Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018831.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18864, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10662
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.19, T:0.33
Found at i:1225 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1178--1247 Score: 122
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
1168 GAGATTTTGG
*
1178 AGAAATATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAATA
*
1214 AGAAATATGATAACCAAATTTACAAAAAATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAA
1248 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 32 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.07, G:0.09, T:0.24
Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACCAAAATTACAAAAAATGTAATA
Found at i:3733 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 3727--3773 Score: 85
Period size: 3 Copynumber: 15.7 Consensus size: 3
3717 AGTAAATTCT
*
3727 TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTT TTC TTC TT
1 TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TT
3774 GCATCAGAGA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 42 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.30, G:0.00, T:0.70
Consensus pattern (3 bp):
TTC
Found at i:4301 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 4249--4292 Score: 79
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
4239 CCTTCACAAC
4249 AAACAAATCATAAAGTAATAAAT
1 AAACAAATCATAAAGTAATAAAT
*
4272 AAACAAATCCTAAAGTAATAA
1 AAACAAATCATAAAGTAATAA
4293 CAATGCAAAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.11, G:0.05, T:0.20
Consensus pattern (23 bp):
AAACAAATCATAAAGTAATAAAT
Found at i:4899 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 4829--5872 Score: 495
Period size: 48 Copynumber: 22.0 Consensus size: 47
4819 AGGAGGTGGA
* * * * * *
4829 GGTGGCGGGGACTTGTAAACGTAAGGTGGTGGAGGTGATGGGGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * * * *
4877 GGTGGGGGTGACTTATAGACGTAAGGTGGTGGAGGTGATGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* *
4925 GGTGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
* * * *
4973 GGAGGTGGTGACTTGTAGACGTAAGGTGGTGGAGGTGAGGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
*
5021 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTG-AGGGGATGGT
* * * *
5069 GGAGGTGGTGATTTGTAGATATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGAGAAGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
* * * * * * *** ***
5117 GGAGGTGGAGA-TGGT-G--AT--GGTGGTGGTGGTGA-CTTATAAA
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGGATGGT
* * * ** * * ** * * * ** * *
5157 CGTAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGATGGTGGTGGTGGAGACTTGTATACGTATGGG
1 GGT--GGTGG-TGACTTGTA-GACAT-AAGGAGGAGGAG--GTG-A-GGGGATGGT
* * * * * *
5213 GGAGGTGGTGA---G-GGAGAT-----GGTGGAGGTGATGGAGAAGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * * * *
5252 GGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGG-GATGGTGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * *
5299 GGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * * *
5347 GGTGGTGGGGACTTGTAAACATAGGGAGGAGGTGGTGATGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * ** * *
5395 GGGGGTGGAGACTTGTATATGTAAGGGGGAGGAGGTGAGGGAGAAGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
* * * *
5443 GGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
* * * * *
5491 GGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGG-GGTGATGGAGAAGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * *
5538 GGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
* * * *
5586 GGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGGGGTGAGGGAGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGGT
* * * * ** * * *
5634 GGAGGAGGAGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGATGGGGATGGA
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * * * * * * *
5682 GGAGGAGGAGACTTGTAAATATATGGTGGAGGAGGTGAAGGAGACGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTG-AGGGGATGGT
* * * *
5730 GGTGGTGGTGACTTGTAAACGTAAGGGGGAGGAGGTGATGGTGATGGT
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * * ** * * * * * * *
5778 GGAGGTGGAGATTTGTAAATGTATGGGGGTGGAGTTGATGGAGAAGGA
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGGATGGT
* * * *
5826 GGGGGAGGAGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGGGGTGAGGGAGATGG
1 GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGG-GATGG
5873 CGGAGGAGGA
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 174, Indels: 74
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 14 0.02
40 4 0.01
42 23 0.03
43 5 0.01
44 3 0.00
46 2 0.00
47 91 0.12
48 612 0.78
49 7 0.01
50 1 0.00
51 9 0.01
53 4 0.01
54 5 0.01
56 5 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.04, G:0.50, T:0.21
Consensus pattern (47 bp):
GGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGGATGGT
Found at i:4925 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4853--4935 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
4843 GTAAACGTAA
*
4853 GGTGGTGGAGGTGATGGGGAT
1 GGTGGTGGAGGTGATGGAGAT
* * *
4874 GGTGGTGGGGGTGACTTATAGACGTAA
1 GGTGGTGGAGGTG----ATGGA-G-AT
4901 GGTGGTGGAGGTGATGGAGAT
1 GGTGGTGGAGGTGATGGAGAT
*
4922 GGTGGTGGTGGTGA
1 GGTGGTGGAGGTGA
4936 CTTATAAACA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 12
0.71 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 26 0.54
22 1 0.02
23 4 0.08
25 3 0.06
26 1 0.02
27 13 0.27
ACGTcount: A:0.17, C:0.02, G:0.55, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
GGTGGTGGAGGTGATGGAGAT
Found at i:4950 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 4838--5884 Score: 620
Period size: 96 Copynumber: 11.0 Consensus size: 96
4828 AGGTGGCGGG
* * * *
4838 GACTTGTAAACGTAAGGTGGTGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACGTAAGG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAGG
* * * *
4903 TGGTGGAGGTGATGGAGATGGTGGTGGTGGT
66 TGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * * * *
4934 GACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGA-GGGAGATGGTGGAGGTGGTGACTTGTAGACGTAAG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGG-GATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAG
* * * * *
4998 GTGGTGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGT
65 GTGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * * * * * * *
5030 GACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGATGGTGGAGGTGGTGATTTGTAGATATAAGG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAGG
* * * *
5095 AGGAGGAGGTGAGGGAGAAGGTGGAGGTGGA
66 TGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * * * * **** ** * * * * * *
5126 GA-TGGT---GAT--GGTGGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGGAGGAGGAG-GTGA-AGGAGAT
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGA-TGGGGATGGT--GGTGGGGGTGACTTATA-GACAT
* * * * *
5183 --GGTGGTGGTGGAGACTTGTATACGTATGGGGGAGGTGGT
62 AAGGTGGAGGTGGTGA--TG--GA-G-ATGGTGGAGGTGGA
** * * * * * * * * *
5222 GA---G-GGAGAT-----GGTGGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAGG
* * *
5278 TGGAGGTGG-GATGGTGATGGTGGTGGTGGT
66 TGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * * * *
5308 GACTTATAAACGTAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGTGGG-GACTTGTAAACATAGG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGG-GGGTGACTTATAGACATAAG
* *
5372 GAGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGGGGTGGA
65 GTGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* ** * * *
5404 GACTTGTATATGTAAGGGGGAGGAGGTGA-GGGAGAAGGTGGTGGTGGG-GACTTATAGACATAG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGG-GATGGTGGTGG-GGGTGACTTATAGACATAA
* *
5467 GGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGA
64 GGTGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * *
5500 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGG-GGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGG-GACTTATAGACATAGG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGG-GGGTGACTTATAGACATAAG
* *
5563 GAGGAGGTGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGA
65 GTGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * * * **
5595 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGGGGTGA-GGGAGATGGTGGAGGAGGAGACTTATAGATGTAAG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGG-GATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAG
* * *
5659 GTGGAGGTGGTGATGGGGATGGAGGAGGAGGA
65 GTGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* * * * * * * * * *
5691 GACTTGTAAATATATGGTGGAGGAGGTGAAGGAGACGGTGGTGGTGGTGACTTGTAAACGTAAGG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAGG
* * *
5756 GGGAGGAGGTGATGGTGATGGTGGAGGTGGA
66 TGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
* ** * * * * * * * * *
5787 GATTTGTAAATGTATGGGGGTGGAGTTGATGGAGAAGGAGG-GGGAGGAGACTTGTAGACATAAG
1 GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGG-GGTGACTTATAGACATAAG
* * * * *
5851 GAGGAGGGGGTGAGGGAGATGGCGGAGGAGGA
65 GTGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
5883 GA
1 GA
5885 GTTATAGATG
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 138, Indels: 74
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 14 0.02
87 1 0.00
90 33 0.04
91 8 0.01
92 16 0.02
93 28 0.04
94 2 0.00
95 155 0.20
96 515 0.66
97 4 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.04, G:0.50, T:0.21
Consensus pattern (96 bp):
GACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACATAAGG
TGGAGGTGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGA
Found at i:5025 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 4838--5905 Score: 767
Period size: 144 Copynumber: 7.5 Consensus size: 144
4828 AGGTGGCGGG
* * * *
4838 GACTTGTAAACGTAAGGTGGTGGAGGTGATGGG-GATGGTGGTGGGGGTGACTTATAGACGTAAG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGA-GGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAG
* * * * * *
4902 GTGGTGGAGGTGATGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGA
65 GAGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGA
* *
4967 GATGGTGGAGGTGGT
130 GAAGGTGGAGGTGGA
* * * *
4982 GACTTGTAGACGTAAGGTGGTGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
* * * * * *
5047 AGGAGGAGGTGAAGGAGATGGTGGAGGTGGTGATTTGTAGATATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGAG
66 AGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGAG
5112 AAGGTGGAGGTGGA
131 AAGGTGGAGGTGGA
* * * *** * ** ** * * *
5126 GA-TGGT-G--AT--GGTGGTGGTGGTGACTTATAAACGT-AAGG-AG-G----A-GGAGGTGAA
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGA-GATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGT-AA
* * * * * * * * *** *
5177 GGA-GATGGTGGTGGTGGAGACTTGTATACGTATGGGGGAG-GTGGT-GA-GGGA-GATGGTGGA
64 GGAGGA-GGAGGTGATGGAGA--TG-GT--GGA-GGTGGAGACTTGTAAACATAAGGA-GGAGGA
*
5237 GGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGA
121 GGTGATGGAGAAGGTGGAGGTGGA
* * * * * *
5261 GACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGG-GATGGTGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
* * * * *
5325 AGGAGGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAACATAGGGAGGAGGTGGTGATGGAG
66 AGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGAG
* *
5390 ATGGTGGGGGTGGA
131 AAGGTGGAGGTGGA
* ** * * * * *
5404 GACTTGTATATGTAAGGGGGAGGAGGTGAGGGAGAAGGTGGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
* *
5469 AGGAGGTGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGG-GGTGATGGAG
66 AGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGAG
* *
5533 AAGGTGGTGGTGGG
131 AAGGTGGAGGTGGA
* * * * * * * * *
5547 GACTTATAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
* * * * * ** * * *
5612 AGGAGGGGGTGAGGGAGATGGTGGAGGAGGAGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGATGGGG
66 AGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGAG
* * *
5677 ATGGAGGAGGAGGA
131 AAGGTGGAGGTGGA
* * * * * * *
5691 GACTTGTAAATATATGGTGGAGGAGGTGAAGGAGACGGTGGTGGTGGTGACTTGTAAACGTAAGG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
* * * ** * * * *
5756 GGGAGGAGGTGATGGTGATGGTGGAGGTGGAGATTTGTAAATGTATGGGGGTGGAGTTGATGGAG
66 AGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGAG
* * *
5821 AAGGAGGGGGAGGA
131 AAGGTGGAGGTGGA
* * * * * * * *
5835 GACTTGTAGACATAAGGAGGAGGGGGTGAGGGAGATGGCGGAGGAGGAGAGTTATAGATGTAAGG
1 GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
*
5900 TGGAGG
66 AGGAGG
5906 TGCCTTGTAG
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 171, Indels: 64
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
131 5 0.01
132 16 0.02
134 4 0.01
135 31 0.04
136 6 0.01
137 6 0.01
138 21 0.03
139 8 0.01
140 10 0.01
141 15 0.02
142 3 0.00
143 173 0.24
144 401 0.56
146 17 0.02
147 5 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.50, T:0.21
Consensus pattern (144 bp):
GACTTGTAGACATAAGGTGGAGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAGACGTAAGG
AGGAGGAGGTGATGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGAGGTGATGGAG
AAGGTGGAGGTGGA
Found at i:5079 original size:117 final size:114
Alignment explanation
Indices: 4995--5309 Score: 280
Period size: 117 Copynumber: 2.7 Consensus size: 114
4985 TTGTAGACGT
* * * *
4995 AAGGTGGTGGAGGTGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGAGGTGAA
1 AAGGTGGAGGAGGAGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAA
* *
5060 GGAGATGGTGGAGGTGGTGATTTGTAGATATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGAG
66 GGAGATGGTGGAGGTGGTGA--TGTAGAGAT-AGGAGGAGGAGGTGAGAGAG
* * * *
5112 AAGGTGGAGGTGGAGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGGAGGAGGAGGTGAA
1 AAGGTGGAGGAGGAGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAA
* * * * *
5177 GGAGATGGTGGTGGTGGAGACTTGTATACG-TATGGGGGAGGTGGTGAG-G-G
66 GGAGATGGTGGAGGTGGTGA--TGTAGA-GATA-GGAGGAGGAGGTGAGAGAG
* * * * * * * * * * *
5227 -AGATGGTGGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGG-GAT
1 AAGGTGGAGGAGGAGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAA
* *
5290 GGTGATGGTGGTGGTGGTGA
66 GGAGATGGTGGAGGTGGTGA
5310 CTTATAAACG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 30, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
113 20 0.12
114 48 0.29
115 1 0.01
116 2 0.01
117 95 0.57
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.51, T:0.22
Consensus pattern (114 bp):
AAGGTGGAGGAGGAGAGGGAGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAA
GGAGATGGTGGAGGTGGTGATGTAGAGATAGGAGGAGGAGGTGAGAGAG
Found at i:5193 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 5063--5196 Score: 187
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
5053 AGGTGAAGGA
* * * * *
5063 GATGGTGGAGGTGGTGATTTGTAGATATAAGGAGGAGGAGGTGAGGGAGAAGGTGGAGGTGGAGA
1 GATGGTGGAGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGAAGGTGGAGGTGGAGA
5128 TGGT
66 TGGT
* * * *
5132 GATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGATGGTGGTGGTGGAGA
1 GATGGTGGAGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGAAGGTGGAGGTGGAGA
5197 CTTGTATACG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 9, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
69 56 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.51, T:0.22
Consensus pattern (69 bp):
GATGGTGGAGGTGGTGACTTATAAACATAAGGAGGAGGAGGTGAAGGAGAAGGTGGAGGTGGAGA
TGGT
Found at i:5246 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5219--5258 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
5209 TGGGGGAGGT
*
5219 GGTGAGGGAGATGGTGGA
1 GGTGAGGGAGAAGGTGGA
* *
5237 GGTGATGGAGAAGGTGGT
1 GGTGAGGGAGAAGGTGGA
5255 GGTG
1 GGTG
5259 GAGACTTGTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.60, T:0.20
Consensus pattern (18 bp):
GGTGAGGGAGAAGGTGGA
Found at i:5253 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 5168--5305 Score: 188
Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 65
5158 GTAAGGAGGA
* * *
5168 GGAGGTGAAGGAGATGGTGGTGGTGGAGACTTGTATACGTATGGG-GGAGGTGGTGAGGGAGATG
1 GGAGGTGAAGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATA-GGGTGGAGGTGG-GAGGGAGATG
5232 GT
64 GT
* * *
5234 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGGGATGGTGATGGT
1 GGAGGTGAAGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGGGAGGGAGATGGT
*
5299 GGTGGTG
1 GGAGGTG
5306 GTGACTTATA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 3
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
65 19 0.30
66 45 0.70
ACGTcount: A:0.21, C:0.03, G:0.53, T:0.23
Consensus pattern (65 bp):
GGAGGTGAAGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGGGAGGGAGATGGT
Found at i:5262 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5168--5264 Score: 92
Period size: 33 Copynumber: 2.9 Consensus size: 34
5158 GTAAGGAGGA
* * *
5168 GGAGGTGAAGGAGATGGTGGTGGTGGAGACTTGT
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTGGT
** * * *
5202 ATACGT-ATGGGGGAGGTGGTGAG-GGAGA-TGGT
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTG-GTGGAGACTGGT
5234 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACT
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACT
5265 TGTAAACATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 13, Indels: 8
0.69 0.19 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.15
33 34 0.74
34 5 0.11
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.54, T:0.22
Consensus pattern (34 bp):
GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTGGT
Found at i:5896 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 5234--5905 Score: 722
Period size: 96 Copynumber: 7.0 Consensus size: 96
5224 GGGAGATGGT
* * * *
5234 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGAGGTGG-GATGGTGATGG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
* * * *
5298 TGGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGGAGGA
66 TGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
* * * * *
5329 GGAGGTGATGGGGATGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAACATAGGGAGGAGGTGGTGATGGAGATGG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
* * *
5394 TGGGGGTGGAGACTTGTATATGTAAGGGGGA
66 TGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
* * *
5425 GGAGGTGAGGGAGAAGGTGGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
**
5490 TGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
66 TGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
* *
5521 GG-GGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
**
5585 TGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
66 TGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
* * * * * * ** * *
5616 GGGGGTGAGGGAGATGGTGGAGGAGGAGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGATGGG-GATG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGA-GGGAGATG
* * * * *
5680 GAGGAGGAGGAGACTTGTAAATATATGGTGGA
65 GTGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
* * * * * * * *
5712 GGAGGTGAAGGAGACGGTGGTGGTGGTGACTTGTAAACGTAAGGG-GGAGGAGGTGATGGTGATG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACAT-AGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATG
* * * *
5776 GTGGAGGTGGAGATTTGTAAATGTATGGGGGT
65 GTGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
* * * * * *
5808 GGAGTTGATGGAGAAGGAGGGGGAGGAGACTTGTAGACATAAGGAGGAGGGGGTGAGGGAGATGG
1 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
* * * * * *
5873 CGGAGGAGGAGAGTTATAGATGTAAGGTGGA
66 TGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
5904 GG
1 GG
5906 TGCCTTGTAG
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 76, Indels: 11
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
95 148 0.30
96 341 0.69
97 6 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.03, G:0.50, T:0.20
Consensus pattern (96 bp):
GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATAGGGAGGAGGTGGTGAGGGAGATGG
TGGAGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGA
Found at i:5905 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 5234--5884 Score: 590
Period size: 48 Copynumber: 13.6 Consensus size: 48
5224 GGGAGATGGT
* * * * *
5234 GGAGGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAGGGTGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * * * *
5282 GGTGG-GATGGTGATGGTGGTGGTGGTGACTTATAAACGTAAGGAGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * *
5329 GGAGGTGATGGG-GATGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAACATAGGGAGGA
1 GGAGGTGA-GGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * ** *
5377 GGTGGTGATGGAGATGGTGGGGGTGGAGACTTGTATATGTAAGGGGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * * *
5425 GGAGGTGAGGGAGAAGGTGGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGGAGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
*
5473 GGTGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * * * *
5521 GG-GGTGATGGAGAAGGTGGTGGTGGGGACTTATAGACATAGGGAGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
*
5568 GGTGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * ** *
5616 GGGGGTGAGGGAGATGGTGGAGGAGGAGACTTATAGATGTAAGGTGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * * *
5664 GGTGGTGATGGG-GATGGAGGAGGAGGAGACTTGTAAATATATGGTGGA
1 GGAGGTGA-GGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * * *
5712 GGAGGTGAAGGAGACGGTGGTGGTGGTGACTTGTAAACGTAAGGGGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * ** * * *
5760 GGAGGTGATGGTGATGGTGGAGGTGGAGATTTGTAAATGTATGGGGGT
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * * * * * *
5808 GGAGTTGATGGAGAAGGAGGGGGAGGAGACTTGTAGACATAAGGAGGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
* * *
5856 GGGGGTGAGGGAGATGGCGGAGGAGGAGA
1 GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGA
5885 GTTATAGATG
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 107, Indels: 12
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 83 0.17
48 402 0.82
49 5 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.04, G:0.50, T:0.20
Consensus pattern (48 bp):
GGAGGTGAGGGAGATGGTGGAGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGA
Found at i:9265 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9237--9283 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
9227 TAAAAATGAG
9237 AGAAGAGG-AAAATGAAAAGA
1 AGAAGAGGCAAAA-GAAAAGA
*
9257 AGAATGAGGCTAAAGAAAAGA
1 AGAA-GAGGCAAAAGAAAAGA
9278 AGAAGA
1 AGAAGA
9284 ATTTAGCCTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.25
21 15 0.62
22 3 0.12
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.30, T:0.06
Consensus pattern (20 bp):
AGAAGAGGCAAAAGAAAAGA
Done.