Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019099.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19132, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7590
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Found at i:1292 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1274--1303 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1264 ATAAATAATA
1274 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
1289 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
1304 AATAATTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:1828 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1807--1856 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
1797 ATGTTCTATC
1807 TTAAAATAGAATAACT
1 TTAAAATA-AATAACT
*
1823 TTAAAATAAATTATAAT
1 TTAAAATAAA-TA-ACT
1840 TTAAAATATAATAACT
1 TTAAAATA-AATAACT
1856 T
1 T
1857 AGAACTTAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 6
0.78 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.07
16 13 0.45
17 12 0.41
18 2 0.07
ACGTcount: A:0.56, C:0.04, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (15 bp):
TTAAAATAAATAACT
Found at i:2050 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 1875--2378 Score: 716
Period size: 143 Copynumber: 3.6 Consensus size: 142
1865 ATAACCTTCT
1875 GTTGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCGTTTAATAAAATGTAACTTAAAATATAATAACT
1 GTTGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCGTTTAATAAAATGTAACTT-AAATATAATAACT
* * *
1940 GTATAACTTACTGATATAGTAACTTAATAATCTTCCGTTGTGTGTGTGGGGAGCTTCACTGCCGA
65 GTATAACTTACTAATATAATAACTTAATAATCTTCTGTTGTGTGTGTGGGGAGCTTCACTGCCGA
2005 GAGTCGTGTCTGC
130 GAGTCGTGTCTGC
* * *
2018 GTTGTGTGTGGGGAGCATCACTACCGAGAGCCGTTTAA-AAAATTTTAACTT-AATATAATAAAT
1 GTTGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCGTTTAATAAAA-TGTAACTTAAATATAATAACT
* * *
2081 GTATAACTTACTAATACAATAACTTAATAA-CATTCTGTTGTGTGTGTTGGGAGCATCACTGCC-
65 GTATAACTTACTAATATAATAACTTAATAATC-TTCTGTTGTGTGTGTGGGGAGCTTCACTGCCG
*
2144 A-AG-AGTGTCTGC
129 AGAGTCGTGTCTGC
* * *
2156 GTTGTGTGTGGGGAGCATTACTGCCGACAGCCGTTTAATAAAATGTAACTTAAAATATAATAAGT
1 GTTGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCGTTTAATAAAATGTAACTT-AAATATAATAACT
* *
2221 GTATAACTTACAAATATAATAACTTAATAATCTTCTGTTGTGTGTGTGGGGAGCTTCACTGTCGA
65 GTATAACTTACTAATATAATAACTTAATAATCTTCTGTTGTGTGTGTGGGGAGCTTCACTGCCGA
2286 GAGTCGTGTCTGC
130 GAGTCGTGTCTGC
* * * *
2299 GTTGTGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCATTTTATAAATTATAACTTAAA-ATAATAAC
1 G-T-TGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCGTTTAATAAAATGTAACTTAAATATAATAAC
* *
2363 TTTATAACTTAATAAT
64 TGTATAACTTACTAAT
2379 CTTCCATGTC
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 31, Indels: 22
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
138 50 0.16
139 6 0.02
140 69 0.22
141 68 0.21
142 6 0.02
143 73 0.23
144 4 0.01
145 43 0.13
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (142 bp):
GTTGTGTGTGGGGAGCATCACTGCCGAGAGCCGTTTAATAAAATGTAACTTAAATATAATAACTG
TATAACTTACTAATATAATAACTTAATAATCTTCTGTTGTGTGTGTGGGGAGCTTCACTGCCGAG
AGTCGTGTCTGC
Found at i:5346 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5310--5396 Score: 138
Period size: 26 Copynumber: 3.3 Consensus size: 26
5300 AAAAAAATAT
* * *
5310 ATATACAACTATGTAAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
*
5336 ATATGCAACTATATGAGCCCTAATGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
5362 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
5388 ATATGCAAC
1 ATATGCAAC
5397 CCTAATGAAT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 56 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
Found at i:5372 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 5310--6287 Score: 1105
Period size: 52 Copynumber: 19.8 Consensus size: 52
5300 AAAAAAATAT
* * * *
5310 ATATACAACTATGTAAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTAATGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
*
5362 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATG---C---A--A-CCCTAATGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* * *
5405 ATATGCAACTATATGAGCCCTAATTAATATGCAACTATATGAGCTCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
** ** *
5457 ATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTAA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* * * *
5509 ACATGCAACTATATGAACACTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
*
5561 ATATGCAACTATATGA-----AC----CATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* **
5604 ACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* *
5656 ATATGCAACTATATGA---ATA-TGCAACTAT---A-TGATATGAGCCCTACTAA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTG-AA-TATGCAACT-ATATGAGCCCTACTGA
5703 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
5755 ATATG---C-A-AT----CCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
**
5798 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTA-TGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
5849 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* * *
5901 ATATGCAACTATATG-TCCCATACTGAATATGCAACTATATGTGCCCTATTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
*
5953 ATATGAAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* * *
6004 ATATG---C---A--A-CCCTAATGAATATGCAACTATATGAGCCCTAATTA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* **
6047 ATATGCAACTATATGAGCTCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
** * * *
6099 ATATGCAACTATATGTCCCCTACTAAACATGCAACTATATGAACCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* *
6151 ACATGCAACTATATGAGCCCTACTAAATATGCAACTATATGAG--C--C---
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
* *
6196 --ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTAA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
** *
6246 ATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAATATGCAACTACATGA
1 ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
6288 TGCAGATGAC
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 73, Indels: 120
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 25 0.03
43 168 0.21
44 1 0.00
45 2 0.00
46 5 0.01
47 36 0.05
48 9 0.01
49 11 0.01
50 8 0.01
51 68 0.09
52 456 0.58
53 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (52 bp):
ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA
Found at i:5405 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5379--5413 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
5369 ACTATATGAG
*
5379 CCCTACTGAATATGCAA
1 CCCTAATGAATATGCAA
5396 CCCTAATGAATATGCAA
1 CCCTAATGAATATGCAA
5413 C
1 C
5414 TATATGAGCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.29, G:0.11, T:0.23
Consensus pattern (17 bp):
CCCTAATGAATATGCAA
Found at i:5433 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5396--5576 Score: 245
Period size: 26 Copynumber: 7.0 Consensus size: 26
5386 GAATATGCAA
*
5396 CCCTAATGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
5422 CCCTAATTAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* **
5448 CTCTACTGAATATGCAACTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
**
5474 CCCTACTGAATATGCAACTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
5500 CCCTACTAAACATGCAACTATATGAA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
5526 CACTACTGAACATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
5552 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA
5577 ACCATGCAAC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 16, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 139 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
Found at i:5614 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5580--5671 Score: 157
Period size: 26 Copynumber: 3.5 Consensus size: 26
5570 TATATGAACC
*
5580 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAC
1 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAT
5606 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAT
1 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAT
**
5632 ATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
1 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAT
5658 ATGCAACTATATGA
1 ATGCAACTATATGA
5672 ATATGCAACT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 62 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAT
Found at i:5672 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5653--5718 Score: 73
Period size: 16 Copynumber: 4.2 Consensus size: 16
5643 TGTCCCCTAC
5653 TGAATATGCAACTATA
1 TGAATATGCAACTATA
5669 TGAATATGCAACTATA
1 TGAATATGCAACTATA
* **
5685 TG-ATATG-AGCCCTA
1 TGAATATGCAACTATA
*
5699 CTAAATATGCAACTATA
1 -TGAATATGCAACTATA
5716 TGA
1 TGA
5719 GCCCTACTGA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 8, Indels: 6
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.10
15 6 0.15
16 25 0.64
17 4 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (16 bp):
TGAATATGCAACTATA
Found at i:5723 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5687--5762 Score: 143
Period size: 26 Copynumber: 2.9 Consensus size: 26
5677 CAACTATATG
*
5687 ATATGAGCCCTACTAAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
5713 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
5739 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAA
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAA
5763 TCCTACTGAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 49 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.22, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
Found at i:5769 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5747--5779 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
5737 CTATATGAGC
5747 CCTACTGAATATGCAAT
1 CCTACTGAATATGCAAT
5764 CCTACTGAATATGCAA
1 CCTACTGAATATGCAA
5780 CTATATGAGC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.12, T:0.27
Consensus pattern (17 bp):
CCTACTGAATATGCAAT
Found at i:6020 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5764--6012 Score: 414
Period size: 26 Copynumber: 9.7 Consensus size: 26
5754 AATATGCAAT
5764 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
5790 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
**
5816 CCTACTGAATATGCAACTATATGTCC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
5842 CCTA-TGAATATGCAACTATATGAGC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
5867 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
*
5893 CCTACTGAATATGCAACTATATG-TC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
*
5918 CCATACTGAATATGCAACTATATGTGC
1 CC-TACTGAATATGCAACTATATGAGC
* *
5945 CCTATTGAATATGAAACTATATGAGC
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
5971 CCTACTGAATATGCAACTATATGAG-
1 CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
5996 CCTACTGAATATGCAAC
1 CCTACTGAATATGCAAC
6013 CCTAATGAAT
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 11, Indels: 7
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 43 0.21
26 163 0.78
27 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (26 bp):
CCTACTGAATATGCAACTATATGAGC
Found at i:6021 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5996--6029 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
5986 ACTATATGAG
*
5996 CCTACTGAATATGCAAC
1 CCTAATGAATATGCAAC
6013 CCTAATGAATATGCAAC
1 CCTAATGAATATGCAAC
6030 TATATGAGCC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.26, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (17 bp):
CCTAATGAATATGCAAC
Found at i:6022 original size:68 final size:69
Alignment explanation
Indices: 5944--6081 Score: 233
Period size: 68 Copynumber: 2.0 Consensus size: 69
5934 ACTATATGTG
* *
5944 CCCTATTGAATATGAAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGC-CTACTGAATAT
1 CCCTAATGAATATGAAACTATATGAGCCCTAATGAATATGCAACTATATGAGCTCTACTGAATAT
6008 GCAA
66 GCAA
* *
6012 CCCTAATGAATATGCAACTATATGAGCCCTAATTAATATGCAACTATATGAGCTCTACTGAATAT
1 CCCTAATGAATATGAAACTATATGAGCCCTAATGAATATGCAACTATATGAGCTCTACTGAATAT
6077 GCAA
66 GCAA
6081 C
1 C
6082 TATATGTCCC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
68 49 0.75
69 16 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (69 bp):
CCCTAATGAATATGAAACTATATGAGCCCTAATGAATATGCAACTATATGAGCTCTACTGAATAT
GCAA
Found at i:6023 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5580--6282 Score: 969
Period size: 172 Copynumber: 4.1 Consensus size: 172
5570 TATATGAACC
*
5580 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 ATGCAACTATATGTGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
** *
5645 TCCCCTACTGAATATGCAACTATATGAATATGCAACTATATGATATGAGCCCTACTAAATATGCA
66 AGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAATATGCAAC----T-ATATGAGCCCTACTGAATATGCA
**
5710 ACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAAT
126 ACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
*
5757 ATG---C-A-A--T--CCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 ATGCAACTATATGTGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
5813 AGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTATGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
66 AGCCCTACTGAATATGCAAC--TA-------TATGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
*
5878 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCATACTGAAT
122 TGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
* * *
5929 ATGCAACTATATGTGCCCTATTGAATATGAAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
1 ATGCAACTATATGTGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* *
5994 AG-CCTACTGAATATGCAACCCTA-ATGAATATGCAACTATATGAGCCCTAATTAATATGCAACT
66 AGCCCTACTGAATATGCAA--CTATATGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
6057 ATATGAGCTCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
129 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
* * * *
6101 ATGCAACTATATGTCCCCTACTAAACATGCAACTATATGAACCCTACTGAACATGCAACTATATG
1 ATGCAACTATATGTGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
* ** *
6166 AGCCCTACTAAATATGCAACTATATGAGCCATGCAACTATATGAGCCCTACTGAACATGCAACTA
66 AGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTA
*
6231 TATGAGCCCTACTAAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
130 TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
6274 ATGCAACTA
1 ATGCAACTA
6283 CATGATGCAG
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 29, Indels: 50
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 66 0.14
170 2 0.00
171 3 0.01
172 214 0.45
173 99 0.21
174 1 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
177 18 0.04
179 1 0.00
180 18 0.04
181 49 0.10
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (172 bp):
ATGCAACTATATGTGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG
AGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTAT
ATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAAT
Found at i:6041 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 6012--6195 Score: 251
Period size: 26 Copynumber: 7.1 Consensus size: 26
6002 GAATATGCAA
*
6012 CCCTAATGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6038 CCCTAATTAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* **
6064 CTCTACTGAATATGCAACTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
**
6090 CCCTACTGAATATGCAACTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
6116 CCCTACTAAACATGCAACTATATGAA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
6142 CCCTACTGAACATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
6168 CCCTACTAAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
6194 CC
1 CC
6196 ATGCAACTAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 15, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 143 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
Found at i:6200 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 6152--6238 Score: 156
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
6142 CCCTACTGAA
*
6152 CATGCAACTATATGAGCCCTACTAAATATGCAACTATATGAGC
1 CATGCAACTATATGAGCCCTACTAAACATGCAACTATATGAGC
*
6195 CATGCAACTATATGAGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGC
1 CATGCAACTATATGAGCCCTACTAAACATGCAACTATATGAGC
6238 C
1 C
6239 CTACTAAATA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 42 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.25, G:0.15, T:0.24
Consensus pattern (43 bp):
CATGCAACTATATGAGCCCTACTAAACATGCAACTATATGAGC
Found at i:6201 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6179--6212 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
6169 CCTACTAAAT
6179 ATGCAACTATATGAGCC
1 ATGCAACTATATGAGCC
6196 ATGCAACTATATGAGCC
1 ATGCAACTATATGAGCC
6213 CTACTGAACA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.24, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (17 bp):
ATGCAACTATATGAGCC
Found at i:6225 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 6195--6287 Score: 132
Period size: 26 Copynumber: 3.6 Consensus size: 26
6185 CTATATGAGC
6195 CATGCAACTATATGAGCCCTACTGAA
1 CATGCAACTATATGAGCCCTACTGAA
*
6221 CATGCAACTATATGAGCCCTACTAAA
1 CATGCAACTATATGAGCCCTACTGAA
* **
6247 TATGCAACTATATGTCCCCTACTGAA
1 CATGCAACTATATGAGCCCTACTGAA
* *
6273 TATGCAACTACATGA
1 CATGCAACTATATGA
6288 TGCAGATGAC
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 60 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.26, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
CATGCAACTATATGAGCCCTACTGAA
Found at i:6281 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 6101--6287 Score: 284
Period size: 95 Copynumber: 2.0 Consensus size: 95
6091 CCTACTGAAT
* *
6101 ATGCAACTATATGTCCCCTACTAAACATGCAACTATATGAACCCTACTGAACATGCAACTATATG
1 ATGCAACTATATGACCCCTACTAAACATGCAACTATATGAACCCTACTAAACATGCAACTATATG
* *
6166 AGCCCTACTAAATATGCAACTATATGAGCC
66 ACCCCTACTAAATATGCAACTACATGAGCC
* * * *
6196 ATGCAACTATATGAGCCCTACTGAACATGCAACTATATGAGCCCTACTAAATATGCAACTATATG
1 ATGCAACTATATGACCCCTACTAAACATGCAACTATATGAACCCTACTAAACATGCAACTATATG
* *
6261 TCCCCTACTGAATATGCAACTACATGA
66 ACCCCTACTAAATATGCAACTACATGA
6288 TGCAGATGAC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 10, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
95 82 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.26, G:0.12, T:0.26
Consensus pattern (95 bp):
ATGCAACTATATGACCCCTACTAAACATGCAACTATATGAACCCTACTAAACATGCAACTATATG
ACCCCTACTAAATATGCAACTACATGAGCC
Found at i:6398 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 6360--6480 Score: 233
Period size: 33 Copynumber: 3.7 Consensus size: 33
6350 GCATATGGCC
6360 GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
1 GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
6393 GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
1 GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
6426 GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
1 GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
*
6459 GAACTACGTGATGCATATGGCC
1 GAACTACGTGATTCATATGGCC
6481 ATACCGAATA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 87 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (33 bp):
GAACTACGTGATTCATATGGCCCTACTGTATAT
Done.