Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018826.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18859, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10691
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.32
Found at i:1961 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1921--1985 Score: 85
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
1911 TAAATTGATT
* * *
1921 TTAGGAACTGATTTGAGCCGAATTTGCAATG
1 TTAGAAACTGACTTGAGCCGAATTTGCAACG
* *
1952 TTAGAAACTGACTTGAGCTGATTTTGCAACG
1 TTAGAAACTGACTTGAGCCGAATTTGCAACG
1983 TTA
1 TTA
1986 AAGACTTAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 29 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
TTAGAAACTGACTTGAGCCGAATTTGCAACG
Found at i:3216 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3190--4437 Score: 1010
Period size: 30 Copynumber: 41.5 Consensus size: 29
3180 ACTTGTAGTA
*
3190 ATATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * * * *
3220 GTATGGGGGAGGTGGTGGTGATTTATAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * * *
3250 GTATGGTGGAGGGGGAGGGGAAC-TGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTG-ACTTGTA-AC
* * *
3280 ATATGGTGGAGGGGGAGGGGAGC-TGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGA-CTTGTA-AC
* * *
3310 GTATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3340 ATATGGTGGAGGGGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3370 GTATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * * * *
3400 GTATGGGGGAGGTCGGGGGTGATTTATACAC
1 ATATGGAGGAGGT-GGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3431 GTATGGTGGAGGTGGGGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3461 GTATGGTGGAGGTGGAGGGGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3491 ATATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTATAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3521 GTATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
*
3551 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3581 ATATGGAGGAGGAGGAGGTGATTTATACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3611 ATATGGAGGTGGTGGCGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
*
3641 ATATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3671 GTATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
*
3701 ATATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
3731 ATATGGTGGTGGCGGAGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
* *
3761 ATATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
* *
3791 ATATGGAGGAGGTGGTGGAGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3821 ATATGGAGGTGGTGGAGGTGACTTATAA-
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAAC
* *
3849 ATGTATGGAGGTGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 A--TATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3881 ATATGGTGGAGGTGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATA---TGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3914 ATATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
3944 ATAGGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
* *
3974 ATATGGAGGTGGTGGAGGTGACTTATAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
* *
4004 GTATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
*
4034 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAA-
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAAC
* * * * *
4062 ATGTATGGTGGTGGAGGAGGTGATTTATACAC
1 A--TATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
4094 ATATGGAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* *
4124 GTATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
4154 GTATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
4184 GTATGGAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
* * *
4214 GTATGGGGGTGGTGGAGGTGACTTGTATAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * *
4244 ATATGGAGGTGGAGAAGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGT-AAC
* * * * *
4274 ATAAGGTGGAGGTGGAGGTGATTTATAATA
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAA-C
* * *
4304 ATATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATA
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAA-C
* **
4334 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTATTT
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTA-AC
* * * * * * *
4364 GTAAGGAGGAGGCGGTGGTGATTTATAATA
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAA-C
* * *
4394 ATATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATA
1 ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAA-C
*
4424 ATATGGTGGAGGTG
1 ATATGGAGGAGGTG
4438 ACTTGTATTT
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 159, Indels: 54
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.00
29 10 0.01
30 954 0.92
31 34 0.03
32 2 0.00
33 30 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.43, T:0.27
Consensus pattern (29 bp):
ATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTAAC
Found at i:3261 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 3190--4360 Score: 1180
Period size: 60 Copynumber: 19.4 Consensus size: 60
3180 ACTTGTAGTA
* * * * * * * *
3190 ATATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGACGTATGGGGGAGGTGGTGGTGATTTATAGAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * *
3250 GTATGGTGGAGGGGGAGGGGAAC-TGTAGACATATGGTGGAGGGGGAGGGGAGC-TGTAGAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTG-ACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGA-CTTGTACAC
* * * * * *
3310 GTATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGACATATGGTGGAGGGGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * * *
3370 GTATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTACACGTATGGGGGAGGTCGGGGGTGATTTATACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGT-GGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * *
3431 GTATGGTGGAGGTGGGGGTGACTTGTACACGTATGGTGGAGGTGGAGGGGACTTGTACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * *
3491 ATATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTATACGTATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * *
3551 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGAGGAGGTGATTTATACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * *
3611 ATATGGAGGTGGTGGCGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * *
3671 GTATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTAAACATATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * *
3731 ATATGGTGGTGGCGGAGGTGACTTGTAAACATATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * *
3791 ATATGGAGGAGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGTGGTGGAGGTGACTTATAAAT
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * *
3851 GTATGGAGGTGGTGGTGGTGACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATA---TGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * *
3914 ATATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTACACATAGGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * *
3974 ATATGGAGGTGGTGGAGGTGACTTATAAACGTATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* ** * * * * *
4034 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAAATGTATGGTGGTGGAGGAGGTGATTTATACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * *
4094 ATATGGAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAGACGTATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTGTACAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * *
4154 GTATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTACACGTATGGAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * * *
4214 GTATGGGGGTGGTGGAGGTGACTTGTATACATATGGAGGTGGAGAAGGTGACTTGTAAAC
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
* * * * * * *
4274 ATAAGGTGGAGGTGGAGGTGATTTATA-ATAATATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTA-ATA
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGA-CATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACA-C
4334 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTA
1 ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTA
4361 TTTGTAAGGA
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 142, Indels: 20
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
59 5 0.01
60 846 0.88
61 56 0.06
63 52 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.43, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
ATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTGGAGGTGACTTGTACAC
Found at i:3321 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 3180--4360 Score: 1148
Period size: 90 Copynumber: 13.1 Consensus size: 90
3170 AGTGGAAATT
* * * * *
3180 ACTTGTAGTA-ATATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGACGTATGGGGGAGGTGGTGGTGATTT
1 ACTTGTAG-ACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTT
* * * * * *
3244 ATAGACGTATGGTGGAGGGGGAGGGG
65 GTAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * *
3270 AAC-TGTAGACATATGGTGGAGGGGGAGGGGAGC-TGTAGACGTATGGTGGAGGTGGTGGTGACT
1 -ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGA-CTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACT
* *
3333 TGTAGACATATGGTGGAGGGGGTGGTG
64 TGTAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * *
3360 ACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTACACGTATGGGGGAGGTCGGGGGTGATTT
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGT-GGAGGTGACTT
* * * *
3425 ATACACGTATGGTGGAGGTGGGGGTG
65 GTAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * *
3451 ACTTGTACACGTATGGTGGAGGTGGAGGGGACTTGTACACATATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
* * *
3516 TATACGTATGGAGGAGGTGGTGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * *
3541 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACATATGGAGGAGGAGGAGGTGATTTA
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
* * * *
3606 TACACATATGGAGGTGGTGGCGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * *
3631 ACTTGTAGACATATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTGTACACGTATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
*
3696 TAAACATATGGAGGAGGTGGTGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * *
3721 ACTTGTACACATATGGTGGTGGCGGAGGTGACTTGTAAACATATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
* *
3786 TAAACATATGGAGGAGGTGGTGGAG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * * * *
3811 ACTTGTAGACATATGGAGGTGGTGGAGGTGACTTATAAATGTATGGAGGTGGTGGTGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
*
3876 TAGACATATGGTGGAGGTGGTGGTGGTG
66 TAAACATATGGTGGA---GGTGGTGGTG
* * * * * *
3904 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGTGGTGACTTGTACACATAGGGAGGAGGTGGTGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
* * *
3969 TAAACATATGGAGGTGGTGGAGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * *
3994 ACTTATAAACGTATGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
** * * *
4059 TAAATGTATGGTGGTGGAGGAGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * * * *
4084 ATTTATACACATATGGAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAGACGTATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
* * * *
4149 TACACGTATGGTGGTGGTGGAGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * * * * *
4174 ACTTGTACACGTATGGAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAAACGTATGGGGGTGGTGGAGGTGACTTG
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
* * * * **
4239 TATACATATGGAGGTGGAGAAGGTG
66 TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
* * * * ** * * *
4264 ACTTGTAAACATAAGGTGGAGGTGGAGGTGATTTATA-ATAATATGGAGGAGGCGAAGGTGACTT
1 ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGA-CGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTT
*
4328 GTAATA-ATATGGTGGAGGTGGAGGTG
65 GTAA-ACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
4354 ACTTGTA
1 ACTTGTA
4361 TTTGTAAGGA
Statistics
Matches: 936, Mismatches: 144, Indels: 21
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
89 5 0.01
90 773 0.83
91 81 0.09
93 77 0.08
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.43, T:0.27
Consensus pattern (90 bp):
ACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTAGACGTATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTG
TAAACATATGGTGGAGGTGGTGGTG
Found at i:4450 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 4125--4474 Score: 304
Period size: 90 Copynumber: 4.0 Consensus size: 90
4115 CTTGTAGACG
* * ** * * *** *
4125 TATGGAGGAGGAGGAGGTGACTTGTACA-CGTATGGTGGTGGTGGAGGTGACTTGTACACGTATG
1 TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTA-ATAATATGGTGGAGGTGGACGTGACTTGTATTTGTAAG
* * * * *
4189 GAGGAGGAGGTGGTGACTTGTAA-ACG
65 GAGGAGGCGGAGGTGATTTATAATA-A
* * * * * * * * * ****
4215 TATGGGGGTGGTGGAGGTGACTTGT-ATACATATGGAGGTGGAGAAGGTGACTTGTAAACATAAG
1 TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATA-ATATGGTGGAGGTGGACGTGACTTGTATTTGTAAG
* *
4279 GTGGAGGTGGAGGTGATTTATAATAA
65 GAGGAGGCGGAGGTGATTTATAATAA
*
4305 TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATAATATGGTGGAGGTGGAGGTGACTTGTATTTGTAAGG
1 TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATAATATGGTGGAGGTGGACGTGACTTGTATTTGTAAGG
*
4370 AGGAGGCGGTGGTGATTTATAATAA
66 AGGAGGCGGAGGTGATTTATAATAA
4395 TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATAATATGGTGGA----G--GTGACTTGTATTTGTAAGG
1 TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATAATATGGTGGAGGTGGACGTGACTTGTATTTGTAAGG
* *
4454 AGGAGGCGGTGGTGACTTATA
66 AGGAGGCGGAGGTGATTTATA
4475 GACGTATGGA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 33, Indels: 14
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 39 0.17
86 1 0.00
88 1 0.00
90 178 0.80
91 4 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.06, G:0.40, T:0.27
Consensus pattern (90 bp):
TATGGAGGAGGCGAAGGTGACTTGTAATAATATGGTGGAGGTGGACGTGACTTGTATTTGTAAGG
AGGAGGCGGAGGTGATTTATAATAA
Found at i:5433 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 5397--5446 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
5387 TTTGACTTGG
*
5397 TTAATT-AATTTTATAT-T
1 TTAATTCAATTTTTTATAT
*
5414 TTAA-TCAATATTTTTGTAT
1 TTAATTCAAT-TTTTTATAT
5433 TTAATTCAATTTTT
1 TTAATTCAATTTTT
5447 ATCATATAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 6
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.04
17 7 0.26
18 5 0.19
19 9 0.33
20 5 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTCAATTTTTTATAT
Found at i:6384 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 6354--6413 Score: 120
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
6344 TTAAAGTGTC
6354 AACTACTTCGATAATTTATACCAAA
1 AACTACTTCGATAATTTATACCAAA
6379 AACTACTTCGATAATTTATACCAAA
1 AACTACTTCGATAATTTATACCAAA
6404 AACTACTTCG
1 AACTACTTCG
6414 CAATTGTTAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 35 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.22, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
AACTACTTCGATAATTTATACCAAA
Found at i:7708 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 7690--7714 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
7680 CCATCGAACT
7690 AATATTCTTTTCC
1 AATATTCTTTTCC
7703 AATATTCTTTTC
1 AATATTCTTTTC
7715 TTGAAGAACT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
AATATTCTTTTCC
Found at i:9078 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9055--9089 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9045 AAATAATAAT
9055 AAAATAATTAATTGTAAG
1 AAAATAATTAATTGTAAG
9073 AAAATAATTAATTGTAA
1 AAAATAATTAATTGTAA
9090 TTGTACGATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (18 bp):
AAAATAATTAATTGTAAG
Found at i:10652 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10645--10683 Score: 78
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
10635 ACTATTCTTT
10645 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
10684 GATTTAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 37 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.