Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018147.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18180, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3864
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Found at i:714 original size:329 final size:330
Alignment explanation
Indices: 115--1732 Score: 2297
Period size: 331 Copynumber: 4.9 Consensus size: 330
105 TAATATAGAT
* * * * *
115 ACGATTTCGTCAAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCGTCAATTTTTAACCGCAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
** * * *
180 ACTCGTTTAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGTTTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCAT
66 ACTCGTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGG-TTTTTCACGCTTCAAATATCAT
* * *
245 TTTTTCAATATTTTCCCGAAGTGATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCATAAAAA
130 TTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA
* * * *
310 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTT-GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTATT
195 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGAT-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
*
374 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCGCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGAT
259 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CCGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGAT
439 -G-T-TAC
323 GGTTGTAC
* *
444 CCGATTTCGGCAAAAATTTTACAAATATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
* * * * *
509 AATCGTAAAAAATTTATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCAT
66 ACTCGTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAG-GTTTTTCACGCTTCAAATATCAT
*
574 ATTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA
130 TTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA
*
639 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTG
195 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTG
* *** ** *
704 GCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCAAAGGCCTGGGAACGCATTTTTAGTCAAAAACCATGATG
260 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CCGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATG
*
769 GTTTGTAG
324 G-TTGTAC
*
777 ACGATTTTGGCAAAAATTTTACAAAAATTGA-CCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
*
841 ACTCGT-AAAAATAATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCA
66 ACTCGTAAAAAAT-ATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGG-TTTTTCACGCTTCAAATATCA
* ** *
905 TTTTTTTCAATTTTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAATTAGATTCAGAAGATCGTAAA
129 -TTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAA
*
970 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGATTCT
193 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCT
* * * *
1035 TGGCGCCAAAAATCAT-CGAAAACTGAGCCGGCGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAGAAACAATG
258 TGGCGCCAAAAATCATGC-AAAACTGAGCCGGGGCCC-CGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATG
1099 ATGGTTAGTAC
321 ATGGTT-GTAC
*
1110 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGA-CCGAAAGATTTTTCCTTAATTTGTAACCGCAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
* * * * *
1174 ACTCGTTAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTTAAGATATTTTCACGCTTCTAATATCAT
66 ACTCGTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGT-TTTTCACGCTTCAAATATCAT
*
1238 TTTTTCAA-ATCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAA
130 TTTTTCAATAT-TTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAA
* *
1302 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCCATGATTCTT
194 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
* * * * * ** * *
1367 GGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACACGTTTTAAGTGTAAAACCGTGAA
259 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCG-AACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGAT
*
1432 GG-AGTAC
323 GGTTGTAC
* * *
1439 ACGATCTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
*
1504 ACTCATAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGTCTTTTCACGCTTCAAATATCAT
66 ACTCGTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGT-TTTTCACGCTTCAAATATCAT
*
1569 TTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCATAAAAA
130 TTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA
** * * * * *
1634 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAAATATTT-GGTTAGATTAATATAGATATGTCAATGAGTGTA
195 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGAT-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
*
1698 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGTGCCC
259 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC
1733 GGGAAACTAC
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 112, Indels: 40
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
329 318 0.28
330 64 0.06
331 356 0.31
332 120 0.10
333 292 0.25
334 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCAAT
ACTCGTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGTTTTTCACGCTTCAAATATCATT
TTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAAC
AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATGGT
TGTAC
Found at i:2776 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1740--3850 Score: 2883
Period size: 333 Copynumber: 6.4 Consensus size: 332
1730 CCCGGGAAAC
* * * * *
1740 TACACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATAGACCCAAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAATCAC
1 TACACGATTTCGGCAAAA-TTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
* * * *
1805 AATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATAT
65 AATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATAT
* *
1870 CATTTTTTCAAT-TCTATCCCGAGTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
130 CATTTTTTCAATAT-TTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
* * *
1934 AAAACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATAATTAATATAAATATTTCAATGAGT
194 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
* * * *
1999 CTTGGAGCCCAAAATCATCTAAAACTGAGCC-GGTG-CTCGGGAACGCGTTTTTTGTCAAAAACC
259 CTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGG-GCCTC-GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACC
2062 ATGATGGTTAG
322 ATGATGGTTAG
** * *
2073 TACACGATTTCGGCAAAATTTTTGTAAAAATAGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAATCGC
1 TACACGATTTCGGCAAAA-TTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
* * * *
2138 AATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCCAATAT
65 AATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATAT
*
2203 CATTTTTTC-A-A--TT--CTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
130 CATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
* *
2262 AAACAAATCCTTAAATCCATTG-GAGTTGAGATTTGGGATAATTAATATAGATATTTCAATGAGT
195 AAACAAATCCTTAAATCCATTGTG-GCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGT
* * * * *
2326 CTTGGAGCCCAAAAATCAT-CGAAACTGAGCCGGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
259 CTTGGCG-CCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCA
*
2390 TGATTGTTAG
323 TGATGGTTAG
* ** *
2400 TAGACGATTTCGGCAATTTTTTTTA-AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCATCAATTTTTAACCG
1 TACACGATTTCGGCAA--AATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCG
*
2464 CAATACTCATAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATA
64 CAATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATA
* * * *
2529 TCATTTTTTCAATATTGTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGCTGATCGTT
129 TCATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTA
* * * *
2594 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTT-GGTTAGATTAATTTAGATATTTCAATGAG
194 AAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGAT-GATTAATATAGATATTTCAATGAG
* * ** * *
2658 TCTTGGCGCCAAAAAATCAACCAAAATTGAGCTTGGGCCTCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
258 TCTTGGCGCC-AAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACC
*
2723 AAGATGGTTAG
322 ATGATGGTTAG
* * * *
2734 TACACGATTTCGGCAAAATTTTACAGAACTTGACCGGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCGCA
1 TACACGATTTCGGCAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCA
* * *
2799 ATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGACTTTTCACACTTCAAATATC
66 ATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATC
* *
2864 ATTATTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTTAA
131 ATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAA
* * *
2929 AACAAATTCTTAACTCCATCGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCT
196 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCT
* ** * * * * *
2994 TGGCGCCAAAAATCCTGGAAAATTGAGCAAAGGCCTGGGAACGCATTTTTAGTCAAAAACCATGA
261 TGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGA
*
3059 TGGTTTG
326 TGGTTAG
* * *
3066 TAGACGATTTTGGCAAAAATTTTACAAAAACTGA-CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
1 TACACGATTTCGGC-AAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
* * *
3130 AATACTCCTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATAT
65 AATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATAT
* *
3195 CATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTTAGATGATCGTAA
130 CATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
* *
3260 AAACAAATCCTTAAATCCATTGAGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATGTTTCAATGAGTC
195 AAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTC
* * * * *
3325 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCCCGAACCCGTTTTTAGTCAAAAACCGTG
260 TTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATG
* *
3390 ATTGTTAA
325 ATGGTTAG
* *
3398 TACACGATTTCGGCAAAATTTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTAACCGC
1 TACACGATTTCGGCAAAA-TTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
* * * * *
3463 AATACTCGTAAAAATCACATAATTGATA-GCCAAAAAGATTGAA-GAGTTTTTCACGCTTCTAAT
65 AATACTCGTAAAAAACATATAATTCA-ACGCCAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTCACGCTTCAAAT
* * * *
3526 ATCATATTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGAAGATCAT
128 ATCATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGT
* * *
3591 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAAGATAGATATTTCAATGAT
193 AAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAG
** *
3656 TCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCTGGGGCC-CTGGAACGCGTTTTTAGTCAGAAACC
258 TCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGGGCCTC-GGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACC
3720 ATGATGGTTAG
322 ATGATGGTTAG
*
3731 TACACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCAT-AATTTGTAACCG
1 TACACGATTTCGGC-AAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCC-TCAATTTTTAACCG
** **
3795 CAATACTCGTAAAAATA-ATATAATTCAGGGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
64 CAATACTCGTAAAAA-ACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACG
3851 GTTCTGATAA
Statistics
Matches: 1590, Mismatches: 158, Indels: 60
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 273 0.17
328 20 0.01
329 2 0.00
331 5 0.00
332 372 0.23
333 844 0.53
334 73 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
TACACGATTTCGGCAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCA
ATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATC
ATTTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAA
AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCT
TGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCCAGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGA
TGGTTAG
Found at i:3244 original size:665 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1743--3850 Score: 2906
Period size: 665 Copynumber: 3.2 Consensus size: 662
1733 GGGAAACTAC
* * * * * *
1743 ACGATTTCGGCAAAATTTTTGCAAAAATAGACCCAAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAATCACAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAAT
* * * *
1808 ACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCAT
66 ACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCAT
* *
1873 TTTTTCAAT-TCTATCCCGAGTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAA
131 TTTTTCAATAT-TATCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAA
* *
1937 ACAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATA-ATTAATATAAATATTTCAATGAGTCT
195 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT-GG-TAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCT
* * * * * *
2001 TGGAGCCCAAAATCATCTAAAACTGAGCCGGTG-CTCGGGAACGCGTTTTTTGTCAAAAACCATG
258 TGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCAGG-GCCTC-CGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATG
** *
2065 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTGTAAAAATAGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTT
321 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTT
* * * *
2130 TTAATCGCAATACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTTCATGCT
386 TTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGACTTTTCACGCT
* * *
2195 TCCAATATCATTTTTTC-A-A--TT--CTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
451 TCAAATATCATTATTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* *
2254 GATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAT-TGGAGTTGAGATTTGGGATAATTAATATAGATATTT
516 GATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATGT-G-GCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTT
* * *
2318 CAATGAGTCTTGGAGCCCAAAAATCATCG-AAACTGAGCCGGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCC
579 CAATGAGTCTTGGCG-CCAAAAATCATCGAAAACTGAGCAGGGGCCT-GGAACGCGTTTTTAGTC
* *
2382 AAAAACCGTGATTGTTAGTAG
642 AAAAACCATGATGGTTAGTAG
*** *
2403 ACGATTTCGGCAATTTTTTTTA-AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCATCAATTTTTAACCGCAA
1 ACGATTTCGGCAA-AAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAA
*
2467 TACTCATAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCA
65 TACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCA
* * *
2532 TTTTTTCAATATTGTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGCTGATCGTTAAA
130 TTTTTTCAATATTATCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAA
* * *
2597 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTTGGTTAGATTAATTTAGATATTTCAATGAGTCTT
195 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGG-TAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTT
* * * * *
2662 GGCGCCAAAAAATCAACCAAAATTGAGCTTGGGCCTCCGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCAAGA
259 GGCGCC-AAAAATCATCCAAAACTGAGC-AGGGCCTCCGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGA
* * * *
2727 TGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAA-TTTTACAGAACTTGACCGGAAAGATTTTTCCTTAATTTT
322 TGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTT
*
2791 TAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGACTTTTCACACTT
387 TAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGACTTTTCACGCTT
2856 CAAATATCATTATTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
452 CAAATATCATTATTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* * *
2921 ATCGTTAAAACAAATTCTTAACTCCATCGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCA
517 ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAT-GTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCA
* * * ** *
2986 ATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCCTGGAAAATTGAGCAAAGGCCTGGGAACGCATTTTTAGTCAAA
581 ATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATCGAAAACTGAGCAGGGGCCT-GGAACGCGTTTTTAGTCAAA
*
3051 AACCATGATGGTTTGTAG
645 AACCATGATGGTTAGTAG
* *
3069 ACGATTTTGGCAAAAATTTTACAAAAACTGA-CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAAT
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAAT
* * *
3133 ACTCCTAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCAT
66 ACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCAT
* *
3198 TTTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAA
131 TTTTTCAATATTATCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA
* * *
3263 CAAATCCTTAAATCCATTGAGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATGTTTCAATGAGTCTTG
196 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTA-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTG
* * * * *
3328 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCCCGAACCCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATT
260 GCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAG-CAGGGCCTCCGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATG
* * *
3393 GTTAATACACGATTTCGGCAAAATTTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTA
324 GTTAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTA
* * * *
3458 ACCGCAATACTCGT-AAAAATCACATAATTGATA-GCCAAAAAGATTGAA-GAGTTTTTCACGCT
389 ACCGCAATACTCGTAAAAAAT-ATATAATTCA-ACGCCAAAATGATTGAAGGA-CTTTTCACGCT
* *
3520 TCTAATATCA-TATTTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGA
451 TCAAATATCATTA-TTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
* * *
3584 AGATCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAAGATAGATATTT
515 TGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC-ATGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTT
* * *
3649 CAATGATTCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCTGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCA
579 CAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATCGAAAACTGAGCAGGGG-CCTGGAACGCGTTTTTAGTCA
* *
3714 GAAACCATGATGGTTAGTAC
643 AAAACCATGATGGTTAGTAG
*
3734 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCAT-AATTTGTAACCGCAA
1 ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCC-TCAATTTTTAACCGCAA
** **
3798 TACTCGTAAAAATA-ATATAATTCAGGGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
65 TACTCGTAAAAA-ACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACG
3851 GTTCTGATAA
Statistics
Matches: 1285, Mismatches: 135, Indels: 50
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
659 4 0.00
660 333 0.26
661 74 0.06
662 6 0.00
664 83 0.06
665 527 0.41
666 254 0.20
667 3 0.00
668 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (662 bp):
ACGATTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAAT
ACTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCAT
TTTTTCAATATTATCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA
CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
CGCCAAAAATCATCCAAAACTGAGCAGGGCCTCCGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATGGT
TAGTACACGATTTCGGCAAAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAAC
CGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAA
TATCATTATTTCAATATTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCG
TAAAAACAAATCCTTAAATCCATGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAG
TCTTGGCGCCAAAAATCATCGAAAACTGAGCAGGGGCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCAT
GATGGTTAGTAG
Done.