Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018224.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18257, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7231
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Found at i:4472 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4416--4496 Score: 137
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
4406 TTTAATTCCT
4416 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
* *
4456 ATGTAATA-CTATAATAACTGAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
4495 AT
1 AT
4497 TCTTAGATAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.79
40 8 0.21
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
Found at i:4523 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4487--4533 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
4477 AATACTTACA
4487 TTAATTAAATTCTTAGATATTTTT
1 TTAATTAAATTCTTAGATATTTTT
*
4511 TTAATTCAAATTCTTAGGTATTT
1 TTAATT-AAATTCTTAGATATTT
4534 GTGCAAACGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.29
25 15 0.71
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TTAATTAAATTCTTAGATATTTTT
Found at i:4974 original size:204 final size:203
Alignment explanation
Indices: 4630--5197 Score: 1033
Period size: 204 Copynumber: 2.8 Consensus size: 203
4620 TCTTAATATC
*
4630 TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATC---CTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAA
1 TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAA
4692 -TTTTTTT-TATAGTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTT
66 TTTTTTTTGTATAGTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTT
4755 AGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATATC
131 AGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATATC
4820 TTTTATAA
196 TTTTATAA
4828 TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAA
1 TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAA
4893 TTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGT
66 TTTTTTTT-GTATAGTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGT
*
4958 TAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTTACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATAT
130 TAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATAT
5023 CTTTTATAA
195 CTTTTATAA
5032 TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAC
1 TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTA-
* *
5097 TTTTTTTTTGTATAGTT-T-TATATATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGT
65 ATTTTTTTTGTATAGTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGT
5160 TAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCA
130 TAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCA
5198 AAGTTATTAA
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 5, Indels: 10
0.96 0.01 0.03
Matches are distributed among these distances:
198 26 0.07
201 35 0.10
202 88 0.25
203 1 0.00
204 200 0.56
205 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (203 bp):
TTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAA
TTTTTTTTGTATAGTTCTATATATATAATAGTAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTT
AGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCTTTAATATC
TTTTATAA
Done.