Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01001821.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01821, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 639

Length: 1066
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.10, T:0.35


Found at i:635 original size:124 final size:126

Alignment explanation


    Indices: 409--665  Score: 412
    Period size: 124  Copynumber: 2.0  Consensus size: 126

        399 TTCATTTAAG

                                                                             
        409 AAATATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAAAAATA
          1 AAATATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT---AATA

                                                                          *  
        474 AAATAGGTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTGTA
         63 AAAT--GTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATA

             
        539 A
        126 A

                                        *                                    
        540 AAATATATTTAAAAAATTCTAATATATATAAGTTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT-A-AAA
          1 AAATATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAG-TTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAA

                    *                                                     
        603 AT-TATAATGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAA
         65 ATGTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAA

              
        664 AA
          1 AA

        666 GTTTAAACAA


Statistics
Matches: 122,  Mismatches: 3, Indels: 9
        0.91            0.02        0.07

Matches are distributed among these distances:
 124   59  0.48
 127    5  0.04
 128    1  0.01
 131   31  0.25
 132   26  0.21

ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.10, T:0.37


Consensus pattern (126 bp):   
AAATATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAA
TGTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAA

Found at i:693 original size:124 final size:127

Alignment explanation


    Indices: 419--693  Score: 335
    Period size: 124  Copynumber: 2.2  Consensus size: 127

        409 AAATATATTT

                        * *   *                                              
        419 AAAAAATTCTAATATATAAAAG-TTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAATAGGTA
          1 AAAAAATTCTAAGAAATATAAGTTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT---AATAAAAT--GTA

                                                                 *          *
        483 TAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTGTAAAAATATAT
         61 TAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAATATAA

            **
        548 TT
        126 AC

                        * *                                                * 
        550 AAAAAATTCTAATATATATAAGTTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT-A-AAAAT-TATAATG
          1 AAAAAATTCTAAGAAATATAAGTTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAATGTATAAGG

                                                                  * *     
        612 ATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAGTTTAAAC
         66 ATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAATATAAAC

               * *               
        674 AATGACATT-TAAGAAATATA
          1 AA-AAAATTCTAAGAAATATA

        694 TTCGAAAAAT


Statistics
Matches: 130,  Mismatches: 12, Indels: 11
        0.85            0.08        0.07

Matches are distributed among these distances:
 124   73  0.56
 125    4  0.03
 127    5  0.04
 128    1  0.01
 131   21  0.16
 132   26  0.20

ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.11, T:0.36


Consensus pattern (127 bp):   
AAAAAATTCTAAGAAATATAAGTTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAATGTATAAGG
ATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAATATAAAC
Done.