Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018174.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18207, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * *
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* * * *
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* *
123 CTCTTCATTATTTTTGTCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTAT-TATGGCTAAAAATTTAGGA
130 CTCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAGGA
* *
186 AAAATCTTTCGGGTCAACTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACAGTTTT
194 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
* * * * * * * ** *
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259 TGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
*
316 GAAATATCTAT
323 GAAATATCTTT
* * * *
327 ATTCATCTAACGAAATCTCAGCTATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* * * * * * * *
392 GTTTAGATTTAATCATAAATTACTTCAGATATAATTGGAAAATCAATATT-GAAAGCATGAAAAA
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAG
* * *** * *
456 CTCTTCATTCTTTTTGCCGTTGAATTATATATATATTTTTTATCTTTATTTTGTCTAAAAATTTA
130 CTCTTCAATCTTTTTGTCGTTG-A--AT-TATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTA
* * * *
521 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTTTCAAAATTTAAGTCGAAATCGTGTA-T----GTCACAG
191 GGAAAAATCTTTCGGGTCAA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG
* * * * *
581 TTTTTGGCTAAAAAAGGTGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACT
255 TTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGG-GCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACT
646 CCTTGAAATAT-TTAT
319 CCTTGAAATATCTT-T
* * *
661 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTT-GTATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTAAATCA
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
* * *
725 TGTTACGATTTAATCAG------ATTCAGATAAAATTGGAAAAGCGATA-TAGGAAACGTGAAAA
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTA-GAAGCGTGAAAA
* *
783 GCTCTTCATTAC-TTTTGTCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTAT-TGTGGCTAAAAATTTAG
129 GCTCTTCAAT-CTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAG
* * * *
846 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTGGCCAAAATCGTGTACTAACCATAACAATT
192 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTT
* * * * * ** *
911 TTTGGCAAAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTAGCATGATTTCAGGTGCCAAGACTCC
257 TTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGG-GCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
976 TTGAAATAT-TTAT
321 TTGAAATATCTT-T
* * * * *
989 ATTCATCTAACCAAATTTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-AGGATTCCGAATCA
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA-TCTGAATCA
* * * *
1053 TGTTTCAATTTAATCTGAAATTAATTCA-ATAAAATTGGAAAAACGATATTGGAACCGTGAAAAG
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * *
1117 CTATTCATTCCTTTTGTTGTTGAATTATATATTTCTTATGAGCAT-TGTGGCTAAAAATTTAGGA
130 CTCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAGGA
* *
1181 AAAATCTTTCGGGTCAATATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-TAACTAACCGATCATAGTT
194 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ACTAACC-ATCACAGTT
* * * *
1245 TTTGGCTAAAAAACGCATTCCGGGGCCTCGACACAATTTTGGATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
257 TTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
1310 TTGAAATATCTTT
321 TTGAAATATCTTT
* * * *
1323 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGA-TTAAGAATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATAAT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* * * *
1387 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAATAAAATTGGAAAAAC-AGTA-TAAAAGCGTGAAAAT
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAG
* *
1450 CTTTTCAATCTTTTTAGAT--TTGAACTATATATTTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAG
130 CTCTTCAATCTTTTT-G-TCGTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAG
* * * * *
1513 AAAAAATCATTCGGGTCAA-TATTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACAGTT
192 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTT
* * ** * * * * * *
1577 TTTGGCTAAAAAACGCGTTTCGGGACCACG-CAAAGTTTTGCATTACTTTTGGCGCGAAAAGTCA
257 TTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC
*
1641 TTGAAATATCTAT
321 TTGAAATATCTTT
* * * * *
1654 ATTCATCTAACGAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* * * * * *
1719 GTTTCGATTTAATCATAAATTACTTCAGATATAATTGGAAAATCAAAATTAGAAGCGTGAAAAGC
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * * *** * *
1784 TCTTCATTCTTTTGGCCGTTGAATTATATATTTTTTTATCTTTATGTTGTCTAAAAATTTAGGAA
131 TCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGAA
* * * *
1849 ATATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCATAGTTTTT
195 AAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTT
* * * * *
1914 GGCTAAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTTCTTG
260 GGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG
1979 AAATATCTTT
324 AAATATCTTT
*
1989 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* * * * *
2054 GTATAGATTTAATCAGAAATTAAATCAGATAAAATTGGAAAAAAG-TATTAGAAGCGTGAAAATC
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
*
2118 TCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGAAA
131 TCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGAAA
* * *
2183 AATCTTTCGGGTCAATATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAAACCATCATAGTTTTTG
196 AATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTG
* * *
2248 GCTAAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTTCTTGA
261 GCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGA
2313 AATATCTTT
325 AATATCTTT
*
2322 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAA-GATTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
* * *
2386 TGTATAGATTTAATCAGAAATTAACTCAGATAAAATTGGAAAAAACG-TATTAGAAGCGTGAAAA
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* *
2450 TCTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGA
129 GCTCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGA
*
2515 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTT
194 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
* * * *
2580 TGGCTAAAAAACGCGTTCCCGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTTCTT
259 TGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
*
2645 GAAATATATTT
323 GAAATATCTTT
* *
2656 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCAT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* *
2721 GTTTCGATTTAAT-AGAAATTAACTCAGATAAAATTGGAAAAAC-AGTATTAGAAGCGTGAAAAT
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAG
*
2784 CTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGAA
130 CTCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGAA
* * *
2849 AAATCTTTCGGGTCAATATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAAACCATCATAGTTTTT
195 AAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTT
* * * * **
2914 GGCTAAAAAACGCGTTCTC-GTGCCCCAGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTGATT
260 GGCTAAAAAACGCGTTC-CGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
* *
2978 GAAATATATAT
323 GAAATATCTTT
* * *
2989 ACTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCAT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* ** * *
3054 GTTTGGATTTAATCAGAAATTAGCTCAGATAAAATTGGAAAAAC-AGTATTAGATGCGTGAAAAT
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAG
3118 CTCTTCAATC-TTTT-T-GTTGAATTATATA-TTTTTATTGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGA
130 CTCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTA-TGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGA
* * * * *
3179 AAATTTTTTCGGGACAATTTTTTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATTACAGT
194 AAAATCTTTCGGGTCAA---TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGT
* * ** ** * *** *
3244 TTTTCGCTAAAAAACGCGTTTCTGGACCCCGGTTCAGTTTTGCATAATTTTT-GAAACTAGAACT
256 TTTTGGCTAAAAAACGCG-TTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG-ACT
*
3308 CCTTGAAATATCTAT
319 CCTTGAAATATCTTT
* * * * * *
3323 ATTCATCTAACCAAAATTTCTGCAACGTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCA
1 ATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
* * *
3388 AGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATACAGATAAAATTGGAAAAACGATATT-GTTAGCGTGAAAA
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAA
* * * **
3452 GCTCTTCATTCTTTTTGTCATAGAATTATATATTTTTTATGAGTAT-TGTTTCTAAAAATTTAGG
129 GCTCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAGG
* *
3516 AAAAATCTTTTGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTT
193 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTT
* * * *** *
3581 TTGGCTAAAAAACGCTTTCC-TGACCCTG-CTTCAGTTTTGCATGATTTTT-GAAACTAGAACTC
258 TTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-GAC-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAG-ACTC
*
3643 CTTGAAATATCTAT
320 CTTGAAATATCTTT
* * * * * * * *
3657 ATTTATGTAGCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAACATCTAAATCAT
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* *
3722 GTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCAGATAAAATTGG-AAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGC
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * * *
3786 CCTTCAATC-TTTTAT-GTTGAATTACT-TA--TTCTATGATTAT-TGTGGCT-AAAATTTGAGG
131 TCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTA-TATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTT-AGG
* *
3844 AAAAATCTTTCGGGTCAA--TTTTG-AAAA-TTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTT
193 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTT
* * ** *
3904 TTGCCT--AAAACGCATTCCTAGGTCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGCCAAGA-TCCTT
258 TTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
Statistics
Matches: 3189, Mismatches: 361, Indels: 183
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 5 0.00
320 5 0.00
321 30 0.01
322 4 0.00
323 35 0.01
324 77 0.02
325 6 0.00
326 41 0.01
327 46 0.01
328 229 0.07
329 3 0.00
330 15 0.00
331 123 0.04
332 144 0.05
333 1053 0.33
334 924 0.29
335 311 0.10
336 7 0.00
337 7 0.00
338 91 0.03
339 33 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
TCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATATTGGCTAAAAATTTAGGAAA
AATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTG
GCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAA
ATATCTTT
Found at i:1885 original size:667 final size:664
Alignment explanation
Indices: 1--3964 Score: 4561
Period size: 667 Copynumber: 6.0 Consensus size: 664
* * * *
1 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTT-GTATTTAATGATTTG-TTTTACGAGCATCTAAATCA
1 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
* * * **
64 TGTTACGATTTAATCAG------ATTCAGATAAAGTTGGAAAAGC-GATATTGGAAGCGTGAAAA
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAG-TATTAAAAGCGTGAAAA
* * * * *
122 GCTCTTCATTATTTTTGTCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATTTAGGA
129 TCTCTTCAATCTTTTTG-GGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGA
*
186 AAAATCTTTCGGGTCAACTT-TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACAGTTT
193 AAAATCTTTCGGGTCAA-TTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTT
* * * * * * ** *
250 TTGGCTAAAAAACCCGTTTCAGGACCTCGGCTCAGTTTTGCATTACTTTTGGCGTGAAGACTCAT
257 TTGGCTAAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCAT
* * * *
315 TGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTCAGCTATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
322 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAG
* * *
380 CATCTGAATCATGTTTAGATTTAATCATAAATTACTTCAGATATAATTGGAAAATCAATATT-GA
387 CATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTACTTCAGATAAAATTGGAAAA-CAATATTAG-
* * * * *
444 AAGCATGAAAAACTCTTCATTCTTTTTGCCGTTGAATTATATATATATTTTTTATCTTTATTTTG
450 AAGCGTGAAAAGCTCTTCAATC-TTTTG-CGTTGAA-T-TATATAT-TTTTTTATCTATATGTTG
* * * *
509 TCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTTTCAAAATTTAAGTCGAAATCGTGTA-
510 GCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGT-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * * * *
573 T----GTCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGGTGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
574 TAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGG-GCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
634 GGTGCCAAGACTCCTTGAAATAT-TTAT
638 GGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTT-T
* * * *
661 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTT-GTATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTAAATCA
1 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
* *
725 TGTTACGATTTAATCAG------ATTCAGATAAAATTGGAAAAGC-G-ATATAGGAAA-CGTGAA
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAGTAT-TA--AAAGCGTGAA
* * * *
781 AAGCTCTTCATTAC-TTTTGTCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTA
127 AATCTCTTCAAT-CTTTTTG-GGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTA
* * * * *
845 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTGGCCAAAATCGTGTACTAACCATAACAAT
190 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGT
* * * * * ** * *
910 TTTTGGCAAAAAAACGTGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTAGCATGATTTCAGGTGCCAAGACTC
255 TTTTGGCTAAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTC
* * * * *
975 CTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATTTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-
320 ATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACG
* * * * * *
1039 AGGATTCCGAATCATGTTTCAATTTAATCTGAAATTAATTCA-ATAAAATTGGAAAAACGATATT
385 AGCA-TCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTACTTCAGATAAAATTGG-AAAACAATATT
* * * * * * *
1103 GGAACCGTGAAAAGCTATTCATTCCTTTTGTTGTTGAATTATATATTTCTTATGAGC-AT-TG-T
448 AGAAGCGTGAAAAGCTCTTCAAT-CTTTTG-CGTTGAATTATATATTT-TT-TTATCTATATGTT
* *
1165 GGCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-TAA
509 GGCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-A
* * * *
1229 CTAACCGATCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCATTCCGGGGCCTCGACACAATTTTGGATGATTT
573 CTAACC-ATCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTT
*
1294 TTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTT
636 TTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTT
* * *
1323 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGA-TTAAGAATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATAAT
1 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* *
1387 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAATAAAATTGGAAAAACAGTA-TAAAAGCGTGAAAATC
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAGTATTAAAAGCGTGAAAATC
* ** * *
1451 TTTTCAATCTTTTTAGATTTGAACTATATATTTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAGAA
131 TCTTCAATCTTTTT-GGGTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTAT-TGTGGCTAAAAATTTAGGA
* * *
1515 AAAATCATTCGGGTCAA-TATTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACAGTTTT
193 AAAATCTTTCGGGTCAATTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
* ** * * * *
1579 TGGCTAAAAAACGCGTTTCGGGACCAC-GCAAAGTTTTGCATTACTTTTGGCGCGAAAAGTCATT
258 TGGCTAAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCATT
* *
1643 GAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGC
323 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGC
* * * *
1708 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCATAAATTACTTCAGATATAATTGGAAAATCAAAATTAGAA
388 ATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTACTTCAGATAAAATTGGAAAA-CAATATTAGAA
* * *
1773 GCGTGAAAAGCTCTTCATTCTTTTGGCCGTTGAATTATATATTTTTTTATCTTTATGTTGTCTAA
452 GCGTGAAAAGCTCTTCAATCTTTT-G-CGTTGAATTATATATTTTTTTATCTATATGTTGGCTAA
* *
1838 AAATTTAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCA
515 AAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * *
1903 TCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCC
580 TCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCC
*
1968 AAGACTTCTTGAAATATCTTT
644 AAGACTCCTTGAAATATCTTT
1989 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
1 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* * * *
2054 GTATAGATTTAATCAGAAATTAAATCAGATAAAATTGGAAAAA-AGTATTAGAAGCGTGAAAATC
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAGTATTAAAAGCGTGAAAATC
2118 TCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAGGAA
131 TCTTCAATCTTTTTGG-GTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT-TGTGGCTAAAAATTTAGGAA
* *
2182 AAATCTTTCGGGTCAA-TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAAACCATCATAGTTTT
194 AAATCTTTCGGGTCAATTA-TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
* *
2246 TGGCTAAAAAACGCGTTCCGGTG-CCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTTC-
258 TGGCTAAAAAACGCGTTTCGG-GACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAAC-TCA
* * * *
2309 TTGAAATATCTTTATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGATTTTGTTTTTACGA
321 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGA
* *
2374 GCATCTGAATCATGTATAGATTTAATCAGAAATTAAC-TCAGATAAAATTGGAAAA-AACGTATT
386 GCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATT-ACTTCAGATAAAATTGGAAAACAA--TATT
* * *
2437 AGAAGCGTGAAAATCTCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTAT-GAGTATATTG
448 AGAAGCGTGAAAAGCTCTTCAATC-TTTT-GCGTTGAATTATATATTTTTTTATCTA-TATGTTG
*
2500 GCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
510 GCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* *
2565 AACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCCGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
575 AACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* *
2630 GTGCCAAGACTTCTTGAAATATATTT
639 GTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTT
*
2656 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCAT
1 ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
* *
2721 GTTTCGATTTAAT-AGAAATTAACTCAGATAAAATTGGAAAAACAGTATTAGAAGCGTGAAAATC
66 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAGTATTAAAAGCGTGAAAATC
2785 TCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATAT-TGGCTAAAAATTTAGGAA
131 TCTTCAATCTTTTTGG-GTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT-TGTGGCTAAAAATTTAGGAA
* *
2849 AAATCTTTCGGGTCAA-TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAAACCATCATAGTTTT
194 AAATCTTTCGGGTCAATTA-TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
* * * * *
2913 TGGCTAAAAAACGCGTTCTCGTG-CCCCAGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTGAT
258 TGGCTAAAAAACGCGTT-TCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCAT
* * * * * *
2977 TGAAATATATATACTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTCACGAG
322 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAG
* *
3042 CATCTGAATCATGTTTGGATTTAATCAGAAATTAGC-TCAGATAAAATTGGAAAAACAGTATTAG
387 CATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTA-CTTCAGATAAAATTGG-AAAACAATATTAG
* * * *
3106 ATGCGTGAAAATCTCTTCAATCTTTT-TGTTGAATTATATA--TTTTTAT-TGAGTATATTGGCT
450 AAGCGTGAAAAGCTCTTCAATCTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTTATCT-A-TATGTTGGCT
* * * *
3167 AAAAATTTAGGAAAATTTTTTCGGGACAATTTTTTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
513 AAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAA-TTTTTTGT--AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * ** ** *
3232 AACCATTACAGTTTTTCGCTAAAAAACGCGTTTCTGGACCCCGGTTCAGTTTTGCATAATTTTT-
575 AACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCG-TTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
*** * *
3296 GAAACTAGAACTCCTTGAAATATCTAT
639 GTGCCAAG-ACTCCTTGAAATATCTTT
* * * * * * *
3323 ATTCATCTAACCAAAATTTCTGCAACGTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCA
1 ATTCTTCTAACC-AAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
* * ***
3388 AGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATACAGATAAAATTGGAAAAAC-GATATTGTTAGCGTGAAAA
65 TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAG-TATTAAAAGCGTGAAAA
* * ** * **
3452 GCTCTTCATTCTTTTTGTCATAGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTTTCTAAAAATTTAGGA
129 TCTCTTCAATCTTTTTG-GGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGA
* * *
3517 AAAATCTTTTGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTT
193 AAAATCTTTCGGGTCAATTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
** * *** * * *
3582 TGGCTAAAAAACGC-TTTCCTGA-CCCTGCTTCAGTTTTGCATGATTTTTGAAACTAGAACTCCT
258 TGGCTAAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCAT
* * * * *
3645 TGAAATATCTATATTTATGTAGCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAA
322 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAG
* * * *
3710 CATCTAAATCATGTTTCGATTTAATGAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAACGATATTAGAA
387 CATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTACTTCAGATAAAATTGGAAAACAATATTAGAA
* * ** * * *
3775 GTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTATGTTGAATTACT-TATTCTATGAT-TAT-TG-TGGCT-AA
452 GCGTGAAAAGCTCTTCAATCTTTTGCGTTGAATTA-TATATTTTTTTATCTATATGTTGGCTAAA
*
3835 AATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAA--TTTTG-AAAA-TTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCA
516 AATTT-AGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * * * ** * *
3896 TCA-CGGTTTTGCCT--AAAACGCATTCCTAGGTCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGCCA
580 TCATAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCA
3957 AGA-TCCTT
645 AGACTCCTT
Statistics
Matches: 2884, Mismatches: 336, Indels: 175
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
653 5 0.00
654 5 0.00
655 24 0.01
656 26 0.01
657 39 0.01
658 10 0.00
659 38 0.01
660 51 0.02
661 187 0.06
662 329 0.11
663 14 0.00
664 54 0.02
665 142 0.05
666 373 0.13
667 1013 0.35
668 385 0.13
669 183 0.06
670 6 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (664 bp):
ATTCTTCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGATAAAATTGGAAAAACAGTATTAAAAGCGTGAAAATC
TCTTCAATCTTTTTGGGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAA
ATCTTTCGGGTCAATTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
CTAAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCATTGAA
ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATC
TGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTACTTCAGATAAAATTGGAAAACAATATTAGAAGCGT
GAAAAGCTCTTCAATCTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTTATCTATATGTTGGCTAAAAATTT
AGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATAG
TTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTC
CTTGAAATATCTTT
Done.