Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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194 GTTTTGGCTCAAACACGT-TT-C-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
* * * *
10019 CCTT--GAAATATCTATAAT-TATC-TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG-TATCGAT
256 CCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT-TTGAT
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320 TTTA
* * * * *
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* * *
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* ** ** * *
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* * * *
10276 AACCATCAAG-GTTTTTGGCTCAAAACGCGTTCTAGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
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* * * * * * *
10340 GCACCTAGAG-C-CCTT--GAAATTTCTATATT-CATC-TAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATT
245 G--CGTAAAGACTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
* * *
10399 TAAGGATATGCTTTTT
308 TAAGGATTTGATTTTA
* ** * *
10415 CGAGCATATGAATCTTCTTTTTATTTAATTAGAATTTAATT-C-------T-AAAAAAAGATATT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * ** *
10471 AGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAATCTTTTTGGGGTTAAATT-T-T-TTTTTT-TGAGTATTGTGGC
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
* * ** *
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131 -CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCACGA
* * * * * * * *
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194 GTTTTGGCT-CAAACACGTTTCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* * * * * * *
10661 CTT--GAAATATTTATAATA-ATC-CAACCAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTT
257 CTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTT
10722 TA
322 TA
* * * *
10724 AGAGC--ATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAATAAGGGAAAAACGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAA-AATGAAAAAACGATAT
* * * *
10787 TAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTT-AGTTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
** *
10851 GCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTCGGATCAGTTTTTA-CCGAAATTGTGTACTAACCATCACGA
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGA
* * * * * * * *
10915 GTTTTGGCTCAAAACGCGTTCCGGGGCCTCGGCTCAAATTTT-CAGGATTTTTGACGTAAATAGT
194 GTTTTGGCTC-AAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
* * * *
10979 CCTTC--AAATATCTATATTCAT-T--TAAACAAATCTCAGTCGCATTGGATTTAAGGATTTGAT
256 CCTTCATAAATATATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT
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320 TTTA
* * * **
11043 CGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTCTAAAAAAATGGAAAAAA-GATA
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATA
* * * *
11107 TTAGAAGTGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTATGGCATTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTGTG
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* *** * * * * *
11172 GCCAAAAATTGA-AAAAAAAAATTCAGATAAGTTTTTA-CTGAAATTGTGTAGTAACCATCACGA
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGA
* * * *
11235 G-TTT---T-------G----GGGCCCGGGCTCAATTTTTCATGATTTTTGACGT-AAGTACTCC
194 GTTTTGGCTCAAACACGTTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAG-ACTCC
* *
11284 TTC--AAATATCTATATTCAT-T--TAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTT
258 TTCATAAATATATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTT
11344 TA
322 TA
*
11346 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAA-GATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATAT
* * * * * *
11410 TAGAAACGTGAAAAGCCCATT-AATATTTATGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTAAATATTGTG
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* *
11473 GCAAAAAATTGAGGAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTAC--ACCATCACG
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCACG
* * * * *
11535 GGTTTTGGCTAGAAACAC-TTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACT
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* * * * * *
11599 CCTTGA-AAA-ATCTATATTA-ATC-TAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGAAT
256 CCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATT
11660 TTA
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* *
11663 CAAGC--ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATAT
* * * *
11726 CAGAAGCCTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* * * * ** * * ** *
11791 TCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGATCAG-TTTTGGCTC-AAAACGCGTTCCGTGGCCAGC-
130 CCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGC-CGAAATTGTG-TAC-TAACCATCA
* ** * * **** * * *** *
11853 CTCAGTTTT-G--C-ATGA-TTTTTGGCGTAAAGACT-A-CTTCAAAT-ATCTATATTCGTC-TA
191 C-GAGTTTTGGCTCAAACACGTTTCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT-T-T-TT-GGCGTA
* * * * ** ** *** ** * * * *
11909 AACAAAT-C-TCAGCCACAT-TGGAT-TTA-AGGAT-TTGATTTTATGAG-CA-TTTGAATTT--
250 AA-GACTCCTTCA--TAAATATATATATTATATCATAACCA-AATCTCAGCCACATTGGATTTAA
*
11964 TG-TTTCGA-TTTA
311 GGATTT-GATTTTA
* * ** * *** * * * **
11976 --A--TTA-GAA-ATTAATTCCAAAAAATGGAAAAAAGTT-ATT-AG-AAGCATG----AA--A-
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAAT--TAGAAA-TTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGAT
* * * *
12025 A---------------GCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATCGT
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* * * * * **
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128 GGC-CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA
* * * * * * * * * * *
12139 TGGGTTTTGGCTGGAAACGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGCTTTGTATAATTTTTTGCGGAAAGA
191 CGAGTTTTGGCT-CAAACACGTT-TCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGA
* * * * * *
12204 CTCCTT--GAAATATCTATATTA-ATC-TAACTAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGA
254 CTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
12265 TTTTA
319 TTTTA
* * * **
12270 AGAGC--ATGAATCTTGTTTC-ATTTTAATTAGAAATTTATTCCGAAAATAAGGGGAAAACGATA
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAA-AATGAAAAAACGATA
* * * * *
12332 TTAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTT-AGTTATATATTTTTTTTGAGTATTGT
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* * *
12396 GGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTT-GGATCAGTTTTTA-CCGAAATTGTGTACTAACCATAACG
128 GGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACG
* * * * * * * * *
12459 AGTTTTGGCTCAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGGCTCAATTTTTCATGATTTTTGACATAAATAGT
193 AGTTTTGGCTC-AAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
* * * *
12524 CCTTC--AAATATCTATATTCAT-T--TAAACAAATCTCAACCGCATTGGATTTAAGGATTTGAT
256 CCTTCATAAATATATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT
12584 TTTA
320 TTTA
* * * *
12588 CGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAATATGGAAAAAA-GATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATAT
* * * *
12652 TAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTATT-GCATTGAATTATATATTTTATCTGAATATTGTG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTT-TTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
** * *
12716 GCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTCGGATCAGTTTTTA-CCGAAATTGTGTACGTTA--ATCACG
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTAC-TAACCATCACG
* ** * * * *
12778 AGTTTTGGCTCAAA-ATGCCTTTCGGGGCCTTGGCTCAATTTTTCATGATTTTTGACGTAAATAC
193 AGTTTTGGCTCAAACA--CGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAC
*
12842 TCCTTC--AAATATCTATATTCAT-T--TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
255 TCCTTCATAAATATATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
12902 TTTTA
319 TTTTA
*
12907 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAA-GATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATAT
* * * * * *
12971 TAGAAGCGTAAAAAGCCCATCAATATTTATGGCGTTGAATTGA-ATATTTTTT-TCGAATATTGT
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATT-ATATATTTTTTCT-GAGTATTGT
* * *
13034 GG-CAAAAAATGAGGAAAACTTTTTCGGTATCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTAC--ACCATCA
128 GGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGG-GTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA
* * * * * * * *
13095 CGGGTTTTGGCTAGAAACGCGTTTTGGGGCCCTGACTCAGTTTTGTATGAATTTTTGTG-G-AAT
191 CGAGTTTTGGCT-CAAACACG-TTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATG-ATTTTTG-GCGTAAA
* * * * * *****
13158 GTCTCCTT--GAAATATCTATATTA-ATC-TAACTAAATTTCAGAGGGGTTGGATTTAAGGATTT
252 GACTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
13219 GATTTTA
317 GATTTTA
* * *
13226 CGAGC--ATGAATCTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGGAAAAACGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATAT
* ** * * *
13289 CAGAAGCCCGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTGTGG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
** * * * * *
13354 TAAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGATCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTA
130 CCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTCGGGTC-A-----G----TTTTTAGCCGAAATTGTGTACTA
* * * * * * *
13419 ACCATCACG-GTTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTG
184 ACCATCACGAG--TTTTGGCTCAAA-CACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
*** * * * *
13483 GCGTTCGGAGC-CCTT--GAAAT-T-TCA-ATAAT-TCATCGAACCAAATCTAAGCCACGTTGGA
245 GCGTAAAGA-CTCCTTCATAAATATAT-ATATTATATCAT--AACCAAATCTCAGCCACATTGGA
* * *
13541 TTTAAGGATATGTTTTTG
306 TTTAAGGATTTGATTTTA
* * * *
13559 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGACAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATAT
* * * * * * * * *
13624 TAAAACCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTCTGCCGGTT-AGTTATATAATTTTTCTGAGTATTCTG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
* ** * * *
13688 GCCAAAAATTAAGGAAATCTTTTTCGGATTAGTTTTTA-CCGAAATTGTGTACTAA-CATCACAA
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGA
* * * * * *
13751 GTTTTAGCTCAAAACGCGTTCCGCGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTA
194 GTTTTGGCTC-AAACACGTTTCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* * ** * *
13816 CTT--GAAATATCTATATT-CGTC-TAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TAA
257 CTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT-T
*
13876 CTA
321 TTA
* * * *
13879 CGAGTATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCC-AAAAACTTGAAAAAA-GATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAA-ATGAAAAAACGATAT
* * * * *
13942 TAGAAGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATGTTTTTTCTGAGTATTGTGG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* * * * * * * *****
14007 -CAATAAATTGAGG--AAATCTTT----T-AGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTCG
130 CCAA-AAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGT-TTTTAGCC-GAAATTG-TGTACTAACCATC-
* ** * *** ** * ** **
14064 GATC-AGTGTTT-AC-CGAAA-TTGTGTACTAACCATCCATCATGAGTTTTGACTCAAAACGCGT
190 -A-CGAGT-TTTGGCTC-AAACACGT-TTCGGGCC--CCGGC-TCAGTTTTG---CATGA--TTT
** **** * * * * * **** ** * ***
14125 TCCGCGGCCCTGGCTCAGTTTTGCAT-GATTTTTGGCGTA-AAGACT-ACTTCAAATATCTATAT
242 TTGGC-GTAAAGACTC---CTT-CATAAATATATATATTATATCA-TAAC--CAAATCTC-AGCC
* * * * * *
14187 TCATCTGAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGATTTTA
298 ACAT-TG----GATTTAAG---GATTTGA-T------------TTTA
* * * * *
14234 CGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA-TAAAAATT-ATTCCCAAAAAATGAAAAAAAAAGATA
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATG--AAAAAACGATA
* * * *
14297 TTAGAAGCATGAAAATG-CCTTCAATCTTTATGGCATTGAATTATATATATTTTT-TTAGCATTG
64 TTAGAAGCGTGAAAA-GCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTTTCTGAGTATTG
* * * * *
14360 CGGCAAAAAATTGAGG-AAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCCG-AATTCATGTACTAACCGTCA
127 TGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA
* * * ** * * *
14423 CGGGTTTTGGCTAGAAACGCG-TTCTGGGGTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGA
191 CGAGTTTTGGCT-CAAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGA
* * * *
14487 CTCCTT--GAAATATATATATTA-ATC-TAACCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATATGT
254 CTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
*
14548 TTTTG
319 TTTTA
* * *
14553 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAACCGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATAT
* ** * * *
14618 TAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTCCGGTT-AGTCATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
** * *
14682 GCCAAAAATTGAGGAAATGTTTTTCGGATCAGTTTTTA-CCGAAATTGTG---T-A-CGTCACGA
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGA
* * ** * * * *
14741 GTTTTTGCTCAAA-ATGCGTTCCGGGGCCTTGGCTCTGTTTTGAATGGTTTTTGACGTAAAGACT
194 GTTTTGGCTCAAACA--CGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
* **
14805 CCTTC--AAATTTCA-ATATTCAT-T--TAACCAAATCTCAGCTGCATTGGATTTAAGGATTTGA
256 CCTTCATAAATAT-ATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
14864 TTTTA
319 TTTTA
* * *
14869 CGA-CAATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAACTGGAAAAAA-GATA
1 CGAGC-ATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATA
* * * * * *
14932 TAAGAAGCGTGAAAACCCCATCAATCTTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTGTG
64 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
* * * *
14997 GCAAAAAATTTAGGAAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAATTTGTGTACTAACCATCACTG
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCAC-G
* ** * ** *
15062 -GTTTTGGTTGGAA-ACGCTTTCCGGGGCCCCGGCTAAGTTTTTTATGATTTTATGG-GGAAAGA
193 AGTTTTGGCTCAAACACG-TTT-C-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGGCGTAAAGA
* ** * * *
15124 CTCCTT--GAAATACCTATATTA-ATC-TAA-CAAATTCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTG
254 CTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAA-TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
15184 ATTTTA
318 ATTTTA
* * *
15190 CAAG--TATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATAT
* * * * * * * *
15253 CAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTTTTAGTATTGGGG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* * * * * * *
15318 TCAAAATTTGAGGAAAATTTTTTCGGATCAGTTTTTGCAACATTTTAGCCAAAATCGTGTACCAA
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATTGTGTACTAA
* * * * * * *
15383 CCATCACG-GTTTTTGGCTACAACCGCGTTCCATGACCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
185 CCATCACGAG-TTTTGGCT-CAAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
*** * * * * *
15447 GTCTGGAGC-CCTT--GAAATTTCA-ATAATT-CATC-TAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTT
247 GTAAAGA-CTCCTTCATAAATAT-ATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTT
* * *
15506 AAGGATATGTTTTTT
309 AAGGATTTGATTTTA
* * * * * * *
15521 CGAGCATATGAATTTTGTTTCCATATAATTTGATATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATT
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* * ** * *
15586 AGAACCGTGAAATGCCCTTCAATCTTTTTACCGGTT-AATTATATATTTTTTCTTAGTATTGTGG
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** * ** **
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130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAA-C-CATCACG
** * ** ****** *** * * ***
15714 A--TTT-AATTAAA-AATTAATTCAGAAAAAATGGGAAACGATAT-CA-GAAGCTTGAAAAGCCC
193 AGTTTTGGCTCAAACACGT--TTC-G-GGCCCCGGCTCA-GTTTTGCATGATTTTTG----G--C
* * * ** * * * ** * * * *
15773 TTCAA-TCTTTTTGGCATTGAAT-TATATATTTTTTC-TAA-GTATTGTTGCAG-AAAATTGTGG
247 GTAAAGACTCCTT--CA-TAAATATATATATTATATCATAACCAAAT-CT-CAGCCACA-T-TGG
** *
15833 AAAACTTTTACAGG-TCAGTTTTTA
305 ---A--TTTA-AGGATTTGATTTTA
* * * * * ***** * *** * * ** **** ****
15857 GCCA-AATTCGTGTATCATCACGGGTTTTGGCTAGAAA-CACTTTCCGGGACCCCG-GCTCA-GT
1 -CGAGCA-T-ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA-ATTCCGAAAAAATGAAAAAACG-
* * **** * * *** *** * *
15918 TTTTTATGATTTTATGGGAAAGACTCCTTGAAATACCTATATTAATCTAACAAAACCTTAGACGC
61 ATATTA-GA-AGCGT-GAAAAG-C-CCTT-CAAT--CT-T-TT--TGGCATTGAA--TTATA--T
** * * **** ** * * ** ** * * *
15983 ATTGGATT-TAAGAATT-TGATTTTACGAGT-ATG-AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
110 ATT-TTTTCTGAGTATTGTG-GCCAAAAATTGAGGAAAAATT-TTTCGGGTCAGTT-----TTTA
* *** * ** * ** * * *
16044 TTCCGAAAAAAATGGAAAAACGAT-ATCAGAAG-CCTGAAAAGCCCTTCAATCA-TTTTAGCGTT
167 -GCCG-AAATTGTGTACTAACCATCA-C-G-AGTTTTG----G--C-TCAAACACGTTT--CG-G
******* * * * * * * * * * * *
16106 GAATTATAT-ATTTTTTC-TAAGTATTGGGGTCAAA-A-T--TTGAGGGAAAT-TTTTTCGGATC
217 GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGT-AAAGACTCCTTCA--TAAATATATAT---ATT
** **** * ** ** **
16164 AGT-TTTTGAA--AAA-CATCA-CGGTTTTTGGCTAAAACCGCG-TTCCA-TGAA
276 A-TATCAT-AACCAAATC-TCAGC-CACATTGGATTTAA--G-GATTTGATTTTA
* * * * ** * *
16212 CCCG-GCTCAATTTTGCATAATT-TTTGGCGCCTGGAGCCCTT-GAAATTTCAATAATTC-ATTT
1 --CGAG--C-A-TATGAAT-CTTGTTT--CG-ATTTA---ATTAGAAA-TT-AAT--TCCGA---
* *** * * ** ** * * *
16273 AACCAAATCTAAGTCATGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTAGAG-CATATGAATCTTGTTT--C
46 AA--AAAT-GAAAAAACGAT--A-TT-A-GA-A-G-CGTGAAAAGCCCT-TCAATCTT-TTTGGC
* * * ** * *** *
16335 AATTTAATTAGAAATTAATT-T-AGAAAAAATGG-AAAACCGATATTAGAACCGTGAAAAGCCCT
98 -ATTGAATTATATATTTTTTCTGAG-TATTGTGGCCAAA---A-ATT-G-A--G-G-AAA-----
* * **** * * * * ** * * *
16397 TCAATTTTTTTGCCGGTTAGTTATATATTTTTTTGGAGTACTGTG-GCCAAAAATTGAGGAAATT
146 --AA--TTTTT--CGG---GTCA-GT-TTTTAGCCGA-AATTGTGTACTAACCA-TCACG-AGTT
** * * *** ** * * ** * *
16461 TT-TTTCGGATCA-GTTT---TTACCGAAAT-TGTGTACCATTACGAGTTTTGGC-TCAAA-ACG
197 TTGGCTC-AAACACGTTTCGGGCCCCG-GCTCAGTTTTGCA-T--GATTTTTGGCGT-AAAGACT
* *** * ** * * * *** * *
16518 CGTTTCGGGGACCTGGCT-TAGT-TTTTCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTTCA-AAT--ATC
256 C-CTTC----A--TAAATATA-TATATT-AT-A-TCATAAC-CAAA-TCTCAGCCACATTGGATT
* *
16578 T-A-TATTTG-TTTAAA
308 TAAGGATTTGATTT-TA
* * *** * *
16592 C-A-AATCTCAGCCCCATTGGATTTACGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTCTTTTCGATA
1 CGAGCATAT--GAATC-TT-G-TTT-C-GATTT-A-ATTA-GA-AAT-T-AAT-TC----CG---
* *
16655 TAATTTAAAATTAATTCAGAAAAAAATGGGAAACGATATCAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCT
45 ------AAAA--AA-T--G----AAA----AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCT
* * *
16720 TTTTGACATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTCA
91 TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTTC-
** * * *
16785 GATCAGGTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTG---T-A-CATCACG-GTTTTTGGCTAAAAC-
154 G----GG--T--C-AGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGAG-TTTTGGCTCAAACA
* * * * * * *** * * *
16843 CGCATTCCATGACCCCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTCGCGTTCGGAGC-CCTT--GAAATTTC
209 CG--TTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGA-CTCCTTCATAAATATA
* * *
16905 TATAATTA-ATC-TAACAAAATCT-ATGCCACGTTGG-TCTTAAGGATATT-ATTTTG
270 TAT-ATTATATCATAACCAAATCTCA-GCCACATTGGAT-TTAAGGAT-TTGATTTTA
* *
16958 CGAGCATATGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAC-ATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATAT
* * * * * *
17022 TAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATGTTTATGGCGTTGAATTAATTTATTTTTTCTGAATATTGTG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATT-ATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
* * ** * *
17087 ACAAAAAATTGAGGAAAACCTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTACTAACCATCACC
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA-C
*
17151 G-GTTTTGGCT-AGAA-ACGCTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTT-CTATGATTTTATGG-GGAA
192 GAGTTTTGGCTCA-AACACG-TTT-C-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTT-TGGCGTAA
* ** * * * *
17211 AGACTCCTT--GAAATACCTATATTA-ATC-TAACAAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATT
251 AGACTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
17272 TGATTTTA
316 TGATTTTA
* * * *
17280 CGAGC--ATGAATATAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAACGATATC
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * * * *
17343 AGAAGCCTGAAAAGCCCCTCAATCATTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTAG-GG
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATT-GTGG
* * * * ** *
17407 TCAGAATTTGAGG-AAAATTTTATCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTACTA
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTT-TCGGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATTGTGTACTA
* * * * * * *
17471 ACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGT
184 ACCATCACGAG-TTTTGGCTCAAA-CACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* ** * * * * * * * *
17535 CGCATGGAGC-CCTTGA-AATTTTA-ATAATT-CATC-TAACCAAATCTAAGTCACGTTCGATTT
246 CGTAAAGA-CTCCTTCATAAATATATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTT
17595 AAGGATTTGATTTTA
309 AAGGATTTGATTTTA
* *
17610 CGAGC--ATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATG-AAAAACGATATC
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * * * * *
17672 AGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGGGGT
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
* *
17737 CAAAATTTGAGG-AAAATATTTTCGGATCAGTTTTT------AA------A--AA-CATCACG-G
131 CAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGAG
* * * * * * * * **
17785 TTTTTTGCTAAAACCTCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGAGCCTGGAG-C
195 -TTTTGGCTCAAA-CACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT-G-GCGTAAAGAC
* * * * * * *
17849 -CCTT--GAAATTTGA-ATAATT-CATCA-AACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAAGATATG
255 TCCTTCATAAATAT-ATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
*
17908 TTTTTGA
318 ATTTT-A
* *
17915 C-AGCATATGAATCTTTTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-CG-------G-AAAAACGATATT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * * * * * *
17970 AGAACCTTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGGTT-AATTATATATTTTTTATGTGTATTATGG
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
** *
18034 CCAAAAATTGAGGAAGTATTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTACTAACCATCACCG
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA-CG
* * * *
18098 -GTGTTGGCT-AGAA-ACGCTTTCCGGGGCGCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTATGG-GGAAAG
193 AGTTTTGGCTCA-AACACG-TTT-C-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGGCGTAAAG
* ** * * * *
18159 ACTCCTT--GAAATACCTATATTA-ATC-TAACAAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTG
253 ACTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
18220 ATTTTA
318 ATTTTA
* * * *
18226 CGAGC--ATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAAGGAAAAACGATATC
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * * * *
18289 AAAAGCCTGAAAATCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTG-GGC
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
* * * * * *
18353 TGAAAATTTGAGGAAAACTTTTTCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA-TAA
131 -CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATTGTGTACT-A
* * * * * *
18417 ACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG
184 ACCATCACGAG-TTTTGGCTCAAA-CACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
*** * * * * *
18481 CGTCTGGAGC-CCTT--GAAATTTCA-ATAATT-CATC-TAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATT
246 CGTAAAGA-CTCCTTCATAAATAT-ATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
* * *
18540 TAAGGATATGTTTTTG
308 TAAGGATTTGATTTTA
* * *
18556 CGTGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGATAAAAATGGAAAAACGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGA-AAAAATGAAAAAACGATAT
* * ** * *
18621 TAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTCAGTTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* * * *
18685 CCAAAAATTGAGG-AAATTTTTTTGGGATCAGCTTTTA-CCGAAATTGTGTACTAACCATCAGGA
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGG-TCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGA
* * * * *
18748 GTTTTGGCTCAAAACGCGTTTCGGGGACCTGGCTCAGTTTT-TATGATTTTTGACGTAAAGACTC
194 GTTTTGGCTC-AAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* *
18812 CTTC--AAATATCTATATTCAT-T--TAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATT
257 CTTCATAAATATATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATT
18872 TTA
321 TTA
* * * * * **
18875 CGAGTATATGAATCTTTTTTCTATTTAATTAAAAATTAATACCGAAAAAAAATG-GGAAACGATA
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG--AAAAAATGAAAAAACGATA
* * *
18939 TTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTATG
64 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
* * * * *
19004 GTCAAAAATT-ATGGAAACATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT
129 GCCAAAAATTGA-GGAAAAATTTTTCGGGTCAG---T-------TTTTAGCCGAAATTGTGTACT
* * * * *
19068 AACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAC-CGCATTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
183 AACCATCACGAG-TTTTGGCTCAAACACG--TTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* ** * * * * **
19131 GGTGCCTGGAG-C-CCTT--GAAATTTCA-ATAATT-CATC-TAACCAAATCTAAGCCATGTTGG
244 -G-GCGTAAAGACTCCTTCATAAATAT-ATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGG
* *
19189 ATTTAAGGATATGTTTTTGA
305 ATTTAAGGATTTGATTTT-A
* *
19209 -GAGCATATGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCC--------G-AAAAACGATATT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * * * * * *
19264 AGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGCCGGTT-AGTTATATATTTTTTCTGAGTACTATGG
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
** * * * * * *
19328 CCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTA-CCGAAATCGTGTACT-ACCATTAGGAG
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGAG
* * * * * *
19391 TTTTGGCTCAAAACGCGTTTCGGGGACCTGGCTTAGTTTTTCATGATTTTTGACGTAAAGACTCC
195 TTTTGGCTC-AAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCC
* * * *
19456 TTC--AAATATCTATATTCGT-T--TAAACAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGATTT
258 TTCATAAATATATATATT-ATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTT
19516 TA
322 TA
* * * **
19518 CGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATATAATTTA-AAATTAATTCCGAAAAAAATG-GGAAACGATA
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAA-TTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATA
* * * * *
19581 TCAGAAGCCTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTG
64 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
* * * *
19646 GTCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAGGTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTA
129 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCA-G--T-------TTTTAGCCGAAATTGTGTACTA
* * * * * * * * * *
19711 ACCATCGCG-GTTTTTGACTGAAACCGCGTTCCATGACCTCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTGG
184 ACCATCACGAG-TTTTGGCTCAAA-CACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
*** * * * * * **
19775 CGTCTGGAGC-CCTT--GAAATTTCTATAATT-CATC-TAACCAAATCTAAGCCATGTTGGATTT
246 CGTAAAGA-CTCCTTCATAAATATATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTT
* *
19835 AAGGATATGTTTTTGA
309 AAGGATTTGATTTT-A
* *
19851 -GAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT---------TGGAAAAACGATATT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * *
19906 AGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGT
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
** * * *
19971 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTCGGATTAGGTTTGGCAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTACTAA
131 CAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTTC-G----GG--T--C-AGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAA
* * * * * * *
20036 CCATCGCG-GTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
185 CCATCACGAG-TTTTGGCTCAAA-CACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * * * * * *
20100 GTTAGGAGC-CCTT--GAAATTTCTATAATT-CATC-TAACCAAATCTAAGCCACGTTGGACTTA
247 GTAAAGA-CTCCTTCATAAATATATAT-ATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
* * *
20160 AGGATATGTTTTTG
310 AGGATTTGATTTTA
20174 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CG-------G-AAAAACGATATT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
* * * * * *
20230 AGAACCTTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGGTT-AATTATATA-TTTTTCTGTGTATTATGG
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
*** *
20293 CCAAAAATTGAGGAAGTTTTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTACTAACCATCACCG
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA-CG
* * * *
20357 -GTGTTGGCT-AGAA-ACGCTTTCCGGGGCGCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTATGG-GGAAAG
193 AGTTTTGGCTCA-AACACG-TTT-C-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGGCGTAAAG
* ** * **
20418 ACTCCTT--GAAATACCTATATTA-AT-TTAACCAAATCTCAGCTTCATTGGATTTAAGGATTTG
253 ACTCCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
20479 ATTTTA
318 ATTTTA
* * *
20485 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCCGAATAAATGGAAAAAA-GATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAAACGATAT
* * * * * *
20549 TAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTATGGCGTTGAATTACATAGTTTTTCTGAGTATTATGG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* ** * *
20614 CCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGAACAGTTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
130 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGG----G---T--C-AGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAA
* * ** * * * * * * *
20679 CTATTACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTC--TATT---TGATTTTCGGCA
185 CCATCACGAGTTTTGGCT-CAAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG--
** ** * * * * **
20739 CCCAAAG-C-CCTTGCA-ATTTCTATATATT-TATC-TAACAAAATCTCAGCTACGTTGTTTTTA
246 CGTAAAGACTCCTT-CATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
* * *
20799 AGGATGTGTTTTTG
310 AGGATTTGATTTTA
* * * * *
20813 CGAGCATATGAATCTTTTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATAT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAAACGATAT
* * * *
20878 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG--TGTAAATTATATATTATTTCTGAGTGTTATG
65 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCAT-TGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
* * * * * *
20941 G-CAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTACCCGAAATCGAGTACTAATCATCACG
129 GCCAAA-AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACG
* * * * * * * *
21005 -GTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAGATT
193 AGTTTTGGCT-CAAACACGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
* * *
21069 CCTTC--AAATGTCTATATT-TATC-TAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATT
256 CCTTCATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATT
*
21130 TTG
321 TTA
* * * * *
21133 CGAGCATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCCCAAAAAATGGAAAAACGATATT
1 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
*
21198 AGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT-GC
66 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
* * * *
21262 CTAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTGTAGCCGAAATCGTGTACTA
131 C-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTA
21316 TATATGTCAT
Statistics
Matches: 8753, Mismatches: 1863, Indels: 1889
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
285 8 0.00
286 69 0.01
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397 1 0.00
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CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAAACGATATT
AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGAGT
TTTGGCTCAAACACGTTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTC
ATAAATATATATATTATATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTA
Found at i:12056 original size:286 final size:285
Alignment explanation
Indices: 11567--12113 Score: 769
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 285
11557 CGGGCCCCGG
* * * *
11567 CTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTAATCTAACTAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGAAAGACTACTTCAAAAATCTATATTAATCTAACTAAATCT
*
11632 CAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGAATTTACAAGCATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
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* * * *
11697 TAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATCAGAAGCCTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
131 TAATTCC-AAAAAAATGGAAAAAAGATATCAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCATT
* *
11762 GAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTC-AAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGATCAG-TT
195 GAATTATATATTTTTTCTAAGTATCGTGG-CAAAAAATCGAGG-AAAAAATTTTCGGATCAGCTT
11825 TTGGCTCAAAACGCGTTCCGTGGCCAGC
258 TTGGCTCAAAACGCGTTCCGTGGCCAGC
* * **
11853 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTACTTCAAATATCTATATTCGTCTAAAC-AAATC
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGAAAGACTACTTCAAAAATCTATATTAATCT-AACTAAATC
* * ** *
11917 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTATGAGCATTTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
65 TCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGAATTTACAAGCA--TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * *
11982 AATTAATTCC-AAAAAATGGAAAAAAGTTATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCG
128 AATTAATTCCAAAAAAATGGAAAAAAGATATCAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCA
* * *
12046 TTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATCGTGGCAAAAAAATCGAGGAAAAACTTTTCGGATCAGCT
193 TTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATCGTGGC-AAAAAATCGAGGAAAAAATTTTCGGATCAGCT
12111 TTT
257 TTT
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CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGAAAGACTACTTCAAAAATCTATATTAATCTAACTAAATCT
CAGACACATTGGATTTAAGGATTTGAATTTACAAGCATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
TAATTCCAAAAAAATGGAAAAAAGATATCAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCATTG
AATTATATATTTTTTCTAAGTATCGTGGCAAAAAATCGAGGAAAAAATTTTCGGATCAGCTTTTG
GCTCAAAACGCGTTCCGTGGCCAGC
Found at i:12297 original size:607 final size:608
Alignment explanation
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10597 TTTGGGCTAG
* * * * * * *
10607 AAACGCGTTCCGTGGCCCCGGCTCAGTTTCGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAATATT
1 AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTCAAATATC
* * * * * * *
10672 TATAATAATCCAACCAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCA-TGAATC
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* * * *
10736 TTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAATAAGGGAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAA
131 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAA-AATGGAAAAAAGATATTAGAAACGTGAAAA
* * * *
10801 GCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTTAG-TTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
195 GCCCTTCAATCTTTATGGC-GTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
*** *
10865 AAATTTTTTTCGGATCAGTTTTTA-CCGAAATT-GTGTACTAACCATCACGAGTTTTGGCTCA-A
259 AAAAACTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCT-AGA
* * * * * * *
10927 AACGCGTTCCGGGGCCTCGGCTCAAATTT-TCAGGA-TTTTTGACGTAAATAGTCCTTCAAATAT
322 AACGCGTT-CGGGGCCCCGGCTCAGATTTGT-ATGATTTTTTG-CGGAAAGACTCCTTGAAATAT
* * * *
10990 CTATATTCATTTAAAC-AAATCTCAGTCGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGA
384 CTATATTAATCT-AACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCA--TGA
* * * * * **
11054 ATCTTTTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTTCTAAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAGTGTGA
446 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGA
* * *
11119 AAAGCCTTTCAATCTTTATGGCATTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
511 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
** * * * *
11184 -AAAAAAAAATTCAGATAAGTTTTTACTGAAATTGTGTAGTA
576 GAAAAAAATTTTCGGATCAG--TTT--TG--A--GTCTA-CA
* ** * * * * *
11225 ACCATCACGAGTTTTGGGGCCCGGGCTCAATTTTTCATGATTTTTGACGT-AAGTACTCCTTCAA
1 A--A--ACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAG-ACTCCTTCAA
* *
11289 ATATCTATATTCAT-TTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCAT
61 ATATCTATATTCATCTAAAC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCAT
11353 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACG
125 -TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACG
* * * *
11418 TGAAAAGCCCATT-AATATTTATGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTAAATATTGTGGCAAAAAA
189 TGAAAAGCCC-TTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
*
11481 TTGAGG-AAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTAC--ACCATCACGGGTTTTGG
253 TTGAGGAAAAAC-TTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGG
* * * * *
11543 CTAGAAACACTTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAAA
317 CTAGAAACGCGTTCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAAT
*
11608 ATCTATATTAATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGAATTTACA-AGCATGA
382 ATCTATATTAATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTA-AGAGCATGA
* *
11672 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATCAGAAGCCTGG
446 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGA
* *
11737 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTGA
511 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
11802 GGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTG-G-CT-CA
576 -GAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTGAGTCTACA
* *
11833 AAACGCGTTCCGTGG-CCAGCCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTACTTCAAATATC
1 AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTCAAATATC
* *
11897 TATATTCGTCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTATGAGCATTTGAAT
66 TATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCA-TTGAAT
* * * *
11962 TTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCC-AAAAAATGGAAAAAAGTTATTAGAAGCATGAAAA
130 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACGTGAAAA
* *
12026 GCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATCGTGGCAAAAAAATCGAGG
195 GCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGG
* ** * *
12091 AAAAACTTTTCGGATCAGCTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACTGTCATGGGTTTTGGCTGGAAA
259 AAAAACTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAGAAA
* * *
12156 CGCGTTCTGGGGCCCCAGCTCAGCTTTGTATAATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
324 CGCGTTC-GGGGCCCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
*
12221 ATTAATCTAACTAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATGAATCTTGT
388 ATTAATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATGAATCTTGT
* * * *
12286 TTC-ATTTTAATTAGAAATTTATTCCGAAAATAAGGGGAAAACGATATTAGAA-CCGTGAAAAGC
453 TTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCC-TGAAAAGC
* * * *
12349 CCTTCAATCTTTTTGCCGGTT-AGTTATATATTTTTTTTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG-AA
516 CCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAA
*
12412 AAAATTTTTGGATCAGTTTTTACCGAAATTGTGTACTAACCATAACGAGTTTTGGCTCA
580 AAAATTTTCGGATCAG-TTTT---G--A----G---T---C-T----A---------CA
* * * * * * * *
12471 AAACGCGTTCCGGGGCCCTGGCTCAATTTTTCATGATTTTTGACATAAATAGTCCTTCAAATATC
1 AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTCAAATATC
* * * *
12536 TATATTCATTTAAACAAATCTCAACCGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAAT
66 TATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCAT-TGAAT
* * * *
12601 CTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAATATGGAAAAAAGATATTA-AAAGTGTGAAA
130 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAA-CGTGAAA
* * * * * *
12665 AGCCCTTCAATCTTTATTGCATTGAATTATATATTTTATCTGAATATTGTGGCCAAAAATTGAGG
194 AGCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
*** * *
12730 AAATTTTTTTCGGATCAGTTTTTA-CCGAAATT-GTGTACGTTA--ATCACGAGTTTTGGCTCA-
259 AAAAACTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTAC-TAACCATCACGGGTTTTGGCT-AG
* * ** * * * *
12790 AAATGCCTTTCGGGGCCTTGGCTCA-ATTTTTCATGA-TTTTTGACGTAAATACTCCTTCAAATA
321 AAACG-CGTTCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGT-ATGATTTTTTG-CGGAAAGACTCCTTGAAATA
* * * * * *
12853 TCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGA
383 TCTATATTAATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCA--TGA
* * *
12918 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAGCGTAA
446 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGA
* * * * * *
12982 AAAGCCCATCAATATTTATGGCGTTGAATTGA-ATATTTTTT-TCGAATATTGTGG-CAAAAAAT
511 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATT-ATATATTTTTTCT-GAGTATTGTGGCCAAAAATT
* **
13044 GAGGAAAACTTTTTCGGTATCAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTACACCATCACGGGTTTTGGCTA
574 GAGAAAAAAATTTTCGG-ATCAG-TTTT----G-A-----GT----C-T-A----------C-A
** * * * * * * *
13108 GAAACGCGTTTTGGGGCCCTGACTCAGTTTTGTATGAATTTTTGTG-G-AATGTCTCCTTGAAAT
1 -AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATG-ATTTTTG-GCGTAAAGACTCCTTCAAAT
* * ***** *
13171 ATCTATATTAATCT-AACTAAATTTCAGAGGGGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCA-TG
63 ATCTATATTCATCTAAAC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATTG
* * * * * **
13234 AATCTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATCAGAAGCCCG
127 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACGTG
* * * * * * *
13299 GAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTGTGGTAAAAAATTG
191 AAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * * *
13364 AGGAAAAAAATTTTCGGATCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
256 AGG-AAAAACTTTTCGGATC-A-----G----TTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACGG
* ** * * * * ****
13429 TTTTTTGGCTA-AAACCGCGTTCCATGACCCCGACTCA-ATTTTGCATGATTTTTGGCGTTCGGA
310 -GTTTTGGCTAGAAA-CGCGTT-CGGGGCCCCGGCTCAGA-TTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGA
* * * * * * * * * * *
13492 GC-CCTTGAAATTTCAATAATTCATCGAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTT
371 -CTCCTTGAAATATCTAT-ATTAATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATT
** * *
13556 TTGCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGA
434 TTAAGAGC--ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGA
* * * * * * * *
13621 CATTA-AAACCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTCTGCCGGTT-AGTTATATAATTTTTCTGAGTAT
497 TATTAGAAGCC-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
* * * *** *
13684 TCTGGCCAAAAATTAAGGAAATCTTTTTCGGATTAGTTTTTACCGAAATTGTGTACTAACATCAC
560 TGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGATCAG-TTTT---G--A----G--------T--C
13749 AAGTTTTAGCTCA
605 ------TA---CA
* * * * *
13762 AAACGCGTTCCGCGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTACTTGAAATATC
1 AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTCAAATATC
* ** * *
13827 TATATTCGTCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TAACTACGAGTATCTGAA
66 TATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT-TTTAAGAGCAT-TGAA
* * * * *
13891 TTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCC-AAAAACTTGAAAAAAGATATTAGAAGCTTGAAA
129 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACGTGAAA
*
13955 AGCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATGTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAATAAATTGAGG
194 AGCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC----AA---A--
* *
14020 AAATCTTTTAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTCGGATCAGTGTTTA-CCGAAATT
250 AAA----TT-G-A----GG------A---A--AAA--CTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCG-AATT
* * * * *
14084 -GTGTACTAACCATCCATCATGAGTTTTGACTCA-AAACGCGTTCCGCGGCCCTGGCTCAGTTTT
291 CGTGTACTAACCAT-CA-C--GGGTTTTGGCT-AGAAACGCGTT-CGGGGCCCCGGCTCAGATTT
* * * * * * * * *
14147 GCATGATTTTTGGCGTAAAGACTACTTCAAATATCTATATTCATCTGAA-AAAATCTCAGCCACA
350 GTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCT-AACTAAATCTCAGACGCA
* * * *
14211 TTGGATTTGAGGATTTGATTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA-TAAAAATT-ATTC
414 TTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCA--TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
* * * * *
14274 C-CAAAAAATGAAAAAAAAAGATATTAGAAGCATGAAAATG-CCTTCAATCTTTATGGCATTGAA
477 CGAAAAAAATG--GAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAA-GCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAA
* * * * * * *
14337 TTATATATATTTTT-TTAGCATTGCGGCAAAAAATTGAG-GAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTTG
539 TTATATAT-TTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGATCAG--TTTT-
14400 CCGAATTCATGTACTAACCGTCACGGGTTTTGGCTA
600 --G-----A-G---T---C-T-A----------C-A
* * * * * * *
14436 GAAACGCGTTCTGGGGTCC-GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAATAT
1 -AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTCAAATAT
* * * * * * **
14500 ATATATTAATCTAACCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTGCGAGCATATGAA
65 CTATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCAT-TGAA
* ** *
14565 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAACCGATATTAGAACCGTGAA
129 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACGTGAA
* ** * * *
14630 AAGCCCTTCAATCTTTTTTCCGGTTAG-TCATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
193 AAGCCCTTCAATCTTTATGGC-GTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
*** * * *
14694 GGAAATGTTTTTCGGATCAGTTTTTA-CCGAAATT-GTG---T-A-CGTCACGAGTTTTTGCTCA
257 GGAAAAACTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCG-AATTCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCT-A
* ** * * * * * * *
14752 -AAATGCGTTCCGGGGCCTTGGCTCTGTTTTGAATG-GTTTTTGACGTAAAGACTCCTTCAAATT
320 GAAACGCGTT-CGGGGCCCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTG-CGGAAAGACTCCTTGAAATA
* * * * *
14815 TCAATATTCATTTAACCAAATCTCAG-CTGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGA-CAATCT
383 TCTATATTAATCTAACTAAATCTCAGAC-GCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGC-A--T
* * * * *
14878 GAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAACTGGAAAAAAGATATAAGAAGCGT
444 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
* * * * * *
14942 GAAAACCCCATCAATCTTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATT
509 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATT
* * * * *
15007 TAGGAAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAATTTGTGTACTAACCATCA
574 GAGAAAAAAATTTTCGGATCAG-TTTT----G-A-----GT-CT----A-CA
* * * * ** *
15059 CTGGTTTTGGTTGGAAACGCTTTCCGGGGCCCCGGCTAAGTTTTTTATGATTTTATGG-GGAAAG
1 --------------AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGGCGTAAAG
* * * * * *
15123 ACTCCTTGAAATACCTATATTAATCT-AACAAATTCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATT
51 ACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAACAAA-TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATT
* * *
15187 TTACA-AGTA-TGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGA
115 TTA-AGAGCATTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGGAAAAAAGA
* * * * * * *
15250 TATCAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTT-TGGCGTTGAATTATATGTTTTTTTTTAGTATT
178 TATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATT
* * ** * *
15314 GGGGTC-AAAATTTGAGGAAAATTTTTTCGGATCAGTTTTTGCAACATTTTAGCCAAAATCGTGT
242 GTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGATCAG----T------TTTTAGCCGAATTCGTGT
* * * * ** * * *
15378 ACCAACCATCACGGTTTTTGGCTACAACCGCGTTCCATGACCCCGACTCA-ATTTTGCATGATTT
296 ACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAGAAACGCGTT-CGGGGCCCCGGCTCAGA-TTTGTATGATTT
* **** * * * * * * * *
15442 TTGGCGTCTGGAGC-CCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTT
359 TTTGCGGAAAGA-CTCCTTGAAATATCTAT-ATTAATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTT
* * ** * * * * * *
15506 AAGGATATGTTTTTTCGAGCATATGAATTTTGTTTCCATATAATTTGATATTAATT-CGGAAAAA
422 AAGGATTTGATTTTAAGAGC--ATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAA
* ** *
15570 ATGGAAAAACGATATTAGAA-CCGTGAAATGCCCTTCAATCTTTTTACCGGTT-AATTATATATT
485 ATGGAAAAACGATATTAGAAGCC-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATT
* * ***
15633 TTTTCTTAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTCGGATCAGTTTT
548 TTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTT
15685 TACCGAAATT
Statistics
Matches: 3598, Mismatches: 582, Indels: 527
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
601 2 0.00
602 58 0.02
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AAACGCGTTCCGTGGCCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTCAAATATC
TATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATTGAATC
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAGATATTAGAAACGTGAAAAG
CCCTTCAATCTTTATGGCGTTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAA
AAACTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACGGGTTTTGGCTAGAAACG
CGTTCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
AATCTAACTAAATCTCAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATGAATCTTGTTTC
GATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTC
AATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAATT
TTCGGATCAGTTTTGAGTCTACA
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13987 GTTTTTTCTG
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*
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14061 TCGGATCAGT
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* * * *
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* ** *
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* * * **
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* *
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15692 ATTGTGTACT
* * * ** *
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* * *
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* * * *
15831 GGAAAACT-TTTACAGG-TCAG-T-TTTTAGCCAAATTCGTGTATCATCACGGGTTTTGGCTAGA
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* * ** * * *** *
15892 AA-CACTTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTTTATGATTTTATGG-G-AAAGA-CTCCTTGAAATA
183 AACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCA-ATTTTCATGATTTT-TGGAGCCTGGAGC-CCTTGAAATT
* * * * * * * * * * *
15953 CCTAT-ATTAATCTAACAAAACCTTAGACGCATTGGATTTAAGAATTTGATTTT-ACGAG--TAT
245 TCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGACGAGCATAT
* * *
16014 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGAAAAACGATATCAGAAGCCT
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* * * ** * *
16079 GAAAAGCCCTTCAATCATTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGGGGTCAAAATTT
364 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCAAAAATT
* *
16144 GAGGGAAATTTTTTCGGATCAGTTTTT----G-AA------A--AA-CATCACGGTTTTTGGCTA
429 GAGGAAAAATTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTGGCTA
* ** * * **** *
16195 AAACCGCGTTCCATGAACCCGGCTCAATTTTGCATAATTTTTGGCGCCTGGAGC-CCTTGAAATT
493 AAA-CGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-GGAAAGA-CTCCTTGAAATA
* * * * * ** * *
16259 TCAATAATTCATTTAACCAAATCTAAGTCATGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTTA-GAGCATAT
555 TCTAT-ATTAATCTAACCAAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTG-ATTTTACGAGC--AT
* * ** *
16323 GAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATGGAAAACCGATATTAGAA-CCGT
616 GAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCCAAAAAA-GGAAAAACGATATTAGAAGCC-T
** * * *
16387 GAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGCCGGTT-AGTTATATATTTTTT-TGGAGTACT-GTGGCCAAAA
678 GAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGC-GTTGAATTATATATTTTTTCT-GAGTATTAG-GGCCAAAA
* * * *
16449 ATTGAGGAAATTTTTTTCGGATCAG--T----TTTTA-CCGAAAT--TGT-GT-ACCATTACGAG
740 ATTGAGGAAA-ATTTTTCGGATCAGTTTCAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACG-G
** * * * * *
16503 -TTTTGGCTCAAAACGCGTTTCGGGGA-CCTGGCTTAGTTTTTCATGATTTTTGACGTAAAGACT
803 TTTTTGGCT-AAAACGCG-TTCCAGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG-CGCAAAGACT
* ** * * * * * *
16566 CCTTCAAATATCTATATTTGTTTAAACAAATCTCAGCCCCATTGGATTTACGGATTTGATTTTAC
865 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTAC
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930 GAGCA-CTG
* * **
16640 AATCTCT-TTTCGATATAATTTA-AAATTAATTCAGAAAAAAATGGGAAACGATATCAGAAGCCT
1 AATCT-TGTTTCGATTTAA-TTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAACGATATCAGAAGCCT
* *
16703 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATT
63 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATT
* *
16768 GAGGAAAAATTTTTTCAGATCAGGTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACATCACGGTTTT
128 GAGG-AAAATATTTTCGGATCA-G-TT------ATTTTA--CAAAA-C---T--ATCACGGTTTT
* * * * *
16833 TGGCTAAAACCGCATTCCATGACCCCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTCGCG-TTCGGAGCCCTT
176 TTGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTT-CATGATTTTTGGAGCCT-GGAGCCCTT
* * *
16897 GAAATTTCTATAATTAATCTAACAAAATCTATGCCACGTTGG-TCTTAAGGATAT-TATTTTG-C
239 GAAATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGAT-TTAAGGATATGT-TTTTGAC
* * *
16959 GAGCATATGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAAAC-ATATT
302 GAGCATATGAATCTTTTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-C--------GG-AAAAACGATATT
* * * * * * * *
17023 AGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATGTTTATGGCGTTGAATTAATTTATTTTTTCTGAATATTGTGA
357 AGAA-CCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATT-ATATATTTTTTCTGAGTATTATGG
* ** * *
17088 CAAAAAATTGAGGAAAACCTTTTC-GAGTTAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACCG
420 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGA-TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CG
*
17152 GTTTTGGCTAGAAACGCTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTT-CTATGATTTTATGGGGAAAGACT
483 GTTTTGGCTA-AAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTT-TGGGGAAAGACT
* * *
17216 CCTTGAAATACCTATATTAATCTAACAAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAC
545 CCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAC
* *
17281 GAGCATGAATATAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGGAAAAACGATATCAGA
610 GAGCATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCC-AAAAAA-GGAAAAACGATATTAGA
* * * *
17346 AGCCTGAAAAGCCCCTCAATCATTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTAGGGTCAG
673 AGCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTAGGGCCAA
* *
17411 AATTTGAGGAAAATTTTATCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCAT
738 AAATTGAGGAAAATTTT-TCGGATCAG--TTT-C-AAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCAT
* **
17476 CACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGTCGCATG
798 CACGGTTTTTGGCTAAAA-CGCGTTCCAGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG-CGCAAA
* * *
17541 GAGC-CCTTGAAAT-TTTAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGTCACGTTCGATTTAAGGATTTG
861 GA-CTCCTTGAAATATCT-AT-ATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
17604 ATTTTACGAGCA-TG
923 ATTTTACGAGCACTG
*
17618 AATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAACGATATCAGAAGCCTGAA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAACGATATCAGAAGCCTGAA
* * *
17683 AAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGGGGTCAAAATTTGAG
66 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTGAG
*
17748 GAAAATATTTTCGGATCAG-T-TTTTA-AAAAC-ATCACGGTTTTTTGCTAAAACCTCGTTCCAT
131 GAAAATATTTTCGGATCAGTTATTTTACAAAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAACCGCGTTCCAT
** *
17809 GACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGAGCCTGGAGCCCTTGAAATTTGAATAATTCATCAA
196 GACCCCGGCTCAATTTT-CATGATTTTTGGAGCCTGGAGCCCTTGAAATTTCTATAATTCATCTA
*
17874 ACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAAGATATGTTTTTGAC-AGCATATGAATCTTTTTTCAAT
260 ACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGACGAGCATATGAATCTTTTTTCAAT
*
17938 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAGAACCTTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCG
325 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAGAACC-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-
* * **
18003 GTT-AATTATATATTTTTTATGTGTATTATGGCCAAAAATTGAGGAAGTATTTTTCGGATCAGTT
388 GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAGTT
* * * * *
18067 TTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACCGGTGTTGGCTAGAAACGCTTTCCGGGGCGCCGGCT
453 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CGGTTTTGGCTA-AAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCT
* * *
18132 CAGTTTTGTATGATTTTATGGGGAAAGACTCCTTGAAATACCTATATTAATCTAACAAAATCTTA
516 CAGTTTTGCATGATTTT-TGGGGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTTA
*
18197 GACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
580 GACACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* * *
18262 ATTCCGAAAAAAAGGAAAAACGATATCAAAAGCCTGAAAATCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAA
645 ATTCC--AAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAA
* *
18327 TTATATATTTTTTCTGAGTATT-GGGCTGAAAATTTGAGGAAAACTTTTTCGGATCAGTTTTTGC
708 TTATATATTTTTTCTGAGTATTAGGGC-CAAAAATTGAGGAAAA-TTTTTCGGATCAG--TTT-C
*
18391 AAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA-TAAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACC
768 -AAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA-CGCGTTCCAGGACC
** * *
18455 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTC-TGGAGC-CCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAAC
830 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GCG-CAAAGA-CTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAAC
* * * * *
18518 CAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGCGTGCATATG
891 CAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCA-CTG
* *
18566 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGATAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA-CCGT
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGA-AAAAAT-GAAAAACGATATCAGAAGCC-T
* * * * * *
18630 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTCAGTTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCCAAAAATT
63 GAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATT
* * * * * * *
18694 GAGGAAATTTTTTTGGGATCAG--CTTTTACCGAAATTGTGTACTAACCATCAGGAGTTTTGGCT
128 GAGGAAAATATTTTCGGATCAGTTATTTTA-C-AAA------ACT-ATCA-C-GG-TTTTTTGCT
*** * * * * ** *
18757 CAAAA-CGCGTTTCGGGGA-CCTGGCTCAGTTTTTATGATTTTT-GA-CGTAAAGACTCCTTCAA
181 -AAAACCGCG-TTCCATGACCCCGGCTCAATTTTCATGATTTTTGGAGCCTGGAG-C-CCTTGAA
* * * * * * * *
18818 ATATCTAT-ATTCATTTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTT-ACGAGTA
242 ATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGACGAGCA
* * * *
18881 TATGAATCTTTTTTCTATTTAATTAAAAATTAATACCGAAAAAAAATGGGAAACGATATTAGAAG
307 TATGAATCTTTTTTCAATTTAATTAGAAATTAAT-TCG-----GAA----AAACGATATTAGAA-
* * *
18946 CCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTATGGTCAAAA
361 CCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCAAAA
* *
19011 ATT-ATGGAAACATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATC
426 ATTGA-GGAAAAATTTTTCGGATCAG---T-------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * * * ****
19075 ACGGTTTTTGGCTAAAACCGCATTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGCCTGG
480 ACGG-TTTTGGCTAAAA-CGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-GGAAAG
* * * * * ** * *
19140 AGC-CCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCATGTTGGATTTAAGGATATGTT
542 A-CTCCTTGAAATATCTAT-ATTAATCTAACCAAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTGAT
*
19204 TTTGA-GAGCATATGAATCTTA-TTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCC-------GAAAAACGA
605 TTT-ACGAGC--ATGAATC-TAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCAAAAAAGGAAAAACGA
** * * *
19260 TATTAGAA-CCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGCCGGTT-AGTTATATATTTTTTCTGAGTAC
666 TATTAGAAGCC-TGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGC-GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
* * ** * *
19323 TATGGCCAAAAATTGAGG-AAATTTTT----TTAGGATCAATTTTTA-CCGAAATCGTGTACT-A
729 TAGGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTCGGATCAGTTTCAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
* * ** * * * *
19381 CCATTA-GGAGTTTTGGCTCAAAACGCGTTTCGGGGA-CCTGGCTTAGTTTTTCATGATTTTTGA
794 CCATCACGG-TTTTTGGCT-AAAACGCG-TTCCAGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG-
* * * * * * * *
19444 CGTAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCGTTTAAACAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGAT
855 CGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
19509 TTGATTTTACGAGCATCTG
920 TTGATTTTACGAGCA-CTG
* * ** *
19528 AATCTTTTTTCGATATAATTTA-AAATTAATTCCGAAAAAAATGGGAAACGATATCAGAAGCCTA
1 AATCTTGTTTCGATTTAA-TTAGAAATTAATTCCG-AAAAAATGAAAAACGATATCAGAAGCCTG
* *
19592 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGTCAAAAATTG
64 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTG
*
19657 AGGAAAA-ATTTTTCGGATCAGGTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCGCGG
129 AGGAAAATA-TTTTCGGATCA-G-TT------ATTTTA--CAAAA-C---TA-T---CA-CG-GT
* * * *
19721 TTTTTGACTGAAACCGCGTTCCATGACCTCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTGGCGTCTGGAGCC
173 TTTTTG-CTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTT-CATGATTTTTGGAGCCTGGAGCC
*
19786 CTTGAAATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCATGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGA
236 CTTGAAATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGA
* *
19851 -GAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTG
301 CGAGCATATGAATCTTTTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAGAA-CCTG
* * * *
19915 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTG
365 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCAAAAATTG
* * * *
19980 AGGAAAAATTTTTTCGGATTAGGTTTGGCAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTACTAACCATCGCGG
430 AGGAAAAA-TTTTTCGGATCA-G--T-------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * ** *
20045 TTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTTAGGAGC-
484 -TTTTGGCTAAAA-CGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-GGAAAGA-CT
* * * * * * * * *
20109 CCTTGAAATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGACTTAAGGATATGTTTTTG
545 CCTTGAAATATCTAT-ATTAATCTAACCAAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTA
*
20174 CGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-C------GGAAAAACGATATTAG
609 CGAGC--ATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCAAAAAAGGAAAAACGATATTAG
* *
20232 AA-CCTTGAAAAGCCCTTCAAT-ATTTTTGGCGGTT-AATTATATA-TTTTTCTGTGTATTATGG
672 AAGCC-TGAAAAGCCCTTCAATCA-TTTTGGC-GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTAGGG
** * *
20293 CCAAAAATTGAGGAAGTTTTTTTCGGATCAG--T----TTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCAT
734 CCAAAAATTGAGGAA-AATTTTTCGGATCAGTTTCAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCAT
* * * * * * * * *
20352 CACCGG-TGTTGGCTAGAAACGCTTTCCGGGGCGCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTATGGGGAA
798 CA-CGGTTTTTGGCTA-AAACGCGTTCCAGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTT-TGCGCAA
* * * * ** *
20416 AGACTCCTTGAAATACCTATATTAATTTAACCAAATCTCAGCTTCATTGGATTTAAGGATTTGAT
860 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGAT
20481 TTTACGAGCATCTG
925 TTTACGAGCA-CTG
* * * * *
20495 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCCGAATAAATGGAAAAAAGATATTAGAAGCGTGA
1 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAT-GAAAAACGATATCAGAAGCCTGA
* * * * * * *
20560 AAAGCCCATCAATCTTTATGGCGTTGAATTACATAGTTTTTCTGAGTATTATGGCCAAAAATTGA
65 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTGA
* * *
20625 GGAAAAAATTTTCGGAACAGTTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACTATTACGTTT
130 GGAAAATATTTTCGGATCAG--TT------ATTTTA--CAAAA-C---TA-T--C----ACGGTT
* * * * * * ***
20690 TTTTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTC--TATT--TGATTTTCGGCA-CCCAAAGCCCT
174 TTTTGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTCATGATTTTTGG-AGCCTGGAGCCCT
* * * * * ** *
20750 TGCAATTTCTATATATTTATCTAACAAAATCTCAGCTACGTTGTTTTTAAGGATGTGTTTTTG-C
238 TGAAATTTCTATA-ATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGAC
** *
20814 GAGCATATGAATCTTTTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATT
302 GAGCATATGAATCTTTTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC----------GGAAAAACGATATT
* * * * *
20879 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTG-TAAATTATATATTATTTCTGAGTGTTATGG-
357 AGAA-CCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGC
* * * * * *
20942 CAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTACCCGAAATCGAGTACTAATCATCACGGT
421 CAAA-AATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * *** *
21007 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAGATTCCT
485 TTTGGCT-AAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGGGAAAGACTCCT
* * * * *
21072 TCAAATGTCTATATTTATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTGCGAG
548 TGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGACACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAG
* * *
21137 CATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCCCAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
613 CA--TGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CCAAAAAA-GGAAAAACGATATTAGAA
* * * *
21202 GCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATT-GTGCCTAA
674 GCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTAGGGCC-AA
* * *
21266 AAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTT
738 AAATT-GAGGAAAATTTTTCGGATCAGTTT
21296 GTAGCCGAAA
Statistics
Matches: 3887, Mismatches: 507, Indels: 491
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
938 27 0.01
939 96 0.02
940 13 0.00
941 1 0.00
943 1 0.00
945 4 0.00
946 497 0.13
947 52 0.01
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984 32 0.01
985 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (937 bp):
AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAATGAAAAACGATATCAGAAGCCTGAA
AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGTCAAAAATTGAG
GAAAATATTTTCGGATCAGTTATTTTACAAAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAACCGCGTTCCAT
GACCCCGGCTCAATTTTCATGATTTTTGGAGCCTGGAGCCCTTGAAATTTCTATAATTCATCTAA
CCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATATGTTTTTGACGAGCATATGAATCTTTTTTCAATT
TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAGAACCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT
GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAGTTTTT
AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTGGCTAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTT
TTGCATGATTTTTGGGGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGACACA
TTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCA
AAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATAT
TTTTTCTGAGTATTAGGGCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTCGGATCAGTTTCAAATTTTAGCCAA
AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACGCGTTCCAGGACCCCGGCTCAATTTTGCA
TGATTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGA
TTTAAGGATTTGATTTTACGAGCACTG
Found at i:19392 original size:642 final size:640
Alignment explanation
Indices: 17777--21315 Score: 3419
Period size: 642 Copynumber: 5.5 Consensus size: 640
17767 TTTTTAAAAA
* * *
17777 CATCACGGTTTTTTGCTAAAACCTCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGAGC
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * *
17842 CTGGAGCCCTTGAAATTTGAATAATTCATCAAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAAGATAT
66 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
* *
17907 GTTTTTGACAGCATATGAATCTTTTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAG
131 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAG
* * * * *
17972 AACCTTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGGTTAATTATATATTTTTTATGTGTATTATGGCCA
196 AACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTTAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCA
* * * * * * *
18037 AAAATTGAGGAAGTATTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAATTCGTGTACTAACCATCACCGGTGT
261 AAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GGGTTT
* *
18102 TGGCTAGAAACGC-TTTCCGGGG-CGCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTATG-GGGAAAGACTCC
325 TGGCTA-AAACGCGTTT-CGGGGAC-CCGGCTCAGTTTTGTATGATTTT-TGACGTAAAGACTCC
* * * * * *
18164 TTGAAATACCTATATTAATCT-AACAAAATCTTAGACGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACG
386 TTCAAATATCTATATTCATCTAAAC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACG
* * * *
18228 AGC--ATGAATCTAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAAGGAAAAACGATATCAA
450 AGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCCGAAAAAAAGG-GAAACGATATCAG
* * * * * *
18291 AAGCCTGAAAATCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATT-GGGCTG
514 AAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTATGG-TC
* *
18355 AAAATTTGAGGAAAACTTTTTCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA-TAAAC
578 AAAAATTGAGGAAAA-TTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-AAC
*
18419 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGT
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGC
18484 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
66 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
* * *
18549 GTTTTTGCGTGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGATAAAAATGGAAAA
131 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC----------GGAAAA
* *
18614 ACGATATTAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTCAGTTATATA-TTTTTCTGAGT
186 ACGATATTAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTTAATTATATATTTTTTCTGAGT
* * ** *
18678 ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTGGGATCAGCTTTTA-CCGAAATTGTGTACTAACCA
251 ATTATGGCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
*
18742 TCAGGAGTTTTGGCTCAAAACGCGTTTCGGGGACCTGGCTCAGTTTT-TATGATTTTTGACGTAA
316 TCAGG-GTTTTGGCT-AAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGACGTAA
*
18806 AGACTCCTTCAAATATCTATATTCATTTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT
379 AGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT
* * * *
18871 TTTACGAGTATATGAATCTTTTTTCTATTTAATTAAAAATTAATACCGAAAAAAAATGGGAAACG
444 TTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCCG-AAAAAAA-GGGAAACG
*
18936 ATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATT
507 ATATCAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATT
19001 ATGGTCAAAAATT-ATGGAAACATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGT
572 ATGGTCAAAAATTGA-GGAAA-ATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGT
19065 ACTAAC
635 ACTAAC
* *
19071 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCATTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGC
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGC
*
19136 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCATGTTGGATTTAAGGATAT
66 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
* *
19201 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAACGATATTAG
131 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAG
* * *
19266 AACCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGCCGGTTAGTTATATATTTTTTCTGAGTACTATGGCCA
196 AACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTTAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCA
*
19331 AAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTA-CCGAAATCGTGTACT-ACCATTAGGAGTTT
261 AAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAGG-GTTT
* *
19394 TGGCTCAAAACGCGTTTCGGGGACCTGGCTTAGTTTT-TCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTT
325 TGGCT-AAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGT-ATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTT
* * *
19458 CAAATATCTATATTCGTTTAAACAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGC
388 CAAATATCTATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGC
* * * *
19523 ATCTGAATCTTTTTTCGATATAATTTAAAATTAATTCCGAAAAAAATGGGAAACGATATCAGAAG
453 ATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCCGAAAAAAA-GGGAAACGATATCAGAAG
* * *
19588 CCTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGTCAAAA
517 CCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTATGGTCAAAA
*
19653 ATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAGGTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
582 ATTGAGG-AAAATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
* * * * * *
19713 CATCGCGGTTTTTGACTGAAACCGCGTTCCATGACCTCGGCTCAATTTTCCATGATTTTTGGCGT
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGC
* *
19778 CTGGAGCCCTTGAAATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCATGTTGGATTTAAGGATAT
66 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
*
19843 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAACGATATTAG
131 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAG
* * * * *
19908 AAGCC-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGT
196 AA-CCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTT-AATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGC
* * * *
19971 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTTTCGGATTAGGTTTGGCAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTACTAA
259 CAAAAATTGAGG--AAA-TTTTT----TTAGG-AT--C-AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
*** * * *
20036 CCATC-GCGGTTTTTGGCTAAAACCGCG-TTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG
313 CCATCAG-GG-TTTTGGCTAAAA-CGCGTTTCGGGGA-CCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGA
* * * * * * * *
20099 CGTTAGGAGC-CCTTGAAATTTCTATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGACTTAAGG
374 CGTAAAGA-CTCCTTCAAATATCTAT-ATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
* * * * *
20163 ATATGTTTTTGCGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CG----GAA---
437 ATTTGATTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCCGAAAAAAAGGG
* * *
20220 AAACGATATTAGAA-CCTTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGGTT-AATTATATA-TTTTTCT
502 AAACGATATCAGAAGCC-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCT
** * ** * *
20282 GTGTATTATGGCCAAAAATTGAGGAAGTTTTTTTCGGATCAG---T-------TTTTAGCCGAAT
565 AAGTATTATGGTCAAAAATTGAGGAA-AATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAA
20337 TCGTGTACTAAC
629 TCGTGTACTAAC
* * ** * * * *
20349 CATCACCGG-TGTTGGCTAGAAA-CGCTTTCCGGGGCGCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTATGG
1 CATCA-CGGTTTTTGGCTA-AAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTT-TGG
**** ** * * * * ** *
20412 -GGAAAGA-CTCCTTGAAATACCTAT-ATTAATTTAACCAAATCTCAGCTTCATTGGATTTAAGG
63 CGCCTGGAGC-CCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGG
* * * * *
20474 ATTTGATTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCCGAATAAATGG
127 ATATGTTTTTGA-GAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-C--------GG
* * * * * * *
20538 AAAAAAGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTATGGC-GTTGAATTACATAGTTTTTC
182 AAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTT-AATTATATATTTTTTC
*** * * *
20602 TGAGTATTATGGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGAACAGTTTTCGCAAAATTTTAGCCAAA
246 TGAGTATTATGGCCAAAAATTGAGGAAATTTTTTTAGG---A----T--C-AATTTTTAGCCGAA
* * ** * * * * *
20667 ATCGTGTACTAACTATTACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTC--TATTTG-
301 ATCGTGTACTAACCATCA-GGGTTTTGGCT-AAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGT-TTTGT
** ** * * *
20729 AT--TTTCGGCACCCAAAG-C-CCTTGC-AATTTCTATATATTTATCT-AACAAAATCTCAGCTA
363 ATGATTTTTG-ACGTAAAGACTCCTT-CAAATATC--TATATTCATCTAAAC-AAATCTCAGCCA
* ** * * * * * *
20788 CGTTGTTTTTAAGGATGTGTTTTTGCGAGCATATGAATCTTTTTTTGATTTAATTAGAAATTAAT
423 CATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAAT
* * * * * *
20853 TCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG--TGTAAA
488 TCCGAAAAAAA-GG-GAAACGATATCAGAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCAT-TGAA
* * * *
20916 TTATATATTATTTCTGAGTGTTATGG-CAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGG----G---T--C
550 TTATATATTTTTTCTAAGTATTATGGTCAAA-AATTGAGG-AAAATTTTTCGGATCAGTTTTGGC
* * * * *
20971 -AATTTTTACCCGAAATCGAGTACTAAT
613 AAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
* ** * * * * * **
20998 CATCACGG-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAT
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGC
*** ** * * * * * * *
21062 AAAGATTCCTTCAAATGTCTAT-ATTTATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
66 CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
* * * * * *
21126 GATTTTGCGAGCATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCCCAAAAAATGGAAAAA
131 GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT--C-------GGAAAAA
* * * *
21191 CGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
187 CGATATTAGAACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTT-AATTATATATTTTTTCTGAGT
* * * ** * * * *
21255 ATTGT-GCCTAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTGTAGCCGAAATCGTGTACTA
251 ATTATGGCC-AAAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
21316 TATATGTCAT
Statistics
Matches: 2501, Mismatches: 286, Indels: 224
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
634 1 0.00
635 77 0.03
636 76 0.03
637 13 0.01
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639 82 0.03
640 7 0.00
641 8 0.00
642 664 0.27
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652 354 0.14
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655 60 0.02
656 76 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (640 bp):
CATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCGTTCCATGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGC
CTGGAGCCCTTGAAATTTCAATAATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACGTTGGATTTAAGGATAT
GTTTTTGAGAGCATATGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAACGATATTAG
AACCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCCGGTTAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCCA
AAAATTGAGGAAATTTTTTTAGGATCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAGGGTTTT
GGCTAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTTCAA
ATATCTATATTCATCTAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATA
TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCCGAAAAAAAGGGAAACGATATCAGAAGCCTG
AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTATGGTCAAAAATTG
AGGAAAATTTTTCGGATCAGTTTTGGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
Found at i:30009 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 29937--30059 Score: 174
Period size: 60 Copynumber: 2.0 Consensus size: 60
29927 CCTCAGTATC
* * * * * *
29937 TGGTGACTATATTAAACCCTGATTATTACAAAGTGGAGTTGAGTGGCATCAAACCTTATG
1 TGGTAACTATATTAAACCCGGATTACTACAAAGTGAAGTTGAGTCGCATCAAACCTTACG
* *
29997 TGGTAACTATATTAAATCCGGATTACTACAGAGTGAAGTTGAGTCGCATCAAACCTTACG
1 TGGTAACTATATTAAACCCGGATTACTACAAAGTGAAGTTGAGTCGCATCAAACCTTACG
30057 TGG
1 TGG
30060 CAGAAGCTCT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 55 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (60 bp):
TGGTAACTATATTAAACCCGGATTACTACAAAGTGAAGTTGAGTCGCATCAAACCTTACG
Found at i:51051 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 51021--51120 Score: 98
Period size: 27 Copynumber: 3.7 Consensus size: 27
51011 AGCAAAGGAC
* *
51021 AAGAAAGTGAGACCGATAATGAAGA-GG
1 AAGATAGTGAGA-AGATAATGAAGATGG
51048 AAGATAGTGAGAATGATAATGAA-ATGG
1 AAGATAGTGAGAA-GATAATGAAGATGG
*
51075 AAGATAGTGAGGAAGATAATGAAG-GGG
1 AAGATAGTGA-GAAGATAATGAAGATGG
* *
51102 AGGATAATGAGGAAGATAA
1 AAGATAGTGA-GAAGATAA
51121 AGAGAGTGAG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 8
0.83 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 60 0.94
28 3 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (27 bp):
AAGATAGTGAGAAGATAATGAAGATGG
Done.