Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019208.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19241, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5450
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:1598 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 699--1574 Score: 974
Period size: 331 Copynumber: 2.6 Consensus size: 328
689 TGGAAAGCGA
* ** * *
699 TTTTAGCCAAAAACCGTGATCGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTATAAAAATCGAC-CAA
1 TTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACTCGA
* ** * *
763 AAGATATTTCCTCTATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCGACAACAAAAAATT
65 AAGTTATTTCCT-TATTTTTAACCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACAACAAAAAATT
* * * *
828 GAAGGGCTTTTGACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATT-TTTTC-AAATTAATTTCTAATTAAAA
129 GAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTT-CTATTATTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * * * ** * *
891 CGAATCAAAATTCATATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAG
193 CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGAAGCTGAGATTTGATTAA
* * *
956 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGCCCCGGA
258 ATGAATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGCCCCGAA
* *
1021 ACGCGG
323 ACACGC
* * * *
1027 TTTTAGCCGAAAACCGCGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATAGACTCGA
1 TTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACTCGA
* * * * * * **
1092 AACATT-TTTCCTCGATTTCTAACGAAAATACTCATAAAAAGTATCTAATTCAACGCCAAATAAA
65 AA-GTTATTTCCT-TATTTTTAACCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACAACAAA-AAA
** * * *
1156 TTGAAAGCCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTC-A-TATTTTCCTAAATTAATTAT-TAGTT
127 TTG-AAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTATTTT-CTAAATTAATT-TCTAATT
* *
1218 AAATCGACACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAATCCAAAGAAGCTGAGATTTGA
189 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGAAGCTGAGATTTGA
* * * *
1283 TTAAATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGTCC
254 TTAAATGAATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGG-CC
1348 CCGAAACACGC
318 CCGAAACACGC
* * * *
1359 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGCCAAAATTGACTCGA
1 TTTTAGCCAAAAACCGTGATG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACTCGA
* * * * *
1424 AAGTTATTTCCTTAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACTACAAAAAGAA
65 AAGTTATTTCCTT-ATTTTTAACCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACAACAAAAA-AT
* * *
1489 TGAAGGGTTTTTAATGCTTCTAATATCATTTTTCTTATTATTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
128 TGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TATTATTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAA
* *
1554 TCGAAACATGATTCGGATGCT
192 TCGAAACAAGATTCAGATGCT
1575 TGTTGTACAA
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 80, Indels: 29
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
328 53 0.12
329 53 0.12
330 9 0.02
331 177 0.39
332 117 0.26
333 36 0.08
334 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
TTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACTCGAA
AGTTATTTCCTTATTTTTAACCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACAACAAAAAATTGA
AGGGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTATTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGAAGCTGAGATTTGATTAAATG
AATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGCCCCGAAACA
CGC
Found at i:1697 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 690--1894 Score: 1056
Period size: 332 Copynumber: 3.6 Consensus size: 327
680 CCGTGGTCCT
* * **
690 GGAAAGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATCG-TTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTATAAAA
1 GGAACGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATCGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * * ** * * *
754 ATCGACCAAAAGATATTTCCTCTATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCGACAA
66 ATTGACCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTATCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACTA
**
819 CAAAAAATTGAAGGGCTTTTGACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTT-TCAAATTAATTTCT
131 CAAAAAATTGAAGGGCTTTT-ACGCTTCTAATATCATTTTT-CTATTTTTCT-AAATTAATTTCT
* * * * * *
883 AATTAAAACGAATCAAAATTCATATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCTAATGTGGCTGAGAT
193 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* *
948 TTGG-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA-CCAAAAATCATGCAAAACTAAGCC
258 TTGGTTTAG-TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG-AGCCAAAAATCATGCAAAA-TTATCC
1011 -GGGCCCC
320 GGGGCCCC
* * * * * *
1018 GGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGCGAT-GGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAA
1 GGAACGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATCGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * * * * * *
1082 ATAGACTCGAAACATT-TTTCCTCGATTTCTAACGAAAATACTCATAAAAAGTATCTAATTCAAC
66 ATTGAC-CGAAA-GTTATTTCCTCAATTTTTATCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTCAAC
** * * * * *
1146 GCCAAATAAATTGAAAGCCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCCTAAATTAATT
129 TACAAA-AAATTGAAGGGC-TTTT-ACGCTTCTAATATCATTTTTC-TATTTTTCTAAATTAATT
* * * * **
1211 AT-TAGTTAAATCGACACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAATCCAAAGAAGCTG
190 -TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * * * * * *
1275 AGATTTGATTAAATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAG
254 AGATTTGGTTTAGTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAA-TTA-
*
1340 T-CGGGTCCCC
317 TCCGGGGCCCC
* * * * * *
1350 GAAACACGCTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GATTATTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGCCAAA
1 GGAACGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATCGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * *
1414 ATTGACTCGAAAGTTATTTCCTTAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACT
66 ATTGAC-CGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTATCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACT
* * * *
1479 ACAAAAAGAATGAAGGGTTTTTAATGCTTCTAATATCATTTTTCTTATTATTTTCTGAATTAATT
130 ACAAAAA-ATTGAAGGGCTTTT-ACGCTTCTAATATCATTTTTC-TA-T-TTTTCTAAATTAATT
* * * *** * *
1544 TCTAATTAAATCGAAACATGATTCGGATGCTTGT-TGTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAA
190 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * * *
1608 GATTTGGTTTTGCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAACATTGATC
255 GATTTGGTTTAGTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAATT-ATC
*
1673 CGGGGCCTC
319 CGGGGCCCC
* * * * * * ** *
1682 GGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTAATTTCGAATAACGTGTACGATTTCGGCTAATATTTTG
1 GGAACGCGATTTTAGC-CAAAAACCGTGA--TCG-ATTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* *
1747 CAAAAATTGACCAGAAA--TATTTTCCCTCATTTTTTGTCTAAAATACTCAT-AAAATCTATATA
61 CAAAAATTGACC-GAAAGTTA-TTT-CCTCAATTTTTATCTAAAATACTCATAAAAAT-TATATA
* * * * * *
1809 ATTCAACTCCAAAAAGACT-AGAGGACTTTTCTCGCATT-TAAAATCATTTTTCATATTTTTCTG
122 ATTCAACTACAAAAA-ATTGA-AGGGCTTTT-ACGC-TTCTAATATCATTTTTC-TATTTTTCTA
1872 AATTAATTTCTAATTAAATCGAA
182 AATTAATTTCTAATTAAATCGAA
1895 CCGTGGTGCT
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 140, Indels: 54
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
328 58 0.08
329 48 0.07
330 12 0.02
331 171 0.24
332 215 0.30
333 49 0.07
335 1 0.00
336 33 0.05
337 14 0.02
338 102 0.14
339 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (327 bp):
GGAACGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATCGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
ATTGACCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTATCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACTA
CAAAAAATTGAAGGGCTTTTACGCTTCTAATATCATTTTTCTATTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
GTTTAGTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTATCCGGGGCC
CC
Found at i:2672 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 2078--3467 Score: 1285
Period size: 331 Copynumber: 4.2 Consensus size: 328
2068 ATTGAAGGGC
* * * *
2078 TTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCA-AATTAATTTCTAATGAAATCGAAACAA
1 TTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATA-TTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* *
2142 GATTCAGATGCTCGTAAAAACCAAATTCTT-AAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
65 GATTCAGATGCTCGTAAAAA-CAAATTCTTCAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
*
2206 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAG-CTGGGCCCCGGAACGCG
129 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGTC-GGGCCCCGGAACGCG
* * * * * * *
2270 GTTTTAGCCGAAAACCGCGATAATTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATTCA
193 CTTTTAGCCGAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTAGGCT-AAATTTTGCAAAAATTGACTCG
* * * *
2335 AAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCATAATAAGTATATAATTCAACGCCAAATAA-
257 AAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAA-AA-TATATAATTCAACACCAAA-AAG
*
2399 ATTGAAAGCCT
319 ATTG-AAGACT
* *
2410 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
1 TTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * ** * *
2475 ATTCAGATGCTCGTAAAACCAAATACTTCAGTTC-AATGTGGCTCAGATTTGATTAGTTGAATAT
66 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
* * * * **
2539 AGGTATTTCAAGGAGGCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCGGAATGCATTT
131 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCCCCGGAACGCGCTT
* * * *
2604 TTACCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAATTTTTGCATAAATTGACCCGAAA
196 TTAGCCGAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTAGGCTAAA-TTTTGCAAAAATTGACTCGAAA
* * **
2669 GATTTTTCCACCAATTTTTGGCTTAAATACTCATAAAATATAT-ATATCGTAACACCAAAAAGAT
260 GATTTTTCC-TCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATAAT-TC--AACACCAAAAAGAT
*
2733 TGGAGGAC-
321 T-GAAGACT
* * * * *
2741 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTGTAA--AAATCAAAACAAG
1 TTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * *
2804 ATTCACATGCTCGTGAAAACAAATTCTTC-AATCAAACGTAGCTGAGATTAGATTAAATGAATAT
66 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
* * * * * *
2868 GGATATTTCAAAGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGTCCTCGAAACGCGCT
131 AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGG-CCCCGGAACGCGCT
** * *
2933 TTTAGCAAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTTA-GCTAGAATTTTGCAAAAATTGAGTCGA
195 TTTAGCCGAAAACCGTGATGATTAGTACACGA-TTTAGGCTA-AATTTTGCAAAAATTGACTCGA
* * * *
2997 AA-ATTATTTCCTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTTAACTCCAAAAAGA
258 AAGATT-TTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCAT-AAAA-TATATAATTCAACACCAAAAAGA
**
3061 TTGAAGGGT
320 TTGAAGACT
* * *
3070 TTTTAATGATTCTAATATCGTTTTTCTATTATTTTCC-GAATTAATTTCTAATTAAATCGGAACA
1 TTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTC-A-TATTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * *** * * * *
3134 TGATTCAGATGCTTGT-TGTACAAATCCTT-AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGGTGAAT
64 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
* * * * * * *
3197 GTAGATATTTCAAGGAATCTCGG-AGCAAAAAATCATGCAACACCGAA-CCGGGGCCTCGGAACG
129 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCA-CCAAAAATCATGCAA-AACTAAGTC-GGGCCCCGGAACG
** * * * **
3260 CG-TTTTGAGCAAAAAAACAGTAATTTCGATTAACGTGCACGATTTCCGCTAATATTTTGCAAAA
191 CGCTTTT-AGC-CGAAAACCGTGA--T-GATT-A-GTACACGATTTAGGCTAA-ATTTTGCAAAA
* ** * *
3324 ATTGAC-CAGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-GTTTAAAATACTTATAAAATCTATATAATTCAG
248 ATTGACTC-GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAG-CCAAAATACTCATAAAA--TATATAATTCAA
* * *
3387 CTCCAAAAGGATTGGAGGACT
309 CACCAAAAAGATT-GAAGACT
* * * * * *
3408 TTTCT-TCGCCAT-TAACATCATTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
1 TTT-TAACG-CTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
3468 CAGTGGTCCT
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 143, Indels: 83
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 5 0.01
329 164 0.19
330 97 0.11
331 310 0.36
332 148 0.17
333 1 0.00
334 1 0.00
335 4 0.00
336 17 0.02
337 99 0.11
338 23 0.03
339 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
TTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTCCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTCAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
AGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCCCCGGAACGCGCTT
TTAGCCGAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTAGGCTAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAG
ATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAG
ACT
Found at i:4157 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 3480--4365 Score: 873
Period size: 331 Copynumber: 2.7 Consensus size: 329
3470 GTGGTCCTGG
* * * *
3480 AACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGCGATGGTCAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
1 AACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGAT-GTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAATT
* * * *
3545 GACTCAAAAGATATTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTTATAAAAAGTATATAATTCAACACCA
64 GACTCGAAAGATATTTCCCCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACACCA
* * *
3610 AATAAATTGAAAGCCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCCTGAATTAATTTCTA
129 AATAAATTGAAAGACTTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTCCTAAATTAATTTCTA
* * * *
3675 ATAAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTGGCTAAGATT
194 ATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAAAGTAGCTAAGATT
* ** * * * * * *
3740 TGATTAGTTGAATATAGGTATTTCAAGGAGGCTCGGTAGCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGT
259 AGATTAAATGAATATAGGTATCTCAAAGAGGCTCGGCACCAAAAATCATACAAAACTGAATCGGT
** *
3805 CCTTGG
324 CCCCGA
* *
3811 AATGCGTTGTTTAGCCGAAAACCGTGATGTAACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAGAAT
1 AACGCGTT-TTTAGCCGAAAACCGTGATGTAA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA-AAT
* * * * * *
3876 TGACCCGAAAGATTTTTCCGCCAATTTTTGGCTG-AATTACTCATAATATA-TATATAATGT-AA
63 TGACTCGAAAGATATTTCC-CCAATTTCTAGC-GAAAATACTCATAA-AAAGTATATAAT-TCAA
* * *
3938 CGA-CAAA-AAGATTGGAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCGATATTTTTCTAAATT
124 C-ACCAAATAA-ATTGAAAGACTTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTC-ATATTTTCCTAAATT
* * * *
4000 AATTT-TTA-AAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTCAA-TCCAAAGTA
186 AATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTT-AAGTCCAAAGTA
* * *
4062 GCTGAGATTAGATTAAATGAATAT-GGATATCTCAAAGAGTCTTGGCACCAAAAATCATACAAAA
250 GCTAAGATTAGATTAAATGAATATAGG-TATCTCAAAGAGGCTCGGCACCAAAAATCATACAAAA
*
4126 CTTAATCGGGTCCCCGA
314 CTGAATC-GGTCCCCGA
* * * * *
4143 AACGCGCTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGCCAAAATT
1 AACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATG-TAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAATT
* * * * * * *
4208 GACTCGAAAG-TGATTTCCTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACTCC
64 GACTCGAAAGAT-ATTTCCCCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACACC
** * * * *
4272 AAA-AAGATTG-AAGGTTTTTTAATGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTATTTTCC-GAATTAAT
128 AAATAA-ATTGAAAGACTTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTC--A-TATTTTCCTAAATTAAT
* * *
4334 TTCTAATTAAATCGAAACATGATTCGGATGCT
189 TTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
4366 TGTTGTACAA
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 76, Indels: 48
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 5 0.01
330 67 0.15
331 181 0.40
332 116 0.26
333 80 0.18
334 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
AACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATTGA
CTCGAAAGATATTTCCCCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACACCAAA
TAAATTGAAAGACTTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTCCTAAATTAATTTCTAAT
AAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAAAGTAGCTAAGATTAG
ATTAAATGAATATAGGTATCTCAAAGAGGCTCGGCACCAAAAATCATACAAAACTGAATCGGTCC
CCGA
Found at i:5318 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 4697--5445 Score: 921
Period size: 330 Copynumber: 2.3 Consensus size: 329
4687 TCGTGGTCCT
* * *
4697 GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTTAAATTTTGAAAAA
1 GGAACGCGTTTTTAGCC-GAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG-ATAAATTTTGAAAAA
* * * * *
4762 ATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAATATACTCATAAAAAATATATAATTCGACA
64 ATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACA
** ** * * * * *
4827 TTAAAAAAATTGAGGGGCTTTTGACACTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCAAATTAATTTC
129 CCAAAAAAATTGAAAGCCTTTTCACACTTCTAATATCATTTTTCATATTTTCTCAAATTAATTTC
*
4892 TAATTAAATCGAGACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACCAAATTCTTAAATCTAATGTGGCTGAG
194 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-CAAATTCTTAAATCTAATGTGGCTGAG
* * *
4957 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCC
258 ATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGGCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCC
5022 GGGCCCC
323 GGGCCCC
* * * *
5029 GGAACGCGATTTTAGCCGAAAACCGCGATGGTTAGTACATGATTTCGGATAAATTTTGCAAAAAT
1 GGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAATTTTGAAAAAAT
* * * *
5094 TGACTCAAAAGATATTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTTATAAAAAGTATATAATTCAACACC
66 TGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACC
* * * *
5159 AAATAAATTGAAAGCCTTTTTCACGCTT-TGAATATCGTTTTTCATATTTTC-CTGAATTAATTT
131 AAAAAAATTGAAAGCC-TTTTCACACTTCT-AATATCATTTTTCATATTTTCTC-AAATTAATTT
* * *
5222 CTTATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCCTTAAGT-TCAATGTGGCTG
193 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATT-CTTAAATCT-AATGTGGCTG
* * * * *
5285 AGATTTGATTAGTTGAATATAGGTATTTCAAGGAGGCTCGGTAGCAAAAATCATGCAAAACTGAG
256 AGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGGCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAG
* **
5350 TCGGGCCTT
321 CCGGGCCCC
* * **
5359 GGAATGCGTTGTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTTTAAA
1 GGAACGCGTT-TTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGAT-AAA-TTTTGAAAA
* *
5424 AATTGACCCGAAAGATTTTTCC
63 AATTGACCCAAAAGATATTTCC
5446 CCCAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 54, Indels: 15
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 6 0.02
330 170 0.48
331 134 0.38
332 19 0.05
333 26 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
GGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAATTTTGAAAAAAT
TGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACC
AAAAAAATTGAAAGCCTTTTCACACTTCTAATATCATTTTTCATATTTTCTCAAATTAATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATT
TGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGGCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGG
CCCC
Done.