Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018192.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18225, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1820
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Found at i:1549 original size:334 final size:330
Alignment explanation
Indices: 140--1816 Score: 1552
Period size: 334 Copynumber: 5.0 Consensus size: 330
130 GTTTTGCATT
* *
140 ATTTTT-GGCGTCAATTTTTTACTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACT---CATCACGGTTTTTG
1 ATTTTTCGG-GTCTATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG
** * * * * * *
201 GCCAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGTTTATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAA
65 GTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCAACACTCCTTGAA
* **
266 ATACCTATATTTATCTAATAAAACTCTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATC
130 ATACCTATATTCATCTAATAAATTTC-AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATC
*** * * *
331 TAAATCACATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATACGAAAAATTGATATTATAAA
194 TAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAAATAAGAAAAA-CGATATTA-AAA
* *
396 CGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCA--CTAA
255 CGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAGATTATATATATTTTATGAGTATT-T-ATGCTAA
459 AAATTAAGGAAAA
318 AAATTAAGGAAAA
* * ** * * * * *
472 TTTTTTCTGGTC-ATTTTTTTGAAAAATTTCAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCATGGTTCTTT
1 ATTTTTCGGGTCTA-TTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG----TT
* ** * * * * ** *
536 TTTTGTTAAAAACGC-TTTCTGACGACCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTGGCATCAGGACACC
61 TTTGGTTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCAACACTCC
* * ** *
600 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGTATTTAAGGATTTTTTTTTACAA
125 TTGAAATACCTATATTCATCTAAT-AAATTTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGA
* * * * * * *
665 GAATTTGAATCTAGTTTTGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAA
189 GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAACGATATTAAA
* * * * * *
730 AGCATGAAAAAG-TCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATACATATCTTATGAGTATTTTAT-C
254 A-CGTG-AAAAGCCCTT-CAATATTTTTGGCCTTAGATTATATATATTTTATGAGTA-TTTATGC
* *
793 CAAAAATT-GGGCAAAAA
315 TAAAAATTAAGG--AAAA
810 ATTTTT-GGGTC-ATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
1 ATTTTTCGGGTCTATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
** * * * * * * *
873 CCAAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGGCTTATTTTTGTATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAA
66 TTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCAACACTCCTTGAAA
* * *
938 TACCTATATGCATCTAATAAATTTTTAGTCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCT
131 TACCTATATTCATCTAATAAA-TTTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCT
* * * * * *
1003 AAATCATGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAGAATACGAAAAACGATATTATTAACG
195 AAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAA-AATAAGAAAAACGATATTA-AAACG
* *
1068 TGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGTCTTAGATTATATAT-TTCTTATGAGTA-TTGTGACTAAAA
257 TGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAGATTATATATATT-TTATGAGTATTTATG-CTAAAA
1131 ATTAAGGAAAA
320 ATTAAGGAAAA
* ** * * * * * * * *
1142 TTTTTTCCTTGT-TCATTTTTTG-TAAAATTTCAGCCCAAATCGTCTTCAAATCATCATGGTTTT
1 ATTTTT-CGGGTCT-ATTTTTTGCT-AAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGG--TT
* * * * * * * * *
1205 TTTTGTTAAAAACAC-TTTCCGGGGCCCTGCCTCAGTTTTGAATGATTTTTCGCATCAAGACTCC
61 TTTGGTTAAAAACGCGTTT-CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCAACACTCC
* * * * * * **
1269 TTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCTACATTCCATTTAAGTATTTGATTCTATAA
125 TTGAAATACCTATATTCATCTAAT-AAATTTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGA
* * *
1334 GAATCTGAATCTTGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAG-AAAACGATATTAAA
189 GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAACGATATTAAA
* * * *
1398 ACCGTGAAAAGACCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTCTATGC-A
254 A-CGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAGATTATATATATTTTATGAGTATT-TATGCTA
*
1462 AAAATT-GGGCAAAA
317 AAAATTAAGG-AAAA
* *
1476 ATTTTTCGGGTCTTTTTTTTTTTGCTAAATTTTAGGGAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
1 ATTTTTCGGGTC---TATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * * *
1541 TGGTTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGGTTTTAGGC-GCAGAAACTCCTT
63 TGGTTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCA-ACACTCCTT
* * * *
1605 GAAA-ACCCATATTTATCTAATAAAATCTT-ACCCACATTGCATTTAAGGATTTTCTTTTACGAG
127 GAAATACCTATATTCATCTAAT-AAAT-TTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAG
* **
1668 CATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATCAAAAACGATATTAAAA
190 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAACGATATTAAAA
* * *
1733 GCGTGAAAAGCCCTTCAA-ACTTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTT-TCACTA
255 -CGTGAAAAGCCCTTCAATA-TTTTTGGCCTTAGATTATATATATTTTATGAGTATTTAT-GCTA
1796 AAAATTAAGGAAAA
317 AAAATTAAGGAAAA
*
1810 TTTTTTC
1 ATTTTTC
1817 TGGG
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 223, Indels: 108
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
331 7 0.01
332 172 0.16
333 151 0.14
334 236 0.22
335 61 0.06
336 95 0.09
337 197 0.18
338 18 0.02
339 125 0.12
340 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (330 bp):
ATTTTTCGGGTCTATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
TTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCACCAACACTCCTTGAAA
TACCTATATTCATCTAATAAATTTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTA
AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAACGATATTAAAACGTGAA
AAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTAGATTATATATATTTTATGAGTATTTATGCTAAAAATTAAG
GAAAA
Found at i:1702 original size:670 final size:670
Alignment explanation
Indices: 140--1816 Score: 2382
Period size: 671 Copynumber: 2.5 Consensus size: 670
130 GTTTTGCATT
*
140 ATTTTTGGCGTCAATTTTTTACTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACT---CATCACGGTTTTTGG
1 ATTTTTGG-GTC-ATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* *
202 CCAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGTTTATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAA
64 CCAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTTATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAA
267 TACCTATATTTATCTAATAAAA-CTCTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATC
129 TACCTATATTTATCTAATAAAATCT-TAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATC
** *
331 TAAATCACATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATACGAAAAATTGATATTATAAA
193 TAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATACGAAAAA-CGATATTATAAA
396 CGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACTAAAA
256 CGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACTAAAA
* * *
461 ATTAAGGAAAATTTTTT-CTGGTCATTTTTTTGAAAAATTTCAGCCGAAATCGTGTATTAACCAT
321 ATTAAGGAAAATTTTTTCCTGGTCATTTTTTTGAAAAATTTCAGCCCAAATCGTCTATAAACCAT
* * * ** *
525 CATGGTTCTTTTTTTGTTAAAAACGCTTTCTGACGACCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTGGCA
386 CATGGTTCTTTTTTTGTTAAAAACACTTTCCGACGACCCGCCTCAGTTTTGAATGATTTTTCGCA
* **
590 TCAGGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGTATTTAAGGATTT
451 TCAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTCCATTTAAGGATTT
** * * * * *
655 TTTTTTACAAGAATTTGAATCTAGTTTTGATTTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAA
516 GATTCTACAAGAATCTGAATCTAGTTTCGAATTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAA
* * * *
720 CGATATTAAAAGCATGAAAAAGTCTTCCAATATTTTTGGCTTTAAATTATACATATCTTATGAGT
581 CGATATTAAAACCATGAAAAAGACCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATACATATCTTATGAGT
*
785 ATTTTATCCAAAAATTGGGCAAAAA
646 ATTCTATCCAAAAATTGGGCAAAAA
810 ATTTTTGGGTCATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCC
1 ATTTTTGGGTCATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCC
* *
875 AAAAACGCGTTTCGGGTCCCCGGCTTATTTTTGTATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATA
66 AAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTTATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATA
** * * *
940 CCTATATGCATCTAATAAATTTTTAGTCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAA
131 CCTATATTTATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAA
* * *
1005 ATCATGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAGAATACGAAAAACGATATTATTAACGTG
196 ATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-AATACGAAAAACGATATTATAAACGTG
* * * *
1070 AAAAGCCCTTCAATATTTTTGGTCTTAGATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGACTAAAAATTA
260 AAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACTAAAAATTA
* * *
1135 AGGAAAATTTTTTCCTTGTTCA-TTTTTTGTAAAATTTCAGCCCAAATCGTCT-TCAAATCATCA
325 AGGAAAATTTTTTCC-TGGTCATTTTTTTGAAAAATTTCAGCCCAAATCGTCTAT-AAACCATCA
* *
1198 TGG-T-TTTTTTTGTTAAAAACACTTTCCG-GGGCCCTGCCTCAGTTTTGAATGATTTTTCGCAT
388 TGGTTCTTTTTTTGTTAAAAACACTTTCCGACGACCC-GCCTCAGTTTTGAATGATTTTTCGCAT
* * *
1260 CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCTACATTCCATTTAAGTATTTG
452 CAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTCCATTTAAGGATTTG
* * *
1325 ATTCTATAAGAATCTGAATCTTGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAAG-AAAAC
517 ATTCTACAAGAATCTGAATCTAGTTTCGAATTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAAC
* * *
1389 GATATTAAAACCGTG-AAAAGACCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
582 GATATTAAAACCATGAAAAAGACCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATACATATCTTATGAGTA
*
1453 TTCTATGCAAAAATTGGGC-AAAA
647 TTCTATCCAAAAATTGGGCAAAAA
* *
1476 ATTTTTCGGGTCTTTTTTTTTTTGCTAAATTTTAGGGAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
1 ATTTTT-GGGTC----ATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
** * * * * * * *
1541 TGGTTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGGTTTTAGGCGCAGAAACTCCTTG
61 TGGCCAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTTATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTG
* * *
1606 AAA-ACCCATATTTATCTAATAAAATCTTACCCACATTGCATTTAAGGATTTTCTTTTACGAGCA
126 AAATACCTATATTTATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCA
* * *
1670 TCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATC-AAAAACGATATTA-AA
191 TCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA-CGAAAAACGATATTATAA
*
1732 AGCGTGAAAAGCCCTTCAA-ACTTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTTTCACTA
255 A-CGTGAAAAGCCCTTCAATA-TTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACTA
1796 AAAATTAAGGAAAATTTTTTC
318 AAAATTAAGGAAAATTTTTTC
1817 TGGG
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 90, Indels: 36
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
666 10 0.01
667 69 0.08
668 148 0.16
669 160 0.18
670 188 0.21
671 319 0.35
672 6 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (670 bp):
ATTTTTGGGTCATTTTTTGCTAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCC
AAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTTATTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCCTGAAATA
CCTATATTTATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAA
ATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATACGAAAAACGATATTATAAACGTGA
AAAGCCCTTCAATATTTTTGGCCTTGGATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACTAAAAATTAA
GGAAAATTTTTTCCTGGTCATTTTTTTGAAAAATTTCAGCCCAAATCGTCTATAAACCATCATGG
TTCTTTTTTTGTTAAAAACACTTTCCGACGACCCGCCTCAGTTTTGAATGATTTTTCGCATCAAG
ACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACATTCCATTTAAGGATTTGATTC
TACAAGAATCTGAATCTAGTTTCGAATTAATTACAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAACGATA
TTAAAACCATGAAAAAGACCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATACATATCTTATGAGTATTCT
ATCCAAAAATTGGGCAAAAA
Done.