Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018278.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18311, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13296
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Found at i:881 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 874--909 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
864 CAATTAATGC
*
874 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT TT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
910 TTATCATCGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:2108 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 2030--2132 Score: 206
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
2020 TTATGGAGCC
2030 GTTTTGTTGCTAAAACCAAAGCAAAATCAAAGCCCTTATACCTCCTTTTACT
1 GTTTTGTTGCTAAAACCAAAGCAAAATCAAAGCCCTTATACCTCCTTTTACT
2082 GTTTTGTTGCTAAAACCAAAGCAAAATCAAAGCCCTTATACCTCCTTTTAC
1 GTTTTGTTGCTAAAACCAAAGCAAAATCAAAGCCCTTATACCTCCTTTTAC
2133 GTAACTAGTT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 51 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.25, G:0.10, T:0.32
Consensus pattern (52 bp):
GTTTTGTTGCTAAAACCAAAGCAAAATCAAAGCCCTTATACCTCCTTTTACT
Found at i:2374 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2333--2374 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
2323 GACAAACTTG
* **
2333 TAACTTAAATGACCTGAGAAGT
1 TAACCTAAATGACCCAAGAAGT
2355 TAACCTAAATGACCCAAGAA
1 TAACCTAAATGACCCAAGAA
2375 TATTATAAAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 17 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.19, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (22 bp):
TAACCTAAATGACCCAAGAAGT
Found at i:3858 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 3584--3923 Score: 585
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
3574 AAAAATTTGG
* *
3584 ATATATTAAATTCTTTTAATATACTTTTTATTCTACTAAAAATTCTATTTTCATTTAATTAAATT
1 ATATATTAAATTCTTTTAATATACGTTTTATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATT
*
3649 CAATATTTTATAATTATTTTATTTTTTACCATTTTAATTTAAAAAGTTATTATGATTGACAT-TT
66 CAATATTTTATAATTATTTTATTTTTTACCATTTTAATTTAAAAAATTATTATGATT-ACATCTT
3713 ACTATTTGATAGTTTATAATAATGTATTATGATTAAA
130 ACTATTTGATAGTTTATAATAATGTATTATGATTAAA
* *
3750 ATATATTAAATTCTTTTAATATACAGTTTTATTTTACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAAT
1 ATATATTAAATTCTTTTAATATAC-GTTTTATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAAT
*
3815 TCAATATTTTATAATTATTTTA-TTTTTACCATTTTAATTTAAAAAATTATTATGATTATATCTT
65 TCAATATTTTATAATTATTTTATTTTTTACCATTTTAATTTAAAAAATTATTATGATTACATCTT
3879 ACTATTTGATAGTTTATAATAATGTATTATGATTAAA
130 ACTATTTGATAGTTTATAATAATGTATTATGATTAAA
*
3916 ATTTATTA
1 ATATATTA
3924 TTCTCTAACG
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 7, Indels: 4
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.02
166 104 0.63
167 58 0.35
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (166 bp):
ATATATTAAATTCTTTTAATATACGTTTTATTCTACTAAAAACTCTATTTTCATTTAATTAAATT
CAATATTTTATAATTATTTTATTTTTTACCATTTTAATTTAAAAAATTATTATGATTACATCTTA
CTATTTGATAGTTTATAATAATGTATTATGATTAAA
Found at i:4643 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4601--4713 Score: 106
Period size: 36 Copynumber: 3.2 Consensus size: 36
4591 TCCTTTTGGG
* *
4601 TTAAGTTATTTGATGTCCCCACTTAATTGCCCTGAA
1 TTAAGTTATTTGATGTCCTCACTTAATTACCCTGAA
* * * *
4637 TTAAGTTCTTT-ATTGTCTTTACTTAATTTCCCTGAA
1 TTAAGTTATTTGA-TGTCCTCACTTAATTACCCTGAA
* * *
4673 TTAAACTTA-TTGA-CTCCTCACTCAATTACCCTGAA
1 TT-AAGTTATTTGATGTCCTCACTTAATTACCCTGAA
4708 TTAAGT
1 TTAAGT
4714 CTTTGACTGA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 13, Indels: 8
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.05
35 20 0.33
36 33 0.54
37 5 0.08
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (36 bp):
TTAAGTTATTTGATGTCCTCACTTAATTACCCTGAA
Found at i:4733 original size:71 final size:64
Alignment explanation
Indices: 4624--4982 Score: 259
Period size: 63 Copynumber: 5.8 Consensus size: 64
4614 TGTCCCCACT
* *
4624 TAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTATTGTCTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAA-CTTATTGACT
1 TAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTACTGT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTT-TT-A--
4688 CCTCAC
60 -CTCAC
* * *
4694 TCAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGATTTTGCTTAATTTTCCTGAATCAAATCTTTTACT-
1 T-AATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ACTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTC
4758 --
63 AC
* * *
4758 TAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACT--
1 TAATTACCCTGAATTAAGT-CTTTACTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTCA
4821 -
64 C
* * * *
4821 TAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACT--
1 TAATTACCCTGAATTAAGT-CTTTACTG-TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTCA
4884 -
64 C
* *
4884 TAATTTCCCTGAATTAAG----T-C--TTTTACTTAATTTCCCCGAA-TAAAGTCTTTTACT---
1 TAATTACCCTGAATTAAGTCTTTACTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAA-TCTTTTACTCAC
*
4938 TAATTTCCCTGAATTAAGTC----C--TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTCTTTACTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAA
4983 GTCCTTAACT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 18, Indels: 32
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.01
54 45 0.17
55 20 0.08
56 3 0.01
57 1 0.00
63 131 0.50
64 4 0.02
67 2 0.01
70 7 0.03
71 42 0.16
72 4 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (64 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTCTTTACTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTCAC
Found at i:4805 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 4696--4960 Score: 352
Period size: 63 Copynumber: 4.3 Consensus size: 63
4686 CTCCTCACTC
* * * * * * *
4696 AATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGATTTTGCTTAATTTTCCTGAATCAAATCTTTTACTT
1 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTT
*
4759 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTT
1 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTT
* *
4822 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTT
1 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTT
*
4885 AATTTCCCTGAATTAAG--------T-CTTTTACTTAATTTCCCCGAA-TAAAGTCTTTTACTT
1 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAA-TCTTTTACTT
4939 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTT
1 AATTTCCCTGAATTAAGTCCTT
4961 TTACTTAATT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 12, Indels: 16
0.87 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
53 3 0.02
54 46 0.25
55 1 0.01
63 134 0.73
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (63 bp):
AATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAATCTTTTACTT
Found at i:4816 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4786--4840 Score: 110
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
4776 TCCTTAACTG
4786 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
4813 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
4840 C
1 C
4841 CTTAACTGCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 28 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (27 bp):
CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
Found at i:4879 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4849--5243 Score: 315
Period size: 27 Copynumber: 14.6 Consensus size: 27
4839 TCCTTAACTG
*
4849 CTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
4876 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
* *
4903 CTTTTACTTAATTTCCCCGAATAAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
4930 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
4957 CCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 -CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
* * ** ** *
4985 CCTTAAC-TGCTTTTACTTAATT---T
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
** * * * ** * * *
5008 CCCTGAATTAA-GTCTTTTACTTAATTT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAA-GT
** * * * * **
5035 CCCTGAATTAA-GT-CCTTAA--CCG-
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
5057 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
5084 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
* *
5111 CCTTAACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
*
5138 CCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTATGTCTTTAACT
1 -CTTTTACTTAATTTCCCTG-A--A-----TTAAGT
* *
5174 GCTTTTACTTAGTTTCCCTGAAGTAAGT
1 -CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
5202 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
5229 CTTTTACTTAATTTC
1 CTTTTACTTAATTTC
5244 TTAGATGCAT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 47, Indels: 40
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.02
23 12 0.04
24 6 0.02
26 14 0.05
27 187 0.62
28 48 0.16
29 1 0.00
31 1 0.00
33 1 0.00
35 1 0.00
36 23 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (27 bp):
CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
Found at i:4975 original size:208 final size:208
Alignment explanation
Indices: 4724--5243 Score: 780
Period size: 208 Copynumber: 2.5 Consensus size: 208
4714 CTTTGACTGA
* * * *
4724 TTTTGCTTAATTTTCCTGAATCAAATCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTT
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTT
*
4789 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTT
66 TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCTTTT
* *
4854 ACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCC
131 ACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTTAATTTCC
4919 CCGAATAAAGT-C
196 CCGAATAAAGTCC
4931 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCT
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCT
4996 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCTTT
65 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCTTT
*
5061 TACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTTAATTTC
130 TACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTTAATTTC
* *
5126 CCTGAATTAAGTCC
195 CCCGAATAAAGTCC
* * ** ** * * * *
5140 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTATGTCTTTAAC-TGCTTTTACTTAGTT---TCCCTGAAGTAAG
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CCTTAACT--G
5201 TCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTC
63 -CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTC
5244 TTAGATGCAT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 20, Indels: 11
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
204 1 0.00
205 6 0.02
207 32 0.11
208 222 0.77
209 26 0.09
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (208 bp):
TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTT
TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCTTTT
ACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTTAATTTCC
CCGAATAAAGTCC
Found at i:5048 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 4930--5229 Score: 474
Period size: 63 Copynumber: 4.9 Consensus size: 63
4920 CGAATAAAGT
4930 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTG
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTG
*
4994 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCG
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTG
5057 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTT-A---
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTG
* *
5116 -----ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTATGTCTTTAACTG
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTG
* *
5175 CTTTTACTTAGTTTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
5230 TTTTACTTAA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 6, Indels: 21
0.89 0.02 0.09
Matches are distributed among these distances:
54 22 0.10
55 29 0.13
56 1 0.00
62 1 0.00
63 120 0.55
64 47 0.21
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (63 bp):
CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTG
Found at i:5083 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4876--5229 Score: 636
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
4866 TGAATTAAGT
* *
4876 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCCGAATAAAGTCTTTTACTTAA
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCCGAATAAAGTCCTTAACTTAA
4941 TTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAAT
66 TTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAAT
*
5006 TTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCG
131 TTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCG
* *
5057 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTTAA
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCCGAATAAAGTCCTTAACTTAA
* * *
5122 TTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTATGTCTTTAACTGCTTTTACTTAGT
66 TTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAAT
5187 TTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
131 TTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
5230 TTTTACTTAA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 8, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
181 165 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (181 bp):
CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCCGAATAAAGTCCTTAACTTAA
TTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACTGCTTTTACTTAAT
TTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCG
Found at i:5238 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 4994--5243 Score: 428
Period size: 118 Copynumber: 2.1 Consensus size: 117
4984 TCCTTAACTG
4994 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCT
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCT
*
5059 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
66 TTTACTTAATTTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
* * * * *
5111 CCTTAACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTATGTCTTTAACTGC
1 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGC
*
5176 TTTTACTTAGTTTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
65 TTTTACTTAATTTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
5229 CTTTTACTTAATTTC
1 CTTTTACTTAATTTC
5244 TTAGATGCAT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 9, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
117 25 0.20
118 98 0.80
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (117 bp):
CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTAACCGCT
TTTACTTAATTTCCCTGAAGTAAGTCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
Found at i:9195 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 9164--9188 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
9154 GCGGACAACG
9164 GAATCAGATAGCA
1 GAATCAGATAGCA
9177 GAATCAGATAGC
1 GAATCAGATAGC
9189 GAAATCATAC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.24, T:0.16
Consensus pattern (13 bp):
GAATCAGATAGCA
Found at i:12758 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 12538--12911 Score: 606
Period size: 124 Copynumber: 3.0 Consensus size: 124
12528 ATGTGATTGC
*
12538 TGAAAGATGCATGCTTGTTATAATCTGATGTTGAATTTAGTGTTTTTAAGCTATTTCACATCCTA
1 TGAAAGATGTATGCTTGTTATAATCTGATGTTGAATTTAGTGTTTTTAAGCTATTTCACATCCTA
* *
12603 AAAGCTTATATATGTTAGCCATAACCACCCAAGTTTTACACTTTACCGTGGCTTAATGT
66 AAAGCTTATATACGTTAGCCATAACCACCCAAGTTTTACACTTTGCCGTGGCTTAATGT
*
12662 TGAAAGATGTATGCTTGTTATAATCTGATGTTGAATTTAGTGTTTTTAAGCTATTTCACACCCTA
1 TGAAAGATGTATGCTTGTTATAATCTGATGTTGAATTTAGTGTTTTTAAGCTATTTCACATCCTA
* * *
12727 AAAGCTTATATGCGTTACCCATAACCACCCAAGTTTTACACTTTGCCATGGCTTAATGT
66 AAAGCTTATATACGTTAGCCATAACCACCCAAGTTTTACACTTTGCCGTGGCTTAATGT
* * * * *
12786 TGAAAGATGTATGCTTGTCATAATCTGACGTTGAATTCAGTGTTTTAAAGCTATTTTACATCCTA
1 TGAAAGATGTATGCTTGTTATAATCTGATGTTGAATTTAGTGTTTTTAAGCTATTTCACATCCTA
* * *
12851 AAAGCTTGTATACGTTAGCTATAACCACCAAAGTTTTACACTTTGCCGTGGCTTAA-GT
66 AAAGCTTATATACGTTAGCCATAACCACCCAAGTTTTACACTTTGCCGTGGCTTAATGT
12909 TGA
1 TGA
12912 TTTATCCTAC
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 19, Indels: 1
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
123 5 0.02
124 226 0.98
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (124 bp):
TGAAAGATGTATGCTTGTTATAATCTGATGTTGAATTTAGTGTTTTTAAGCTATTTCACATCCTA
AAAGCTTATATACGTTAGCCATAACCACCCAAGTTTTACACTTTGCCGTGGCTTAATGT
Done.