Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018809.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18842, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13729
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.19, T:0.34
Found at i:3990 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3939--3990 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
3929 ATGTAGGATT
3939 TTTAATAA-TAATTATTCAA
1 TTTAATAATTAATTATTCAA
** *
3958 TAAAATAATT-ATTATT-TA
1 TTTAATAATTAATTATTCAA
3976 TTTAATAATTAATTA
1 TTTAATAATTAATTA
3991 ATTTCAGCCC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 4
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.35
19 16 0.62
20 1 0.04
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTAATAATTAATTATTCAA
Found at i:5642 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5624--5656 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
5614 GGAGAAAATT
5624 GAATACGAGACAATC
1 GAATACGAGACAATC
*
5639 GAATCCGAGACAATC
1 GAATACGAGACAATC
5654 GAA
1 GAA
5657 GAAGTTTCCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.21, G:0.21, T:0.12
Consensus pattern (15 bp):
GAATACGAGACAATC
Found at i:7664 original size:41 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7615--7707 Score: 138
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
7605 AGTGCATTAC
*
7615 CTAA-ATTCTA-C-CCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
7655 CTAATATTCTACTCTTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTAC-C-TCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
7700 CTAATATT
1 CTAATATT
7708 AATTGTGGGT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 1, Indels: 5
0.89 0.02 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.09
41 6 0.13
43 1 0.02
45 36 0.77
ACGTcount: A:0.39, C:0.22, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
CTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
Found at i:10095 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10044--10136 Score: 129
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
10034 AGAGCATTAT
*
10044 CTAA-ATTCTACT-CT-ATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACTCCTCATCTCTAGATAATTCATC-AAATAAAG
*
10085 CTGATATTCTACTCCTCCATCTCTAGATAATTCATCAAATAAAG
1 CTAATATTCTACTCCT-CATCTCTAGATAATTCATCAAATAAAG
10129 CTAATATT
1 CTAATATT
10137 AATTGTTGCT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 5
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 3 0.07
42 8 0.18
43 2 0.04
44 15 0.33
45 17 0.38
ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (43 bp):
CTAATATTCTACTCCTCATCTCTAGATAATTCATCAAATAAAG
Found at i:11434 original size:166 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10972--11670 Score: 892
Period size: 166 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
10962 ACTATATATA
* * * * *
10972 TCAATTATGAATTATTGGAATTAGTAATTGATCAAGGTCATTTTATTAATATAATAATGATTAAT
1 TCAATTATGAATTATTGGAATTAATAATTGATCAAGGTCATTTGATTAGTATTATAATGAATAAT
* * * * *
11037 TAACGATCAAACAATTTATAATTTTTTAAATTAATTCATTTTTGGGTTAATTTATTA-TATTTAA
66 TAATGATCAAGCAATTTATAATTTTTTAATTTAATTCATTTTTGGGTTAATTTATAATTTTTTAA
*
11101 TTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTTTTAATCATGTATT
131 TTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTGTTAATCATGTATT
*
11140 TCAATTAT--A-TA-T-G----AATAATTGATCAAGGTCATTAGATTAGTATTAGTAATGAATAA
1 TCAATTATGAATTATTGGAATTAATAATTGATCAAGGTCATTTGATTAGTATTA-TAATGAATAA
* *
11196 TTATTGATCAAGCAA-TT-T-ATTTTTTAATTTATATT-ATTTTTGGGTTAATTTATAATTTTTA
65 TTAATGATCAAGCAATTTATAATTTTTTAATTTA-ATTCATTTTTGGGTTAATTTATAATTTTTT
* *
11257 AATTTAATGTTATTTGTTGACTATTTTGTTAATCATGTATT
129 AATTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTGTTAATCATGTATT
* * * * *
11298 TCAATTATGAATTATTTGAATTAGTAATTGGTCAAGGTCATTTTATTAGTA-T-TAATGATTAAT
1 TCAATTATGAATTATTGGAATTAATAATTGATCAAGGTCATTTGATTAGTATTATAATGAATAAT
* * *
11361 TAATGATCAAGCAATTTATAA-TTTATAATTGAATTCATTTTTGGGTTAATTTATAATTTTTTAT
66 TAATGATCAAGCAATTTATAATTTTTTAATTTAATTCATTTTTGGGTTAATTTATAATTTTTTAA
11425 TTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTGTTAATCATGTATT
131 TTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTGTTAATCATGTATT
* * *
11464 TCAATTATATATGAATTCTTGGAATTAATTATTGATCAATGTCATTTGATTAGTATTAGTAATGA
1 TC-A--AT-TATGAATTATTGGAATTAATAATTGATCAAGGTCATTTGATTAGTATTA-TAATGA
* * *
11529 ATAATTAATGATCAAGGAATTTGTAATTTTTTAATTTAATTCATTTTTGGGTTGATTTATAATTT
61 ATAATTAATGATCAAGCAATTTATAATTTTTTAATTTAATTCATTTTTGGGTTAATTTATAA-TT
* * * *
11594 TTTTAATTTAATATTAATTGTTGTTTATTTTGCTAATCATGCATT
125 TTTTAATTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTGTTAATCATGTATT
*
11639 TCAATTATGAATTATCGGAATTAATAATTGAT
1 TCAATTATGAATTATTGGAATTAATAATTGAT
11671 TTTTGTTAGT
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 49, Indels: 47
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 31 0.07
158 53 0.12
159 29 0.06
160 22 0.05
161 2 0.00
162 1 0.00
163 2 0.00
164 24 0.05
165 7 0.02
166 77 0.17
167 27 0.06
168 8 0.02
169 2 0.00
170 39 0.09
171 25 0.05
172 2 0.00
173 29 0.06
174 33 0.07
175 44 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.11, T:0.50
Consensus pattern (169 bp):
TCAATTATGAATTATTGGAATTAATAATTGATCAAGGTCATTTGATTAGTATTATAATGAATAAT
TAATGATCAAGCAATTTATAATTTTTTAATTTAATTCATTTTTGGGTTAATTTATAATTTTTTAA
TTTAATGTTAATTGTTGATTATTTTGTTAATCATGTATT
Found at i:12096 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12074--12109 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
12064 ATACAAAGAG
12074 CTATCTAGTATAACAAA
1 CTATCTAGTATAACAAA
* *
12091 CTATCTGGTGTAACAAA
1 CTATCTAGTATAACAAA
12108 CT
1 CT
12110 TTACAAATCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.11, T:0.31
Consensus pattern (17 bp):
CTATCTAGTATAACAAA
Done.