Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019070.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19103, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9284
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:973 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 9--1468 Score: 1392
Period size: 331 Copynumber: 4.4 Consensus size: 330
1 ATTCAACG
* * *
9 CCAAAAAGATCGAA-GAGCTTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAAT
1 CCAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTT-CGAATTAAT
* * * *
72 TTCTAATTAAATCAAAACATGATTCAGATGCTTGT--------A-----AAAT-CAA--TAGCTG
64 TTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTG
* * * *
121 TGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAGAACTGAA
129 AGATTT-GATAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA
* * * * *
186 CCGGGCCCCGGAATGCGTTTTTATCCAAAAATTGTGATGATTAT-TATACGATTTTCGGCTAAAA
193 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTATATACACGA-TTTCGGCTAAAA
* * * * * * *
250 TTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATCTT-TTCAAATTTTAG-ACAATACTCATAAAAAATATA
257 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGATATCTTCCTCAATTTTTGGTAAAATAATCAT-AAAAATATA
313 TAATTCT-ACA
321 TAATT-TAACA
* **
323 CCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATC-CATTTTCATATTTTTTCAGAATTAATT
1 CCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTTC-GAATTAATT
* * * * *
387 TTTATTTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAA
65 TTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGA
* * * * *
452 GATTTTATTAGATGAATATAAATTTTTTTAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA
130 GATTTGA-TAGATGAATATAGA-TATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA
* * * *
517 CTGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTATAGTACACGATTTTGGGTAA
193 C-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAATTGTGATGGTTATA-TACACGATTTCGGCTAA
* * * *
582 AATTTTGAAAAAAAATGACCCGAAAAAT-TTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATA
255 AATTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAGATATCTTCCTCAATTTTTGG-TAAAATAATCATAAAA-A
646 TATATAATTTAACA
317 TATATAATTTAACA
* *
660 CCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTT-GAATTAATTT
1 CCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTTCGAATTAATTT
* * * *
724 TTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTATATCCTATGTAGTTGAG
66 TTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAG
* * * * *
788 ATTTGACTAAATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGAC
131 ATTTGA-TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-AC
* *
853 GGGGCCCCGTAACGCTTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTAT-TACACGATTTCGGCTAAAATT
194 GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTATATACACGATTTCGGCTAAAATT
* *
917 TTGTAAAAAATGGGCCCGAAAGATAT-TTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAATCATAAAAATATAT
259 TTG-AAAAAATTGACCCGAAAGATATCTTCCTCAATTTTTGG-TAAAATAATCATAAAAATATAT
*
981 -ATTTCAACG
322 AATTT-AACA
* *
990 GCAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTGACG-TTTCTAATATCG-TTTTTC-TATTTTTTCGGAATTAA
1 CCAAAAAGATTGAA-GGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTTCATATTTTTTC-GAATTAA
* * * * *
1051 TTTATAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCTATGTGGTT
63 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCT
* * ** *
1116 GAGATTTGATGAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGTAAAAAATCATGCAAAATTGA
128 GAGATTTGAT-AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* ** * * * * * * **
1181 GGCGGGTACCCGGAATGCATTTTTAACCAAAAACTGTTATTGTTAGTAAGTACATTATTTCGGCT
192 -ACGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTA-T-A-TACACGATTTCGGCT
* * * * *
1246 AAATTTTTGCAAAAATTGACACGAAAGAT-TCCTCCTAAATTTTTGGTTAAAA-AACTCATAAAA
253 AAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGATATCTTCCTCAATTTTTGG-TAAAATAA-TCATAAAA
* *
1309 ATATATAATTCAACGT
316 ATATATAATTTAAC-A
* * * * * *** * *
1325 CAAAAAATATTGGGAGGGCCTTTCACGCTTTTAATATC-ACATTTCTTATTTTTTCTAAATTAAT
1 CCAAAAAGATT-GAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTTC-GAATTAAT
* * * ** *
1389 TTCTAATTAAATCTAAACAAGA-TCAGATGCTCGTAAAAATAAATTTTTAAATGCAATGTAGCTG
64 TTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTG
*
1453 AGATTTGGTTAGATGA
129 AGATTT-GATAGATGA
1469 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 139, Indels: 88
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
313 1 0.00
314 84 0.09
315 1 0.00
322 1 0.00
327 4 0.00
328 11 0.01
329 13 0.01
330 103 0.11
331 218 0.23
332 23 0.02
333 36 0.04
334 127 0.13
335 102 0.11
336 116 0.12
337 98 0.10
338 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
CCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTTCGAATTAATTT
TTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAG
ATTTGATAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACGG
GGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTATATACACGATTTCGGCTAAAATTTT
GAAAAAATTGACCCGAAAGATATCTTCCTCAATTTTTGGTAAAATAATCATAAAAATATATAATT
TAACA
Found at i:1418 original size:666 final size:666
Alignment explanation
Indices: 136--1459 Score: 1616
Period size: 666 Copynumber: 2.0 Consensus size: 666
126 TGGTTAGATA
* * *
136 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAGAACTGAACCGGGCCCCGGAATG
1 AATATAGATATCTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGCCCCGGAACG
* * * *
201 CGTTTTTATCCAAAAATTGTGATGATTATTATACGATTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
66 CGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGATTATTACACGATTTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATGGAC
* * * *
266 CCAAAAGATATCTTTTCAAATTTTAGACAATACTCATAAAAAATATATAATTCTACACCAAAAAG
131 CCAAAAGATATCTTCTCAAATTTTAGAAAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAG
* * *
331 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCCATTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTTTATTTAA
196 ATTGAAGGGATTTTCACGCTTTTAATATCCATTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTATAATTAA
* * * *
396 ATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATT
261 ATCAAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATG
* * * *
461 AGATGAATATAAATTTTTTTAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACTGGGGCCC
326 AGATGAATATAAATTATTTCAAGGAGTCTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACTGGGGACC
* * * *
526 CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTATAGTACACGATTTTGGGTAAAATTTTGAA
391 CGAAACGCATTTTTAACCAAAAAATCGTGATGGTTATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAA
* ** * * *
591 AAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTT
456 AAAAAATGACACGAAAAATTCCTCCTAAATTTTTGGATAAAAAACTCATAAAATATATATAATTC
* * * * *
656 AACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTTCATATTTTTTGAATTAA
521 AACACAAAAAAGATTGGAGGACCTTTCACACTTTTAATATCATTTCTTCATATTTTTTAAATTAA
* * * *
721 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTATATCCTATGTAGTT
586 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCAATGTAGCT
785 GAGATTTGACTAAATG
651 GAGATTTGACTAAATG
* * * * *
801 AATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGACGGGGCCCCGTAAC
1 AATATAGATATCTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-ACCGGGCCCCGGAAC
* *
866 GCTTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTATTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGG
65 GCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGATTATTACACGATTTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAAATGG
* * * * * **
930 GCCCGAAAGATAT-TTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAATCAT-AAAAATATATATTTCAACGGCA
129 ACCCAAAAGATATCTT-CTCAAATTTTAG--AAAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACACCA
* ** *
993 AAAAGATTGAAGGGATTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTTC-TATTTTTTCGGAATTAATTTAT
191 AAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTT-TAATATCCATTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTAT
* * * *
1056 AATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCTATGTGGTTGAGAT
255 AATTAAATCAAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGAT
* * * * *
1121 TTGATGAGATGAATATAGA-TATTTCAAGTAGTCTCGGA-GTAAAAAATCATGCAAAATTGAGGC
320 TTGATGAGATGAATATAAATTATTTCAAGGAGTCTC-GACGCAAAAAATCATGCAAAACTGA-AC
* * * * * * **
1184 -GGGTACCCGGAATGCATTTTTAACCAAAAACT-GTTATTGTTAGTAAGTACATTATTTCGGCTA
383 TGGGGACCCGAAACGCATTTTTAACCAAAAAATCGTGATGGTTA-T-AGTACACGATTTCGGCTA
* * * * *
1247 AATTTTTG-CAAAAATTGACACGAAAGATTCCTCCTAAATTTTTGGTTAAAAAACTCATAAAA-A
446 AAATTTTGAAAAAAAATGACACGAAAAATTCCTCCTAAATTTTTGGATAAAAAACTCATAAAATA
* * * *
1310 TATATAATTCAACGTCAAAAAATATTGGGAGGGCCTTTCACGCTTTTAATATCACATTTCTT-AT
511 TATATAATTCAAC-ACAAAAAAGATT-GGAGGACCTTTCACACTTTTAATAT--CATTTCTTCAT
* *
1374 -TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCTAAACAAGA-TCAGATGCTCGTAAAAATAAATTTTT
572 ATTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATTCTT
*
1437 AAATGCAATGTAGCTGAGATTTG
636 AAATCCAATGTAGCTGAGATTTG
1460 GTTAGATGAT
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 88, Indels: 30
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
664 21 0.04
665 175 0.32
666 237 0.43
667 107 0.19
668 15 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (666 bp):
AATATAGATATCTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGCCCCGGAACG
CGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGATTATTACACGATTTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATGGAC
CCAAAAGATATCTTCTCAAATTTTAGAAAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAG
ATTGAAGGGATTTTCACGCTTTTAATATCCATTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTATAATTAA
ATCAAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATG
AGATGAATATAAATTATTTCAAGGAGTCTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACTGGGGACC
CGAAACGCATTTTTAACCAAAAAATCGTGATGGTTATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAA
AAAAAATGACACGAAAAATTCCTCCTAAATTTTTGGATAAAAAACTCATAAAATATATATAATTC
AACACAAAAAAGATTGGAGGACCTTTCACACTTTTAATATCATTTCTTCATATTTTTTAAATTAA
TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCAATGTAGCT
GAGATTTGACTAAATG
Found at i:1849 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1825--1854 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1815 ATAAATAATA
1825 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
1840 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
1855 AATAAATATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:5611 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 5507--5645 Score: 251
Period size: 75 Copynumber: 1.9 Consensus size: 75
5497 AAGAAAGGAC
*
5507 AGACTTTGGGCCTTTGCAAGCATGTCTGAGGTGATGACACCACTCAAGTTGTTTGATGAAAGATA
1 AGACTTTGGGCCTTTGCAAGCATGTCTGAGGTGATGACACCACTAAAGTTGTTTGATGAAAGATA
5572 AAGCGTTTGA
66 AAGCGTTTGA
* *
5582 AGACTTTTGGCCTTTGCAAGCATGTCTGAGTTGATGACACCACTAAAGTTGTTTGATGAAAGAT
1 AGACTTTGGGCCTTTGCAAGCATGTCTGAGGTGATGACACCACTAAAGTTGTTTGATGAAAGAT
5646 TAAGATAGGT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 61 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (75 bp):
AGACTTTGGGCCTTTGCAAGCATGTCTGAGGTGATGACACCACTAAAGTTGTTTGATGAAAGATA
AAGCGTTTGA
Done.