Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018163.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18196, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:726 original size:335 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1--4014 Score: 3508
Period size: 335 Copynumber: 12.1 Consensus size: 331
* * *
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTCGCTGGGATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * ** *
66 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTC-AGGGTCTTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAA
66 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGA-GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-----CAA
* * * * * * *
130 AAACCATAATGGTTAGTAAACGATTTCTGCTAAAATTTTACAAAAGAATGACCAGAAAAATTTTT
125 AAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA-ACTGACCAGAAAAATTTTT
* * *
195 CCTCAATTTTTTAGTCACAATACTCGAAAAAAA-ATATAATTCAATGCCGAAAAAATTTGAAGGA
189 CCTCAATTTTTT-GCCACAATACTC-AAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAA-TTGAAGGG
* * * * * *
259 TTTTTCACGCTTCTAATATCCTTTTTTGTATTTTTTTTCCTAAATTTATTTTTAATTGAATCGAA
250 TTTTTCACGCTTCTAATAT-CGTTTTT-CAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
324 ACAAGATTCAGATGTTCGT
313 ACAAGATTCAGATGTTCGT
** * * * *
343 AAAATGAAATCCTTAAATCGAATGTGGTTGTGATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * *
408 TTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
66 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * *
473 TGATAGATAACACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAACTGATCC-GAAAAATTTTTCCTCAA
131 TGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCAGAAAAATTTTTCCTCAA
* * *
537 TTTTTTTGCCACAATACTAAGAAAAAATATACAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGGGTTTTTCA
195 -TTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCA
* * * * *
602 CGCTTCTGATATCATTTTCTCAATTCTTTTCCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
257 CGCTTCTAATATCGTTTT-TCAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
667 CAGATGTTCGT
321 CAGATGTTCGT
* * * * *
678 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTAGCTGGGATTTGCCTTAATGAATATAGATATTTTAGAGA-
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * *
742 TTCTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCC-AGAGCCCCGGAACTCGTTTTTAGCCAACAAC
66 TT-TTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* * * *
806 CGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCTGAAAAATTGTTCCTCA
129 CGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCCTCA
* * *
871 ATTTTTTTGTCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAATGCCTAAAAAATTGAAGGATTTTTCA
194 A-TTTTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTTCA
* * ** * * *
936 CGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTTCCTGGATTTATTTTTAATAAAATCGAAACAAGATT
257 CGCTTCTAATATCGTTTTT-CAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
1001 CAGATGTTCGT
321 CAGATGTTCGT
* *
1012 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * * * * * * * ** *
1077 TTTTTATGCCAAAAATTAAAGTAAAACTGAGTCTG-TG-TCCGAAATGTGTTTGAAGACAAAAAA
66 TTTTTACGCCAAAAA-TCATGCAAAACTGAG-CCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-C-CAAAA
* * * * * ** *
1140 AACATGATTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTT------A-TG--CAAAAAAATTTTT-CT
127 ACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCCT
* * * ** *
1195 TAATTTTTTGCCAAAATATTCTGAAAACT-TGAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
192 CAATTTTTTGCCACAATACTCAAAAAAATAT--ATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGGTTTT
* * * * * *
1259 TCACGCTTCTAATTTTGTTTTTCCATTTTTTTCC-AAATTAATATCTAATAAAATCGAAACAACA
254 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
** *
1323 TTCAGATACTCGA
319 TTCAGATGTTCGT
** * * * * *
1336 AAAAACAAATTGTTATATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTCGATAAATGTAGATATTTGAAG-GA
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTT-CAGTGA
* * * * **
1400 GTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG-GGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTC
65 GTTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
1464 ATGATGGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAA
130 GTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAA
** * * * *
1529 TTTTTTTGTGAAAATACTCAAAAAAAATATACAATTCAATGCCGAAAAAATTGAAGGATTTTTCA
195 -TTTTTTGCCACAATACTC-AAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTTCA
* ** * *
1594 CGCTTCTAATATCGTTTTT-TA-TTTTTTCCTGGATTTATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTC
257 CGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
1657 AGATGTTCGT
322 AGATGTTCGT
* * * * *
1667 AAAATCAAATTCTTGAATCGAATGTGGTTGGGATATGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * *
1732 TTTTTACGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCG
66 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * *
1797 TGATAGTTAACACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTGAAAAATTTTTCCTCAAT
131 TGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAAT
* * * *
1862 TTTTTTCCACAATACTAAGAAAAAATATACAATTCAATGCCAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
196 TTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCC--AAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
* * ** * * *
1927 GCTTCTAATATCATTCTCTCAATTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCAAAACAATATTC
258 GCTTCTAATATCGTT-TTTCAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* *
1992 AGATGCTCGC
322 AGATGTTCGT
* * * * * **
2002 AAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTAGCTGGGATTTGCCTTGATGAATATAGATATTTTAGAAAG
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * *
2067 TCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-AGAGCCTCGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAACC
66 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
2131 GTGATTGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCGA
130 GTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCCTC-A
* * * *
2196 TTTTTTTGTCACAATACTCAAAAAATATATATAATTCAATGCCGAAAAAATTGAAGGATTTTTCA
194 ATTTTTTGCCACAATACTCAAAAAA-ATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTTCA
** * * * *
2261 CGCTTCTAATATCGTTTTTGTATTTTTTTCCCTGAATTTATTTTTAATTGAATCGAAACAAGATT
257 CGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTT-CCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
*
2326 CAGGTGTTCGT
321 CAGATGTTCGT
* *
2337 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATATGGCTCGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * *
2402 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTC-AGGGTCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAA
66 TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGA-GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-----CAA
* * * * * * * * *
2466 AAATCGTAATGGTTAGTAAACGATTTCTGTTAAAATTTTACAAAAAAAATGACCAGAAAATTTTT
125 AAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC--AAAAACTGACCAGAAAAATTTT
* * * * * *
2531 TCCTCAATTTTTAGCCACTATATTCATACAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAATGGC
188 TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGGT
* * ** *
2596 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCC-GGATTAATTTCTAATTAAAACGAAAC
251 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-CAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* *
2660 ATGATTCAGATGTTTGT
315 AAGATTCAGATGTTCGT
*
2677 ---AA-AAA--C---AAT-G-A-----CTGGTATTTGG-TTAGATGAATATAGATATTTCAAG-G
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTT-GATGAATATAGATATTTC-AGTG
* * * * * * * *
2724 AG-TCTCAGCGGCAAAAACCATTCAAAATTGAACCGA-GCCCC-AGAACGCGTTTTTTGCCAAAA
64 AGTTTTTA-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCC---A
* * * * * * * *
2786 AAAACCATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCTGAAAGATATTT
124 AAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTT
* * * * * *
2851 CCTCAATTTTTAGTCATAATACTTATAAAACAATATATAATTTAACGCCAAAAATATTGAAGGGC
189 CCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGGT
* *
2916 TTTTCACTCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
251 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCA-ATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* **
2980 AAGATTCAAAAATTCGT
315 AAGATTCAGATGTTCGT
* * ** ** * *
2997 AAAAATAAATCCTTAAATTC-AATGTGTCTAAGATTT-TATTAGATGAACATAGATACTTCAAG-
1 AAAAACAAATCCTTAAA-TCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTT-GATGAATATAGATATTTC-AGT
* * * * *
3059 GAG-TGTTA-GCGC-----T-ATGCGAAATTAAGCCGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTAGCCAAAA
63 GAGTTTTTACGC-CAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
* * * * * *
3115 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAAATTACC-GAAACATTTTTTT
127 ACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCAGAAA-A-ATTTTT
* * * ** * * * * * *
3179 CCCCAATATTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACGCCGAAAAGATTGGAGGATT
189 CCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTT
* * * ** *
3244 TTTTACGTTTTTAATATTATTTTTC-ATATTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
252 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
*
3307 GATTCGGATGCTT-GT
317 GATTCAGATG-TTCGT
* * * * * *
3322 AAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GATTAGATGAATATGGATATCTTAAG-
1 -AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTT-GATGAATATAGATAT-TTCAGT
* ** ** * * **
3385 GAGTCTTGGCATCAAAAAT-ATTGCAAAACTGAGCCGGGGCACC-AGAACGTTTTTTTAGCCAAA
63 GAGTTTTTACGCCAAAAATCA-TGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAA
* * * * * * * *
3448 AACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTTAAATTTTGTAAAAATTGACCAGGAAGA-TATTCC
126 AACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCC
* * * * *
3512 TCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAGATTGAAGGGCTT
191 TCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAA-ATTGAAGGGTTT
* ** * * * *
3577 TTGACATTTCTAATATCGCTTTTC-CTATCTTTTCC-AAATTAATTTCTAATTTAATC-AAACCA
253 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAT-TTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CA
* * *
3639 AGATTCAAATGCTAGT
316 AGATTCAGATGTTCGT
* * *
3655 AAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTT-GATTAGATGAATATAGATATTTCAAGT-
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTT-GATGAATATAGATATTTC-AGTG
* * * * * * *
3718 AG-TCTCAGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGAGTCCCCGAAACGCGTTTTTAGGCAAAAA
64 AGTTTTTA-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * * * * * * *
3782 CTGTGATGGTTTGTTAGTACACCATTTCGACTAAAATTTTGCAAACATTGACACA-AAAGATTTC
128 CCGTGAT-G---GTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAC-CAGAAAAATTTT
* * * * *
3846 TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGGCT
188 TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGG-T
* *
3911 TTTT-ACGCTTTTAATATCGTATTTC--TTATATTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
251 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATT-T-TTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
*
3972 CAAGATTCAGATGCTCGT
314 CAAGATTCAGATGTTCGT
* *
3990 AAAAACAAATTCTTAAATCCAATGT
1 AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGT
4015 TACTGAGATT
Statistics
Matches: 3029, Mismatches: 510, Indels: 273
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
319 44 0.01
320 96 0.03
321 68 0.02
322 4 0.00
323 47 0.02
324 155 0.05
325 86 0.03
326 142 0.05
327 69 0.02
328 33 0.01
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330 36 0.01
331 212 0.07
332 316 0.10
333 85 0.03
334 255 0.08
335 743 0.25
336 239 0.08
337 91 0.03
340 75 0.02
341 65 0.02
342 143 0.05
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
TTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
TGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAAT
TTTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCT
TCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
GTTCGT
Found at i:4404 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 4380--4409 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
4370 ATAAATAATA
4380 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
4395 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
4410 AATAATTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:22861 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 22799--22865 Score: 80
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
22789 GTGCACAAAA
* ** * *
22799 ATTTAAAAGTTTATGGGATGAAATGTTAAG
1 ATTTTAAAGTTTATGGGACAAAACGTCAAG
22829 ATCTTTAAAGTTTATGGGACAAAACGTCAAG
1 AT-TTTAAAGTTTATGGGACAAAACGTCAAG
22860 ATTTTA
1 ATTTTA
22866 GAAGCAAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 2
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
30 6 0.19
31 25 0.81
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
ATTTTAAAGTTTATGGGACAAAACGTCAAG
Done.