Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018169.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18202, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * *
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*
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65 CGTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-
* *
131 GAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGT
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*
196 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCAT-ACAAATTTGAGCTGGGGCTCCGG
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* *
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*
325 GACCCGAAAAG
323 GACCCGAAAAT
* * *
336 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAAATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
* * *
401 GTGATTTTAACACTTCTAATATT-TTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGG
66 GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT-CG
* * *
465 AAAAAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
130 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
**
530 GAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGCCGGGGCTCCGGAA
195 GAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAA
*
595 CGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
260 CGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTGA
*
660 CCCCAAAAT
325 CCCGAAAAT
* *
669 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACG--AAAAAAACGTGA
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATA-TTGA
* * * * * *
732 AG-GATTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTT-CATGT-TTTTCCGAATTTATTTCAAATTAAATC
65 CGTGA-TTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
794 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGAGGCTGTGATTTGGTTCGA
129 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * * ** * *** *
859 TGAATATAGATATTTCAAGAATTCTTTTAGCCAAACAT-ATGCAAAA-CAAAGTCGGGG-TCCCG
194 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTTGGGGCT-CCG
* * * *
921 AAACGCG-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTCTGCT---A------AAAA-
257 GAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAT
*
975 CTGTCCCGATAAA-
321 CTGACCCGA-AAAT
* *
988 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAGTACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
** * * *
1053 AAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTATCCATTTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATC
66 GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCA-TT-TCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * *
1118 GAAACAAGATTTAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATCCGA
129 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * **
1182 TGAATATTCATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCTT-GGGCTCTAG
194 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAG-TTGGGGCTCCGG
* *
1246 AACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATCGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCA
258 AACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCT
*
1311 GACCCGAAAAG
323 GACCCGAAAAT
* * * ** * *
1322 TTTTTTCTCCATTTTTTGACACAGTACTCTTAAAAAATATATAATTGAACTCCAAAAATATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
* * *
1387 GTGATTTTCCCACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGG
66 GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC--
*
1452 GAAA-AA-ATTCAGATGCTCGTAAAGACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
129 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * * *
1515 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGAAAATTTGAGCTGGGCCTCCTGA
194 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGA
* * *
1580 ACGTGTTTTTAGCCAAAAATAGTGATCGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTG
259 ACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTG
* *
1645 ACCCCAAATT
324 ACCCGAAAAT
* * * * * * *
1655 TTTTTTTTCAAATTTTTTTCCACAATACTTAGAAAAAAAATATAATTCAACG-AAAAAAAATTAA
1 TTTTTTCTC-AATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGA
* * * * * * * * *
1719 AGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTT-TATGT-TTTTCCGAATTTATTTCAAATTAAATCG
65 CGTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
*
1782 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
130 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
* * * *
1847 GAATATTGATACTTCGAGAAGTATTTGTGCCGAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAA
195 GAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAA
*
1912 CGTGTTTTTAG-C------C---------A--A-ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
260 CGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTGA
*
1958 CCCCAAAATT
325 CCCGAAAA-T
* * *
1968 TTTTTTCTTAAGTTTTTGCCACAATACAT-AGAAAAAATATATAATTC--TG------A-A-TG-
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC-TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGA
** * * * *
2021 -GT--TTTTTTCGCTTCTAATATCGTTTTT-CATGT-TTTTCTGAATTTATTT-TAAATTAAATC
65 CGTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCT-AATTAAATC
* * ** * *
2080 GAAACAAGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATATAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGA
129 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * * ** * * * * * *
2145 TGAATATAGATATTTCAAGAATTCTTTTAGCCAAACAT-ATGCAAAA-CTAAGTCGGGGCCCCGA
194 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTTGGGGCTCCGG
** * *
2208 AACG-CCTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTCTGCT---A------AAAAT-
258 AACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATC
* *
2262 TTACCCGATAAAA
322 TGACCCGA-AAAT
* * * * * *
2275 ATTTTTCTCAATTTTTCGCCACAGTAATCTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
** * *
2340 AAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTATCCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
66 GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTT-CTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * *
2405 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTCGAT
130 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
* * *
2470 GAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAATTTGAGTTGGGGCTCTGGAA
195 GAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAA
*
2535 CGTG-TTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCAGA
260 CGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTGA
*
2599 CCCGAAAAG
325 CCCGAAAAT
* * * *** * * *
2608 TTTTTTCTCCATTTTTTGACACAGTACTTTTAAAATATATATAATTGAACTCCAAAAATATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
* * *
2673 GTGATTTTCCCACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGG
66 GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-G
*
2738 AAA-AGAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
130 AAACA-AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * ** *
2802 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAATAATCATGAAAATTTGAGATGGGGCTTTGTA
194 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGA
* *
2867 ACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG--------TT-AAAAAT-TG
259 ACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTG
*
2922 -CCCGAAAAC
324 ACCCGAAAAT
* * * * * * *
2931 TTTTTCCTTAATTTTTTTCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTGAACACCAAAAAGATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
* *
2996 GTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAGTTTCTAATTAAATCAG
66 GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-G
* * * *
3061 AAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTACATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
130 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
* * * * * * * * *
3126 GAATATTGATAATTCGAAAAGTCTTTGTGCTAAAAATCATGTAAATTTGTGTCGGGGCTTCAGAA
195 GAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAA
* * * *
3191 CGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATGTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
260 CGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTGA
*
3256 CCAC-AAGAT
325 CC-CGAAAAT
* * * * *
3265 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAACTATATAATTCAACG-AAAAAAAAGTGAA
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAC
* * * * * *
3329 GGGTTTTTTC-TGCTTCTAATATCGTTTTT-CATGT-TTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCG
66 GTG-ATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * * *
3391 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATACAATGTGGTTGTGATTTA-GTTCGA
130 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTAGGTTCGA
* * * *** * * * * * * *
3455 TGAATATAGATATTTCAAGAATTCTTTTTACCAAACAT-ATGCAAAA-CTAAGTCGAGGCCCCGA
194 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTTGGGGCTCCGG
* * *
3518 AACGCG-TTTTAGCC-AAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTTCTGCT---A------AAAAT-
258 AACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATC
*
3571 TGATCCGAAAAT
322 TGACCCGAAAAT
* * * *
3583 TTTTTTCTTAATTGTTTGCCACAGTACT-ATG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATGGA
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGA
** * * * *
3646 CAAGATTTTCACGCTTCTAATATTATTTATCCATTTATTTTTCCGTATTAATTTCTAATTAAATC
65 CGTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTT-CTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
3711 GAAA
129 GAAA
3715 ATTTTCGGCT
Statistics
Matches: 2869, Mismatches: 386, Indels: 261
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
297 6 0.00
298 20 0.01
299 143 0.05
301 1 0.00
303 1 0.00
304 2 0.00
305 1 0.00
306 1 0.00
307 44 0.02
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309 2 0.00
310 1 0.00
312 71 0.02
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314 1 0.00
315 3 0.00
316 5 0.00
317 34 0.01
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320 32 0.01
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323 346 0.12
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325 90 0.03
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327 24 0.01
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329 47 0.02
330 182 0.06
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335 1 0.00
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Consensus pattern (333 bp):
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GTGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATG
AATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAAC
GTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTGAC
CCGAAAAT
Found at i:3689 original size:986 final size:975
Alignment explanation
Indices: 1--3668 Score: 4026
Period size: 986 Copynumber: 3.8 Consensus size: 975
* *
1 CTTTTTCCTCAATTTTTTTCCACAATACTCTAAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGA
1 CTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGA
66 CGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
66 CGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-
* *
131 GAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGT
130 GAAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * *
196 TGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAATTTGAGCTGGGGCTCCGGA
195 TGAATATTGATATTTCGAAAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCTGGGGC-CCAGA
*
261 ACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCAG
259 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCAG
*
326 ACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAAATATAATTCAACGACAA
324 ACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGA-AA
* * *
391 AAAGATTGACGTGATTTTAACACTTCTAATATT-TTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTA
388 AAATATTGAAG-GATTTTTACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTA
* * * *
455 ATTAAATAGGAAAAAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGAT
452 ATTAAAT-CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
*
520 TAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGCCGG
516 TAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGG
*
585 GGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
581 GGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
650 CAAAAACTGACCCCAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATATATAAT
646 ----AACT-A-CCCAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACT-ATGAAAAAATATATAAT
* * *
714 TCAACG-AAAAAAACGTGAAGGATTTTTTACGCTTCTAATATC--GTTTTTCATGTTTTTCCGAA
704 TCAACGCAAAAAAATG-GAAAGA-TTTTCACGCTTCTAATATCTTGTTTTTCATGTTTTTCCGAA
* *
776 TTTATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGA
767 TTTATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * * * * *
841 GGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAATTCTTTTAGCCAAACAT-ATGCAAAA
832 GGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGAGCCAAA-ATCATG-AAAA
*** *
905 -CAAAGTCGGGG-TCCCGAAACGCG-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTCT
895 TTTGAGT-GGGGCT-CCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCT
*
967 GCTAAAAACTGTCCCGATAAA
957 G-TAAAAACTGACCCGA-AAA
* * * *
988 -TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAGTACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGA
1 CTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGA
** * * * *
1052 CAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTATCCATTTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
66 CGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCA-TT-TCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * *
1117 CGAAACAAGATT-TAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATCC
129 CGAAAAAAGATTCT-GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTC
* * * *
1180 GATGAATATTCATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCTTGGGCTCTA
193 GATGAATATTGATATTTCGAAAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCTGGGGC-CCA
* * *
1245 GAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATCGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATC
257 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATC
* * * ** * **
1310 AGACCCGAAAAGTTTTTTCTCCATTTTTTGACACAGTACTCTTAAAAAATATATAATTGAACTCC
322 AGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAC-GA
* ** *
1375 AAAAATATTGACGTGATTTTCCCACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTTCGAATTAATTTC
386 AAAAATATTGAAG-GATTTTTACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTC
*
1440 TAATTAAATCGGGAAA-AA-ATTCAGATGCTCGTAAAGACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
450 TAATTAAATC--GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
*
1503 GATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGAAAATTTGAG-
513 GATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGT
* * * *
1567 CTGGGCCTCCTGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATAGTGATCGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
578 CGGGGCC-CCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * *
1632 TTTGCAAAAACTGACCCCAAATTTTTTTTTTCAAATTTTTTTCCACAATACT-TAGAAAAAAAAT
642 TTTG----AACT-A-CCCAAAATTTTTTTCTC-AATTTTTTGCCACAATACTAT-GAAAAAATAT
* * * * *
1696 ATAATTCAACGAAAAAAAAT-TAAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATC--GTTTTTTATGTTTTT
699 ATAATTCAACGCAAAAAAATGGAAA--GATTTTCACGCTTCTAATATCTTGTTTTTCATGTTTTT
*
1758 CCGAATTTATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCC
762 CCGAATTTATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * *
1823 AATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATACTTCGAGAAGTATTTGTGCCGAAAATCATG
827 AATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGAGCC-AAAATCATG
* * *
1888 AAAATTTGAGTTGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCC--AAA-C--GAT--TTCGGCTA-A-AAT
891 AAAATTTGAG-TGGGGCTCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT-AG-TACACGAT
* *
1944 TT-TGCAAAAACTGACCCCAAAA
953 TTCTGTAAAAACTGACCCGAAAA
* * * * *
1966 TTTTTTTTCTTAAGTTTTTGCCACAATACAT-AGAAAAAATATATAATT---CTG------A-A-
1 -CTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATAC-TCTGAAAAAATATATAATTGAAC-GCCAAAAAGAT
** * * * * *
2019 TG--GT--TTTTTTCGCTTCTAATATCGTTTTT-CATGT-TTTTCTGAATTTATTT-TAAATTAA
63 TGACGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCT-AATTAA
* * ** * *
2077 ATCGAAACAAGATTCAT-ATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATATAATGTGGCTGTGATTTGGT
127 ATCGAAAAAAGATTC-TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGT
* * ** * ** *
2141 TCGATGAATATAGATATTTC-AAGAATTCTTTTAGCCAAACAT-ATGCAAAACTAAG-TCGGGGC
191 TCGATGAATATTGATATTTCGAA-AAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCT-GGGGC
* * * *
2203 CCCGAAACGC-CTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTCTGCTAAAA-ATT---
254 CCAG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCA
** * * * *
2263 ---T---ACCCGATAAAAATTTTTCTCAATTTTTCGCCACAGTAATCTGAAAAAATATATAATTC
317 AAATCAGACCCGA-AAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
2322 AATGCCAAAAATATTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTATCCATTTATTTTTCCGAAT
381 AACG-AAAAAATATTGA-AGGATTTTTACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTT-CTTTTCCGAAT
*
2387 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTG
443 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * *
2452 CCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAATT
508 GCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATT
* * *
2517 TGAGTTGGGGCTCTGGAACGTG-TTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
573 TGAGTCGGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* * * * * * * *
2581 AAATTTTGCAAAATCAGACCCGAAAAGTTTTTTCTCCATTTTTTGACACAGTACTTTTAAAATAT
638 AAATTTTG---AA-C-TACCC-AAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTATGAAAAAAT
* * * * ** * * *
2646 ATATAATTGAACTCCAAAAATATTGACGTGATTTTCCCACTTCTAATA--TTGTTTTTCCATTTC
697 ATATAATTCAAC-GCAAAAAAATGGA-AAGATTTTCACGCTTCTAATATCTTGTTTTT-CATGT-
* * * *
2709 TTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGGAAA-AGAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
758 TTTTCCGAATTTATTTCAAATTAAATC-GAAACA-AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
*
2773 AAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAATA
821 AAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGAGCCAA-A
** *
2838 ATCATGAAAATTTGAGATGGGGCTTTGTAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
885 ATCATGAAAATTTGAG-TGGGGCTCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* *
2903 CGATTTCGGTTAAAAATTG-CCCGAAAA
949 CGATTTCTG-TAAAAACTGACCCGAAAA
* * *
2930 CTTTTTCCTTAATTTTTTTCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTGAACACCAAAAAGATTGA
1 CTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGA
*
2995 CGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAGTTTCTAATTAAATCA
66 CGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-
* *
3060 GAAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTACATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
130 GAAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGA
* * * * * *
3125 TGAATATTGATAATTCGAAAAGTCTTTGTGCTAAAAATCATGTAAATTTGTG-TCGGGGCTTCAG
195 TGAATATTGATATTTCGAAAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCT-GGGGC-CCAG
* * * * *
3189 AACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATGTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACT
258 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCA
* * *
3254 GACCAC-AAGATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAACTATATAATTCAACGAA
323 GACC-CGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGAA
* * * * * * * *
3318 AAAAAAGTGAAGGGTTTTTTCTGCTTCTAATATCGTTTTT-CATGT-TTTTCCGAATTTATTTCT
387 AAAATATTGAAGGATTTTTAC-ACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * *
3381 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATACAATGTGGTTGTGAT
451 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-
* * * *** * * *
3446 TTA-GTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAATTCTTTTTACCAAACAT-ATGCAAAA-CTAAGTC
515 TTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTC
* * * * * *
3508 GAGGCCCCGAAACGCG-TTTTAGCC-AAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTTCTGCTAAAA-A
579 GGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATT
* * * *
3570 TTG-A-T-CCGAAAATTTTTTTCTTAATTGTTTGCCACAGTACTATG-AAAAATATATAATTCAA
643 TTGAACTACCCAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTATGAAAAAATATATAATTCAA
*
3631 CGCCAAAAATATGGACAAGATTTTCACGCTTCTAATAT
708 CG-CAAAAAAATGGA-AAGATTTTCACGCTTCTAATAT
3669 TATTTATCCA
Statistics
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0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (975 bp):
CTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGA
CGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
AAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGAT
GAATATTGATATTTCGAAAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCTGGGGCCCAGAAC
GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCAGAC
CCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGAAAAAA
TATTGAAGGATTTTTACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGT
TCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCCC
CGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAACTA
CCCAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTATGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAA
AATGGAAAGATTTTCACGCTTCTAATATCTTGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTTATTTCAAATTA
AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGT
TCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGAGCCAAAATCATGAAAATTTGAGTGGGGCTCCG
AAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCTGTAAAAACTGACCCGAAAA
Found at i:4179 original size:490 final size:480
Alignment explanation
Indices: 3231--4164 Score: 1162
Period size: 490 Copynumber: 1.9 Consensus size: 480
3221 GTACATGATG
*
3231 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCACAAGATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
1 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAAAAGATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
* *
3296 AAAAACTATATAATTCAACGAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTTCTGCTTCTAATATCGTTTTTCAT
66 AAAAAATATATAATTCAACGAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTTCTGCTTCTAATATCATTTTTCAT
* * *
3361 GTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTT
131 GCTTCTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * ** *
3426 AAATACAATGTGGTTGTGATTTAGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAATTCTTTTTACCAAAC
196 AAATACAATGTGGCTGAGATTTAGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTGCACCAAAA
* *
3491 ATATGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTAGCCAAATTCGTGATGGTTAGTACACGA
261 ATAAGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTAGCCAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA
* *
3556 TTTTCTGCTAAAAATTGATCCGAAAATTTTTTTCTTAATTGTTTGCCACAGTACTATGAAAAATA
326 TTTTCTGCTAAAAACTGATCCGAAAATTTTTTTCTCAATTGTTTGCCACAGTACTATGAAAAATA
* * *
3621 TATAATTCAACGCCAAAAATATGGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTATTTATCCATTTATTT
391 TATAATTCAACGACAAAAACATGGACAAGATTTTCACACTTC----A-TA--TAT-CATTTATTT
3686 TTCCGTATTAATTTCTAATTAAATCGAAAATTT
448 TTCCGTATTAATTTCTAATTAAATCGAAAATTT
*
3719 TCGGCTAAAATTTTGCAAGAACTGACCCAAAAG-TTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATACTCA
1 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCAAAAGATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA
* *
3782 GAAAAAATGTTTAATTCAACGAAAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTT-TACGCTTCTAATATCATTT
65 GAAAAAATATATAATTCAACG--AAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTTCT--GCTTCTAATATCATTT
* *
3846 TTCATGCTTCTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTGAAAACAAA
126 TTCATGCTTCTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * * *
3911 TCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTT-GATTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCG
191 TCCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTAG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTGCA
** * * * * *
3975 CCAAAAATCAAGCAAATTTGAG-CTGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
255 CCAAAAAT-AAGCAAAACTAAGTC-GAGGCCCCGAAACGCG-TTTTAGCC-AAAATCGTGATGGT
* *
4039 TAGTATACGATTTTGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGATCCGAAAA-TTTTTTCTCAATTTTTTG
316 TAGTACACGATTTT--C--------TGCTAAAAACTGATCCGAAAATTTTTTTCTCAATTGTTTG
* * * * **
4102 CCACAGTACTCTGAGAAAATATATAATTGAACGACAAAAGCATTGACTTGATTTTCACACTTC
371 CCACAGTACTATGA-AAAATATATAATTCAACGACAAAAACATGGACAAGATTTTCACACTTC
4165 TAATATTGTT
Statistics
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0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (480 bp):
TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAAAAGATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
AAAAAATATATAATTCAACGAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTTCTGCTTCTAATATCATTTTTCAT
GCTTCTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
AAATACAATGTGGCTGAGATTTAGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTGCACCAAAA
ATAAGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTAGCCAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA
TTTTCTGCTAAAAACTGATCCGAAAATTTTTTTCTCAATTGTTTGCCACAGTACTATGAAAAATA
TATAATTCAACGACAAAAACATGGACAAGATTTTCACACTTCATATATCATTTATTTTTCCGTAT
TAATTTCTAATTAAATCGAAAATTT
Found at i:4344 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 3717--4736 Score: 1257
Period size: 332 Copynumber: 3.0 Consensus size: 328
3707 AATCGAAAAT
*
3717 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAGAACTGACCCAAAAGTTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATACTC
1 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAA--TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC
* * * * *
3781 AGAAAAAATGTTTAATTCAACGAAAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTTTACGCTTCTAATATCATTT
64 AGAAAAAATATATAATTCAACG-ACAAAAAAAGTG-ATGG-TTTTTTACGCTTCTAATATCGTTT
*
3846 TTCATGCTTCTC-T-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTGAAAACA
126 TTCATG-TTCTCTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAAA
*
3909 AATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGC
189 AATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGC
* * *
3974 GCCAAAAATCAAGCAAATTTGAG-CTGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
254 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
4038 TTAGTATACGA
318 TTAGTATACGA
* * * *
4049 TTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAGTACTCT
1 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCCAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA
* * ** * * * * * *
4114 GAGAAAATATATAATTGAACGACAAAAGCATTGACTTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTTTTC
65 GAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAGTGA-TGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTT-
* * *
4179 CAT-TTCTCTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCAGGAAA-AAGATTCAAATGCTCGTAAAAAAA
128 CATGTTCTCTT-CGAATTTATTTCTAATTAAATC--GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAA
*
4242 ATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCG
190 ATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCG
* * *
4307 CCAAAAATCATGAAAATTTGTGTCGGGGCTTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
255 CCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
* * *
4372 AATACATGA
320 AGTATACGA
* * *
4381 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCCCAAAGTTTTTTTTCTCGATTTTTTGCCACAATAC
1 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA--CCCAAA--ATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC
4446 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAGTGATGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTT
62 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAGTGAT-GGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTT
* * *
4511 TTAATGTT-T-TTCTGAATTTATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
126 TTCATGTTCTCTTC-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-A
* * * * * *
4574 AATCCTTAAATACAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAGATAATTTCGAGGAGTCTTTA
189 AATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGAT-ATTTCGAGAAGTCTTTG
* * * *
4639 CACCAAAAATCATGCAAAA-TTGAGTTGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGA
253 CGCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGC--CAAAAATCGTGA
4703 TGGTTAGTTAGTACACGA
315 TGGTTAG-TA-T--ACGA
4721 TTTCGGCTAAAATTTT
1 TTTCGGCTAAAATTTT
4737 CAAGGATTCT
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 76, Indels: 44
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 5 0.01
330 23 0.04
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332 255 0.44
333 91 0.16
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336 17 0.03
337 2 0.00
340 19 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
AAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAGTGATGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCAT
GTTCTCTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCCTT
ATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAA
ATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATA
CGA
Found at i:5345 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 4751--8277 Score: 3620
Period size: 330 Copynumber: 10.8 Consensus size: 330
4741 GATTCTTTTT
* * * * * * *
4751 GCCAAAAAT-ATGCAAAA-CTGAGTCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * * * * *
4814 TTAGTACACGATTTCGGTTAAAA-ATTGC-----CCGA---AAA-CTATTTCCTCAATTTTTT-T
65 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGC
* * * * * * * * * *
4868 CACAATACTCTGAAAAAAATATATATAATTGAACACCAAAAAGACTGACGTGATTTTCACACTTC
130 CACAATACTC--AGAAAAA-ATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTC
* *
4933 TAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAGAAAAAAGATTCAGATG
192 TAATATTGTTTTT-CATGT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATG
* *
4998 CTCGT-AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGCTATTTCG
254 CTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCG
5062 AGAAGTCTTTGC
319 AGAAGTCTTTGC
* * * *
5074 GCCAAAAATCATGAAAATTTGTGTCGGGGCTTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGAGATGGT
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
*
5139 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAGATTTTTTTTCTCAATTTTTTGC
66 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAA-ATTTTTTTTCTCAATTTTTTGC
* * *
5204 CACAATACTCAGAAAAACTATATAATTCAACG-AAAAAATAGTGAAGGGTTTTTTATGCTTCTAA
130 CACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCTAA
* *
5268 TATCGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
195 TATTGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
* * * * * *
5333 AAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAATT
260 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGT
**
5398 CTTTTT
325 CTTTGC
* * * * * * *
5404 ACCAAACAT-ATGCAAAA-CTAAGTCGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTAGCC-AAATTCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * * * *
5465 TTAGTACACGATTTTCTGCTAAAA-ATTG----ACCAGA--TAAA--TTTTTTCTTAATTTTTTG
65 TTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTG
* ** * * * * *
5521 CCACAGTACTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACA-AGATTTTCACGCTTCT
129 CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGA-AGGGATTTTTACGCTTCT
* * * *
5585 AATATTGTTTATCCATTTATTTTTCCGTATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
193 AATATTGTTT-TTCA--TGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * * *
5650 TCGTAAAAACAAATTCTTACATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTTGA
255 TCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGA
*
5715 AAAGTCTTTGC
320 GAAGTCTTTGC
* * * *
5726 GCCAAAAATCATGCAAATTTAAGCCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
*
5791 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGTTTTTTTCTCAA-TTTTTGC
66 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGC
* * * * **
5855 CACAATACTAAGAAAAAATGTATAATTAAACG-AAAAAAAAGTGAAGCGTTTTTTTACGCTTCTA
130 CACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAG-GGATTTTTACGCTTCTA
* *
5919 ATATCGTTTTTCATGCTTCTTT--GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
194 ATATTGTTTTTCATG-TT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
* *
5982 GTGAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCAAGA
257 GTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGA
6047 AGTCTTTGC
322 AGTCTTTGC
* * * *
6056 GCCAAACATCATGCAAATCTGAG-CTGGGGCTCCGAAACGCG-TTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * * *
6119 TTAGGAAACGAATTTCTGC-------TT--AAAAATTGACCCGATAA-ATTTTTTCTCAATTTTT
65 TTAGTACACG-ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-A-AATTTTTTTTCTCAATTTTT
* * * * * * *
6174 TGCCACAGTACT-ATGAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACA-AGATTTTCACGCT
127 TGCCACAATACTCA-GAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGA-AGGGATTTTTACGCT
* * * * *
6237 TCTAATATTGTTTATCCATTTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGA
190 TCTAATATTGTTT-TTCA--TGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
* * *
6302 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATTCATATTT
252 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTT
6367 CGAGAAGTCTTTGC
317 CGAGAAGTCTTTGC
* * * * * *
6381 GCCAAAAATAATGCAAATTTGAGTTGCGGATCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * * *
6446 TAGTACATGACTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAATTTTTTTTCTCATTTTTTTTG
66 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAATTTTTTTTCTCA-ATTTTTTG
* * * * * * * * * ** *
6511 CCACAGTACTCTGAAAAAATATATATTTGAACGCCAAAAAGATTGACGTGATTTGCACACTTCTA
129 CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCTA
* * * * *
6576 ATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAAATAATTTCTAATTCAATCGGAAAAAAGCTTCAGATGCT
194 ATATTGTTTTT-CATGT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATGCT
* * *
6641 CGTAAAAACAAATCCTTATATTCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATAAATATTGATATTTCGAG
256 CGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAG
6706 AAGTCTTTGC
321 AAGTCTTTGC
* * * *
6716 GCCAAAAATCATGAAAATTTGTGTCGGGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAATTTGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * * *
6781 TAGTACACGATTCCGACTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCAAAGATTTTTTTCTCAATTTTTTGC
66 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAA-TTTTTTTTCTCAATTTTTTGC
* * * *
6846 CATAATACTCAGAAAAACTAAATAATTCAACG-AAAAAA-AGTGAAGGG-TTTTTATGCTTCTAA
130 CACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCTAA
* * *
6908 TATCGTTTTCCATGTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
195 TATTGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
* * * ** * *
6973 AAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAAATATTTCAAGAATT
260 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGT
**
7038 CTTTTT
325 CTTTGC
* * * * * * * *
7044 ACCAAACAT-ATGCAAAA-CTAAGTCGAGGCCCCGAAACGCG-TTTTAGCC-AAATTCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATG-AAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * * * *
7105 TTAGTACACGATTTTCTGCTAAAA-ATTG----ACCTGA--TAAA--TTTTTTCTTAATTGTTTG
65 TTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTG
* * * * *
7161 CCACAGTACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATA-TGGACA-AGATTTTCACGCTTC
129 CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGT-GA-AGGGATTTTTACGCTTC
* * * * * * *
7224 TTATATTGTTTATCCATTTATTTTTCGTATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATTC
192 TAATATTGTTT-TTCATGT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * *
7289 TCGTAAAAACAAATCCTTACATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTTGA
255 TCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGA
*
7354 GACGTCTTTGC
320 GAAGTCTTTGC
* * ** **
7365 GCCAAAAATCATGCAAATTTAAG-CTGGGGCTCCGGAACGTATTTTTAATCAAAAATCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
*
7429 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGTTTTTTTTCT-AAATTTTT
65 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAA-TTTTTTTTCTCAATTTTTT
* * * * *
7493 GCCACAATACTCAGAAAACATGTATAATTCAAC-AAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTTACGCTTCT
128 GCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCT
* * * * *
7557 AATATCGTTTTTCATGCTTCTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
193 AATATTGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
* *
7622 TGAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTCGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAA
258 TAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAA
7687 GTCTTTGC
323 GTCTTTGC
* * * *
7695 GCCAAAAATCAAGCAAATTTGAG-CTGGGGCTCCGGAAAGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * * *
7759 TTATTATACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTG
65 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCCAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTG
* ** * * ** * * * * *
7824 CCAGAATACTGTGAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAGGATTGACGTGATTTTGACACTTCTA
129 CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCTA
* *
7889 ATATTGTTTTTCCATTTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGGAAAAAAGATTCAGATGCT
194 ATATTGTTTTT-CATGT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATGCT
* * *
7954 CGTAAAATCAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATCGATATTTCGAG
256 CGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAG
8019 AAGTCTTTGC
321 AAGTCTTTGC
* * * * * * *
8029 GCCAAAATTCATGAAAATTTGAGCCGGGGTTTCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGCT
1 GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
** *
8094 TAGTTTACGATTTC-G----------G------CT-A---AAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGTC
66 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCC
* * * *
8138 ACAATACTGAGAACAAATATTTAATTCAAC-CAAGAAAAAAAGTGAAGGG-TTTTTACGCTTCTA
131 ACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC-A-AAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCTA
* * *
8201 ATATCGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGT
194 ATATTGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
8266 AAAAACAAATCC
259 AAAAACAAATCC
8278 ATGAATACAA
Statistics
Matches: 2670, Mismatches: 427, Indels: 228
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
309 31 0.01
310 26 0.01
311 5 0.00
312 70 0.03
313 10 0.00
316 45 0.02
317 8 0.00
318 49 0.02
319 54 0.02
320 11 0.00
321 146 0.05
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323 73 0.03
324 107 0.04
325 201 0.08
326 46 0.02
327 43 0.02
328 116 0.04
329 108 0.04
330 490 0.18
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335 271 0.10
336 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
GCCAAAAATCATGAAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCC
ACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAATAGTGAAGGGATTTTTACGCTTCTAAT
ATTGTTTTTCATGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
AAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTC
TTTGC
Found at i:6063 original size:652 final size:648
Alignment explanation
Indices: 4751--8277 Score: 3701
Period size: 652 Copynumber: 5.4 Consensus size: 648
4741 GATTCTTTTT
* * * * *
4751 GCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCG-TTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * * * * *
4815 TAGTACACGATTTCGGTTAAAAATTG-CCCGAAAACTATTTCCTCAATTTTTT-TCACAATACTC
65 TAGTACACGATTTCTGCTAAAAATTGACCAGAAAA-TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC
* * * ** *
4878 TGAAAAAAATATATATAATTGAACACCAAAAAGACTGACGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTT
129 TG--AAAAA-ATATATAATT-CA-ACCAAAAAAAGTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTG-T
* *
4943 TTTCCATTT-CTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAGAAAAAAGATTCAGATGCTCGT-AAA
188 TTTCCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* *
5006 ACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATTGCTATTTCGAGAAGTCTT
252 ACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTT
* * * ** *
5071 TGCGCCAAAAATCATGAAAATTTGTGTCGGGGCTTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGAGAT
317 TGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGAT
*
5136 GGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAGATTTTTTTTCTCAATTTT
382 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA-ATTTTTTTTCTCAA-TTT
* * * * * * *
5200 TTGCCACAATACTCAGAAAAACTATATAATTCAACG-AAAAAATAGTGAAGGGT-TTTTTATGCT
445 TTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAGTGAA-CGTATTTTCACGCT
* *
5263 TCTAATATCGTTTTTCATGTT-TTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
509 TCTAATATTGTTTTTCAT-TTCTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* * * * *
5327 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCA
572 CTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCG
* **
5392 AGAATTCTTTTT
637 AGAAGTCTTTGC
* * * * *
5404 ACCAAACAT-ATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTAGCC-AAATTCGTGATGGTT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
* * *
5467 AGTACACGATTTTCTGCTAAAAATTGACCAGATAAATTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAGTACTT
66 AGTACACGA-TTTCTGCTAAAAATTGACCAGA-AAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC
* *
5532 TGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTAT
129 TGAAAAAATATATAATTCAA--CCAAAAAAAGTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTT-T
* *
5597 CCATTTATTTTTCCGTATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
191 CCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
* * * * *
5662 ATTCTTACATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTTGAAAAGTCTTTGCG
256 ATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCG
* *
5727 CCAAAAATCATGCAAATTTAAGCCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
321 CCAAAAATCATGCAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
*
5792 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTGCCA
386 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTGCCA
** * * * * * *
5857 CAATACTAAGAAAAAATGTATAATTAAACG-AAAAAAAAGTGAAGCGTTTTTTTACGCTTCTAAT
451 CAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAGTGAA-CGTATTTTCACGCTTCTAAT
* * *
5921 ATCGTTTTTCATGCTTCTTT-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTG
515 ATTGTTTTTCAT--TTCTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
*
5985 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCAAGAAGT
578 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGT
6050 CTTTGC
643 CTTTGC
* *
6056 GCCAAACATCATGCAAATCTGAG-CTGGGGCTCCGAAACGCGTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCTCCGAAACGCGTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * * *
6120 TAGGAAACGAATTTCTGCTTAAAAATTGACCCGATAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAGTAC
65 TAGTACACG-ATTTCTGC-TAAAAATTGACCAGA-AAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC
* * * *
6185 TATGAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTT
127 TCTGAAAAAATATATAATTCAA--CCAAAAAAAGTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTT
* * *
6250 ATCCATTTATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAC
190 -TCCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * *
6315 AAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGGTTCGATGAATATTCATATTTCGAGAAGTCTTTG
254 AAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTG
* * * *
6380 CGCCAAAAATAATGCAAATTTGAGTTGCGGATCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
319 CGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * *
6445 TTAGTACATGACTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAATTTTTTTTCTCATTTTTTTT
384 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTCA--ATTTTT
* * * * * *
6510 GCCACAGTACTCTGAAAAAATATATATTTGAACGCCAAAAAGATTG-ACGTGATTTGCACACTTC
447 GCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAGTGAACGT-ATTTTCACGCTTC
* * * *
6574 TAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAAATAATTTCTAATTCAATCGGAAAAAAGCTTCAGATG
511 TAATATTGTTTTT-CATTTC-TTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATG
* * *
6639 CTCGTAAAAACAAATCCTTATATTCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATAAATATTGATATTTCG
572 CTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCG
6704 AGAAGTCTTTGC
637 AGAAGTCTTTGC
* * * * * *
6716 GCCAAAAATCATG-AAAATTTGTGTCGGGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAATTTGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAA-CTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCG-TTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * **
6780 TTAGTACACGA-TTCCGACTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCAAAGATTTTTTTCTCAATTTTTT
64 TTAGTACACGATTTCTG-CTAAAA-ATTG-----AC---CAGAAA-A-TTTTTTCTCAATTTTTT
* * * * * * * * *
6844 GCCATAATACTCAGAAAAACTAAATAATTCAACGAAAAAAAGTGA-AGGGTTTTTATGCTTCTAA
117 GCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACCAAAAAAAGTGACAAGATTTTCACGCTTCTAA
* * *
6908 TATCGTTTTCCA--TGTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
182 TATTGTTTTCCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
* * * ** *
6971 TAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAAATATTTCAAGAA
247 TAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAA
* *** * ** * * * * * *
7036 TTCTTTTTACCAAACAT-ATGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGCG-TTTTAGCC-AAATTC
312 GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATC
* * * * *
7098 GTGATGGTTAGTACACGATTTTCTGCTAAAA-ATTG----ACCTGA---TAAA--TTTTTTCTTA
377 GTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTCA
* * *
7153 ATTGTTTGCCACAGTACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATA-TGGACAAG-ATTTT
441 ATT-TTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAGT-GA-ACGTATTTT
* * * * *
7216 CACGCTTCTTATATTGTTTATCCATTTATTTTTCGTATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAT
503 CACGCTTCTAATATTGTTT-TTCA-TT-TCTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * *
7281 TCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTACATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGA
565 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGA
* *
7346 TATTTTGAGACGTCTTTGC
630 TATTTCGAGAAGTCTTTGC
** * * ** **
7365 GCCAAAAATCATGCAAATTTAAG-CTGGGGCTCCGGAACGTATTTTTAATCAAAAATCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCTCCGAAACG-CGTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
* * * * * *
7429 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGTTTTTTTTCTAAATTTTTG
64 TTAGTACACGATTTCTGC--------T--AAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCTC-AATTTTTTG
* * * * * * *
7494 CCACAATACTCAGAAAACATGTATAATTCAACAAAAAAAAAGTGA-AGGGTTTTTTACGCTTCTA
118 CCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAAC-CAAAAAAAGTGACA-AGATTTTCACGCTTCTA
* * ** * * *
7558 ATATCGTTTTTCA--TGCTTCTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
181 ATATTGTTTTCCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
* *
7621 GTGAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTCGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGA
246 GTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGA
* *
7686 AGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGCAAATTTGAG-CTGGGGCTCCGGAAAGTGTTTTTAGCCAAAAA
311 AGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAA
* * * * *
7750 TCGTGATGGTTATTATACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGAAAATTTTTTTCTC
375 TCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTC
* * * * *
7815 AATTTTTTGCCAGAATACTGTGAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAGGATTG-ACGTGATTTT
440 AA-TTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAGTGAACGT-ATTTT
* * * *
7879 GACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGGAAAAAAGA
503 CACGCTTCTAATATTGTTTTT-CATTT-CTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGA
* * *
7944 TTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCGATGAATATCG
564 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTG
8009 ATATTTCGAGAAGTCTTTGC
629 ATATTTCGAGAAGTCTTTGC
* * * * * * *
8029 GCCAAAATTCATG-AAAATTTGAGCCGGGGTTTCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGC
1 GCCAAAAATCATGCAAAA-CTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCG-TTTTAGCCAAAAATCGTGATGG
** * * *
8093 TTAGTTTACGATTTCGGCT-AAAATT----------TTTTTTCTCAATTTTTTGTCACAATACTG
64 TTAGTACACGATTTCTGCTAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC
* * * * * * *
8147 AGAACAAATATTTAATTCAACCAAGAAAAAAAGTGA-AGGGTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTT
129 TGAAAAAATATATAATTCAACC---AAAAAAAGTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTT
* * * *
8211 TCA--TGTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAA
191 CCATTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
8274 ATCC
256 ATCC
8278 ATGAATACAA
Statistics
Matches: 2461, Mismatches: 318, Indels: 200
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
642 34 0.01
643 96 0.04
644 12 0.00
648 9 0.00
649 181 0.07
650 114 0.05
651 302 0.12
652 391 0.16
653 119 0.05
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667 12 0.00
668 4 0.00
669 42 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (648 bp):
GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTT
AGTACACGATTTCTGCTAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTG
AAAAAATATATAATTCAACCAAAAAAAGTGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCATT
TATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
TATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAA
AATCATGCAAATTTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTAC
ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTGCCACAATA
CTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAGTGAACGTATTTTCACGCTTCTAATATTGTT
TTTCATTTCTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
TCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGC
Found at i:8686 original size:90 final size:91
Alignment explanation
Indices: 8590--8771 Score: 233
Period size: 90 Copynumber: 2.0 Consensus size: 91
8580 TCTTTGCGCA
* * ** *
8590 AAAAATCATG-AAAATTTGTGCCGGGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAATCGTGATG-GTT
1 AAAAATCATGCAAAATTT-AGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCATGATGTGTT
*
8653 AATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
65 AATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGC
* *
8680 AAAAATCATGCAAAATTTAGCTGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAATCATGATGTTTAG
1 AAAAATCATGCAAAATTTAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCATGATG--T-G
*
8745 TTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
63 TTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTT
8772 CAAGGATTCT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 9, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
90 45 0.58
91 7 0.09
94 26 0.33
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (91 bp):
AAAAATCATGCAAAATTTAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCATGATGTGTTA
ATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGC
Found at i:9406 original size:329 final size:314
Alignment explanation
Indices: 8786--9763 Score: 906
Period size: 329 Copynumber: 3.0 Consensus size: 314
8776 GATTCTTTTT
* * * **
8786 GCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA---AAAC-G-T
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCGAAACACG-TTTTAGCCAAAATCGTGACGGTT
* * ** * * *
8845 -GTACACGATTTT-GGTTAAAATTTGACCCGA-AAACTTTTTCCTCAATTTTTTCCCACAATACT
65 AGTACACGATTTTCTGCTAAAAACTGACCCCATAAA-TTTTTTCTCAATTTTTTACCACAATACT
* * * * *
8907 CTGAAGAAAATATATAATTGAACACCAAAAAGATTGACGTGATTTTCACACTTCTAATATTGTTT
129 CAGAA-AAAATATATAATTCAACA--AAAAA-AATGAAG-GATTTTCACGCTTCTAATATTGTTT
* * *
8972 TTCCATTTCTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCAGAAAAAAGATTCAGATGCTTGTAAAAA-
189 TT-CATTT-TTTT-AGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAC
* * *
9036 AAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGATTCGATGAATATAGATATTTCGAGAAATCTTTG
250 AAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCGAGAAATCTTTG
9101 C
314 C
* ** ** * *
9102 GCCAAAAATCATG-AAAATTTGTGTCGGGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGACGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAA-CTAAGTCGGGGCCCCGAAACACG-TTTTAGCC-AAAATCGTGACGG
*
9166 TTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCCA-AAATTTTTTTTCTCAATTTT
63 TTAGTACACGATTTTCTGC----------TAAAAACTGACCCCATAAA--TTTTTTCTCAATTTT
* * * *
9229 TTACCACAATACTCAGAAAAACTATATAATTCAACAAAAAAAAGTGAAGGGTTTTTATGCTTCTA
116 TTACCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACAAAAAAAA-TGAAGGATTTTCACGCTTCTA
** *
9294 ATATCATTTTTCATGTTTTTTAGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGT
180 ATATTGTTTTTCAT-TTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGT
* * *
9359 AAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTGTGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAT
244 AAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCGAGAAA
**
9424 TCTTTTT
308 TCTTTGC
* * *
9431 GCCAAACAT-ATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCGAAACACGTTTTAGCCAAATTCGTGATGGTTA
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCGAAACACGTTTTAGCCAAAATCGTGACGGTTA
* * * * *
9495 GTACACGATTTTCTGCTAAAAATTGACCCGATAAATTTTTTCTTAATTGTTTACCACAGTACT-A
66 GTACACGATTTTCTGCTAAAAACTGACCCCATAAATTTTTTCTCAATTTTTTACCACAATACTCA
* * *
9559 TGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATGGACAAGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTAT
131 -GAAAAAATATATAATTCAA--CAAAAAAAAT-GA-AGGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTT-T
* *** *
9624 CCATTTATTTTTCCTATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTTCAGATGCTCGTAAAAACA
190 TCA-TT-TTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TTT-AGATGCTCGTAAAAACA
* * * * *
9689 AATCCTTACATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGAAATTTTGAGAAGTCTTTGC
251 AATCCTTAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCGAGAAATCTTTGC
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1 GCCAAAAATC
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Statistics
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316 56 0.10
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GCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCGAAACACGTTTTAGCCAAAATCGTGACGGTTA
GTACACGATTTTCTGCTAAAAACTGACCCCATAAATTTTTTCTCAATTTTTTACCACAATACTCA
GAAAAAATATATAATTCAACAAAAAAAATGAAGGATTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCATTT
TTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
TCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCGAGAAATCTTTGC
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9744 AAGTCTTTGC
* * **
9754 GCCAAAAATCGTGAT-GTAACGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAATGT
1 GCCAAAAATCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAATAA
*
9818 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATGTATAATTCAATGACAAAAAAAGTGAA
65 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG--AAAATATATAATT--AT-A-AAAAAAAGTGAA
* * * * * *
9883 GGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCATGCTTCTCTGAATTTATTTTTAATTAAATCGAAA
124 GGGATTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATGCTTCTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * * * *
9948 CAGGATTCAGATGCTCGTGAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTCGATGAA
189 AAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAAGATTAGATTCGATGAA
* * *
10013 TATTGATATTTCGAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGCAAATTTGAGCTGGGGCTCCGAAACGT
254 TATTGATATTTCAAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGAAAATTTGAGCCGGGGCTCCGAAACGT
10078 GTTTTTA
319 GTTTTTA
*
10085 GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CC-AA-AAT
1 GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAATAAT
* * ** * *
10147 TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAGTACTCTG-AAATATATAATT-T-AAAAGGATTGAAGTGATTT
66 TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATAATTATAAAAAAAAGTGAAGGGATTT
* * *
10209 TCACACTTCTAATATTGTTTTTCCATTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGGAAAAAAG
131 TCACACTTCTAATATCGTTTTT-CA-TGCTTCTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAAAAAG
* *
10274 ATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTAGGTTCG-TCGAATAT
193 ATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAAGATTAGATTCGAT-GAATAT
* * * *
10338 TGATATTTCAAGAAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGAAAATTTGAGCCGGGGTTTCGAAACGTGTT
257 TGATATTTCAAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGAAAATTTGAGCCGGGGCTCCGAAACGTGTT
10403 TTTA
322 TTTA
* * **
10407 GCCAAAAATAGTGATGCTTAGTTTACGATTTCGGCTAAAATTTT
1 GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
10451 TTTTCTCAAT
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 40, Indels: 19
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.35
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GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAATAAT
TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATAATTATAAAAAAAAGTGAAGGGATTT
TCACACTTCTAATATCGTTTTTCATGCTTCTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATT
CAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAAGATTAGATTCGATGAATATTGAT
ATTTCAAGAAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGAAAATTTGAGCCGGGGCTCCGAAACGTGTTTTTA
Found at i:40993 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 40976--41009 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 3.8 Consensus size: 9
40966 TTCCCCGCCG
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*
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1 ACAACCACC
*
41003 ACCACCA
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41010 TCAACACCAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
9 22 1.00
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Consensus pattern (9 bp):
ACAACCACC
Found at i:42761 original size:24 final size:24
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Indices: 42729--42781 Score: 81
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
42719 AATCATTTTT
*
42729 CTATTGTAGATTGACTAACT-AAAA
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1 CTATT
42782 ATAAATGGCT
Statistics
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0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 3 0.11
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Consensus pattern (24 bp):
CTATTGTAGATTGACAAATGAAAA
Found at i:61124 original size:3 final size:3
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Indices: 61116--61142 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 9.0 Consensus size: 3
61106 CAATTAGAAA
61116 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
61143 CAGCATTATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 24 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:63112 original size:336 final size:334
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Indices: 62381--63868 Score: 2401
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62371 TCGCCAGATT
* * * *
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1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
*
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66 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
* * *
62511 AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
131 AAGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
* * * *
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196 ATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGGGGCCCCAA
*
62641 AACGCGTTTTTAGC-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
261 AACGCGTTTTTAGCAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
62705 TTGACCCGA
326 TTGACCCGA
* *
62714 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGTT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* *
62779 TGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT-TCCTATATCTTTCCGAATTAATTTCTGA-TAA
66 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTAT-CTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
* * * * *
62842 ATCA-AAACATGATTCTGATGCCCATAAAATCGAATCCTTAAATCAAATTTTGCTGAGATTTGGT
130 A-AAGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGT
* * * * * *
62906 TAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGCCTCGGGGCCAAAAATCATTAGAAACTGTGCTGGGGCCT
193 TAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGGGGCCC
* * *
62971 CAAAACGTGTTTTTAGCAAAAAAAAAACAGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
258 CAAAACGCGTTTTTAGC--AAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
63036 AAAAATTGACCCGA
321 AAAAATTGACCCGA
63050 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
*
63115 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCAGAATTAATTTCTGATTAAA
66 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
* * *
63180 AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
131 AAGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
* * *
63245 ATGAATGTAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGTCGGGGCCCCAG
196 ATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGGGGCCCCAA
* *
63310 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
261 AACGCGTTTTTAGCAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
63375 TTGACCCGA
326 TTGACCCGA
* *
63384 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGTT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* *
63449 TGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT-TACTATATCTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
66 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTAT-CTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
**
63513 ATCGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
130 AAAGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
**
63578 AGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCCAAAATCATTAAAAACTGAGCCGGGGCCCC
194 AGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGGGGCCCC
*
63643 AAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
259 AAAACGCGTTTTTAG-CAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
63708 AAATTGACCCGA
323 AAATTGACCCGA
63720 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
63785 TGAAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
66 TG-AAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
* *
63850 AAAGAAACTTGATTTTGAT
130 AAAGAAACATGATTCTGAT
63869 TAGGGATGCA
Statistics
Matches: 1057, Mismatches: 84, Indels: 24
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
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338 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (334 bp):
AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
AAGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
ATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGGGGCCCCAA
AACGCGTTTTTAGCAAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
TTGACCCGA
Found at i:63737 original size:670 final size:669
Alignment explanation
Indices: 62381--63868 Score: 2708
Period size: 670 Copynumber: 2.2 Consensus size: 669
62371 TCGCCAGATT
* * * *
62381 AAGTTTTTTCCACAATTTTTGGGCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAATGTCAAAAAGAT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
*
62446 TGAAGGGTTTTTAACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
66 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
62511 AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
131 AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
*
62576 ATGAATGTAGATATGTCAAGGAGTCACGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCAGGGCCCCAT
196 ATGAATGTAGATATGTCAAGGAGTCACGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCAGGGCCCCAG
62641 AACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
261 AACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
62706 TGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCC
326 TGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCC
*
62771 AAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATCTTTCCGAATTAATTTC
391 AAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTATATCTTTCCGAATTAATTTC
* *
62836 TGATAAATCAAAACATGATTCTGATGCCCATAAAATCGAATCCTTAAATCAAATTTTGCTGAGAT
456 TGATAAATCAAAACATGATTCTGATGCCCATAAAATCAAATCCTTAAATCAAATTTGGCTGAGAT
* * *
62901 TTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGCCTCGGGGCCAAAAATCATTAGAAACTGTGCTGG
521 TTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGCCTCGGGGCCAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGG
* * *
62966 GGCCTCAAAACGTGTTTTTAGCAAAAAAAAAACAGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAT
586 GGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
63031 TTTGCAAAAATTGACCCGA
651 TTTGCAAAAATTGACCCGA
63050 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
*
63115 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCAGAATTAATTTCTGATTAAA
66 TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
63180 AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
131 AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
* * *
63245 ATGAATGTAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGTCGGGGCCCCAG
196 ATGAATGTAGATATGTCAAGGAGTCACGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCAGGGCCCCAG
63310 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
261 AACGCGTTTTTAGCCAAAAA-ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
63375 TTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGC
325 TTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGC
63440 CAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTATATCTTTCCGAATTAATTT
390 CAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTATATCTTTCCGAATTAATTT
* * *
63505 CTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCCCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAG
455 CTGA-TAAATCAAAACATGATTCTGATGCCCATAAAATCAAATCCTTAAATCAAATTTGGCTGAG
* *
63570 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCCAAAATCATTAAAAACTGAGCC
519 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGCCTCGGGGCCAAAAATCATTAAAAACTGAGCC
* *
63635 GGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGC-CAAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
584 GGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
63699 ATTTTGCAAAAATTGACCCGA
649 ATTTTGCAAAAATTGACCCGA
63720 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
1 AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
63785 TGAAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
66 TG-AAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAA
63850 AAAGAAACTTGATTTTGAT
130 AAAGAAACTTGATTTTGAT
63869 TAGGGATGCA
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 27, Indels: 4
0.96 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
669 270 0.34
670 302 0.38
671 217 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (669 bp):
AAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAGATAATTCAACGCCAAAAAGAT
TGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGATTTATCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAA
AAGAAACTTGATTTTGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAG
ATGAATGTAGATATGTCAAGGAGTCACGGGGCAAAAAATCATTAAAAACTGAGCCAGGGCCCCAG
AACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
TGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCC
AAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTATATCTTTCCGAATTAATTTC
TGATAAATCAAAACATGATTCTGATGCCCATAAAATCAAATCCTTAAATCAAATTTGGCTGAGAT
TTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGCCTCGGGGCCAAAAATCATTAAAAACTGAGCCGG
GGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTGCAAAAATTGACCCGA
Done.