Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018146.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18179, whole genome shotgun sequence
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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324 TTTTTAACCG
* *
488 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTTACGCTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
*
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* * * ** * *
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131 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTTGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
* * * *
682 TTTGGCTCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
196 CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
* * * * *
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261 GATGGTTAGTACACG-ATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAA-ATTGA-CCCG-AAAGATTTTTCCTC
811 AATTTTTAACCG
322 AATTTTTAACCG
* *
823 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GAACTTTTCACGCTTTTAAT
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTCACGCTTCTAAT
* *
887 ATCATTTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC-AGATTCAGATGATCA
65 ATCA-TTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCG
*
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129 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTTGATTAATATAGATATTTCAATGA
* * * * * *
1015 GTCTTGGCGCCAAAATTCATCCAAAACTGAGCCGGAGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACT
194 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
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259 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAT-TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCA
*
1144 ATTTTTATCCG
323 ATTTTTAACCG
* *
1155 CAATACTCGT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
* * *
1219 TAATTTTTTCAATTCATTCCCGAATTAA-TTGTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
66 TCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
* *
1283 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCA-ATATTT-GCTTAGATTAATAAAGATATTTCAATGA
131 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG-CAGATATTTGGGTT-GATTAATATAGATATTTCAATGA
* * * **
1346 GTCTTGGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
194 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
1411 GTGATGGTTTGTACACAATTTTCGGC-AAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTT
259 GTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCAAAAT-TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC
1475 AATTTTTAACCG
322 AATTTTTAACCG
* *
1487 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCTACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
* *
1552 TCATTTTTTCAATTCTATCCCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
66 TCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
* * **
1617 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGACGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
131 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTTGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
* * ** * *
1682 CTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGAC-GGGCCTGGGAAAGCGTTTTTGGCCAAAAACCGT
196 CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
* * * ** * * *
1746 TATGGTTTGTACACGATTTTCGACAAAAAATTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATTTTT-TTTAAT
261 GATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
1810 TTTTAACCG
325 TTTTAACCG
* *
1819 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCTACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
* *
1884 TCATTTTTTCAATAT-TTTCCCGAAATAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGT
66 TCATTTTTTCAAT-TCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGT
* * *
1948 AAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAG
130 AAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTTGATTAATATAGATATTTCAATGAG
** *
2013 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
195 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* *
2078 TGATGG---GTATACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCGTCAAT
260 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
2140 TTTTAACCG
325 TTTTAACCG
** * * *
2149 CAATACTCGTTTAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAA-GGACTTTTAACGCTTCAAAT
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTCACGCTTCTAAT
** *
2213 ATCATTTTTTCAATAT-TTTCTTGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCG
65 ATCATTTTTTCAAT-TCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCG
*
2277 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGA
129 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTTGATTAATATAGATATTTCAATGA
*
2342 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
194 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
2407 GTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAATAATTGACGCGAAAGATTTTTCCTCAA
259 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA
2472 TTTTTAACCG
324 TTTTTAACCG
* * * *
2482 CAATACTCGTAAAAAACATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
* * *
2547 TCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAGACAATATTCAGATGATCGTA
66 TCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
* * * * *
2612 AAAAGAAATACTTAAATCCATTGGGGCAGATAATT-GGTTAGATTAATATAGATATCTCAATGAG
131 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTT-GATTAATATAGATATTTCAATGAG
** * *
2676 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACT
195 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACC
* * *
2741 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAATAATTGACGCGAAAAATTTTTCCTCAA
259 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA
2806 TTTTTAACCG
324 TTTTTAACCG
* * * * *
2816 CAATACTCGTAAAAAACATATAATTCAAAGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATA
* * * *
2881 TCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAGACAATATTCAGAT-ATTCGT
66 TCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGA-TCGT
*
2945 AAAAAGAAATCCTTAAATCCATTG-GAGCAGATATTT-GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATG
130 AAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTG-GCAGATATTTGGGTT-GATTAATATAGATATTTCAATG
**
3008 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCC-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAAA
193 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAA
3072 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC
257 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC
3137 AATTTTTAACCG
322 AATTTTTAACCG
* * *
3149 CAATACTCATAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGACTTTTCACACTTCTAAT
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTCACGCTTCTAAT
* * *
3213 ATCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAGACAATATTCAGAT-ATTCG
65 ATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGA-TCG
* *
3277 TAAAAAGAAATCCTTAAATCCATTGGGGCAGATATTT-GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATG
129 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGGTT-GATTAATATAGATATTTCAATG
**
3341 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCC-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAAA
193 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAA
3405 CCGTGATGG-TAGTACACGATTTCGG
257 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
Statistics
Matches: 2691, Mismatches: 213, Indels: 76
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
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330 309 0.11
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336 42 0.02
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CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
GATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATT
TTTAACCG
Found at i:1447 original size:667 final size:665
Alignment explanation
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* * * * *
156 CAATACTCAG-AAAATATATATAATTCAACG-CAAAAAAATTAAAGGGTTTTTCACACTTCTAAT
1 CAATACTC-GTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * * *
219 ATC-GTTTTTCATATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAAATTCAGATGATCG
65 ATCATTTTTTCA-ATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCG
* * * * * ** *
283 TAAAAAAAAATTCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATGTAGATATTTCAATGA
129 T-AAAAACAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGA
* *
348 GTCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTACCCAAAAACC
193 GTCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCC-GGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * * * * *
413 GTGATGGTTTGTACACGATTTCAGCAAAATTTTTCCAAAAATTTACCTGAAAGATTTTTTCTTAA
257 GTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA
* *
478 TTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTTAC
322 TTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCAC
*
543 GCTTCTAATATCATTTCTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
387 GCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* * ** * *
608 GATGATCGTAAAAACAAATCCAT-AATCCATTGTGGCTGAGATA-AGGGAT-GATTAATACAGAT
452 GATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC-CAGATATTTGGTTAGATTAATATAGAT
* * * *
670 ATTTCAATGAGTTTTGGCTCCAAAAATCATGCAAAACAGAG-TCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTT
516 ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-TGGGCCCCGGAACGCGTTTTT
* * * * *
734 AGCCAAAAACCGTGATGGATAGTCCACGCTTTTCGGTAAAA-TTTTGCAAAATTTTGATCCCGAA
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798 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCG
641 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCG
** *
823 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAACTTTTCACGCTTTTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * *
888 TCATTTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC-AGATTCAGATGATCAT
66 TCA-TTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGT
952 AAAAACAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
130 AAAAACAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
* * * * *
1017 CTTGGCGCCAAAATTCATCCAAAACTGAGCCGGAGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGT
195 CTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCGG-GCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
* *
1082 GATGGTTTGTACACGATTTCGGC-AAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTACCACAAT
259 GATGGTTTGTACACGATTTCGGCAAAAT-TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
* * *
1146 TTTTATCCGCAATACTCGT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAGAATATTGAAGGGATTTTCACG
323 TTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACG
* * *
1210 CTTCTAATATAATTTTTTCAATTCATTCCCGAATTAA-TTGTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
388 CTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* *
1274 ATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCA-ATATTTGCTTAGATTAATAAAGATAT
453 ATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCAGATATTTGGTTAGATTAATATAGATAT
* * * **
1338 TTCAATGAGTCTTGGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG-TCGGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAG
518 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-TGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
* *
1402 CCAAAAACCGTGATGGTTTGTACACAATTTTCGGC-AAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA
582 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCAAAAT-TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA
*
1466 TTTTTCCTTAATTTTTAACCG
645 TTTTTCCTCAATTTTTAACCG
*
1487 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCTACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * *
1552 TCATTTTTTCAATTCTATCCCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
66 TCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
* * ***
1617 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGACGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
131 AAAAC-AATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
* *** * * *
1682 CTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGACGGGCCTGGGAAAGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTT
195 CTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
* ** * * *
1747 ATGGTTTGTACACGATTTTCGACAAAAAATTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATTTTT-TTTAATT
260 ATGGTTTGTACACGA-TTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATT
* *
1811 TTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCTACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGC
324 TTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGC
* *
1876 TTCTAATATCATTTTTTCAATAT-TTTCCCGAAATAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
389 TTCTAATATCATTTTTTCAAT-TCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * *
1940 ATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG-CTGAGATTTGG-GATGATTAATATAGATA
453 ATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCAGATATTTGGTTA-GATTAATATAGATA
*
2003 TTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAG
517 TTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
*
2068 CCAAAAACCGTGATGG---GTATACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATT
582 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATT
*
2130 TTTCGTCAATTTTTAACCG
647 TTTCCTCAATTTTTAACCG
** * * * *
2149 CAATACTCGTTTAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCAAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* *
2214 TCATTTTTTCAATAT-TTTCTTGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGT
66 TCATTTTTTCAAT-TCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGT
2278 AAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGAG
130 AAAAAC-AATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGAG
*
2343 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
194 TCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCC-GGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * *
2408 TGATTGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAATAATTGACGCGAAAGATTTTTCCTCAAT
258 TGATGGTTTGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
* * * *
2473 TTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAACATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACA
323 TTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACG
* * *
2538 CTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAGACAATATTCAG
388 CTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * *
2603 ATGATCGTAAAAAGAAATACTTAAATCCATTG-GGGCAGATAATTGGTTAGATTAATATAGATAT
453 ATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCAGATATTTGGTTAGATTAATATAGATAT
* *
2667 CTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGC
518 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC
* * * *
2732 CAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAATAATTGACGCGAAAAATT
583 C-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATT
2797 TTTCCTCAATTTTTAACCG
647 TTTCCTCAATTTTTAACCG
* * * *
2816 CAATACTCGTAAAAAACATATAATTCAAAGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATA
1 CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * *
2881 TCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATTGAGACAATATTCAGAT-ATTCGT
66 TCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGA-TCGT
* *
2945 AAAAAGAAATCCTTAAATCCATTG-GAGCAGATATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGA
130 AAAAA-CAATCCTTAAATCCATTGTG-GCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGA
* *
3009 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGG-CCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAC
193 GTCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGC-CGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAAC
*
3073 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCA
256 CGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCA
* *
3138 ATTTTTAACCGCAATACTCATAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGACTTTTC
321 ATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTC
* * * *
3202 ACACTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAGACAATATT
385 ACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* *
3267 CAGAT-ATTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCATTG-GGGCAGATATTTGGTTAGATTAATATAG
450 CAGATGA-TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCAGATATTTGGTTAGATTAATATAG
3330 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCC-GAACGCGTTTT
514 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCCGGAACGCGTTTT
3394 TAGCCAAAAAACCGTGATGG-TAGTACACGATTTCGG
579 TAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
Statistics
Matches: 2357, Mismatches: 209, Indels: 84
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
662 293 0.12
663 332 0.14
664 189 0.08
665 265 0.11
666 411 0.17
667 787 0.33
668 43 0.02
669 30 0.01
670 7 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (665 bp):
CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
TCATTTTTTCAATTCTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
AAAACAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTTGATTAATATAGATATTTCAATGAGTC
TTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCGGGCCCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
TGGTTTGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTT
TAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTT
CTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCCAGATATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTC
AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTTGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTC
CTCAATTTTTAACCG
Done.