Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* * * *
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* * ** *
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123 -----CT--AAAAACTGACCCGAAAATATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCATA-AAAA
* * ** *
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179 AATATATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-T
* * * * *
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* * ** * * * * ** *
313 CCTTATATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGT
306 CGTTAAATTGAATGTGGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGC
* * * * * * * * * *
377 CGAAAACCATGCAAAACTGAGT-CGTGGCCCCGAAACGGGATTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTT
370 CAAAAATCATGCAAAATTGA-TCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTT
* *
441 AGTATACGATTT----T--CA----GCTAAAAACTGACCCGAATAGTTTTTT-CTCAATTTTTTG
434 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCCGAA-A-TTTTTTCCTCAATTTTTTG
* * ** *
495 CCACAATACTCAGAAATATATATATAATTTCAA-TACAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTT
496 CCACAATACTCAGAAA-AAATACATAA-TTCAACGCCAAATAA-ATTGAC-GG-TTTTCACGCTT
* *
559 CTAATATCGTTATTTCCA-TTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATG
556 CTAATATCG-T-TTTCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT-
*
622 CCT-GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
618 CCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGA
* * * ** * * * * *
658 GATTTGGTTCA-ATGAATAAAGG-TATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATTCAAAATTGA
1 GATTTGGTT-AGATGAAT-ATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGA
* * * * * *
721 -TCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTTCACGATTTCGGCTAAA
64 GT-CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC----
* * *
785 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCACAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAATAAAT
124 ----T--AAAAACTGACCCGAAAA-TATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAAT
* * ** * * * * * **
848 ACATGATTCAGGGCCAGAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATTGTTTTTCATATTTC
182 ATATAATTCAACGCCA-AAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTT-
* * * * * * *
912 TTTACGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAATAAG-TCTA-A-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCT
244 TTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGT
* ** * * * * ** * *
973 TATATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGA
309 TAAATTGAATGTGGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAA
* * * * * *
1037 AAACCATGCAAAACTGAGT-CGAGGCCCCGAAACACGTTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GT
373 AAATCATGCAAAATTGA-TCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGT
*
1097 ACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCGAAATTATATTT-CTTAATTTTTTGCCAC
437 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATT-T-TTTCCTCAATTTTTTGCCAC
* * ** * *
1151 AATACTCATAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGCAACATTTTTCATGCTTCTATT
500 AATACTCAGA-AAAAATACATAATTCAACGCCAAATAA-ATTG--ACGGTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * * *
1215 ATCTTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACAATATTTAGATGCATGCT
561 ATCGTTTT-CCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT-C---CT
* * * ** *
1279 CGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTG-
621 CGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGT-GGCTGA
* * * * * ** * * * *
1313 GATTTGGTTCGATGAATATAGACACTTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATA-TTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAG
* * * * ** * *
1377 TCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGATATTTAGTACACGATTTTGACTAAAA
65 T-CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT---A
* * * *
1442 TTTTGCCAAAAATGACCCGAAAA-GTTTTTCATCATTTTTTTGACACAATACTCAT-AAAAAATA
126 -------AAAACTGACCCGAAAATATTTTTC-TCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATA
* * ** * ***
1505 TTTAATTCAACGCCAAATAA-ATTG-ACG-G-TTTTCACGCTTCTAATATAATATTATAATTTTT
183 TATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGCA-GAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTT
* * * * * * *
1566 TTCCAAAATCATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGAT---T-CTCATAAAAACAAATCCTT
245 TTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTT
* ** * * * * * *
1627 ACATCCAATGT-GGCTGAGTTTTGGTTGGATGAAGAAAGACATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCCAA
310 AAATTGAATGTGGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAA
* * *
1691 AATCATGCAAAATTGATCCGAGGCTCTGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACAGTGAGAGTTAGTAC
374 AATCATGCAAAATTGATCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTAC
* ** *
1756 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACAAACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAAT
439 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * * *
1821 ACTTAGAATAAATACATAATTTAATGCCAAATAAATTGACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
503 ACTCAGAAAAAATACATAATTCAACGCCAAATAAATTGACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
* *
1886 TCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATCTTCGTAAAAATAA
568 TCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAA
1950 ATCCTTATATCCAATGTGGCTGA
632 ATCCTTATATCCAATGTGGCTGA
1973 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
* * *
2038 CGAGCCCCCGAAACGCGTTTTTCGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
66 CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
*
2103 TGACTCGAAAATA--TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGC
131 TGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
* * *
2165 CAAAAAGATTGCAAAGTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTCCCAAATTAATTTTT
196 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTT
* *
2230 TATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTT
261 AATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGCT
*
2295 GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGTAAAATTGAT
326 GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAT
* * ** * * * *
2360 CTGGGGCTTTGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAC
391 CCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * * *
2425 ATTGCAAAAGCTGACCCAGAAAGTTTTGTCCTGAA-TTTTTGCCACGATACTCAG-AAAAATATA
456 TTTGCAAAAACTGACCC-GAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATACA
* * * *
2488 TAAGTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TATTTTTTCC
519 TAATTCAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCAT-TTTTTTCC
** * * ** * *
2552 GTATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
581 AAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
2617 TGTGGCTGA
646 TGTGGCTGA
* * * * * * *
2626 GATTTGGTTAGATGATTATAGG-TATTTCAAGGAGTCTCA-GTGCCAAAAATCATGCAAAACTAA
1 GATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCATGGAGTCT-ATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGA
* * * * ** * *
2689 GCCGGGGCCCCTAAACGCGCTTCAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTCAGCTAAA
64 GTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAA
* * * *
2754 AACTGACCCGAATAGT-TTTTTCTCAATTTTTTGCAACAATACTTCAGAAAATATATATATAAAT
128 AACTGACCCGAA-AATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC-TCATAAAA-AAATATAT-AAT
* * * * * * * *
2818 TCAATGCAAAAAAGAATG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTTTCAAA
189 TCAACGCCAAAAAGATTGCA-GAGTTTTTCACGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTTTTTCCAAA
* * * * **
2882 TTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGC---C-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
252 TTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGA
* * * ** *
2943 AT-TTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATAAAGGCATTTCAAGGAGTTTTTGCGCCAAAAATCATG
317 ATGTGGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG
* * *
3007 AAAAATTGAT-CAAGGGCTCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATT
381 CAAAATTGATCCGA-GGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATT
* * * * *
3071 TCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTCCACAAAACTCAG
445 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
* * ** * * * *
3136 AATAAATACATGATTCAGGGCCAGAA-AAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATTGTTTTTC
509 AAAAAATACATAATTCAACGCCA-AATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCC
* * * * * * *
3200 ATATTTCTTTACGAACTTATTTCTAATTAAATCGAAATAAG-TCTAAGATGCTCGTAAAAACAAA
571 AT-TTT-TTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT-TCAGATCCTCGTAAAAACAAA
3264 TCCTTATATCCAATGTGGCTGA
633 TCCTTATATCCAATGTGGCTGA
3286 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACTATCAGAGTGAGTCA
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATA--T-G-------TC-----GA---A
* * **
3351 TTTCTACTGGCTTAGGCCATGCAAAACTGAGTCGAGACCGCGAAACAAGTTTTTAGCCAAAAACC
48 -----A-------A--CCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
3416 GTGAT-G---GTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAATTATCTTTCTCAATTTTTTGCCA
99 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCA
*
3477 CAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCA-ACGTTTTTCATGCTTCTAT
164 CAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGA-GTTTTTCACGCTTCTAT
*
3541 TATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCT
228 TATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCT
* * *
3606 CGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTGGATTTGGTTCGATGAATATAGACATTTCAAG
293 CGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGCTGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAG
3671 GAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAA
358 GAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAA
* * *
3736 CCGTTATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGGTTTTTCCTC
423 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-TTTTTTCCTC
* * * * *
3801 AATTTTTTGCCACAATACTTAGAATAAATACATAATTCAATGCCAAATAAATTGACGATCTTCAC
487 AATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATACATAATTCAACGCCAAATAAATTGACGGTTTTCAC
3866 GCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAG
552 GCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAG
* *
3930 ATCCTCGTAAAAATAAATCCTTATATTCAATGTGGCTGA
616 ATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGA
* *
3969 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATTGAGTCTATATGTCGAACACCATGCAAAACTGAGT
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
* * *
4034 CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTCGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAAC
66 CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
* * *
4099 TCACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAAATATATAATTGAACGC
131 TGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
4164 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAATTAATTTT
196 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTT
* * *
4229 TTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCCTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGT
260 TAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGC
* * * * *
4294 TGGATTTGTTTCGAT-AATATAGATATTTCATGGAGTCTTTGTGCCCAAAATCATGTAAAATTGA
325 TGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
* * * * * *
4358 TACGGGGCTCCGGAAGGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGAT-GATTAGTATATGATTTCGGCTAAA
390 TCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * *
4422 ATTTTGCAAAAGCTGACCCAAAAAGTTTTGTCCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAG-AAAAATA
454 ATTTTGCAAAAACTGACCC-GAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA
* * * * *
4486 TATAAGTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TATTTTTT
517 CATAATTCAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCAT-TTTTTT
** * * * * ** * *
4550 CCGTATTTATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAAATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
579 CCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCC
4615 AATGTGGCTGA
644 AATGTGGCTGA
* * * * * *
4626 GATTTGGTTAGATGATTATAGG-TATTTCAAGGAGTCTCAGTA--CCAAAAATCATGCAAAACTA
1 GATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCATGGAGTCT-A-TATGTCGAAAACCATGCAAAACTG
* * * * ** * *
4688 AGCCGGGGCCCCTAAACGCGCTTCAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTCAGCTAA
63 AGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAA
* * * * *
4753 AAACTGACCCGAATAGT-TTTTTCTCAATTTTTTGCAACAATACTTCAGAAATATATATATAAAT
127 AAACTGACCCGAA-AATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC-TCATAAAAAAATATAT-AAT
* * * * * * * *
4817 TCAATGCAAAAAAGAATG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTT-CGAA
189 TCAACGCCAAAAAGATTGCA-GAGTTTTTCACGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTTTTTCCAAA
* * * * **
4880 TTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGC---C-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
252 TTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGA
* * * * * * *
4941 AAGT-GGCTGAGATTTGTTTCAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGGGCCAAAAATCAAG
317 ATGTGGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG
* *
5005 CAAAATTGATCCTG-GGTCTCCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGAT
381 CAAAATTGATCC-GAGG-CTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGAT
* ** *
5069 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTCCTCAA-TTTTTGCCACAATACTCCG
444 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
* * * * * *
5133 AAAAAATATATAATTCAGCGCCAGAA-AAATTGAAGGGTTTTCCACGCTTCCAATATTGTTTTTC
509 AAAAAATACATAATTCAACGCCA-AATAAATTG-ACGGTTTT-CACGCTTCTAATATCGTTTTCC
* * * *
5197 ATATTTCTTT-CAAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAA
571 AT-TTT-TTTCCAAAA-TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAA
*
5261 TCTTTATATCCAATGTGGCTGA
633 TCCTTATATCCAATGTGGCTGA
* * * * *
5283 GATTTTGTTAAATGAATTTGGATAATTCATGGAGTCTATATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGT
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
* * *
5348 CGAGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
66 CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
* * * * * *
5413 TAACCCGAAAATATTTTTCTTAATTTTTTGCCAAAATAATCATTAAAAAATATATAATTCAACTC
131 TGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
*
5478 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTTT
196 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTT
* * *
5543 CAATTAAATCGAAACAAGATTTAGAGGCACGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGC
260 TAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGC
* * *
5608 TAGATTTGGCTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATTATGCAAAATTGA
325 TGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
* **
5673 TCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTGA-CCTAAAAACC--G-T-G--A-TACACGATTTTAGCTAAA
390 TCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCC-AAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
5730 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATA
454 ATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA
* *
5795 CATAATTCAACGCCAAATAAAATTGAC-ATATTTCCCGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTT
517 CATAATTCAACGCCAAAT-AAATTGACGGT-TTTCACGCTTCTAATATCGTTTT-CCA-TTTTTT
** *
5859 TCCAAAATAATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAGTAAATCTTTATAT
578 TCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATAT
*
5923 CCATTGTGGCTGA
642 CCAATGTGGCTGA
*
5936 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAACACCATGCAAAACTGAGT
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
* * *
6001 CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTCGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAAC
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* * * *
6066 TCACCCGAAATTATATTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCATCGC
131 TGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
* * *
6131 CAAAAAGATTGCAAAGTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCTTTTTTTCCAAATTAATATTT
196 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAAT-TTT
* * *
6196 T-ATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGTATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGT
260 TAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGC
* *
6260 TGGATTTGCTTCGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
325 TGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
6791 TGCAAAAAAGATTG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAA
193 CGCCAAAAAGATTGCA-GAGTTTTTCACGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTTTTTCCAAATTAA
* * * * **
6855 TTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGC---C-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT-T
256 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGT
* * * *
6915 TGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAA
321 GGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * *
6980 ATTGATCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC
385 ATTGATCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC
* * *
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450 TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAA
* ** * * * * *
7110 ATACATGATTCAGGGCCAGAA-AAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTATAATATTGTTTTTCATATT
514 ATACATAATTCAACGCCA-AATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCAT-TT
* * * * * * *
7174 TCTTTACGAACTTATTTCTAATTAAATCGAAATAAG-TCTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
575 T-TTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT-TCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTT
7238 ATATCCAATGTGGCTGA
638 ATATCCAATGTGGCTGA
*
7255 GATTTGATTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
* *
7320 CGAGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCCTGA----TAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
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* *
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131 TGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
*
7446 CAAAAAGATTGCA-ACGTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTT
196 CAAAAAGATTGCAGA-GTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTT
* * *
7510 TTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGT
260 TAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGC
* * * * *
7575 TGGATTTGGTTGGATGAAGAAAGACATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCGAAAATCATGCAAAATTGA
325 TGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
* *
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390 TCCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
* * *
7704 TTTTGCAAAAACTGACGCGAACATTTTTTACTCAATTTTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAAGT
455 TTTTGCAAAAACTGACCCGAA-ATTTTTTCCTCAA--TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAA-T
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516 ACATAATTCAACGCCAAATAAATTGACGGTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTT-CCATTTTTTT
* ** *
7833 CCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAATTAAATTCTTATATCC
579 CCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCC
*
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644 AATGTGGCTGA
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1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
* * *
7974 CGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTCGCCAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
66 CGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC
* **
8039 TTACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACCGTACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
131 TGACCCGAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGC
*
8104 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATTGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTT
196 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTT
* * *
8169 TATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTT
261 AATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGCT
* * * * *
8234 GGATTTGTTTCGATGAATATAGATATTGCAAGGAGTCTTTGTGCCCAAAATCATGTAAAATTGAT
326 GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAT
* * * * *
8299 CTG-GGACTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAA
391 CCGAGG-CTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
* * * * * *
8363 TTTTGCAAAAGCTGACCCAAAAAGTTTTGTCCTGAATTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATAT
455 TTTTGCAAAAACTGACCC-GAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAC
* * * *
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518 ATAATTCAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCAT-TTTTTTC
** * * ** * *
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580 CAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCA
*
8557 ATGTGACTGA
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* * *** * * * *
8567 GATTTGGTTAGATGATTATAGG-TATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAG
1 GATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAG
* * * * * *
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* * * * * *
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128 AACTGACCCGAA-AATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATAT-AATTC
* * * * * * * *
8760 AATGCAAAAAAGATTG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTTTTCGAAT
191 AACGCCAAAAAGATTGCA-GAGTTTTTCACGCTTCTATTATCG-TTTTCCCA-TTTTTTCCAAAT
* * * **
8824 TAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGC---C-CGTAAAAACAAATTC-TTAAATCCA
253 TAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAA-TCGTTAAATTGA
* *
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317 ATGTGGGCTG-GATTTGGTTCG-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAT
* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
9141 ATATTTCTTTCCAAATTTACTTCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAATAAAT
571 AT-TTT-TTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAAT
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634 CCTTATATCCAATGTGGCTGA
* * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * *
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196 -CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTT-CCAAATTAATTT
* * * *
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** *
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* * * *
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*
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453 AATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAATTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAT
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516 ACATAATTCAACGCCAAATAAATTGACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT-CCA-TTTTTTT
*
9811 CCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCCTTATATCC
579 CCAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCC
*
9876 AATGCGGCTGA
644 AATGTGGCTGA
*
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1 GATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT
*
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*
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196 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTT
* *
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260 TAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGC
* * * *
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* *
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AATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGCT
GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAT
CCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTGCAAAAACTGACCCGAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATACATA
ATTCAACGCCAAATAAATTGACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCAAAAT
AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGG
CTGA
Found at i:10392 original size:98 final size:98
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10213 GATTTGTTTC
** * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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AAACGCGCTTTAAGCCAAAAACCGTGACGGTTA
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* *
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* *
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* * * * *
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* ** ** * *
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* * *
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* *
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* * * *
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1 GCCAAAAACCGTGACGGTTAGTACACGA-TTTCAGCTAAAAACTGACCCGAA-AATATTTTTCTC
*
10463 ATATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATAAATTCAATG-CAACAAAGATTG
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* * * *
10527 -ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTAT-CGAATTAATTTCTAATTAAAT
119 CA-GAGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TGTTCCCATTTTTATCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
*
10590 GGAAACAAGATTCAGATGC-C-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCCTGAGATTTGGT
182 CGAAACAAGATTCAGATGCACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCCTG-GATTTGGT
*
10652 T-GAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGGAGCT
246 TCG-ATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGGAGCT
10716 CCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAG
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10753 TACACGATTT
Statistics
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GCCAAAAACCGTGACGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAATATTTTTCTCAA
TTTTTTGCCACAATACTCAAAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGCTTTTCA
CGCTTCTAATATCGTGTTCCCATTTTTATCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
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AAAACTAAACCGGGGCCCCTAAACGCGCTTTAA
Found at i:11475 original size:2 final size:2
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Indices: 11468--11499 Score: 64
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11458 AATACTCAGA
11468 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
11500 TCAACGCAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
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AT
Found at i:11727 original size:990 final size:971
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Indices: 10314--13192 Score: 3633
Period size: 988 Copynumber: 2.9 Consensus size: 971
10304 AAAAACCGTG
* * * *
10314 ATGGTTAGATGATTATAGGTATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAACCGG
1 ATGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT-AATCGG
* * * *
10379 GGCCCCTAAACGCGCTTTAAGCCAAAAGCCGTGACGGTTAGTATACGATTTTCAGCTAAAAACTG
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* *
10444 ACCCTAATAATTTTTTTCTATATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATA-AA
126 ACCCGAA-AA-TTTTTTCT-CATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAA
* * *
10508 TTCAATGCAACAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTATCGAA
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* * *
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252 TTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGT
*
10638 GCCTGAGATTTGGTTGAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAA
317 GGCTGAGATTTGGTT-AATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* *
10703 TTGATCCGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGAT
381 TTGATCTGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGAT
* * *
10768 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAATAAA
446 AAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAA
* * ** * * **
10833 TACATGATTCAGGGCCAGAA-AAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATTGTTTTTCATATTT
511 TATATAATTCAACGCCA-AATAAATTGAA-GG-TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCATTT
* * * *
10897 CTTTATGAACTTATTTCAAATTAAATC-AAATTAAGTCTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
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* * * *
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*
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* * *
11156 ATAATTCAACACCAAAAAGATTGCAAATTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCC
826 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCC
* * *
11221 AAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAAT
891 AAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAAT
*
11286 TGAATGTGGGTTGGAT
956 TGAATGTGGGTGGGAT
* *
11302 TTGGTTCGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGG
1 ATGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAA-TCGG
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11432 GAAAAGTTTTTTCTCA-TTTTTGCCACAATACTCAGAATATATATATATATATATATATATATAT
130 GAAAA-TTTTTTCTCATTTTTTGCCACAATACTCAG-----A-A-A-ATATATATATATATATAT
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186 A-ATTCAACGCAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCG
*
11561 AATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGGTGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
250 AATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
*
11626 GTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATAGAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAA
315 GTGGCTGAGATTTGGTT-AATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAA
* * *
11691 AATTGATCTGGAGCTCCGGAACGCTTTTTAAGCCAAAAACCGAGATGGTTAGTACACGATTTCGG
379 AATTGATCTGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * *
11756 CTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAACACTTAGAAA
444 ATAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTTAGAAA
*
11821 AAATATATAATTCAACGCAAAATAAATTGAAGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTT
508 AAATATATAATTCAACGCCAAATAAATTGAAGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTT
* * * * * *
11886 TTTCCAATAGAATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAA
573 TTT-CAA-ATAATTTCTAATTAAATCGAAATAA-GTTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* * * * *
11951 TGCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGGGT-TTTCATGGAGTCTATTTGTCGAAAGCA
635 TGCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACC
* *
12015 ATGTAAAACTGAGTCGAGGCCCCG-AA-ACGTGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATG
700 ATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACACGT-TTTTAG-CAAAAACCGTGAT-G---GTACACG
* *
12078 ATTTCGGCTAAAAACTGACCAGAAAATATATTTCTT-AATTTTTT-CCACAATACTCATAAAAAA
759 ATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTATATTT-TTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAA
12141 TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTC-TCGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTT
823 TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCAT-GCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTT
*
12205 TTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCATGCTCGTAAAAAGAAATCGTT
887 TTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTT
12270 AAATTGAATGTGGGTGGGAT
952 AAATTGAATGTGGGTGGGAT
* * ** * * *
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1 ATGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAATC-GG
* ** * * * * * *
12355 GGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCATGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGATGAAATTTT
65 GGCCCCTAAACGCGCTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACATGATTTTC-G--G-----CT
*
12419 GCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCATAATACTCAG-----A-A-A-A-
118 --AAAAACTGACCCGAAAATTTTTT-CTC-A-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATAT
* * * ** *
12475 A-ATACATAATTCAACGCCAAATAA-ATTGAC--GATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTT
178 ATATATATAATTCAACG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCAT
* * * * * * *
12536 TTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAATAAGATTCAGATCCTCATAAAAATAAATCCTT
242 TTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTT
* * *
12601 ATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA--TATATT-AAGGAGTCTTTGCGTCAAA
306 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA-ATGAATAAAGGTAT-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAA
* * *
12663 AATCATGCAAAATTTATCTGCG-GCTCCGGAACGCGTTTTGAGTCAATAACCGTGATGGTTAGTA
369 AATCATGCAAAATTGATCTG-GAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * *
12727 CACGATTTC-GACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTTCCACA
433 CACGATTTCGGA-TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACA
12791 ATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAATAAATT-AACGGTTTTCACGCTTCTAATATCG
497 ATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAATAAATTGAA-GGTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * *
12855 TTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTTAGATGCTCGTAAATA
561 TTTTCCCATTTTTTT-C-AAATAATTTCTAATTAAATCGAAATAAG-TTAAGATGCTCGTAAAAA
* *
12920 CAAATCCTTAAATGCAATGTGAG-TGAGATTTGGTTAGATGAATTTGGGTATTTCATGGAATCTA
623 CAAATCCTTAAATGCAATGTG-GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTA
* * *
12984 TATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAATCGAGGCCCCGAAACGCATTTTTAGGCAAAAACCGTAAA
687 TATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACACGTTTTTA-GCAAAAACCGT---
* * * * * * *
13049 GGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAATTTACCCGAAATTATATTTCTCGATTTTTTGCCACAAT
748 --GATGGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTATATTTTTCAATTTTTTGCCACAAT
* * *
13114 ACTCATAAAAAATACATAATTCAATGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACTTCTTCTATTATCG
811 ACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCA-TGCTTCTATTATCG
*
13179 TTTTTCCATTTTTT
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13193 TAGCCAAAAG
Statistics
Matches: 1670, Mismatches: 154, Indels: 136
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AATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
TTGGTTAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGA
GCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGC
AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTC
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CTAATTAAATCGAAATAAGTTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGTCG
AGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCAAAAACCGTGATGGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCG
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TTGCAGAGTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAAT
CGAAACAAGATTTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGAT
Found at i:12345 original size:988 final size:978
Alignment explanation
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156 GTTTTTCCTC
* * * * * **
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* * * * *
228 CACGCTTCTAATATCGTTTT-CCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAAT-TAGAACAAGA-
65 CTCGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGA-AACAAGAT
* * * * * ** * * * *
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128 TTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATA
* * *** * * * * * * * *
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* * *
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* *
538 ATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTTCCA-TTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
380 ATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTTTCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAA
*
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* * *
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508 T-AATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGAGCTC
* *
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572 CGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * * *
796 ACTGACCCGAAAAGTTTTTCCACAA-TTTTTTGCCACAATACTCA-AAATAAATACATGATTCAG
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* * * * * * * *
859 GGCCAGAA-AAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATTGTTTT-TCATATTTCTTTACGAATT
701 CG-CAAAATAAATTGAACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCAT-TTT-TTT-CCAATA
* * * * * *
922 TATTTCTAATTAAATCGAAATAAGT-CTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTG
761 AATTTCTAATTAAATCGGAACAA-TATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTG
* *
986 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAAC
825 ACTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAAC
*
1051 TGAGTCGAGGCCCCGAAACACGTTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCTA
890 TGAGTCGAGGCCCCG-AA-ACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
1112 AAAACTGACCCGAAATTATATTTCTT
953 AAAACTGACCCGAAATTATATTTCTT
*
1138 AATTTTTTGCCACAATACTCATAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCA-ACATTTT
1 AATTTTTTGCCACAATACTCATA-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGA-GTTTT
* * *
1202 TCAT-GCTTCTATTATCTTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACAATAT
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* * * *
1266 TTAGATGCATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTGGATTTGGTTCGATGAATA
128 TTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATA
* ** * * * * * **
1331 TAGACACTTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGAGGCTCCGGAACGCG
193 TAGATA-TTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAT-CGGGGCCCCTAAACGCG
* * * * * * *
1396 TTTTGAGCTAAAAACCGTGATATTTAGTACACGATTTT-GACTAAAATTTTGCCAAAAATGACCC
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* * *
1460 GAAAAGTTTTTCATCATTTTTTTGACACAATACTC-----ATA-A-A-A-A-ATATTTAATTCAA
307 GAAAATTTTTTC-TCA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAA
* ** * * * * * *
1515 CGCCAAATAA-ATTGAC-GG-TTTTCACGCTTCTAATATAATATTATAATTTTTTTCCAAAATCA
370 CG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTT-CGAATTAA
* * * * * *
1577 TTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATTCTCATAAAAACAAATCCTTACATCCAATGTGGCT
433 TTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* * * ** *
1642 GAGTTTTGGTTGGATGAAGAAAGACATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCCAAAATCATGCAAAATTGA
498 GAGATTTGGTT-AATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
* * * *
1707 TC-CGAGGCTCTGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACAGTGA-GAGTTAGTACACGATTTCGACTAA
562 TCTGGA-GCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATG-GTTAGTACACGATTTCGGCTAA
** * *
1770 AATTTTGCAAAAACAAACCCGAAAGGTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTTAGAATAAAT
625 AATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAAT
* * * *
1834 ACATAATTTAATGCCAAATAAATTG-ACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT-CCATTTTTTT
690 ATATAATTCAACGCAAAATAAATTGAACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTT
* * * * * * *
1897 CCAAAATAATTTCTAATTAAATCAGAACAAGATTCAGAT-CTTCGTAAAAATAAATCCTTATATC
755 CCAATA-AATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGC-TCGTAAAAACAAATCCTTAAATG
* *
1961 CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCAT
818 CAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCAT
* * *
2026 GCAAAACTGAGTCGAGCCCCCGAAACGCGTTTTTCGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
883 GCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* *
2091 TCGGCTAAAAACTGACTCGAAA--ATATTTCTC
946 TCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTATATTTCTT
*
2122 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTC
1 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTC
* *
2187 AT-GCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTCCCAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACAAGATTT
66 -TCGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTT
* * *
2251 AGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTGGATTTGGTTCGATGAATATA
130 AAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATATA
** * * * * ** * *
2316 GATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGTAAAATTGATCTGGGG-CTTTGGAACGCGTT
195 GATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAATC-GGGGCCCCT-AAACGCGCT
* *
2380 TTGAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGA-TTTCGGCTAAAACATTGCAAAAGCTGACCCAG
258 TTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACATGATTTTCGGCT-----A----AAAA-CTGACCC-G
* * * * * *
2444 AAAGTTTTGTCCTGAATTTTTGCCACGATACTCAG-------A-A-A-A-ATATATAAGTCAACG
308 AAAATTTT-TTCTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAACG
* * * * *
2498 CCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCTATTTTTTCCGTATTTATT
372 -CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTC-ATTTTTTTCGAATTAATT
* * * *
2561 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
435 TCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * ** * * * *
2626 GATTTGGTTAGATGATTATAGGTATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGC
500 GATTTGGTTA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATC
* * * ** * ** * *
2691 CGGGGCCCCTAAACGCGCTTCAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTT----T--CA--
564 TGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * *
2748 --GCTAAAAACTGACCCGAATAGTTTTTTCTCAA-TTTTTTGCAACAATACTTCAGAAAATATAT
629 TTGC-AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTT-AGAAAA-A-AT
* * *
2810 ATATAAATTCAATGCAAAA-AAGAATG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATT
690 ATAT-AATTCAACGCAAAATAA-ATTGAAC-GG-TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCATT
* * * * * * *
2873 TTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAA
750 TTTTTCCAATAAATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * ** * * * * ** * *
2938 ATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATAAAGGCATTTCAAGGAGTTTTTGCGCCAAAAA
815 ATGCAATGTGACTGAGATTTGGTT-AGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAA
* * * * * * *
3002 TCATGAAAAATTGA-TCAAGGGCTCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACA
879 CCATGCAAAACTGAGTCGA-GGCCCCGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * *
3066 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAGAAAAGTT-T-TTCCTC
941 CGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCG-AAA-TTATATTTCTT
* * * * * * ** * *
3114 AATTTTTTTCCACAAAACTCAGAATAAATACATGATTCAGGGCCAGAAAA-ATTGAAGGGTTTTT
1 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAGATTGCAGAGTTTTT
* * * * ** * * * *
3178 CACGTTTCTAATATTGTTTTTCATATTTCTTTACGAACTT-ATTTCTAATTAAATCGAAATAAG-
65 CTCGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTT-TTT-CCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * ** * * * *
3241 TCT-AA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
127 TTTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAAT
* * *** * *** *
3303 ATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACTATCAGAGTGAGTCATTTCTACT-GGCTTAGG
192 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG-CCAAAA--ATC--A-T--G-CAAAACTAATCGG----GG
* *
3367 CCATGCAAAACTGAGTCGAGACCGCGAAACAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTACACGA-T
244 CC---C----CT-A----A-A-CGCG---C----TTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTACATGATT
*
3431 TTCAGCTAAAAACTGACCCG-AAATTATCTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC-----ATA-A
288 TTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATT-T-TTTCTC-ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATA
* * * * *
3489 -A-A-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAC--GTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTT
350 TATATATATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTG--ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
** * * * * * *
3549 TCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGT-AAAA
413 TTTCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAA
* ** * * * **
3613 TCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCT
474 T-AAATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTT-AATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCT
* *
3677 TTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATC-CGAGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTT
536 TTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGA-GCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTG
* * *
3741 ATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAA-TT
600 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTT
* * * * * *
3805 TTTTGCCACAATACTTAGAATAAATACATAATTCAATGCCAAATAAATTG-ACGATCTTCACGCT
665 TTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAATAAATTGAACGGTTTTCACGCT
* * * * *
3869 TCTAATATCGTTTT-CCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCAGAACAAGATTCAGATC
730 TCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAATA-AATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATG
* * * * *
3933 CTCGTAAAAATAAATCCTTATATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCA
794 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCA
* * *
3998 TTGAGTCTATATGTCGAACACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTCGCCAAA
859 TGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA--CGTTTTTAGCCAAA
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* *
4120 AATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTT
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* *
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4250 TAGATGCATGCTCCTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTGGATTTGTTTCGAT-AATAT
129 TAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATAT
* ** * * * * * ** * *
4314 AGATATTTCATGGAGTCTTTGTGCCCAAAATCATGTAAAATTGATACGGGGCTCCGGAAGGCGTT
194 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAT-CGGGGCCCCTAAACGCGCT
* * * *
4379 TTGAGCTAAAAACCGTGATGATTAGTATATGA-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGCTGACCCAA
258 TTAAGCCAAAAACCGTGATG----GTACATGATTTTCGGCT---A------AAAA-CTGACCCGA
* * *
4443 AAAGTTTTGTCCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAG-------A-A-A-A-ATATATAAGTCAAC
309 AAA-TTTT-TTCT-CATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAAC
* * * * *
4497 GCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCTATTTTTTCCGTATTTAT
371 G-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTC-ATTTTTTTCGAATTAAT
* * * * * *
4560 TTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAAATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
434 TTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * ** ** * * *
4625 AGATTTGGTTAGATGATTATAGGTATTTCAAGGAGTCTCAGTACCAAAAATCATGCAAAACTAAG
499 AGATTTGGTTA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAT
* * * ** * ** * *
4690 CCGGGGCCCCTAAACGCGCTTCAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTT----T--CA-
563 CTGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * *
4748 ---GCTAAAAACTGACCCGAATAGTTTTTTCTCAA-TTTTTTGCAACAATACTTCAGAAATATAT
628 TTTGC-AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTT-AGAAA-AAAT
* * *
4809 ATATAAATTCAATGCAAAA-AAGAATG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCA-T
690 ATAT-AATTCAACGCAAAATAA-ATTGAAC-GG-TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCATT
* * * * * * *
4871 TTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAA
750 TTTTTCCAATAAATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * * ** * * ** * *
4936 ATCCAAAGTGGCTGAGATTTGTTTCA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGGGCCAAAAA
815 ATGCAATGTGACTGAGATTTGGTT-AGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAA
* * * * * * *
5000 TCAAGCAAAATTGA-TCCTG-GGTCTCCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTA
879 CCATGCAAAACTGAGT-C-GAGG-C-CCCGAA-ACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* *
5063 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA--AGT-TTTCCTC
939 CACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCGAAATTA-TATTT-CTT
** * * * *
5112 AA-TTTTTGCCACAATACTCCGAAAAAATATATAATTCAGCGCCAGAAAA-ATTGAAGGGTTTTC
1 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAGATTGCAGAGTTTTT
* * * * ** * * *
5175 CACGCTTCCAATATTGTTTTTCATATTTCTTTCAAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-
65 CTCGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTT-TTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * * * * ** * * * * ** *
5239 CT-CA-G-ATGCTTGTAAAAACAAATCTTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAAATGAATT
128 TTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATA
* * * *** * * * * * * *
5301 TGGATAATTCATGGAGTCTATATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACACGT
193 TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT-AATCGGGGCCCCTAAACGCGC
* * * *
5366 TTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAATATTTT
257 TTTAAGCCAAAAACCGTGATG----GTACATGATTTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAT-TTTT
* ** * * *
5430 TCTTAATTTTTTGCCA-AA-A-T-A-ATCAT-TA-A-A-AAATATATAATTCAACTCCAAAAAGA
317 TC-TCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAACGCAAAAAAGA
* * * * *
5486 TTG-CAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTT-TCAATTA
381 TTGAC-GGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTT-CGAATTAATTTCT-AATTA
* * * * * **
5549 AATCGAAACAAGATTTAGAGGCACGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGCT-AGAT
443 AATAGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGAT
** * * * *
5613 TTGGCTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATTATGCAAAATTGATCCGG
503 TTGG-TTAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGG
* **
5678 GGCTCCGGAACGCGTTTTGA-CCTAAAAACC--G-T-G--A-TACACGATTTTAGCTAAAATTTT
567 AGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* * * *
5735 GCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATACATAA
631 GCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
* * *
5800 TTCAACGCCAAATAAAATTG-AC-ATATTTCCCGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTTCCA
696 TTCAACGCAAAAT-AAATTGAACGGT-TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCA-TTTTTTTCCA
* * * * * ** * * * *
5863 AAATAATTTCTAATTAAATCAGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAGTAAATCTTTATATCCATT
758 ATA-AATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * *
5928 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAACACCATGCAA
822 GTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAA
* * *
5993 AACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTCGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTTGG
887 AACTGAGTCGAGGCCCCGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* *
6058 CTAAAAACTCACCCGAAATTATATTTCTC
950 CTAAAAACTGACCCGAAATTATATTTCTT
* *
6087 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTT
1 AATTTTTTGCCACAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTT
*
6152 CAT-GCTTCTATTATCGTTTTCCCTTTTTTTCCAAATTAATATTTT-ATTAAATCGAAACAAGAT
65 C-TCGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAAT-TTTTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * * * * *
6215 TTAGATGTATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTGGATTTGCTTCGATGAATA
128 TTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATA
* ** * * * ** *
6280 TAGACATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGACGCTCC-AGAACGCG
193 TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAT-CGGGGCCCCTA-AACGCG
* * * *
6344 TTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGA-TTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
256 CTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACATGATTTTCGGC--------T--AAAAACTGACCC
* *
6408 G-AAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACT-------TAGA-ATA-A-ATACATAATTCA
307 GAAAAT-TTTTT-CTC-ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCA
* * * * * * *
6462 ATGCCAAATAA-ATTGAC-GG-TCTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCATATTTTTCCAAAATA
369 ACG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCAT-TTTTTTCGAATTA
* *
6523 ATTTCTAATTAAATCA-AAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCCTTATATTTATATCAA
432 ATTTCTAATTAAAT-AGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC-T-TA---A-ATCCA
* * * * ** * * *
6587 ATGTGGCTGAAATTTGGTTAGATGAAT-ATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATG
490 ATGTGGCTGAGATTTGGTTA-ATGAATAAAGG-TATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATG
* * * * * *
6651 CAAAACTGAGTC--GAGGCCCCGAAACGCGCTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGAT
553 CAAAATTGA-TCTGGA-GCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
* * * *
6714 TT----T--CA----GCTAAAAACTAACCCGAATAGTTTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAATACT
616 TTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACT
* * *
6768 CAGAAATATATATATAAATTCAATGCAAAA-AAGATTG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
680 TAGAAA-AAATATAT-AATTCAACGCAAAATAA-ATTGAAC-GG-TTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * * * * *
6831 TTTTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAA
740 -TTTTCCCATTTTTTTCCAATAAATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAA
* * * ** * *
6896 CAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTT
804 CAAATCCTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTT-AGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTA
** * * * * * * * * *
6960 TGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-TCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGA
868 TATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGT-CGAGGC-CCCGAA-ACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
* * *
7024 TAGTTAGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTT-T-TTCCTC
930 TGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCG-AAA-TTATATTTCTT
* * * * ** * *
7083 AATTTTTTGCCACAATACTCAGAATAAATACATGATTCAGGGCCAGAAAA-ATTGAAGGGTTTTT
1 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAGATTGCAGAGTTTTT
* * * * * ** * * * *
7147 CACGTTTATAATATTGTTTTTCATATTTCTTTACGAACTT-ATTTCTAATTAAATCGAAATAAG-
65 CTCGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTT-TTT-CCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * ** * * * * *
7210 TCT-AA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
127 TTTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAAT
* * *** * * * * * * *
7272 ATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCG
192 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT-AATCGGGGCCCCTAAACGCG
* * * * *
7337 TTTTTAGCCAAAAACCCTGATAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCG-AAATTATCTTTC
256 CTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTACATGATTTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATT-T-TTTC
* *
7400 TCAATTTTTTGCCACAATACTC-----ATA-A-A-A-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
319 TC-ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAACGCAAAAAAGATT
* * * ** * * * *
7456 GCAAC--GTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAAT
383 G--ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * ** *
7519 CGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGT-AAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTG-GATTT
446 AGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAAT-AAATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGATTT
* * ** * *
7582 GGTTGGATGAAGAAAGACATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCGAAAATCATGCAAAATTGATC-CGAG
505 GGTT-AATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGA-
* * *
7646 GCTCCGGAACGCG-TTTGAGCCAAAAACCGTTATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGC
568 GCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * * *
7710 AAAAACTGACGCGAACATTTTTTACTCAATTTTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAAGTACATAA
633 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA-TTTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAA-TATATAA
* *
7775 TTCAACGCCAAATAAATTG-ACGGTTTTCACGCTT-TCAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAA
696 TTCAACGCAAAATAAATTGAACGGTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAT
* * * ** * * * *
7838 ATAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAATTAAATTCTTATATCCAATGC
760 A-AATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGT
* *
7903 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAA
824 GACTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAA
* * *
7968 CTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTCGCCAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
889 CTGAGTCGAGGCCCCGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * * *
8033 AAAAACTTACCCGAAAATATTTTTCTC
952 AAAAACTGACCCGAAATTATATTTCTT
**
8060 AATTTTTTGCCACCGTACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTT
1 AATTTTTTGCCACAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTT
* * * *
8125 CACGCTTCTATTATTGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAATCAAAACAAGATTT
65 CTCGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTT
* * * *
8190 AGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTGGATTTGTTTCGATGAATATA
130 AAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATATA
* ** * * * * * * ** *
8255 GATATTGCAAGGAGTCTTTGTGCCCAAAATCATGTAAAATTGATCTGGGACTCCGGAACGCGTTT
195 GATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAATC-GGGGCCCCTAAACGCGCTT
* * * *
8320 TGAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTAT-ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGCTGACCCAAA
259 TAAGCCAAAAACCGTGATGG-TA-CATGAT--TTTCGGCT---A------AAAA-CTGACCCGAA
* * * *
8384 AAGTTTTGTCCTGAATTTTTTGCCATAATACTCAG-----A-A-A-A-A-ATATATAAGTCAACG
310 AA-TTTT-TTCT-CATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAACG
* * * * *
8439 CCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCTATTTTTTCCGTATTTATT
372 -CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTC-ATTTTTTTCGAATTAATT
* * * * *
8502 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGA
435 TCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * ** * * *
8567 GATTTGGTTAGATGATTATAGGTATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGT
500 GATTTGGTTA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-T
* * ** * * *
8632 C-GGGGCCCCTAAACGCGCTTTGAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTCAGCTAAA
563 CTGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAA
* * * * *
8696 A-ATTG-----A---A-CCGAATAGTTTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAATATAT
626 ATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTTAGAAA-AAAT
* *
8750 ATATAAATTCAATGCAAAA-AAGATTG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATT
690 ATAT-AATTCAACGCAAAATAA-ATTGAAC-GG-TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCA-T
* * * * * * * *
8813 TTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATTCTTA
749 TTTTTTCCAATAAATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * ** * * ** * *
8878 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-GAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAA
814 AATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAG-ATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAA
* * * * * * * * *
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* * *
9006 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACGGACCCGGAAAGTT-T-TTCCTC
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* ** * *
9055 AATTTTTTGCTACAATACTCCGAAAAAATATATAATTCAGCGCCAGAAAA-ATTGAAG-GATTTT
1 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAGATTGCAGAG-TTTT
* * * * * ** * * *
9118 TCACACTTCCAATATTGTTTTTCATATTTCTTTCCAAATTTACTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
64 TCTCGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTT-TTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * * * ** * * * * **
9183 -CT-CA-G-ATGCTTGTAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAAATGAAT
127 TTTAAATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAAT
* * * *** * * * * * * *
9244 TTAGATAATTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACACG
192 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT-AATCGGGGCCCCTAAACGCG
* * * * * *
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256 CTTTAAGCCAAAAACCGTGATG----GTACATGATTTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAT-TTT
* * * * *
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316 TTC-TCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAACGC-AAAAAA
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * *
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500 GATTTG-GTTAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATC
* * * *
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564 TGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * *
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*
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* * * * * * * *
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758 ATA-AATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
* * **
9879 GCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGAATATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAA
822 GTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAA
*
9944 AACTGAGTCGAGG-CCCGAAACGCGTTTTTCGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
887 AACTGAGTCGAGGCCCCGAAA--CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * *
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* * *
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* * * *
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** * * * * * * ** *
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* * *
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Statistics
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1023 43 0.01
1024 80 0.01
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Consensus pattern (978 bp):
AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTC
TCGCTTCTATTATCGTTTTCCCATTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTA
AATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGATGAATATAG
ATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAATCGGGGCCCCTAAACGCGCTTTA
AGCCAAAAACCGTGATGGTACATGATTTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCTCATTTT
TTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGACGGGCT
TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGA
TTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAATGAATAAAGG
TATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGAGCTCCGGAACGCGTTTTG
AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAG
TTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAATAAATTGA
ACGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAATAAATTTCTAATTAAATCGGAA
CAATATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAA
TATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGT
TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATTATATTT
CTT
Found at i:12690 original size:329 final size:328
Alignment explanation
Indices: 10533--12962 Score: 2066
Period size: 328 Copynumber: 7.4 Consensus size: 328
10523 ATTGACGGGC
* * * *
10533 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTAT-CGAATTAATTTCTAATTAAAT-GGAAAC
1 TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGG-AAC
* *
10596 AAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTT-GAATGAA
64 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAG-ATGAA
* *
10660 TAAAGGTAT-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCCGGAGCTCCGGAACG
128 TATA--TATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGG-GCTCCGGAACG
* * *
10724 CGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGACC
190 CGTTTTGAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC-GATAAAATTTTGCAAAAACTGACC
* * * **
10789 CGAAAAGTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAATAAATACATGATTCAGGGCCAGAA
254 CGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AA
* *
10853 -AAATTGAAGGGT
318 TAAATTG-A-CGA
* * * *** * * * *
10865 TTTTCACGTTTCTAATATTGTTTT-TCATATTTCTTTATGAACTTATTTCAAATTAAATC-AAAT
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCAT-TTT-TTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAA-
* * *
10928 TAAG-TCTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
63 CAAGAT-TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
* * ** * * * * * * *
10992 ATATGGATAT-TTCATGGAGTCTATATGTCTAAAACCATGCAAAACTGAGTC-GAGACCCCGAAA
127 ATAT--ATATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-TCTG-GGCTCCGGAA
* * * *
11055 CACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCG----------GCTAAAAACTGA
188 CGCGTTTTGAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGATAAAATTTTGC-AAAAACTGA
* *
11106 CCCGAAATTA-TATTTT--TCAA-TTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACA
252 CCCGAAA--AGT-TTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATATATAATTCAACG
*
11167 CCAAA-AAGATTG-CAAA
313 CCAAATAA-ATTGAC-GA
* * * * * *
11183 TTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTTTTATTAAATCGAAAC
1 --TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAAC
* * * ** * *
11247 AAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTTG-GATTTGGTTCGA
64 AAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGA
* * ** * * * * * **
11311 TGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCTAA
124 TGAATATATATA-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-TCTGGGCTCCGGA
* * * *
11376 ACGCGCTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GT--AC-A--T-GAT----TTTCGGCTAAAAACT
187 ACGCGTTTTGAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGATAAAATTT-TGC-AAAAACT
*
11427 GACCCGAAAAGTTTTTTCTC-A--TTTTTGCCACAATACTCAGAATATATATATATATATATATA
250 GACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAG-------------A-A-A-A-A
* *
11489 TATATATATATTCAACG-CAAAAAAGATTGACGGGC
298 -ATATATA-ATTCAACGCCAAATAA-ATTGAC--GA
** * * * *
11524 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAA
* *
11588 GATTCAGGTGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATA
66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAATA
* *
11652 GAGGTAT-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGAGCTCCGGAACGCT
130 TA--TATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGG-GCTCCGGAACGCG
* * *
11716 TTTTAAGCCAAAAACCGA-GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCC
192 TTTTGAGCCAAAAACC-ATGATGGTTAGTACACGATTTC-GATAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
* * *
11780 GAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAACACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAATA
255 GAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAATA
* *
11845 AATTGAAGG
320 AATTGACGA
* *
11854 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAATAGAATTTCTAATTAAATCGGAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAA
* * * * *
11919 TATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT
66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
*** * * * * * * * * * * *
11984 GGGTTTTCATGGAGTCTATT-TGTC-GAAAGCAATGTAAAACTGAGTC-GAGGCCCCGAAACGTG
131 ATATATTCAAGGAGTCT-TTGCGCCAAAAATC-ATGCAAAATTGA-TCTG-GGCTCCGGAACGCG
* * *
12046 TTTT-AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCG----------GCTAAAAACTGACCAG
192 TTTTGAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGATAAAATTTTGC-AAAAACTGACCCG
* *
12100 AAAA-TATATTT-CTTAA-TTTTTT-CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA-
256 AAAAGT-T-TTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAT
12160 AAGATTG-CAGA
319 AA-ATTGAC-GA
* * * * *
12171 GTTTTTCTCGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC
1 --TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAAC
* * * ** * * * *
12235 AAGATTTAAATGCATGCTCGTAAAAAGAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTGGGATATGGTTCGAT
64 AAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* *
12300 GAATATATATATTTCAAGGAGTGTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCAGGGGCTCCGGAA
125 GAATATATATA-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATC-TGGGCTCCGGAA
* *
12365 CGCGTTTTGAGCTAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGATGAAATTTTGCAAAAACTGA
188 CGCGTTTTGAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC-GATAAAATTTTGCAAAAACTGA
* * *
12430 CCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATACATAATTCAACGCCAA
252 CCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAA
12495 ATAAATTGACGA
317 ATAAATTGACGA
* *
12507 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTTTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAATAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAA
* * * *
12572 GATTCAGATCCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* *
12637 ATATATT-AAGGAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAAATTTATCTGCGGCTCCGGAACGCGTTT
131 ATATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTG-GGCTCCGGAACGCGTTT
* * * *
12701 TGAGTCAATAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTGAAA
195 TGAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGA-TAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA
* *
12766 AGTTTTTCCTC-ATTTTTTTTCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAATAAATT
259 AGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAATAAATT
* *
12830 AACGG
324 GACGA
12835 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAA
* * *
12900 GATTTAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATGCAATGTGAG-TGAGATTTGGTTAGATGAAT
66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG-GCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
12963 TTGGGTATTT
Statistics
Matches: 1709, Mismatches: 254, Indels: 274
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
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GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
ATATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGGCTCCGGAACGCGTTTT
GAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGATAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAG
TTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAATAAATTGA
CGA
Found at i:13193 original size:653 final size:642
Alignment explanation
Indices: 10315--13193 Score: 2305
Period size: 653 Copynumber: 4.4 Consensus size: 642
10305 AAAACCGTGA
* **** * * * * *
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* * * * * * *
10379 GGCCCCTAAACGCGCTTTAAGCCAAAAGCCGTGACGGTTAGTATACGATTTTC-AGCTAAAAACT
65 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGA-CTAAAAACT
* * *
10443 GACCCTAATAATTTTTT-TCTATATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAATATATATATATATATAA
128 GACCCGAA-AATTTTTTCTCAAT-TTTTTTGCCACAATACTCAG---A-A-A-A-A-ATACAT-A
* * * *
10507 ATTCAATG-CAACAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTAT-C
182 ATTCAACGCCAA-AAAGATTGA-GAGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCATTTTTTTCC
* *
10570 GAATTAATTTCTAATTAAAT-GGAAACAAGATTCAGATGCC-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
244 AAAATAATTTCTAATTAAATCGG-AACAAGATTCAGATGCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * *
10633 AATGTGCCTGAGATTTGGTT-GAATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAT
308 AATGTGGCTGAGATTTGGTTAG-ATGAATATAGATA-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAT
* * * *
10697 GCAAAATTGA-TCCGGAGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGAT
371 GCAAAACTGAGT-CGG-GCCCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
* * * *
10761 TTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA
434 TTC-G-----A--CT--AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTTCCACAATACTCA
* * * ** * * * *
10826 GAATAAATACATGATTCAGGGCCAGAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATTGTTTT-
489 GAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAGATTGAACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTC
* ** * * * *
10889 TCATATTTCTTTATGAACTT-ATTTCAAATTAAATC-AAATTAAG-TCTAAGATGCTCGTAAAAA
553 CCAT-TTT-TTT-CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CAAGAT-TTAGATGCTCGTAAAAA
*
10951 CAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATT
613 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* * * *
10981 TGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATATGTCTAAAACCATGCAAAACTGAGTC-GA
1 TGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTATACGCCAAAAACCATGCAAAACTGA-TCAGA
* * *
11045 GACCCCGAAACACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA
65 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTGA
* * * *
11106 CCCG-AAATTATATTTTTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACACC
130 CCCGAAAATT-T-TTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATACATAATTCAACGCC
* * * * * * *
11169 AAAAAGATTGCAAATTTTTTCATGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTCCAAATTAATTTTT
192 AAAAAGATTG-AGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAAATAATTTCT
* * * * * ** *
11233 TATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAATCAAATCGTTAAATTGAATGTGGGTT
256 AATTAAATCGGAACAAGATTCAGATGC---CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GGCT
* * ** * *
11298 G-GATTTGGTTCGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTAA
317 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA-TTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * * *
11362 GTCGGGGCCCCTAAACGCGCTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACATGATTTTCGGCTAAA
381 GTC-GGGCCCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGACTAAA
* *
11423 AACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA--TTTTTGCCACAATACTCAGAATATATATATATATATAT
444 AACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTTCCACAATACTCAG-------------A-A-A-
* **
11486 ATATATATATATATTCAACGCAAAAAAGATTG-ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTT
493 A-A-ATATATA-ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAC-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCC
* * * * *
11550 CATTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGGTGCTCGTAAAAATAAATC
554 CATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATC
11614 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
619 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* * * * * *
11638 TGGTTCA-ATGAATA-GAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTG
1 TGGTT-AGATGAATATG-GATATTTCAAGGAGTCTATACGCCAAAAACCATGCAAAACTGATCAG
* * * *
11701 -GAGCTCCGGAACGC-TTTTTAAGCCAAAAACCGAGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
64 AG-GCCCCGAAACGCGTTTTT-AGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-G-----A--
* * * * *
11764 TTACAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAACACTTAGAAAAAATATAT
119 CT--AAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATACAT
* * *
11829 AATTCAACG-CAAAATAAATTGA-AGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCA
181 AATTCAACGCCAAAA-AGATTGAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCA
* * * * *
11892 ATAGAATTTCTAATTAAATCGGAACAATATTCAGATG-CTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
245 AAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATGCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * * * * * * *
11956 TGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGGGTTTTCATGGAGTCTATT-TGTC-GAAAGCAATGT
310 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCAAGGAGTCT-TTGCGCCAAAAATC-ATGC
* *
12019 AAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGTGTTTT-AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTC
373 AAAACTGAGTCG-GGCCCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * *
12083 GGCTAAAAACTGACCAGAAAA-TATATTT-CTTA-ATTTTTTCCACAATACTCATAAAAAATATA
437 GACTAAAAACTGACCCGAAAAGT-T-TTTCCTCATTTTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATA
* * * *
12145 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGCA-GAGTTTTTCTCGCTTCTATTATCGTTTTCCCA-TTTTTTC
500 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAACG-GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTC
* * *
12208 CAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCATGCTCGTAAAAAGAAATCGTTAAA
564 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTT--A-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
** * * *
12273 TTGAATGTGGGTGGGATA
625 TCCAATGTGGCTGAGATT
* ** * * * * * *
12291 TGGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTGTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCAGGG
1 TGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTATACGCCAAAAACCATGCAAAACTGATCAGAG
* * * * * *
12356 GCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGATGAAATTTTGC
66 GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC----G--A--CT--
*
12421 AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATACATAATT
121 AAAAACTGACCCGAAAATTTTTT-CTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATACATAATT
* *
12486 CAACGCCAAATAA-ATTGACGA--TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTTTTTTTTCCAAAA
185 CAACGCCAAA-AAGATTGA-GAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAAA
* * * *
12548 TAATTTCTAATTAAATCGGAATAAGATTCAGAT-CCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGT
248 TAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATGCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * *
12612 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATATATATT-AAGGAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAAAT
313 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * *
12676 TTA-TCTGCGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGTCAATAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
378 TGAGTC-G-GGCCCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGAC-
* *
12740 AAAATTTTGCAAAAACTGACCTGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTTCCACAATACTTAGAAAAAA
440 -------T--AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAA
12805 TATATAATTCAACGCCAAATAA-ATT-AACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTT
496 TATATAATTCAACGCCAAA-AAGATTGAACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTT
* * *
12867 TTTCCAAAATAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTTAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAA
560 TTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
*
12932 TGCAATGTGAG-TGAGATT
625 TCCAATGTG-GCTGAGATT
* * * * * * *
12950 TGGTTAGATGAATTTGGGTATTTCATGGAATCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTGAATC-GA
1 TGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTATACGCCAAAAACCATGCAAAACTG-ATCAGA
* * * *
13014 GGCCCCGAAACGCATTTTTAGGC-AAAAACCGTAAAGGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAATT
65 GGCCCCGAAACGCGTTTTTA-GCAAAAAACCGT-GATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACT
* * * *
13078 TACCCG-AAATTATATTTCTCGA-TTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATACATAATTCAATGC
128 GACCCGAAAATT-T-TTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATACATAATTCAACGC
* *
13141 CAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACTTCTTCTATTATCGTTTTTCCATTTTTTT
191 CAAAAAGATTG-AGAGTTTTTCAC-GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT
13194 AGCCAAAAGC
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 265, Indels: 276
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
640 19 0.01
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AATCGGAACAAGATTCAGATGCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
TTAGATGAATATAGATATTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCC
GAAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAA
AAGTTTTTCCTCATTTTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
GAACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATC
GAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
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13042 CCGTAAAGGG
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* *
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131 TCT-CATTTTTTTAGCCAAAAGCTGTGATGA
* * * *
13212 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAATGTTTTTCTTAATTTTTTGCCAAAATACT
1 TTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTAACCCGAAAATATATTTCTCAATTTTTTGCCAAAATACT
* * *
13277 TATTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTTAC-GCTTCTATTATCGTT
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CATAAAAAATACATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACTGCTTCTATTATCGTTT
TCTCATTTTTTTAGCCAAAAGCTGTGATGA
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* * ** * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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252 CAAAACTGAGT-CGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
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315 TCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * *
19453 AAAAACTAACCCAAAAATTTTTTCCTCAATTGTTTTACCATAATACTCAG-AAAAATACATAATT
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATT-TTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * *
19517 CAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAAAT
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* * * **
19580 AATTTCTAATTAAATCGGAACGAGATCCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATAAGG
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * ** * * * ** *
19645 TTGAAATTT-G--CCA-CAATACTCGGAAAATAT-ATATAAGTC--AACGCCAAAAATCATGCAA
194 CTGAGATTTGGTTAGATGAATA-T-GG-ATATTTCA-AGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAA
* *
19703 AACTAAGTC-AGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGG-TA-T--ACGATTTTC
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*
19763 AGCT---A------
317 GGCTAAAATTTTGC
* * *
19768 AAAACTGACCTGAATAGTTATTT-CTTAATTTTTTGCCACAATACTCTGGAATATATAGATATAT
1 AAAACTGACCCGAAAAGTT-TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC----------AG----A-
* * *
19832 ATATTTAAATGTATAAATTCAACG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
50 A-A---AAATATAT-AATTCAACGCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* * * * *
19896 TTTCCATTTTTTT-CGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAAGATTCAGAAGCC-CGTAAAAAT
109 TTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG-ATCCTCGTAAAAAC
* * * * *
19959 AAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTA-ATAAACAAAGG-TATTTCAAGGATTCTT
173 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTAGATGAA-TATGGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * *
20022 -TGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-TCCGGGGCTCC-AGAACGCGTCTTGAGCCAAAAACCGT
236 AT-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGT-CGAGGC-CCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
*
20084 GATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
297 GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
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1 -AAAACTGACCCG-AAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCAC-AATACT-CAGAAAAAATATATAA
*
20182 TTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTT-CATATTTCTTTCCA
62 TTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTT-TTTCCA
* * * * *
20246 AATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAGATGCTCGTGAAAACAAATCCTTACATCCAAT
125 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * *
20311 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATGGATATTTTATGGAGTCTATAT-GTCGAAAACCATTCA
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*
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*
20439 G--------TT-A
318 GCTAAAATTTTGC
* * *
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1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA--TATAAT
*** * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
20634 ATGTGGGTTG-GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTGAGGGAGTCTT-TACACCAAAAATCAT
188 ATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCAT
* ** * * * * * * *
20697 GCAAAATTGACCCGGGGCTCC-AGAACGCGTTATGAACCAAAAATCGTGAT-GTAACATACACGA
251 GCAAAACTGAGTCGAGGC-CCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGA
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* * *
20777 AAAAACTGACCC-AAAAATAATTTCCTCAAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
1 -AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * * *
20841 CAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTATTCCAAAAT
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATT
* * **
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129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * * * * **
20969 TTGAAATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTTTTTTTGAAGAAATATGAATATGGATATTTAATG
194 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATA------TTTCAAGGAGTCT---TATCGCCA---AA--
* * * * *
21034 GAGTCTATATGTCGAAAACCATATAAAACTGAATCTAGGCCTTC-AAACGCGTTTTCAGCCATAA
245 -AATC---A--T-G-----C----AAAACTGAGTCGAGGCC--CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
* * * *
21098 ACCGTGATGGTTGGTACATGATTTCTGCTAATATTTTGC
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* * * **
21137 AAAAGCTGACCCGAAAAGTTTTGTCTTCAATTTTTTGCCACAATACACATAAAAAATATATACGT
1 AAAA-CTGACCCGAAAAGTTTT-TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * **
21202 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTCTA-TTTTTTCCGTATT
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*
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129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * ** * *
21331 CTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGG-TATTTCAAGGAGTATTGGCGCCAAAAACCATGCAAAAT
194 CTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCAAGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * *
21395 TAAGTCGAGGCCCCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-
258 TGAGTCGAGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
21459 --A------
322 AAATTTTGC
* * **
21460 AAAACTGACCCGAAAA-TATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACAC
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
21524 AACGCCAAAAAGATTGTAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGATTTTT-CA--TTTTTCCAAATT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCATTTTTTTCCAAATT
* * * **
21586 AATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAAT
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT-C---CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * *
21651 GTGGGTGGGATTTGG-TACGATGAATATAGATATTTCAAAGAGT-TTTTGCGCCAAAAATCATGT
190 GTGGCTGAGATTTGGTTA-GATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCATGC
* * * * * * *
21714 AAAATTGA-TCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCGAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTT
253 AAAACTGAGT-CGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* *
21778 CAGCTAAAACTTTGC
316 CGGCTAAAATTTTGC
* * * *
21793 AAAGCTGGCCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCA
1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * * *
21858 ACGCCAAACAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAAT-CCTGGTTTTCCATGTTTTTTCCAAAAT
66 ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTTCCAT-TTTTTTCCAAATT
* *
21920 AATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATCCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATGCG
129 AATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * * *
21984 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATAT-GTCGAAAACCATGCAAAA
193 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCT-TATCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * *
22048 CTGATTCAAGGCCCCGAAACGCGCTTTTTTGCC-AAAACATGTGATGGTTAGTACATGATTTCCG
257 CTGAGTCGAGG-CCCGAAACGCG-TTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
22112 CT---A------
319 CTAAAATTTTGC
* * * *
22115 AAAACTGACCC-AAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCAACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
22179 AACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCAAATTA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTA
* * * * **
22243 ATTTTTATTTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATG
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT-C---CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * *
22308 TGGGTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-TGCGCCAAAAATCATGCAA
191 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCATGCAA
* * * *
22372 AATTGA-TCCAGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
255 AACTGAGTCGA-GGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
22436 GCTAAAACTTTGC
318 GCTAAAATTTTGC
*
22449 AAGAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATTCTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AA-AACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
22514 AACACCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAAATA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTA
* *
22577 ATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * *
22642 TGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTT-AATGGAGTCTATATC-TCGAAAACCATGCAAAAC
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* * * ** *
22705 TAAGTCGAGGCCCTGAAACGTGTTTTTAGCCATAAACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTA
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* * * *
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*
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* * *
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* * *
22972 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTCTATAT-GTCAAAAACCATGCAAA
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* ** * **
23036 ACTAAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCATTAAGCGTGAT-G-TAGTACATAATTTCGGC
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*
23110 AAAAGCTGACCCGAAAAGTTTTGTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATATAA
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* * *
23175 GTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCC-A
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* *
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* *
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* * * * *
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*
23445 AAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
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* * * * * *
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*
23571 AATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
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* * * * *
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** * * *
23700 TGAGTCGAGGCGTTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTA
258 TGAGTCGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
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* *
23773 AAAAGCTGACCCGAAAA-TTTTTGTCTCCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAAG
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* *
23836 TCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAG
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* * * * *
23899 TATTTATTTCTAATTTAATCGAAATAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
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* ** * *
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*
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*
24087 TTCAGCT---A------
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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193 GCTGAGATTTGG-TTAGATGAAT-ATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCATGCAA
* * * * *
24345 AATTGA-TCCAGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGA----TAGTACACGATTTCG
255 AACTGAGTCGA-GGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* *
24405 GCTAAACTTTTAC
318 GCTAAAATTTTGC
*
24418 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
24483 AGCGCCAGAAAATTTGAAGGGTTTTTCACGCATCTAATATTGTTTTT-CATATTTCTTTCCGAAT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTT-TTTCCAAAT
* * * * * *
24547 TTATTT-TAATTAAATAGAAATAAGACTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTG
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * *** * *
24611 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCATGGAGTC-TATAAGTTGAAAACCATGCAACA
193 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * *
24675 CTGAGTCGAGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAATACACGATTTCGGCT
257 CTGAGTCGAGGCCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
24740 ---A------
321 AAAATTTTGC
* * * *
24741 AAAACTGACCC-AAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCAACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
24805 AACGCCAACAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCA--TTTTTCCAAATTA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTA
* * * * * **
24868 ATTTTTAATTAAATCGAAACAAAAATTTAGATGCATGCTTGTAAAAACAAATCGTT-AATGTGAA
130 ATTTCTAATTAAATCGAAAC-AAGATTCAGAT-C---CTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CCAA
* * * * * *
24932 TGTGGGTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATGTTTCAAGGAGTCTTTTCGCCAAAAATCATGCA
189 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCA
** * * ** * *
24997 AATTTGA-TCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTGGAGCCAAAAACTGTGATGGTTCGTACACGATTTC
254 AAACTGAGT-CGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
*
25061 GGCTAAAACTTTGC
317 GGCTAAAATTTTGC
* *
25075 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
25140 AACGTCAAACAAATTG-ACGG-TTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTGCCTTTTTTTTCCAAAATA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTA
* *
25203 ATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * * ** * *
25268 TTAAATTT-GTTCGATGAAAAAAGATATTTCAAGGAGTCTT-TGCGCCAAAAATCATGAAAAATT
195 TGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * *
25331 CAG-CTGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAATCCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTA
259 GAGTC-GAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
25395 AAATTTTTGC
322 AAA-TTTTGC
*
25405 AAACACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAGTC
1 AAA-ACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
** ** * * * ** *** *
25470 AACGCC-AAAAAATTGAACAGTTTTTTTCACTTCTAATATTGTTTTTCTA-AATTTTCCGTGTTT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTA
** * * * *
25533 ATTTCTAATTAAATTAAAACAAGATTCAAATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGC
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * *** *
25598 TGAGATTTAGTTAGATGATTATAGG-TATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACT
195 TGAGATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCAAGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * ** * * *
25662 AAGCCG-GGACCTGTAACACGACTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTCAGCT-
259 GAGTCGAGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTA
25725 --A------
322 AAATTTTGC
*
25726 AAAACTAACCCGAAAAGTTATTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAATATATATATATAT
1 AAAACTGACCCGAAAAGTT-TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG--------A-A-A-A-
* *
25790 ATATATATAAATTCAACG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
53 A-ATATAT-AATTCAACGCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* *
25854 TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCC-CGTAAAAACAAATCC
115 TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT-CCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
25918 TTATATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCA-ATGAATAAAGG-TATTTCAAGGGGTCTT-TGCGC
179 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAAT-ATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGC
* * * * * *
25980 CAAAAATCATGCAAAATTGA-TCCAGGGCTCC-AGAACGCGTTTTGAGCCAAACACAGTGATAGT
241 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGA-GGC-CCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
26043 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
303 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* **
26071 AAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGAAACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
26136 AGA-GCCAGAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTT-CATATTTCTTTCCGAA
65 A-ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTT-TTTCCAAA
* * * * * * *
26199 TTTATTTGTAATTAAATCGAAACAAGACTAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTACATCCAATGT
127 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * ** *
26264 GGCTGAGATTTGGTTCGATGAAAAAAGATATTTCGAGGAGTCTT-TGCGCCAAAAATCATGCAAA
192 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * * * *
26328 ATTGA-TCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTTATGGTTATTACACGATTTCGA
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*
26392 CTAAAATTTTGAA
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* *
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1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * *
26470 AACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTT-ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAAATA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTA
26532 ATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
130 ATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * **
26596 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTCTAT-GTCGAAAACCATTTAAAAC
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* *
26660 TGAGTTGAGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT-
258 TGAGTCGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
26724 --A------
322 AAATTTTGC
* * *
26725 AAAACTGACCCGAAAA-TATTTTTCTCATTTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATATATA
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC----AGAA-A-A-A-ATA
* * * * * ** *
26789 TATAATTCAATGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACACTTCTGTTATCGTTTTCCCATTTTTTT
57 TATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT
* * * * * *
26854 CCAAATTAATTTTTAATTAAATCTAAACAAGATTTAGATGCATGTTCGTAAAAACGAATCGTTAA
122 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT-C---CTCGTAAAAACAAATCCTTAA
** * * * * *
26919 ATTGAATTTGGGC-AAGATTTGGTTCGATGAATAT--ATATTTCAAGGAGTATT-TGCGCCAAAT
183 ATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTAT-CGCCAAAA
* * * * * *
26980 ATCATGCAAAATTGA-TCCGGGGTTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTTATGGTTAGTAC
246 ATCATGCAAAACTGAGT-CGAGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
* *
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* * ** * * * *
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1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * ** * * * * * ** *
27132 ACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGTTTTTGATATCATTTTT-CATACTTTTTCTGATTTA
66 ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTTTTTCCAAATTA
* ** * *
27196 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCCAG-TACTCGTAAAAACAAATTATTAAATCCAATATAG
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-CAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* ** * ** *
27260 CTGATATTTTATTAGATGAATATGGATATATCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACT
194 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * * * **
27325 GAGCCGGGGCTCCGTAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTATTACACGATTTTAGCTAA
259 GAGTCGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
*
27390 AATTTTGTA
323 AATTTTG-C
* * * * * * * * * *
27399 AAAATTGACCTG-AAAGATATTTCCTCAAATTTTGGCTAAAATA-TACA-TAAAAATAAATATTT
1 AAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACT-CAGAAAAAATATATAATT
* * * * *
27461 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACG-TTTTCAATATCGTTTTATCTATTTTTTT-CGAA
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTT-TCCATTTTTTTCCAAA
* * * *
27524 TTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCACG-TGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATG
127 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * * * * **** *
27588 TGGTTGAGATTTGATTAGTTGGATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGTCAAAAATCATGCAAA
191 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * *
27653 A-TCGAGGT-G-GGTCCCCGGAATGCTTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTTAGTACACGA
256 ACT-GA-GTCGAGG--CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTTAGTACACG-
*
27715 ATTT-GACTAAAATTTTGAC
312 ATTTCGGCTAAAATTTTG-C
* ** * * * * * *
27734 AAAATTGAGAC-AAAAGATTTCTCCTCAATTATTGGCTAAAATACTCA-TAAAAATATATAATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * ** * * * *
27797 AAC-ACAAAAAAGATTGTAGGGCCTTTCACGCTTTTAATATCGTATTT-CTTATTTTTTCTAAAT
65 AACGCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTTTTTCCAAAT
* * * * *
27860 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTATAACAAATTCTTAAATCCAATGTT
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
27925 GCTGAGATTTGGTTA
193 GCTGAGATTTGGTTA
27940 AATAATGTAA
Statistics
Matches: 7469, Mismatches: 1157, Indels: 1029
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (330 bp):
AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTAA
TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
GAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
GTCGAGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTGC
Found at i:23998 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 18465--27939 Score: 7514
Period size: 333 Copynumber: 28.6 Consensus size: 330
18455 ATTTCGGCTA
* * * * *
18465 AAAACTTACCCGAAAA-TATTTTTCTCAATTTTTTACCACAGTACTCATAAAAAAATATATAATT
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* * * * * *
18529 CAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCG-TTTTCCCATTTTTTTCCAAAT
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAAT
* * * * **
18593 TAATTTTTTATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAA
127 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * * * *
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188 TGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTA-TTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATG
* * ** * * * * * * *
18722 TAAAATTGCTTCG-GGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAATCGTGATGGTTAGTATATGATT
251 CAAAACTGAGTCGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
*
18786 TCTGCTAAAA-TTT--
315 TCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * *
18799 --AGCTGACCCAAAAAGTTTTGTCCTGAATTTTTTGCCATAATACTCGGAAAAAATATATAAGTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTT-TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* *
18862 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTCTTTT-ACGCTTCTAATA--GTTTTTTTCATATTTCTTTCCAA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGT-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-T-TTT-TTT-TAA
* * * * *
18924 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACATGACTCAGATGCTTG-AAAGAACAAATCCTTATATCCAAT
125 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA-AACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * * ** * *
18988 GTGACTGAGATTTTGTTAAACGAAT-TTGGATAATTCATGGAGTCTATATGTCAAAAACCATGCA
189 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCA
* *
19052 AAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAACAC--G-T--TTAGTACACGATTTC
253 AAACTGAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTAGTACACGATTTC
19112 GGCT---A------
317 GGCTAAAATTTTGC
* * * * *
19117 AAAACTAACCCGAAAA-TATTTTTCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTAAAAAATATATAATT
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATATATAATT
* * * * * *
19181 CAACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACACTTCTATTATCGTTTTTC-CATTTTTTTCCAAAT
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAAT
* * * **
19245 TAATTT-TCAATTAAATCGAAACAAGATTTAGAGGCACGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGA
127 TAATTTCT-AATTAAATCGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * * * * *
19309 ATGTGGGCTG-GTTTTGGCTCGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGCCAAAAATTATG
187 ATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATG
* * * * *
19373 CAAAATTGA-TCCG-GGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
251 CAAAACTGAGT-CGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
*
19436 ATCGGCTAAAATTTTGC
314 TTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * *
19453 AAAAACTAACCCAAAAATTTTTTCCTCAATTGTTTTACCATAATACTCAG-AAAAATACATAATT
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATT-TTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * * *
19517 CAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCATTTTTTTCCAAAA
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAAT
* * * * **
19579 TAATTTCTAATTAAATCGGAACGAGATCCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATAAG
127 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * *** * * * *
19644 GTTGAAATTTGCCACAATACTCGGAAAATA--TATAT--A--AGTC-A-ACGCCAAAAATCATGC
192 GCTGAGATTTG--GTTAGA-T--GAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGC
* * *
19701 AAAACTAAGTC-AGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGG-TA-T--ACGATTT
252 AAAACTGAGTCGA-GGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TT
*
19761 TCAGCT---A------
315 TCGGCTAAAATTTTGC
* * *
19768 AAAACTGACCTGAATAGTTATTT-CTTAATTTTTTGCCACAATACTCTGGAATATATAGATATAT
1 AAAACTGACCCGAAAAGTT-TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC----------AG----A-
* * *
19832 ATATTTAAATGTATAAATTCAACG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
50 A-A---AAATATAT-AATTCAACGCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
** * * * * *
19896 TTTC-CATTTTTTTCGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAAGATTCAGAAGCCCGTAAAAATA
109 TTTCTC-TTTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * *
19960 AATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTA-ATAAACAAAGGTATTTCAAGGATTCTTTG
173 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATG
* * * * *
20024 CGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-TCCG-GGGCTCCAGAACGCGTCTTGAGCCAAAAACCGTGAT
237 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGT-CGAGGCCTCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT
*
20087 AGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
300 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
20118 AAAAACTGACCCGAAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAAATACTCCA-AAAAAATATATAA
1 -AAAACTGACCCG-AAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCAC-AATACT-CAGAAAAAATATATAA
* * **
20182 TTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCATATTTCTTTCCAA
62 TTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TCTTT-TTTTTAA
* * * *
20247 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAGATGCTCGTGAAAACAAATCCTTACATCCAATG
125 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * ** * * * *
20312 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACAT-GGATATTTTATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATTCAA
190 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAA
*
20376 AACTGAGTCGAGGTCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TAGTACATGATTTCG
254 AACTGAGTCGAGG-CCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
20439 G--------TT-A
318 GCTAAAATTTTGC
* * *
20443 AAAACTGATCCGAAAA-TATTTT-CTCAATTTTTTTCCACAATACTCATAAAAAATATGTATAAT
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA--TATAAT
*** * * * * *
20506 TCAATAACAAAAAGATTGCAA-AGTTTTTCACGTTTCTATTATCGTTTTTC-CATTTTTTCTAAA
63 TCAACGCCAAAAAAATTG-AAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTTTAAA
* * * * * **
20569 TCAATTTTTAATTAAATCGACACAAGATTTAGATGCACTCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGA
126 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG----CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * * * * * *
20634 ATGTGGGTTG-GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTGAGGGAGTCTTTACACCAAAAATCATG
187 ATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATG
* ** * * * * * * * *
20698 CAAAATTGACCCG-GGGCTCCAGAACGCGTTATGAACCAAAAATCGTGAT-GTAACATACACGAT
251 CAAAACTGAGTCGAGGCCTCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGAT
20761 TTCGGCT-AAATTTTGC
314 TTCGGCTAAAATTTTGC
* * *
20777 AAAAACTGACCC-AAAAATAATTTCCTCAAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
1 -AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * ** ** *
20841 CAACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTATTCCAAAAT
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTT-TTTTAAATT
* * * **
20904 AATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATCCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATAAGG
128 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * ** **
20969 TTGAAATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTTTTTTTGAAGAAATATGAATATG-GATATTTAA
193 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TA------TTTCAAG---GA-GTCTATGCGCCA---AA
* * * * *
21032 TGGAGTCTATATGTCGAAAACCATATAAAACTGAATCTAGGCCTTC-AAACGCGTTTTCAGCCAT
244 ---AATC---A--T-G-----C----AAAACTGAGTCGAGGCC-TCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * *
21096 AAACCGTGATGGTTGGTACATGATTTCTGCTAATATTTTGC
290 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * **
21137 AAAAGCTGACCCGAAAAGTTTTGTCTTCAATTTTTTGCCACAATACACATAAAAAATATATACGT
1 AAAA-CTGACCCGAAAAGTTTT-TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * ****
21202 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTCTATTTTTTCCGTATTA
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTTAAATTA
* *
21267 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGC
129 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * *
21332 TGAGATTTGGTTAGATGATTATAGGTATTTCAAGGAGTAT-TGGCGCCAAAAACCATGCAAAATT
194 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTAT-GCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * *
21396 AAGTCGAGGCCCCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCT--
258 GAGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
21459 -A------
323 AATTTTGC
* * **
21460 AAAACTGACCCGAAAA-TATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACAC
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * **
21524 AACGCCAAAAAGATTGTAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGATTTT-TCATTTTTCCAAATTAA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTTAAATTAA
* * * **
21588 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATGT
130 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * * * * * *
21653 GGGTGGGATTTGG-TACGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTTTTTGCGCCAAAAATCATGTAAA
191 GGCTGAGATTTGGTTA-GATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * * * * *
21717 ATTGA-TCCG-GGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCGAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCA
255 ACTGAGT-CGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
21780 GCTAAAACTTTGC
318 GCTAAAATTTTGC
* * * *
21793 AAAGCTGGCCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCA
1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * * * * ** *
21858 ACGCCAAACAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTAATCCTGGTTTTCCATGTTTTTTCCAAAATA
66 ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAT-ATCGTTTTTC-TCTTTTTTTTAAATTA
* * *
21921 ATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATCCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATGCGG
129 ATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * ** * * *
21985 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACT
193 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * * *
22050 GATTCAAGGCCCCGAAACGCGCTTTTTTGCC-AAAACATGTGATGGTTAGTACATGATTTCCGCT
258 GAGTCGAGGCCTCGAAACGCG-TTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
22114 ---A------
321 AAAATTTTGC
* * * *
22115 AAAACTGACCC-AAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCAACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * **
22179 AACGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTC-CATTTTTTCCAAATTA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTTTAAATTA
* * * * **
22243 ATTTTTATTTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCATGCTCGTAAAAACAAATCGTTAAATTGAATG
129 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TT-CA-G-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * * *
22308 TGGGTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAA
190 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * *
22373 ATTGA-TCCAGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
255 ACTGAGTCGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
*
22437 CTAAAACTTTGC
319 CTAAAATTTTGC
*
22449 AAGAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATTCTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AA-AACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
22514 AACACCAAATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTC-CATTTTTTTCCAAAAT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAATT
* * *
22576 AATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGG
128 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * *
22641 CTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTT-AATGGAGTCTATATC-TCGAAAACCATGCAAA
193 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAA-GGAGTCTAT-GCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * ** *
22703 ACTAAGTCGAGGCC-CTGAAACGTGTTTTTAGCCATAAACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGG
255 ACTGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
22767 CTAAAATTTTGC
319 CTAAAATTTTGC
* * * *
22779 AAAAGTTGACACGAAAAGTTTTGTCCTCAATTTTTTGCCACAATACACAGAAAAAATATATAAGT
1 AAAA-CTGACCCGAAAAGTTTT-TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
*
22844 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTCTT-TATTTTTTTTCCAAA
64 CAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT-TTCTCTTTTTTTT--AAA
* * * *
22908 ATAATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGC
126 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* ** * *
22972 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCATGGAGTCTATATGTCAAAAACCATGCAAA
191 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAA
* ** * **
23036 ACTAAGTCGAGGCC-CTGAAACGCGTTTTTAGCCATTAAGCGTGAT-G-TAGTACATAATTTCGG
255 ACTGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
23098 CTAAAATTTTGC
319 CTAAAATTTTGC
*
23110 AAAAGCTGACCCGAAAAGTTTTGTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATATAA
1 AAAA-CTGACCCGAAAAGTTTT-TCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAA-A-ATATATAA
* * * *
23175 GTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTTTTCCA
62 TTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTTT-AA
* * *
23239 ATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATG
125 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * *
23304 TCGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAA
190 TGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * * * * *
23368 AATTGA-TAC-AGGGCTCCAGAACGCGTTTTGAGCCAAACACCGTGATAGTTAATACACGATTTC
254 AACTGAGT-CGAGGCCTCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
23431 GGCTAAAATTTTGC
317 GGCTAAAATTTTGC
*
23445 AAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
23510 AACACCAGATAAATTG-ACGG-TTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTC-CATTTTTTATAAAATA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTTTAAATTA
* *
23572 ATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
129 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * ** * * *
23637 TGAGATTTGGTTAGATGAATATGGGTATTTCATGGAGTCTATATGTCGAAAACCATGCAAAACTG
194 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * *
23702 AGTCGAGGCGTTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAA
259 AGTCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
23767 A-TTTGC
324 ATTTTGC
* *
23773 AAAAGCTGACCCGAAAA-TTTTTGTCTCCAATTTTTTGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAAG
1 AAAA-CTGACCCGAAAAGTTTTT-CCT-CAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
*
23836 TCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTTAAGTA
63 TCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTTAA--A
* * * *
23901 TTTATTTCTAATTTAATCGAAATAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
126 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* ** * *
23966 AGCCAAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAAGAGTCTCTGCGCCAAAAATCATGCAAAA
191 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * *
24031 C-GAAGTC-AGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-C-T-ATGGTTAGTATACGATTTTCA
256 CTG-AGTCGA-GGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCG
24091 GCT---A------
318 GCTAAAATTTTGC
* *
24095 AAAACTGACCCGAAAAGTTATTT-CTCAATTTTTT-CCACAATACTCA-AGAATATATAT-ATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGTT-TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
24156 AAC-ACAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTTTCCAAAT
65 AACGCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAAT
* * * * *
24219 TAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAA-GAATCCTTATATCCAATGTC
127 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * *
24283 GCTGAGATTTGGTTTA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATTCAAAA
192 GCTGAGATTTGG-TTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * *
24347 TTGA-TCCAGGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCTAAAAACCGTGA----TAGTACACGATTTCGGC
256 CTGAGTCGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
* *
24407 TAAACTTTTAC
320 TAAAATTTTGC
*
24418 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * ***
24483 AGCGCCAGAAAATTTGAAGGGTTTTTCACGCATCTAATATTGTTTTTCATATTTCTTTCCGAATT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TCTTT-TTTTTAAATT
* * * * *
24548 TATTT-TAATTAAATAGAAATAAGACTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGG
128 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* ** *** * *
24612 CTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCATGGAGTCTATAAGTTGAAAACCATGCAACAC
193 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * *
24676 TGAGTCGAGGCC-CTGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAATACACGATTTCGGCT
257 TGAGTCGAGGCCTC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
24740 ---A------
321 AAAATTTTGC
* * * *
24741 AAAACTGACCC-AAAAATATTTTTCTCAATTTTTTGCAACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * **
24805 AACGCCAACAAGATTGCAGAGTTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTC-CATTTTTCCAAATTAA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTTAAATTAA
* * * * **
24869 TTTTTAATTAAATCGAAACAAAAATTTAGATGCATGCTTGTAAAAACAAATCGTT-AATGTGAAT
130 TTTCTAATTAAATCGAAAC-AAGATTCAGATGC-T-C--GTAAAAACAAATCCTTAAAT-CCAAT
* * * * * * *
24933 GTGGGTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATGTTTCAAGGAGTCTTTTCGCCAAAAATCATGCAA
189 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAA
** * * ** * *
24998 ATTTGA-TCCG-GGGCTCCGGAACGCGTTTGGAGCCAAAAACTGTGATGGTTCGTACACGATTTC
254 AACTGAGT-CGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
*
25061 GGCTAAAACTTTGC
317 GGCTAAAATTTTGC
* *
25075 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAAATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
25140 AACGTCAAACAAATTG-ACGG-TTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTGC-CTTTTTTTTCCAAAAT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTT--AAATT
* * *
25202 AATTTCTAATTAAATCGGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGG
128 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * * * * * *
25267 CTTAAATTT-GTTCGATGAAAAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGAAAAATT
193 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * *
25331 CAG-CTG-GGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAATCCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT
258 GAGTC-GAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
25394 AAAATTTTTGC
321 AAAA-TTTTGC
*
25405 AAACACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAGTC
1 AAA-ACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
** ** * * *** ***** *
25470 AACGCC-AAAAAATTGAACAGTTTTTTTCACTTCTAATATTGTTTTTCTAAATTTTCCGTGTTTA
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTCTTTTTTTTAAATTAA
** * * *
25534 TTTCTAATTAAATTAAAACAAGATTCAAATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCT
130 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* * ** * *
25599 GAGATTTAGTTAGATGATTATAGGTATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAA
195 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * ** * * *
25664 GCCG-GGACCT-GTAACACGACTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTCAGCT--
260 GTCGAGG-CCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAA
25725 -A------
323 AATTTTGC
*
25726 AAAACTAACCCGAAAAGTTATTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAATATATATATATAT
1 AAAACTGACCCGAAAAGTT-TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG--------A-A-A-A-
* *
25790 ATATATATAAATTCAACG-CAAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-C
53 A-ATATAT-AATTCAACGCCAAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC
** * *
25853 ATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCC
115 -TTTTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * *
25918 TTATATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCA-ATGAATAAAGGTATTTCAAGGGGTCTTTGCGCCA
178 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCA
* * * * * * * *
25982 AAAATCATGCAAAATTGA-TCCAGGGCTCCAGAACGCGTTTTGAGCCAAACACAGTGATAGTTAG
242 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCTCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
26046 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
306 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* **
26071 AAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGAAACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 -AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * ***
26136 AGA-GCCAGAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTTCATATTTCTTTCCGAAT
65 A-ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TCTTT-TTTTTAAAT
* * * * * *
26200 TTATTTGTAATTAAATCGAAACAAGACTAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTACATCCAATGTG
127 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * * * * *
26265 GCTGAGATTTGGTTCGATGAAAAAAGATATTTCGAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAAT
192 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * * *
26330 TGA-TCTG-GGGCTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTTATGGTTATTACACGATTTCGAC
257 TGAGTC-GAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
26393 TAAAATTTTGAA
320 TAAAATTTTG-C
* *
26405 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTC
1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * *
26470 AACGCCAAATAAATTG-ACGG-TTTT-ACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTTTCCAAAAT
65 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTTT-TAAATT
*
26531 AATTTCTAATTAAATC-AGAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
128 AATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* ** * * * **
26595 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-GGATATTTCAAGGAGTCTCTATGTCGAAAACCATTTAAAA
192 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* *
26659 CTGAGTTGAGG-CTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGC
256 CTGAGTCGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
26723 T---A------
320 TAAAATTTTGC
* * *
26725 AAAACTGACCCGAAAA-TATTTTTCTCATTTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATATATA
1 AAAACTGACCCGAAAAGT-TTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTC----AGAA-A-A-A-ATA
* * * * * ** *
26789 TATAATTCAATGCCAAAAAGATTGCAGAGTTTTTCACACTTCTGTTATCG-TTTTCCCATTTTTT
57 TATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTC-TTTTTT
* * * * * *
26853 TCCAAATTAATTTTTAATTAAATCTAAACAAGATTTAGATGCATGTTCGTAAAAACGAATCGTTA
121 T-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC----TCGTAAAAACAAATCCTTA
** * * * * * *
26918 AATTGAATTTGGGC-AAGATTTGGTTCGATGAATATA--TATTTCAAGGAGTATTTGCGCCAAAT
181 AATCCAATGT-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTATGCGCCAAAA
* ** * * *
26980 ATCATGCAAAATTGA-TCCG-GGGTTCCGGAACGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTTATGGTTAGTA
245 ATCATGCAAAACTGAGT-CGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* *
27043 CATGATTTCGGCTAAAATTTTGAA
308 CACGATTTCGGCTAAAATTTTG-C
* * ** * * * *
27067 AAAACTGACCCGAAAAGTTATTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTA
1 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * ** * * * * * * *
27132 ACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGTTTTTGATATCATTTTTCATAC-TTTTTCTGATTTA
66 ACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-T-CTTTTTTTTAAATTA
* ** * *
27196 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCCAG-TACTCGTAAAAACAAATTATTAAATCCAATATAG
129 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* ** * *
27260 CTGATATTTTATTAGATGAATAT-GGATATATCAAGGAGTCT-TGGCGTCAAAAATCATGCAAAA
193 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGG-TATTTCAAGGAGTCTAT-GCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * * **
27323 CTGAGCCG-GGGCTCCGTAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTATTACACGATTTTAGC
256 CTGAGTCGAGGCCT-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
27387 TAAAATTTTGTA
320 TAAAATTTTG-C
* * * * * * * * * *
27399 AAAATTGACCTG-AAAGATATTTCCTCAAATTTTGGCTAAAATA-TACA-TAAAAATAAATATTT
1 AAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACT-CAGAAAAAATATATAATT
* * * * **
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* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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1 AT
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* * * * * * *
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* * *
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65 TTC-AGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAA-GACTCCTTGAAATATCTATATT
** * * * *
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128 CATCTAGTCAAATCTCAGACAC-ATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGT
* * * * * *
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* * * * * ***
219834 TCAATATTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATTT
256 TCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAA
*
219899 ACTCGGATA
321 ATTCGGATA
* *** * * *
219908 AGTTTTTGCAAAATTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * *
219973 TC-GAGACCCCAGCTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCACCAAGATTCCTTGAAATATCTATATTCA
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*
220037 TCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTC
130 TCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTC
* * * *
220102 GATTTAATGACAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCATTAAAAGCCTTTCA
195 GGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
* * *
220167 ATGTGTTTGGCATTGAATAATATATTTTTATGAGTACTGTGGACAAAAATTGAGGAAAACAAAAT
259 ATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AAAT
*
220232 TCAGATCA
323 TCGGAT-A
* * * * * *
220240 TTTTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATCATGATTTTTTTGGCTAAAAACGCG
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGA--TTTTTGGCTAAAAACGTG
* * * * *
220305 TTTTAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTAAATTC
64 TTTCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
220370 ATCTAGACAAGAAGTCCATTTCAGACA-A-TGGATTTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTCAAT
129 ATCTAGTC-A-AA-T-C---TCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAAT
* * *
220433 CTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAAAAATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAA
187 CTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAATTCG---AAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
* * * * * * * *
220498 AATCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTGTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGG
249 AAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
* * *
220563 AAAATATACTCGGATA
314 AAAACAAATTCGGATA
* * * * *
220579 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * *
220643 TCCAAGGCCCCAACAT-AGTTTTGCATGATTTTTTGCATCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
65 TTCAGGGCTCCAGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
220707 ATCTTGTCAAATCTCAGACACATTACATTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATTTAAATCT
129 ATCTAGTCAAATCTCAG--AC---ACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCT
* * * * *
220772 TGTTTGGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAAAATTAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAG
189 TGTTTCGGTTTAATGACAAATTAATTC-G--AAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * *
220837 GCCCTTAAATGTGTTTGGCGTTGAAAAATATATTTTTCTGAGTATTGTAGCCAAAAATTGAGGAA
251 GCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAA
*
220902 AACAAAATTTGGATCA
316 AAC-AAATTCGGAT-A
* * * * * *
220918 TTTTTTTGC-----TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATTATGATTTTTGGTTAAAAACGCGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * * * * *
220978 TCAGGGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT-ATTTGTTGCACGAAGATTTCTTGAAATATTTATATTCAT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
** *
221042 CTAGAAAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * *
221105 GTTTAATGAGAAATTAAATT-GAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCA
196 GTTTAATGACAAATT-AATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
* * * * * * * * * *
221169 ATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTATGAGTATTATGGCCAAAAATTGAGGTAAATATACT
259 ATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATT
221234 CGGATA
324 CGGATA
* * * * *
221240 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* *
221304 TTC-GAGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
65 TTCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * *
221368 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGCATTCATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
* * * * *
221433 TGGTTTAATAACAAATTAATTTGGAAAAAAA-AAGAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAG-CCTT
194 CGGTTTAATGACAAATTAA-TTCGAAAAAAATGA-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
* *
221496 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTATGGCCAAAAATTGACGAAAACAAA
257 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AA
** *
221561 AAACGGATC
321 ATTCGGATA
* * * *
221570 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACAAAATCATGTATTAACTATCACGATTTTTGGCTAAAAACATGCT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTG-T
* * * * *
221635 TT-AGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGAACGAAGACTACTTGAAATATTTATATTCG
65 TTCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * * * *
221698 TCTAGACAAATCTCAGACA-A-CGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTC
130 TCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTC
* * * *
221761 GGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTAA
195 GGTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
*
221826 ATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATTGAGGAAAACAAAAT
259 ATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AAAT
* *
221891 TTGGATT
323 TCGGATA
* *
221898 ATTTTTTGCAAAGTTTTAGACGAAATCATGTATTAA-CATCACGATTTTTGGCTAAAAAC----T
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * *
221958 TC--GG-T---TCT-A-TTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTACTTGAAATATTTATATTCAT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * *
222015 CTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCATGTTTC-
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * *
222077 G--TAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATT-TAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
196 GTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
* * * * * * * *
222139 TCCT-TTTGGCATTGAATTATATACTTTCATGAGT-TTGTGACCAAAAATTGAGGAAAATATACT
260 T-GTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA-AAT
222202 T-GGATA
323 TCGGATA
* * * * * * * * *
222208 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAAATAACCATCATGGTTTTTGGCTTAAAATGTG-
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * * *
222271 TTCCGATGCCCCAGCACAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
65 TTCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
*
222336 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
*
222401 CGGTTTAATAACAAATTAATTCAGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
194 CGGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
* *
222466 AATGTGTTTGGCGTTGAATAATATA-TGTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAAT
258 AATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA-
*
222530 TTCGGATC
322 TTCGGATA
* * *
222538 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGTTTAAAACGTGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * * ** * *
222603 TCAGGGATCCAGCTCGGTTTTGCTTTATTTTTTGCATGAAAACTCCTTGAAATATTTATATTCAT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * *
222668 CTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * *
222731 GTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
196 GTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
* * * * * * *
222796 TCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTC
260 TGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTC
222861 GGATA
325 GGATA
* * * * *
222866 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * *
222930 TTC-GATGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
65 TTCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* *
222994 CATCTAATCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTT
128 CATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTT
* * * *
223059 TGGGTTTAAT-AGCAAATTAATTCG---GAAA--AAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTT
193 TCGGTTTAATGA-CAAATTAATTCGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * *
223118 CAATGTGTTTTGTGTTGAATAATATACTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAACAAA
257 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA
223183 TTTCGGATA
322 -TTCGGATA
* * * *
223192 ATTTTTTGCAAAATTTTATACGAAATCAAGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACATGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * * * **
223257 TTAGGGCTCCAGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAGGACTCCTTGAAATATTTATATTTGT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * * * *
223322 CCAGACAAATCTTAGACA-A-TGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATATTGTTTCG
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * * *
223385 GTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
196 GTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
* * * * * * * * * * *
223450 TATTTTTTTGCGTTGAATTATAAATTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAGTTGAGGTAAATATACT
260 T-GTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATT
*
223515 CGGATT
324 CGGATA
* * * * * * *
223521 AGTTTTTGCAAAATATTAG-CTTG-AATCGTGAACTAAACATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGTG
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC--GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTG
* *** * * * **
223584 TTCCAATCCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGGTTTTTTTGCACCAAGACTAATTGAAATATCTATATT
64 TTTCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* * *
223649 CATCTAGTCAAATCTTAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATTTTGTT
128 CATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTT
* * * *
223714 TCGGTTTAATGTCAAATTAATTAGGAAAAAAACGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTT
193 TCGGTTTAATGACAAATTAATT-CGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
223779 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA
257 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA
* *
223844 TTTGGATT
322 TTCGGATA
* * *
223852 ATTTTTTGCAAAATTTTAGATGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * *
223917 TCAGCGCTCC-GCCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTTTATTCA
66 TCAGGGCTCCAG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * * * * *
223981 TTTAGACAAGAAGTCAATTTAGTCCATTTCAGACAATGGATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCAT
130 TCTAGTC-A-AA-TC---TCAG---A---C--ACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCAT
* * * *
224045 CTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGAAAAAACAATATTAAAAGCG
181 CTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAATG-AAAAACGATATTAGAAGCG
* * * * * * * *
224110 TGAAAATCTCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATCATATATTTTTGTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
245 TGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATT
** * * *
224175 TTGGAAAATATACTCGGATA
310 GAGGAAAACAAATTCGGATA
* * * *
224195 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * * * *
224259 TCCAAGGCCCCAACAT-AGTTTTGCAAGATTTTTTTCATCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
65 TTCAGGGCTCCAGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
224323 ATCTAGTCAAATCTCATACACATTGCATTTAAGAATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
* * *
224388 CGGTTTAATAACTAATTAATTCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
194 CGGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
*
224453 AATGTGTTTGGCGTTGAATAATATA-TTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAAT
258 AATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA-
*
224517 TTCGGATC
322 TTCGGATA
* * * *
224525 ATTTTTTGCAAAATTTTAAATGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * ** ** * ** * * * *
224590 TCAGTGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCATGAAGACTTTATTCATCTAGACAAGAAGT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGAC-TCCTTGAAATA-TCTA-TATT
* * * * * * *
224655 CAATTTAGTC-CATTTCAGACA-A-TGGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGT
128 C-ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGT
* * * * * *
224717 TTCGGTTTAATGAGAAATTAA-ACAAAAAAAATGGAAAAAGGATATTAAAAGCGTGAAAA-CCCC
192 TTCGGTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * * * * * * *
224780 TCAAT-TTTTTGGCATTAAATTATATAATTTTATGAGTACTGTGGCCAAAAATTGACGAAAATAT
256 TCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAA
*
224844 ACTCGGATA
321 ATTCGGATA
* * * * ** *
224853 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAATAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* *
224917 TTC-GAGAC-CCAAGCTCAGTTTTGCATGATTTTCTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
65 TTCAG-GGCTCC-AGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* * * *
224980 CATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATATAAGGATTTATTTTTATGATCTAT-TGAATCGTGT
128 CATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGC-ATCTCAATCTTGT
* * * * * **
225044 TTCGGTTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAACGATGTTAGAAGCGTAAAAATCTAT
192 TTCGGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCT
* *
225109 TCAATGTGTTTGGCCTTAAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAA
256 TCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-A
*
225174 AATTCGGATC
320 AATTCGGATA
* * *
225184 ATTTTTTGCAAAATTCTAGACAAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * * * * * *
225249 TC-GAGACCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAATATTCCATCAAATATCTATATTCA
66 TCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * *
225313 TCTATTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGACTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTC
130 TCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTC
* * *
225378 GGTTTAATAACAAATTAATTTGGAAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
195 GGTTTAATGACAAATTAA-TTCG-AAAAAAA-TGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * *
225443 CAATGTGTTTGACATTGAATAGTATATTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAACAAA
257 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA
* *
225508 TTTCAGATC
322 -TTCGGATA
* *
225517 ATTTTTTGCAAAATATTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * *
225582 TCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCAT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * *
225647 CTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * *
225710 GTTTAATGAGAAATTAAATCGAACAAAATGGAAAAACGATA-T-------T-AAAAGCCCTTCAA
196 GTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
* * * * * *
225766 TATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTC
260 TGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTC
225831 GGATA
325 GGATA
* * *** * * * *
225836 AGTTTTTGCAAAATTTTTGTTTAAATCGTGAACTAATCATCACTG-TTTTTTGCTAAAAACGTG-
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCAC-GATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * * * * *
225899 TTCCGATGCTCCAACTCAGTTTAGCAAGACTTTTTGCACCAAGACTCATTCAAATATCTATATTC
65 TTCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * *
225964 ATGTAGTCAAATCTCAGACACATTGTATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
226029 CGGTTTAATGACAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
194 CGGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
* *
226094 AATGTGTTTGGTGTTGAATAATAGATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAAT
258 AATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA-
*
226159 TTCGGATC
322 TTCGGATA
* * * *
226167 ATTTTTTG-AAAAGTTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACAATTCTTGGCTCAAAACGAGT
1 ATTTTTTGCAAAA-TTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * *
226231 TTCAGGGCTCC-GATCTGTTTTGCATGATTTTTTGCTCGAAGACTCCATT-AAATATTTATATT-
65 TTCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCC-TTGAAATATCTATATTC
* * * * *
226293 ATCTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
* * * ** *
226356 C-G--TAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCTTTC
194 CGGTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
* * * * * * * * * *
226418 AATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAATATAC
258 AATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAAT
* **
226483 ACAAATA
323 TCGGATA
* * * * *
226490 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAA-CATCACGATTTTTGGCTAAAAACGT-C
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * * * * *
226552 TCCCGATGCCCCAACTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGAATCCTTGAAATATCTATACTC
65 TTCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * *
226617 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGAATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
* *
226682 CGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCACTTA
194 CGGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT-
* * * *
226747 AAATGTTTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAAGTGAGGAAAACAAA
257 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AA
* *
226812 ATTTGGATC
321 ATTCGGATA
* * * **
226821 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACAAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACACGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * * *
226886 TAAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTCAAATATTTATATT-AT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * ** * * * *
226950 CTAGACTAATCTCAGACA-A-TGGGTATAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTC-
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * * * * *
227012 G--TAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAAAAGCATGAAAAGCCTTTC
196 GTTTAATGACAAATTAATTCG--AAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
* * * * * *
227075 AATCTTTTTGGC-TATGAATGATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATTTGAGGAAAATATA
258 AATGTGTTTGGCGT-TGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA
*
227139 CTCGGATA
322 TTCGGATA
* * *
227147 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATCGT-TAACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTG
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGT-ACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTG
** *
227210 TTTCAAGAAC-CCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTTTGCACCAGGACTCCTTGAAATATCTATA
64 TTTC-AGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGA--TTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATA
*
227274 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
126 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTG
* * *
227339 TTTCGATTTAATAACAAATTAATTCTGAAAAAAATGAATAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC
191 TTTCGGTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC
*
227404 TTCAATGTGATTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
255 TTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
227469 AATTTCGGATA
320 AA-TTCGGATA
* * *
227480 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTATGGCTAAAAATGTGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * ** *
227545 TCAGGGCTCCGGCTCAGTTTCGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCAT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * *
227610 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGTTTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTCCG
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
* * * * *
227675 GTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAATACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCCTTCAA
196 GTTTAATGACAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
* * * * * * * *
227740 TCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTC
260 TGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTC
*
227805 GGATG
325 GGATA
* * * * * * * * *
227810 AGTTTTCGTAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAATACGTGT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGT
* * * * *
227874 TTC-GAGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAAGATTCCTTCAAATATCTATATTC
65 TTCAG-GGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * * *
227938 ATCTATTCAAATCTCAGATAGATTGCATTTAATGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTT
129 ATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTT
* * *
228003 CGGTTTAATAACAAATTAATTGGGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
194 CGGTTTAATGACAAATTAATT-CGAAAAAAA-TGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * *
228068 CAATGTGGTTGGCGTTGAATAATGTATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAACAAA
257 CAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAA
* * *
228133 TTTCAGTTT
322 -TTCGGATA
* * * *
228142 ATTTTTTGTAAAGTTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGGTAAAAACGTGTT
1 ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* * * * *
228207 TCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGAGTCCTTGAAATATTTAAATTCAT
66 TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * *
228272 CTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTCTGAGTATCTCAATCTTGTTTCG
131 CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
228335 GTTTA
196 GTTTA
228340 TGAGTATTGT
Statistics
Matches: 7024, Mismatches: 1178, Indels: 461
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
309 1 0.00
310 33 0.00
311 43 0.01
312 46 0.01
313 41 0.01
314 3 0.00
315 11 0.00
316 95 0.01
317 3 0.00
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319 122 0.02
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325 186 0.03
326 283 0.04
327 333 0.05
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329 614 0.09
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333 382 0.05
334 161 0.02
335 7 0.00
336 8 0.00
337 221 0.03
338 12 0.00
339 101 0.01
340 10 0.00
341 95 0.01
342 11 0.00
343 240 0.03
344 18 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
ATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTT
TCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
CTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
GTTTAATGACAAATTAATTCGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT
GTGTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTCG
GATA
Found at i:230363 original size:660 final size:658
Alignment explanation
Indices: 228336--233051 Score: 6347
Period size: 660 Copynumber: 7.3 Consensus size: 658
228326 CTTGTTTCGG
* *
228336 TTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGT
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * *
228401 TTAAATCGTGAACTAACCATTACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAACTCAGTTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
* * * *
228466 TGCAAGACTTTTTGCACCAAGACTCATTCAAATATCTATATTCATGTAGTCAAATCTCAGACACA
131 TGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACACA
* * *
228531 TTGTATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAATTC
196 TTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
* * *
228596 GGAAATAAATGGAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAAT
261 GGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAAT
228661 ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAAT
326 ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAAT
* *
228726 TTTAGACGAAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCC-G--
391 TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCT
* *
228788 --G--TT-C-TG---TTTTGCATGAAGACACCTTGAAATAGTTATATTATCTAGACAAATCTCAG
456 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCTCAG
* *
228844 ACAATGGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTC-G--TAATGAGAAATTAA
521 ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAA
* ** *
228906 ATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACTTTTCAATCTTTTTGGCTTTGAAT
586 ATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
*
228971 TATATACT
651 TATATATT
* *
228979 TTAATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * *
229044 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGGTTAAAAACATGTTCCGATGCCCCAACTCGGTTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
229109 TGCAAGATTTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
131 TGCAAGA-TTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
*
229174 ATTGCATTTAAGAATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
195 ATTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
* * * *
229239 CGGAAAAAAATGAAAAACGATATTTGAAGCGTGAAAAGCACTTAAACGTGTTTGGCGTTGAATAA
260 CGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAA
* * *
229304 TATATTTTTATGAGTATTGTAGTCAAAAAGTGAGGAAAACAAAATTT-GGATCATTTTTTGCAAA
325 TATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AAATTTCGGATCATTTTTTGCAAA
* * * *
229368 AGTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTTGGCTAAAAACACGTTTAAGGGCTCTG
389 ATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGA-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCG
* * * * *
229433 ACTCGGTTTTGCATAATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATTTTATCTAGACAAATCT
453 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCT
*
229498 CAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAAT
518 CAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAAT
* *
229563 TAAATCG-AAAAAATAGG-AAAACGATATTAAAAGTGTGAAATGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT
583 TAAATCGAAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT
229626 GAATTATATATT
647 GAATTATATATT
*
229638 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTTAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
*
229703 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGA-GACCCCAGCTCAGTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATG-CCCCAGCTCAGTT
* * *
229767 TTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCGGACAT
130 TTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
* * *
229832 ATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGACTCTTGTTTCAGTTTAATAACAAATTAATT
195 ATTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
*
229897 CGGAAAAAAAAACTGAAAAACGATATTACAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAA
260 CGG--AAAAAAA-TGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAA
* * *
229962 TAATATATTTTTATGTGTATTGTGGTCAAAAATTGAGGAAATCAAAATTT-GGATCATTTTTTGC
322 TAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AAATTTCGGATCATTTTTTGC
* *
230026 AAAATTTTTGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTC
386 AAAATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTC
* * *
230091 CGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTAAAATATTTATATTATCTAGACAAAT
451 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAAT
* *
230156 CTCAGACAATAGATTTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATGAGAA
516 CTCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAA
*
230220 ATTAAATCG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTTGGCG
581 ATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTTGGCG
230284 TTGAATTATATATT
645 TTGAATTATATATT
* * *
230298 TTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTTAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAACTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * *
230363 TTAATTCGTGAACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGTGATCCAATGGCCC-GACTCAGTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAG-CTCAGTT
*
230427 TTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
130 TTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
** ** * *
230492 AAAAGCCCTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATTTGAATCTTGTTTCAGTTTAATAACAAATTAAT
195 -ATTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAAT
* *
230557 TCGG-AAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTGGCATTGAATA
259 TCGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATA
* * * *
230621 ATATATTTTAATG-GTATTGTGGGCAAAAATTGAGGAAAACAAAATTT-GGATAATTTTTTGCGA
324 ATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AAATTTCGGATCATTTTTTGCAA
* * *
230684 AATTTTAGACGAAATCATGTATTCACCATCACGATTTTTGGCTAAAATCGCGTTTCAGGGCTCTG
388 AATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCG
* * * * *
230749 GTTAAGTTTTGCATGATTTTTTGTATAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAGAAAAATC
453 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATT-ATCTAGACAAATC
* * *
230814 TTAGACAATGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAAAAA
517 TCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAA
* * ** * *
230879 TTAATTTGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAAATGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTGGAGT
582 TTAAATCG-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
*
230943 TTAATTATATATT
646 TGAATTATATATT
* * * * * * * * * *
230956 CTTCTAAGTGTTTTGACCCAAAATTGAGGAAAA-ATATTCGTATAAGTTCTTGCAAAATTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * *
231020 -----T--T--A--AACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGATGCCCCA-C-C-----
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
* * * * ** * * * *
231067 T-C-A-A-TTTTT-CATCTAG--T-C---AAATCTC-AGACACAT-T-G-C--ATTTAAG-GA-T
131 TGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACACA
* * * ** * ** *
231113 TTAC-TTTTATGA-GCA----TCTGA--ATCTTG--T-TTGGGTTT--AATA----ACAAATTAA
196 TTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATC-TGAATCTT--GTTTCGGTTTAATAACAAATTAA
* * * * * *
231161 TTCGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGCACTTCAATGTGTTTGGTGTTAA
258 TTCGG--AAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGA
* * *
231226 ATAATATATATTTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGTATCATTTTTTGC
321 ATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGC
* * * *
231291 AAAATTGTAGACGAAATCATGTATTAACAATCACGATTTTTGGCTAAGAACACGTTTCAGGGCTC
386 AAAATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTC
* * * * *
231356 CGGCTCAGTTTTCCAAGATTTTTTTCATGAAGACTCCTTAAAATATTTATATTATCCAGACAAAT
451 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAAT
* *
231421 CTAAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAA
516 CTCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAA
231486 ATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
581 ATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
231551 TGAATTATATATT
646 TGAATTATATATT
* * * * *
231564 TTTATGAGTACTGTGGCCAAAAATTGACGAAAATATACTTGGATAACTCTTTGCAAAATTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
** * *
231629 TTAAATAATGAACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
* * *
231694 TGTAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCGAGTCAAATCTCAGACACA
131 TGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACACA
* *
231759 TTGCATTTAAGAATTAATTTTTATGAGCATCTAAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
196 TTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
* * *
231824 GAAAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGATTGGCGTTGAATGA
261 G-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAA
231889 TATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTG-AAAA
325 TATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAA
* * * * *
231953 ATTTAGACGAAATCATGTATTAACCATTACGATTTATGTCTAAAAACGTGTTTCA--G----GGC
390 TTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGC
*
232012 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTACCTAGACAAATCTCA
455 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCTCA
* * *
232077 GACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTC-G--TAATAAGAAATTA
520 GACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTA
* * * *
232139 AATCGAAAAAATATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTG
585 AATCGAAAAAA-A-TGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG
* **
232204 AATTATTTACA
648 AATTATATATT
*
232215 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGTAAAATTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
*
232280 TTAAATCGTG--------A--AC-G--TTTGGCTAAAAACGTGTTTCGA-GACCCCAGCTCAGTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATG-CCCCAGCTCAGTT
* * * * * *
232331 TTGCATGATTTTTTACACCAAGATTCCTTCAAATATTTATATTCATCTATTCAAATCTCAGACAC
130 TTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
* * *
232396 ATTGCATTTAAGGGTTTATTTTTATAAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
195 ATTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
* *** *
232461 GGGAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTCTGGCGTTGAATAA
260 CGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAA
*
232526 TATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAA
325 TATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAA
* * * * * * *
232591 -TTTAGACAAAATCATGTATTAATCATCAC-AATTTTGGCGAAAAACGTGTTTCAGGCCTCGGGC
390 TTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGC
*
232654 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAGACAAATCTC
455 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATT-ATCTAGACAAATCTC
*
232719 AGACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATT
519 AGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATT
*
232784 AAATCG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGA
584 AAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGA
* *
232848 ACTATATAAT
649 ATTATATATT
* * *
232858 TCTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTCCAAAATTTTAGC
1 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
*
232923 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAATTT
66 TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
* * *
232988 CGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGTAAAATCTCAGACAC
131 TGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
233052 TTTGTGATCG
Statistics
Matches: 3567, Mismatches: 380, Indels: 239
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
605 14 0.00
607 43 0.01
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609 167 0.05
610 1 0.00
611 6 0.00
612 2 0.00
613 4 0.00
614 1 0.00
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624 1 0.00
625 1 0.00
626 1 0.00
627 6 0.00
628 6 0.00
629 1 0.00
630 1 0.00
631 6 0.00
632 6 0.00
634 6 0.00
635 6 0.00
636 21 0.01
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655 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (658 bp):
TTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
TTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTT
TGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACACA
TTGCATTTAAGGATTAATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
GGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAAT
ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAAT
TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCT
CAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCTCAG
ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAA
ATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
TATATATT
Found at i:231718 original size:327 final size:330
Alignment explanation
Indices: 231074--233051 Score: 2118
Period size: 327 Copynumber: 6.1 Consensus size: 330
231064 ACCTCAATTT
* * * * *
231074 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTACTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
1 TTCATCCAGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
* * ** * * *
231139 TTTGGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAAATC-G-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGC
* * * * * * *
231204 ACTTCAATGTGTTTGGTGTTAAATAATATATATTTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAA
129 CCTTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
* * * * * *
231269 CAAATTTCGTATCATTTTTTGCAAAATTGTAGACGAAATCATGTATTAACAATCACGATTTTTGG
194 CAAACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGACTAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGG
* * * * * * ** *
231334 CTAAGAACACGT-TTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTCCAAGATTTTTTTCATGAAGACTCCTTAAA
259 CTAA-AA-ACGTGTTCCGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAA
231398 ATATTTATA
322 ATATTTATA
* * * *
231407 TT-ATCCAGACAAATCTAAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTG
1 TTCATCCAGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
* *
231469 TTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * * *
231534 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTACTGTGGCCAAAAATTGACGAAAATA
131 TTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
* * * * * * *
231599 TACTT-GGATAACTCTTTGCAAAATTTTAG-CTTAAATAATGAACTAACCATCACGATTTTTTGC
196 AACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-TAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGC
*
231662 TAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTTTGTAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAAT
260 TAAAAACGTGTTCCGA-GCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAAT
*
231727 ATCTATA
324 ATTTATA
* * * * * * *
231734 TTAATCGAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGAATTAATTTTTATGAGCATCTAAATCTTG
1 TTCATCCAGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
* *
231799 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTCGAAAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAAATCG--AAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGC
* * *
231863 CCTTCAATGTGATTGGCGTTGAATGATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
129 CCTTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
* * * * * * *
231928 CAAATTTCGGATCATTTTTTG-AAAAATTTAGACGAAATCATGTATTAACCATTACGATTTATGT
194 CAAACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGACTAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGG
* * * **
231992 CTAAAAACGTGTTTC-AG----GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAAT
259 CTAAAAACGTGTTCCGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAAT
232052 ATTTATA
324 ATTTATA
* * * *
232059 TT-A-CCTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTT
1 TTCATCC-AGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTT
* *
232120 GTTTC-G--TAATAAGAAATTAAATCGAAAAAATATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAA
65 GTTTCGGTTTAATAACAAATTAAATCGAAAAAA-A-TGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* * * * * **
232182 CCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAATTATTTACATTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAA
128 CCCTTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * *
232247 ATATAC-TCGGATAAGTTTTTGTAAAATTTTAG-CTTAAATC--G---T---GA--ACG---TTT
193 ACAAACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-TAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTT
* * * * *
232297 GGCTAAAAACGTGTTTCGAGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAAGATTCCTTCA
257 GGCTAAAAACGTGTTCCGAG-CCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGA
232362 AATATTTATA
321 AATATTTATA
* ** * ** *
232372 TTCATCTATTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGGTTTATTTTTATAAGCATCTGAATCTTG
1 TTCATCCAGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
* * * ** * *
232437 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTGGGAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * * *
232502 TTCAATGTGTCTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAACA
131 TTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
* * * * * *
232567 AATTTCGGATCATTTTTTGCAAAA-TTTAGACAAAATCATGTATTAATCATCAC-AATTTTGGCG
196 AACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGACTAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCT
* ** * *
232630 AAAAACGTGTTTC-AGGCCTCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAAT
261 AAAAACGTGTTCCGA-GCC-CCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAAT
232694 ATTTATA
324 ATTTATA
* *
232701 TTCATCTAGACAAATCTCAGACA-A-TGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
1 TTCATCCAGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
* * *
232764 TTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCT
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * * * * *
232828 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAACTATATAATTCTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAATA
131 TTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
* * * * * * *
232893 TAC-TCGGATAAGTTTTTCCAAAATTTTAG-CTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGC
196 AACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-TAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGC
* * *
232956 TAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAATTTCGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAAT
260 TAAAAACGTGTTCCGA-GCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAAT
*
233021 ATCTATA
324 ATTTATA
*
233028 TTCATCTAGTA-AAATCTCAGACAC
1 TTCATCCAG-ACAAATCTCAGACAC
233052 TTTGTGATCG
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 230, Indels: 109
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
307 18 0.01
308 2 0.00
310 3 0.00
312 1 0.00
313 46 0.03
314 15 0.01
315 3 0.00
316 35 0.03
317 100 0.07
318 20 0.01
319 51 0.04
320 97 0.07
321 1 0.00
322 36 0.03
323 2 0.00
324 16 0.01
325 69 0.05
326 118 0.09
327 238 0.17
328 117 0.09
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330 110 0.08
331 137 0.10
332 36 0.03
333 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
TTCATCCAGACAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
TTTCGGTTTAATAACAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
TTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
AACTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTAGACTAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCT
AAAAACGTGTTCCGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATAT
TTATA
Found at i:232902 original size:643 final size:642
Alignment explanation
Indices: 231074--233051 Score: 2785
Period size: 643 Copynumber: 3.0 Consensus size: 642
231064 ACCTCAATTT
*
231074 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTACTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
1 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
* * * *
231139 TTTGGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCATAAAAAGC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTCGG-AAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * * * *
231204 ACTTCAATGTGTTTGGTGTTAAATAATATATATTTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAA
130 CCTTCAATGTG-TTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
* *
231269 CAAATTTCGTATCATTTTTTGCAAAATTGTAGACGAAATCATGTATTAACAATCACGATTTTTGG
194 CAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAATT-TAGACGAAATCATGTATTAAC-ATCAC-AATTTTGG
* ** * * * * *
231334 CTAAGAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTCCAAGATTTTTTTCATGAAGACTCCTTAAAA
256 CTAAAAACGTGTTTCA-GGCTCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAA
* *
231399 TATTTATATTATCCAGACAAATCTAAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAA
320 TATTTATATTATCTAGACAAATCTCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAA
231464 TCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAA
385 TCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAA
* * * *
231529 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTACTGTGGCCAAAAATTGACGA
450 AGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
* * * * *
231594 AAATATACTTGGATAACTCTTTGCAAAATTTTAGCTTAAATAATGAACTAACCATCACGATTTTT
514 AAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTTAAAT--CG---T---GA-CACG--TTTT
* *
231659 TGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTTTGTAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGA
568 GGCTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGA
231724 AATATCTATA
633 AATATCTATA
* * * * *
231734 TTAATCGAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGAATTAATTTTTATGAGCATCTAAATCTTG
1 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
*
231799 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTCGAAAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
*
231864 CTTCAATGTGATTGGCGTTGAATGATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC
131 CTTCAATGTG-TTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC
* * * *
231929 AAATTTCGGATCATTTTTTGAAAAATTTAGACGAAATCATGTATTAACCATTACGATTTATGTCT
195 AAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTAGACGAAATCATGTATTAA-CATCACAATTT-TGGCT
231994 AAAAACGTGTTTCA-----GGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATAT
258 AAAAACGTGTTTCAGGCTCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATAT
* * *
232054 TTATATTACCTAGACAAATCTCAGACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCT
323 TTATATTATCTAGACAAATCTCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCT
*
232119 TGTTTC-G--TAATAAGAAATTAAATCGAAAAAATATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
388 TGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAA-A-TGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
* * * *
232181 ACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAATTATTTACATTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAA
451 GCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAA
*
232246 AATATACTCGGATAAGTTTTTGTAAAATTTTAGCTTAAATCGTGA-ACG-TTTGGCTAAAAACGT
515 AATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTTAAATCGTGACACGTTTTGGCTAAAAACGT
* * * * * *
232309 GTTTCGA-GACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAAGATTCCTTCAAATATTTATA
580 GTTCCGATG-CCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * *
232372 TTCATCTATTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGGTTTATTTTTATAAGCATCTGAATCTTG
1 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
* ***
232437 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATT-GGGAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
66 TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
*
232501 CTTCAATGTGTCTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAC
131 CTTCAATGTGT-TGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC
* *
232566 AAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTAGACAAAATCATGTATTAATCATCACAATTTTGGCGA
195 AAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTAGACGAAATCATGTATTAA-CATCACAATTTTGGCTA
*
232631 AAAACGTGTTTCAGGCCTCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATAT
259 AAAACGTGTTTCAGG-CTCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATAT
* *
232696 TTATATTCATCTAGACAAATCTCAGACAATGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATC
323 TTATATT-ATCTAGACAAATCTCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATC
232761 TTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
387 TTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* *
232825 CCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAACTATATAATTCTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAA
452 CCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATT-TATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAA
*
232890 ATATACTCGGATAAGTTTTTCCAAAATTTTAGCTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGG
516 ATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTTAAATCGTG--------A-CAC-G-TTTTGG
* * *
232955 CTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAATTTCGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAA
570 CTAAAAACGTGTTCCGATGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAA
233020 TATCTATA
635 TATCTATA
*
233028 TTCATCTAGTAAAATCTCAGACAC
1 TTCATCTAGTCAAATCTCAGACAC
233052 TTTGTGATCG
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 108, Indels: 66
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
636 18 0.02
637 151 0.13
638 149 0.13
641 3 0.00
642 55 0.05
643 186 0.16
644 2 0.00
645 5 0.00
646 18 0.02
649 24 0.02
650 1 0.00
651 122 0.10
652 107 0.09
653 2 0.00
654 1 0.00
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657 4 0.00
658 39 0.03
659 119 0.10
660 84 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (642 bp):
TTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTG
TTTCGGTTTAATAACAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
CTTCAATGTGTTGGCGTTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACA
AATTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTAGACGAAATCATGTATTAACATCACAATTTTGGCTAAA
AACGTGTTTCAGGCTCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCATGAAGACTCCTTGAAATATTTA
TATTATCTAGACAAATCTCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGT
TTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTT
TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATA
CTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTTAAATCGTGACACGTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCG
ATGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATA
Found at i:233233 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 233213--233254 Score: 66
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
233203 ACAGAGGTTG
233213 ACAGAAAACAATTAA
1 ACAGAAAACAATTAA
233228 ACAGAAAACAATTAA
1 ACAGAAAACAATTAA
*
233243 ACTAGAGAACAA
1 AC-AGAAAACAA
233255 AACAAAGTAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 17 0.68
16 8 0.32
ACGTcount: A:0.64, C:0.14, G:0.10, T:0.12
Consensus pattern (15 bp):
ACAGAAAACAATTAA
Found at i:236250 original size:658 final size:656
Alignment explanation
Indices: 234874--237691 Score: 3391
Period size: 658 Copynumber: 4.3 Consensus size: 656
234864 CTCAATCACT
* ** *
234874 TTGCATTTAATGATTTATTTTTATGTGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAATTC
1 TTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
* * * * *
234939 GAAAAAAAAAGATAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAAT
66 GGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTAGCGTTGAATAAT
* *
235004 ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAGAATAGAGGAAAACAAATTTCGGATCA-TTTTTGCAAAA-
131 ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAAT
* *
235067 TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTCTTGGCGAAAAACGTGTTTCAGGGCTCCGGCT
196 TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAGGGCTCCGGCT
*
235132 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATAGTCATCTAGACAAATCTCA
261 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATA-TTATCTAGACAAATCTCA
235197 GACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTA
325 GACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGG-TTAATGAGAAATTA
235262 AATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA
389 AATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA
* *
235327 TTATATATTTTTATGAGTATTTTGCCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAA
454 TTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAA
* ** * * * * *
235392 AATTTTTGTTTAAATCGTGAACTAACCATCATTGTTTTTGGCTAAAACCGTATTCCGATG-CCCC
519 AATTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTC-AAGAACCC
* * * *
235456 AACTCAGTTTTGCAAGACTTTTTGCACCAA-GACTCATTCAAATATCTATATTCATGTAGTCAAA
583 AACTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCA-CAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAA
235520 TTTCAGACACA
647 TTT-AGACACA
*
235531 TTGTATTTAAGGATTTATTTTTATGAGA-ATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
1 TTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGA-ACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATT
* * *
235595 CGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAGGCGTGAAAAG-CTCTTAAATGTGTTTAGCATTGAATA
65 CGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTC-CTTCAATGTGTTTAGCGTTGAATA
* *
235659 ATATATTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAAGTGAGGAAAACAAAATTT-GGATCATTTTTTGCAA
129 ATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAC-AAATTTCGGATCATTTTTTGCAA
*
235723 AATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAAC-TCGTTTGAGGGCTCC
193 AATTTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGT-GTTTCAGGGCTCC
* *
235787 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTACGAAGACCCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATC
257 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATC
* *
235852 TTAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTAC-G-TAATGAGAAAT
322 TCAGACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTAATGAGAAAT
* * *
235915 TAAATTGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCTTT
387 TAAATCGAAAAAAA-TGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT
235980 GAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTG
451 GAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTG
236045 CAAAATTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAAC
516 CAAAATTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAAC
* * *
236110 CCAGCTCAGTTTAGCAAGATTTTTTTTGCACAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTACTC
581 CCAACTCAGTTTTGCAAGA--TTTTTTGCACAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTC
*
236175 AAATCTTTGACACA
644 AAAT-TTAGACACA
* * *
236189 TTACATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAACAAATTAATTT
1 TTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
* * * *
236254 GGAAAAAAATGAATAACGATATTAGAAGCGTGAAATGTCCTTCAATGTGATTGGCGTTGAATAAT
66 GGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTAGCGTTGAATAAT
* *
236319 ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGATAACAAATTTCAGATCATTTTTTGCAAAAT
131 ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAAT
* * * **
236384 TTTAGACGAAATGATGTATTAACTATCACGATTTTTTGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCT
196 TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAGGGCTCCGGCT
* * *
236449 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACTAATCTCAA
261 CAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCTCAG
*
236514 ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTC-G-TAATGAGAAATTAAA
326 ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTAATGAGAAATTAAA
* * * * *
236577 TCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTATAACCGTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATT
391 TCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATT
236642 ATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAA
456 ATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAA
*
236707 TTTTAGCTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAAC
521 TTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAAC
* * * * * * *
236772 TCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAGTACTCCTTGAAATATTTATATT-ATCTAGACAAATATC
586 TCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAAT-TT
236836 AGACA-A
650 AGACACA
* * * ** * * * * *
236842 -TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCACTCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATC
1 TTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
* * * * *
236906 -G-AAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGGGTGAAAAGCCCTTCAATCT-TTTAGCGTTGAATTA
66 GGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTAGCGTTGAATAA
* * * * * *
236968 TATAATTTTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAATATA-CTCGGAT-ATGTTTTTGGAAA
130 TATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCAT-TTTTTGCAAA
* * * * * *
237031 ATTTTAG-CTTAAATCATGAACTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGATGCC
194 ATTTTAGAC-GAAATCATG---TATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTC-AGGGC
* * * * * * *
237095 T-CAGCTCAATTTCGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGTA-
254 TCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATT-ATCTAG-AC
* * * * * *
237158 AAATCTCAGACACTTTGCATTTAATGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAA
317 AAATCTCAGACA--ATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGG-TTAA
* * ** * * * *
237223 TGACAAATTAATTCAGAAAAAAAAAGATAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAA-CGTG
379 TGAGAAATTAAATC-GAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TT
* * * * * * * *
237287 TTTGGCGTTAAATAATATATTTTTATGAGTATTTTGGCCAAGAATCGAGGAAAACAAATTTCGGA
442 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATA-CTCGGA
* *** * ** * *
237352 TAATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATC----A-T--GCATCACAATTCTTGGC-AAAAACGCG
506 TAAGTTTTTGCAAAATTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTG
** * * * * * *
237409 TTTC-AGGGCTCCGATTCTGTTTTGCAGGATTTTTTGCACGAA-GACACCTTGAAATATTTATAT
571 TTTCAAGAAC-CCAACTCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCAC-AAGGACTCCTTGAAATATCTATAT
* *
237472 TC-TCTAGACAAATCTCAGACA-A
634 TCATCTAGTCAAAT-TTAGACACA
* * * * ** * * * *
237494 -TGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATATTGTTTC-G--TAATAAGAAATTAAATC
1 TTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
* * * * * * *
237555 -GAAAAATATATTAGAAAAACGATATTAAAAGCTTGAAAA-ACCTTTCAATCTTTTTGGCTTTGA
66 GGAAAAA-A-A-T-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCC-TTCAATGTGTTTAGCGTTGA
* * * * * * * * * *
237618 ATTATTTACTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATACTT-GGATAAGTTTTTGT
126 ATAATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGC
237682 AAAATTTTAG
191 AAAATTTTAG
237692 CTTAAATCGT
Statistics
Matches: 1911, Mismatches: 206, Indels: 91
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
648 3 0.00
649 45 0.02
650 61 0.03
651 38 0.02
652 244 0.13
653 68 0.04
654 88 0.05
655 97 0.05
656 185 0.10
657 358 0.19
658 499 0.26
659 195 0.10
660 30 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (656 bp):
TTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATAACAAATTAATTC
GGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTAGCGTTGAATAAT
ATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACAAATTTCGGATCATTTTTTGCAAAAT
TTTAGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAGGGCTCCGGCT
CAGTTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCTCAG
ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTAATGAGAAATTAAA
TCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATT
ATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAA
TTTTAGTTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAAC
TCAGTTTTGCAAGATTTTTTGCACAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATTTA
GACACA
Found at i:236648 original size:983 final size:971
Alignment explanation
Indices: 234878--237704 Score: 3359
Period size: 983 Copynumber: 2.9 Consensus size: 971
234868 ATCACTTTGC
* * * * * *
234878 ATTTAATGATTTATTTTTATGTGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATT-AATTCGAA
1 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGG-TTAATGAGAAATTAAATT-GAA
** * * * * * *
234942 AAAAAAAGATAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATA
64 AAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA
* * * * * *
235007 TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAGAATAGAGGAAAACAAATTTCGGATCA-TTTTTGCAAAA-TTT
128 TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATA-CTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTT
** * * * * * * *
235070 AGACGAAATCATGTATTAACCATCACGATTCTTGGCGAAAAACGTGTTTCAGGGCTCCGGCTCAG
192 AGATTAAATCATGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAGAGC-CCAGCTCAG
* * * * *
235135 TTTTGCATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATAGTCATCTAGACAAATCTCAGAC
256 TTTAGCAAGATTTTTTGCAC-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGAC
* * * * *
235200 A-A-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAA
320 ACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAA
* * * * * *
235263 -ATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA
385 TTTAGAAAAAAAT-GAATAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAA
* * * * *
235327 TTATATATTTTTATGAGTATTTTGCCCAAAAATTGAGGAAA-ATATACTCGGATAAGTTTTTGCA
449 TAATATATTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAACAAAT-TTCGGATAATTTTTTGCA
* *** * * *
235391 AAATTTTTGTTTAAATCG-TGAACTAACCATCATTG-TTTTTGGCT-AAAACCGTATTCCGATGC
513 AAATTTTAGACGAAAT-GATG-A-TAA-CATCA-CGATTTTTGGCTAAAAACCGT-TTCAG-GGC
* * * * * * * *
235453 CCCAACTCAGTTTTGCAAGACTTTTTGCACCAAGACTCATTCAAATATCTATATTCATGTAGTCA
571 TCCGACTCAGTTTTGCAAGA-TTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATT-ATCTAGACA
* * * * * * *
235518 AATTTCAGACACATTGTATTTAAGGATTTATTTTTATGAGAATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAAT
634 AATCTCA-A-ACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTC-G--TAAT
* * * * * * * *
235583 AACAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAGGCGTG-AAAAGCTCTTAAATGTGTT
694 AAGAAATTAAATC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCT-TTCAATCTTTT
* * * * * * * *
235647 TAGCATTGAATAATATATTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAAGTGAGGAAAACAAAATTTGGATC
757 TGGCTTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA-AATACTTGGATA
* * *
235712 ATTTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCATGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAAC-TCG
821 AGTTTTTGCAAAATTTTAG-CTGAAATCATGAACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGT-G
* ** ** **
235775 TTT-GAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTACGAAG-ACCCCTTGAAATATTTATAT
884 TTTCAAGAAC-CCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTTACAC-AAGTACCCCTTGAAATATTTATAT
* *
235838 TATCTAGACAAATCTTAGACAATGG
947 TATCTAGACAAATATCAGACAATGG
*
235863 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTAC-G-TAATGAGAAATTAAATTGAAAA
1 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTAATGAGAAATTAAATTGAAAA
*
235926 AAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATAT
66 AAA-TGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
235991 TTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAG
129 TTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAG
* * *
236056 TTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAGCTCAGTT
194 ATTAAATCATGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTC-AGAGCCCAGCTCAGTT
* **
236121 TAGCAAGATTTTTTTTGCACAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTACTCAAATCTTTGAC
258 TAGCAAGA--TTTTTTGCACAA-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGAC
* * * *
236186 ACATTACATTTAAGGATTTATTTTTATGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAACAAATTAA
320 ACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAA
* * * *
236251 TTTGGAAAAAAATGAATAACGATATTAGAAGCGTGAAATGTCCTTCAATGTGATTGGCGTTGAAT
385 TTTAGAAAAAAATGAATAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAAT
* * *
236316 AATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGATAACAAATTTCAGATCATTTTTTGCAA
450 AATATATTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGA-AACAAATTTCGGATAATTTTTTGCAA
*
236381 AATTTTAGACGAAATGATGTATTAACTATCACGATTTTTTGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCG
514 AATTTTAGACGAAATGATG-A-TAAC-ATCACGATTTTTGGCTAAAAAC-CGTTTCAGGGCTCCG
* * *
236446 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACTAATCT
575 ACTCAGTTTTGCAAGATTTTT-GCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCT
*
236511 CAAACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTCGTAATGAGAAATTAA
639 CAAACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTCGTAATAAGAAATTAA
* *
236576 ATCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTATAACCGTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGGCTTTGAAT
704 ATCGAAAAAAAT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGGCTTTGAAT
* *
236641 TATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAA
768 TATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAATACTTGGATAAGTTTTTGCAAA
* * *
236706 ATTTTAGCTTAAATCGTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAA
833 ATTTTAGCTGAAATCATGAACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAA
* *
236771 CTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAGTACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATATC
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236836 AGACAATGG
963 AGACAATGG
* * *
236845 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCACTCTTGTTTCGGTTTAATGAGAAATTAAATCG-AA
1 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGG-TTAATGAGAAATTAAATTGAAA
* * *
236909 AAAATGGAAAAACGATATTAAAAGGGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTAGCGTTGAATTATATAA
65 AAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
* * *
236973 TTTTATGAGTATTGTGGCCCAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATATGTTTTTGGAAAATTTTAG
129 TTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAG
* *
237038 CTTAAATCATGAACTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTG-TTCCGATGCCTCAGCTC
194 ATTAAATCATGAAC---TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAGA-GCC-CAGCTC
* * * *
237102 AATTTCGCAAGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGTAAAATCTCAG
254 AGTTTAGCAAGATTTTTTGCA-CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAG
* *
237167 ACACTTTGCATTTAATGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATT
318 ACACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATT
* * * *
237232 AATTCAGAAAAAAA-AAGATAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAACGTGTTTGGCGTT
383 AATTTAGAAAAAAATGA-AT-AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTT
* * *
237296 AAATAATATATTTTTATGAGTATTTTGGCCAAGAATCGAGGAAAACAAATTTCGGATAATTTTTT
446 GAATAATATATTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-AAACAAATTTCGGATAATTTTTT
* * *
237361 GCAAAATTTTAGACGAAATCATG----CATCACAATTCTTGGC-AAAAACGCGTTTCAGGGCTCC
510 GCAAAATTTTAGACGAAATGATGATAACATCACGATTTTTGGCTAAAAAC-CGTTTCAGGGCTCC
* * * * *
237421 GATTCTGTTTTGCAGGATTTTTTGCACGAAGACACCTTGAAATATTTATATTCTCTAGACAAATC
574 GACTCAGTTTTGCAAGA-TTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATC
* * *
237486 TCAGACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATATTGTTTCGTAATAAGAAATTA
638 TCAAACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTCGTAATAAGAAATTA
*
237551 AATCGAAAAATATATTAGAAAAACGATATTAAAAGCTTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGGCTTT
703 AATCGAAAAA-A-A-T-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGGCTTT
* *
237616 GAATTATTTACTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAATATACTTGGATAAGTTTTT
764 GAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-ATACTTGGATAAGTTTTT
* * *
237680 GTAAAATTTTAGCTTAAATCGTGAA
828 GCAAAATTTTAGCTGAAATCATGAA
237705 TCCTTGAATT
Statistics
Matches: 1598, Mismatches: 200, Indels: 94
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
976 143 0.09
977 18 0.01
978 7 0.00
979 124 0.08
981 3 0.00
982 297 0.19
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987 2 0.00
988 152 0.10
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990 12 0.01
991 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (971 bp):
ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGGTTAATGAGAAATTAAATTGAAAA
AAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
TTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATACTCGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGAT
TAAATCATGAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAGAGCCCAGCTCAGTTTAG
CAAGATTTTTTGCACAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCTCAGACACATTG
CATTTAAGGATTTATTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATGACAAATTAATTTAGA
AAAAAATGAATAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTGTTTGGCGTTGAATAATATA
TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAACAAATTTCGGATAATTTTTTGCAAAATTTTA
GACGAAATGATGATAACATCACGATTTTTGGCTAAAAACCGTTTCAGGGCTCCGACTCAGTTTTG
CAAGATTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATCTCAAACAATGGAT
TTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTTGTTTCGTAATAAGAAATTAAATCGAAAAAAAT
GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTAT
GAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAATACTTGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAA
TCATGAACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGAACCCAACTCAGTTTTGCAT
GATTTTTTACACAAGTACCCCTTGAAATATTTATATTATCTAGACAAATATCAGACAATGG
Found at i:238586 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 238560--238604 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
238550 TCACATCAAA
* *
238560 TAATATATAG-TATTATGGTAT
1 TAATATATAGATACTACGGTAT
238581 TAATATATAGATACTACGGTAT
1 TAATATATAGATACTACGGTAT
238603 TA
1 TA
238605 TTATTACACC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.48
22 11 0.52
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
TAATATATAGATACTACGGTAT
Done.