Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01018911.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18944, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 908
Length: 1514
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.10, T:0.38
Found at i:468 original size:206 final size:202
Alignment explanation
Indices: 77--489 Score: 711
Period size: 206 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
67 GCTTAATAAC
77 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAAATTACCAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAAATTACCAACAAAGTTGTAGTGAATAA
*
142 GATACAACACATTATTATTATATATAAAATTATACTAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTT
66 GATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACTAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTT
207 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGAT
131 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATT-AAGAT
272 CCGATTTA
195 CCGATTTA
* *
280 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAAATTACCAACAAAGTTGTAGTGAATAA
* * *
345 GATACAACACATTACTATTATATATATATAGAACTATAC-CAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGT
66 GATACAACACA-T--TATTAT-TATATATAAAACTATACTAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGT
409 GGTTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAA
127 GGTTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAA
*
474 TATCCGATTTA
192 GATCCGATTTA
485 TTTAT
1 TTTAT
490 TATTAAGGAA
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 7, Indels: 6
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
203 74 0.37
204 1 0.01
205 17 0.09
206 92 0.46
207 15 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (202 bp):
TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAAATTACCAACAAAGTTGTAGTGAATAA
GATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACTAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTT
GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAGATC
CGATTTA
Found at i:596 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 562--608 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
552 ACGTTTGCAC
562 AAATACCTAAGAATTTGAATTAAAA
1 AAATACCTAAGAATTT-AATTAAAA
587 AAATACCTAAGAATTTAATTAA
1 AAATACCTAAGAATTTAATTAA
609 TGTAAGTATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.27
25 16 0.73
ACGTcount: A:0.55, C:0.09, G:0.06, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
AAATACCTAAGAATTTAATTAAAA
Done.