genome.fa.s18461.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01018461.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18494, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  246974

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1259--1293	17	2.1	17	100	0	70	0	11	0	88	0.51
1256--1286	12	2.6	12	94	0	53	0	12	0	87	0.55
8056--8123	26	2.7	26	82	6	79	22	30	4	42	1.73
8077--8129	26	2.0	26	88	0	79	24	28	3	43	1.71
8114--8212	41	2.4	40	96	3	180	37	21	2	39	1.65
8188--8319	65	2.0	65	97	0	246	46	15	3	35	1.61
9095--9132	20	1.9	20	100	0	76	31	21	0	47	1.51
13945--14051	52	2.1	52	96	0	196	38	13	14	34	1.84
14876--15000	63	2.1	60	83	10	157	31	13	8	47	1.72
16825--16849	7	3.6	7	100	0	50	16	56	0	28	1.41
17436--17464	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18367--18596	22	10.4	23	76	7	135	42	9	13	34	1.77
18428--18617	44	4.3	45	76	7	194	42	9	13	34	1.76
18455--18617	88	1.9	88	85	2	229	41	10	13	34	1.79
18430--18617	66	2.9	66	72	7	168	42	9	12	35	1.76
18702--19227	22	24.3	22	71	8	215	38	10	15	35	1.81
18996--19081	45	1.9	45	85	4	120	32	11	16	39	1.84
19389--19452	27	2.4	27	82	17	80	45	7	0	46	1.32
20069--20106	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
22176--22239	22	2.9	22	79	6	67	43	7	20	28	1.79
22197--22255	22	2.7	21	81	7	64	42	8	16	32	1.79
22245--22311	22	3.2	20	74	14	62	41	11	8	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22283--22361	22	3.5	22	75	10	70	40	8	10	40	1.70
23911--23997	44	2.0	45	93	2	149	55	16	6	21	1.64
23962--24086	63	2.0	63	100	0	250	41	19	8	31	1.80
24113--24185	33	2.2	33	92	0	119	31	10	17	39	1.85
24314--24360	23	2.0	23	88	8	69	34	12	12	40	1.82
24987--25051	17	4.1	16	78	11	62	26	3	0	70	1.01
24987--25051	8	8.1	8	77	13	62	26	3	0	70	1.01
25004--25047	14	3.2	14	87	3	63	29	0	0	70	0.88
25010--25047	20	2.0	20	89	5	60	28	0	0	71	0.87
25674--25712	4	9.8	4	94	0	69	25	23	2	48	1.63
26976--27208	22	10.5	22	70	12	145	35	9	18	36	1.84
26973--27208	66	3.5	66	79	6	210	34	9	18	36	1.84
27299--27356	22	2.6	22	97	0	107	27	5	18	48	1.70
27213--27622	22	18.6	22	70	16	101	37	9	17	36	1.82
27213--27374	44	3.7	44	73	13	129	34	7	17	40	1.78
27410--27633	44	5.1	44	73	10	156	39	9	15	34	1.81
27474--27622	66	2.3	66	81	0	181	40	10	14	34	1.80
27728--27849	22	5.6	22	73	9	74	40	9	13	35	1.78
27747--28323	22	26.4	22	68	13	235	38	10	15	34	1.82
28093--28179	45	1.9	45	83	4	113	33	11	17	37	1.85
28631--28664	18	1.9	18	94	5	61	41	17	0	41	1.50
29195--29304	44	2.5	44	80	5	114	42	11	11	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29220--29776	22	25.4	22	67	14	148	36	10	17	35	1.84
29523--29676	66	2.4	63	75	11	168	33	8	17	40	1.80
30603--30696	45	2.2	43	85	11	122	37	22	4	36	1.74
32352--32438	26	3.3	26	93	0	156	11	51	10	26	1.70
33539--33589	26	2.0	26	88	0	75	27	17	7	47	1.75
33596--33649	20	2.7	20	100	0	108	27	9	22	40	1.84
38001--38044	12	3.4	12	87	9	52	47	0	40	11	1.39
38713--38759	24	2.0	24	91	0	76	10	12	12	63	1.52
38848--38898	26	2.0	26	92	0	84	9	11	11	66	1.44
38626--39021	139	2.9	138	97	1	742	21	13	15	48	1.79
76948--76986	14	2.9	13	80	3	51	53	2	2	41	1.28
76972--77229	134	2.0	127	85	9	346	51	1	10	36	1.48
84540--84969	22	19.7	22	71	14	133	36	16	9	37	1.82
84557--84980	44	9.8	44	72	14	226	36	16	9	37	1.81
84738--84900	82	2.0	84	84	4	215	34	17	6	40	1.76
85064--85230	88	1.9	88	81	2	201	34	14	11	40	1.82
85062--85502	22	19.9	22	71	9	182	35	16	9	38	1.82
85175--85695	44	11.9	43	66	18	156	35	16	9	38	1.82
85544--85737	22	8.7	22	70	16	96	37	15	10	35	1.83
85534--85742	66	3.1	66	76	11	185	38	18	10	33	1.84
86905--86986	41	2.0	41	100	0	164	53	2	17	26	1.56
86914--86978	19	3.3	19	68	19	60	55	3	20	21	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97955--97993	20	2.0	20	94	0	69	56	5	0	38	1.22
100872--100926	26	2.0	27	86	10	76	49	27	10	12	1.74
103314--103393	22	3.7	21	74	3	52	43	13	7	35	1.73
104317--104361	2	21.5	2	86	8	63	51	2	2	44	1.26
106368--106402	12	3.2	11	88	11	54	51	0	11	37	1.38
107210--107242	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
109846--109881	4	8.8	4	90	3	54	25	0	0	75	0.81
114550--114592	21	2.0	21	90	0	68	32	27	4	34	1.78
117008--117033	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
118967--119000	18	1.9	18	88	5	52	64	0	0	35	0.94
119874--119902	6	5.0	6	91	8	51	65	0	0	34	0.93
119874--119902	11	2.5	12	94	5	51	65	0	0	34	0.93
127910--127997	45	2.0	43	86	6	124	37	23	5	32	1.79
135603--135696	45	2.2	45	87	11	135	40	20	4	35	1.72
137252--137315	27	2.6	22	71	21	56	54	1	1	42	1.19
137255--137329	15	5.0	14	75	16	62	50	1	1	46	1.18
139883--140011	61	2.1	61	88	4	190	37	16	6	40	1.73
148138--148201	21	3.1	21	86	8	96	35	14	20	29	1.92
148235--148273	19	2.1	19	95	0	69	46	10	23	20	1.81
149333--149400	35	1.9	35	93	0	118	38	5	20	35	1.77
150703--150917	108	2.0	108	87	3	308	32	16	23	28	1.96
161559--161591	17	1.9	17	100	0	66	45	24	6	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163100--163126	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
166597--166677	22	3.8	21	81	6	83	41	9	9	38	1.72
168609--168638	13	2.3	13	100	0	60	70	10	6	13	1.34
173139--173183	21	2.1	21	83	0	54	35	8	22	33	1.85
181494--181551	30	1.9	30	96	0	107	31	10	10	48	1.71
194798--194829	7	4.9	7	92	7	50	31	12	28	28	1.93
210338--210400	26	2.4	26	84	5	74	44	22	9	23	1.82
210532--210674	51	2.8	50	85	7	173	41	23	9	25	1.85
210493--210674	25	7.2	26	69	9	99	38	23	10	26	1.88
211302--211391	30	3.1	29	79	6	101	41	25	6	26	1.80
211312--211395	28	2.9	28	83	3	105	41	25	5	27	1.78
211464--211584	49	2.5	48	86	6	165	52	4	16	26	1.64
220773--220961	60	3.1	60	65	21	142	23	3	21	52	1.61
220745--220973	120	1.9	120	92	3	390	23	2	21	51	1.60
225462--225502	21	2.0	21	90	0	64	46	12	9	31	1.74
227147--227226	29	2.6	31	82	5	110	30	22	10	37	1.87
228298--228338	17	2.4	17	88	8	57	26	0	14	58	1.37
228305--228338	17	1.9	18	94	5	61	20	0	14	64	1.28
230604--230666	28	2.2	29	80	11	85	19	14	30	36	1.91
231172--231257	33	2.6	33	90	5	140	53	31	3	11	1.54
231338--231409	35	2.1	34	92	2	117	27	18	19	34	1.95
233503--233545	20	2.0	22	86	8	63	9	9	6	74	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234135--234346	109	1.9	109	90	1	336	31	20	19	28	1.97
244385--244470	43	2.0	43	95	0	154	32	18	15	33	1.92

Tables:   1

The End!