Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019133.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19166, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 69--5391 Score: 5900
Period size: 997 Copynumber: 5.3 Consensus size: 985
59 TCTTGGCGCA
* * * ** * *
69 AAAAATAATGCAAAACTAAGCTGAGGCCCGGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGA-GCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAG
* * *
134 TACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCTAA
65 TACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATGACCC-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAA
* ** *
199 ATTACCCATAAAATATATATAATTTAAATCAAAAAAGGATTGGAGGA-TTCTTCACGCTTTTAAT
129 AATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAA-GATTGGAGGACTT-TTCACGCTTTTAAT
* * * *
263 CTCGTTTTTCATATTATTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTTGTAT
192 ATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAT
* * *
328 AAACAAATCCTTAAATGCAATATGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAATC
257 AAACAAATCCTTAAATGCAATATGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * *
393 TC-ATCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGGCGGAGCCCCAAAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGT
322 TCGA-CGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGT
* * * * * *
457 GAT-GTTAGTACATGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCAAAAAATTTCTCCTCAATT
386 GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAATT
* * *
521 TTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAATGCCAAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACG
451 TTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTGGAGGACTTTTCACG
* *
586 CTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
516 CTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* * * * * *
651 GATCGTATAAACGAATCCTTAAGTGCAATTTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATAATAC
581 GCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTC
* * * * *
716 AAGGAATC-TCAATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGTCCAAAAACGCGTTTTTAGCAA
646 AAGGAATCTTCTAGGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCGAAAACGCGTTTTTAGCAA
* * * *
780 AAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGTAAAAAATGACCCAAAAAATTTTT
711 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAA-TTTT
** * * * **
845 CGTTTGAATTTATGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAATTTATGGAG
775 C-CCTCAATTTTTGG-------A--CATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGAT-TGGAG
* * * * *
909 GACTTTTCAGGCTTTGAATATTGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
829 GACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * *
974 AAGATTCACATGCTTGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGACTGAGATTTGATAAGATGAAT
894 AAGATTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATT
* *
1039 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCC
959 ATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
* * * **
1066 AAAATTCATGCAAAACTGAGCCGTAGCCCCGAAACGCATTTTTAGCAAAAAAAGAGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-AGCCCCAAAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACCGTGATGGTTA
* * * * * * *
1131 GTATACGATTTCGGGTAAAATTTTGC-GAAAAATGCCCCAAACATTTTTTCTTCAATTTTTGGCT
64 GTACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAG-AAAATGACCCAAA-AATTTTTCCTCAATTTTTGGCT
** * * * ** *
1195 AAAATACTAATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTGCTTTTCAT
127 AAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* * * * *
1260 ATCGTTTTTCATATTTTTCTGAACTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAAATGCTCGTAA
192 ATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAT
* * *
1325 AAACAAATCTTTAAATTCAA-ATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG
257 AAACAAATCCTTAAATGCAATATG-A-CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * *
1389 TCTTGGTCTCAGCGCAGAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCAAAACGCATTTTTAGCAAA
320 TC-TCG--AC-GC-CA-AAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAA
* * * * *
1454 AAACCGTGAT-GTTAGTACATGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCAAAAAATTTCTC
379 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTTC
* * *
1518 CTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGATTGGAGAACT
444 TTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTGGAGGACT
* * * * * * *
1583 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAAAATTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAACGAAATAGGG
509 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
1648 TTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAG
574 TTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAG
* *
1713 ATATTTCAAGGAATC-TCAATGCCAAAAATCAA-GCAAAACTGAGCC-GAGCTCC--AAACGCGT
639 ATATTTCAAGGAATCTTCTAGGCCAAAAAT-AATGCAAAACTGAGCCGGAGC-CCGAAAACGCGT
* *
1773 TTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC--
702 TTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGA
* * * *
1836 AAATTTTTTCCTTAATTTATGGATAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGA
767 AAAATTTTCCCTCAATTTTTGG-------A--CATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGA
* *
1901 TTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCT-ATTAAAT
823 TTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* *
1965 CGAAACATGATTCAGATGCTCGTATAAACGAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
888 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
*
2030 ATGGTTATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
953 ATGATTATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
*
2063 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGT
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * * * * *
2128 ACACGATTTCGGGTAAAATTTTACA-AAAATGACCCAAAATTTTTTTCCTTAATTTATGGATAAA
66 ACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATGACCCAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAA
*
2192 ATACCCATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAGTT
130 ATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGC-------TT
* * * *
2257 TTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGCT
187 TTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* *
2322 CGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGACTGAGATTTGATAAGATGAATATAGATATTTCAAG
252 CGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATATGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAG
* * *
2387 GATTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTAG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAA
317 GAGTCTCGACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC--AAAA
* * * *
2451 AAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG-GTAAAGTTTTGCAAAAAATGTA-CCGAAAAATTTTT
380 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTTAGA-TTTTGCAGAAAATG-ACCCGAAAAATTTTT
* * **
2514 CTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTAAAGGAC
443 CTTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTGGAGGAC
* *** * * ** *
2579 ATTTCGTTCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAAATATTTCAAAACAAG
508 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * * * * *
2644 ATTCAAAGGCTTGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATAT
573 ATTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTAT
* * * * *
2709 AGATATTTCAAGGAGTCGTTGTCTCGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAA
637 AGATATTTCAAGGAATC--T-TCTAGGC-C-AAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCGAAAA
* * * * * *
2774 CGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGA
697 CGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTTTGCAAAAAATGA
* *
2839 CCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAAATCGAAA
762 CCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGG-------A--CATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAA
* * * *
2904 AAGGATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTAATCTCGTTTTTCATATTATTCTGAATTAATTTCTAAT
818 AAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
*
2969 TAAATCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTG
883 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTG
* *
3034 ATTAGATGCTAATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
948 ATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
* * * *
3072 AAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGAGCTCCAAAACACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGT
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * ** * * *
3137 ACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAATTTTTTTCCTTAATTTATGGATAAAA
66 ACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATGACCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
* * * ** * *
3202 TACCCATAAAATATATATAATTTAACGACAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTGCTTTTCATATCC
131 TACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCG
** * * * * * *
3267 TTTAACATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCAAAACAAGATTAAAATGCTCGTAAAAAT
196 TTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTATAAAC
* * * *
3332 AAATCTTTAAATTCAA-ATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATACATATTTCAAGGAGTCTT
261 AAATCCTTAAATGCAATATG-A-CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-T
* * * * * * *
3396 GGTCTCGGTGCAGAAAATAATGCAAAACTAAGCCGG-GTCTCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
323 CG--AC-G-CCA-AAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAA
* * *
3460 CCTTGATGGTTAGTACACGA-TTCGAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAAATTCTCCT
382 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG-GCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCG-AAAAATTTTTCT
* * * *
3524 TC-ATTTTTGGCTAAAATA-CC-TATAATATATATAATTTAACTCC-AAAAAGGATCGGAGGATT
445 TCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGG-TTGGAGGACT
**
3585 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATTAGA
509 TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
*
3650 TTCAGATGCTCGTATAAAGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAG
574 TTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAG
* ** * *
3715 ATATTTCAAGGAATC-TCAACTCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCC-GAGCCCCAAAACGCCTTT
639 ATATTTCAAGGAATCTTCTAGGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCGAAAACGCGTTT
** * *
3778 TTAGCAAAAAAAAGTGATGGTTAGTACACGATTTCTGGTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAA
704 TTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAA
* * * *
3843 AATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACA-CC-AAAAAGGT
769 AATTTTCCCTCAATTTTTGG-------A--CATAAAATATATATAATTTAA-AGCCAAAAAAGAT
** ** * * * * * *
3906 TTAAGGACTTTTCGTGCTTGTCATTTCGTTTTTCATATTTTTCTGAATCAATTTCTAAATAATTC
824 TGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * * *
3971 AAAACAAGATTCAAATGCTTGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAG
889 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAG
* * * * *
4036 ATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGCGCA
953 ATGATTATAGATATTTCAAGGA------ATCTCAACGCC
* * * ** ** * *
4075 AAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGTTCGGAAACGCGTTTTCAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAG
* * *
4140 TACACGATTCCAGCTTAAATTTTGTAGAAAATGACCCGAATAA-TTTTCCTCAA-TTTTGGCTAA
65 TACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATGACCC-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAA
* *
4203 AATATCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTAATAT
129 AATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATAT
* * *
4268 CGTATTTCAAATTTTTCT-ATATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTATA
194 CGTTTTTCATATTTTTCTGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTATA
* * *
4332 AACAAATCCTTAAATGCAATCTGACTGAGATTTGATAAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
258 AACAAATCCTTAAATGCAATATGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * * * * * *
4397 CGACGGCAAAAATCATGCAAAACTTAGCTGTAGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAACGTG
323 CGACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACCGTG
* * * *
4462 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCATAAAATTTTGCCA-AAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCACT
387 ATGGTTAGTACACGATTTCGGC-TTAGATTTTG-CAGAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAAT
* * * * * * **
4526 TTTTCGCTAAAGTACTCATGAAATATATATAATTTAACG-CTAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGT
450 TTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTGGAGGACTTTTCAC
* * * ** * *
4590 GCTTTTCATATCGTGTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTTAAAACAAGATTTAAA
515 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
* * * * * * *
4655 TGCTTGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATTGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATT
580 TGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAA-TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATT
* * * * * * * **
4720 TTAAGGAGTCTTCGTCTCGGCGCAGAAAACAATGCAAAAGTAAGCCGG-GTCACGGGAACGCGTT
644 TCAAGGAATC-T--TCTAGGC-CA-AAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAG-CCCGAAAACGCGTT
* * * * * * * * *
4784 TTTAGCCAATAACTGTGATGGTTAATACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAA
703 TTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA
* ** *
4849 AAA-TTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATACAATTTAACTCCAAAAAGGA
768 AAATTTTC-CCTCAATTTTTGG-------A--CATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGA
* *
4913 TTGGAGGACTTTTCACGATTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAAT
823 TTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
*
4978 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTTAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
888 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
5043 ATGATTATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
953 ATGATTATAGATATTTCAAGGAATCTCAACGCC
* *
5076 AAATAATCATGCAAATCTGAGCCGGAGCCCAAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTA
1 AAA-AATCATGCAAAACTGAGCC-GAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTA
* * * *
5141 GTACACGATTCCAACTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTCT-CTCAATTTTTGGCTA
64 GTACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATGACCC-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTA
* *
5205 AAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGACTGGAGGACTTTTCACGCATTTAAT
128 AAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAA-GATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* **
5270 ATCGTTTTTCAGATTCCTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAT
192 ATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAT
* * * *
5335 AAACGAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTC
257 AAACAAATCCTTAAATGCAATATGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
5392 TAATCAAATA
Statistics
Matches: 3705, Mismatches: 520, Indels: 195
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
993 1 0.00
994 75 0.02
995 83 0.02
996 171 0.05
997 623 0.17
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999 108 0.03
1000 75 0.02
1001 128 0.03
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1004 619 0.17
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1009 255 0.07
1010 13 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (985 bp):
AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATGACCCAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
TACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCG
TTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTATAAAC
AAATCCTTAAATGCAATATGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGA
CGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
TTAGTACACGATTTCGGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGG
CTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTGGAGGACTTTTCACGCTTTT
AATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
TATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGA
ATCTTCTAGGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCGAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAC
CGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTCCCTCA
ATTTTTGGACATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
ATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
TCTCAACGCC
Found at i:4256 original size:666 final size:668
Alignment explanation
Indices: 1--5391 Score: 7057
Period size: 666 Copynumber: 8.1 Consensus size: 668
** * * * **
1 AAATTCAAATGTTTCTGGGATTTGATTACATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCGTTGTCTTGGC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
* * *
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCTGAGGCCCGGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGC
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTT-CCTCAATTTTTGGC
* ** *
196 TAAATTACCCATAAAATATATATAATTTAAATCAAAAAAGGATTGGAGGA-TTCTTCACGCTTTT
195 TAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTT-TTCACGCTTTT
* * * * *
260 AATCTCGTTTTTCATATTATTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTTG
259 AATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
*
325 TATAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGA
324 TATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGA
* * * * **
390 ATCTCATCGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGGCGGAGCCCCAAAACGCATTTTTAGCAAAAAACC
389 ATCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-GCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAA
* * * * * * * * * *
455 GTGAT-GTTAGTACATGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCAAAAAATTTCTCCTCAA
453 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAA
* * * * *
519 TTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAATGCCAAAAAAGATTGGAGAACTTTTCA
518 TTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAAGGTTGAAGGACTTTTCG
* * * * * * *
584 CGCTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
582 TGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAA
* * * *
649 ATGATCGTATAAACGAATCCTT
647 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* * * * * * * * * *
671 AAGTGC-AATTTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATAATACAAGGAATC----TC-AATG
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCA-G
* * * * ** * *
730 C-C-AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGTCCAAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAG
65 CGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* * * * * * * * * * *
793 TTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGTAAAAAATGACCCAAAAAATTTTTCGTTTGAATTTAT
130 TTAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAA-TTTTC--CTCAATTTTT
** *
858 GGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAA-TTTATGGAGGACTTTTCAGGCT
192 GGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGAT-TGGAGGACTTTTCACGCT
* * * *
922 TTGAATATTGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCACATGC
256 TTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * * * *
987 TTGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGACTGAGATTTGATAAGATGAATATAGATATTTCAA
321 TCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAA
* * * * *
1052 GGAGTCTCGACGCCAAAATTCATGCAAAACTGAGCCGTAGCCCCGAAACGCATTTTTAGCAAAAA
386 GGAATCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-AGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAA
* * * *
1117 AAGAGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGGTAAAATTTTGCGAAAAATG-CCCCAAACATTTTTTC
450 AA-AGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAA-AATTTTTC
** *
1181 TTCAATTTTTGGCTAAAATACTAATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTT
513 TTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTT
*
1246 TTCGTGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAACTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGAT
578 TTCGTGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGAT
1311 TCAAATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
643 TCAAATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
*
1337 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTCTCAGC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
* * * ** * *
1402 GCAGAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCAAAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGTGAT-GT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* *
1466 TAGTACATGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCAAAAAATTTCTCCTCAATTTTTGGC
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTT-TCCTCAATTTTTGGC
* *
1531 TAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTA
195 TAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
* * * * * *
1596 ATATCGTTTTTCAAAATTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAACGAAATAGGGTTCAGATGCTCGT
260 ATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
1661 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
325 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
* * * **
1726 TCTCAATGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGAGCTCC-AAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGT
390 TCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAGT
* *
1790 GATAGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC--AAATTTTTTCCTT-AAT
455 GATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTT-CTTCAAT
* * * * * **
1852 TTATGGATAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGATTGGAGGACTTTTCAC
519 TTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGT
* * * * * * *
1917 GCTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCT-ATTAAATCGAAACATGATTCAGA
583 GCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAAA
* * *
1981 TGCTCGTATAAACGAATCCTT
648 TGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* * *** * *
2002 AAATGC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGGTTATAGATATTTCAAGGA------ATCTCAAC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
* * * * ** * *
2060 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * * * * * * *
2124 TAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTACA-AAAATGACCC-AAAATTTTTTTCCTTAATTTATGG
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAA--ATTTTCCTCAATTTTTGG
* * *
2187 ATAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAAAGCCAAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTT
194 CTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGC----
* * *
2252 AAGTTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAG
255 ---TTTTAATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * *
2317 ATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGACTGAGATTTGATAAGATGAATATAGATATT
317 ATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATT
* * *
2382 TCAAGGATTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTAG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCA
382 TCAAGGAATCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-AGCCCCAAAACGCGTTTTTAGC-
*
2446 AAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAGTTTTGCAAAAAATGTA-CCGAAAAAT
445 AAAAAAAA-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATG-ACCCGAAAAAT
* * *
2510 TTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGGTTAAA
508 TTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAAGGTTGAA
* * * *
2575 GGACATTTCGTTCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAAATATTTCAAAA
572 GGACTTTTCGTGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAA
* *
2640 CAAGATTCAAAGGCTTGTAAAAACAAATCTTT
637 CAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* *
2672 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCGTTGTCTCGGC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
2737 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
2802 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTCCCTCAATTTTTGGC
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTT-CCTCAATTTTTGGC
** * *
2867 TAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAAATCGAAAAAGGATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTA
195 TAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
* * * *
2932 ATCTCGTTTTTCATATTATTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGT
260 ATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* *
2997 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGCTAATAGATATTTCAAGGAA
325 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
* * * **
3062 TCTCAACGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGAGCTCCAAAACACGTTTTTAGCAAAAAACCGT
390 TCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAGT
* **
3127 GATAGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC-AAATTTTTTTCCTT-AAT
455 GATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTT-CTTCAAT
* * *
3190 TTATGGATAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGACAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTG
519 TTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTG
* ** *
3255 CTTTTCATATCCTTTAACATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAA-TCAAAACAAGATTAAAA
584 CTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATT-AATTCAAAACAAGATTCAAA
*
3319 TGCTCGTAAAAATAAATCTTT
648 TGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* * * *
3340 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATACATATTTCAAGGAGTCTTGGTCTCGGT
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
* * * *
3405 GCAGAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGTCTCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCTTGATGGT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* *
3470 TAGTACACGATTCGAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAAATTCTCCTTC-ATTTTTGG
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCG-AAAAATTTTCC-TCAATTTTTGG
* * * *
3534 CTAAAATA-CC-TATAATATATATAATTTAACTCCAAAAAGGATCGGAGGATTTTTCACGCTTTT
194 CTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTT
* **
3597 AATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATTAGATTCAGATGCTCG
259 AATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
*
3662 TATAAAGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGA
324 TATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGA
* * *
3727 ATCTCAACTCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCCTTTTTAGCAAAAAAAAG
389 ATCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAG
* *
3792 TGATGGTTAGTACACGATTTCTGGTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCAAT
454 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAAT
* * * *
3857 TTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACACCAAAAAGGTTTAAGGACTTTTCGTG
519 TTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTG
* * * *
3922 CTTGTCATTTCGTTTTTCATATTTTTCTGAATCAATTTCTAAATAATTCAAAACAAGATTCAAAT
584 CTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAAAT
*
3987 GCTTGTAAAAACAAATCTTT
649 GCTCGTAAAAACAAATCTTT
4007 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
** *
4072 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGTTCGGAAACGCGTTTTCAGCCAAAAACCGTGATGGT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * *
4137 TAGTACACGATTCCAGCTTAAATTTTGTAGAAAATGACCCGAATAATTTTCCTCAA-TTTTGGCT
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCT
* *
4201 AAAATATCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAA-GATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTAA
196 AAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
* *
4265 TATCGTATTTCAAATTTTTCT-ATATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT
261 TATCGTTTTTCAAATTTTTCTGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * * * * *
4329 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATCTGACTGAGATTTGATAAAATGAATATAGATATTTCAAGGAG
325 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
* * * * **
4394 TCTCGACGGCAAAAATCATGCAAAACTTAGCTGTAGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAC
390 TCTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-AGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAA-
* * *
4459 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCATAAAATTTTGCCAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCA
453 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGG-GTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCA
* * * * * *
4524 CTTTTTCGCTAAAGTACTCATGAAATATATATAATTTAACGCTAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCG
517 ATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCG
* * *
4589 TGCTTTTCATATCGTGTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTTAAAACAAGATTTAA
582 TGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAA
*
4654 ATGCTTGTAAAAACAAATCTTT
647 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* * * *
4676 AAATTCAATTGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTCGTCTCGGC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
* * * * * * * *
4741 GCAGAAAACAATGCAAAAGTAAGCCGGGTCACGGGAACGCGTTTTTAGCCAATAACTGTGATGGT
66 GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
*
4806 TAATACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTCTCCTCAATTTTTGGC
131 TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTT-TCCTCAATTTTTGGC
* * *
4871 TAAAATACCCATAAAATATATACAATTTAACTCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGATTTTA
195 TAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
* *
4936 ATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
260 ATATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
*
5001 TTAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
325 ATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAA
* * **
5066 TCTCAACGCCAAATAATCATGCAAATCTGAGCCGGAGCCCAAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACC
390 TCTCAACGCCAAA-AATCATGCAAAACTGAGCC-GAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAA
* *** * * * *
5131 GTGATGGTTAGTACACGATTCCAACTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTCTC-TCAA
453 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAA
* * *
5195 TTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGACTGGAGGACTTTTCA
518 TTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGG-TTGAAGGACTTTTCG
* * * * ** * * *
5260 CGCATTTAATATCGTTTTTCAGATTCCTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
582 TGCTTTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAA
* * *
5325 ATGCTCGTATAAACGAATCCTT
647 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* * * *
5347 AAATGC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTC
1 AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTC
5392 TAATCAAATA
Statistics
Matches: 4140, Mismatches: 505, Indels: 152
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
656 4 0.00
657 115 0.03
658 55 0.01
663 90 0.02
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665 357 0.09
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674 1 0.00
677 27 0.01
678 61 0.01
679 77 0.02
680 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (668 bp):
AAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTCTCAGC
GCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
TAGTACACGATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAATGACCCGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCT
AAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
TATCGTTTTTCAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
TAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAAT
CTCAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAGTG
ATGGTTAGTACACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCTTCAATTT
TTGGCTAAAATACCCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTGCT
TTTCATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAATTCAAAACAAGATTCAAATGC
TCGTAAAAACAAATCTTT
Found at i:12401 original size:231 final size:231
Alignment explanation
Indices: 11945--12372 Score: 662
Period size: 230 Copynumber: 1.9 Consensus size: 231
11935 GTTAGTACAC
** *
11945 GATTTCGGGTAAAATTTGCAAAAAAATGCCCCGAAAATTTTTTCTTCTATTTTTGGATAAAATAC
1 GATTTCGGGTAAAATTTGCAAAAAAATGCCCCGAAAAAATTTTCTTCAATTTTTGGATAAAATAC
*
12010 TAATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCATTTAATATCGTT
66 TAATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCATTTAATATCGTT
* * *
12075 TTCCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAATCAGATGCTCGTATAAACAA
131 TTCCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAAAACAA
*
12140 ATCCTCAGATGCAATCTGCCTGAGATTTGATAAGAT
196 ATCCTCAAATGCAATCTGCCTGAGATTTGATAAGAT
*
12176 GATTTCGGGTAAAATTTTGC-AAAAAATGCCCCGAAAAAATTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATA
1 GATTTCGGGTAAAA-TTTGCAAAAAAATGCCCCGAAAAAATTTTCTTCAATTTTTGGATAAAATA
* * ** * *
12240 CTCATGAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAAGGTTGAAGGACTTTTCGTGCTTTTCATATCGT
65 CTAATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCATTTAATATCGT
* * * *
12304 TTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTGAATCAAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACA
130 TTTCCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAAAACA
12369 AATC
195 AATC
12373 TTTAAATTCA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 18, Indels: 3
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
230 93 0.52
231 80 0.45
232 5 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (231 bp):
GATTTCGGGTAAAATTTGCAAAAAAATGCCCCGAAAAAATTTTCTTCAATTTTTGGATAAAATAC
TAATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCATTTAATATCGTT
TTCCAAATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAAAACAA
ATCCTCAAATGCAATCTGCCTGAGATTTGATAAGAT
Found at i:13014 original size:329 final size:330
Alignment explanation
Indices: 12176--13203 Score: 1018
Period size: 338 Copynumber: 3.1 Consensus size: 330
12166 TTGATAAGAT
* *
12176 GATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAAATTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATAC
1 GATTTCAGGT-AAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATAC
* *
12241 TCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGAAGGACTTTTC-GTGCTTTTCATATCGTT
65 TCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAG-GCTTTTAATATCGTT
* * * *
12305 TTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTGAATCAAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAA
129 TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAA
* * * * * * * *
12370 ATCTTTAAATTCAAATGTAGCTGATATTTGATTTGATAAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTGTT
193 ATCCTTAAATGC-AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATC----T
* * * ** * * *
12435 C-TCGGCGCAGAAAATAATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCGGAAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCG
253 CATCGGC-CA-AAAATCATGCAAAACTAAGTCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACG
12499 TGATGGTTAGTACAC
316 TGATGGTTAGTACAC
* * * * * * * *
12514 GATTCCAGCTTAGATTTTGCAGAAAAGGACCCGAAAAATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
1 GATTTCAG-GTAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATAC
* * * * * *
12579 CCATAAAATATATATAATTTAACTCCTAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
65 TCATGAAATATATATAATTTAACGCC-AAAAAGATTGAAGGACTTTTCAGGCTTTTAATATCGTT
* * *
12644 TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAAA-GGAAACAAGGTTCAGATGCTCGTATAAACG
129 TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAA-TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA-AAACA
* *
12708 AATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAATCTCAAC
192 AATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTCATC
* *
12773 -GCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAATAACGTGAT-
257 GGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAA-AACGTGATG
12835 G-TAGTACAC
321 GTTAGTACAC
* *
12844 GATTTC-GGTAAACTTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCTATTTTTGGATAAAATAC
1 GATTTCAGGTAAA-TTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATAC
* * * ** ** **
12908 TAATGAAATA-GTATAATTCAACGCCAAAACTATTTTAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTT
65 TCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTT
* * * * * * *
12972 TTCCAATTTTTTTCTGAATTTATTTATAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATACTTGTAAAATTA
130 TT-C-ATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA-CA
* * * * *
13037 AATTCGTAAATGCATTGTGGCTGAGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCGA-GAA-GTCA
192 AATCCTTAAATGCAATGTGGCT--GAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTCA
* * * * * *** * *
13100 TTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCAGGTGCCCCGAAACATATTTTTAGCCAAAAACCGTG
255 -TCGGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTC-CGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACGTG
**
13165 ATGGAAAGTACAC
318 ATGGTTAGTACAC
*
13178 GATTT-TGGCTAAAATTTTGCAAAAAA
1 GATTTCAGG-T-AAATTTTGCAAAAAA
13204 CGTGACCCG
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 96, Indels: 49
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 34 0.06
328 23 0.04
329 115 0.20
330 17 0.03
331 76 0.13
332 31 0.05
333 25 0.04
334 18 0.03
335 14 0.02
336 3 0.01
338 117 0.20
339 94 0.16
340 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
GATTTCAGGTAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACT
CATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTT
TCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATC
CTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTCATCGGCC
AAAAATCATGCAAAACTAAGTCCGAGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACGTGATGGTTAG
TACAC
Done.