Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018130.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18163, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3540
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Found at i:859 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 68--3538 Score: 4331
Period size: 330 Copynumber: 10.4 Consensus size: 330
58 AACTTTGGCG
* * * * *
68 CTAAAAACGTTATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* *
133 TTCCTCAATTTTTTCCCATAATACTCGTCAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGG
66 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGG
*
198 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TTTTTTT-TGAATTAATTTCTAATTTTATCGAAACAA
130 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
* *
261 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTAAAATCCATCGTTGCAAAGATTT-GTTAGATGAATAT
195 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * ** *
325 GAATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCTA-TTCACGT
260 GGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCC-AGAACGCGT
*
389 TATTAGC
324 TTTTAGC
* * * *
396 CGT-AAACCGTGATGGTTAATAGACGATTACGACTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAAAGATT
1 C-TAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATT
*
460 TTTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATATAAAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
65 TTTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
* * *
525 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATTGAAACT
129 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACA
* * * * *
590 AGATTCAGATGCTCGTCAAAACAAATTCTTAAATCCATCGTTGCTGAGATTTGGTAAGATGAAAA
194 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * *
655 TAGATATTTCAAGGAGTCATGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACGCGT
259 TGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAACGCGT
*
720 TTTTGGC
324 TTTTAGC
* * * *
727 CTAAAATCGTGCTGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* * * * *
792 TCCCTCAATTGTTTCCCAGAATACACATAAAATTATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGC
66 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGC
* * **
857 TTTTCATGCTTCTAATATTCG-TTTTC--TTTTTTCTAAATTAATTAATAATTTAATCGAAACAA
131 TTTTCACGCTTCTAATA-TCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
* * *
919 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCATCATTGAAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
195 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * *
984 GGATATCTTAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCTCCAAAATGCAT
260 GGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG-CCGCCAGAACGCGT
1049 TTTTAGC
324 TTTTAGC
* *
1056 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGACTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGGCCCGAAAGA---
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* *
1118 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAACATTGGAGGGC
66 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGC
* *
1183 TTTTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
131 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
* * * *
1248 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCGTTGCAGTGATTTTGTTAGATGAAAAT
195 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * * * * * * *
1313 AGATATTTCAATGAGTCTTGACACCAAAAATCATGCAAAAATTAGTCGGGCCACCAGATCGCGTA
260 GGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAACGCGTT
1378 TTTAGC
325 TTTAGC
* * * *
1384 CTAAAACCGTGATGGTTGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAATTTGACCCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* *
1449 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAATTATATAATTCAACG-CAAAGAATATTGGAGGG
66 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGGAGGG
* *
1513 CTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCTTTTTTTTCCTAAATTAGTTTCTAATTTAATCGAAACA
130 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTT-CTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACA
* * * *
1577 AGATTCAGATGCTTGTAAAGACAAATCTTTAAATCCATCCTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATA
194 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * ** *
1642 TGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAGAAATCATGCAAAACTGAGTCCGGCC-CCTCAACTGAG
259 TGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAAC-GCG
******
1706 TCGGGCCC
323 TTTTTAGC
* * * * * * *
1714 CTAAACTGAGTCGGGCCCCCAATTCAAGTTATTAGC-CGTAAACCGTGATGGTTAATACACGATT
1 CTAAA---A-CCGTG------A-T--GGTTAGTA-CACG---A---TTACGGCT-A-A-A--ATT
** * *
1778 ACGACTAAAATTTTCCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTCCCAGAATAATCAT
41 TTG-C---AA--------AAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCAT
*
1843 ATAAAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCT
94 A-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-
*
1908 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
157 TTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
*
1973 TTAAATCCATCGTCGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAA
222 TTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAA
*
2038 AAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCA-AATCGCGTTATTAGC
287 AAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAA-CGCGTTTTTAGC
* *
2082 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* * * *
2147 TTCCTCAATTTGTTTTCCCATAATACTCATATAAAATATTTAATTCAATGCCAAAATGATTGGAG
66 TTCCTCAA-TT-TTTTCCCAGAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAG
*
2212 GGCTTTTCACACTTCTAATATCG------TTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAAC
128 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAAC
* * * * *
2271 AAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTACTGAGATTT-TTTAGATGAAA
193 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * * * * *
2335 ATAGATATTTCAAGGAGTCATAGTGCCAAAAATCATG-AAATACTTG-GTCGGGCCGCCAGAACG
258 ATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA-AC-TGAGTCGGGCCGCCAGAACG
*
2398 CG-TTTTAGT
321 CGTTTTTAGC
* * *
2407 CTAAAACCGTGA-CG-T-G--CACGATTTCGGCTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* * * *
2467 TACCTCAATTTTTTCCCA-AATACACCTAAAAAATATATAATTCAACGCCTAAAAGATTGGAGGG
66 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGG
*
2531 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTT-AGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
130 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
* * * * * * *
2595 GATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCCTAAATCAATCGTTGCTGAGATTT-TTTAGATAAAAAT
195 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * *
2659 AGATATTTCAAGGAGTCATAGCGCCAAAAATCATGCAACACTTG-GTCGGGCCGCCAGAACGCGT
260 GGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-TGAGTCGGGCCGCCAGAACGCGT
2723 TTTTAGC
324 TTTTAGC
*
2730 CTAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* * * *
2795 TTCCTCAATTGTTTCCCAGAATACTCATATAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGTGC
66 TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGC
* **
2860 TTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCCCTTTTTTCAT-AATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
131 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTC-TGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
* *
2924 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAACCCATCATTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
195 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * *
2989 GGATATCTCAAGGAATCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTT
260 GGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAACGCGTT
3054 TTTAGC
325 TTTAGC
* * *
3060 CTAAAACTGTGATGGTTAGTAAACGATTACGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* *
3125 TTCCTCAATTTTTTTCTCAGAATACTTATAAGAAATATATAATTCAACG-CAATAAAGATTGGAG
66 TTCCTCAA-TTTTTTCCCAGAATACTCATAA-AAATATATAATTCAACGCCAA-AAAGATTGGAG
* * * *
3189 GGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTTTTT-AGAATTAATTTTTAATTTAATCGAAAC
128 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAAC
* * *
3253 ATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCATAGATTTGGGTAGATGAAT
193 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAAT
* *
3318 ATGGATATCTCAAGGAATTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCCGCCA-AATCGC
258 ATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAA-CGC
* * *
3382 ATTATTAGT
322 GTTTTTAGC
* * * **
3391 CAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAATAA-TGATTCGAAAGATTT
1 CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
* *
3455 TTCCTTAATTTTTTTCCCAGAATACTCATATAAAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
66 TTCCTCAA-TTTTTTCCCAGAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
* *
3520 GCTTTTTACACTTCTAATA
129 GCTTTTCACGCTTCTAATA
3539 CC
Statistics
Matches: 2737, Mismatches: 312, Indels: 186
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 58 0.02
318 9 0.00
319 2 0.00
320 49 0.02
322 145 0.05
323 29 0.01
324 2 0.00
325 23 0.01
326 140 0.05
327 89 0.03
328 467 0.17
329 304 0.11
330 497 0.18
331 446 0.16
332 84 0.03
333 3 0.00
334 74 0.03
340 3 0.00
341 1 0.00
343 8 0.00
344 5 0.00
346 2 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
349 8 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
352 2 0.00
354 5 0.00
355 8 0.00
357 1 0.00
358 3 0.00
364 3 0.00
365 1 0.00
366 45 0.02
367 48 0.02
368 158 0.06
369 11 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
CTAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
TTCCTCAATTTTTTCCCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGC
TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAG
ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATG
GATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCGCCAGAACGCGTTT
TTAGC
Found at i:1704 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1680--1732 Score: 88
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
1670 AAATCATGCA
*
1680 AAACTGAGTCCGGCCCCT
1 AAACTGAGTCGGGCCCCT
*
1698 CAACTGAGTCGGGCCCCT
1 AAACTGAGTCGGGCCCCT
1716 AAACTGAGTCGGGCCCC
1 AAACTGAGTCGGGCCCC
1733 CAATTCAAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 32 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.38, G:0.26, T:0.15
Consensus pattern (18 bp):
AAACTGAGTCGGGCCCCT
Done.