Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01018175.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18208, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 674

Length: 1124
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.38


Found at i:878 original size:333 final size:332

Alignment explanation


    Indices: 13--1124  Score: 1577
    Period size: 334  Copynumber: 3.3  Consensus size: 332

          3 ATTTTTTTCA

                        *           *      *                                 
         13 TGAGTATTGTGGATAAAAATTT-GTAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCGA
          1 TGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCGA

               *                                       *         *           
         77 AATTGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTGCTGGACCCCGGTTCAGTTTTG
         66 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCTGGACCCCAGTTCAGTTTTG

               *         *                                                   
        142 CATTATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTT
        131 CATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTT

                                                                             
        207 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAG
        196 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAG

                                   *                                 *       
        272 ATAAAATTGGAAAAACGATATTGAAAGCGTGAAAAGCT-CTTCATTCTTTTTGTTGTAGAATTAT
        261 ATAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCTCCTT-ATTCTTTTTG-TGTTGAATTAT

                     
        336 ATATTTTTT
        324 ATATTTTTT

                                      *                       *       *      
        345 ATGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTTCAAAATTATAGCCG
          1 -TGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCG

                  *   *     * *            *         * *  *  *     **        
        410 AAATCGAGTAATAACCTTAACAGTTTTTGGCCAAAAAACGCATCCCGGGGCCCCAACTCAGTTTT
         65 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCTGGACCCCAGTTCAGTTTT

             *   *      *    * *                             *        *      
        475 GAATGGTTTTTGCCGT-TATGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAACAAATCTCCGCCA-G
        130 GCATGATTTTTGGC-TCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACG

                                           *                                 
        538 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATT
        194 -TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATT

                       *    *                                                
        603 CAGATAAAATTTGAAATACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCTCCTTATTCTTTTTGTCGTTGAATT
        258 CAGATAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCTCCTTATTCTTTTTGT-GTTGAATT

                       
        668 ATATATTTTTT
        322 ATATATTTTTT

                                                              *           *  
        679 TGAGTATTGTGGCTAAAAATTTA-GAAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGTCG
          1 TGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGAA-AAATCTTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCG

                                                           *                 
        743 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCTAGACCCCAGTTCAGTTTT
         65 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCTGGACCCCAGTTCAGTTTT

                     **            *            *                    * **    
        808 GCATGATTTCCGGCTCCAAGACTTCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCTGTAACGT
        130 GCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGT

                             *               *                               
        873 TGGATTTAAGGATTTTTTTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATT
        195 TGGATTTAAGGA--TTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATT

              *                                       * *           ** *     
        938 CAAATAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCTCATCATTCTTTTTGTAATAAATTA
        258 CAGATAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCTCCTTATTCTTTTTGTGTTGAATTA

                     *
       1003 TATATTTTTA
        323 TATATTTTTT

                        *  *              *                                  
       1013 TGAGTATTGTGGTTATAAATTTAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCGA
          1 TGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCGA

                         *             *            *      
       1078 AATCGTGTACTAATCATCACAGTTTTTTGCTAAAAAACGCTTTCCTG
         66 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCTG


Statistics
Matches: 684,  Mismatches: 84, Indels: 21
        0.87            0.11        0.03

Matches are distributed among these distances:
 332    3  0.00
 333  193  0.28
 334  383  0.56
 335  105  0.15

ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37


Consensus pattern (332 bp):   
TGAGTATTGTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTACAAAATTTTAGCCGA
AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCCTGGACCCCAGTTCAGTTTTG
CATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACGTT
GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAG
ATAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAGCTCCTTATTCTTTTTGTGTTGAATTATAT
ATTTTTT
Done.