Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01018764.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18797, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4557
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.22, T:0.31


Found at i:1134 original size:196 final size:196

Alignment explanation


    Indices: 821--1217  Score: 776
    Period size: 196  Copynumber: 2.0  Consensus size: 196

        811 ATCCGGGTAT

                *                                                            
        821 ATTGGGGATTAGGGTTTTCTTTTTGCAATTGATTGATTTGGTTGCAATTAACCCTAATTGTTTGT
          1 ATTGAGGATTAGGGTTTTCTTTTTGCAATTGATTGATTTGGTTGCAATTAACCCTAATTGTTTGT

                                *                                            
        886 TTGTTTGAGATTCTTGGGTTGCTTTTGCTGTGAATTGAAGTTTGTTTTGCAGAATTTTGGAATTG
         66 TTGTTTGAGATTCTTGGGTTACTTTTGCTGTGAATTGAAGTTTGTTTTGCAGAATTTTGGAATTG

                                                                             
        951 AAGCCCTATTGGATCCAAGTGGTTTAAATATGGATCTAAGTGGTACTAGGGTTTTCTTTTGATTA
        131 AAGCCCTATTGGATCCAAGTGGTTTAAATATGGATCTAAGTGGTACTAGGGTTTTCTTTTGATTA

             
       1016 A
        196 A

                                                                             
       1017 ATTGAGGATTAGGGTTTTCTTTTTGCAATTGATTGATTTGGTTGCAATTAACCCTAATTGTTTGT
          1 ATTGAGGATTAGGGTTTTCTTTTTGCAATTGATTGATTTGGTTGCAATTAACCCTAATTGTTTGT

                                                                             
       1082 TTGTTTGAGATTCTTGGGTTACTTTTGCTGTGAATTGAAGTTTGTTTTGCAGAATTTTGGAATTG
         66 TTGTTTGAGATTCTTGGGTTACTTTTGCTGTGAATTGAAGTTTGTTTTGCAGAATTTTGGAATTG

                                                                             
       1147 AAGCCCTATTGGATCCAAGTGGTTTAAATATGGATCTAAGTGGTACTAGGGTTTTCTTTTGATTA
        131 AAGCCCTATTGGATCCAAGTGGTTTAAATATGGATCTAAGTGGTACTAGGGTTTTCTTTTGATTA

             
       1212 A
        196 A

                 
       1213 ATTGA
          1 ATTGA

       1218 TTGATTGGTG


Statistics
Matches: 199,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.99            0.01        0.00

Matches are distributed among these distances:
 196  199  1.00

ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.24, T:0.45


Consensus pattern (196 bp):   
ATTGAGGATTAGGGTTTTCTTTTTGCAATTGATTGATTTGGTTGCAATTAACCCTAATTGTTTGT
TTGTTTGAGATTCTTGGGTTACTTTTGCTGTGAATTGAAGTTTGTTTTGCAGAATTTTGGAATTG
AAGCCCTATTGGATCCAAGTGGTTTAAATATGGATCTAAGTGGTACTAGGGTTTTCTTTTGATTA
A
Done.