Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018362.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18395, whole genome shotgun sequence
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1 T
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51405 ATTAGGGAAA
*
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1 TATTTACAAGTTAATTTTGTTT
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76905 CACGCTTCCA
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1 ACCTTCTTCCTTTTTGCTACATTGTTTCTCATTCTTCATTATCTTTGGTTAATGTTAAAAATTTA
76980 G
66 G
*
76981 ACCTTCTTCCTTTTTGCTATATTGTTTCTCATTCTTCATTATCTTTGGTTAATGTTAAAAATTT
1 ACCTTCTTCCTTTTTGCTACATTGTTTCTCATTCTTCATTATCTTTGGTTAATGTTAAAAATTT
77045 TCAAATTTTG
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ACCTTCTTCCTTTTTGCTACATTGTTTCTCATTCTTCATTATCTTTGGTTAATGTTAAAAATTTA
G
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80740 AAAACAGCTG
80750 CCCAAT CCCAAT CCCAAT CCCAAT CCCAAT CCC
1 CCCAAT CCCAAT CCCAAT CCCAAT CCCAAT CCC
80783 TAGTTCTCTG
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CCCAAT
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81584 AACATGCTAA
81594 CATAT CATAT CATAT CATAT CATAT CATAT
1 CATAT CATAT CATAT CATAT CATAT CATAT
81624 GATCTAATTC
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CATAT
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92491 TATTATATCT
*
92501 ATA A-A ATA ATA ATA ATA ATA AT- ATA AT- ATA ATA ATA CTA A-A ATA
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA
92545 AT
1 AT
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ATA
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92490 TTATTATATC
92500 TATAAAATAATAATAATAATAA
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* *
92522 TATAATATAATAATACTAAAA
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92543 TA
1 TA
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92491 TATTATATCT
92501 ATAAAAT-A-ATAATAATA
1 ATAAAATAATATAATAATA
*
92518 ATAATATAATATAATAATA
1 ATAAAATAATATAATAATA
*
92537 CTAAAATAAT
1 ATAAAATAAT
92547 TTCATCACAA
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95477 CCCAACGGTC
* * *
95487 AAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGATCA-TTTTTTGCAAAATGTTAGCCAAAATCGTG---T-A-
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAAC
** * * * * * *
95546 CATCACGGTTTTTAACTAAAAATGCGTTTCGGAGTCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGC
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * ** *
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130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
* **
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* * * * * *
95741 TGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTA
259 CGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
*
95806 TTTTATCCA
323 TTTTATGCA
* *
95815 AAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGACATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAAC
*
95880 CATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
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*
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195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAC
* * *
96075 GATATTAAATGCGTGAAAAGCCATCCTATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATTTTTTATCAGTAT
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*
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324 TTTATGCA
* *
96148 ATAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATATTAGCTCAAATCGTGTACTAAC
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTACTAAC
* * *
96213 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * *
96278 CAAGACTCCTTCAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCGTTTAAGGATTTG
130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
*
96343 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATGTGAAAAA
195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* * * * * * * * * *
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259 CGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
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323 TTTTATGCA
* *
96482 AAAATTGAG-AAATAAATTTTCGCTGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 AAAATTGAGTAAA-AATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAA
* * * *
96545 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCCGGGGACTCGGCTGAGTTTT-CATATGATTTTTGG
64 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGC--ATGATTTTTGG
*
96609 TGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGAT
127 CGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGAT
*
96674 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGATTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAA
192 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATG-AA
* * * * *
96739 AAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCGTCCTATCTTTTTAGCATTAAATTTTATATATTTTATTA
256 AAACGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGA
96804 GTATTTTATGCA
320 GTATTTTATGCA
* * ** *
96816 AAAATTGAGTAAAAACTTTTCGAGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGTTATAATCGTGTACGTTA
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCA-AATCGTGTAC-TAA
* * * * * *
96881 --A-CA-GTTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGTTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCA
64 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * *
96942 CCAAGACTCCTTCAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCGTTTAAGAATTT
129 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTT
* * * * *
97007 ATTTTTAAGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAATTCAGAAAAAAAATACGAAA
194 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAG--AAAAAATATGAAA
* * *
97072 AACGATATTAAATGCGTGAAAAGCCGTCCTATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATTTTTTATAAG
257 AACGATATTAAATGCGTGAAAAGCC-TCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAG
*
97137 TATTTTATACA
321 TATTTTATGCA
* *
97148 AAAATTAAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTAAAATC---T--T--
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCA-TTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTACTAA
* * * * * * *
97206 --GTCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCA
64 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * *
97269 CCAAGACTCCTTCAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTATGGATTT
129 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTT
* * *
97334 G-TTTTACGAGCATTTGAATCTT-TTTCCGATTTAGTTTGAAATTAATTTAGAAAAAATATGAAA
194 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTT-CGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAA
* * * * * * * * *
97397 AATGATATTAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATAAATTATAGGAG
257 AACGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAG
97462 TATTTTATGCA
321 TATTTTATGCA
* * *
97473 AAAATTGAG-AAATAAATTTTCACAGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 AAAATTGAGTAAA-AATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAA
** *
97536 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACA
64 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
** *
97601 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGTTACATTGCATTTAAGGATTT
129 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTT
* ** * *
97666 ATTTTTATAAGCATGTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATGTGAAAA
194 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * * * * * * *
97731 ATGATATTAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATAAATTATAGGAGT
258 ACGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGT
97796 ATTTTATGCA
322 ATTTTATGCA
* * *
97806 AAAATTGAGAAAAAATATTTT-ACGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAA
1 AAAATTGAGTAAAAAT-TTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTACTAA
* *
97869 CAATCACGGTGTTTT-GCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTCCATGATTTTTGGC
64 CCATCACGGT-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
97933 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATT
128 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATT
* * *
97998 TGTTTTTACGAACATTTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAATTAATTCAGAGAAAATATGAAAA
193 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * *
98063 ATGATATTAAATGCGTGAAAATCCATCCAATCTTTTTAGTGTTAAATTATATAT-TTTTAATCAG
258 ACGATATTAAATGCGTGAAAAGCC-TCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTT-ATGAG
*
98127 TATTTTATAC-
321 TATTTTATGCA
* ** *
98137 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAAATTTAGATAAAATCGTGTACTAAT
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAG-CCAAATCGTGTACTAAC
* * *
98202 CATAACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGACCCGGCTCAGTTTT-CTATGATTTTTGGCG
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCG
* * *
98266 CCGAGACACCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGTATTT
129 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTT
* *
98331 GCTTTTACGAGCATTTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
194 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* * *
98396 CGATATTAAATGCGTGAAATG--TCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATTTTTTATCAGTAT
259 CGATATTAAATGCGTGAAAAGCCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTAT
*
98459 TTTATACA
324 TTTATGCA
* *
98467 AAAGTTGACTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAAC
* * * *
98532 CATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGGGGACCCAGCTCAGTTTT-CTAATGATTTTTGG
65 CATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGC--ATGATTTTTGG
*
98596 CGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTGATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGAT
127 CGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGAT
* *
98661 TTGTTTTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAA
192 TTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATG-AA
** * * * * *
98726 AAAAAATATTAAATGCGTGAAAAGCCATCCTATCTTTTGAAG-GTTGAATTATATATTTTTTATC
256 AAACGATATTAAATGCGTGAAAAGCC-TCCAATCTTTT-TAGCGTTAAATTATATATATTTTATG
**
98790 AGTATTTTATAAA
319 AGTATTTTATGCA
* * *
98803 AAAATTGAGTAAAATTTTTTCGAGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACT-AC
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTACTAAC
*
98866 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGGCGC
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * * *
98931 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATGTAATAAAAAACTAGTCATATTGCATTTAAGGATTTG
130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
* * *
98996 TTTTTACAAGCATTTAAATCTTGTTTCGATTTAATT-GAAATTACTTCAGAAAAAATATGAAAAA
195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* * * * * * * * * * * *
99060 TGTTATTAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCATTATTTTTGGTGTTAAATTATTTAAATTATAGGAGTA
259 CGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
*
99125 TTTTAAGCA
323 TTTTATGCA
* * * *
99134 AAAATTGAGGAAAATTTTTTCGAGGTC-TTTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTG---T---
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAAC
* * *
99192 -A--ACGTTTTTTGGCTAAAAACGCCTTCCGGAGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
*
99254 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTACATTTAAGGATTTG
130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
*
99319 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTTAGAAAAAATATGAAAAAC
195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAC
* * * * *
99384 GATATTAAATGCGTGAAAGGCCATCCTATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATCAGTAT
260 GATATTAAATGCGTGAAAAGCC-TCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTAT
*
99449 TTTATACA
324 TTTATGCA
*
99457 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTAAAATCGTGTAC--A-
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTACTAAC
* * * * *
99519 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGTCTCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
*
99584 CAAGACTCCTTGAAATATCAAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
* * *
99649 TTTTTACGAGCATTTGAATATTATTTCAATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAC
195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAAC
* *
99714 GATATTAAATGAGTGAAAAGCCGT-CAATTCTTTTTAGCGTTAAATTATATAT-TTTTATCAGTA
260 GATATTAAATGCGTGAAAAGCC-TCCAA-TCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
*
99777 TTTTATCCA
323 TTTTATGCA
* * * * * *
99786 AAAATTGAGTAAAAAATTTTCACGATCATTTTTTTTCCAAATTTTAGCTAAAATCGTGTACTAAC
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAATCGTGTACTAAC
** * *** *
99851 CATCACGGTTTTTTACTAAAAACGAGTTTTAGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGTTTTTTGGCGC
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * * *
99916 CAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG
130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
*
99981 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCAGAAAAAATATGAAAAA
195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* * * * * * * * * * *
100046 TGATATTAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCATTATTTTTGGTGTTAAATTATTTAAATTATAGGAGTA
259 CGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTA
*
100111 TTTTAAGCA
323 TTTTATGCA
* * * *
100120 AATATTGAGGAAAATTTTTTCGAGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAAC
* * * * * *
100184 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGAGGCCCCGGC-C-------CA-G--TTTTGGCGT
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * *
100238 CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG
130 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
* *
100303 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAAATATTG-AAA
195 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATT-AGAATTAATTCAGAAAAAATA-TGAAAA
* * *
100367 ACGATGA-TAAAAGCGTGAAAAGCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTTATGAGT
258 ACGAT-ATTAAATGCGTGAAAAGCCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGT
*
100431 ATTTTATCCA
322 ATTTTATGCA
* *** *
100441 AAAATTGAG-GAAAATTTTTCATTGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATCGTG--C--A-
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTA-GCCAAATCGTGTACTAAC
** * * * * * *
100500 TGTCATGGTTATTGGCTAAAAACGCATTCTGGGGCCCCGGC-CTAGTTTTGCATGATTTTAGGCG
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * *
100564 TCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGAATTT
129 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTT
*
100629 ATTTTTACGAG-ATTT
194 GTTTTTACGAGCATTT
100644 AATTAGAAAT
Statistics
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Consensus pattern (331 bp):
AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATCGTGTACTAACC
ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
AAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTGT
TTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACG
ATATTAAATGCGTGAAAAGCCTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTT
TATGCA
Found at i:98057 original size:665 final size:668
Alignment explanation
Indices: 95487--100643 Score: 6679
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95477 CCCAACGGTC
* * * *
95487 AAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGATCA-TTTTTTGCAAAATGTTAGCCAAAATCGTG---T-A-
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
** * * * * * *
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* ** *
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* **
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*
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* * *
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326 TTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
*
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391 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
*
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456 TTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTT
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*
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*
96130 TTATCAGTATTTTATGGA
651 TTATCAGTATTTTATGCA
* * *
96148 ATAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATATTAGCTC-AAATCGTGTACTAA
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGC-CAAAATCGTGTACTAA
* * *
96212 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
65 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* *
96277 CCAAGACTCCTTCAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCGTTTAAGGATTT
130 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
*
96342 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATGTGAAAA
195 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * * *
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260 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGT
* * * *
96472 ATTTTATGCAAAAATTGAGAAATAAA-TTTTCGCTGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
325 ATTTTATCCAAAAATTGAGAAA-AAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
* * * *
96535 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCCGGGGACTCGGCTGAGTTTT-CATA
389 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGC--A
*
96599 TGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGC
452 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGC
*
96664 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGATTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAA
517 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAA
* * * *
96729 AAATATGAAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGT-CGTCCTATCTTTTTAGCATTAAATTTTAT
582 AAATATG-AAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATAT
* *
96793 ATATTTTATTAGTATTTTATGCA
646 ATTTTTTATCAGTATTTTATGCA
* ** * *
96816 AAAATTGAGTAAAAACTTTTCGA-GGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGTTATAATCGTGTACGTT
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTC-ACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC-TA
* * * * *
96880 A--A-CA-GTTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGGTTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
64 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
96941 ACCAAGACTCCTTCAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCGTTTAAGAATT
129 GCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
* * * *
97006 TATTTTTAAGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAATTCAGAAAAAAAATACGA
194 TGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG--AAAAAATATGA
* * * * ** *
97070 AAAACGATATTAAATGCGTGAAAAG-CCGTCCTATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATTTTTTAT
257 AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
* * * * * *
97134 AAGTATTTTATACAAAAATTAAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTA
321 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCACGGTCA-TTTTTTTGCAAAATTTTAGCCA
* * * * * *
97199 AAATC---T--T----GTCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTG
385 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTG
* * *
97255 CATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATT
450 CATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATT
* * * *
97320 GCATTTATGGATTTG-TTTTACGAGCATTTGAATCTT-TTTCCGATTTAGTTTGAAATTAATTTA
515 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTT-CGATTTAATTAG-AATTAATTCA
* * * * * *
97383 GAAAAAATATGAAAAATGATATTAAAAGCGTCAAAAGTCC-TCCAATATTTTTGGTGTTAAATTA
578 GAAAAAATATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTA
** * **
97447 TATAAATTATAGGAGTATTTTATGCA
643 TATATTTTTTATCAGTATTTTATGCA
* * *
97473 AAAATTGAG-AAATAAATTTTCACAGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 AAAATTGAGTAAA-AATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
** *
97536 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACA
65 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
**
97601 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGTTACATTGCATTTAAGGATTT
130 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
* ** * *
97666 ATTTTTATAAGCATGTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATGTGAAAA
195 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * *
97731 ATGATATTAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATAAATTATAGGAGT
260 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGT
* **
97796 ATTTTATGCAAAAATTGAGAAAAAATATTTT-ACGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAAT
325 ATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAT-TTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
* *
97859 CGTGTACTAACAATCACGGTGTTTT-GCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTCCAT
389 CGTGTACTAACCATCACGGT-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCAT
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453 GATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCA
* * *
97988 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAATTAATTCAGAGAA
518 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAA
* *
98053 AATATGAAAAATGATATTAAATGCGTGAAAA-TCCATCCAATCTTTTTAGTGTTAAATTATATAT
583 AATATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATAT
* *
98117 TTTTAATCAGTATTTTATAC-
648 TTTTTATCAGTATTTTATGCA
* * ** *
98137 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAAATTTAGATAAAATCGTGTACTAAT
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
* * *
98202 CATAACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGACCCGGCTCAGTTTT-CTATGATTTTTGGCG
66 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCG
* * * *
98266 CCGAGACACCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGTATTT
130 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
* *
98331 GCTTTTACGAGCATTTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
195 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * * ** * *
98395 ACGATATTAAATGCGTG-AAA-T-GTCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATTTTTTATCAGT
260 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGT
* * ** *
98457 ATTTTATACAAAAGTTGACTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATC
325 ATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATC
* * * *
98522 GTGTACTAACCATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGCATTCCGGGGACCCAGCTCAGTTTT-CTAA
390 GTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGC--A
*
98586 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTGATAAAAAATTAGCCAGATTGC
452 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGC
* *
98651 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAATTAATTCAGAAA
517 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAA
** * * *
98716 AAATATGAAAAAAAAATATTAAATGCGTGAAAAG-CCATCCTATCTTTTGAAG-GTTGAATTATA
582 AAATATG-AAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTT-TAGCGTTAAATTATA
**
98779 TATTTTTTATCAGTATTTTATAAA
645 TATTTTTTATCAGTATTTTATGCA
* **
98803 AAAATTGAGTAAAATTTTTTCGA-GGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACT-A
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTC-ACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
*
98865 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGGCG
65 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * *
98930 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATGTAATAAAAAACTAGTCATATTGCATTTAAGGATTT
130 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
* * *
98995 GTTTTTACAAGCATTTAAATCTTGTTTCGATTTAATT-GAAATTACTTCAGAAAAAATATGAAAA
195 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAA
* * * * * * *
99059 ATGTTATTAAAAGCGTCAAAAGTCCTCCATTATTTTTGGTGTTAAATTATTTAAATTATAGGAGT
260 ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGT
** * * *
99124 ATTTTAAGCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGA-GGTC-TTTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAAT
325 ATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTC-ACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT
* * *
99187 CGTG---T----A--ACGTTTTTTGGCTAAAAACGCCTTCCGGAGACCCGGCTCAGTTTTGCATG
389 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATG
*
99243 ATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTACAT
454 ATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCAT
*
99308 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTTAGAAAAA
519 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAA
* * *
99373 ATATGAAAAACGATATTAAATGCGTG-AAAGGCCATCCTATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATT
584 ATATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATT
*
99437 TTTTATCAGTATTTTATACA
649 TTTTATCAGTATTTTATGCA
* *
99457 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCTAAAATCGTGTAC--A-
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
* * * * *
99519 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGTCTCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
66 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* *
99584 CAAGACTCCTTGAAATATCAAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTTAAGGATTTG
131 CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG
* * *
99649 TTTTTACGAGCATTTGAATATTATTTCAATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
196 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
* * * * * * *
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261 CGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAA-TATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAG
* * * *
99775 TATTTTATCCAAAAATTGAGTAAAAAA-TTTTCACGATCATTTTTTTTCCAAATTTTAGCTAAAA
324 TATTTTATCCAAAAATTGAG-AAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
** * ***
99839 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTACTAAAAACGAGTTTTAGGGACCCGGCTCAGTTTTGCAT
388 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * * * *
99904 GTTTTTTGGCGCCAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCA
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*
99969 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCAGAAA
518 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCAGAAA
* * * * * * * *
100034 AAATATGAAAAATGATATTAAAAGCGTCAAAAGTCC-TCCATTATTTTTGGTGTTAAATTATTTA
582 AAATATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATA
** * ** *
100098 AATTATAGGAGTATTTTAAGCA
647 TTTTTTATCAGTATTTTATGCA
* * * *
100120 AATATTGAGGAAAATTTTTTCGA-GGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 AAAATTGAGTAAAAATTTTTC-ACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
* * * * *
100183 CCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGAGGCCCCGGC-C-------CA-G--TTTTGGCG
65 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * *
100237 TCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
130 CCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
* *
100302 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAAATATTG-AA
195 GTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA-TGAAA
* * * *
100366 AACGATGA-TAAAAGCGTGAAAAG-CCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTTATGA
259 AACGAT-ATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGA
* ** *
100429 GTATTTTATCCAAAAATTGAG-GAAAATTTTTCATTGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAA
323 GTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
** * * * * *
100493 TCGTG--C--A-TGTCATGGTTATTGGCTAAAAACGCATTCTGGGGCCCCGGC-CTAGTTTTGCA
388 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTC-AGTTTTGCA
* * *
100552 TGATTTTAGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGC
452 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGC
* *
100617 ATTTAAGAATTTATTTTTACGAG-ATTT
517 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTT
100644 AATTAGAAAT
Statistics
Matches: 3953, Mismatches: 443, Indels: 213
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTGAGTAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC
CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
CAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG
TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAA
CGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATATGAGTA
TTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCACGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
TTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCAGATTGCATTT
AAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAGAAAAAAT
ATGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGTCCATCCAATCTTTTTAGCGTTAAATTATATATTTT
TTATCAGTATTTTATGCA
Found at i:124749 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 124725--124764 Score: 80
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
124715 GATTGGCAAC
124725 GAAATGACCCAATTCAAGT
1 GAAATGACCCAATTCAAGT
124744 GAAATGACCCAATTCAAGT
1 GAAATGACCCAATTCAAGT
124763 GA
1 GA
124765 TGTGGATTGG
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.20, G:0.17, T:0.20
Consensus pattern (19 bp):
GAAATGACCCAATTCAAGT
Found at i:126456 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 126434--126469 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
126424 AACACATATA
126434 TATAGAAATTAT-CAAAT
1 TATAG-AATTATACAAAT
126451 TATAGAATTATACAAAT
1 TATAGAATTATACAAAT
126468 TA
1 TA
126470 ATATAGCTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.33
17 12 0.67
ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
TATAGAATTATACAAAT
Done.