Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01018296.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18329, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6662
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36


Found at i:1641 original size:439 final size:438

Alignment explanation


    Indices: 816--1653  Score: 999
    Period size: 439  Copynumber: 1.9  Consensus size: 438

        806 TTTTTTTATA

                   *  *                                             *      **
        816 TTTGTCCGATTAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAATTTTCATTT
          1 TTTGTCCAATGAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTCATGA

                                       ** *  *     *                *     *  
        881 AGAACTCAAAAGTCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAATTGCTTCTGAAATTTTGTGGTTTTGA
         66 AGAACTCAAAAGTCAATTTTAATG-TTCAACTCAAAAAAATGCTTCTGAAATTTTGGGGTTTCGA

                            * * *           *               *  *     *   *   
        946 TTGCCGGTTAATTTAATATCGTACAATTTTTTGTCCACATCTCCAATTGAAGTTATTGAAGTGTC
        130 TTGCCGGTTAATTTAACACCATACAATTTTTTATCCACATCTCCAATTAAAATTATTCAAGAGTC

                        *      *  *                *   *             *       
       1011 AGTTAAAAGGTTGTTGCATGATTTACGACTTTCATGAAGGACCTGAAAGCTAAATTTGATCTACG
        195 AGTTAAAAGGTTATTGCATAATCTACGACTTTCATGAAGAACCCGAAAGCTAAATTTAATCTACG

                  * *    *                                      *            
       1076 AGTTTCGTTAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATTAACAAACATTTTCTT
        260 AGTTTCATGAAGGATTCAAAAGGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATTAAAAAACATTTTCTT

                      *         **                          *     *          
       1141 ATTTGAATTATTTATCAAATGGCCCTCATGCTTTTCTACTTTATACTACTTAATTCTTTACAAAT
        325 ATTTGAATTAGTTATCAAATCACCCTCATGCTTTTCTACTTTATACTAATTAATCCTTTACAAAT

                                                             
       1206 TCTATCTTAATCTAGCGTTTAAGCTTTATTTTTTTTATTCATTTTTCTG
        390 TCTATCTTAATCTAGCGTTTAAGCTTTATTTTTTTTATTCATTTTTCTG

                          *     * *                                          
       1255 TTTGTCCAATGAAGTTGATTTATGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTCATGA
          1 TTTGTCCAATGAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTCATGA

              *                  *                    *       *              
       1320 AGGACTCAAAAG-CAAATTTTTATG-TCAACTCAAAAAAATGGTTCCT-ACA-TTTGGGCGTTTC
         66 AGAACTCAAAAGTC-AATTTTAATGTTCAACTCAAAAAAATGCTT-CTGAAATTTTGGG-GTTTC

                 **                   *          *     *                     
       1381 GATTGTTGGTCT-ATTTAACACCATATAATTTTTTATTCACATGTCCAATTAAAATTATTCAAGA
        128 GATTGCCGGT-TAATTTAACACCATACAATTTTTTATCCACATCTCCAATTAAAATTATTCAAGA

               *               *           *                      *          
       1445 GTCGGTTAAAAGGTTATTGTATAATCTACGATTTTCATGAA-AACCCGAAAG-TTAATTTAATCT
        192 GTCAGTTAAAAGGTTATTGCATAATCTACGACTTTCATGAAGAACCCGAAAGCTAAATTTAATCT

                          *             *                                  * 
       1508 ACGAGTTTCATGAATGATTCAAAAGGGATTTTTTATGTTTCAAGATCTCCATTAATTAAAAAATA
        257 ACGAGTTTCATGAAGGATTCAAAAGGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCC----ATTAAAAAACA

                                             *         *  *     *       *    
       1573 TTTTCTTATTTGAATTAGTTATCAAATCACCCTTATAG-TTTTTTATTTTATGCTAATTAGTCCT
        318 TTTTCTTATTTGAATTAGTTATCAAATCACCCTCAT-GCTTTTCTACTTTATACTAATTAATCCT

                             
       1637 TTACAAATTCTATCTTA
        382 TTACAAATTCTATCTTA

       1654 CTCGATTTAA


Statistics
Matches: 331,  Mismatches: 59, Indels: 18
        0.81            0.14        0.04

Matches are distributed among these distances:
 435   55  0.17
 436   13  0.04
 437  103  0.31
 438    4  0.01
 439  155  0.47
 440    1  0.00

ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.13, T:0.42


Consensus pattern (438 bp):   
TTTGTCCAATGAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTCATGA
AGAACTCAAAAGTCAATTTTAATGTTCAACTCAAAAAAATGCTTCTGAAATTTTGGGGTTTCGAT
TGCCGGTTAATTTAACACCATACAATTTTTTATCCACATCTCCAATTAAAATTATTCAAGAGTCA
GTTAAAAGGTTATTGCATAATCTACGACTTTCATGAAGAACCCGAAAGCTAAATTTAATCTACGA
GTTTCATGAAGGATTCAAAAGGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATTAAAAAACATTTTCTTA
TTTGAATTAGTTATCAAATCACCCTCATGCTTTTCTACTTTATACTAATTAATCCTTTACAAATT
CTATCTTAATCTAGCGTTTAAGCTTTATTTTTTTTATTCATTTTTCTG
Done.