Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018160.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18193, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 18634--18797 Score: 204
Period size: 59 Copynumber: 2.8 Consensus size: 58
18624 TTAATTGCTT
* * *
18634 AAATAAGGGCCTAATGTTTGTC-AAAATGTTCAAATAAGGGTCTGATCTTTTAATTTGGCC
1 AAATAAGGG-CTAACG-TTGTCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGAT-TTTTAATTTGGCC
* * * *
18694 AAATAAGGGTCTAACGTTGTCGAAAATACTCAAATGAGAGTCCGGTTTTTAATTTGGCC
1 AAATAAGGG-CTAACGTTGTCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGATTTTTAATTTGGCC
*
18753 AAATAAGGGCTTAACGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGA
1 AAATAAGGGC-TAACGTTGTCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGA
18798 CGTCGAAAAT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 13, Indels: 5
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
58 1 0.01
59 56 0.63
60 32 0.36
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Consensus pattern (58 bp):
AAATAAGGGCTAACGTTGTCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCCGATTTTTAATTTGGCC
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Indices: 23232--23273 Score: 57
Period size: 3 Copynumber: 13.3 Consensus size: 3
23222 ATCACGTTCC
*
23232 CAT CAT CAT CAC CAT CAT CATT CAT CATT CAT CAT CAT CAT C
1 CAT CAT CAT CAT CAT CAT CA-T CAT CA-T CAT CAT CAT CAT C
23274 CGAGAAACCT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
3 29 0.83
4 6 0.17
ACGTcount: A:0.31, C:0.36, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
CAT
Found at i:39198 original size:19 final size:19
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Indices: 39170--39209 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
39160 AATTATAAGC
*
39170 TAATTTATAAA-TAATATTA
1 TAATTAATAAATTAA-ATTA
39189 TAATTAATAAATTAAATTA
1 TAATTAATAAATTAAATTA
39208 TA
1 TA
39210 TACTAAAATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.84
20 3 0.16
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TAATTAATAAATTAAATTA
Found at i:48612 original size:31 final size:31
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Indices: 48563--48694 Score: 122
Period size: 31 Copynumber: 4.3 Consensus size: 31
48553 ACGGTGTCCG
* *
48563 ACGTGGCATGCCATGTGTACCAAAAAGC-ATC
1 ACGTGGCACGCCACGTGTACCAAAAAGCGA-C
*
48594 ATGTGGCACGCCACGTGTACCAAAAAGCGAC
1 ACGTGGCACGCCACGTGTACCAAAAAGCGAC
* * * *
48625 ACGTGACACACCACATGTACCAAAAAGTGAC
1 ACGTGGCACGCCACGTGTACCAAAAAGCGAC
* ** * * *
48656 ACATATCACGCCATGTGTATCAAAAAGTGAC
1 ACGTGGCACGCCACGTGTACCAAAAAGCGAC
*
48687 ATGTGGCA
1 ACGTGGCA
48695 TGTCTAGTGC
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 19, Indels: 2
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 80 0.99
32 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.26, G:0.21, T:0.17
Consensus pattern (31 bp):
ACGTGGCACGCCACGTGTACCAAAAAGCGAC
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Indices: 50106--50132 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 3.4 Consensus size: 8
50096 TACTACATTT
50106 TATCTTAC
1 TATCTTAC
50114 TATCTTAC
1 TATCTTAC
50122 TATCTTAC
1 TATCTTAC
50130 TAT
1 TAT
50133 TATATAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 19 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (8 bp):
TATCTTAC
Found at i:52166 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 51339--52602 Score: 1207
Period size: 332 Copynumber: 3.8 Consensus size: 330
51329 TTTTTGGGTC
* * * * * * * * *
51339 AGTTTTGCATGGTTTTTGGTGCCGACACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATAAAAGCTTAG
1 AGTTTTGCATGATTTTT-GCGCCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG
* * * *
51404 CCACATTGCATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
65 CCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * *
51469 AATTCT-GAAAAATATGAAAAATGATATTAAAAG--TGAGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGT
130 AATT-TAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCATGA-AAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGT
* * *
51531 TGAATTATATATATTTTATAAGTATTTTAGACAAAAATTTAGGAAAAATATTTCTG-GTCAAGTT
193 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAAAAATATTTC-GAGTCAATTT
* * * * *
51595 TTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTCTATGTTAGTTGAAATCACGGTTTTTTGGCTAAAAGCGCGT
257 TTGCAAAAT-TTAGCCGAAATCGTGTA--ATA-AT--CATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGT
*
51660 TTCGAGGCCCCGG-TA
315 TTCGGGGCCCCGGCTA
** * * * * *
51675 CAGCGTTGCATAATTTTTTGCGCTAAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCA
1 -AGTTTTGCATGA-TTTTTGCGCCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA
* *** * * *
51740 GCCACATTGGATTTAAGGA-TTTGTAAAATAAGCATCTGAATCATGTTT-GATTTAATTAGAAAT
64 GCCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
** * * * *
51803 TAATTCGGAAAATAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAA-CCCTTCAATCTTTTTAGCG
129 TAATTTAG-AAA-AATATGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCG
* * * *
51867 TTGAATTATATA-ATTTTTATGAGTATTGTGGATAAAAATTAAGGAAATAA-CTTTCGAGTCAAT
192 TTGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAAA-AATATTTCGAGTCAAT
*
51930 TTTTGCAAAATTCTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
255 TTTTGCAAAATT-TAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
51995 GGGGCCCCGGCTA
318 GGGGCCCCGGCTA
* * * * ** *
52008 AGTTTTGCATGATTTTTGCCGCCAAGACTCTTTGAGATATCCATAATCATTTAATTTAATCTCAA
1 AGTTTTGCATGATTTTTG-CGCCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG
* * * ** *
52073 CTACATTGGATTGAAGAATTTTTTTTTACAAGCATCCCAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATT
65 CCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * *
52138 AATTTAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCATG-AAAAGTCCTCCAATCTTTTTGACGTTA
130 AATTTAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTG
* * * *
52202 AATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGATGGAAAAATATTTCGGGCCAATTTTT
195 AATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATT-AAGGAAAAATATTTCGAGTCAATTTTT
* * * * * * * *
52267 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGTTAGAAACGCATTTTGGGG-
259 GCAAAA-TTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC
** * *
52331 ATCGACTC
323 CCCGGCTA
* * *
52339 AGTTTTGCATGATTTTCGGTGCCGAGACTCCTTGAATGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
1 AGTTTTGCATGATTTT-TGCGCCAAGACT-CTT---TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
* * *
52404 TCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTTCTTTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
61 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTT-TTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
** ** ** *
52469 AAATT-A---AGAAAAATATGAAAAACTTTATTAAAAGTGTGAAAAAGGCTTTTCAAT-TTTTTG
125 AAATTAATTTAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAA-GCCCTCCAATCTTTTT-
* * * * *
52529 GGCGTTTAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTT-CACTAGAAATTGAGGAAAAATCTTTCGAGTC
188 GGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGAC-AAAAATTAAGGAAAAATATTTCGAGTC
*
52592 AATTTTCGCAA
252 AATTTTTGCAA
52603 CCATCACGGT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 142, Indels: 63
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 38 0.05
332 249 0.33
333 108 0.14
334 44 0.06
335 68 0.09
336 64 0.08
337 171 0.23
338 11 0.01
339 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
AGTTTTGCATGATTTTTGCGCCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGC
CACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
ATTTAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGA
ATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGAGTCAATTTTTGC
AAAATTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
GGCTA
Found at i:53573 original size:329 final size:330
Alignment explanation
Indices: 52604--53868 Score: 1419
Period size: 329 Copynumber: 3.8 Consensus size: 330
52594 TTTTCGCAAC
* * * * **
52604 CATCACGGTTTTCGGCTAAAACCGTGTTCCAGGGGCCCGACTCAGTTTTGCACAATTTTTGGTGC
1 CATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGGCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGC
* * * * *
52669 CAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGATTTG
66 CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTG
* *
52734 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGTAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAAT
131 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAAC
* * * *
52799 AATATTGGAAGCGGTAAAAGCCCTTCGATCTTTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
196 AATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * *
52864 TTTAACCAAAAATTGAGGAAATATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
261 TTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
52929 ACTAA
326 ACTAA
* * *** * *
52934 GCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-AGGGCCTCGGTTCTGTTTTGCATGATTTTTGGC
1 -CATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGGCC-CAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGT
* * * * * * *
52998 GCCGAGACTCCTTAAAATATCTTTATACATCTAATC-AAATCTCAGTCACATTAGATTTAAAGAT
64 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGAT
* * * * * *
53062 TTGTTTTTATGTGAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT--CAAAATATGAAA
128 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAA
* * * *
53124 AACAATATTA-AATGCGTGAAAAGTCC-TCAAATCCTTTTAACGTTGAATTATATATTTTTTTAT
193 AACAATATTAGAA-GCGTTAAAAGCCCTTC-AATCTTTTTGACGTTGAATTATATA-TTTTTTAT
* * ** * * * * *
53187 TAGTATTTTCGATAGAAATCGAGGAAAAATCTTTCAGATCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAA
255 GAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
*
53252 TCATGTACTAA
320 TCGTGTACTAA
* * *
53263 CTATCATGGTTTTCAGCTAAAACCGCGTT-CTGGGGCCCAACTCAGTTTTGCAT-ATTTTTGGTG
1 C-ATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGGCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTG
*
53326 CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATCTAAGGATTT
65 CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTT
* *
53391 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTTG-AAAAATAGGAAAAA
130 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGG-AAAA
* *
53455 ACAATATTAGAAGTGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTCGAATTATATATTTTTTATGAGT
194 ACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGT
*
53520 ATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATGTCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
259 ATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
53585 GTACTAA
324 GTACTAA
* * * ** *
53592 CCATCACAGTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCT-GGG-CCATGGCTTTGTTTTGTATGATTTT
1 -CATCAC-G--GTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGGCCCA--ACTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * *
53655 T-G-GCACAGAGACTCCTTGAATTATCTTTATTCATCTAATAAAATCTCAGGCACATTGAATTTA
60 TGGTGC-CA-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATTTA
* * * *
53718 AGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAAAT
123 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGAAAAAAT
* ** * ** * * * ** *
53783 ATGAAAAATGATATT-GAAAGCGTGAAAAGTTCTCCAATCCTTTTGGCACTGAACTATATATATT
187 AGGAAAAACAATATTAG-AAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATAT-TT
* *
53847 TTT-TGAGTATTTTTGCAAAAAA
250 TTTATGAGTATTTTAGCCAAAAA
53869 AAAAAATTGA
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 128, Indels: 50
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 108 0.14
328 65 0.08
329 183 0.23
330 54 0.07
331 150 0.19
332 23 0.03
333 15 0.02
334 106 0.14
335 61 0.08
336 13 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
CATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGGCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGC
CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTTG
TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAATAGGAAAAAC
AATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
TTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
ACTAA
Found at i:54267 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 54262--54288 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
54252 AGTGTGTGTG
54262 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
54289 GCATTGCTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:55122 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 55097--55139 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
55087 TTTAGTTATT
*
55097 AGAGTTGGGCAAAAATTAGGCC
1 AGAGTTAGGCAAAAATTAGGCC
* *
55119 AGAGTTAGGCCAAAGTTAGGC
1 AGAGTTAGGCAAAAATTAGGC
55140 TAGACCATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 18 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
AGAGTTAGGCAAAAATTAGGCC
Found at i:57080 original size:335 final size:330
Alignment explanation
Indices: 55964--58959 Score: 3800
Period size: 335 Copynumber: 9.0 Consensus size: 330
55954 ATGATTTGTT
* * * *
55964 AATTTTAGCAGAAATCGTGTATTAACCATCACGG-TTTTAGCTAAAAACGA-TTCCGAGGCTCTG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCG-GGCCCCG
* * * * *
56027 GCTTAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTAAAATATCTATATTCATCAAGGCAAATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * * * * *
56092 CTACCCACATTCGATTTAACGATTT-TTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAGA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * ** *
56156 AATAAATTCGGGAAAAAAATGA-GAAAACGATATCGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTCG
194 AATAAATTCAGGAAAAAAAT-ACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCG
* * * * * *
56220 GTCATTGATTTGTATATTTTTCTTATTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGTTCA
258 G-CATTGAATT-TATATTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
56285 GTTTTTGCAA
321 GTTTTTGCAA
* * * *
56295 AATTTTAGCAGAAATCGTGTGTTAAGTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGG-CCCCG
** *
56360 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGC-TGAAAAACTCACGGAAATATCTATATTCATCGAGCCATAT
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGT-AAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATAT
* * *
56424 CCCAACCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAA
128 CCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* *
56489 AAATAAATTCAGGAAAAAAATACAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAATCCTTCAATTTTTTC
193 AAATAAATTCAGGAAAAAAATAC-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTC
*
56554 GGCATTGAATTATATATTTTT-TGAGTATTGTGA-AAAAAAATTGAGAGAAAAATTTTTCAGGTC
257 GGCATTGAATT-TATATTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAG-GAAAAATTTTTCGGGTC
56617 AGTTTTTGCAA
320 AGTTTTTGCAA
* * *
56628 AATTTTAGCCGAAATCGTATATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCCGGGTCCCCG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGG-CCCCG
* *
56693 TCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTGAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * * *
56758 GCAACCACATTTGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* *
56823 AATAAATTCAGGAAAAGAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCGC
194 AATAAATTCAGGAAAAAAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCGG
* * * *
56888 CATTGAATTATTATATTTTGTATGAGTATTGTGACAATAAAATTGAGGAAAACTTTTTCGGGACA
259 CATTGAA-T-TTATATTTT-TCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
*
56953 ATTTTTGCAA
321 GTTTTTGCAA
* * * ***
56963 AATTTTAGCCGAAATCATGTATGTAACATCACGATTTTTGGATAAAAACGAGTTCCGTGGCTTTG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTAT-TAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCG-GGCCCCG
* * * * *
57028 GCTCAGTTTTGTATAATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTAAAATATCTATATTCATCAAGGCAAATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * *
57093 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAGA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* ** * * *
57158 AATAAATTCGGGAAAAAAATTGAGAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
194 AATAAATTCAGGAAAAAAATACA-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAA-TTTTTTC
* * * * *
57223 GGCATTGATTTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGGGTT
257 GGCATTGAATT-TATA-TTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC
57288 AGTTTTTGCAA
320 AGTTTTTGCAA
* * *
57299 AATTTTAGCCGAAATCGTGTGTTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCCG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGG-CCCCG
* *
57364 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACAAAAATATCTATATTCATCAAGTCATATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * * * *
57429 CCAACCACATTTGAATTAAGTATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
57494 AATAAATTCAGGAAAAAAAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCG
194 AATAAATTCAGG-AAAAAAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCG
* * * *
57559 GTATTGAA-TTATATTTTTGTTCGAGTATTGTGTCAATAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GGTCA
258 GCATTGAATTTATATTTTT-CT-GAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
57622 GTTTTTGCAA
321 GTTTTTGCAA
* * * * *
57632 AATTTTAGCTGAAATCGTGTATGT-ACATCACGATTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCAAGGCTCTG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTAT-TAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCC-GGGCCCCG
* * * * *
57696 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCTCTAAAATATCTATATTCATCAAGGCAAATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * * * *
57761 CCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTAGGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAGA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* ** * *
57826 AATAAATTCGGGAAAAAAATTGAGAAAACGATATAAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTGT-
194 AATAAATTCAGGAAAAAAATACA-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTT-TC
* * *
57890 GGCGTTGAATTGTATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
257 GGCATTGAATT-TATATTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
*
57955 TTTTTTGCAA
321 GTTTTTGCAA
* *
57965 AATTTTAGTCGAAATCGTGTGTTAACTATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCA-TTCCGGGTCCC
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC-ATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACG-AGTTCCGGG-CCC
* * *
58029 CGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTGAAATATCTACATTCATCGAGCCATA
62 CGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATA
** *
58094 TCCCAGCCACATTATATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTA
127 TCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * *
58159 AAAATAAATTCA-GAGAAAAATATAAAAACGATATT-GAAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTT
192 GAAATAAATTCAGGAAAAAAATACAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAATCCTTCAA--TTTT
* * * * *
58222 TTTGGCGTTGAATTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGA-AAAAAAAGTGAGGAAAAATTTTTAG
254 TTCGGCATTGAATT-TATA-TTTTTCTGAGTATTGT-GACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
58286 GGTCAGTTTTTGCAA
316 GGTCAGTTTTTGCAA
* * * * * *
58301 AATTTTAGCCGAAATCGTGTGTTAATTATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGTTCCCCG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGG-GCCCCG
* *
58366 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTGAAATATCTATATTCATCGAGCCATATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * *
58431 CCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAAA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* *
58496 AATAAATTCAGG--GAAAATACAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTC-ATTTTTTCCG
194 AATAAATTCAGGAAAAAAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTT-CG
* * *
58558 GCATTGAATTATATTTTTTTTTCGAGTATTGAGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
258 GCATTGAATT-TATATTTTTCT-GAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA
58623 GTTTTTGCAA
321 GTTTTTGCAA
* * * * *
58633 AATTATAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGGGCTCTG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCC-GGGCCCCG
* * * * *
58698 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCATAAAGACTCCCTAAAATATCTATATTCATCAAGGCAAATC
64 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * * * *
58763 CCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAGA
129 CCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * *
58828 AATAAATTCGGGAAAAAAATGA-GAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
194 AATAAATTCAGGAAAAAAAT-ACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAA--TTTTTT
* * * * * *
58892 TGGCGTTGATTTGTATATTTTTCTTAGTATTGT-ACCAAAAAGTTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC
256 CGGCATTGAATT-TATATTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTC
58956 AGTT
320 AGTT
58960 CCCGGTCTCC
Statistics
Matches: 2335, Mismatches: 271, Indels: 115
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
331 54 0.02
332 547 0.23
333 442 0.19
334 235 0.10
335 615 0.26
336 409 0.18
337 33 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGGCCCCGGC
TCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATCCC
AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
TAAATTCAGGAAAAAAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCGGCA
TTGAATTTATATTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTT
TGCAA
Found at i:58275 original size:668 final size:663
Alignment explanation
Indices: 55964--58959 Score: 3775
Period size: 668 Copynumber: 4.5 Consensus size: 663
55954 ATGATTTGTT
* * * * *
55964 AATTTTAGCAGAAATCGTGTATTAACCATCACGG-TTTTAGCTAAAAACG-ATTCCGAGG-CTCT
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCG-GGTCCCC
* * * * *
56026 GGCTTAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTAAAATATCTATATTCATCAAGGCAAAT
65 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATAT
* * * * * * *
56091 CCTACCCACATTCGATTTAACGATTT-TTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAG
130 CCCAACCACATT-TATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * ** *
56155 AAATAAATTC-GGGAAAAAAATGAGAAAACGATATCGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTC
194 AAATAAATTCAGAGAAAAATAT-A-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTC
* * * *
56219 GGTCATTGATTTGTATA-TTTTTCTTATTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGTT
257 GG-CATTGAATTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGG-T
* * * * *
56283 CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTGTTAAGTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
320 CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGAGT
**
56348 TCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGC-TGAAAAACTCACGGAAATATCTATATTC
385 TCC-GGTCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGT-AAAAACTCACTAAAATATCTATATTC
* * * *
56412 ATCGAGCCATATCCCAACCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTT
448 ATCAAGCCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATATTGTTT
* * * * *
56477 CGATTCAATTAAAAATAAATTCAGGAAAAAAATACAAAAAACGATATTAGAAACGTGACAAATCC
513 CGATTCAATTAAAAATAAATTCGGGAAAAAAATACAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCC
* *
56542 TTCAATTTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTT-TGAGTATTGT-GAAAAAAAATTGAGAGAAAA
578 TTCAATTTTTT-GGCATTGAATTATATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAG-GAAAA
*
56605 ATTTTTCAGGTCAGTTTTTGCAA
641 ATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
*
56628 AATTTTAGCCGAAATCGTATATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGA-TCCGGGTCCCC
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC-ATTCCGGGTCCCC
* *
56692 GTCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTGAAATATCTATATTCATCAAGCCATAT
65 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATAT
* *
56757 CGCAACCACATTTGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
130 CCCAACCACATTT-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
56822 AAATAAATTCAG-GAAAAGAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTC
194 AAATAAATTCAGAG-AAA-AATATAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTC
* * * * * * *
56886 GCCATTGAATTATTATATTTTGTATGAGTATTGT-GACAATAAAATTGAGGAAAACTTTTTCGGG
257 GGCATTGAATT-GTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGA-AAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-GG
* * * *
56950 ACAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATGTAA-CATCACGATTTTTGGATAAAAACGA
319 TCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT-TAAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGA
* *** * * *
57014 GTTCCGTGGCTTTGGCTCAGTTTTGTATAATTTTTGGCGTAAAGACTCCCTAAAATATCTATATT
383 GTTCCG-GTCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATT
* *
57079 CATCAAGGCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTT
447 CATCAAGCCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATATTGTT
* * * ** *
57144 TTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATTGAGAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACC
512 TCGATTCAATTAAAAATAAATTCGGGAAAAAAATACAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACC
* * *
57209 CTTCAATTTTTTTTGGCATTGATTTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAATTTGAGGAA
577 CTTCAA--TTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAA
*
57274 AAATTTTTCGGGTTAGTTTTTGCAA
639 AAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* * *
57299 AATTTTAGCCGAAATCGTGTGTTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCCG
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGTCCCCG
* *
57364 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACAAAAATATCTATATTCATCAAGTCATATC
66 GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
* * *
57429 CCAACCACATTTGAATTAAGTATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGA
131 CCAACCACATTT-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* *
57494 AATAAATTCAGGAAAAAAAATACAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCG
195 AATAAATTCA-G-AGAAAAATATAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCG
* * * ** *
57559 GTATTGAATTATAT-TTTTGTTC-GAGTATTGTGTCAATAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTCA
258 GCATTGAATTGTATATTTT-TTCTTAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTCA
*
57622 GTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTATGT-A-CATCACGATTTTTGGCTAAAAACGAGTT
322 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT-TAAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGAGTT
* * * * *
57685 CCAAGG-CTCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCTCTAAAATATCTATATTCA
386 CC--GGTCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCA
* * * * *
57749 TCAAGGCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTAGGAGCATCTGAATATTGTTTT
449 TCAAGCCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATATTGTTTC
* * ** *
57814 GATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATTGAGAAAACGATATAAGAAGCGTGAAAAACCCT
514 GATTCAATTAAAAATAAATTCGGGAAAAAAATACAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
* *
57879 TCAATTTTTGTGGCGTTGAATTGTATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAAT
579 TCAATTTTT-TGGCATTGAATTATATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAAT
*
57944 TTTTCGGGTCATTTTTTGCAA
643 TTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* *
57965 AATTTTAGTCGAAATCGTGTGTTAACTATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGTCCCC
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGTCCCC
* * *
58030 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTGAAATATCTACATTCATCGAGCCATAT
65 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATAT
* * *
58095 CCCAGCCACATTATATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTCAATTAA
130 CCCAACCACATT-TATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
58160 AAATAAATTCAGAGAAAAATATAAAAACGATATT-GAAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTT
194 AAATAAATTCAGAGAAAAATATAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAATCCTTCAA--TTTTTT
* * * *
58224 TGGCGTTGAATTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGAAAAAAAAGTGAGGAAAAATTTTTAGGGT
256 CGGCATTGAATTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-CGGT
* ** * * *
58289 CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGTTAATTATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGT
320 CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGAGT
* *
58354 TTCGGTTCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTGAAATATCTATATTCA
385 TCCGG-TCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCA
* * * *
58419 TCGAGCCATATCCCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTC
449 TCAAGCCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATATTGTTTC
* *
58484 GATTCAATTAAAAATAAATTCAGGG---AAAATACA-AAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAATCC
514 GATTCAATTAAAAATAAATTC-GGGAAAAAAATACAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCC
* * *
58545 TTC-ATTTTTTCCGGCATTGAATTATAT-TTTTTTTTCGAGTATTGAGACAAAAAAATTGAGGAA
578 TTCAATTTTTT--GGCATTGAATTATATATTTTTCTT--AGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAA
58608 AAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
639 AAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
* * * * * * *
58633 AATTATAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAACG-AGTTCCGGGGCTCT
1 AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCA-TTCCGGGTCCCC
* * * * *
58697 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCATAAAGACTCCCTAAAATATCTATATTCATCAAGGCAAAT
65 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATAT
* * * * * * *
58762 CCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAG
130 CCCAACCACATT-TATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * *
58827 AAATAAATTC-GGGAAAAAAATGAGAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTT
194 AAATAAATTCAGAGAAAAATAT-A-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAA--TTTTT
* * * * *
58891 TTGGCGTTGATTTGTATA-TTTTTCTTAGTATTGT--ACCAAAAAGTTGAGGAAAAATTTTTCGG
255 TCGGCATTGAATTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGA-AAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC-G
58953 GTCAGTT
318 GTCAGTT
58960 CCCGGTCTCC
Statistics
Matches: 2066, Mismatches: 213, Indels: 104
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
664 32 0.02
665 58 0.03
666 237 0.11
667 489 0.24
668 648 0.31
669 96 0.05
670 200 0.10
671 235 0.11
672 68 0.03
673 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (663 bp):
AATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGTCCCCG
GCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCCATATC
CCAACCACATTTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATAAATTCAGAGAAAAATATAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTCGGCA
TTGAATTGTATATTTTTTCTTAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTCAGTTT
TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAGCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCGGT
CCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAAACTCACTAAAATATCTATATTCATCAAGCC
AAATCCCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATATTGTTTCGATTCAA
TTAAAAATAAATTCGGGAAAAAAATACAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTT
TTTGGCATTGAATTATATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGG
TCAGTTTTTGCAA
Found at i:61179 original size:670 final size:658
Alignment explanation
Indices: 59215--62538 Score: 3127
Period size: 669 Copynumber: 5.0 Consensus size: 658
59205 AATTGAGAAA
* *
59215 AATTATTTTTGACAAAATACTAAAAAAAATATACAAATCAATGACCCGAAAAAATTGAAGGGTTT
1 AATT-TTTTTG-CACAATACTAAAAAAAATATA-AAATCAATG--CCAAAAAAATTGAAGGGTTT
* * *
59280 TTCACGCTTCTGATA-C-TGTTTTCTCATTTTTTTCCCGAAATTT-TTTTTAATTAAATCAAAAC
61 TTCACGCTTCTAATATCGT-TTTTCT-ATTTTTTTCCCG-AATTTATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * *
59342 AATATTCAGATGCTCGTAAAAAAAA-TCGTTAAATCGAATGTGACTAGGATTTGCCTTGATGAAT
123 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATTC-TTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATGAAT
* * *
59406 ATAGATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCAAAGCCACGGAACTCG
187 ATAGATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCAGAGCCCCGGAACTCG
* * * * * *
59471 TTTTTATCCAAAAATCGTGA-----ACATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGTCCC
252 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-ATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
* **
59531 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTATTGTCACAATACTCATACAAAATATATATAATTCAATGGCAAA
316 G-AAAATTTTTCCTCAATTTT-TTGTCACAATACT-A-A-AAAAAATATATAATTCAAT-GCCGA
* * *
59596 AAAAATTAAAAGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTCTTTTCCTGAATTTATTTCTT
375 AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTT-TT
* *
59661 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCTTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGCGAT
439 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGAT
*
59726 ATGGCTCGATGAATATAGATATTTTCA-TGAGTTTTAACGCCAAAAATCATACAAATCTGAGCCA
504 ATGGCTCGATGAATATAGATA-TTTCAGTGAGTTTT-ACGCCAAAAATCA-ACAAAACTGAGCCA
* * * * * *
59790 GAGCCCCGGAACTTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATTGTTAATACACGATTTCAGTTAAAATTTT
566 GAGACCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTC-GCTAAAATTTT
* * ** **
59855 ACAAAAACTGTCCTAAAAAATCATTCCTC
630 GCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTC
* * * * * * *
59884 AATTTTTTTGCCTCAAAATTCAAAAAAAAAATATAATTCAATGCCGAAAAAATTGAAGGATTTTT
1 AATTTTTTTG-CACAATACT-AAAAAAAATATA-AAATCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTT
* * *
59949 CACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTAAATCGAAACAAG
63 CACGCTTCTAATATCG-TTTT-TCTATTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * *
60014 ATTCAGATGTTCATAAAAAAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGGAATATGGCTCGATGAATATAG
126 ATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATTCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATGAATATAG
* * * * * * * * *
60079 ATATTTTAGTGAGTTTTTATGCCAAAAATCA-AGTAAAACTGAGTCTGTG-TCCGAAACGT-GTT
191 ATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATA-CAAAACTGAGCCAGAGCCCCGGAAC-TCGTT
* * * * *
60141 TTAAGACAAAAACCATGATTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATCTTATGC---AA---A----
254 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAT-TT-TGCAAAAACTGACCCG
* * * * * ** *
60196 AAAATTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAAAATTCT-GAAAACTTGA-ATAATTCAACGCC-AAAAA
317 AAAATTTTTCCTCAATTTTTTGTCAC--AATACTAAAAAAAAT-ATATAATTCAATGCCGAAAAA
* * ** * * * *
60258 GATTGAAAGG-TTTTTCACGCTTCTAATTTCGGTTTTCCATTTTTTTCC-CAATTAATATCTAAT
379 -ATTG-AAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAAT
* * ** ** * *
60321 AAAATCGAAACAACATTCAGATACTCGA-AAAAACAAATTGTTATATCGAATGTGGCTGGGATTT
442 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTC-ATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATAT
* * * * * * *
60385 GGCTCGATAAATGTAGATATTTCAAG-GATTCTTTACACCAAAAATCATGCAAAAGTGAGTC-G-
506 GGCTCGATGAATATAGATATTTC-AGTGAGT-TTTACGCCAAAAATCA-ACAAAACTGAGCCAGA
* * * *
60447 GGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTG
568 GACC-CGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCG-CTAAAATTTTG
*
60512 CAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCCTC
631 CAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTC
60540 AATTTTTTTGCCACAATACTAAGAAAAAAATATACAAATCAATGCCAAAAAAAATTGAAGGGTTT
1 AATTTTTTTG-CACAATACT-A-AAAAAAATATA-AAATCAATGCC-AAAAAAATTGAAGGGTTT
* * * *
60605 TTCACTCTTCTGATATCGTTTTCTCAAATTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCAAAAC
61 TTCACGCTTCTAATATCGTTTT-TC-TA-TTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * *
60670 AATATTCAGATGTTCGTAAAAACATATTCATAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGCCTTGATGAAT
123 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATGAAT
* *
60735 ATAGATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTTAGCCAGAGCCCCGGAACTTG
187 ATAGATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCAGAGCCCCGGAACTCG
* * *
60800 TTTTTAGCCAAAAACCGTAATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCTG
252 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG
* * *
60865 AAAATTTGTTCCTCAATTTTTTGTCACAATACTAAAAAAAAAATATAATTCAGTGTCGAAAAAAT
317 AAAATTT-TTCCTCAATTTTTTGTCACAATACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAAT
* *
60930 TGAAGGATTATTCACGCCTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTAAA
381 TGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTAAA
* *
60995 TCGAAACAAGATTCATATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAAAGTGGCTGGGATATGGCTC
446 TCGAAACAAGATTCAGATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGGCTC
* * * * * * *
61060 GATTAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTATGCCAAAAATCAAGTAAAACTGAGTCTGTG-TCCGA
511 GATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTACGCCAAAAATCAA-CAAAACTGAGCCAGAGACCCGA
* * * * *
61124 AACGTGTTTTAAGACAAAAACCATGATTGTTAGTACACGATTT--C----A----G------CT-
575 AACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCGCTAAAATTTTGCAAAAACTG
61172 -----AAAAATTTTTCCT-
640 ACCCGAAAAATTTTTCCTC
* *** * * * * *
61185 AA-TTTTTTGCCACAATATTCTGAAAACT-TGAATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTT
1 AATTTTTTTG-CACAATACTAAAAAAAATAT-AA-AA-TCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
* * * * * *
61248 TCACGCTTCTAATTTCGTTTTTCCA-TTTTTTCCC-AATTAATATCTAATAAAATCGAAACAACA
62 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * * *
61311 TTCAGATACTCGAAAAAACAAATTGTTATATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATAAATGTAG
127 TTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATGAATATAG
* * * * * * * * *
61376 ATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGTCTCGAAACACGTTTT
191 ATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCAGAGCCCCGGAACTCGTTTT
** *
61440 TAGCCAAAAGTCGTGTTGGTTAATACACGATTTC-GACTAAAATTTTGC-AAAACTGACCCGAAA
256 TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAG-CTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-AA
* * * * * *
61503 AATTTTTCCACAATATTTTTGCCCCAATACTAAGAAAAATATAGAAATCAATGCCGAAAAAAAGT
319 AATTTTTCCTCAAT-TTTTTGTCACAATACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCG-AAAAAA-T
* * * * * * *
61568 TGAAGGGTTTTTCACGCCTCTGATATCGTTTTCT-CAATTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAA
381 TGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT-TGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTAA
** * * * * *
61632 ATTAAAACAATATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATCTAATGTGGCTGGGAT-TGGCC
445 ATCGAAACAAGATTCAGATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGG-C
* * * * *
61696 TTGATGAATATAGATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCAGAGCCC
509 TCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGT-TTTACGCCAAAAATCA-ACAAAACTGAGCCAGAGACC
* ** *
61761 CGAAAC-TCGTTTTTATCCAAAAACTATGATAGTTATAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
572 CGAAACGT-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAG-T-TAATACACGATTTC-GCTAAAATTTTGCA
*
61825 AAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
633 AAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTC
* * * * * * *
61851 AATTTTTTTGTCACAATAATCATACAAAATATAAAATTCAATGGCAAAAATATTAAAGGATTTTT
1 AATTTTTTTG-CACAATACT-AAAAAAAATATAAAA-TCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTT
* * * * *
61916 CACGCTTCTAATATCGTTTTTGTAGTCTTTTCCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGCAACAAGAT
63 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * * * *
61981 TCAGATGGTCTTAAAAAGAAATCCTTAAATACGAATGTGGCTGCGATATGGCTCGATGAATATAG
128 TCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAAT-CGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATGAATATAG
* * * * * * *
62046 ATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGGACCCGGATA-ACGTTT
191 ATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCAGAGCCCCGGA-ACTCGTTT
* * ** ** *
62110 TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTTTGGCTAAAAAGTTGCAAAAACTGACCCAAAA
255 TTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA
* *
62175 ATTTTTTCTCAATTTTTTGTCACAATA-TCCAAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAATTGA
320 ATTTTTCCTCAATTTTTTGTCACAATACT-AAAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAATTGA
* *
62239 AGGATTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTTGTATTTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTGAAT
384 AGGATTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTGTA-TTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTAAAT
* * * * *
62304 CGAAACAAGATTCAGATGTTCGTACAAACAAATCTTTAAATCGAATGTGGCTGTGATATGACTCG
447 CGAAACAAGATTCAGATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGGCTCG
* * *
62369 ATGAATATAGATATTTCGGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCC-GGGAAGCCG
512 ATGAATATAGATATTTCAGTGAG-TTTTACGCCAAAAATCA-ACAAAACTGAGCCAGAG-ACCCG
* * * *
62433 --GCGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGATAACACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAA
574 AAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCG-CTAAAATTTTGC-AAAAA
62496 CTGACCCGAAAAAATTTTTTCCTC
637 CTGACCCG-AAAAA-TTTTTCCTC
62520 AATTTTTTTGCACAATACT
1 AATTTTTTTGCACAATACT
62539 CATAAAACAT
Statistics
Matches: 2162, Mismatches: 375, Indels: 237
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
635 19 0.01
636 95 0.04
637 127 0.06
638 139 0.06
639 28 0.01
640 28 0.01
641 5 0.00
642 54 0.02
643 6 0.00
644 16 0.01
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646 12 0.01
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652 2 0.00
653 1 0.00
655 4 0.00
656 95 0.04
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665 14 0.01
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673 3 0.00
674 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (658 bp):
AATTTTTTTGCACAATACTAAAAAAAATATAAAATCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
GATGCTCGTAAAAAAAATTCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATGAATATAGATATT
TTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCAGAGCCCCGGAACTCGTTTTTAGCC
AAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTT
CCTCAATTTTTTGTCACAATACTAAAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAATTGAAGGATTT
TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATTAAATCGAAACAAG
ATTCAGATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGGCTCGATGAATATA
GATATTTCAGTGAGTTTTACGCCAAAAATCAACAAAACTGAGCCAGAGACCCGAAACGTGTTTTT
AGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAT
TTTTCCTC
Found at i:62393 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 61172--62554 Score: 1476
Period size: 333 Copynumber: 4.1 Consensus size: 331
61162 GATTTCAGCT
* * * * * *
61172 AAAAATTTTTCCT-AATTTTTTGCCACAATATTC-TGAAAACT-TGAATAATTTAACGCC-AAAA
1 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGTCACAATA-CCATAAAAAATAT--ATAATTCAATGCCGAAAA
* ** * * *
61233 AGATTGAAAGG-TTTTTCACGCTTCTAATTTCG-TTTTT-CCATTTTTTCC-CAATTAATATCTA
63 A-ATTG-AAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTGTAATTTTTTCCTGAATTTATTTCTA
* * * * *
61294 ATAAAATCGAAACAACATTCAGATACTCGAAAAAACAAAT-TGTTATATCGAATGTGGCTGGGAT
126 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCT-TTAAATCGAATGTGGCTGGGAT
* * * * *
61358 TTGGCTCGATAAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-G
190 ATGGCTCGATGAATATAGATATTTC-AGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG
* * * ** * * *
61422 GGTCTCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGTTGGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTG
254 GGACCCGGAA-ACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
61487 C-AAAACTGACCCG
318 CAAAAACTGACCCG
* * * * * *
61500 AAAAATTTTTCCACAATATTTTTGCCCCAATACTA-AGAAAAATATAGAAATCAATGCCGAAAAA
1 AAAAATTTTTCCTCAAT-TTTTTGTCACAATACCATA-AAAAATATATAATTCAATGCCG-AAAA
* * * * * *
61564 AAGTTGAAGGGTTTTTCACGCCTCTGATATCGTTTTCT-CAATTTTTTCCCGAATTTATTTCTAA
63 AA-TTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTGTAATTTTTTCCTGAATTTATTTCTAA
** * * *
61628 TTAAATTAAAACAATATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATCTAATGTGGCTGGGAT-T
127 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCGAATGTGGCTGGGATAT
* * * * *
61692 GGCCTTGATGAATATAGATATTTTAGGGAGTCTTTACGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCAGA
192 GG-CTCGATGAATATAGATATTTCA-GGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGG
* * ** *
61757 G-CCCCGAAACTCGTTTTTATCCAAAAACTATGATAGTTATAATACATGATTTCGGCTAAAATTT
255 GACCCGGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAG-T-TAATACACGATTTCGGCTAAAATTT
*
61821 TGCAAAAACTGTCCCG
316 TGCAAAAACTGACCCG
* * * *
61837 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTTTGTCACAATAATCATACAAAATATAAAATTCAATGGC-AAAAA
1 AAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTTGTCACAAT-ACCATAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAA
* * *
61901 TATTAAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTGTAGTCTTTTCCTGAATTTATTTCTAAT
64 -ATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTGTAATTTTTTCCTGAATTTATTTCTAAT
* * * * * *
61965 TAAATCGCAACAAGATTCAGATGGTCTTAAAAAGAAATCCTTAAATACGAATGTGGCTGCGATAT
128 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAAT-CGAATGTGGCTGGGATAT
*
62030 GGCTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGG
192 GGCTCGATGAATATAGATATTTCAG-GAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGG
* * **
62095 ACCCGGATAACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTTTGGCTAAAAAGTTGCA
256 ACCCGGA-AACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
62160 AAAACTGACCC-
320 AAAACTGACCCG
*
62171 AAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGTCACAATATCCA-AAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAA
1 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGTCACAATA-CCATAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAA
* * *
62235 TTGAAGGATTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTTGTATTTTTTTTCCTGAATTTATTTTTAATT
65 TTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTGTA-ATTTTTTCCTGAATTTATTTCTAATT
* * * * *
62300 GAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTACAAACAAATCTTTAAATCGAATGTGGCTGTGATATGA
129 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGG
* * * *
62365 CTCGATGAATATAGATATTTCGGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGAAG
194 CTCGATGAATATAGATATTTCAG-GAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGGAC
** * * *
62430 CCGG-CGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGATAACACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAA
258 CCGGAAACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAA
62494 AACTGACCCG
322 AACTGACCCG
*
62504 AAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTT-TGCACAATACTCATAAAACATATATAA
1 -AAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTTGT-CACAATAC-CATAAAAAATATATAA
62555 ACCCTCTGTC
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 125, Indels: 74
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 12 0.01
329 12 0.01
330 23 0.03
331 74 0.08
332 79 0.09
333 231 0.26
334 103 0.12
335 64 0.07
336 131 0.15
337 129 0.15
338 28 0.03
339 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
AAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGTCACAATACCATAAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAAAT
TGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTGTAATTTTTTCCTGAATTTATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGGCT
CGATGAATATAGATATTTCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGGGACCCG
GAAACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT
GACCCG
Found at i:63672 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 62853--64043 Score: 1577
Period size: 332 Copynumber: 3.6 Consensus size: 328
62843 CTAAATGGCA
* *
62853 AAAACATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTGTATTCTTTTCCTGAATTTATTTCT
1 AAAA-ATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTCT
* * *
62918 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGCGAT
65 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGAT
* *
62983 ATGACTCGATGAATATAGATATTTTAGTGAGTTTTTATGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG
130 ATGACTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG
* ** *
63048 GGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACAATGATAGTTAATATACGATTTCGGCTAAAATTTT
195 GGACCCGGAA-ACGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTTTGGCTAAAATTTT
*
63113 GCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCTCAATTTTTTTGTCACAATACTCAAAAAAATGTATAATT
258 GCAAAAACTGACCC-AAAAATTTTCCTCAATTTTTTTGTCACAATACTC-AAAAAATATATAATT
63178 CAATGCCG
321 CAATGCCG
* * *
63186 AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATTGTTCTTGTATTTTTTTTCCTGAATTTATTTTT
1 AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTA-TTTTTTTCCTGAATTTATTTCT
* * * * *
63251 AATTGAATCCAAACAAGATTCAGATGTTCATAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGATGTGAT
65 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGAT
63316 ATGACTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG
130 ATGACTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG
63381 GGACCCGGATAACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTTTGGCTAAAATTTTG
195 GGACCCGGA-AACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTTTGGCTAAAATTTTG
* *
63446 CAAAAACTGACCCAAAAATTTTTTCTCTAAATTTTTTTTGTCACAATA-TCCAAAAATATATAAT
259 CAAAAACTGACCCAAAAA--TTTTC-CTCAA-TTTTTTTGTCACAATACTCAAAAAATATATAAT
63510 TCAATGCCG
320 TCAATGCCG
* *
63519 AAAAATTGAAGGATTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTTTA
1 AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTCTA
* * * *
63584 ATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGTTTGTACAAACAAATACTTAAATCGAATGTGGCTGGGATA
66 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATA
* * *
63649 TGGCTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTT-CAGCCAAAAACCATACAAAACTTAGCCGG
131 TGACTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTAC-GCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGG
* * * *
63713 GGATCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAACACACGATTTCT-GCTAAAATTT
195 GGACCCGGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTT-TGGCTAAAATTT
* * * * * * *
63776 TGCATAAACTTACCTGAAAAAATTTTCCTCAATATTTTTGACACAATACTAAAAAAAATATACAA
257 TGCAAAAACTGACC--CAAAAATTTTCCTCAATTTTTTTGTCACAATACT-CAAAAAATATATAA
*
63841 ATCAATGACCCG
319 TTCAATG--CCG
* * * * * *
63853 AAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTGATATCCTTTTCT-CATTTTTTTCCCGAATTTATTTC
1 -AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT-TGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTC
* * * * *
63917 TAATTAAATCAAAACAATATTCAGATGCTCGT-AAAA-AAATCGTTAAATCGAATGTGGCTAGGA
64 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGA
* ** * * * * *
63980 TTTTCCTTGATGAATATAGATATTTTAGGGAGTGTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTAAGCC
129 TATGACTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCC
64044 AG
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 71, Indels: 38
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 16 0.02
331 13 0.02
332 314 0.41
333 309 0.40
334 19 0.02
335 96 0.12
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCTGAATTTATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATA
TGACTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGGG
GACCCGGAAACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATATACGATTTTGGCTAAAATTTTGCA
AAAACTGACCCAAAAATTTTCCTCAATTTTTTTGTCACAATACTCAAAAAATATATAATTCAATG
CCG
Done.