Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018191.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18224, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4360
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Found at i:1117 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1085--1118 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
1075 TTTTTAGATG
1085 ATAATATATTTAATT
1 ATAATATATTTAATT
*
1100 ATAATATA-TTATTT
1 ATAATATATTTAATT
1114 ATAAT
1 ATAAT
1119 CATGAAATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.56
15 8 0.44
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (15 bp):
ATAATATATTTAATT
Found at i:2830 original size:336 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1829--4349 Score: 2279
Period size: 336 Copynumber: 7.5 Consensus size: 335
1819 AATTAATTCA
* * * * *
1829 GCTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCAAAAAAAATA-TAAAA
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAATACGAAAA
* ** * *
1893 AATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAC
65 AATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAG
* * * * * * *
1958 TATTGTGA-CTAAAAGTTAAGGAAAATTTTTTCTAGTAATTTTTTTG-TAAAATTTCAGCCGTAA
130 TATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCA-TTTTTTGCTAAAATTTCAGCCGAAA
* *
2021 TCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTTTTTTTTTAATTAAAAACGC-TTTCCGGGG-CCCGGCTCA
194 TCGTGTACTAACCATCATGG---TTTTTTTTTT-GTTAAAAACGCGTTT-CGGGGCCCCGGCTCA
**
2084 GTTTTGCATGATTTTTGACGTCGA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAG
254 GTTTTGCATGATTTTTCTCGTC-ATGACT-C--GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAG
2148 CCACATTGCATTTAAGGATTT
315 CCACATTGCATTTAAGGATTT
* * * *
2169 -ATTTTCACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAA
1 GCTTTT-ACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATACGAAAA
* * * *
2233 AA-GATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATAAG
65 AATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAG
* * * * *
2297 TATTCT-ATCCAAAAA-TATGGCAAAAATATTTT-GGGTCATTTTTTTTTGCT-AAATTTTAGGC
130 TATTGTGATCCAAAAATTA-AGCAAAAAT-TTTTCTGGTCA---TTTTTTGCTAAAATTTCAGCC
* * * * *
2358 AAAATCGTGTACTAACCATCATGG----TTTTTGGCTAAAAACTCGTTTCGGGGCCCCCGCTCAG
190 GAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAG
* * * * * * *
2419 TTTTGCATTG-TTTTTGGCGCCGACAT-TCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATAAAATTTTAG
255 TTTTGCA-TGATTTTT--C-TCGTCATGACTC-GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAG
*
2482 TCACATTGCATTTAAGGATTT
315 CCACATTGCATTTAAGGATTT
* * *
2503 GCTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATACGAAAA
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATACGAAAA
* * ** *
2568 AATGATATTATAAA-CGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTCCTTGGATTATATATTTTTTATGA
65 AATGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGA
* *
2632 GTATTGTGA-CTAAAAATTAAG-AAAAATTCTTTCTGGTCATTTTTTG-TAAAATTTCAGTCGAA
129 GTATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATT-TTTCTGGTCATTTTTTGCTAAAATTTCAGCCGAA
* * *
2694 ATCGTGTACTAACCATCTTGGTTCTTTTTTTTTGTTAAAAACGCTTTTCGGGGCACCGGCTCAGT
193 ATCGTGTACTAACCATCATGG-T-TTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGT
* * * *
2759 TTTGCATGATTTTTCTCATCATGACTCGAAATATCTTTATTCATCTAATGAAATTTCAGCCATAT
256 TTTGCATGATTTTTCTCGTCATGACTCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACAT
2824 TGCATTTAAGGATTT
321 TGCATTTAAGGATTT
* * * * * *
2839 GTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTATCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATA-TAAAAA
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATACGAAAAA
* * * *
2903 ATGATATTAAAAGTGTGAAAAG-TCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATACATATTTTATGAG
66 ATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT-CAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAG
* ** * *
2967 TATT-TTATCCAAAAATTGGGCAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTTGCT-AAATTTTAGGC-AAA
130 TATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCA-TTTTTTGCTAAAATTTCAGCCGAAA
* * ** * * *
3029 ------A-T--CCATCACGG----TTTTTGGCCAAAACCGCGTTTCGGGGCCCCGGCTGATTTTT
194 TCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* ** * *
3081 GCATGGTTTTTGGCGTCGA-CACTCCCTGAAAT-TCCTATATTCATCTAA-CAAAATTTTAGCCA
259 GCATGATTTTTCTCGTC-ATGACT--C-GAAATAT-CTATATTCATCTAATC-AAATTTCAGCCA
3143 CATTGCATTTAAGGATTCT
318 CATTGCATTTAAGGATT-T
* * * * *
3162 -TTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTATTTAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATACG-A
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC---AGAAAAATACGAA
* ** *
3225 AAAATGATATTATAAA-CGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTATGGCCTTGGATTATATATTTTTTA
63 AAAATGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTT-TGGCCTTAAATTATATATATTTTA
* * *
3289 TGAGTATTGTGA-CTAAAAATT-AG-GAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG-TAAAATTTCAGCCG
126 TGAGTATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCTAAAATTTCAGCCG
* * * * * * * *
3350 AGATCGTGTTCTAAATCATCATGGTTCTTTTTTTTTGTTAGAAACGCGTTCCAGGCCCCCGTCTC
191 AAATCGTGTACT-AACCATCATGG-T-TTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTC
* ** * * * *
3415 AGTTTTGCATTATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCAATATTCATCTAATCAAATTTTAG
253 AGTTTTGCATGATTTTTCTCGTCATG--A-CTCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAG
*
3480 CCATATTGCATTTAAGGATTT
315 CCACATTGCATTTAAGGATTT
* * * * * *
3501 GCTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACATATTAATTCTGAAAAATATG-AAAA
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATACGAAAAA
* * * *
3565 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAG-TCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATACATATTTTATGAG
66 ATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT-CAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAG
* ** * * *
3629 TATT-TTATCCAAAAATTGGGCAAAAAATTTTC-GGTCATCTTTTTGCT-AAATTTTAGGC-AAA
130 TATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCAT-TTTTTGCTAAAATTTCAGCCGAAA
* ** * * * * *
3690 CTCGTGTACTAACCATCACGG-----TTTTTGGCAAATAATGCGAGTTTCGAGGCCTCGGCTTAT
194 -TCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTTTTGTTAAA-AA--CGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAG
* * * * *
3750 TTTTGCATGGTTTTT-TGCGCCGA-CACTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAAT-AAAATTCTA
255 TTTTGCATGATTTTTCT-CGTC-ATGACT--C-GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTC-A
3812 GCCACATTGCATTTAAGGATTT
314 GCCACATTGCATTTAAGGATTT
* * * * *
3834 CCTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGCGAAA
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAATACGAAA
* * * * *
3899 AAATGATATTATAAA-CGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTAGGCCTTAGATTATATATTTTTTATG
64 AAATGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATG
* *
3963 AGTATTGTGA-CTAAAAATTAAG-GAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTG-TAAAATTTCAGCCGAA
128 AGTATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCTAAAATTTCAGCCGAA
* * *
4025 ATCGTGTACTAACCATCATGGATTCTTTTTTTTGTTAGAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
193 ATCGTGTACTAACCATCATGG-TT-TTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGT
* ** * *
4090 TTTGCATTATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
256 TTTGCATGATTTTTCTCGTCATG--A-CTCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
*
4155 TATTGCATTTAAGGATTT
318 CATTGCATTTAAGGATTT
* * * * *
4173 GTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATATG-AAAA
1 GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATACGAAAAA
* * * * * *
4237 ACGATATTAAAAGCGTAAAAAG-TCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATACATATATTATGAG
66 ATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT-CAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAG
* * *
4301 TATT-TTATCCAAAAATTAGGCAAAAA-TTTTCGGGTCATTTTTTGCTAAA
130 TATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCTAAA
4350 TTTTAGGTAA
Statistics
Matches: 1760, Mismatches: 299, Indels: 247
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
319 49 0.03
320 1 0.00
321 2 0.00
322 87 0.05
323 17 0.01
324 17 0.01
325 45 0.03
326 41 0.02
327 3 0.00
328 1 0.00
330 10 0.01
331 4 0.00
332 6 0.00
333 173 0.10
334 207 0.12
335 120 0.07
336 359 0.20
337 91 0.05
338 38 0.02
339 247 0.14
340 185 0.11
341 43 0.02
342 12 0.01
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (335 bp):
GCTTTTACAAGAATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATACGAAAAA
ATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAAATTATATATATTTTATGAGT
ATTGTGATCCAAAAATTAAGCAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGCTAAAATTTCAGCCGAAATC
GTGTACTAACCATCATGGTTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC
ATGATTTTTCTCGTCATGACTCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGCAT
TTAAGGATTT
Found at i:4229 original size:672 final size:669
Alignment explanation
Indices: 1830--4356 Score: 3839
Period size: 672 Copynumber: 3.8 Consensus size: 669
1820 ATTAATTCAG
* * *
1830 CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTC-AAAAAAAATA-TAAAA
1 CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATACGAAAA
*
1893 AATGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGA
66 AATGATATTATAAA-CGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTAGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGA
* * * * *
1957 CTATTGTGACTAAAAGTTAAGGAAAATTTTTTCTAGTAATTTTTTTGTAAAATTTCAGCCGTAAT
130 GTATTGTGACTAAAAATTAAGGAAAA-TTTTTCTGGTCA-TTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAAAT
* * * *
2022 CGTGTATTAACCATCATGGTTTTTTTTTTTTTAATTAAAAACGCTTTCCGGGG-CCCGGCTCAGT
193 CGTGTACTAACCATCATGG-TTCTTTTTTTTT-GTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
* * *
2086 TTTGCATGATTTTTGACGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
256 TTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
* * * *
2151 CATTGCATTTAAGGATTTATTTTCACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
321 TATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAAT
* * *
2216 TCAGAAAAATATGAAAAAAGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATT
386 TCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATT
* * *
2281 ATATATATTTTATAAGTATTCTATCCAAAAATAT-GGCAAAAATATTTT-GGGTCATTTTTTTTT
451 ATACATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAAT-TGGGCAAAAA-ATTTTCGGGTCA--TTTTTTT
*
2344 GCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACTC-GTTTCGGGG
512 GCTAAATTTTAGGC-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC-AAAAA-TCGGTTTCGGGG
* * * *
2408 CCCCCGCTCAGTTTTGCATTGTTTTTGGCGCCGACATTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATA
574 CCCCGGCTCATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATA
* *
2473 AAATTTTAGTCACATTGCATTTAAGGATTTG
639 AAATTTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTC
2504 CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATACGAAAA
1 CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATACGAAAA
* *
2568 AATGATATTATAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTCCTTGGATTATATATTTTTTATGAG
66 AATGATATTATAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTAGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAG
* *
2633 TATTGTGACTAAAAATTAAGAAAAATTCTTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGTCGAAATCG
131 TATTGTGACTAAAAATTAAGGAAAATT-TTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAAATCG
* * * *
2698 TGTACTAACCATCTTGGTTCTTTTTTTTTGTTAAAAACGCTTTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTG
195 TGTACTAACCATCATGGTTCTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
** * * * * *
2763 CATGATTTTTCTCATCATG--A-CTCGAAATATCTTTATTCATCTAATGAAATTTCAGCCATATT
260 CATGATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCATATT
*
2825 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTATCGATTTAATTACAAATTAATTCAG
325 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAG
* * *
2890 AAAAATATAAAAAATGATATTAAAAGTGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATAC
390 AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATAC
* *
2955 ATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTTGCTAAATT
455 ATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTGCTAAATT
* * *
3020 TTAGGCAAA------A-T--CCATCACGGTTTTTGGCCAAAACCGCGTTTCGGGGCCCCGGCTGA
520 TTAGGCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAATCG-GTTTCGGGGCCCCGGCTCA
* * *
3076 TTTTTGCATGGTTTTTGGCGTCGACACTCCCTGAAATTCCTATATTCATCTAACAAAATTTTAGC
584 TTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATAAAATTTTAGC
3141 CACATTGCATTTAAGGA-TTC
649 CACATTGCATTTAAGGATTTC
* *
3161 TTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTATTTAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATACG-A
1 -CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATACGAA
3225 AAAATGATATTATAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTATGGCCTTGGATTATATATTTTTTAT
64 AAAATGATATTATAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTA-GGCCTTGGATTATATATTTTTTAT
* *
3290 GAGTATTGTGACTAAAAATT-AGGAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAGAT
128 GAGTATTGTGACTAAAAATTAAGGAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAAAT
* * * * * *
3354 CGTGTTCTAAATCATCATGGTTCTTTTTTTTTGTTAGAAACGCGTTCCAGGCCCCCGTCTCAGTT
193 CGTGTACT-AACCATCATGGTTCTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* * *
3419 TTGCATTATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCAATATTCATCTAATCAAATTTTAGCCAT
257 TTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAT
* *
3484 ATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACATATTAATT
322 ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATT
*
3549 CTGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTA
387 CAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTA
*
3614 TACATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAAATTTTC-GGTCATCTTTTTGCTAA
452 TACATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTGCTAA
* *
3678 ATTTTAGGCAAACTCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAATAATGCGAGTTTCGAGGCCTC
517 ATTTTAGGCAAA-TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAA-AAT-CG-GTTTCGGGGCCCC
* *
3743 GGCTTATTTTTGCATGGTTTTTTGCGCCGACACTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATAAAAT
578 GGCTCATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATAAAAT
*
3808 TCTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTC
643 TTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTC
*
3835 CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGCGAAAA
1 CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATACGAAAA
* *
3900 AATGATATTATAAACGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTAGGCCTTAGATTATATATTTTTTATGAG
66 AATGATATTATAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTAGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAG
3965 TATTGTGACTAAAAATTAAGGAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAAATCGT
131 TATTGTGACTAAAAATTAAGGAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAAATCGT
* *
4030 GTACTAACCATCATGGATTC-TTTTTTTTGTTAGAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
196 GTACTAACCATCATGG-TTCTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
*
4094 CATTATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCATATT
260 CATGATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCATATT
4159 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAG
325 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAG
*
4224 AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTAAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATAC
390 AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATAC
* *
4289 ATATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTAGGC-AAAAATTTTCGGGTCA-TTTTTTGCTAAATT
455 ATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTGCTAAATT
4352 TTAGG
520 TTAGG
4357 TAAA
Statistics
Matches: 1696, Mismatches: 123, Indels: 71
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
656 1 0.00
657 6 0.00
658 193 0.11
659 114 0.07
660 54 0.03
661 30 0.02
662 203 0.12
667 3 0.00
668 22 0.01
669 6 0.00
670 197 0.12
671 47 0.03
672 351 0.21
673 272 0.16
674 100 0.06
675 94 0.06
676 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (669 bp):
CTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATACGAAAA
AATGATATTATAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTAGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAG
TATTGTGACTAAAAATTAAGGAAAATTTTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTCAGCCGAAATCGT
GTACTAACCATCATGGTTCTTTTTTTTTGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC
ATGATTTTTGGCGTCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCATATTG
CATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAGA
AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATACA
TATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTGCTAAATTT
TAGGCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAATCGGTTTCGGGGCCCCGGCTCATT
TTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATACCTATATTCATCTAATAAAATTTTAGCCA
CATTGCATTTAAGGATTTC
Done.