Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018131.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18164, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6802
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Found at i:588 original size:288 final size:288
Alignment explanation
Indices: 29--910 Score: 1121
Period size: 288 Copynumber: 3.0 Consensus size: 288
19 ATTTTTTCCC
* *
29 AAATACACCTAAAAAATATATAATTCAACGCCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
1 AAATAC-CCTAAAAAATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * *
94 TCGTTTTTCTTTTTTTAGAATTAATTTCTAATTTAA-TCAAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
65 TCGTTTTT-TTTTTCTA-AATTAATTTCTAATTTAATTGAAACAAA-ATTCAGATGCTCGTAAAA
*
158 ACAAATCCTTAAATCCATCGTCGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTT
127 ACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTT
* * * * *
223 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAATCGAGCCGCCAAATCGCATTATTAGCCAAAAACCGTGAT
192 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAATCGCGTTATTAGCCAAAAACCGTGAT
*
288 GGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCCG
257 GGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTG-CA
* * *
321 GAATACTCCTAAAAAATATATAATTCAACGGC-AAAAGATTGGAGGGTTTTTCACACTTCTAATA
1 AAATAC-CCTAAAAAATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* *
385 TCG-TTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATTGAAACAAAATTCAGAGGCTCATAAAAACA
65 TCGTTTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATTGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACA
*
449 AATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTAGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGC
130 AATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGC
*
514 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAATCGCGTTATTAGCCAAAAACCGTTATGGT
195 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAATCGCGTTATTAGCCAAAAACCGTGATGG-
579 TTA-TACACGATTACGGCTAAAATTTTGCA
259 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCA
* *
608 AAATTTGACCC-AAAAGATTTTTCCGTTATATAATTCAAC-GCAAAGAATATTGGAGGGCTTTTC
1 AAA--T-ACCCTAAAA-A--------ATATATAATTCAACGGCAAA-AAGATTGGAGGGCTTTTC
* * *
671 ACGCTTCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTTTCCTAAATTAGTTTCTAATTTAATCGAAACAAGATT
53 ACGCTTCTAATATCG---T--TTTTTTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTTAATTGAAACAAAATT
* * * *
736 CAGATGCTTGTAAAGACAAATCTTTAAATCCATCCTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGAT
112 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGAT
* * * * *
801 ATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAGAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGCCCCCCAAAACG-GATTTT
177 ATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGCCCCCAAATCGCG-TTAT
* * ***
865 TAACCTAAAACCGTGATGGTTAGTACATTTTTACGGCTAAAATTTT
240 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTT
911 ATAAAAAATT
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 45, Indels: 38
0.86 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
287 3 0.01
288 186 0.36
289 21 0.04
290 6 0.01
291 33 0.06
292 29 0.06
296 2 0.00
297 15 0.03
298 30 0.06
304 9 0.02
305 135 0.26
306 50 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (288 bp):
AAATACCCTAAAAAATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
CGTTTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATTGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
ATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCG
CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAATCGCGTTATTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
AGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCA
Found at i:1382 original size:585 final size:582
Alignment explanation
Indices: 634--2232 Score: 2438
Period size: 585 Copynumber: 2.7 Consensus size: 582
624 ATTTTTCCGT
*
634 TATATAATTCAACG-CAAAGAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTTTTTT
1 TATATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTT--TTTTTT
* * * * *
698 TTTCCTAAATTAGTTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAGACAAATCTTTAA
62 TTT-CTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * *
763 ATCCATCCTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAGAAAT
126 ATCCATCGTTGCAGAGATTTGTTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAAT
* * *
828 CATGCAAAACTGAGTCAAGCCCCCCAAAACGGATTTTTAACCTAAAACCGTGATGGTTAGTACAT
191 CATGCAAAACTGAGTC-GGCCCCCCAAAACGGATTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
*
893 TTTTACGGCTAAAATTTTATAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCCCAGAATAC
255 TATTACGGCTAAAATTTT-T-AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCCCAGAATAC
* *
958 TCATAAAAATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGGAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
318 TCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
*
1023 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCAAAACAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACA
383 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACA
*
1088 CGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAATCGAAACAATCATGCAAAACTTAGTCACGATTTC
448 CGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAATCAAAACAATCATGCAAAACTTAGTCACGATTTC
* * * *
1153 GGCTAAAGTTTTGCAAAAATTGATCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-TCCCAGAATACTCCTA
513 GGCTAAAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCTCCCAAAATACTCATA
1217 AAAAA
578 AAAAA
1222 TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTT
1 TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-TTTTTTT
* *
1287 CTGAATTAATTTCTAATTTTATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCC
65 CTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
*
1352 ATTGTTGCAGAGATTTGTTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATG
130 ATCGTTGCAGAGATTTGTTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATG
* ** * * * * * *
1417 AAAAACCAAGTGGGCCCCCCGAAACGCATTTTTAGCCTAAAACCGTGATAGTTATTACACGATTA
195 CAAAACTGAGTCGGCCCCCCAAAACGGATTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTAGTACACTATTA
* *
1482 CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTCTCAGAATACTCATA
260 CGGCTAAAATTTT-TAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA-TTTTTCCCAGAATACTCATA
* *
1547 AAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTAATATCA-TTTTTTTC
323 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTC
*
1611 TGAATTAATTTCTAATTTAGTCGAAACAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACACGATT
388 TGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACACGATT
1676 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAATCAAAACAATCATGCAAAACTTAGTCACGATTTCGGCTA
453 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTAATCAAAACAATCATGCAAAACTTAGTCACGATTTCGGCTA
*
1741 AAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCTTCCAAAATACTCATAAAAAA
518 AAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCTCCCAAAATACTCATAAAAAA
* *
1806 TATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTTGAAGGGCTTTTTCACACTTCTAATATCG-TTTTTTTTT
1 TATATAATTCAACGCC-AAAAAGA-TTGGAGGGC-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTTT
*
1870 TTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGGTTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
63 TTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * *
1935 CCATCGTTGCTA-AGATTT-TGTTATATGAAAATAGATATTTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAAT
128 CCATCGTTGC-AGAGATTTGT-TTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAAT
* *
1998 CATACAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCG-TTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
191 CATGCAAAACTGAGTCGGCCCCCCAAAACG-GATTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
*
2062 TATTACGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAAATTTTTCCCAGAATAC
255 TATTACGGCTAAAATTTT-TAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC-AATTTTTCCCAGAATAC
* *
2127 TCATAAAAAATATATAATTCAACGCGAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCCAATATCGTTT
318 TCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC----
* *
2192 TTCTTTATTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
378 AT-TTT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAA
2233 GATTCAGATG
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 71, Indels: 33
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
583 205 0.22
584 163 0.18
585 372 0.40
586 74 0.08
587 22 0.02
588 46 0.05
589 4 0.00
592 3 0.00
593 32 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (582 bp):
TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTTTTTTC
TGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
TCGTTGCAGAGATTTGTTTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGC
AAAACTGAGTCGGCCCCCCAAAACGGATTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTAGTACACTATTAC
GGCTAAAATTTTTAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCCCAGAATACTCATAAAA
ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTCTGA
ATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACACGATTAGT
ACACGATTTCGGCTAAAATTTAATCAAAACAATCATGCAAAACTTAGTCACGATTTCGGCTAAAG
TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCTCCCAAAATACTCATAAAAAA
Found at i:2400 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1722--4947 Score: 4324
Period size: 330 Copynumber: 9.6 Consensus size: 330
1712 CATGCAAAAC
* *
1722 TTAGT-CACGATTTCGGCTAAAGTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTCT
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTT-T
* * * *
1786 TCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTTGAAGGGCTTTTTCACACT
65 CCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAGA-TTGGAGGGC-TTTTCACGCT
*
1851 TCTAATATCG--TTT-TTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGGTTCAGATGC
127 TCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* *
1913 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCTA-AGATTTTGTTATATGAAAATAGATATTTCA
192 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGC-AGAGA-TTTGTTAGATGAAAATAGATAATTCA
*
1977 AGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAA
255 AGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAA
2042 AACCGTGATGG
320 AACCGTGATGG
* * * *
2053 TTAGTACACTATTACGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAAATTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* *
2118 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCGAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCCA
66 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* *
2183 ATATCGTTTTTCTTTATTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCAG
131 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC-G
* * *
2248 -AAAAACAAATCCTTAATTCCATCGTTGCAGAGAATTTGTTTGATGAAAATAGATAATTCAACGA
195 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAG-ATTTGTTAGATGAAAATAGATAATTCAAGGA
* * * * ** *
2312 GTCATGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCCCCAAATCGCGTTACTAGCCAAAAACC
259 ATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAAAACC
2377 GTGATGG
324 GTGATGG
*
2384 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* *
2449 CCAGAATACTCAT-AAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCAAGCTTCTA
66 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
*
2513 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
131 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * *
2578 AAAAACAAATCCTTAAGTCCACCGTTGCAGAGATTTTGTTAGATGAATAA-GGAT-ATCTCAAGG
196 AAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGA-TTTGTTAGATGAA-AATAGATAAT-TCAAGG
* *
2641 AATCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCTAAACTGAGTCGGGCCCCCAATTC
258 AATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAA---A--C--G---------C
*
2706 AAGTTATTAGCCGT-AAACCGTGATGG
307 --GTTTTTAGCC-TAAAACCGTGATGG
* * *
2732 TTAGTACACGATTACGACTAAAATTTTCCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* * * *
2797 CCAGAATAATCATATAAAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTA
66 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* *
2862 ATATCGTTTTTCCTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTTATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
131 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * * * *
2927 AAAAACAAATCCTTATATCCATAGTTGCAGATATTTGTTTAGATGAATATGGAT-ATCTCAAGGA
196 AAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTG-TTAGATGAAAATAGATAAT-TCAAGGA
* * *
2991 ATCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAACTAAGTCGGGCCCCCCAAAACGCATTTTTAGCCTAAAAC
259 ATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG-CCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAAAAC
*
3056 CGTGATAG
323 CGTGATGG
* *
3064 TTATTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTTCTCAATTTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* * * *
3129 CCAGAATACTCATAAAAAACATATAACTCAAAGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
66 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* *
3194 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTTAATCG-AATAAGATTCAGATGCTCGT
131 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * *
3258 AAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCTGAGATGTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAA
196 AAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGAT-TTGTTAGATGAAAATAGATAATTCAAGGAA
* *
3323 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAATCGCGTTTTTAGCCTAAAACTG
260 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAAAACCG
3388 TGATGG
325 TGATGG
* * * *
3394 ---GTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCGTCAACTTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* *
3456 GCAGAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
66 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
*
3521 ATATCGTTTTTC-TTTATTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCAG
131 ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC-G
* * * *
3585 -AAAAACAAATCATTAATTCCATCGTTGCAGAGAATTTGTTAGATGAAAATAGGTATTTCAAGGA
195 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAG-ATTTGTTAGATGAAAATAGATAATTCAAGGA
* * * * *
3649 GTCATGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGCCGCCAGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACC
259 ATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAAAACC
*
3714 GTGATAG
324 GTGATGG
* * * * *
3721 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAATTGATCCGAAAGATTTTACCTTAATTTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* *
3786 CCAGAATACTCCTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGTTTTTCACGCTTCTA
66 CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* * * * *
3851 ATGTCATTTTTCTTTTTCTTTTCCGTATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAAATGCTC
131 ATATCGTTTTTC-TTTT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
* * * *
3916 GTAAAAATAAATTCTTAAATCCATCGTTGCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGG
194 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTT-GTTAGATGAAAATAGATAATTCAAGG
* * * * * * *
3981 AGTCATGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTTAGTTGGGCCGCCAGAACGCGTTTTTAGCCTAAAAC
258 AATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAAAAC
4046 CGTGATGG
323 CGTGATGG
* ** * *
4054 -T-GTACATGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAATGATTTTTTCTCAATTTTTTT
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA-TTTTTT
*
4117 CCCAGAATACTCCTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCT
65 CCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCT
*
4182 AATATCG-TTTTCTTTTTTTTCTTGAATTAATTTCTAATTTAATAGAAACAAGATTCAGATGCTC
130 AATATCGTTTTTCTTTTTTTTC-TGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
* * * *
4246 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTTGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATGGAT-ATCTTAAG
194 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTT-GTTAGATGAAAATAGATAAT-TCAAG
* * *
4310 GAATCTTGGCGCCGAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCCCAAAACACATTTTTAGCCTAA
257 GAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG--CCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAA
4375 AACCGTGATGG
320 AACCGTGATGG
* *
4386 TTAGAACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTATTT
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTT-TTT
* * * *
4451 -CCAGAAAACTTATAAAAAATATATAATTCAACGGCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCT
65 CCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCT
*
4515 AATATCGTTTTTTTTCTTTTCTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTTATCGAAACAAGATTCAGA
130 AATATCG---TTTTTC--TT-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGA
* * * *
4580 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCATTGTTGCAGAGATTTGTTGAGATGAATATGGAT-ATC
189 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGTT-AGATGAAAATAGATAAT-
* * *
4644 TCAAGGAATCTTGGCGCCGAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTCCCCCAAAACGCATTTTTAGCC
252 TCAAGGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCC
*
4709 TAAAACCGTGATAG
317 TAAAACCGTGATGG
* * *
4723 TTATTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTTC
1 TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
* * * *
4788 CCAGAATACTCATAATATATATATATATATATATGTAATTGAATGTCAAAAATATTGGAGGGCTT
66 CCAGAATACTC-----ATA-A-A-A-A-ATATA--TAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTT
** *
4853 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTT-AAAATTAAATTCTAA-TTAATTCGAAACAAGA
119 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAA-TCGAAACAAGA
* *
4916 TTCAGATACTCGTAAAAACAAATCTTTAAATC
183 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
4948 ACTGAGATTT
Statistics
Matches: 2584, Mismatches: 233, Indels: 145
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
326 29 0.01
327 264 0.10
328 21 0.01
329 18 0.01
330 496 0.19
331 438 0.17
332 349 0.14
333 235 0.09
334 52 0.02
335 1 0.00
336 3 0.00
337 105 0.04
338 3 0.00
339 137 0.05
340 7 0.00
341 3 0.00
342 55 0.02
343 8 0.00
344 3 0.00
345 2 0.00
346 8 0.00
347 6 0.00
348 99 0.04
349 235 0.09
350 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
TTAGTACACGATTACGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTTC
CCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTA
ATATCGTTTTTCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
AAAAACAAATCCTTAAATCCATCGTTGCAGAGATTTGTTAGATGAAAATAGATAATTCAAGGAAT
CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCTAAAACCGT
GATGG
Found at i:2688 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2665--2699 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2655 AAATCATGCA
2665 AAACTGAGTCGGGCCCCT
1 AAACTGAGTCGGGCCCCT
2683 AAACTGAGTCGGGCCCC
1 AAACTGAGTCGGGCCCC
2700 CAATTCAAGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.34, G:0.29, T:0.14
Consensus pattern (18 bp):
AAACTGAGTCGGGCCCCT
Done.