Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019195.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19228, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:621 original size:323 final size:321
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Indices: 102--695 Score: 813
Period size: 323 Copynumber: 1.8 Consensus size: 321
92 ACGAGAATCT
*
102 GAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGGAAAACAATATTAGAAGCGT
1 GAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
*
167 GAAAAGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCTAAGTATTATGCCAAAGAATTG
66 GAAAAGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCCAAGTATTATGCCAAAGAATTG
* * * *
232 AGAATAAAAATTTTAGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTTTTTGGCTA
131 AGAATAAAAATTTTAGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTGGGCTA
** * *
297 AAAACGCGTTTC-GGGACCCAT-TCAGTTTTGCATGATTTTTTTTCTAGAAAGACTCCTTGAAAT
196 AAAACAAGTTTCGGGGA--CATGTCAGTTTTGCATGATTTTTGTAC-AGAAAGACTCCTTGAAA-
360 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTTTGTTTAAGCATTTATTTTTACAACCACCCC
257 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTTTGTTTAAGCATTTATTTTTACAACCACCCC
* * *
425 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAATGAA-ATTAGAAGC
1 GAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAAAATGGAAAAA-CAATATTAGAAGC
* * * * ** * * *
489 GTGGCAAATC-CTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCCATGTATTGTGGCAAAGA
64 GT-GAAAAGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTCCAAGTATTATGCCAAAGA
*
553 ATTGAG-A-AAAAATTTTAGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCTTATACTAACCATCACGGTTTTGG
127 ATTGAGAATAAAAATTTTAGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTGG
* * *
616 GCTAAAAACAAGTTTCGGGGACATGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGTACAGAGAGAGTCCTTGA
192 GCTAAAAACAAGTTTCGGGGACAT-G-TCAGTTTTGCATGATTTTTGTACAGAAAGACTCCTTGA
*
681 AAATCTTTATTCATC
255 AAATCTATATTCATC
696 AAGCACCTGA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 27, Indels: 16
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
322 3 0.01
323 109 0.46
324 71 0.30
325 53 0.22
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (321 bp):
GAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGT
GAAAAGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCCAAGTATTATGCCAAAGAATTG
AGAATAAAAATTTTAGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTGGGCTA
AAAACAAGTTTCGGGGACATGTCAGTTTTGCATGATTTTTGTACAGAAAGACTCCTTGAAAATCT
ATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTTTGTTTAAGCATTTATTTTTACAACCACCCC
Found at i:1318 original size:325 final size:320
Alignment explanation
Indices: 702--2522 Score: 2105
Period size: 324 Copynumber: 5.6 Consensus size: 320
692 CATCAAGCAC
* * * * * *
702 CTGAATTTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGTTACTGGATGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* ** * * * * *
764 GTTAAAAG-TCCTTCGATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATATGAGTATTGTGGCACAAA
66 GTGAAAAGCT-CGACAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTT-TCTGAGTATTGTGGCAAAAA
* * * * *
828 ATGGAG-AAAAATTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAGATTGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTT
129 ATTGAGAAAAAAAT-TTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG---TTTT
* * * *
892 TTGGCTAAAAACGCATTC-GAAAGACCCAGCTCAAGTTTGCATGATTCTTGGCATAAAGACTCCT
190 TTGGCTAAAAACGCGTTCTG-GAGCCCCA-CTCAATTTTGCATGATTCTTGGCATAAAGACTCCT
* * *
956 TGAAATATCTATATTTATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAGAATTAAGGATTTATTTTTATGAG
253 TGAAATATCTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTATTTTTACGAG
1021 AAT
318 AAT
* * * *
1024 CAGAATCTTGTTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGTAAAAACGATATTATAAG
1 CTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
* * *
1089 CGTGAACAGCTCGACAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
65 CGTGAAAAGCTCGACAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
*
1154 TTGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAACCGTGTACTAACCATCACGGTTAGTTTTG
130 TTGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT--TTTTG
* * * *
1219 GCTAAAAACACGCTCTGGAGCCCCGAATCAATTTTGCATGAGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGA
193 GCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCC-ACTCAATTTTGCATGA-TTCTTGGCATAAAGACTCCTTGA
* * *
1284 AATATCTATATTCATTGACCCAAATCTTAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGATAAT
256 AATATCTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTATTTTTACGAGAAT
*
1349 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAACACGATATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* *
1414 GTGAACAGCTCGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAATA
66 GTGAAAAGCTCGACAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA-A
* * * * * *
1479 AATGAG-TAAAAATTTCGGGTCAATTTTTAGTCGAAATTGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTTG
129 ATTGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTTG
* * * *
1543 GCTAAAAACGCGTTGC-AGAGCCCCGGCTCAAGTTTGCATGATTCTTGGCATCAAGACTCCTTGA
193 GCTAAAAACGCGTT-CTGGAGCCCC-ACTCAATTTTGCATGATTCTTGGCATAAAGACTCCTTGA
**
1607 AATATCTATATTTGTTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTATTTTTACGAGAAT
256 AATATCTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTATTTTTACGAGAAT
* * *
1672 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGTAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAA
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
*
1737 CGTGAAAAGCTCGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
65 CGTGAAAAGCTCGACAATATTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
* * * *
1802 AATGAGAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTTGCCGAAATCGTGTACT--TCATCACGG-TTTTTGG
129 ATTGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGG
* * * * * * * * *
1864 CTTAAAATGCATTCCGGAGCCCCAGTTCAATTTTGCATTATTATTGGCGTAAACACTCCTTGAAA
194 CTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCA-CTCAATTTTGCATGATTCTTGGCATAAAGACTCCTTG-AA
* * * *
1929 ATATCTATATTCATTGGA-CCAAATCTCAGCCATATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTACCATAA
257 ATATCTATATTCATT-GACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTT-ATTTTTACGAGAA
1993 T
320 T
* * *
1994 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGAAAAAAATGGGAAAATGATATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * * *
2059 GTGAAAAGCTC-ATCAATGTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCTAAGTATTATGGCAAAGAA
66 GTGAAAAGCTCGA-CAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
** * *
2123 TTGAGAAAAAAAATTTTATGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCATGG-TTTTTG
130 TTGAG-AAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG
* * * * * ** *
2187 GCTAAAAACACGTTTCGGGA-CCCCATTCAGTTTTGCATGATTTTTTTTCTAGAAAGACTCCTTG
193 GCTAAAAACGCG-TTCTGGAGCCCCACTCAATTTTGCATGA-TTCTTGGC-ATAAAGACTCCTTG
* * * **** * *
2251 AAATATTTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTTTGTTTAAGCATTGATTTTTACGAGCA
255 AAATATCTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTATTTTTACGAG-A
**
2316 CC
319 AT
* * * *
2318 CCGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAATGAAATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * * * ** *
2382 GTGGCAAATC-CTACAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCT-ATGTATTGTGGCAAAG
66 GT-GAAAAGCTCGACAATATTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTCTGA-GTATTGTGGCAAAA
* * * *
2445 AATTGAGAAAAAATTTTAGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACGG-TTTTGG
128 AATTGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG
2509 GCTAAAAACGCGTT
193 GCTAAAAACGCGTT
2523 TCGGGGCCAT
Statistics
Matches: 1301, Mismatches: 161, Indels: 75
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 80 0.06
321 115 0.09
322 151 0.12
323 216 0.17
324 418 0.32
325 239 0.18
326 80 0.06
327 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (320 bp):
CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
GTGAAAAGCTCGACAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
TGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCT
AAAAACGCGTTCTGGAGCCCCACTCAATTTTGCATGATTCTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATAT
CTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTATTTTTACGAGAAT
Found at i:4103 original size:320 final size:316
Alignment explanation
Indices: 3405--4386 Score: 1018
Period size: 320 Copynumber: 3.1 Consensus size: 316
3395 TTTTTTGCGT
* * *
3405 AAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATTGACTCAAATCTCAGCCACATTAAAGTTAAGGATTTG
1 AAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTAAC-CAAATCTCAGCCACATTAAA-TTAAGGATTTG
* * * * **
3470 TTTTTTCGATAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAATTTAATTCGGAAAAAAAAAAAGAAA
64 TTTTTACGAAAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG---AAAAAATGGAAA
** * * **
3535 AACGATATTAGAAGTGTGAAAAGATCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTCTGG
126 AATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTTCTAA
* * * * *
3600 GTATTGT-----G---GA-AAATAAA-TTTCGGGTCAA-TGTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACC
190 GTATTGTGAAAAGATTGAGAAAAAAATTTTAGGGT-AACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * * * * **
3654 ATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGTG-TTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGGC-G
254 ATCAT-GATTTTGGCTAAAAACGAGTTTCAGG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGTTTTTTTACAG
* * *
3717 TAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTAAACCAAATCTCAGCCACATTAAAAATAATGATTT
1 -AAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATT-AACCAAATCTCAGCCACATT-AAATTAAGGATTT
*
3782 GTTTTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATGGAAAAA
63 GTTTTTACGAAAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA
* * **
3846 TAATATTTGAAGCGTGAAAAGCTCGACAATCTTTTTGTTATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTA
128 TAATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTA
3911 TTGTAGAAAAGTATTGAGAAAAAAATTTTAGGGTAACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
193 TTGT-GAAAAG-ATTGAGAAAAAAATTTTAGGGTAACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
*
3976 CATGATTTTGGACTAAAAACGAGTTTCAGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGCTTTTTTTTACAG
256 CATGATTTTGG-CTAAAAACGAGTTTCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATG--TTTTTTTACAG
* * *
4040 AATGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCCCAGCCACATT-AATTAAGGATTTGT
1 AAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT-TAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTAAGGATTTGT
* * *
4104 TTTTAAGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAA
65 TTTTACGAAAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAATGGAAAAA
*** * * *
4168 TGAA-ATTAGAAGCGTGAAAA-CAATTCAAT-TTTGTTGGCGTTGAATTATATATTTTTACTATG
128 T-AATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTT-TTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAG
* * * *
4230 TATTGTGACAAAGAATTGAG-AGAAAATTTTAGGTTTAGC-TTTTAGCCGAAATCTTGTACTAAC
191 TATTGTGA-AAAG-ATTGAGAAAAAAATTTTAGG-GTAACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * ** *
4293 CATCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCA-TTTCGGGGCCATGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTTAC
253 CATCATGATTTT-GGCTAAAAACG-AGTTTCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATG-TTTTTTTAC
4357 AG
315 AG
4359 AAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
1 AAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
4387 CGAGCACCTG
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 70, Indels: 54
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
308 15 0.03
309 55 0.10
313 99 0.17
314 6 0.01
318 2 0.00
319 64 0.11
320 190 0.33
321 56 0.10
322 78 0.14
323 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (316 bp):
AAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATTAACCAAATCTCAGCCACATTAAATTAAGGATTTGTT
TTTACGAAAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAATAA
TATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTG
TGAAAAGATTGAGAAAAAAATTTTAGGGTAACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGA
TTTTGGCTAAAAACGAGTTTCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGTTTTTTTACAG
Found at i:4622 original size:278 final size:276
Alignment explanation
Indices: 4116--4663 Score: 628
Period size: 278 Copynumber: 2.0 Consensus size: 276
4106 TTAAGAGAAT
* * * *
4116 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAAAATGAAATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGAAACTAGAAGC
* * * *
4181 GTGAAAACAATTCAATTTTGTTGGCGTTGAATTATATATTTTTACTATGTATTGTGACAAAGAAT
66 ATGAAAACAATTCAATTTTGTTGCCGTTCAATTATATATTTTTACTATGTATTGTGACAAAAAAT
* * * * *
4246 TGAGAGAAAATTTTAGGTTTAGCTTTTAGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTA
131 TGAGAAAAAATCTTAGGGTCAGCTTTTAGCCAAAATC-TGTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTA
* * *
4311 AAAACGCATTTCGGGGCCATGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTTACAG-AAAGACTCATTGAAAT
195 AAAACGCATTTCGGGGCCACGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGAC-GTAAAGACTCATTGAAAT
4375 ATCTATATTCATCGAGCAC
258 ATCTATATTCATCGAGCAC
* ** * *
4394 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGTAATTAATTCGG-AAAAAAATGGAAAAACGTTACTGGATG
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATCA-AAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGAAACTAGAAG
** * *
4458 CATGAAAACTCCTTCAATCTTT-TTGCCGTTCAATTATATATTTTTTCTGA-GTATTGTGGCAAA
65 CATGAAAAC-AATTCAAT-TTTGTTGCCGTTCAATTATATATTTTTACT-ATGTATTGTGACAAA
* *
4521 AAATTGAGAAAAAAATCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATC-GTA-T-ACGTCATCACGGTCTT
127 AAATTGAG-AAAAAATCTTAGGGTCAGCTTTTAGCCAAAATCTGTACTAAC--CATCACGGT-TT
* ** * * *
4583 T-GGCTAAAATCGTGTTT-GGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCT
188 TGGGCTAAAAACGCATTTCGGG-GCCACGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCAT
4646 TGAAATATCTATATTCAT
252 TGAAATATCTATATTCAT
4664 TGACCCAAAT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 33, Indels: 21
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
276 3 0.01
277 37 0.16
278 96 0.42
279 61 0.27
280 30 0.13
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (276 bp):
CTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGAAACTAGAAGC
ATGAAAACAATTCAATTTTGTTGCCGTTCAATTATATATTTTTACTATGTATTGTGACAAAAAAT
TGAGAAAAAATCTTAGGGTCAGCTTTTAGCCAAAATCTGTACTAACCATCACGGTTTTGGGCTAA
AAACGCATTTCGGGGCCACGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCATTGAAATATC
TATATTCATCGAGCAC
Found at i:4976 original size:320 final size:322
Alignment explanation
Indices: 4394--5759 Score: 1591
Period size: 320 Copynumber: 4.2 Consensus size: 322
4384 CATCGAGCAC
* * * * * *
4394 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGTAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGTTACTGGATGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * *
4459 ATGAAAA-CTCCTTCAATCTTTTTGCCGTTCAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
65 ATGAAAAGCT-CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
* * *
4523 ATTGAGAAAAAAATCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATACGT---CATCACGGTCTTTG
129 ATTGAGAAAAAAATCTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAACCATCACGGTCTTTG
* * ***
4585 GCTAAAATCGTGTTTGGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAA
194 GCTAAAAACGCGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAA
* * *
4650 ATATCTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTCACGATAAT
259 ATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAT
* * *
4714 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-GAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCG
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCA
* * *
4778 TGAAAAGCTCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT-GGGGTATTGTGGCAAAAAAT
66 TGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* *
4842 TGAGGAAAAAAAAT-TTCAGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTG
131 TGA-G-AAAAAAATCTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAACCATCACGGTCTTTG
* * * * *
4905 GCTAAAAAGGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTACAAT-ATTCTTGGCGTAAATACTCCTTGA
194 GCTAAAAACGCGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGC-ATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGA
* *
4969 AATATCTATATTCATTGAACCGAATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTTACGAGA
258 AATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTG--TTTTTACGAGA
5034 AT
321 AT
*
5036 TTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAATAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * *
5100 ATGAAAATCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAGAA
65 ATGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * * *
5165 TT--GAAAAAAATCTT-AGGGCCAGTTTTTAACCGAAATCGTGTACTTAACTATCACGGTCTTAG
130 TTGAGAAAAAAATCTTCA-GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAACCATCACGGTCTTTG
* * * * * * ** * *
5227 GCTAAAAACTCGTTTCAGGGTCCC-GTTCAGTTTTGCATGATTTTTTTACAG-AAAAACTCCTAG
194 GCTAAAAACGCGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGC-GTAAAGACTCCTTG
* ** * * * *
5290 AAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGCATTTATTTTTACGAGCA
257 AAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAA
*
5355 C
322 T
* * ** * * * *
5356 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCGGAAAAAATAGAAAATTGTTACTGGAAGCC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCA
* * * * *
5421 TGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATATGAGTATTGT-GCAAAAAAT
66 TGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * * *
5485 TGACAAAAAAAATCCTTC-GAGTTAGTTTTTAGCCGAGATCATGTAC-TAACCATCACGGTTTTT
131 TGA-GAAAAAAAT-CTTCAG-GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAACCATCACGGTCTTT
* * * *
5548 GGCAAAAAAACGTGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTA
193 GGC-TAAAAACGCGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTG
* * * **
5613 AAATATCTATATTAATCGAACCAAATCTTAGCCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAA
257 AAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAA
5678 T
322 T
** *
5679 CT-AATCTTGTTTTCGATTTAAAAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAG
1 CTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
* * *
5743 CGTAAAAAGCTCATCAA
64 CATGAAAAGCTCTTCAA
5760 CACGATCAAA
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 138, Indels: 56
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
317 22 0.03
318 85 0.10
319 19 0.02
320 261 0.30
321 63 0.07
322 162 0.18
323 204 0.23
324 62 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCA
TGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
TGAGAAAAAAATCTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAACCATCACGGTCTTTGGC
TAAAAACGCGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAAT
ATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAT
Found at i:5687 original size:642 final size:640
Alignment explanation
Indices: 4394--5743 Score: 1738
Period size: 642 Copynumber: 2.1 Consensus size: 640
4384 CATCGAGCAC
* * * * * *
4394 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGTAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGTTACTGGATGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* *
4459 ATGAAAACTCCTTCAATCTTTTTGCCGTTCAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
66 ATGAAAACTCCTTCAATCTTTTTGCCATTCAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * *
4524 TTGAGAAAAAAATCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATACGTCATCACGGTCTTTGGCTA
131 TT-AGAAAAAAATCTTAGGGCCAGTTTTTAACCAAAATCGTATACGTCATCACGGTCTTAGGCTA
** * * *
4589 AAATCGTGTTTGGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATAT
195 AAATCGTGTTCAGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGACGTAAAAACTCCTAGAAATAT
* * * * * *
4654 CTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTCACGATAATCTGAA
260 CTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTAAAATTAAGCATTTATTTTCACGAGAACCTGAA
* * * *
4719 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
325 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAGAAAAATGATACTAGAAGCCTGAAAA
* * * *
4784 GCTCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGGGGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAA
390 CCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGCAA
* * * *
4849 AAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAG
455 AAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAAC
* * *
4914 GCGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTACAATATTCTTGGCGTAAATACTCCTTGAAATATCTATA
520 GCGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTACAATATTCTTGGCGTAAAGACTCATTAAAATATCTATA
* * *
4979 TTCATTGAACCGAATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTTACGAGAAT
585 TTAATCGAACCAAATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTG-TTTTTTACGAGAAT
* * *
5036 TTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAATAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
1 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * *
5100 ATGAAAA-TCTCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAGA
66 ATGAAAACTC-CTTCAATCTTTTTGCCATTCAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAA
* * *
5164 ATT-GAAAAAAATCTTAGGGCCAGTTTTTAACCGAAATCGTGTACTTAACTATCACGGTCTTAGG
130 ATTAGAAAAAAATCTTAGGGCCAGTTTTTAACCAAAATCGTATACGT--C-ATCACGGTCTTAGG
* * * *
5228 CTAAAAACTCGT-TTCAGG-GTCCC-GTTCAGTTTTGCATGATTTTTTTACAG-AAAAACTCCTA
192 CT-AAAA-TCGTGTTCAGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGAC-GTAAAAACTCCTA
** * * *
5289 GAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGCATTTATTTTTACGAGC
253 GAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTAAAATTAAGCATTTATTTTCACGAGA
* * * *
5354 ACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCGGAAAAAATAGAAAATTGTTACTGGAAG
318 ACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATAGAAAAATGATACTAGAAG
* *
5419 CCTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATAT-GAGTATTGT-GCAAAA
382 CCTGAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTT-T-TGGAGTATTGTGGCAAAA
* *
5482 AATTGA-CAAAAAAAATCCTTC-GAGTTAGTTTTTAGCCGAGATCATGTACTAACCATCACGGTT
445 AATTGAGCAAAAAAAAT--TTCAG-GTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTT
* * * *
5545 TTTGGCAAAAAAACGTGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGC-ATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
507 TTTGGC-AAAAAACGCGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTACAAT-ATTCTTGGCGTAAAGACTC
* * **
5609 ATTAAAATATCTATATTAATCGAACCAAATCTTAGCCACATTGGAATTAAGGATTTG-TTTTTAC
570 ATTAAAATATCTATATTAATCGAACCAAATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTAC
5673 GAGAAT
635 GAGAAT
* *
5679 CT-AATCTTGTTTTCGATTTAAAAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAG
1 CTGAATCTTG-TTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAG
5743 C
65 C
5744 GTAAAAAGCT
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 79, Indels: 34
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
639 37 0.06
640 2 0.00
641 108 0.18
642 164 0.27
643 106 0.17
644 98 0.16
645 96 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (640 bp):
CTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
ATGAAAACTCCTTCAATCTTTTTGCCATTCAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAA
TTAGAAAAAAATCTTAGGGCCAGTTTTTAACCAAAATCGTATACGTCATCACGGTCTTAGGCTAA
AATCGTGTTCAGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGACGTAAAAACTCCTAGAAATATC
TATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTAAAATTAAGCATTTATTTTCACGAGAACCTGAAT
CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAGAAAAATGATACTAGAAGCCTGAAAAC
CCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGCAAA
AAAAATTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAACG
CGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTACAATATTCTTGGCGTAAAGACTCATTAAAATATCTATAT
TAATCGAACCAAATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTACGAGAAT
Found at i:6245 original size:558 final size:556
Alignment explanation
Indices: 5278--6311 Score: 1446
Period size: 558 Copynumber: 1.9 Consensus size: 556
5268 TTTTTTACAG
** *
5278 AAAAACTCCTAGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGCATTTA
1 AAAAACTCCTAGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTAAAATTAAGCATTTA
* * * *
5343 TTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATTCGGAAAAAATAGAAAATT
66 TTTTTACGAGAAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAATC
* ** * * * *
5408 GTTACTGGAAGCCTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATATGAGTAT
131 GATACTACAAGCCTGAAAACACCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTATATATTTTATATGAGAAT
* * * *
5473 TGTGCAAAAAATTGACAAAAAAAATCCTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAGATCATGTACTAACCAT
196 TGTGCAAAAAATTGACAAAAAAAA-CATTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCAT
* * * * *
5538 CACGGTTTTTGGCAAAAAAACGTGTTCCAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAA
260 CACAGTTTCTGGCAAAAAAACGTGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGGCGTAA
* * **
5603 AGACTCATTAAAATATCTATATTAATCGAACCAAATCTTAGCCACATTGGAATTAAGGATTTGTT
325 AGACTCATTAAAATATCTATATTAATCAAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTT
* *
5668 TTTACGAGAATCTAATCTTGTTTTCGATTTAAAAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACG
390 TTTACGAAAATCGAATCTTG-TTTCGATTTAAAAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACG
5733 ATATTAGAAGCGTAAAAAGCTCATCAACACGATCAAATTCTTCGGGTCAGTTTTTGGCTAAAAAC
454 ATATTAGAAGCGTAAAAAGCTCATCAACACGATCAAATTCTTCGGGTCAGTTTTTGGCTAAAAAC
5798 GTTTTTAATCCGGCTCAATTTTGCATGATTTATGGCGT
519 GTTTTTAATCCGGCTCAATTTTGCATGATTTATGGCGT
* * * ** * *
5836 AAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGATCCAAATCTCAGCTGCATTAAAATTAAGGATTTG
1 AAAAACTCCTAGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTAAAATTAAGCATTTA
* *
5901 TTTTTACGATAAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGATAAA-
66 TTTTTACGAGAAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGA-AAAT
* * * * * * *
5965 CGATATTACAAGCGTGAAAAGATCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTATATATTTTTTCTGGGAA
130 CGATACTACAAGCCTGAAAACACCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTATATATTTTATATGAGAA
* * * *
6030 TTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAAA-ATTCGGGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACC
195 TTGT-GC-AAAAAATTGACAAAAAAAACATTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * *
6094 ATCACAGTTTCTGGC-TAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGTCGT
258 ATCACAGTTTCTGGCAAAAAAACGTGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGGCGT
* * *
6158 AAAGACTCCTTGAAAA-ATCTATATTCATTAAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTT
323 AAAGACTCATT-AAAATATCTATATTAATCAAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTT
** *
6222 GTTTTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAA
387 GTTTTTACGAAAATC-GAATCTTGTTTCGATTTAAAAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAA
*
6287 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTC
451 ACGATATTAGAAGCGTAAAAAGCTC
6312 GACAATCTTT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 59, Indels: 11
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
557 171 0.42
558 218 0.53
559 5 0.01
560 18 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (556 bp):
AAAAACTCCTAGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAACCACATTAAAATTAAGCATTTA
TTTTTACGAGAAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAATC
GATACTACAAGCCTGAAAACACCGTCAATCTTTTTGGCCTTGAATTATATATTTTATATGAGAAT
TGTGCAAAAAATTGACAAAAAAAACATTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATC
ACAGTTTCTGGCAAAAAAACGTGTTCCAGAGCCCCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGGCGTAAA
GACTCATTAAAATATCTATATTAATCAAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTT
TTACGAAAATCGAATCTTGTTTCGATTTAAAAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGAT
ATTAGAAGCGTAAAAAGCTCATCAACACGATCAAATTCTTCGGGTCAGTTTTTGGCTAAAAACGT
TTTTAATCCGGCTCAATTTTGCATGATTTATGGCGT
Found at i:7148 original size:323 final size:318
Alignment explanation
Indices: 5807--10578 Score: 4341
Period size: 322 Copynumber: 14.8 Consensus size: 318
5797 CGTTTTTAAT
* ** * *
5807 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTATGGCGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGATCCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
** * *
5872 ATCTCAGCTGCATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGATAAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * **
5937 AGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGATAAACGATATTACAAGCGTGAAAAGATCGTCAATCTTTTT
131 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * * ** *
6001 GGCCTTGAATTATATATTTTTTCTGGGAATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTCGGGTC
196 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAAAATTTTAGGGTC
* * * * * *
6066 AGATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
260 AGTTTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * * * * *
6129 CCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGTCGTAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTCATTAAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* *
6194 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* *
6259 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGACAATCTTTTT
131 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * *
6324 GGCGTTGCATTATATATTTTTTTTTGGGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATATTTTA-GG
196 GGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAA-ATTTTAGGG
* * * * *
6388 TCAGTTTTTAGTCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGGCGTTCCAGAGCC
258 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
** * * * * *
6453 ATGTCTCAATTTTACATGATTCTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATTGAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* *
6518 ATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTACGAGAATATGAATCTTGTTTCGATTTAAT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTG-TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * * * * *
6583 TAGAATTTGATTCGG-AAAAAATGGAAAAATGTTACTGGAAGCCTGAAAACCCCTTCAATCTTTT
130 TAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTT
* * * * * * **
6647 TGGCGTTGAATTATATATTTTATATGAGTATTGTGGCAAAAAATT----AAGAAATATTCGAGAA
195 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTAGGGTC
* * * *
6708 AGTTTTTAGCCGAGATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAAAACGTGTTCCGGAG
260 AGTTTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACTATCACGGTTTTTGGC----TAAAAACGCGTTTCGGAG
*
6773 CT
317 CC
** * * * *
6775 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTAAAATATCTATATTCATCGAATCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* ** * * * *
6840 ATCTCAGTCACATTGGAATTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATA
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * *
6905 AGAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATATTT
131 AGAAATTAATTCGG-AAAAAAATG-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTT
* ** * * * * *
6970 TGGGAATTGGATTATATATTTTTTCTGAGTACTGTGGCAAGAAATTGAG-AAAAACTTTTAGAGT
194 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTAGGGT
* * * *
7034 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTTCGGGGCG
259 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * ** *
7094 CTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTTTTTACAAAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCT-A
1 CCGGCTCAATTTTGCATGA---TTTTTTT-CGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-TGA
** ** * * * *
7158 GTCAAATCTCAGCCACATTGGATTTCAGGATTTGTTTTTATGA-ATATCTCAATCTTGTTTCGAT
61 ACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGA-ATCTGAATCTTGTTTCGAT
* * ** * * * *
7222 TTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGAT
125 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAAT
* * * * * * * * *
7287 ATTTTTGACGTTGAATTTTATCTTTTTT-TTAGTATTGTTGCAAAGAATTGAG-AAAAACTTTTC
190 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTA
**
7350 GGGTCAGTTTCTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAAATCGGGTTTTT-GCTAAAAACGC
255 GGGTCA------GT----TTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCA-C-GGTTTTTGGCTAAAAACGC
7414 GTTTCGG-G-C
308 GTTTCGGAGCC
* * * * * *
7423 CCTGTTCAGTTTAGCATGATTTTTTTACAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACG
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTT-C-GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACC
* * * * * * *
7487 AAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGCATTTATTTTTACGAGCACCTGAATCTTGATTCGATTTAA
64 AAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * * * * * * *
7552 TTAGGAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGTTACTGGTAGTGTGAAAACCCCTTCAATCTTT
129 TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTT
* * * *
7617 TTGGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTGTGGTAAACAATTGAG-AAAAAATTCTTCA-G
194 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATT-TT-AGG
* * *
7680 GTCAGTTTTTAGCCGAGATCGTG--C-A-CA--GTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
257 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * ** * * *
7736 CCGGCTTAATTTTGCATGATTTATGGCGTAAAAACTCCTTCAAATATCTATATTCATTGACCCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
** * * *
7801 ATCTCAGCTGCAGTAAAATTAAAGATTTGTTTTTACGATAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * **
7866 AGAAATTAATTCGG--AAAAATGGATAAACGATATTACAAGCGTGAAAAGATCGTCAATCTTTTT
131 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * * * *
7929 GGCCTTAAATTATATATTTTTACTGGGTATTGTGGCAAAAAAAATTGAGAAAATAAAAAAATTT-
196 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAAATTGAG---A-AAAAAATTTTA
* ** ** *
7993 CGGTCAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGA
255 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGA
8058 GCC
316 GCC
* * * * * *
8061 CCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGTCGTAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTCATTAAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* * * * *
8126 TTCTCAGCCACATTAAAATCAAGGATTTGTTCTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
*
8191 AGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTT
131 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * * *
8255 GGCGTTGAATTATATATATTTTCTGGGTATTGTGGTAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCA-GGT
196 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG--AAAAAAATTTTAGGGT
** * * * * *
8319 CAGTTTTTAATCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAAGGCGTTCCAGAGCC
259 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * * *
8383 CCGGCTCAATTTTACATGATTCTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATTGAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
*
8448 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCAATTTAAT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTG-TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * * * * * *
8513 TAAAAATTGATTCGG-AAAAAATGGAAAAATGTTACTGGAAGCCTGAAAACCCCTTCGATCTTTT
130 TAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTT
* * * * * *
8577 TGACGTTGAATTATATATTTTATATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATCCTTCGAGT
195 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTAGGGT
* * * * * *
8642 CTGTTTTTAGCCGAGATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAAACGTGTTCCGGAGCC
259 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACTATCACGGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* ** ** * *
8707 CCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTTATTAAAATATCTATATTCATCGAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* ** * *
8772 ATCTCAAG-CACAATGGAATTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTAAATCTTGTTTTCGATTTAA
66 ATCTC-AGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAA
* * *
8836 TAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTT
129 TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTT
* ** * * * *
8901 TGGGAATTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAGAAATTGTG-AAAAACTTTTAGGGT
194 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTAGGGT
* * * * * * *
8965 CAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTAACACGTTTTTTGACTAAAAATGTGTTTCGGGGCC
259 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * * * ** *
9029 CTGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTTTTTTTACAAAACGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCT
1 CCGGCTCAATTTTGCATGA--TTTTTTTCGT---AAA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-T
* ** * * * * *
9094 -AGCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCATTCTTGTTTCGA
59 GAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGA
* * * * * *
9158 TTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAAAAACGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTT
124 TTTAATTAGAAATTAATTCGG---AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT
* * * * * * * * *
9223 CAATATTTTTGACATTGTATTTTATCTTCTTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGAAAAA
186 CAATCTTTTTGGCGTTG-A-ATTAT-ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
** ** * ** * *
9288 AATTTCGGTTTAGTTTTTCTAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAAAATCGATTTTTTGCTAAA
248 AA--T---TTTAG--GGTC--AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCA-CGGTTTTTGGCTAAA
*
9353 AACGCGTTTCGGGGCC
303 AACGCGTTTCGGAGCC
* * * * *
9369 CC-GTTCAGTTTAGCACGATTTTTTTTACAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAC
1 CCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTTT-C-GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAAC
* * * * * * * * *
9432 GAAAACTCAGCCACATTGAATTTAAGCATTTATTTTTACGAGCACCTGAATCTTGATTCGATTTA
63 CAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * * * * *
9497 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGTTACTGGAAGCGTGAAAA-CCCCTGCGATTT
128 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT-CAATCT
* * * * * *
9561 TTTTAGTGTTGAATTATATATTTTATATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAAATCTTC
192 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAG-AAAAAAATTTTA
* * * * * * *
9626 GGGTCAATTTTTAACCGAGATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGA
255 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGA
*
9691 GTC
316 GCC
** * * * *
9694 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAAATTCCTTGAAATATCTATATTTATTGACCCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
** * *
9759 ATCTCAGCTGCATT-AAATTAAGGATTTGTTTTTATGATAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* ** *
9823 AGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGATCATCAATCTTTTT
131 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * *
9887 GGCCTTGAATTATATATTTTTTCTG-GCTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAAAAATTTCGG
196 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAG-TATTGTGGC-AAAAAATTGAG--AAAAAAATTTTAGG
* * * ** *
9951 GTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTA--ATCACAGTTTTTGGCTAAACACGTATTCCGGAGCC
257 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * * * * *
10011 CCGACTCAAATTTCCATGATTCTTGTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTAAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* * * *
10076 TTCTCGGCCACATTAAAATTAAGG-TTTGTTTTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT
66 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* ** * * *
10140 AGAAATTAATTCGGGAAAAAATGGAAAAATAATATTTGAAGCGTGAAAAGCTCGT-ACATGTTTT
131 AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCA-ATCTTTT
** * * *
10204 TGGTATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTAG-AAAAGTATTGAGAAAAAAATTTTAGGGT
195 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA-AATTGAGAAAAAAATTTTAGGGT
* * * * * *
10268 AACTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTCGCT-AAAACGCGTTTCGGGGCC
259 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
* * *
10331 CCGACACAGTTTTGCATGATTTTTTTTACAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-AA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTTT-C-GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-TGAA
*
10394 CCAAATCTCAACCACATT--AATTAAGGA-TT-TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTT
62 CCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * *
10455 AATCAGAAATTAATTTGG--AAAAAT-G----A--A-ATTAGGAGCGTGAAAA-CCCTTCAAT-T
127 AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCT
* *
10508 TTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCT-ATGTATTGTGGCAAAGAATTGAG---AGAATTTTA
192 TT-TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGA-GTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTA
10569 GGGTCAGTTT
255 GGGTCAGTTT
10579 AGGGTAAAAA
Statistics
Matches: 3665, Mismatches: 642, Indels: 303
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
305 16 0.00
307 4 0.00
308 43 0.01
309 18 0.00
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312 110 0.03
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Consensus pattern (318 bp):
CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
AGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTAGGGTCA
GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC
Found at i:8421 original size:322 final size:320
Alignment explanation
Indices: 5807--10560 Score: 4545
Period size: 323 Copynumber: 14.8 Consensus size: 320
5797 CGTTTTTAAT
* * *
5807 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTATGGCGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGATCCAA
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** * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
6194 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT
65 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* *
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130 AGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * * *
6324 GGCGTTGCATTATATATTTTTTTTTGGGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATATTTTAGGT
194 GGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAA-ATTTCAGGT
* * * * *
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257 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
** * * *
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1 CCGGCTCAATTTTGCATGATT-TTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* *
6518 ATCTCAGCCAAATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTACGAGAATATGAATCTTGTTTCGATTTAAT
65 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTG-TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * * * * *
6583 TAGAATTTGATTCGGAAAAAATGGAAAAATGTTACTGGAAGCCTGAAAACCCCTTCAATCTTTTT
129 TAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * * * **
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194 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAG-GTC
* * *
6708 AGTTTTTAGCCGAGATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCAAAAAAAAAACGTGTTCCGGAG
258 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC----TAAAAACGTGTTCCGGAG
*
6773 CT
319 CC
* * * *
6775 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTAAAATATCTATATTCATCGAATCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* ** * * * *
6840 ATCTCAGTCACATTGGAATTAAGGATTTGCTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATA
65 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * *
6905 AGAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATATTT
130 AGAAATTAATTCGG--AAAAAATG-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTT
* ** * * * * *
6970 TGGGAATTGGATTATATATTTTTTCTGAGTACTGTGGCAAGAAATTGAG--AAAAACTTTTAGAG
192 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAG-G
* * * * * *
7033 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT----ATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTTCGGGGCG
256 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
* * * ** *
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1 CCGGCTCAATTTTGCATGA-----TTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-TGA
** ** * * * *
7158 GTCAAATCTCAGCCACATTGGATTTCAGGATTTGTTTTTATGA-ATATCTCAATCTTGTTTCGAT
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* * ** * * * *
7222 TTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGAT
124 TTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAAT
* * * * * * * **
7287 ATTTTTGACGTTGAATTTTATCTTTTTT-TTAGTATTGTTGCAAAGAATTGAG-AAAAACTTTTC
188 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTC
* * *
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* *
7412 GCGTTTCGG-G-C
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* * * * * * *
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1 CCGGCTCAATTTTGCATGA--TTTTTGC-GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACC
* * * * * * *
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* * * * * * * *
7552 TTAGGAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGTTACTGGTAGTGTGAAAACCCCTTCAATCTTT
128 TTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTT
* * * * *
7617 TTGGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTGTGGTAAACAATTGAG-AAAAAATTCTTCAGG
192 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAT-TTCAGG
*
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256 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
* * * * *
7736 CCGGCTTAATTTTGCATGATTTATGGCGTAAAAACTCCTTCAAATATCTATATTCATTGACCCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTT-TTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
** * * *
7801 ATCTCAGCTGCAGTAAAATTAAAGATTTGTTTTTACGATAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
65 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* * **
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130 AGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTG
* * * *
7930 GCCTTAAATTATATATTTTTACTGGGTATTGTGGCAAAAAAAATTGAGAAAATAAAAAAATTTC-
195 GCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAAATTGAG---A-AAAAAAATTTCA
** ** *
7994 GGTCAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGAG
254 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAG
8059 CC
319 CC
* * * * *
8061 CCGACTCAATTTTCCATGATTCTTGTCGTAAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTCATTAAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG-CGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* * * * *
8126 TTCTCAGCCACATTAAAATCAAGGATTTGTTCTTACGAAAATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATT
65 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
*
8191 AGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTTG
130 AGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTG
* * *
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195 GCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAAATTTCAGGTCA
** * * * * *
8321 GTTTTTAATCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAAGGCGTTCCAGAGCC
259 GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
* *
8383 CCGGCTCAATTTTACATGATTCTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATTGAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATT-TTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
*
8448 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCAATTTAAT
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* * * * * * * * * *
8513 TAAAAATTGATTCGGAAAAAATGGAAAAATGTTACTGGAAGCCTGAAAACCCCTTCGATCTTTTT
129 TAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * *
8578 GACGTTGAATTATATATTTTATATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAATCCTTC-GAG
194 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAT--TTCAG-G
* * * *
8641 TCTGTTTTTAGCCGAGATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCAAAAAAACGTGTTCCGGAGC
256 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC-TAAAAACGTGTTCCGGAGC
8706 C
320 C
* ** * *
8707 CCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTTATTAAAATATCTATATTCATCGAACCAA
1 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAA
* ** * *
8772 ATCTCAAG-CACAATGGAATTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTAAATCTTGTTTTCGATTTAA
65 ATCTC-AGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAA
* * *
8836 TAAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTT
128 TTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTT
* ** * * * * *
8901 TGGGAATTGGATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAGAAATTGTG--AAAAACTTTTAGGG
192 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCA-GG
* * * * * * * * *
8964 TCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTAACACGTTTTTTGACTAAAAATGTGTTTCGGGGCC
256 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
* * * * *** *
9029 CTGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTTTTTTTACAAAACGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCT
1 CCGGCTCAATTTTGCATGA---TTTTTGCGT---AAA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-T
* ** * * * * *
9094 -AGCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCATTCTTGTTTCGA
58 GAACCAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
9223 CAATATTTTTGACATTGTATTTTATCTTCTTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAGAATTGAG-AAAA
184 CAATCTTTTTGGCGTTG-A-ATTAT-ATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
* * * * *
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246 AAATTTCAGG-TCAG------T----TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * *
9348 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCC
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* * * * * *
9369 CC-GTTCAGTTTAGCACGATTTTTTTTACAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAC
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* * * * * * * * *
9432 GAAAACTCAGCCACATTGAATTTAAGCATTTATTTTTACGAGCACCTGAATCTTGATTCGATTTA
62 CAAATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * * * * *
9497 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGTTACTGGAAGCGTGAAAA-CCCCTGCGATTT
127 ATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT-CAATCT
* * * *
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*
9691 GTC
318 GCC
* * * *
9694 CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAAATTCCTTGAAATATCTATATTTATTGACCCAA
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10011 CCGACTCAAATTTCCATGATTCTTGTCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTAAACCAA
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65 ATCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
** * * *
10140 AGAAATTAATTCGGGAAAAAATGGAAAAATAATATTTGAAGCGTGAAAAGCTCGT-ACATGTTTT
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** * * * *
10204 TGGTATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTAG-AAAAGTATTGAG-AAAAAAATTTTAGGG
193 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA-AATTGAGAAAAAAAATTTCA-GG
* * * * * * * *
10267 TAACTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTCGCT-AAAACGCGTTTCGGGGCC
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*
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* * * *
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126 AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTT
*
10509 TATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCT-ATGTATTGTGGCAAAGAATTGAGA
191 T-TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGA-GTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
10561 GAATTTTAGG
Statistics
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Consensus pattern (320 bp):
CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAAA
TCTCAGCCACATTAAAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
GAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGG
CGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAGGTCAGT
TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGCC
Found at i:12235 original size:319 final size:319
Alignment explanation
Indices: 10777--12776 Score: 1904
Period size: 319 Copynumber: 6.2 Consensus size: 319
10767 TTTTTTTCTT
* * *
10777 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATA
1 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAA-A-TTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * * *
10842 CTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTT
64 -TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGG-GTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * ** * *
10907 GGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGACCCAAATCTCAGCCACATTAAAATGAAGG
127 GGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
* * * * * *
10972 ATTTGTTTTTACGATATTCTGAATCTTGTTGCAATTTAATTAGAAATTAATTC-G---GAAAAAT
192 ATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAAA
* * *
11033 GGAAAAA-GGTATTAGAAGCGTGAAAAGCTCATCAACCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTATT
257 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCATCAATCTTTTTGG--GTGAATTATATATTT-TT
11097 C
319 C
** *
11098 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAGAATTTTTTAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
1 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAA-AA--TTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * *
11163 A-CA-CATCACGGTTTATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATAATT
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* * * * *
11226 TTTGGCGTAAATACTCCTTGAAATATCTAAATTCATCCAACCAAATCCCAGCTACATTGGATTTA
124 TTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
* * * * * *
11291 AGAATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTTGATATAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACA
189 AGGATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGA-A
* * * * * * **
11356 AAAATTGG-AAAACGATATTAAAAGTGTGAAAA-ATCCTTCGACCTTTTTGACATTGAATTATAT
253 AAAA--GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCT-CATCAATCTTTTTG--GGTGAATTATAT
11419 ATTTTTTC
313 A-TTTTTC
* * * *** * *
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1 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTT-CGG---G----T-C-AATTTTTAGCCGAA
* * * * *
11492 ATCGTGAACTAACTATCACGGTTTTCGGCTAAAAATGCGTTCCGGAG-CCCTGGCTCAATTTAGC
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* *
11556 ATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTGAAATATGTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTG
118 ATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * * * *
11621 GCA-TTAAGGATTTGTTTTTATGACAATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTTATTTGG
183 G-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * * *
11685 AAA-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCGTCAATCTTTTTGGCTATAAATTA
247 AAAGAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCATCAATCTTTTTGG--GTGAATTA
11749 TAT-TTTTT-
310 TATATTTTTC
* * *
11757 TGAGTATTGTGGGAAAAAATTTGAGAAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTCGCCGAAATCGTGT
1 TGAGTATTGTGGCAAAAAA-TTGAG--AAAAAAAATTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * *
11822 A-CA-CATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCGTTCTGGG-GCCGGCTCAGTTTTGCAAT-ATTTTT
63 ATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGTCCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTT
* *
11883 GGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAGCCACATTAGATTTAAGG
127 GGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
* *
11948 ATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAGAAAAAA
192 ATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAAA
* * *
12013 GGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCTCATCAATCTTTTTGTGGTCAATTTTATATTTTTC
257 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCATCAATCTTTTTG-GGTGAATTATATATTTTTC
* * *
12077 TGAGAATTGTGGCAAAAAGTCT-AGAAAAAAAA-TT-GGGTCAATTTTTAGTCGAAATCGTGTAT
1 TGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTA-
* *
12139 TAACCATAACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGTCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
64 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * * * **
12204 CGTAAAGACTCCGTGAAATTTCTATATTCATCAAACCAATTCTTAGCCACATTGGATTTAACTAT
129 CGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT
** * * * *
12269 TTGAGTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTCGATTGAATTAGAAATTAATTTGG-AAG-AAAAATG
194 TTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAAAGG
*
12332 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC
259 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCT-CATCAATCTTTTTGG-G-TGAATTATATA-TTTTTC
* ** * *
12396 TGAATATTGTGGCAAACAAATTGAGGTAAAACATTTCGCGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
1 TGAGTATTGTGGCAAA-AAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAA----T------TTTTAGCCGA
* * * * * **
12461 AATCGTG--T-ACAATCACGGTTTTTTGTTAAAAACTTG-TTTCGGGGTCCCAACTCAGTTTTGC
55 AATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA--TGCGTTCCGGGTCCCGGCTCAGTTTTGC
* * * * * * *
12522 TTGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTGATCTAATCAAATATTAACCACATT
118 ATGATTTTTGGC-GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATT
* *
12586 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG
182 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G
* * * *
12651 GAAAAAGAAAAAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-ATCCTTCAAT-TTTCTTGGTGTTGA
246 GAAAGA-AAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCT-CATCAATCTTT-TTGG-G-TGA
*
12714 ATTCTATATTTTTTC
306 ATTATATA-TTTTTC
* * * * * *
12729 TGAGCATTATGGCAAAGACTTGATG-AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT
1 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAAAATTTCGGGTCAATTTTT
12777 GCAAAATTTT
Statistics
Matches: 1393, Mismatches: 206, Indels: 159
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
315 24 0.02
316 5 0.00
317 54 0.04
318 179 0.13
319 214 0.15
320 57 0.04
321 35 0.03
322 180 0.13
323 20 0.01
324 1 0.00
325 1 0.00
326 5 0.00
327 5 0.00
328 27 0.02
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334 6 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (319 bp):
TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATA
ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
TAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAAAGGAA
AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCATCAATCTTTTTGGGTGAATTATATATTTTTC
Found at i:12955 original size:195 final size:195
Alignment explanation
Indices: 12621--13002 Score: 624
Period size: 195 Copynumber: 1.9 Consensus size: 195
12611 CATCTAAATC
*
12621 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAGAAAAAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTG
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* *
12686 AAAAATCCTTCAATTTTCTTGGTGTTGAATTCTATATTTTTTCTGAGCATTATGGCAAAGACTTG
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* *
12751 ATGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAATACTATAAGAAGTAAATAGCTTGTAGG
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12816 TT
194 TT
* * * *
12818 TTGTTTCGATTTTATTAGAAATAAATTCGGG-GAGAAAAAGGGAAAAACGATATTAAAAGTGTGA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAGAAAAA-GAAAAAACGATATTAAAAGCGTGA
*
12882 AAAATCCTTCAATTTT-TCTGGTATTGAATTCTATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAACTTG
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12946 ATGAAAAAATTTTCGGGTCACTTTTTGCAAAATTTTAATACTATAAAAAGTAAATAG
129 ATGAAAAAATTTTCGGGTCACTTTTTGCAAAATTTTAATACTATAAAAAGTAAATAG
13003 GTGTAGGGAC
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 10, Indels: 6
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
194 8 0.05
195 135 0.78
197 30 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (195 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAGAAAAAGAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAA
AAATCCTTCAATTTTCTTGGTATTGAATTCTATATTTTTTCTGAGCATTATGGCAAAAACTTGAT
GAAAAAATTTTCGGGTCACTTTTTGCAAAATTTTAATACTATAAAAAGTAAATAGCTTGTAGGTT
Done.