Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018513.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18546, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8297
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.17, T:0.36
Found at i:70 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 1--527 Score: 964
Period size: 47 Copynumber: 11.1 Consensus size: 47
* *
1 TTTAACTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
48 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
*
95 TTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
142 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
189 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
236 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
*
283 TTTAATACTATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAAT--TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
332 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
*
379 TTTAATTACCTAGAATTAAACAAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
426 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
*
473 TTTAATATTATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
1 TTT-A-ATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
522 TTTAAT
1 TTTAAT
528 ACTATCTTCT
Statistics
Matches: 467, Mismatches: 9, Indels: 8
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 374 0.80
48 2 0.00
49 91 0.19
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (47 bp):
TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
Found at i:382 original size:190 final size:189
Alignment explanation
Indices: 1--527 Score: 984
Period size: 190 Copynumber: 2.8 Consensus size: 189
* *
1 TTTAACTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
* *
66 AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTCAAT-TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
66 AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATATATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
130 TTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
131 TTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
189 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
254 AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATACTATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTC
66 AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATA-TATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTC
319 TTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
130 TTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
*
379 TTTAATTACCTAGAATTAAACAAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
1 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
444 AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATATTATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTC
66 AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATA-TATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTC
509 TTTTACTATTTAGTTTAAT
130 TTTTACTATTTAGTTTAAT
528 ACTATCTTCT
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 6, Indels: 2
0.98 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
188 97 0.29
190 234 0.71
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (189 bp):
TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTA
AACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATATATCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
TTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTATTTAG
Found at i:7568 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 7555--7588 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 3.3 Consensus size: 10
7545 GATTATGAAG
7555 ATTTGGAGAA
1 ATTTGGAGAA
*
7565 ATTTTGGATAA
1 A-TTTGGAGAA
7576 ATTTGGAGAA
1 ATTTGGAGAA
7586 ATT
1 ATT
7589 ACTGATTTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
10 12 0.57
11 9 0.43
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (10 bp):
ATTTGGAGAA
Found at i:7572 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7556--7588 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.1 Consensus size: 11
7546 ATTATGAAGA
7556 TTTGGAGAAAT
1 TTTGGAGAAAT
*
7567 TTTGGATAAA-
1 TTTGGAGAAAT
7577 TTTGGAGAAAT
1 TTTGGAGAAAT
7588 T
1 T
7589 ACTGATTTTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.47
11 10 0.53
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (11 bp):
TTTGGAGAAAT
Found at i:7868 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7817--7910 Score: 147
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
7807 AGTGCATTAA
*
7817 CTAA-ATTCTA-CTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
7858 CTAATATTCTACTCCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTA--CCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
7903 CTAATATT
1 CTAATATT
7911 AATTGTTGTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 4
0.91 0.02 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.08
42 6 0.12
45 38 0.79
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
CTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
Done.