Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019201.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19234, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7289
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Found at i:625 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 1--1668 Score: 2389
Period size: 334 Copynumber: 5.0 Consensus size: 334
* **
1 ATTTCGAAGCCCCATCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
1 ATTTCGAAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
* * * *
66 CATCTACCCAAATCTCAGTCAAAATGGATTTTAGTATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* *
131 TCAATTTAAATAGAAATTAATTAAGTAAAAAAA-TGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCC
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATT-AGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCC
* **
195 CTTTAATCTTTTTTACGTTTG-ATTATATATATTTTTATGAGTATTTTGGCCCTAAATTGAGAAA
195 CTTTAATCTTTTTTGCGTTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAA
* * * * * **
259 AAAAATTTCGGGCCAGTTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCATATACTAATGATCACGGTTTTTG
259 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG
*
324 GCTAAAAACGC
324 GCGAAAAACGC
* * * * *
335 ATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTTCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGGAATATCTATATT
1 ATTTCGAAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
* * * *
400 CATCAAACCAAATCTCAGCCAAATTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
*
465 TCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
* *
530 TTCAATCTTTTTTGCG-TTGAATTATATATTGTTTTATGACTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAA
196 TTTAATCTTTTTTGCGTTTGAATTATATATT-TTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAA
594 AAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG
260 AAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTG
659 GCGAAAAACGC
324 GCGAAAAACGC
* * *
670 ATTTCGAAG-CTCCGGATCAGGTTTGCTGGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATAT
1 ATTTCGAAGCCT-CGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATAT
* * *
734 TCATCTACCCAAATCTCAGACAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCGAATCTAGT
65 TCATCTACCCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* *
799 TTCGATTTAAACAGAAATTAATTAGGAAAAAAATCGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCC
130 TTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCC
864 CTTTTAATCTTTTATTGCGTTTTG-ATTATATATTTTTTTATGAGTATTTTAGGCCAAAAATTGA
195 C-TTTAATCTTTT-TTGCG-TTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATTTT-GGCCAAAAATTGA
* * *
928 GAAAATAATTTTCGGGTCAGTTGTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTT
255 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* *
993 TGTGGCTAAAAACGC
320 TTTGGCGAAAAACGC
* * * * *
1008 ATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGGAATATTTATATT
1 ATTTCGAAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
* * * *
1073 CATCAAACCAAATCTAAGCCAAAGTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * *
1138 TCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGATAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAATGGTTAGAAGCCG
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
* * * *
1203 TTCAATCTTTTTTGC-ATTGAATTACATATTGTTTTTATGACTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAA
196 TTTAATCTTTTTTGCGTTTGAATTATATA-T-TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAA
* * * *
1267 AAAATTTTTGGGTCTGTTTTTGCAAAATTTGAGTCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTT
259 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTT
1332 GGCGAAAAACGC
323 GGCGAAAAACGC
* * * * *
1344 ATTTCGAAGCCCCGGATCAGTTTTGCTTGAATTTTGCCGCCAATGATCCTTGAAATATCTCTATT
1 ATTTCGAAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
* * *
1409 CATCTACCCAAAACTCAGTCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
*
1474 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGG-AAAAAA-TGGAAAAATGATACCAGAAAGGTTTAGAAGTC
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGG-TTAGAAG-C
* * * **
1537 CCTTTAATCTTTTTTTCGTTTGATTTATATATTTTTTATAAGTATTTTAGGCCAAAAAGAGAGAG
194 CCTTTAATCTTTTTTGCGTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTT-GGCC-AAAA-ATTGAG
*
1602 AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
256 AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
1667 TT
321 TT
1669 TTGGCGCGAA
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 126, Indels: 39
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
333 13 0.01
334 296 0.25
335 294 0.25
336 201 0.17
337 34 0.03
338 269 0.23
339 80 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
ATTTCGAAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
CATCTACCCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
TTTAATCTTTTTTGCGTTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAA
AATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
GAAAAACGC
Found at i:1534 original size:673 final size:668
Alignment explanation
Indices: 1--1666 Score: 2724
Period size: 673 Copynumber: 2.5 Consensus size: 668
***
1 ATTTCGAAGCCCCATCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
1 ATTTCGAAGCCCCGGATCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
* * * *
66 CATCTACCCAAATCTCAGTCAAAATGGATTTTAGTATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGTCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTT
* *
131 TCAATTTAAATAGAAATTAATTAAGTAAAAAAATGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATT-AG-GAAAAAATGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
* **
196 TTTAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATATTTTTATGAGTATTTT-GGCCCTAAATTGAGAAAA
194 TTTAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTTATGAGTATTTTAGGCCAAAAATTGAGAAAA
* * * * * ** *
260 AAAATTTCGGGCCAGTTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCATATACTAATGATCACGGTTTTTGG
259 AAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTGTGG
*
325 CTAAAAACGCATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTTCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGGAA
324 CTAAAAACGCATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGGAA
* *
390 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCAAATTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCT
389 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTAAGCCAAAGTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCT
455 GAATCTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGG
454 GAATCTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGG
* *
520 TTAGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTGTTTTATGACTATTTTGGCCAAAAA
519 TTAGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCATTGAATTACATATTGTTTTATGACTATTTTGGCCAAAAA
*
585 TTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
584 TTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTGAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
650 GGTTTTTTGGCGAAAAACGC
649 GGTTTTTTGGCGAAAAACGC
* * *
670 ATTTCGAAGCTCCGGATCAGGTTTGCTGGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
1 ATTTCGAAGCCCCGGATCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
* *
735 CATCTACCCAAATCTCAGACAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCGAATCTAGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGTCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTT
*
800 TCGATTTAAACAGAAATTAATTAGGAAAAAAATCGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGG-AAAAAAT-GGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCC
*
865 TTTTAATCTTTTATTGCGTTTTGATTATATATTTTTTTATGAGTATTTTAGGCCAAAAATTGAGA
194 -TTTAATCTTTT-TTACG-TTTGATTATATATTTTTTTATGAGTATTTTAGGCCAAAAATTGAGA
* * *
930 AAATAATTTTCGGGTCAGTTGTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTG
256 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTG
995 TGGCTAAAAACGCATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTG
321 TGGCTAAAAACGCATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTG
*
1060 GAATATTTATATTCATCAAACCAAATCTAAGCCAAAGTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCA
386 GAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTAAGCCAAAGTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCA
*
1125 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGATAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAA
451 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAA
* *
1190 TGGTTAGAAGCCGTTCAATCTTTTTTGCATTGAATTACATATTGTTTTTATGACTATTTTGGCCA
516 AGGTTAGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCATTGAATTACATATTG-TTTTATGACTATTTTGGCCA
* * *
1255 AAAATTGAGAAAAAAATTTTTGGGTCTGTTTTTGCAAAATTTGAGTCGAAATCGTGTACTGACCA
580 AAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTGAGTCGAAATCGTGTACTAACCA
1320 TCACGGTTTTTTGGCGAAAAACGC
645 TCACGGTTTTTTGGCGAAAAACGC
* * *
1344 ATTTCGAAGCCCCGGATCAGTTTTGCTTGAATTTTGCCGCCAATGATCCTTGAAATATCTCTATT
1 ATTTCGAAGCCCCGGATCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
*
1409 CATCTACCCAAAACTCAGTCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTT
66 CATCTACCCAAATCTCAGTCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTT
*
1474 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAATGGAAAAATGATACCAGAAAGGTTTAGAAGTCCC
131 TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAATGGAAAAATGATACTAGAAAGG-TTAGAAG-CCC
* * **
1539 TTTAATCTTTTTTTCGTTTGATT-TATATATTTTTTATAAGTATTTTAGGCCAAAAAGAGAGAGA
194 TTTAATCTTTTTTACGTTTGATTATATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGGCC-AAAA-ATTGAGA
*
1603 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
256 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
1667 TTTTGGCGCG
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 62, Indels: 20
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
668 9 0.01
669 169 0.18
670 16 0.02
671 32 0.03
672 57 0.06
673 387 0.42
674 253 0.27
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (668 bp):
ATTTCGAAGCCCCGGATCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGCCAATGATCCTTGAAATATCTATATT
CATCTACCCAAATCTCAGTCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTAGTT
TCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAATGGAAAAATGATACTAGAAAGGTTAGAAGCCCTT
TAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTTATGAGTATTTTAGGCCAAAAATTGAGAAAAAA
ATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTGTGGCT
AAAAACGCATTTCGGAGCCTCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGGAATA
TCTATATTCATCAAACCAAATCTAAGCCAAAGTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGA
ATCTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAGGTT
AGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCATTGAATTACATATTGTTTTATGACTATTTTGGCCAAAAATT
GAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTGAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
TTTTTTGGCGAAAAACGC
Found at i:2430 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 1671--2569 Score: 1195
Period size: 333 Copynumber: 2.7 Consensus size: 334
1661 CGGTTTTTTT
* * ***
1671 GGCGCGAAGACTCCTTGAAATATCCATATTTATCTACCCAAATCTCATCCAAAGTGGATTTAAGG
1 GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTACCCAAATCTCAGAAAAAGTGGATTTAAGG
* *
1736 ATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTAAAGTAGAAATTAATTAGGAAAAAATTGG
66 ATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA-TAGAAATTAATTAGGAAAAAATTGG
1801 AAAAATGGTATTAGAAAGGTTAGAAGCCCCTCAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTAT
130 AAAAATGGTATTAGAAAGGTTAGAAGCCCCTCAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTAT
* * *
1866 GAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCAGGTCAGGTTCTGCAAAATTTTCGTCGAA
195 GAGTATTTTGGCCAAAAATTAAGAAAAAAAATTTTCAGGTAAGGTTCTGCAAAATTTTAGTCGAA
* * * *
1931 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAACCGCGTTTCCGGAACCCCGGCTCAGTTTTGC
260 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCGAAAAACGCATTTCCGGAACCCCGGCTCAATTTTGC
* *
1996 ATAATTTTTT
325 ATAATCTTTA
* * * *
2006 GGCGCGAGGACTCCATGAAATATCCATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAACAA-TGGATTTAAG
1 GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTACCCAAATCTCAG-AAAAAGTGGATTTAAG
* * * * * *
2070 GAAATGTTTTTATGAGCATCAGAATCTTGTTTCAATTTAATCATAAATTAATTAAGAAGAAAATT
65 GATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AGAAATTAATTAGGAA-AAAATT
* * * *
2135 GG-AAAATGATATTAG-AAGCGTTAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCG-TTGAATTATATATTTT
128 GGAAAAATGGTATTAGAAAG-GTTAGAAGCCCCTCAATCTTTTTTACGTTTG-ATTATATATTTT
* * ** ** * * *
2197 CTATGAGTATTTTTGCCCGAAATTAAG-GGAAAATTTTTC-GAGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAG
191 TTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTAAGAAAAAAAATTTTCAG-GTAAGGTTCTGCAAAATTTTAG
* * *
2260 TTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCGAAAAACGCATTT-CGGAGCCCCGGCTCAAT
255 TCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCGAAAAACGCATTTCCGGAACCCCGGCTCAAT
* *
2324 TTTGCTTTGA-CTTTA
320 TTTGC-ATAATCTTTA
** * *
2339 GGCGTCAAAGA-TCCTTGAAATATCTGTATGCATCTACCCAAATTTCAGAAAAAGTGGATTTAAG
1 GGCG-CAAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTACCCAAATCTCAGAAAAAGTGGATTTAAG
*
2403 GATATGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAATTG
65 GATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT-AATAGAAATTAATTAGGAAAAAATTG
2468 GAAAAATGGTATTAGAAAGGTTAGAAGCCCCTCAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTA
129 GAAAAATGGTATTAGAAAGGTTAGAAGCCCCTCAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTA
*
2533 TGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTC
194 TGAGTATTTTGGCCAAAAATTAAGAAAAAAAATTTTC
2570 GGGTGATCAG
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 69, Indels: 29
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 12 0.02
333 187 0.39
334 100 0.21
335 172 0.36
336 10 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
GGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTACCCAAATCTCAGAAAAAGTGGATTTAAGG
ATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAGAAATTAATTAGGAAAAAATTGGA
AAAATGGTATTAGAAAGGTTAGAAGCCCCTCAATCTTTTTTACGTTTGATTATATATTTTTTATG
AGTATTTTGGCCAAAAATTAAGAAAAAAAATTTTCAGGTAAGGTTCTGCAAAATTTTAGTCGAAA
TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCGAAAAACGCATTTCCGGAACCCCGGCTCAATTTTGCA
TAATCTTTA
Found at i:5444 original size:333 final size:329
Alignment explanation
Indices: 4563--7289 Score: 3253
Period size: 331 Copynumber: 8.2 Consensus size: 329
4553 CGACCGATCA
** * * **
4563 TCGGGTCAGTTTCGGCGAAATTTTCGTTAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
* * * * *
4628 CCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAGGACTCCTTGAAATATCC
66 ACGCATTT-CGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGCACAAAGA-TCCTTGAAATATCC
* * * *
4693 ATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAATAATGGATTTAAGGATATGTTTTTATGAGAATTAGAATC
129 ATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAA-AATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATC
*
4758 TTGTTTCGATTT-AATCAGAAATTAGTTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAG-AAGCGTTAG
193 TTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAG
* * * * *
4821 AAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATAGTTTCTCTCAGTATTTTTGCCCAAAATTAAG
257 -AAGCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAAG
* **
4886 GAAAATTTT
321 AAAAAAATT
* * * *
4895 TCGAGTTAGTTTGTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCAAT-ACGGTTTTT-GGTGAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACC-ATCACGGTTTTTAGCT-AA
* * *
4958 AAACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCATCAAAGATCCTTGGAATATC
64 AAACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGCA-CAAAGATCCTTGAAATATC
* * * * * *
5023 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTTAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAAT
128 CATATTCATCTACCCAAATCTCAG-CAAAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAAT
**
5088 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACCAGAAAG-GTTA
192 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGG-AAAATGATATTAGAAAGCGTTA
* * * *
5152 GAAGCCTTCAATCTTTTTTGCGTTTG-ATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGGCCAAAAATTGA
256 GAAGCCTTCAATCTTTTTTGCG-TTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAA
5216 GAAAAAAATT
320 GAAAAAAATT
5226 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTAGCTAAA
* * * * * * *
5291 ACCGCGTTTTCGG-GCCTCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTTGGCACGAGGACTCCTTGTAATAT
65 AACGC-ATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAA-CTTTTGGCACAAAGA-TCCTTGAAATAT
*
5355 CCATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTATGAGCATCAGAA
127 CCATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAA-AATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAA
* * *
5420 TCTTATTTCGATTT-AATCAGAAATTAATAAGTAAAATAAATTGGAAAATGATATTAG-AAGCGT
191 TCTTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTAGGAAAA-AAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGT
* **
5483 TAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCCGAAATT
254 TAG-AAGCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATT
* **
5548 AAGGGAAAATTTT
318 AA-GAAAAAAATT
* * * *
5561 TCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTGGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCGAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
* * * *
5626 ACGCATTTCGGAGCCCC--CT-AGATTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGAAATATCT
66 ACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAG-TTTTGCATAACTTTTGGC-ACAAAGATCCTTGAAATATCC
* * *
5688 ATATGCATCTACCCAAATTTCAGCAAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATC
129 ATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAAAA-TGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATC
*
5753 TTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGG-AAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAG-GTTAG
193 TTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGG-AAAATGATATTAGAAAGCGTTAG
* * *
5816 AAGCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTTTGGCCAAAAATTGAG
257 AAG-CCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATT-A-
*
5881 AAAAAAAAATT
319 AGAAAAAAATT
* * *
5892 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTATTTACCTAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
* * * *** *
5957 CCGCGTTTCCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGGTAGGACTCCTTGAAATATCC
66 ACGCATTT-CGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGCACAAAGA-TCCTTGAAATATCC
* *
6021 ATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAATC
129 ATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAA-AATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATC
*
6086 TTGTTTCGATTT-AATCAGAAATTAATTATGAAAACAAAGTTGGAAAATGATATTAGAAAGC-TT
193 TTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTAGGAAAA-AAA-TTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTT
* *
6149 AGAAGCCCTTCAATC-TTTTTGCGTTGAA-TATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTG
255 AGAAG-CCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATT-
*
6212 AGAAAAAAAAATT
318 A-AGAAAAAAATT
* * * *
6225 TTGGGTCAGTTTCTGCAATATTTTAGTCGAAATCGTG---T-ACCAACACGGTTTTTAGCTAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
* * * * * * * *
6286 CCGCGTTTCCGGAGCCCCGTCTCAGTTTTGGATAATTTTTGGCACCATGACTCATTGAAATATCC
66 ACGCATTT-CGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGCACAAAGA-TCCTTGAAATATCC
*
6351 ATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAATC
129 ATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAA-AATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATC
* *
6416 TTGTTTCGATTT-AATAAGAAATTAGTTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAG-AAGCATTAG
193 TTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAG
* * * * **
6479 AAACACTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATAGTTTCAATCAGTATTTTTGCCCGAAATTAAG
257 AAGC-CTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAAG
* **
6544 GAAAATTTT
321 AAAAAAATT
* * * * *
6553 TCGAGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCGAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
* * * * *
6618 ACGCATTTAGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCATCAAAGATCCTTGGAATATCTA
66 ACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGCA-CAAAGATCCTTGAAATATCCA
* * * * * *
6683 TATTCATCAAACCTAATCTCA-CAAAGTGGATTTAAGGATATGTATTTACGAGCATCTGAATCTT
130 TATTCATCTACCCAAATCTCAGCAAAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATCTT
*
6747 GTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAG-GTTAGAA
195 GTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGG-AAAATGATATTAGAAAGCGTTAGAA
* *
6811 GCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTGTTTTATGACTATTTTTGCCAAAAATTGAGA
259 G-CCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATT-TTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATT-A-A
*
6876 AAAAAAAATT
320 GAAAAAAATT
* * * * *
6886 TCGGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATTACGATTTTTTGGCGAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTAGCTAAA
* * ** * * * * *
6951 AATGCATTTCGAAGGGCCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGGAATATCT
65 AACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGC-ACAAAGATCCTTGAAATATCC
* * * * *
7016 ATATTCATCAAACCAAATCTCATCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATC
129 ATATTCATCTACCCAAATCTCA-GCAAAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATC
* *
7081 TTGATTCGATTTAAATAGGAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAGA
193 TTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAG-
* * * **
7146 AACCCTTCAATCTATTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTAGTTTTGCCCGAAATTAAG-
257 AAGCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAAGA
** **
7210 GGAATTTT
322 AAAAAATT
* * * *
7218 TCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACGAATTTTT-GCGAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTAGCTAAA
7282 AACGCATT
65 AACGCATT
Statistics
Matches: 2089, Mismatches: 241, Indels: 131
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
327 5 0.00
328 70 0.03
329 127 0.06
330 297 0.14
331 509 0.24
332 252 0.12
333 389 0.19
334 201 0.10
335 118 0.06
336 119 0.06
337 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
ACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAACTTTTGGCACAAAGATCCTTGAAATATCCAT
ATTCATCTACCCAAATCTCAGCAAAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTG
TTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAGAAGC
CTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAAGAAAAA
AATT
Found at i:5830 original size:664 final size:665
Alignment explanation
Indices: 4563--7268 Score: 3590
Period size: 664 Copynumber: 4.1 Consensus size: 665
4553 CGACCGATCA
** * * **
4563 TCGGGTCAGTTTCGGCGAAATTTTCGTTAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
*
4628 CCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACCAGGACTCCTTGAAATATCC
66 CCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACGAGGACTCCTTGAAATATCC
* * *
4693 ATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAATAATGGATTTAAGGATATGTTTTTATGAGAATTAGAATC
131 ATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAATC
*
4758 TTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAGTTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAG-AAGCGTTAGA
196 TTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAGA
* * * *
4822 AACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATAGTTTCTCTCAGTATTTTTGCCCAAAATTAAG-
261 AACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAAGA
* * * *
4886 GAAAATTTTTCGAGTTAGTTTGTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCAAT-ACGGTTT
326 AAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACC-ATCACGGTTT
* *
4950 TTGGTGAAAAACGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCATCAAAGATCCTT
390 TTGGCGAAAAACGCATTTCGGAGCCCC-GCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTT
* * *
5015 GGAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCAAAGTGGATTTTAGGATATGTTTTTACGAGC
454 GAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCAAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGC
*
5080 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACCAGA
519 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGG-AAAATGATACTAGA
* * *
5145 AAG-GTTAG-AAGCCTTCAATCTTTTTTGCGTTTG-ATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGGCC
583 AAGCGTTAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCG-TTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTGGCC
*
5207 AAAAATTGAGAAAAAAATT
647 AAAAATTAAGAAAAAAATT
5226 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTAGCTAAA
* * *
5291 ACCGCGTTTTCGG-GCCTCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTTGGCACGAGGACTCCTTGTAATAT
65 ACCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAA-TTTTTGGCACGAGGACTCCTTGAAATAT
* * *
5355 CCATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTATGAGCATCAGAA
129 CCATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAA
* * *
5420 TCTTATTTCGATTTAATCAGAAATTAATAAGTAAAATAAATTGGAAAATGATATTAG-AAGCGTT
194 TCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTAGGAAAA-AAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTT
**
5484 AGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCCGAAATTA
258 AGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTA
** * *
5549 AGGGAAAATTTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTGGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
323 AGAAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
5614 TTTTGGCGAAAAACGCATTTCGGAGCCCC-CT-AGATTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCC
388 TTTTGGCGAAAAACGCATTTCGGAGCCCCGCTCAG-TTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCC
* * * *
5677 TTGAAATATCTATATGCATCTACCCAAATTTCAGCAAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGA
452 TTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCAAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGA
5742 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGG-AAAAAATTGGAAAAATGATACTA
517 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGG-AAAATGATACTA
* * *
5806 GAAAG-GTTAGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTTTGGC
581 GAAAGCGTTAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTGGC
*
5870 CAAAAATTGAGAAAAAAAAATT
646 CAAAAATT-A-AGAAAAAAATT
* * *
5892 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTATTTACCTAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
*
5957 CCGCGTTTCCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGC-GGTAGGACTCCTTGAAATATC
66 CCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACG-AGGACTCCTTGAAATATC
6020 CATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAAT
130 CATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAAT
*
6085 CTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTATGAAAACAAAGTTGGAAAATGATATTAGAAAGC-TT
195 CTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTAGGAAAA-AAA-TTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTT
* * *
6149 AGAAGCCCTTCAATC-TTTTTGCGTTGAA-TATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTG
258 AGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATT-
* * * * *
6212 AGAAAAAAAAATTTT-GGGTCAGTTTCTGCAATATTTTAGTCGAAATCGTG---T-ACCAACACG
322 A-AGAAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * * ** * * * * *
6272 GTTTTTAGCTAAAACCGCGTTTCCGGAGCCCCGTCTCAGTTTTGGATAATTTTTGGC-ACCATGA
386 GTTTTTGGCGAAAAACGCATTT-CGGAGCCCCG-CTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGA
* * * *
6336 CTCATTGAAATATCCATATTCATCTACCCAAATCTCAGCAACAA-TGGATTTAAGGATATGTTTT
449 -TCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCAA-AAGTGGATTTAAGGATATGTTTT
* * *
6400 TACGAGAATCAGAATCTTGTTTCGATTT-AATAAGAAATTAGTTAGGAAAAAAATTGGAAAATGA
512 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGA
* * * * * *
6464 TATTAG-AAGCATTAGAAACACTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATAGTTTCAATCAGTATT
576 TACTAGAAAGCGTTAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATT
* ** * **
6528 TTTGCCCGAAATTAAGGAAAATTTT
641 TTGGCCAAAAATTAAGAAAAAAATT
* * * * *
6553 TCGAGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCGAAAA
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
* * * * * * * * *
6618 ACGCATTT-AGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCATCAAAGA-TCCTTGGAATATC
66 CCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCA-CGAGGACTCCTTGAAATATC
* * * * * * * * *
6681 TATATTCATCAAACCTAATCTCA-CAA-AGTGGATTTAAGGATATGTATTTACGAGCATCTGAAT
130 CATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAAT
*
6744 CTTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATACTAGAAAG-GTT
195 CTTGTTTCGATTT-AATCAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGG-AAAATGATATTAGAAAGCGTT
* * *
6807 AGAAGCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTGTTTTATGACTATTTTTGCCAAAAATT
258 AGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATT-TTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATT
* * * * *
6872 GAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATTACG
322 AAG-AAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * * *
6937 ATTTTTTGGCGAAAAATGCATTTCGAAGGGCCGGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGA
386 -GTTTTTGGCGAAAAACGCATTTCGGA-GCCCCGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGA
* * *
7002 TCCTTGGAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCATCCAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTA
449 TCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCAAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTA
* * *
7067 CGAGCATCTGAATCTTGATTCGATTTAAATAGGAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATAT
514 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATAC
*
7132 TAGAAAGCGTTAGAAACCCTTCAATCTATTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTAGTTTT
579 TAGAAAGCGTTAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTA-TTTT
** ** **
7197 -GCCCGAAATTAAG-GGAATTTT
643 GGCCAAAAATTAAGAAAAAAATT
* *
7218 TCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACG
1 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
7269 AATTTTTGCG
Statistics
Matches: 1815, Mismatches: 182, Indels: 90
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
657 4 0.00
658 36 0.02
659 77 0.04
660 52 0.03
661 193 0.11
662 14 0.01
663 302 0.17
664 520 0.29
665 385 0.21
666 228 0.13
667 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (665 bp):
TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAA
CCGCGTTTCCGGAGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACGAGGACTCCTTGAAATATCC
ATATTAATCTACCCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCAGAATC
TTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATATTAGAAAGCGTTAGA
AACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTAAGA
AAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
TGGCGAAAAACGCATTTCGGAGCCCCGCTCAGTTTTGCTTGACTTTTGGCGTCAAAGATCCTTGA
AATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCAAAAGTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCAT
CTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTAGGAAAAAAATTGGAAAATGATACTAGAAAG
CGTTAGAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTTTGGCCAAAA
ATTAAGAAAAAAATT
Done.