACACATTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAGAAAAAAATGTCCAT
276 CTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATAATTTGGGTATAA
66 CTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATAATTTGGGTATAA
* * *
341 AGTATATTACTTTGGGGATACTGAA-TTTGTATTTTGTTTAATTATTAGATGTCACTAAAATCAT
131 AGTATATTACTTTGGGGATACTGAATTTTGCATATTGTTTAATTATTAGATGACACTAAAATCAT
405 ATAGACGAGGTTTATTC
196 ATAGACGAGGTTTATTC
*
422 AATTAATATATGGATTAAAACACTTTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAGAAAAAAAATGTCCA
1 AATTAATATATGGATTAAAACACATTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAG-AAAAAAATGTCCA
* * * *
487 TCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATATGATAATTTGGGGATGATGACAAATGATTTTGGTATA
65 TCTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATAATTTGGGTATA
*
552 AAGTATATCACTTTGGGGATA
130 AAGTATATTACTTTGGGGATA
573 TAATGGGAAT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 21, Indels: 4
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
210 49 0.14
211 101 0.30
212 188 0.56
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (212 bp):
AATTAATATATGGATTAAAACACATTTTAAAGTCAATTTTGGGTATATGAGAAAAAAATGTCCAT
CTCTAAAGAATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATAATTTGGGTATAA
AGTATATTACTTTGGGGATACTGAATTTTGCATATTGTTTAATTATTAGATGACACTAAAATCAT
ATAGACGAGGTTTATTC
Found at i:2081 original size:211 final size:211
Alignment explanation
Indices: 1423--2184 Score: 1269
Period size: 211 Copynumber: 3.6 Consensus size: 211
1413 CATATGCATT
*
1423 ATGCAAAATTCAGTATC-CTCAAAGTAATATACTTTATATCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAA
1 ATGCAAAATTCAGTATCTC-CAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAA
* *
1487 ATAATCATATCCACCATCCCCAAATTCTTTAAAGATGGACATTTTTTCTCATATACCCAAAATTG
65 ATAATCATATGCACCATCCCCAAATTCTTTAGAGATGGACATTTTTTCTCATATACCCAAAATTG
1552 ACTTTAAAAGGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATGATTTTAGTGCCA
130 ACTTTAAAAGGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATGATTTTAGTGCCA
1617 TCTAATAATTAAACAAA
195 TCTAATAATTAAACAAA
1634 ATGCAAAATTCAGTATCTCCAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAAA
1 ATGCAAAATTCAGTATCTCCAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAAA
*
1699 TAATCATATGCACCATCCCCAAATTCTTTAGAGATGGACATTTTTTTCTCATATACCAAAAATTG
66 TAATCATATGCACCATCCCCAAATTCTTTAGAGATGGACA-TTTTTTCTCATATACCCAAAATTG
* * * *
1764 ATTTTAAAAAGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTTTATATGATTTTAG-GGCA
130 ACTTTAAAAGGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATGATTTTAGTGCCA
*
1828 TTTTAATAATTAAACAAA
195 -TCTAATAATTAAACAAA
*
1846 ATGCAAAATTCAGTATCCCCAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAAA
1 ATGCAAAATTCAGTATCTCCAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAAA
* ** * * *
1911 -AACTTATATGCACCATCCCCAAATTCAATAGTGATTGACATTTTTTCTCGTATACCCAAAATTG
66 TAA-TCATATGCACCATCCCCAAATTCTTTAGAGATGGACATTTTTTCTCATATACCCAAAATTG
1975 ACTTTAAAAGGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATGATTTTAGTGCCA
130 ACTTTAAAAGGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATGATTTTAGTGCCA
2040 TCTAATAATTAAACAAA
195 TCTAATAATTAAACAAA
* * * * *
2057 CTGCAAAATTCAGTATCTCCAAAGTAATATACCTTAGACCCAAATTCTTTCTTATCATCCCCAAA
1 ATGCAAAATTCAGTATCTCCAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAAA
*
2122 TAATCATATGCACCATCCTCAAATTCTTTAGAGATGGACATTTTTTCTCATATACCCAAAATT
66 TAATCATATGCACCATCCCCAAATTCTTTAGAGATGGACATTTTTTCTCATATACCCAAAATT
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 35, Indels: 12
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
211 312 0.61
212 198 0.39
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (211 bp):
ATGCAAAATTCAGTATCTCCAAAGTAATATACTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCCCAAA
TAATCATATGCACCATCCCCAAATTCTTTAGAGATGGACATTTTTTCTCATATACCCAAAATTGA
CTTTAAAAGGTGTTTTAATCCATATATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATGATTTTAGTGCCAT
CTAATAATTAAACAAA
Done.