Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018867.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18900, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4366
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Found at i:640 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 593--662 Score: 113
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
583 GAGATTTTGG
* *
593 AGAAATATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
*
629 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAA
663 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 31 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.09, G:0.10, T:0.21
Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
Found at i:1331 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1284--1353 Score: 113
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
1274 GAGATTTTGG
* *
1284 AGAAATATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
*
1320 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAA
1354 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 31 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.09, G:0.10, T:0.21
Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
Found at i:1797 original size:693 final size:692
Alignment explanation
Indices: 474--1862 Score: 2672
Period size: 693 Copynumber: 2.0 Consensus size: 692
464 TAGGAACCAA
*
474 TTTTGTACACCTATTTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
1 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
*
539 ATGGAAATTTGACTTACAGTTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAAATATGAT
66 ATGGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAAATATGAT
604 AATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
131 AATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
669 TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTGAGAAA
196 TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTGAGAAA
734 AAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAATAAGGATTGGTAA
261 AAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAATAAGGATTGGTAA
799 ATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATTTGTAACACTTTA
326 ATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATTTGTAACACTTTA
*
864 TTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTATA
391 TTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGCAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTATA
* *
929 ATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAATATTGTACGTATCTTTA
456 ATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAATACTGCACGTATCTTTA
994 TAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCG
521 TAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCG
1059 GTAACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAGA
586 GTAACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAGA
*
1124 ATGTAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAG-T
651 ATGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
1165 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
1 TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
*
1230 ATGGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTTGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAAATATGAT
66 ATGGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAAATATGAT
1295 AATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
131 AATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
1360 TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATTAGGTTTTTCAGTAACTTTGAAGA
196 TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTA-TAGGTTTTTCAGTAACTTTG-AGA
1425 AAAAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAATAAGGATTGGT
259 AAAAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAATAAGGATTGGT
1490 AAATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATTTGTAACACTT
324 AAATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATTTGTAACACTT
1555 TATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGCAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTA
389 TATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGCAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTA
*
1620 TAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTACTGCACGTATCTT
454 TAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAATACTGCACGTATCTT
*
1685 TATAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAATACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTT
519 TATAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTT
1750 CGGTAACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAA
584 CGGTAACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAA
1815 GAATGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
649 GAATGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
1859 TTTT
1 TTTT
1863 TAGTAGATTA
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 9, Indels: 3
0.98 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
691 232 0.34
692 20 0.03
693 429 0.63
694 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (692 bp):
TTTTGTACACCTAATTTTATACTTCCTTATGTTGCATTAAGTTTAGTTATAAGTTATAACCTTAT
ATGGAAATTTGACTTACAGGTCCGGGTATGTTTGGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAAATATGAT
AATCAAAATTACAAAAAATGTAATAAGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAAGGTTAT
TGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTAACTTTGAGAAA
AAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAATAAGGATTGGTAA
ATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATTTGTAACACTTTA
TTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGCAAGGTTCTTTCAATCTAGATAGTACTATA
ATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAATACTGCACGTATCTTTA
TAGTGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCG
GTAACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTAAGA
ATGTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCT
Found at i:1826 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 658--1937 Score: 1241
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 338
648 TCACAAAAGA
* * * * * *
658 TGTAAGGTTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATAGGTTTTTCAGTA
1 TGTAAGGTCATTAAATTAGTGGATAGTACAATACATCTTTTATGATCATTATAGCTTTTTCAGTA
*
723 ACTTTGA-GAAAAAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAAT
66 ACTTTGAGGAAAAAAATGGCAAATATTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAAT
*
787 AAGGATTGGTAAATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATT
131 AAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATT
852 TGTAACACTTTATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGTAAGGTTCTTTCAATCTA
196 TGTAACACTTTATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATG-AAGGTTCTTTCAATCTA
*
917 GATAGTACTATAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAATATTG
260 GATAGTACTATAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATC-ATACTG
*
982 TACGTATCTTTATAG
324 CACGTATCTTTATAG
* * * * *
997 TGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAAAACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCGGTA
1 TGTAAGGTCATTAAATTAGTGGATAGTACAATACATCTTTTATGATCATTATAGCTTTTTCAGTA
* * *
1062 ACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTA-TTAAGAAT
66 AC-TTTGAGGAAAAAAATGGCAAATATTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAA-AAA
* * * ** * *
1126 GTAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTAT-A-GTTTTT-GTACACCTAATTTTATACT
129 ATAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAA-GTAATA--
*** ** * * * * ** * *
1188 TCCTTATGTTGCA-TTAAGTTTA-GTTATAA-GTTA-TAACCTT-ATATGGA--AA-TTTGACTT
191 AAATT-TGTAACACTTTA-TTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGAAGGTT--CTT
* * ** * ** * ** * * *
1245 ACAGGTCCGGGTATGTTTTGTTGAATTGTGAGATTTTGGAGAA-ATATGATAA-TCAAAATTACA
252 TCA-ATCTAGATA-GTACT-AT-AA---T--G-TTTTCCATAACCT-T-TTAAGT---AATT---
** * ** *** *
1308 AAAAATGTA-ATAAGAAATATGATAAC--CA-AAATCACAAAAG
299 -AATCT-TAGATAAGAAA-ATCAT-ACTGCACGTATCTTTATAG
* * * * * *
1348 ATGTAAGGTTATTGAATTAGTGGATAGTACTATACCTCTTTTGTGATCATTATTAGGTTTTTCAG
1 -TGTAAGGTCATTAAATTAGTGGATAGTACAATACATCTTTTATGATCATTA-TAGCTTTTTCAG
* *
1413 TAACTTTGAAGAAAAAAATGGCAAATATTCACCGTTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAA
64 TAACTTTGAGGAAAAAAATGGCAAATATTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAA
*
1478 ATAAGGATTGGTAAATACAATTTTAATAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAA
129 ATAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAA
1543 TTTGTAACACTTTATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGCAAGGTTCTTTCAATC
194 TTTGTAACACTTTATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATG-AAGGTTCTTTCAATC
1608 TAGATAGTACTATAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCAGTAC
258 TAGATAGTACTATAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCA-TAC
1673 TGCACGTATCTTTATAG
322 TGCACGTATCTTTATAG
* * * *
1690 TGTAAGGTCATTAAATTAGTTGATAGTACAATACATTTTTTATGATTATTATAGCTTTTTCGGTA
1 TGTAAGGTCATTAAATTAGTGGATAGTACAATACATCTTTTATGATCATTATAGCTTTTTCAGTA
* * *
1755 ACTTTTGAGGAAAAAAATGGTAAATCTTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTA-TTAAGAAT
66 AC-TTTGAGGAAAAAAATGGCAAATATTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAA-AAA
* * * * * *
1819 GTAAGGATTGATAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAGCTTTTTTAGTAGATTACTCAAGTAATT
129 ATAAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATT--T-AAGTAATA
* ** * *
1884 AAATTGGTAACGTTTATTATTGATCATAAAAAGTTACTAAAATTAATAAGGATG
191 AAATTTGTAAC-ACT-TTATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATG
1938 TAAGATGACT
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 146, Indels: 115
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.00
335 2 0.00
336 5 0.01
337 5 0.01
338 16 0.02
339 78 0.11
340 46 0.06
341 233 0.32
342 14 0.02
343 2 0.00
344 21 0.03
345 3 0.00
346 48 0.07
347 12 0.02
348 2 0.00
349 4 0.01
350 1 0.00
351 14 0.02
352 138 0.19
353 38 0.05
354 20 0.03
355 16 0.02
356 5 0.01
357 5 0.01
358 2 0.00
359 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TGTAAGGTCATTAAATTAGTGGATAGTACAATACATCTTTTATGATCATTATAGCTTTTTCAGTA
ACTTTGAGGAAAAAAATGGCAAATATTCACCATTGATGAAAGTTTACTAATGTTATTTAAAAAAT
AAGGATTGGTAAATACAATTTTAAAAACTTTTATAACATTTTTAGTAAATTTAAGTAATAAAATT
TGTAACACTTTATTGATGATAAAAGGTTACTAAAATTAATAAGGATGAAGGTTCTTTCAATCTAG
ATAGTACTATAATGTTTTCCATAACCTTTTAAGTAATTAATCTTAGATAAGAAAATCATACTGCA
CGTATCTTTATAG
Done.