Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01018502.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18535, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1961
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.16, T:0.39


Found at i:1160 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1152--1261  Score: 184
    Period size: 3  Copynumber: 36.0  Consensus size: 3

       1142 AGAGTATTCA

                                     *                                     
       1152 ATT ATT ATT ATT ATT ATT AGT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                                                            
       1200 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATAT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT-T

             *              
       1249 ACT ATAT ATT ATT
          1 ATT AT-T ATT ATT

       1262 TTTAGTGACT


Statistics
Matches: 101,  Mismatches: 4, Indels: 4
        0.93            0.04        0.04

Matches are distributed among these distances:
   3   96  0.95
   4    5  0.05

ACGTcount: A:0.35, C:0.01, G:0.01, T:0.64


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.