Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019129.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19162, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16317
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Found at i:1157 original size:206 final size:203
Alignment explanation
Indices: 794--1207 Score: 677
Period size: 206 Copynumber: 2.0 Consensus size: 203
784 GCTTAATAAC
*
794 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACCAACAAAGTTCTAGTGAATAAG
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACCAACAAAGTTCAAGTGAATAAG
*
859 ATACAACACATTATTATTATATATAAAAACTATACCAAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTT
66 ATACAACACATTACTATTATATATAAAAACTATACCAAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTT
924 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGAT
131 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGAT
989 CAGA-TTA
196 CAGATTTA
* * * *
996 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGGTTACTATCAAAGTTGAAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAA-TTTTTAAGTCTAAGATTACCAACAAAGTTCAAGTGAATAA
** * *
1061 GATACAATGCATTACTATTATATATACAGAACTATACCAAAAAAAAAAATTAGTTGAATATTAGT
65 GATACAACACATTACTATTATATATA-AAAACTATACC--AAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGT
1126 GGTTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAA
127 GGTTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAA
* *
1191 ATATCTGATTTA
192 AGATCAGATTTA
1203 TTTAT
1 TTTAT
1208 TATTAAGGAA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 12, Indels: 5
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
202 24 0.12
203 58 0.30
204 10 0.05
206 95 0.49
207 8 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (203 bp):
TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACCAACAAAGTTCAAGTGAATAAG
ATACAACACATTACTATTATATATAAAAACTATACCAAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTT
GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGAT
CAGATTTA
Found at i:1374 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1320--1400 Score: 137
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
1310 ATACCTAAGA
*
1320 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATA-GTATTAC
1 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
*
1359 ATTTAATTAATGTAAGTATTTTAGTTATTATATATATTAC
1 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
1399 AT
1 AT
1401 AGAAATTAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.79
40 8 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (40 bp):
ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
Found at i:2713 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 2118--4363 Score: 2267
Period size: 330 Copynumber: 6.9 Consensus size: 328
2108 CTGGCTTAAT
* ** * *
2118 TTTTGCATGATTTTTGACGTCGGGACTCCTT-GAAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTCATC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAG-AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGC
* * *
2182 CACATTGCATTTATGCATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTACGATTTAATTAGAAATTA
65 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTA
2247 ATTCAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAA
130 ATT--AAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAA
* * *
2312 ATTATATGAA-TTTGATCAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTA
193 ATTATAT-AATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTT-
* ***
2376 C-AAAATTTGAGCCAAAATCATGTACGTTATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGACTC
256 CTAAAATTTGAGCCAAAATCGTGTACACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGACTC
2440 CGACTCAG
321 CGACTCAG
* *
2448 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * * * *
2513 ACATTTCATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAAATAG-AATAAA
66 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * * *
2576 TTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGTTA
131 TTAA-AAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGG---CGTTA
* * * * * * * *
2641 AATCATATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCT-GGTCAATTTTT
192 AATTATATAATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTT-TGGGTCATTTTTT
* * * * * * * * *
2705 CTAAAATTTTAGCCGAAGTCGTGTAATAATCATCACGGTTCTTGGCTAAAAACGCGTTACGA-GG
256 CTAAAATTTGAGCCAAAATCGTGT-A-CACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-ATGA
**
2769 C-CCTGGGTCAG
318 CTCC-GACTCAG
* * * * * **
2780 TTTTGCATTATTTTTTGCG-CTAAGACTTCTT-GAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAG
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTTAGA-ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG
** * * *
2843 CTGCATTACATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAAACTGAATCTT-TTATCGATTTAATTAGAAAT
64 CCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATT-TCGATTTAATTAGAAAT
* * * ** * * **
2907 TAATTTAGAAATAATATGTAAAACGATA-TGAAAAG-TTTGAAAAGTCCTTTAATCTTTTTTGAA
128 TAA-TTA-AAAAAATATGAAAAACGATATTG-AAAGCGTT-AAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCG
* * * * *** *
2970 TTAAATTATAT-ATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGATG--AACATTTTTCTATTTATT
189 TTAAATTATATAAT-TTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTT-GGGTCATT
* * * * * * *
3032 TTTTGC-AGAATTTTAGCCGAAATTGTGTACAAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAAGCG-TTC
252 TTTT-CTAAAATTTGAGCCAAAATCGTGTAC--ACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
* * * *
3095 -TGGGGCCCCGGCTCAA
314 AT--GACTCCGACTCAG
* ** * *
3111 TTTTGCATGATTATTGGCGTCGGGATTTCTT-GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAG-AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGC
*
3175 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAAT-TTTTTTCGATTTAATTAGAAATTA
65 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTA
*
3239 ATTCAAAAAAGTATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAA
130 ATT-AAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAA
* * * * * * *
3304 TTATAAAAATTTGATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTAATAATTTGC-
194 TTATATAATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCAT-TTTTTCT
* * *
3368 AAAATTTGAGCCAAAATCATGTACTGACCATCACAGTTTATGGTTAAAAACGCGTTTCATGACTC
258 AAAATTTGAGCCAAAATCGTGTAC--ACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGACTC
3433 CGACTCAG
321 CGACTCAG
* *
3441 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * *
3506 ACATTTCATTCAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATTAA
66 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* *
3571 TTCAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATT
131 TTAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATT
* *
3636 ATATAAATTTT-ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGTAA
196 ATAT-AATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTCTAA
* * * ** * *
3700 AATTCGAACCAAAATCGTG-------T-AC------TGGCTAGAAACGCGTTTCGGGACCCCGGC
260 AATTTGAGCCAAAATCGTGTACACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGACTCCGAC
*
3751 TCAA
325 TCAG
*
3755 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* *
3820 ACATTGCATTTATGGATTTGATTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
66 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * *
3885 TTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTACTGCAACCTTTTTGGCGTTAGAT
131 TT-AAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAAT
* * * *
3950 TATATAAATTTTAA-GAGTACTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGTA
195 TATAT-AATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTCTA
* * ** ** * *
4014 AAATTTAAGACAAAATCGTG--CAAAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGAGTCTGA
259 AAATTTGAGCCAAAATCGTGTACACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGACTCCGA
4077 CTCAG
324 CTCAG
*
4082 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAAT-ATAATCTTAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCA-AATCTCAGC
* * * * *
4146 CCCATTTCATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTTAATCTTATTTCGATTTAAATAGAACA--
65 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAA-ATT
* * * * * * *
4208 AATTAAGTAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGT
129 AATTAA-AAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGG---CGT
* * * * * * * * * ** ***
4273 TAAATCATATATTTTTAATGAGTGTTATGGCTAAAAATTTAGGAAATATCTTTCAGGTCAACCTT
190 TAAATTATATAATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTT
* *
4338 TCTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
255 TCTAAAATTTGAGCCAAAATCGTGTA
4364 ATAATTTTAT
Statistics
Matches: 1597, Mismatches: 249, Indels: 140
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
314 149 0.09
315 134 0.08
316 1 0.00
320 3 0.00
321 3 0.00
324 2 0.00
325 48 0.03
326 39 0.02
327 159 0.10
328 69 0.04
329 117 0.07
330 449 0.28
331 200 0.13
332 142 0.09
333 31 0.02
334 7 0.00
335 43 0.03
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
TTAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATT
ATATAATTTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTCTAAA
ATTTGAGCCAAAATCGTGTACACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATGACTCCGACT
CAG
Found at i:4971 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4366--6648 Score: 2511
Period size: 330 Copynumber: 6.9 Consensus size: 331
4356 ATCGTGTAAT
* *
4366 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGACAAAACTTTTGGGTAATTTTTTGCAAAATTTG
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
* *
4431 AACCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAA
66 AGCCAAAATCGTGTACTAACCAT--CAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAG
* *
4496 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCC
129 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
*
4561 ACATTGCATTCAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATT-A
194 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* *
4625 GTTCAAAAGAAATATG-AAAACTTATATTGAAAAAGCAGT-AAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCG
259 GTT-AAAAAAAATATGAAAAAC-GATATTG-AAAAGC-GTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCG
4688 TTAAATTATATA
320 TTAAATTATATA
* *
4700 AATTTTATGAGTATTTTATTCAAAACTTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
* * * *
4765 AGCCAAAATCATGTACCAA-CAT-AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGACCCCAGCTCAGTT
66 AGCCAAAATCGTGTACTAACCATCAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAGTT
* * * *
4828 TTGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATCAAATCCCATCCAC
131 TTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
* * * ** * * *
4893 AGTGCATTTATGGATTTATTTTTACGTGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAATTTGA-T
196 ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAAGT
* *
4957 TAAAAAAAAATATGAAAAACGATATTG-AAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAA
261 T-AAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAA
5021 TTATATA
325 TTATATA
* *
5028 AATTTAATGAGAATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
* * * *
5093 AGCCAAAATCATGTACT--CCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTT-TGGAACCCGGCTCAG
66 AGCCAAAATCGTGTACTAACCAT--CAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAG
* * * * * *
5155 TTTTGCATGACTTTTAGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAAAATTTAAGCC
129 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * * * * * *
5220 CCATTTCATTTAGGGATTT-TTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCAATTTAAATAG-AA-TAA
194 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * *
5282 ATTAAGAAAAATATGAAAAACGATATT-AAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGT
259 GTTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGC---GT
5346 TAAATCT-TAT-
321 TAAAT-TATATA
* * ** * * * *
5356 ATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCT-GGTCAATTTTT-CTAAAAT
1 AATTTT-ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTT-TGGGTCATTTTTTGC-AAAAT
* * * * * * * * *
5419 TTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCTTCACGGTTTTTGGCAAAAAATGCGTTATTGGG-CCCCGGT
63 TTGAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCA--GTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-TCGGGACCCCGGC
* * * * * * **
5483 TCAGTTTTGCATTATTTTTGGC-ACTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCT
125 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCT
** * *
5547 CAGCTGCATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGAATCTGAATCTT-TTATCGATTTAATTAGA
189 CAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATT-TCGATTTAATTAGA
* ** *
5611 AATTAAGTTAGAAAAAATATGAAAAACGATA-TGAAAAGCGTGAAAAGTCCTATAATCTTTTTGG
253 AATTAAGTTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGG
5675 CGTTAAATTATATA
318 CGTTAAATTATATA
* * * * * * *** *
5689 TATTTCATGAGAATTTTAGCCAAAAATTAAGG--AAAATTTTTCTATTCATTTTTTCCAAAATTT
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTT-GGGTCATTTTTTGCAAAATTT
* * * * *** * *
5752 TAGCCGAAATCATGTACAAACCATCACGGTTTTTTATTAAAAA-GCG-TTCTGGGGCTCCGGCTC
65 GAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCA--GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGACCCCGGCTC
* ** * * *
5815 TGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGGGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAT
127 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG
5880 CCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATT
192 CCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATT
* *
5945 -AGTTCAAAAGAAATATGAAAAACGATATTG-AAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGT
257 AAGTT-AAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGT
6008 TAAATTATATA
321 TAAATTATATA
6019 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
*
6084 AGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGCTTCGGGA-CCCGGCTCAG
66 AGCCAAAATCGTGTACTAACCAT--CAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAG
* * * *
6148 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAAAATATTAGCC
129 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * * * *
6213 CCATTTCATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAAATAG-AA-TAA
194 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * *
6275 ATTAAGAAAAATATGAAAAACGATATT-AAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCCTTGT
259 GTTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGG-C--GT
*
6339 TAAATCATAT-
321 TAAATTATATA
* * ** * * * ** *
6349 ATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCT-ATTCAATTTTT-CTAAAAT
1 AATTTT-ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTT-TGGGTCATTTTTTGC-AAAAT
* * * * * * *
6412 TTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGGT
63 TTGAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCA-G-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCT
* * * * * **
6477 CAGTTTTGCATTATTTTTGGCG-CTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTC
126 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTC
** * *
6541 AGCTGCATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTT-TTATCGATTTAATTAGAA
190 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATT-TCGATTTAATTAGAA
*
6605 ATTAAGTTAGAAAAAATATGAAAAACGATA-TGAAAAGCGTGAAA
254 ATTAAGTTAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAA
6649 TCGTGTACAA
Statistics
Matches: 1644, Mismatches: 243, Indels: 123
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
326 51 0.03
327 7 0.00
328 206 0.13
329 171 0.10
330 447 0.27
331 316 0.19
332 198 0.12
333 74 0.05
334 83 0.05
335 91 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTG
AGCCAAAATCGTGTACTAACCATCAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAGTT
TTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAAGT
TAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAAT
TATATA
Found at i:5055 original size:744 final size:722
Alignment explanation
Indices: 3641--5062 Score: 1974
Period size: 744 Copynumber: 1.9 Consensus size: 722
3631 AAATTATATA
* *
3641 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGTAAAATTCG
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTAATTTTTTGCAAAATTCG
*
3706 AACCAAAATCGTGTACTGGCTAGAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
66 AACCAAAATCGTGTACTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* *
3771 GCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTTATGGA
131 GCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTCAAGGA
3836 TTTGATTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAA
196 TTTGATTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAA
* * *
3901 AAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTACTGCAACCTTTTTGGCGTTAGATTATATAAATTTTAAGA
261 AAACGATATTGAAAGCAGTAAAAGTACTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTTTAAGA
*
3966 GTACTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGTAAAATTTAAGACAAAATC
326 GTACTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGACAAAATC
* * ** *
4031 GTGCAAAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGAGTCTGACTCAGTTTTGCATGATTTT
391 ATGCAAAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGACCCAGACTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * ** * * *
4096 TGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATATAATCTTAGCCCCATTTCATTTAAG
456 TGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATATAATCCCAGCCACAGTGCATTTAAG
* **
4161 GATTTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTATTTCGATTTAAATAGAACAAATTAAGTAAAATATGAA
521 GATTTTTTTTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAAATAGAACAAATTAAAAAAAATATGAA
* * * * **
4226 AAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAATTGTTAAATCATATATTTTTAA
586 AAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCCTCCAACCTTTTTGG-A-CGTTAAATCATATAAATTTAA
* *
4291 TGAGTGTTATGGCTAAAAATTTAGGAAATATCTTTCAGGTCAACCTTTCTAAAATTTTAGCCGAA
649 TGAGTGTTAT-GCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAACCTTTCTAAAATTTTAGCCGAA
4356 ATCGTGTAAT
713 ATCGTGTAAT
* *
4366 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGACAAAACTTTTGGGTAATTTTTTGCAAAATTTG
1 AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTAATTTTTTGCAAAATTCG
4431 AACCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAA
66 AACCAAAATCGTG---------T-AC------TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAA
4496 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCC
115 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCC
* *
4561 ACATTGCATTCAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAG
180 ACATTGCATTCAAGGATTTGATTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* *
4626 TTCAAAAGAAATATG-AAAACTTATATTGAAAAAGCAGTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTT
245 TTCAAAA-AAATATGAAAAAC-GATATTG--AAAGCAGTAAAAGTACTCCAACCTTTTTGGCGTT
* * * * *
4690 AAATTATATAAATTTTATGAGTATTTTATTCAAAACTTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTT
306 AAATTATATAAATTTTAAGAGTACTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTT
* * * * *
4755 GCAAAATTTGAGCCAAAATCATGTACCAA-CATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGACCCC
371 GCAAAATTTAAGACAAAATCATGCA-AAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGA-CCC
4819 AG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATCA-A
434 AGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAAT-ATA
* * * *
4882 ATCCCATCCACAGTGCATTTATGGATTTATTTTTACGTGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATT
498 ATCCCAGCCACAGTGCATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAAAT
*** * * *
4947 AGAATTTGATTAAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTT
562 AGAA-CAAATT-AAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCCTCCAACCTTTTT
* *
5012 GG-CGTTAAATTATATAAATTTAATGAGAATTTTAT-CCAAAAATTGAGGAAA
625 GGACGTTAAATCATATAAATTTAATGAG--TGTTATGCCAAAAATTGAGGAAA
5063 AAACTTTTGG
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 61, Indels: 37
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
725 74 0.12
734 1 0.00
735 2 0.00
741 170 0.28
742 13 0.02
744 251 0.41
745 42 0.07
746 8 0.01
747 47 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (722 bp):
AATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTAATTTTTTGCAAAATTCG
AACCAAAATCGTGTACTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
GCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTCAAGGA
TTTGATTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAA
AAACGATATTGAAAGCAGTAAAAGTACTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTTTAAGA
GTACTTTATCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTAAGACAAAATC
ATGCAAAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGACCCAGACTCAGTTTTGCATGATTTT
TGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATATAATCCCAGCCACAGTGCATTTAAG
GATTTTTTTTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAAATAGAACAAATTAAAAAAAATATGAA
AAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCCTCCAACCTTTTTGGACGTTAAATCATATAAATTTAATG
AGTGTTATGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCAGGTCAACCTTTCTAAAATTTTAGCCGAAATC
GTGTAAT
Found at i:6482 original size:993 final size:988
Alignment explanation
Indices: 4436--6648 Score: 3372
Period size: 993 Copynumber: 2.2 Consensus size: 988
4426 ATTTGAACCA
* * * * *
4436 AAATCGTGTACTAACCATCAC-AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAATTTT
1 AAATCGTGTAATAATCATCACGA-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * * ** * **
4500 GCATGATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTT-AGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCAC
65 GCATTATTTTTGGC-ACTAAGACTCCTTGAG-ATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGC
* *
4563 ATTGCATTCAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATT-TCGATTTAATTAGAAATT-AG
128 ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTT-TTATCGATTTAATTAGAAATTAAG
* *
4626 TTCA-AAAGAAATATG-AAAACTTATATTGAAAAAGCAGT-AAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCG
192 TT-AGAAA-AAATATGAAAAAC-GATA-TG-AAAAGC-GTGAAAAGTCCTACAACCTTTTTGGCG
* * ** * * *
4688 TTAAATTATATAAATTTTATGAGTATTTTATTCAAAACTTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTT
251 TTAAATTATATAAATTTCATGAGAATTTTAGCCAAAAATTAAGG-AAAAACTTTTGAGTCATTTT
* * *
4753 TTGCAAAATTTGAGCCAAAATCATGTACCAACATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGACCC
315 TTCCAAAATTTGAGCCAAAATCATGTACAAACATAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGACCC
4818 CAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATCAAA
380 CAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATCAAA
* **
4883 TCCCATCCACAGTGCATTTATGGATTTATTTTTACGTGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTA
445 TCCCATCCACAGTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTA
*
4948 GAATTTGATTAAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTG
510 GAATTAGATTAAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTG
5013 GCGTTAAATTATATAAATTTAATGAGAATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCAT
575 GCGTTAAATTATATAAATTTAATGAGAATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCAT
* *
5078 TTTTTGCAAAATTTGAGCCAAAATCATGTACTCCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTTGG
640 TTTTTGCAAAATTTGAGCCAAAATCATGTACTCCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACGCGCTTCGG
5143 AACCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTAGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAAT
705 AACCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTAGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAAT
*
5208 AAAATTTAAGCCCCATTTCATTTAGGGATTTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCAATTTAA
770 AAAATTTAAGCCCCATTTCATTTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCAATTTAA
5273 ATAGAATAAATTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTT
835 ATAGAATAAATTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTT
* * *
5338 GGCGTTGTTAAATCTTATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCTGG
900 GGCCTTGTTAAATCATATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCTAG
5403 TCAATTTTTCTAAAATTTTAGCCG
965 TCAATTTTTCTAAAATTTTAGCCG
* * * * ** *
5427 AAATCGTGTAATAATCTTCACGGTTTTTGGCAAAAAATGCGTTATTGGGCCCCGGTTCAGTTTTG
1 AAATCGTGTAATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
5492 CATTATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGCATT
66 CATTATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGCATT
*
5557 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAATTAAGTTAG
131 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAATTAAGTTAG
* *
5622 AAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTATAATCTTTTTGGCGTTAAATTATA
196 AAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAACCTTTTTGGCGTTAAATTATA
* * * *
5687 TATATTTCATGAGAATTTTAGCCAAAAATTAAGG-AAAATTTTTCTATTCATTTTTTCCAAAATT
261 TAAATTTCATGAGAATTTTAGCCAAAAATTAAGGAAAAACTTTT-GAGTCATTTTTTCCAAAATT
* * * * * * * *
5751 TTAGCCGAAATCATGTACAAACCATCACGGTTTTTTATTAAAAA-GCG-TTCTGGGGCTCCGGCT
325 TGAGCCAAAATCATGTACAAA-CAT-A--GTTTTTGACTAAAAACGCGTTTC-AGGACCCCAGCT
* * ** * * * *
5814 CTGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGGGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCA
385 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATCAAATCCCA
* * *
5879 TCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAAT
450 TCCACAGTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAG-AAT
* * *
5944 TAG-TTCAAAAGAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGT
514 TAGATTAAAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGT
* *
6008 TAAATTATATAAATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTT
579 TAAATTATATAAATTTAATGAGAATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTT
* * *
6073 TGCAAAATTTGAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGCTTCGGGA
644 TGCAAAATTTGAGCCAAAATCATGTACT--CCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACGCGCTTCGGAA
* *
6138 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAA
707 CCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTAGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAA
*
6203 AATATT-AGCCCCATTTCATTTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAAA
772 AAT-TTAAGCCCCATTTCATTTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCAATTTAAA
6267 TAGAATAAATTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTG
836 TAGAATAAATTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTG
*
6332 GCCTTGTTAAATCATATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCTATT
901 GCCTTGTTAAATCATATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCTAGT
6397 CAATTTTTCTAAAATTTTAGCCG
966 CAATTTTTCTAAAATTTTAGCCG
*
6420 AAATCGTGTAATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGGTCAGTTTTG
1 AAATCGTGTAATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
*
6485 CATTATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGCATT
66 CATTATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGCATT
*
6550 GCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAATTAAGTTAG
131 GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAATTAAGTTAG
6615 AAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAA
196 AAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAA
6649 TCGTGTACAA
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 93, Indels: 34
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
987 8 0.01
988 36 0.03
989 67 0.06
990 11 0.01
991 435 0.39
992 31 0.03
993 521 0.47
994 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (988 bp):
AAATCGTGTAATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
CATTATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGCATT
GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAATTAAGTTAG
AAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAACCTTTTTGGCGTTAAATTATA
TAAATTTCATGAGAATTTTAGCCAAAAATTAAGGAAAAACTTTTGAGTCATTTTTTCCAAAATTT
GAGCCAAAATCATGTACAAACATAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGACCCCAGCTCAGTTT
TGCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAATCAAATCCCATCCACA
GTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAATTAGATTA
AAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCATTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTA
TATAAATTTAATGAGAATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAA
TTTGAGCCAAAATCATGTACTCCATCACAGTTTTTGCCTAAAAACGCGCTTCGGAACCCGGCTCA
GTTTTGCATGACTTTTAGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAAAATTTAAGC
CCCATTTCATTTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCAATTTAAATAGAATAAAT
TAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCCTTGTTAA
ATCATATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCTAGTCAATTTTTCT
AAAATTTTAGCCG
Found at i:6822 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 6419--6869 Score: 626
Period size: 226 Copynumber: 2.0 Consensus size: 225
6409 AATTTTAGCC
* * *
6419 GAAATCGTGTAATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGGTCAGTTTT
1 GAAATCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAAAGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * * **
6484 GCATTATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTGCAT
66 GCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
*
6549 TGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAATTAAGTT-
131 TGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAACTAA-TTC
6613 AGAAAAAATATGAAAAACGATA-TGAAAAGCGT
195 A-AAAAAATATGAAAAACGATATTG-AAAGCGT
* *
6645 GAAATCGTGTACA-AACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAAGCGTT-CTGGGGCCCCGGCTCAGTT
1 GAAATCGTGTA-ATAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAAAGCGTTAC-GGGGCCCCGGCTCAGTT
** * *
6708 TTGCATGATTTTTGGCG-TCGGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTTAATCAAATCTCAGCCA
64 TTGCATGATTTTTGGCGCT-AAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
* * *
6772 CATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAAT-TTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAA
128 CATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTTT-TATCGATTTAATTAGAAACTAA
6836 TTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGT
192 TTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGT
6870 TAAAAGTCCT
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 19, Indels: 13
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
225 34 0.17
226 165 0.82
227 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (225 bp):
GAAATCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAAAGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
GCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
TGCATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTTTTATCGATTTAATTAGAAACTAATTCA
AAAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGT
Found at i:7314 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 6645--7706 Score: 1152
Period size: 331 Copynumber: 3.2 Consensus size: 328
6635 TGAAAAGCGT
* * * * *
6645 GAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAAAGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
1 GAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTATCGGGACCCGGCTCAGTTTT
** *
6710 GCATGATTTTTGGCGTCGGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTTAATCAAATCTCAGC-CACA
66 GCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTG-AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCGC-CA
*
6774 TTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA-ACTAATT
129 TTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATA--AATT
* * *
6838 CAA-AAAAATATGAAAAACGATATTGAAAGCGTTAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGC--GTTAAA
192 -AAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCG-TAAAAG-CCTTCAATCTTTTTGGCTTGTTAAA
* * * ** *
6900 TTATATAAATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAACCTTT-TGGGTCATTTTTTGC
254 TTATAT-ATTTTTATGAGTATTTTAACCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCT-ATTCAATTTTT-C
*
6964 -AAAATTTGAGCC
316 TAAAATTTTAGCC
* * *
6976 AAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-TCGGGACCCGGCTCAGTTTT
1 GAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTATCGGGACCCGGCTCAGTTTT
* * * *
7040 GCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCCTTAGAATATCTATATTCATCTAATAAAATATTAGCGCCAT
66 GCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTT-GAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCGCCAT
* * * *
7105 TTCATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAATAAATTAAG
130 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATAAATTAAG
*
7169 AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCCTTGTTAAATCA
195 AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGT-AAAAG-CCTTCAATCTTTTTGG-CTTGTTAAATTA
* ** * *
7234 TATATTTTTAATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTTCTATTCAATTTTTCTAAAA
257 TATATTTTT-ATGAGTATTTTAACCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCTATTCAATTTTTCTAAAA
7299 TTTTAGCC
321 TTTTAGCC
* * * *
7307 GAAATCGTGTA-ATAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTA-CGGGACCCGGGTAAGTTT
1 GAAATCGTGTACA-AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTATCGGGACCCGGCTCAGTTT
* * * * * **
7370 TGCATTATTTTTGGCG-CTAAGATTTCTTGAGATTTCCGTATTCATCTAATCAAATCTCAGCTG-
65 TGCATGATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTTGA-ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGC-GC
* *
7433 CATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTT-TTATCGATTTAATTAGAAATTAA
127 CATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTT-TCGATTTAATTAG-AATAAA
* * *
7497 TTTAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGTCGT-------TT-AATATTTTT---TTCGTTA
190 TTAAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAG-CGTAAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCTT-GTTA
* * *
7551 AATTATATATATTTCATGAGTATTTTAACCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCTATTC-ATTTTTT
252 AATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAACCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCTATTCAATTTTTC
7615 TAAGAATTTTAGCC
316 TAA-AATTTTAGCC
* * * * *
7629 GAAATCATGTACAAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAGAA-GCGTTATGGGGCCCCGGCTCAATTT
1 GAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA-AACGCGTTATCGGGACCCGGCTCAGTTT
7693 TGCATGATTTTTGG
65 TGCATGATTTTTGG
7707 TTATGCCATC
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 81, Indels: 62
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
321 11 0.02
322 95 0.15
323 32 0.05
325 8 0.01
326 2 0.00
327 3 0.00
328 50 0.08
329 37 0.06
330 98 0.16
331 217 0.35
332 33 0.05
333 9 0.01
334 25 0.04
335 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
GAAATCGTGTACAAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTATCGGGACCCGGCTCAGTTTT
GCATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTGAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCGCCATT
GCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATAAATTAAGA
AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTAAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCTTGTTAAATTATATA
TTTTTATGAGTATTTTAACCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCTATTCAATTTTTCTAAAATTTTA
GCC
Found at i:13931 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 13925--13954 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 10.0 Consensus size: 3
13915 ATCATCATAA
*
13925 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCC TCT TCT TCT
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT
13955 GAATCAAAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.37, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Done.