Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019222.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19255, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13786
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:708 original size:337 final size:334
Alignment explanation
Indices: 1--1098 Score: 1575
Period size: 337 Copynumber: 3.3 Consensus size: 334
* * * * *
1 TTCAGAAGATCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAA
1 TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAA
* **
66 ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAACAT-ACTCGGGGACCCATAACGCGTTT
66 ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAA-ATGAATCGGGGACCCGGAACGCGTTT
* *
130 TTAGC-AAAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAA-TTTTGCAAAAACTGACCCGA
130 TTAGCAAAAAAAACTTTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGA
* *
193 AAAAATTTTCTTTAATTCTTT-GCCACAATAGCCGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGA
195 AAAAATTTTCTTTAATT-TTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGA
* * *
257 ATGAAGGGCTTTTCACGCTTCAAATATCGTATTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTTAGATTAAT
259 ATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTTTTTTTTCTGAATTAAATTTAGATTAAT
*
322 TCGAAACATAA
324 TCGAAACATGA
333 TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAA
1 TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAA
*
398 ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAATCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
66 ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAAATGAATCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
* * *
463 TAGCAAAAAAAAACTTTGATAATTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTTGGAAAAACTGACCC-
131 TAGC-AAAAAAAACTTTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAATTTTTGCAAAAACTGACCCG
* *
527 AAGAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAATTATATAATTCAATTCCAAAAAG
194 AA-AAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAG
* * *
592 AGTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTC-TATTTCTTTTTTTTTTCTGAATTAAATTTAGATT
258 AATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA-TCGTATTTC-CTTTTTTTTCTGAATTAAATTTAGATT
656 AATTCGAAACATGA
321 AATTCGAAACATGA
**
670 TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGTGTATAA
1 TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAA
* * * *
735 ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAGAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGATCCGGAATGCGTTTT
66 ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAAATGAATCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
* * *
800 TAGCAAAAAAAGCTGTT-ATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGA
131 TAGCAAAAAAAACT-TTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGA
* *
864 AAAAATTTTCTTTAACTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTTAATTCCAAAAAGAA
195 AAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAA
* * *
929 TGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCACTTTTTTTTCCGAATT-AATTTCGGATTA
260 TGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTT-C-CTTTTTTTTCTGAATTAAATTT-AGATTA
*
993 AATCGAAACAATGA
322 ATTCGAAAC-ATGA
** * * *
1007 TTTTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCACTGTGGCTGAGATTT-GTGTAGATGAATATA
1 TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT-TAGATGAATATA
* * * *
1071 GATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
65 AATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAA
1099 GTTAGAGCTG
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 61, Indels: 27
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
332 123 0.18
334 33 0.05
335 121 0.18
336 161 0.23
337 250 0.36
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (334 bp):
TTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAA
ATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAAATGAATCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
TAGCAAAAAAAACTTTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAA
AAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAAT
GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTTTTTTTTCTGAATTAAATTTAGATTAATTC
GAAACATGA
Found at i:2084 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2046--2076 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
2036 TCAAAAACAA
*
2046 ACCCGAGCCCGAAAAT
1 ACCCGAACCCGAAAAT
2062 ACCCGAACCCGAAAA
1 ACCCGAACCCGAAAA
2077 AGCCCGAAAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.39, G:0.16, T:0.03
Consensus pattern (16 bp):
ACCCGAACCCGAAAAT
Found at i:3038 original size:337 final size:330
Alignment explanation
Indices: 2116--3455 Score: 1506
Period size: 337 Copynumber: 4.1 Consensus size: 330
2106 CCAGCTCTAC
* * * * *
2116 CAAAAATCATGCAAATCTCAGCCAGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATG--GT
1 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTGT
* * * *
2179 ACACGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAGATTTACCTCAATTTCTGGCTACA
66 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAGATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* ** * *
2244 TTACTTGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTTTAATATC
131 ATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
2309 GTATTTGCTATTTTCTCCCGAACTAATTTCTGAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCGT-GTAA
196 GTATTTGCTATTTT-TCCCGAACTAATTTCTGAATAAATCGAAACATGATTCAGATGC-TCGTAA
* * *
2373 AACAAAATCCTTAAATCCAATGTCGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTT-TTGTGAGT
259 AAC-AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCATGTGAGT
*
2437 CTTATCGC
323 CTTATCGG
** ** * * ** * * *
2445 CAAAAATCATGCAAAACTTTGTCGGGGACCTGGAACACGGCTTCA-ACAAAAACAAATTATGATG
1 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC----TGTGAT-
* ** * * * * *
2509 GTT-TAAAAAAATAATTTCGGCT-AAATTTGTGCAAAAACTGACCCGAAAAAACTTTCTTTAATT
61 GTTGT----ACACGATTTCGGCTAAAATTT-TGCAAAAACTGAACCGAAAAGATTTTCCTCAATT
* * * *
2572 TTTGGACACAATAACCGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACTC
121 TTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGC
* * *
2637 TTCTAATATCGTATTTTCTATTTTTCCCGAATTAATTT-T-ATATTAAATTGAAACATGATTCAG
186 TTCTAATATCGTATTTGCTATTTTTCCCGAACTAATTTCTGA-A-TAAATCGAAACATGATTCAG
* * * *
2700 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATTTGGCTGATATTTGGTTGGATGAATATAGATATT
249 ATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* **
2765 TCAT-TGAGTGTTGGCGG
313 TCATGTGAGTCTTATCGG
2782 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCGTTTTTTAGCCAAAAAAAACTGTGATG
1 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCG-TTTTTAGCC---AAAAACTGTGAT-
* * *
2847 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAGACTGAACCGATAAA-ATTTTCTTTAATTTTT
61 GTT-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGA-AAAGATTTTCCTCAATTTTT
* * * *
2911 GGCCACAATACCCTTAAACAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGATGGGCTTTTCACGCTTC
124 GGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* * * * *
2976 TAATATCGTATTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTT-TAGATTAAATCGAAACATTATTCAGATG
189 TAATATCGTATTTGCTA-TTTTTCCCGAACTAATTTCT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATG
* * *
3040 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTGGATGAATATAGGTATTTCA
252 CTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * *
3105 T-TGAGTGTTGTTGG
316 TGTGAGTCTTATCGG
*
3119 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-------CTGT
1 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTGT
* * *
3177 -CACGATTTCGGCTAAAATTTT-CAAAAACTTAACCGAAAAGGTTTTCCTCAATTTTTGGCTACA
66 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAGATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* *
3240 ATACGCGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAATAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
131 ATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* ** ** * *
3305 GAATTTGCTATTTTTTGCGAACTAATTTCTGAATAAATATAAA-TTGATTCAGATGCGCGTAAAA
196 GTATTTGCTATTTTTCCCGAACTAATTTCTGAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAA
*
3369 CAAAGTCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTC-TGTGAGTCT
261 CAAA-TCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCATGTGAGTCT
3433 TATC-G
325 TATCGG
*
3438 CCAAAATCATGCAAAACT
1 CAAAAATCATGCAAAACT
3456 TACTCGGGGA
Statistics
Matches: 867, Mismatches: 111, Indels: 76
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
319 27 0.03
320 68 0.08
321 29 0.03
322 100 0.12
323 21 0.02
324 2 0.00
325 1 0.00
328 6 0.01
329 35 0.04
332 5 0.01
333 7 0.01
334 1 0.00
335 1 0.00
336 128 0.15
337 293 0.34
338 134 0.15
339 2 0.00
340 1 0.00
342 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTGT
ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAGATTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
ATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
GTATTTGCTATTTTTCCCGAACTAATTTCTGAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAA
CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCATGTGAGTCTT
ATCGG
Found at i:4906 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 4119--7827 Score: 5034
Period size: 332 Copynumber: 11.2 Consensus size: 332
4109 AGAACTTACT
* * * *
4119 CGGGGA-CCGGAACGCATTTTTGGCCAAATAACTGTAATGATTAGTACACGATTTCAGC-AAAAT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAA-AACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-
*** * * *
4182 TTTTGTGGAAACTGACCCGCA-AAAATTGTCTTTAATTTTCGGCCACAATACCCGTAAAAAATAT
64 TTTTGCAAAAACTGAACCG-ATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATAT
* *
4246 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTATTTCCTATTTTTTC
128 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTC
* * * *
4311 TGAATTAATTTTAGATTAAATTGAAACATGATTTAGATACTTCTAAAAACAAATTCTTAAATCCA
193 CGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
*
4376 ATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCTGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAT-ATGC
258 ATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
4440 AAATTTGAGC
323 AAATTTGAGC
* * *
4450 CGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * *
4515 TTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATACCCGCAAACAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
* * * * *
4580 ATTCAATTTCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCATGATTCTAATATCGTATTTCCGTTTTTTTTCCG
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC-TATTTTTTCCG
** * * * *
4645 AATTAATTTCGGATT-AATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAT
195 AATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * *
4709 GTGGCTGAGATTTGGGTTGATGTATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAA
260 GTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
4774 ATTTGAGC
325 ATTTGAGC
** **
4782 CGTTGACCCGGAACGTATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * *
4847 TTGCAAAATCTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTCGGCCACAATACTCGTAAACAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
*
4912 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
* *
4977 ATTAATTTAAGATTAAATCGAAACATGAATTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
196 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
** ** * *
5042 TAACAAAGATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAACATGCAAA
261 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* *
5107 TCTGAAC
326 TTTGAGC
* * * *
5114 CGGGGACCCGGGACGCGTTTTAAGCCAAAAGCTGTGATG----GT----GATTTCGGCTAAATTT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* *
5171 TTGCAAAAACTG-ACCTGAAAAAATTTTCTTTAATTTCTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATAT
66 TTGCAAAAACTGAACC-GATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATAT
* * *
5235 AATTCAATTCCAAAACGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCATTTTTTTTTC
130 AATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC--TATTTTTTC
* * ** * * * *
5300 TGGTATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATCA
193 -CGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * * * *
5365 AATGTGCCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATGTTTCAGTGAGTCTTGGCACGAAAAATCATG
257 AATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
*
5430 CAAATTTGAGA
322 CAAATTTGAGC
* * *
5441 CGTGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGAATTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* ** * *
5506 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTCTACCCACAATACCCGTAAACAATATTTA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
* * *
5571 ATTCAATTTCAAAAAGAATGAAGAGCTTTTCACGCTTGTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
* * * *
5636 ATTTATTTTAAATTAAATCAAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
196 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * * **
5701 TGGCTAAGATTTTGGTAGATGAATATAAATATTTCCGTGAGTCTTGGCGAAAAAAATCATGCAAA
261 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* *
5766 TCTGAAC
326 TTTGAGC
* * * * * *
5773 CGGGGACCC-GAGACGCGTTTTAAGCCAAAAACTATGATGGTTCGTACATGATTTCGGCTAAATT
1 CGGGGACCCGGA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
5837 TTTGCAAAAACTG-ACCTGA-AAATATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATAT
65 TTTGCAAAAACTGAACC-GATAAA-ATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATAT
* * **
5900 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACTCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTC
128 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTT-
* ** * * ** * ** * *
5965 CCGAATTACTTTCGGATTCAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAGAACAAATCCTTAAATCA
192 CCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * * * * *
6030 AATGCT-GCTGAGATTTGGGTTGATAAATATAGATAATTCAGTGAGTGTTGGCACCAAAAATGAT
257 AATG-TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
6094 GCAAATTTGAGC
321 GCAAATTTGAGC
* * * *
6106 CGTGGACCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGTTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * **
6171 TTGCAAAAACCGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCTTAAGGAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
* *** *
6236 ATTTAATTCTTTAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
*
6301 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
196 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * *
6366 TGGTTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAA
261 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
*
6431 GTTGAGC
326 TTTGAGC
* * *
6438 CGGGGACCCGGAACACATTTTTAGCCAAAATCTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * * * * *
6503 TTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTGTCTTTAAGTTTTGGCCATAGTATCCGTAAACAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
* *
6568 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATTTCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
* * * *
6633 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATAGTTGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATG
196 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
6698 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
261 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
6763 TTTGAGC
326 TTTGAGC
*
6770 CGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGA-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* *
6834 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACCCTTAAAAAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
*
6899 ATTCAATTCCAAAAAG-ATAGAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCT-TTTTTT
131 ATTCAATTCCAAAAAGAAT-G-AAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTT-C-CTATTTTTT
* * * ** * ** *
6962 CCGAATTAA-TTTGGAGTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCA
192 CCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * *
7026 AATGTGGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATG
257 AATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
7091 CAAATTTGAGC
322 CAAATTTGAGC
* * * *
7102 CGTGGACCCAGAACGCGTTTTTAACAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * *
7167 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCCACAATACCCTTAAACAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
* * *
7232 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATAGTATTTCCTATTTTCTCCGA
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
7297 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
196 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
** * * * * *
7362 TAACTGAGATTTTGGTAGATGAATATAGGTTTTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAAACATACAA
261 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCC-AAAAATCATGCAA
* *
7427 ATCTGAAC
325 ATTTGAGC
** * *
7435 CGGGGACCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * *
7500 TTGCAAAAACTAAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATACCCTTAAAAAATATATA
66 TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
* * *
7565 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTCTCTGA
131 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
* *
7630 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATG
196 ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
7695 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
261 TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* **
7760 TCTGAAT
326 TTTGAGC
* * * * * **
7767 TGGGAACCC-GAGACACGTTTTAATCCAAAAACTGTGATGATTAGTTTACGATTTCGGCTAA
1 CGGGGACCCGGA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
7828 TATCGTATTT
Statistics
Matches: 2968, Mismatches: 372, Indels: 75
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
323 3 0.00
324 122 0.04
326 8 0.00
327 152 0.05
328 2 0.00
330 5 0.00
331 375 0.13
332 1460 0.49
333 706 0.24
334 13 0.00
335 119 0.04
336 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
CGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
TTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATA
ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGA
ATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
TGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
TTTGAGC
Found at i:6254 original size:665 final size:666
Alignment explanation
Indices: 4125--7827 Score: 5098
Period size: 665 Copynumber: 5.6 Consensus size: 666
4115 TACTCGGGGA
* * * * * **
4125 CCGGAACGCATTTTTGGCCAAATAACTGTAATGATTAGTACACGATTTCAGC-AAAATTTTTGTG
1 CCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTGCA
* * * *
4189 GAAACTGACCCGCA-AAAATTGTCTTTAATTTTCGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTC
64 AAAACTGAACCG-ATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTC
* * * *
4253 AATTCCAAAAAGAATGAAGCGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTATTTCCTATTTTTTCTGAATTA
128 AATTCCAAAAAGAATGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTA
* * * *
4318 ATTTTAGATTAAATTGAAACATGATTTAGATACTTCTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGC
193 ATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* *
4383 TGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCTGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAT-ATGCAAATTTG
258 TGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTG
* * *
4447 AGCCGGGGACCCG-GAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAA
323 AACCGGGGACCCGAGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* *
4511 AATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATACCCGCAAACAATA
388 AATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATA
* * * *
4576 TATAATTCAATTTCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCATGATTCTAATATCGTATTTCCGTTTTTTT
453 TATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTT
* *
4641 TCCGAATTAATTTCGGATT-AATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
518 CCCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
* *
4705 AAATGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGTATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCAT
583 AAATGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCAT
*
4770 GCAAATTTGAGCCGTTGAC
648 GCAAATTTGAGCCGTGGAC
** *
4789 CCGGAACGTATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
1 CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * * *
4854 ATCTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTCGGCCACAATACTCGTAAACAATATATAATTCAAT
66 AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
*
4919 TCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATT
131 TCCAAAAAGAATGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATT
* ** **
4984 TAAGATTAAATCGAAACATGAATT-AGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAACAA
196 TTAGATTAAATCGAAACATG-ATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* *
5048 AGATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAACATGCAAATCTGAA
260 AGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAA
* * * *
5113 CCGGGGACCCG-GGACGCGTTTTAAGCCAAAAGCTGTGAT-G---GT----GATTTCGGCTAAAT
325 CCGGGGACCCGAGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
* *
5169 TTTTGCAAAAACTG-ACCTGAAAAAATTTTCTTTAATTTCTGGCCACAATACCCGTAAAAAATAT
390 TTTTGCAAAAACTGAACC-GAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATAT
* **
5233 ATAATTCAATTCCAAAACGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCATTTTTTTT
454 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC--GCTTTTT
** * *
5298 TCTGGTATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAAT
517 TCCCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * *
5363 CAAATGTGCCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATGTTTCAGTGAGTCTTGGCACGAAAAATCA
582 CAAATGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
*
5428 TGCAAATTTGAGACGTGGAC
647 TGCAAATTTGAGCCGTGGAC
* * *
5448 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAA
1 CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* ** * *
5513 AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTCTACCCACAATACCCGTAAACAATATTTAATTCAAT
66 AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
* * *
5578 TTCAAAAAGAATGAAGAGCTTTTCACGCTTGTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTTATT
131 TCCAAAAAGAATGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATT
* * *
5643 TTAAATTAAATCAAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAA
196 TTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * **
5708 GATTTTGGTAGATGAATATAAATATTTCCGTGAGTCTTGGCGAAAAAAATCATGCAAATCTGAAC
261 GATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAAC
* * * * *
5773 CGGGGACCCGAG-ACGCGTTTTAAGCCAAAAACTATGATGGTTCGTACATGATTTCGGCTAAATT
326 CGGGGACCCGAGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* *
5837 TTTGCAAAAACTG-ACCTGAAAATATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATA
391 TTTGCAAAAACTGAACC-GAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATA
*
5901 TAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACTCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTCC
455 TAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTCC
* * * ** * *
5966 CGAATTACTTTCGGATTCAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAGAACAAATCCTTAAATCAA
520 CGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAA
* * * *
6031 ATGCT-GCTGAGATTTGGGTTGATAAATATAGATAATTCAGTGAGTGTTGGCACCAAAAATGATG
585 ATG-TGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATG
6095 CAAATTTGAGCCGTGGAC
649 CAAATTTGAGCCGTGGAC
* *
6113 CCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAA
1 CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * ** *
6178 AACCGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCTTAAGGAATATATAATTTAAT
66 AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
***
6243 TCTTTAAAGAATGAAGCA-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAAT
131 TCCAAAAAGAATGAAG-AGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAAT
*
6307 TTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTG
195 TTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* *
6372 AGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAGT-TGA
260 AGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA-TCTGA
* * * * *
6436 GCCGGGGACCCG-GAACACATTTTTAGCCAAAATCTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
324 ACCGGGGACCCGAGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * * *
6500 ATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTGTCTTTAAGTTTTGGCCATAGTATCCGTAAACAATAT
389 ATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATAT
** * **
6565 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATTTCGTATTTCCTATTTTTT-
454 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTC
** * * * *
6629 CCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATAG-TTGTAAAAATAAATCTTTAAATC
519 CCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGAT-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
* * * *
6693 CAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
583 AAATGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCAT
*
6758 GCAAATTTGAGCCGGGGAC
648 GCAAATTTGAGCCGTGGAC
* *
6777 CCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGA-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
1 CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* *
6841 AACTGAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACCCTTAAAAAATATATAATTCAAT
66 AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
*
6906 TCCAAAAAG-ATAGAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCT-TTTTTTCCGAATT
131 TCCAAAAAGAAT-G-AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTT-C-CTATTTTTTCCGAATT
* * * * ** * ** *
6969 AA-TTTGGAGTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGG
192 AATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * *
7033 CTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAATTT
257 CTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCT
* * * * *
7098 GAGCCGTGGACCC-AGAACGCGTTTTTAA-CAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCT
322 GAACCGGGGACCCGAGAACACG-TTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * *
7161 AAAATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCCACAATACCCTTAAACAA
386 AAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAA
** * *
7226 TATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATAGTATTT-C-CTATT
451 TATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTT
** * *
7289 TTCTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAA
516 TTC-CCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* ** * * * * *
7354 ATCCAATGTAACTGAGATTTTGGTAGATGAATATAGGTTTTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAA
580 ATCAAATGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACC-AAAAA
* * * * *
7419 ACATACAAATCTGAACCGGGGAC
644 TCATGCAAATTTGAGCCGTGGAC
** *
7442 CCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
1 CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * * *
7507 AACTAAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATACCCTTAAAAAATATATAATTCAAT
66 AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
* *
7572 TCCAAAAAGAATGAAGCA-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTCTCTGAATTAAT
131 TCCAAAAAGAATGAAG-AGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAAT
*
7636 TTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
195 TTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
7701 AGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAA
260 AGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAA
** * * * **
7766 TTGGGAACCCGAG-ACACGTTTTAATCCAAAAACTGTGATGATTAGTTTACGATTTCGGCTAA
325 CCGGGGACCCGAGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
7828 TATCGTATTT
Statistics
Matches: 2711, Mismatches: 284, Indels: 87
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
655 3 0.00
656 121 0.04
658 25 0.01
659 449 0.17
660 3 0.00
662 8 0.00
663 360 0.13
664 650 0.24
665 846 0.31
666 114 0.04
667 132 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (666 bp):
CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
AACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
TCCAAAAAGAATGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATT
TTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
GATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAAC
CGGGGACCCGAGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATAT
AATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTCCC
GAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAA
TGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
AATTTGAGCCGTGGAC
Found at i:6599 original size:997 final size:995
Alignment explanation
Indices: 4128--13682 Score: 6389
Period size: 997 Copynumber: 9.3 Consensus size: 995
4118 TCGGGGACCG
* * * * * ***
4128 GAACGCATTTTTGGCCAAATAACTGTAATGATTAGTACACGATTTCAGC-AAAATTTTTGTGGAA
1 GAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTGCAAAA
* * *
4192 ACTGACCCGCA-AAAATTGTCTTTAATTTTCGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
64 ACTGAACCG-ATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAAT
** * *
4256 TCCAAAAAGAATGAAGCGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTATTTCCTATTTTTTCTGAATTAATT
128 TCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATT
* * *
4321 TTAGATTAAATTGAAACATGATTTAGATACTTCTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGA
193 TTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
*
4386 GATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCTGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAT-ATGCAAATTTGAGC
258 GATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGC
* *
4450 CGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
323 CGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* *
4515 TTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATACCCGCAAACAATATATA
388 TTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATATA
* ** * * *
4580 ATTCAATTTCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCATGATTCTAATATCGTATTTCCGTTTTTTTTCCG
453 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC-TATTTTTTCCG
** * * * * *
4645 AATTAATTTCGGATT-AATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAT
517 AATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
4709 GTGGCTGAGATTTGGGTTGATGTATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGC-ACCAAAAATCATGCA
582 GTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGA-CAAAAATCATGCA
* * ** *** * *
4773 AATTTGAGCCGTTGACCCGGAACGTATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCG
646 AATCTGAACCGGGGACCCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * *
4838 GCTAAAATTTTGCAAAATCTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTCGGCCACAATACTCGTAAA
711 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAA
* **
4903 CAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTAT
776 AAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCT
* * * ** * **
4968 TTTTTCCGAATTAATTTAAGATTAAATCGAAACATGAATTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTA
841 TTTTTCCGAATTAATTT-GGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTA
* * ** * * *
5033 AATCCAATGTAACAAAGATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAA
905 AATCAAATGTAGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAA
* * * * *
5098 ACATGCAAATCTGAACCGGGGACCCG
970 TCATGCAAATTTGAGCCGTGGACCCA
* * * * *
5124 GGACGCGTTTTAAGCCAAAAGCTGTGATG----GT----GATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAAC
1 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
* *
5181 TG-ACCTGAAAAAATTTTCTTTAATTTCTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTC
66 TGAACC-GATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTC
* ** * * *
5245 CAAAACGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCATTTTTTTTTCTGGTATTAAT
130 CAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC--TATTTTTTC-CGAATTAAT
** * * * * *
5310 TTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTATAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGCCTG
192 TTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * * * *
5375 AGATTTGGGTTGATGAATATAGATGTTTCAGTGAGTCTTGGCACGAAAAATCATGCAAATTTGAG
257 AGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAG
* * * * *
5440 ACGTGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGAATTCGGCTAAAAT
322 CCGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * ** *
5505 TTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTCTACCCACAATACCCGTAAACAATATTT
387 TTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATAT
* *
5570 AATTCAATTTCAAAAAGAATGAAG-AGCTTTTCACGCTTGTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCC
452 AATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCA-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCC
* * *
5634 GAATTTATTTTAAATTAAATCAAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
516 GAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * *
5699 TGTGGCTAAGATTTTGGTAGATGAATATAAATATTTCCGTGAGTCTTGGCGAAAAAAATCATGCA
581 TGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGACAAAAATCATGCA
* * * *
5764 AATCTGAACCGGGGACCC-GAGACGCGTTTTAAGCCAAAAACTATGATGGTTCGTACATGATTTC
646 AATCTGAACCGGGGACCCGGA-ACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTC
*
5828 GGCTAAATTTTTGCAAAAACTG-ACCTGA-AAATATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGT
710 GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACC-GATAAA-ATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGT
*
5891 AAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACTCTTCTAATATCGTATTTCC
773 AAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC
* * *
5956 GCTTTTTTCCCGAATTACTTTCGGATTCAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAGAACAAATC
838 GCTTTTTT-CCGAATTAATTT-GGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATC
* * *
6021 CTTAAATCAAATGCT-GCTGAGATTTGGGTTGATAAATATAGATAATTCAGTGAGTGTTGGCACC
901 CTTAAATCAAATG-TAGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACC
*
6085 AAAAATGATGCAAATTTGAGCCGTGGACCCA
965 AAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGACCCA
*
6116 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAAC
1 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
* * ** * *
6181 CGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCTTAAGGAATATATAATTTAATTCT
66 TGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCC
**
6246 TTAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTA
131 AAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTA
* *
6311 GATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGAT
196 GATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * *
6376 TTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAGTTGAGCCGG
261 TTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGG
* *
6441 GGACCCGGAACACATTTTTAGCCAAAATCTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
326 GGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * * * *
6506 CAAAAACTGAACCGAAAAAATTGTCTTTAAGTTTTGGCCATAGTATCCGTAAACAATATATAATT
391 CAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATATAATT
*
6571 CAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATTTCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATT
456 CAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATT
* * *
6636 AATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATAGTTGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGG
521 AATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * *
6701 CTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTT
586 CTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGACAAAAATCATGCAAATCT
* * *
6766 GAGCCGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-GATAGTACACGATTTCGGCTAA
651 GAACCGGGGACCCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* *
6830 AATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACCCTTAAAAAATA
716 AATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATA
6895 TATAATTCAATTCCAAAAAG-ATAGAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTT
781 TATAATTCAATTCCAAAAAGAAT-G-AAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGC-TTT
*
6959 TTTCCGAATTAATTTGGAGTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAAT
843 TTTCCGAATTAATTTGGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAAT
*
7024 CAAATGTGGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
908 CAAATGTAGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
7089 TGCAAATTTGAGCCGTGGACCCA
973 TGCAAATTTGAGCCGTGGACCCA
*
7112 GAACGCGTTTTTAACAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
1 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
* * *
7177 TGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCCACAATACCCTTAAACAATATATAATTCAATTCC
66 TGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCC
* *
7242 AAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATAGTATTTCCTATTTTCTCCGAATTAATTTTA
131 AAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTA
**
7307 GATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAACTGAGAT
196 GATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * * * * * *
7372 TTTGGTAGATGAATATAGGTTTTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAAACATACAAATCTGAACCG
261 TTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCC-AAAAATCATGCAAATTTGAGCCG
** * * *
7437 GGGACCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
325 GGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* * * * * *
7502 GCAAAAACTAAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATACCCTTAAAAAATATATAAT
390 GCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATATAAT
* *
7567 TCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTCTCTGAAT
455 TCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAAT
*
7632 TAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTG
520 TAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* *
7697 GCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATC
585 GCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGACAAAAATCATGCAAATC
** * * * **
7762 TGAATTGGGAACCC-GAGACACGTTTTAATCCAAAAACTGTGATGATTAGTTTACGATTTCGGCT
650 TGAACCGGGGACCCGGA-ACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* ** *** * **** * * * *
7826 --AA-TAT-C--GTA-T-TTTCGTTTTTTTTTTCCGAATTAA-TTTCGG--ATTAA-A-TCG--A
714 AAAATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTT-C--TTTAATTTTTGGCCA-CAATACCCGTAA
* * * *** * * ** * *
7876 AAAATGATTTATTTGAACGTAAAAACAAATCCTTAAATCAACTGTGGCTGATATT-TGGGTTGAT
775 AAAAT-ATATAATTCAA--TTCCAA-AAA-----GAATGAA--G-GGCT--T-TTCACGCTT-CT
* ** ** **** ** ** * *
7940 GAATATAGATAATTTAGTGAGTCTTGCAATAAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGATC-CAGA
824 -AATATCG-T-A-TT--TCCG-CTT--TTTTCCGAAT--T---AATTTG-G-ATTAAATCGAAAA
* ** * ** ** * * * * * ****
8004 ACGCGTT-TTT-AACG-AAAAACTGTGATGATTAGTAT-ATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAA
873 ATGATTTATTTGCACGTAAAAAC--AAATCCTTA-AATCA-AATGT-AGCTGAGATTTTG-GTTG
*** * * * * * * * * * * *
8065 ACTGAACCGAAAAAATTTTATTTAATTTCTTGG--CC-ATAATACCTGTAAACAATATATAATTC
932 A-TGAATATAGATAA-TTCA-GTGA-GTCTTGGCACCAAAAAT-CATG----CAA-ATTTGA-GC
** ** ***
8127 AATTCCAAAAA
986 -CGTGGACCCA
* * * **** * * *** *
8138 GAATGAAGAACTTTTCACGCTTCTAA-TAGCG-T-ATT--T-C-CTATTTTTTCCGAATTAATTT
1 GAACG-CG---TTTTTA-GCAAAAAACT-GTGATGATTAGTACACGA-TTTCGGCTAA--AATTT
* * * ** * * *
8196 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATAGTTGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGA-
57 T-G---CAA---AAAC-TGA-ACCG--A----T-AAAAT-TTTCTTT-AAT---TTTTGGC-CAC
* ** * ** * * * * ** *
8260 GATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGC-CAAA-AATCATGCAAATTTGA
100 AATACCCGTA-AAAAATAT--ATAATTCA---A---TT--C-CAAAAAGAATGAAGCACTTTTCA
**** * * *** * ** * * * ** * * *
8323 -GC--CGGGGACCCGGAACACGT-TTTTAGCCGAA--AACTGT-GATGATTTAG-TACACGATTT
153 CGCTTCTAATA-TCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTT
* * * * * * * * * ** **
8380 CAGCTAAAAATTTGCAAAAACTGAA-CCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCT-ACAATACCCT
217 -AG----ATACTTGTAAAAAC-AAATCC--TTAAA---TC--CAA--TGTGGCTGA-GATTTCGG
** * * * ** * *
8443 TA-AACAATATATAATTCAATTCCAAAGAGAATGAAGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTATTT
266 TAGATGAATATA-GA-T--ATTTC----AG--TG-A--G-TCTT--GGCGCCAAAAATC--A--T
*** ** * ** * * * *
8507 CCGCTTTTTTTTCGAATTAATTTCGGAGTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAA
311 --GC--AAATTT-G-----A-GCCGG-G-GACCCGGAACACG-TTT-TTAGC-C--AAAAAC---
* * * * * * * * * * * * * *
8572 TCCTTAAATCAAATGTGGCT-GA-GATTTTGGTTGATGAATATAG-ATAATTCAGTGAGTCTTGG
355 T--GT-GAT--GAT-TAG-TACACGATTTCGGCT-A-AAATTTTGCA-AA--AACTGA-AC--CG
* * **** * * *
8634 CACCAAAAATTATGCAAATTTGAGCCGTGGACC-CAGA-ACGCGTTTTTAACAA-A-AAAACTGT
405 -A--AAAAATT-TTC---TTTAATTTTTGG-CCACA-ATACCCG---TAAACAATATATAA-T-T
* *** * * * *** * **** * * *
8695 GATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA-AAAACTGA-ACCGATAAAATTTTCTTTAA
456 CA--ATTCCAAAAAGAATGAAGC---ACTTTT-CACGCTTCTAATATCG-T---A-TTTC-CT-A
* * * * * * * * *
8758 TTTTTTGCCACAATACCCTTAAACAATATATA-ATTCAATTCCAAA-AAGAATGA-AGCACTTTT
508 TTTTTT--C-CGA-A---TT----AAT-TTTAGATT-AAATCGAAACATGATTCAGA-TACTTGT
**** * ** * ** ** * *
8820 CACGCTTCTAATAT-CGTATTTCCTAT-TTTCTCCGA-ATTAAT-TTTAGATTAA-ATCGAAACA
559 -A-AAAAC-AA-ATCCTTAAATCCAATGTGGCT--GAGATT--TCGGTAGATGAATAT--AAATA
** * * * *
8880 TGATTCA--GA-TACTT-GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCTGTAGATG
614 T--TTCAGTGAGT-CTTGGCGACAA-AAAT-C----ATGCAA-AT--CTGA-A---CCG--G--G
* **** *** ** *** **
8941 AATATAGATATTTCTGGGA-GTCTTGGCGCCAAAAAGCATGCAAAT--TTGAGCT-GGGGA-CCC
659 GACCCGGA-A---C----ACGT-TTTAAGCCAAAAA-C-TG-TGATGGTT-AG-TACACGATTTC
* *** * *
9001 GG--AACACGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTTGTACACGATTTCGGAAAAAAAT-TTGAAA
710 GGCTAA-A--ATTTT-G-CAAAAAC-----TGA-----AC-CGA--T---AAAATTTTCTTTAAT
*** * ** * *
9063 AACTGAACCGAAAAAACTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATACCCGTAAACAATATATAATTCAAT
754 TTTTG-GCCACAAT-A----C---------------------CCGTAAAAAATATATAATTCAAT
* * **
9128 TCC-AAAAGAATGAAGGCCTTTCCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATT
792 TCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTCCGAATTAATT
* * ** * ** * * *
9192 TAAGATTAAATCGAAACATGATTTGGTTACTTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
857 T-GGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTAGCTGA
* * * *
9257 GATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGC
921 GATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAATTTGAGC
*
9322 CGAGGACCC-
986 CGTGGACCCA
* * * *
9331 GAAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
1 G-AACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
* * *
9396 CTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATACCCGTAAACAATATATAATTCAATTC
65 CTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTC
** *
9461 CAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTA
130 CAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTT
**
9526 AGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAACTGAGA
195 AGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * * * * *
9591 TTTTGGTAGATCAATATAGGA-ATTTCAGTGAGTCTTGGTGCCAAAAAACATGCAAATCTGAACC
260 TTTCGGTAGATGAATATA-GATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCC
* * * *
9655 AGGGACCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTT
324 GGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
* * *
9720 TTCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAGCAATATATAA
389 TGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATATAA
*
9785 TTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAA-ATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAA
454 TTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAA
* * * * *
9849 TTAATTTTAGATTAAATTGACACATAATTCAGATACTTTTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATGT
519 TTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
*
9914 GGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGC-ACCAAAAATCATGCAAA
584 GGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGA-CAAAAATCATGCAAA
* * * * *
9978 TCTGAACCAGGGACCTGAAACACGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGG-T-GTACATGATTTCGGC
648 TCTGAACCGGGGACCCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
* * *
10041 TAAATTTTTGCAAAAAACTGACCCGA-AAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCTGTAAAA
713 TAAAATTTTGC-AAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAA
* * * **
10105 AATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTACTATCGTATTTACTATT
777 AATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTT
* * * * * * ** *
10170 TTTTCTGAATTAATTTTAGATTAATTTGAAACATGATTCAGATG-ATCGTAAAAGCAAATCCTTA
842 TTTTCCGAATTAA-TTTGGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCA-CGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * * *
10234 AATCCAATGT-GACTGAGA-TTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAA
905 AATCAAATGTAG-CTGAGATTTTGGTT-GATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAA
* ** ** * *
10297 AATCATGTAAAACTGAATCGGGGATCCA
968 AATCATGCAAATTTGAGCCGTGGACCCA
* * * *
10325 GAACGTGTTTATAGCAAAAAAAAACTGTGATTG-TTAGTACACGATTTTGGCTAAATTTTTGCAA
1 GAACGCGTTTTTAGC---AAAAAACTGTGA-TGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* * *
10389 AAACT-AACCAGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCCACAATACCCGTAATAAATATATAATTCA
62 AAACTGAACC-GATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCA
* ** *
10453 ATTCCAAAAAAAATGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTATTTCGC--TTTTTTCCGAATTA
126 ATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTC-CTATTTTTTCCGAATTA
** * * *
10516 ATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGC
190 ATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * * *
10581 TGAGATTTGGGTTGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATTATGCAAATTTG
255 TGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTG
** * * *
10646 AGCCGTTGACCCGGAACGCATTTTGAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
320 AGCCGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * * **
10711 ATTTTACAAAACCTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTCGGCCACAATATTCGTAAACAATAT
385 ATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATAT
*
10776 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTT-CTATTTTTTC
450 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTC
* ** *
10840 CTAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTTGGTACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
515 CGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* *
10905 ATGTGGCTGAGATCTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
580 ATGTGGCTGAGAT-TTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGACAAAAATCATG
* * * *
10969 AAAATCTGAACCGGGGACCC-GAGACGCGTTTTAAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACATGATT
644 CAAATCTGAACCGGGGACCCGGA-ACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * *
11033 TCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCTTTAATTTCTGGCCACAATACCCGT
708 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGT
* * * * *
11098 AAAAAATATATAATTGAATTCCAAAAAGAATGAAGTGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTATTTAC
773 AAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCC
** * * * * *
11163 TATTTTTTCTGAACTAATTTTAGATTAATTCGAAACATGATTCAGATAAAGCCAAAGAGAATGAA
838 GCTTTTTTCCGAATTAA-TTTGGATTAAATCGAAAAATGATT----T-------------AT---
* * *
11228 TTGACTAACGTCAGCCAACTTTCGTAAAAGCAAATCTTTAAATCCAATGT-GACTGAGA-TTTAG
882 TTG-C--ACGT------A-------AAAA-CAAATCCTTAAATCAAATGTAG-CTGAGATTTTGG
* * * * * * * * ** *
11291 TTAGATGTATATAAAT-ATTTATGTGAGTCTTGTC-GCAAAAATCCATG-TAGTACTGAATCGGG
929 TT-GATGAATATAGATAATTCA-GTGAGTCTTGGCACCAAAAAT-CATGCAAAT-TTGAGCCGTG
*
11353 GATCCA
990 GACCCA
* * * *
11359 GAACGTGATTTTAGCAAAAAAAAAAAAACTATGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTG
1 GAACGCGTTTTTAGC-------AAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * * *
11424 CAAAAACTGAACCG-TCAAAATTTTCTTTAATTTTTGTCAACAATACCCGTAAACATTATATAAT
59 CAAAAACTGAACCGAT-AAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAAT
* ** *
11488 TCAATTCCAAAAATAAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTTCTTTT
123 TCAATTCCAAAAA-GAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTT-C-C---TAT-TTTT
* *
11553 TCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGATAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAAC
181 TCCG----AA--TTA-ATT---T---TAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAAC
* *
11618 -AATCCATAAATCCAA------T----TTT-GGTAAATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGG
233 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGG
* * * * * * **
11671 CGCCAAAAAACAGGCAAATCTGAACCGAGGACCC-GAGACGCGTTTGAAGCCAAAAACTGTGATG
298 CGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGGGGACCCGGA-ACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG
* ** * * *
11735 GTTAGTACATTTATTTTGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGATCCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTT
362 ATTAGTACA-CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTT
* * * *
11800 GGCCACAATACCTGTAAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGATGCGCTTTTCACGCTT
426 GGCCACAATACCCGT-AAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTT
* * * * *
11865 CTAAAATCGTATTTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTTAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGA
490 CTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGAT-A
* * * * *
11930 -TCGTAAAAGCAAATCCTTTAATCCAATGTGGCTAAGATTT-GGTTAGATGTATATAAATATTTC
554 CTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGG-TAGATGAATATAAATATTTC
* ** * *** * * * * *
11993 TA-TGAGT-TATGTCG-CAAAAAATCATATAAAACTGAATATGGGATCCAGAACGCATTTTTAGC
618 -AGTGAGTCT-TGGCGAC-AAAAATCATGCAAATCTGAACCGGGGACCCGGAACACGTTTTAAGC
* * * * *
12055 AAAAAAAAAAAAACTGTGAT-ATATAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTTCAAAAACTGACCCG
680 -------CAAAAACTGTGATGGT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCG
*
12119 AAAAAATTTTCTTTAA-TTTTGCGCCACAATACCCGTAAAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAA
737 ATAAAATTTTCTTTAATTTTTG-GCCACAATACCCGT--AAAAAATATATAATTCAATTCCAAAA
* *
12183 AGAATGAAGGGCTTTTTACG-TATCTAATATCGTATTTCCGTTTTTTTTCCGAATTAATTTCGGA
799 AGAATGAAGGGCTTTTCACGCT-TCTAATATCGTATTTCCG-CTTTTTTCCGAATTAATTT-GGA
* ** * * *
12247 TTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTT
861 TTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTAGCTGAGATTT
* * * * * *
12312 GGGTAGATGAATATAGA-AATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTTAGCTGGG
926 TGGTTGATGAATATAGATAA-TTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTG
* *
12376 GAGCCG
990 GACCCA
* * **
12382 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TCTG-TGA-T-GTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAC
1 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
* * * * * *
12443 TAAACCGAAAAAAATTGCTTTAATTTTTGTCCACAATACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCC
66 TGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCC
* * ** * * * *
12508 AAAATGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTGTTATTTTCATCTGAACTAGTTTC
131 AAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTT-TTCCGAATTAATTT-
* * * ** *
12573 T-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCGCGT-AAAACAAAATCCTTAAATCCAATGAGG-TGG
194 TAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAAC-AAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-G
* * * ** ***
12635 AGAATT-GGTTAGATGTATATAGATA-TTCTGTGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAACGGA
257 AGATTTCGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGA
* * * *** *
12698 GTCGAGAACCCGGAATGTGTTTTTAGCCAAAAAACTGT-A--A-T-GCTACACGATTTCAGCTAA
321 GCCGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGATTAG-TACACGATTTCGGCTAA
* * * *
12758 ATTTTTGCGAAAACTGACCCGAAAAAGA-TTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAT
384 AATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAA-ATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAAT
*
12822 ATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTT
448 ATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTT
* * *
12887 T-CTAATTTAATTTTAGATTAAATTGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
513 TCCGAA-TTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * *
12951 CCAATGTGGCTGAGATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
577 CCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGACAAAAATCA
* * * *
13016 TGCATATCT-AAGCCGGGGACCC-AAGACGCGTTTTTAA-CCAAAAACTGTGATAGTTAGTACAC
642 TGCAAATCTGAA-CCGGGGACCCGGA-ACACG-TTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACAC
* * * *
13078 GATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTTAACCGA-AAACAATTTCTTTAATTTTTTGCCACAATA
704 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAA-ATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATA
*
13142 CCCGT-AAAAA-ATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTA
768 CCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
** * * * * * **
13205 TTT-C-CTATTTTTCTAAATTAATTTTAGATTAATTCGAAACATTATTCAGATG-ATCGTAAAAA
833 TTTCCGCT-TTTTTCCGAATTAA-TTTGGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCA-CGTAAAAA
* * * * * *
13267 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGGCTAGATGAATATAAATATTTCTGTGAGTCTT
895 CAAATCCTTAAATCAAATGTAGCTGAGATTTTGG-TTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTT
* * * * *
13331 GTCGCAAAAAATCATGCAAAACTT-A-CTCGGGGACCCA
959 GGCACCAAAAATCATGC-AAATTTGAGC-CGTGGACCCA
* *
13368 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAA
1 GAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
* * *
13433 CT-ACCCG---AAATTTTTTTTAAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAAATATATAATTCAAT
65 CTGAACCGATAAAATTTTCTTT-AATTTTTGGCCACAATACCCGT-AAAAAATATATAATTCAAT
* * * * * * *
13494 GCCAAAAAGAATGAAGGGA-TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTGCTATTTTTTTCCAAAATAA
128 TCCAAAAAGAATGAA-GCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAA
* * * * *
13558 TTTCT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCTAGT-AAAACAAAATCCTTAAATCTAATGTGG
191 TTT-TAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAAC-AAATCCTTAAATCCAATGTGG
** * * *
13621 CTGAGATTT-GGTTAGATGAATATAGATATTTTTGTGTGTCTTGTCGCCAATAATCATGCAAA
254 CTGAGATTTCGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
13683 ACTGAGTCGG
Statistics
Matches: 6742, Mismatches: 1232, Indels: 1176
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
985 6 0.00
986 135 0.02
987 141 0.02
988 86 0.01
989 163 0.02
990 188 0.03
991 489 0.07
992 263 0.04
993 207 0.03
994 22 0.00
995 475 0.07
996 685 0.10
997 1016 0.15
998 44 0.01
999 192 0.03
1000 192 0.03
1001 12 0.00
1002 8 0.00
1003 1 0.00
1004 55 0.01
1005 30 0.00
1006 5 0.00
1007 4 0.00
1008 1 0.00
1009 4 0.00
1011 35 0.01
1012 97 0.01
1013 5 0.00
1014 19 0.00
1015 15 0.00
1016 20 0.00
1017 4 0.00
1018 21 0.00
1019 14 0.00
1020 5 0.00
1021 7 0.00
1023 76 0.01
1024 28 0.00
1025 4 0.00
1026 15 0.00
1027 2 0.00
1028 6 0.00
1029 4 0.00
1030 10 0.00
1031 6 0.00
1032 2 0.00
1033 12 0.00
1034 93 0.01
1035 12 0.00
1036 11 0.00
1037 12 0.00
1038 108 0.02
1039 44 0.01
1040 16 0.00
1041 2 0.00
1043 2 0.00
1044 6 0.00
1045 6 0.00
1046 13 0.00
1047 90 0.01
1048 65 0.01
1049 75 0.01
1050 145 0.02
1051 4 0.00
1052 20 0.00
1053 11 0.00
1054 4 0.00
1055 2 0.00
1056 22 0.00
1057 97 0.01
1058 21 0.00
1059 115 0.02
1060 36 0.01
1061 1 0.00
1062 6 0.00
1063 1 0.00
1064 17 0.00
1065 23 0.00
1066 23 0.00
1067 5 0.00
1068 9 0.00
1069 19 0.00
1070 1 0.00
1073 4 0.00
1075 2 0.00
1076 2 0.00
1077 2 0.00
1078 2 0.00
1079 3 0.00
1080 11 0.00
1081 5 0.00
1082 5 0.00
1083 1 0.00
1084 1 0.00
1086 4 0.00
1087 10 0.00
1088 2 0.00
1089 1 0.00
1090 10 0.00
1092 7 0.00
1093 2 0.00
1094 7 0.00
1095 16 0.00
1096 1 0.00
1097 6 0.00
1098 5 0.00
1099 10 0.00
1101 1 0.00
1102 7 0.00
1104 1 0.00
1105 5 0.00
1107 8 0.00
1108 7 0.00
1109 10 0.00
1110 11 0.00
1111 7 0.00
1112 9 0.00
1114 4 0.00
1115 1 0.00
1117 7 0.00
1118 1 0.00
1119 1 0.00
1120 10 0.00
1121 5 0.00
1122 5 0.00
1123 1 0.00
1124 12 0.00
1125 7 0.00
1126 2 0.00
1127 7 0.00
1129 10 0.00
1130 1 0.00
1131 5 0.00
1132 9 0.00
1133 4 0.00
1135 2 0.00
1136 4 0.00
1137 2 0.00
1138 6 0.00
1139 7 0.00
1140 1 0.00
1141 4 0.00
1142 2 0.00
1144 1 0.00
1145 4 0.00
1147 2 0.00
1148 1 0.00
1149 16 0.00
1150 11 0.00
1151 7 0.00
1152 15 0.00
1153 15 0.00
1154 22 0.00
1155 11 0.00
1156 6 0.00
1158 2 0.00
1159 6 0.00
1160 5 0.00
1161 13 0.00
1162 10 0.00
1163 19 0.00
1164 11 0.00
1165 1 0.00
1166 5 0.00
1167 8 0.00
1168 16 0.00
1170 10 0.00
1171 14 0.00
1174 4 0.00
1175 5 0.00
1176 5 0.00
1177 2 0.00
1178 10 0.00
1179 6 0.00
1180 7 0.00
1181 4 0.00
1183 4 0.00
1184 3 0.00
1185 4 0.00
1186 1 0.00
1188 3 0.00
1189 6 0.00
1190 7 0.00
1191 4 0.00
1192 6 0.00
1193 2 0.00
1194 10 0.00
1195 3 0.00
1196 4 0.00
1197 3 0.00
1199 6 0.00
1200 2 0.00
1201 10 0.00
1202 14 0.00
1203 4 0.00
1204 13 0.00
1205 18 0.00
1206 8 0.00
1207 2 0.00
1208 6 0.00
1210 4 0.00
1212 2 0.00
1213 1 0.00
1215 2 0.00
1216 1 0.00
1217 1 0.00
1218 6 0.00
1219 2 0.00
1220 4 0.00
1222 3 0.00
1223 1 0.00
1225 5 0.00
1230 3 0.00
1231 1 0.00
1232 1 0.00
1233 2 0.00
1234 8 0.00
1235 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (995 bp):
GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC
TGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCC
AAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTA
GATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
TTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGG
GGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
CAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAACAATATATAATT
CAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATT
AATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
CTGAGATTTCGGTAGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCGACAAAAATCATGCAAATCT
GAACCGGGGACCCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
AATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAATA
TATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCGCTTTTTT
CCGAATTAATTTGGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCAA
ATGTAGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC
AAATTTGAGCCGTGGACCCA
Found at i:8358 original size:558 final size:558
Alignment explanation
Indices: 7287--8386 Score: 1595
Period size: 558 Copynumber: 2.0 Consensus size: 558
7277 GTATTTCCTA
* *
7287 TTTTCTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTCTCCGAATTAATTTCAGATTAAATCGAAAAATGATTTAGATAC-TGTAAAAACAAATCCTT
* * * **
7352 AAATCCAATGTAACTGAGATTTTGGTAGATGAATATAGGTTTTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
65 AAATCCAATGTAACTGAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCAACAAAA
*
7417 AAACATACAAATCTGAACCGGGGACCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAATTAGTAC
130 AAACATACAAATCTGAACCGGGGACCCAAAACGCGTTTTTAACAAAAAACTGTGATAATTAGTAC
* * * *
7482 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTAAACCGATAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCACAAT
195 ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTAAACCGAAAAAATTTTACTTAATTTTTGGCCACAAT
* *
7547 ACCCTTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCGT
260 ACCCTTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGAACTTTTCACGCTTCTAATAGCGT
*
7612 ATTTCCTATTTTCTCTGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAAG
325 ATTTCCTATTTTCTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAAG
7677 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGG
390 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGG
** *
7742 CGCCAAAAATCATGCAAATCTGAATTGGGAACCCGAGACACGTTTTAATCCAAAAACTGTGATGA
455 CGCCAAAAATCATGCAAATCTGAACCGGGAACCCGAGACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGA
** *
7807 -TTAGTTTACGATTTCGGCTAATATCGTATTTTCGTTTT
520 TTTAGTACACGATTTCAGCTAATATCGTATTTTCGTTTT
* *
7845 TTTTTTCCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGA-AC-GTAAAAACAAATCC
1 TTTTCTCCGAATTAATTTCAGATTAAATCGAAAAATGATTTA---GATACTGTAAAAACAAATCC
** * * *
7908 TTAAAT-CAACTGTGGCTGATATTTGGGTTGATGAATATAGATAATTT-AGTGAGTCTT-GCAAT
63 TTAAATCCAA-TGTAACTGAGATTTGGGTAGATGAATATAGAT-ATTTCAGTGAGTCTTGGCAAC
* * * * * * * * *
7970 AAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGATCCAGAACGCGTTTTTAACGAAAAACTGTGATGATTA
126 AAAAAAACATACAAATCTGAACCGGGGACCCAAAACGCGTTTTTAACAAAAAACTGTGATAATTA
* * * *
8035 GTATATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTATTTAATTTCTTGGCC
191 GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTAAACCGAAAAAATTTTACTTAATTT-TTGGCC
* *
8100 ATAATA-CCTGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGAACTTTTCACGCTTCTAA
255 ACAATACCCT-TAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGAACTTTTCACGCTTCTAA
* *
8164 TAGCGTATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATAGTTGT
319 TAGCGTATTTCCTATTTTCTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGT
* *
8229 AAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
384 AAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAG
* * * * *
8294 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGGGGACCCG-GAACACGTTTTTAGCCGAAAACT
449 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAACCGGGAACCCGAG-ACACGTTTTAAGCCAAAAACT
8358 GTGATGATTTAGTACACGATTTCAGCTAA
513 GTGATGATTTAGTACACGATTTCAGCTAA
8387 AAATTTGCAA
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 52, Indels: 17
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
557 115 0.24
558 341 0.71
559 21 0.04
560 2 0.00
561 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (558 bp):
TTTTCTCCGAATTAATTTCAGATTAAATCGAAAAATGATTTAGATACTGTAAAAACAAATCCTTA
AATCCAATGTAACTGAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCAACAAAAA
AACATACAAATCTGAACCGGGGACCCAAAACGCGTTTTTAACAAAAAACTGTGATAATTAGTACA
CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTAAACCGAAAAAATTTTACTTAATTTTTGGCCACAATA
CCCTTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGAACTTTTCACGCTTCTAATAGCGTA
TTTCCTATTTTCTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAAGA
AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGC
GCCAAAAATCATGCAAATCTGAACCGGGAACCCGAGACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGAT
TTAGTACACGATTTCAGCTAATATCGTATTTTCGTTTT
Found at i:9592 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 7845--13688 Score: 5615
Period size: 331 Copynumber: 17.4 Consensus size: 331
7835 TTTTCGTTTT
** * * ** *
7845 TTTTTTCCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAAAATGATTTATTTGA-ACGTAAAAACAAATCCT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGAT-ACTCGTAAAAACAAATCCT
* * ***
7909 TAAAT-CAACTGTGGCTGATATTTGGGTTGATGAATATAGATAATTT-AGTGAGTCTT-GCAATA
65 TAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGAT-ATTTCAGTGAGTCTTGGC-GCC
* * * * *
7971 AAAAATCATGCAAATTTGAGCCGTGGATCC-AGAACGCGTTTTTAACGAAAAACTGTGATGATTA
126 AAAAATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTA
* * * *
8035 GTATATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTATTTAATTTCTTGGCC
190 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTT-TTGGCC
* * **
8100 ATAATACCTGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGAACTTTTCACGCTTCTAAT
254 ACAATACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAAT
*
8165 AGCGTATTTCCTA
319 ATCGTATTTCCTA
* * * *
8178 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATAGTTGTAAAAATAAATCTTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
8243 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * *
8308 ATCATGCAAATTTGAGCCGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCGAAAACTGTGATGATTTAGTAC
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGA-TTAGTAC
* * * * *
8373 ACGATTTCAGCTAAAAATTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCTACAAT
194 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAAT
* * * * *
8438 ACCCTTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAGAGAATGAAGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGT
259 ACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
8503 ATTTCCGCT-
324 ATTT-C-CTA
* ** * * * ** * *
8512 TTTTTTTCGAATTAATTTCGGAGTAAATCGAAAAATGATTTATTTGCACGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * *
8577 AAATCAAATGTGGCTGAGATTTTGGTTGATGAATATAGATAATTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * * *
8642 ATTATGCAAATTTGAGCCGTGGACCC-AGAACGCGTTTTTAACAAAAAAACTGTGATGATTAGTA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGA-AACGCGTTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGATTAGTA
* *
8706 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTTGCCACAA
193 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAA
* *
8771 TACCCTTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCACTTTTCACGCTTCTAATATCG
258 TACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
8836 TATTTCCTA
323 TATTTCCTA
* *
8845 TTTTCTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
* * *
8910 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTCTGTAGATGAATATAGATATTTCTGGGAGTCTTGGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * * * * *
8975 AGCATGCAAATTTGAGCTGGGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTTGTACA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
** * * *
9040 CGATTTCGGAAAAAAATTTG-AAAAACTGAACCGAAAAAACTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATA
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATA
*
9104 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCC-AAAAGAATGAAG-GCCTTTCCACGCTTCTAATATCGT
260 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCG-CTTTTCACGCTTCTAATATCGT
9167 ATTTCCTA
324 ATTTCCTA
* ** * * *
9175 TTTTTTCCGAATTAATTTAAGATTAAATCGAAACATGATTTGGTTACTTGTAAAAGCAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
9240 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * * *
9305 ATCATGCAAATTTGAGCCGAGGACCCGAAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTAAA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
*
9370 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCATAATA
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATA
*
9435 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
260 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
9500 TTTCCTA
325 TTTCCTA
* * *
9507 TTTTTTCCGAATTAATTTAAGATTAAATCGAAACATGATTTAGATACTTGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
** * *
9572 AAATCCAATGTAACTGAGATTTTGGTAGATCAATATAGGA-ATTTCAGTGAGTCTTGGTGCCAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTAGATGAATATA-GATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAA
* * * * *
9636 AAACATGCAAATCTGAACCAGGGACCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTAC
129 AATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTAC
* * *
9701 ATGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAACTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAAT
194 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAAT
*
9766 ACCCGTAAGCAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAA-ATCGT
259 ACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
9830 ATTTCCTA
324 ATTTCCTA
* * * ** *
9838 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATTGACACATAATTCAGATACTTTTAAAACCAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
*
9903 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * * * * *
9968 ATCATGCAAATCTGAACCAGGGACCTGAAACACGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATG-GT-GTACA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
* * *
10031 TGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAAACTGACCCG-AAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAAT
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAAT
* * *
10095 ACCTGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTACTATCGT
259 ACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
*
10160 ATTTACTA
324 ATTTCCTA
* * * *
10168 TTTTTTCTGAATTAATTTTAGATTAATTTGAAACATGATTCAGATGA-TCGTAAAAGCAAATCCT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGAT-ACTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * * *
10232 TAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAA
* * ** * * * *
10297 AATCATGTAAAACTGAATCGGGGATCC-AGAACGTGTTTATAGCAAAAAAAAACTGTGATTG-TT
129 AATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGA-AACGCGTTTTTAGC---CAAAAACTGTGA-TGATT
* * *
10360 AGTACACGATTTTGGCTAAATTTTTGCAAAAACT-AACCAGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTTGC
189 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACC-GAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGC
* * *
10424 CACAATACCCGTAATA-AATATATAATTCAATTCCAAAAAAAATGAAGGGCTTTTAACGCTTCTA
253 CACAATACCCGTAA-ACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTA
10488 ATATCGTATTTCGC--
317 ATATCGTATTTC-CTA
** * *
10502 TTTTTTCCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * *
10567 AAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGGTTGATGAATATAAATATTTCAGTGAGTCTTGGCACCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * ** * * *
10632 ATTATGCAAATTTGAGCCGTTGACCCGGAACGCATTTTGAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
* * * *
10697 CGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACCTGAACCGATAAAATTTTCTTTAATTTTCGGCCACAATA
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATA
**
10762 TTCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
260 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
10827 TTT-CTA
325 TTTCCTA
* ** * *
10833 TTTTTTCCTAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTTTGGTACTTGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
10898 AAATCCAATGTGGCTGAGATCTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGAT-TTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * * * *
10963 ATCATGAAAATCTGAACCGGGGACCCGAGACGCGTTTTAAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
* * * *
11028 TGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCTTTAATTTCTGGCCACAATA
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATA
* * * * *
11093 CCCGTAAAAAATATATAATTGAATTCCAAAAAGAATGAAGTGCTTTTCATGCTTCTAATATTGTA
260 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
*
11158 TTTACTA
325 TTTCCTA
* * * ** * * * **
11165 TTTTTTCTGAACTAATTTTAGATTAATTCGAAACATGATTCAGATA-AAGCCAAAGA-GAATGAA
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCG-TAAAAACAAAT-CC
* * * * * * * * * * * * *
11228 TT-GA-CTAACGTCAGC-CA-ACTTTCGTAAAAGCAAATCTTTAAATCCAATGTGACTGAGAT-T
64 TTAAATCCAATGT-GGCTGAGA-TTTGGTAGATG--AA--TATAGAT---ATTTCAGTGAG-TCT
* * ** * * ** * * * ** ** * * **
11288 TAGTTAGATG-TATATAAAT-AT--TTATGTGAGTC-TTGTCGCAAAAATC-CATGTAGTACTGA
119 T-G---G-CGCCA-A-AAATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAG-CCAAA
* * * * ** ** **** ** * **
11347 ATC-G-G-GGATCCAGAACGTGATTTTAGC-AAAA--AAAAAAAAACTATGATGATTAGTACACG
176 AACTGTGATGAT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAC--TGA--A-CCG-AAAAA
* * * * * * * * * * *
11406 A-TTTCGGCTAAATTTTT-GCAAAAACTGAACCGTCAAA-ATTTTCTTTAATT--TTTGTCAACA
234 ATTTTC--TTTAATTTTTGGCCACAA-T-ACCCGT-AAACA--ATATATAATTCAATT-CCAAAA
* ** * * * ** * * **
11466 ATACCCGTAAAC-ATTATATAATTCAATTCCAAAAATAAAT-GAAGGGCTTTTCACGC
291 AGA-ATG-AAGCGCTT-T-TCA--CGCTT-C--TAAT--ATCGTA-----TTTC-CTA
* * ** *** **
11522 TTCTAATAT-CGTATTTCCGCTTTTTTCTT-TTTCCGAATTA-ATTTTAGATTAAATCGATAGAT
1 TT-T--TTTCCG-AATT--AATTTTAGATTAAAT-CGAA--ACA---T-GA-T---TC---AGA-
* * * ** * *** * *
11584 TAAATCG-AAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAACAATCCATAAATCCA-ATTTTGGTAAATGAA
45 T-ACTCGTAAA-A--A--CAAAT-CCT-TAAATCCAAT--GTGGCT-GAGA-TTTGGTAGATGAA
* * * * *
11647 TATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAACAGGCAAATCTGAACCGAGGACCCGAGACGC
98 TATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGC
** * ** * * *
11712 GTTTGAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATTTATTTTGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGATC
163 GTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA-CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAAC
* *
11777 CGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCTGTAAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAA
227 CGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGT-AAACAATATATAATTCAATTCCAAAA
* * *
11842 AGAATGATGCGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTATTTCCAA
291 AGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTA
* * * *
11883 TTTTTTCTGAATTAATTTTAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGA-TCGTAAAAGCAAATCCT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGAT-ACTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * * *
11947 TTAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTA-TGAGT-TATGTCGCAA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TAGATGAATATAGATATTTC-AGTGAGTCT-TGGCGCCA
** * **** * * *
12010 AAAATCATATAAAACTGAATATGGGATCC-AGAACGCATTTTTAGCAAAAAAAAAAAAACTGTGA
127 AAAATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGA-AACGCGTTTTTAGC-------CAAAAACTGTGA
* * *
12074 T-ATATAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTTCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCTTTAA-TT
184 TGAT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTT
* * *
12137 TTGCGCCACAATACCCGTAAAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTTAC
248 TTG-GCCACAATACCCGT--AAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCAC
*
12202 G-TATCTAATATCGTATTTCCGTT
310 GCT-TCTAATATCGTATTTCC-TA
** * * *
12225 TTTTTTCCGAATTAATTTCGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
* *
12290 AAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGGTAGATGAATATAGAAATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
66 AAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * * * *
12355 ATCATGCAAATTTTAGCTGGGGAGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TCTG-TGA-T-GTACA
130 ATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACA
** * * * *
12416 CGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAACTAAACCGAAAAAAATTGCTTTAATTTTTGTCCACAATA
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATA
*
12481 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAATGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
260 CCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTA
**
12546 TTTGTTA
325 TTTCCTA
* * * * * * *
12553 TTTTCATCTGAACTAGTTTCT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCGCGT-AAAACAAAATC
1 TTTT-TTCCGAATTAATTT-TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAAC-AAATC
* * * * **
12616 CTTAAATCCAATGAGG-TGGAGAATTGGTTAGATGTATATAGATA-TTCTGTGAGTCTTATCGCC
63 CTTAAATCCAATGTGGCT-GAGATTTGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCC
* * * * * * * *
12679 AAAAATCATGCAAAACGGAGTCGAGAACCCGGAATGTGTTTTTAGCCAAAAAACTGT-A--A-T-
126 AAAAATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGATTA
* * * *
12739 GCTACACGATTTCAGCTAAATTTTTGCGAAAACTGACCCGAAAAAGA-TTTCTTTAATTTTTGGC
190 G-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAA-ATTTTCTTTAATTTTTGGC
*
12803 CACAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAA
253 CACAATACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAA
12868 TATCGTATTTCCTA
318 TATCGTATTTCCTA
* *
12882 TTTTTT-CTAATTTAATTTTAGATTAAATTGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCT
1 TTTTTTCCGAA-TTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCT
12946 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAA
* * *
13011 AATCATGCATATCTAAGCCGGGGACCC-AAGACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGAT-AGTTAGT
129 AATCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGA-TTAGT
* * *
13074 ACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTTAACCGAAAACAA-TTTCTTTAATTTTTTGCCAC
192 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAA-AATTTTCTTTAATTTTTGGCCAC
* *
13138 AATACCCGTAAA-AA-ATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCGCGCTTCTAATAT
256 AATACCCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATAT
13201 CGTATTTCCTA
321 CGTATTTCCTA
** * *
13212 -TTTTTCTAAATTAATTTTAGATTAATTCGAAACATTATTCAGATGA-TCGTAAAAACAAATCCT
1 TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGAT-ACTCGTAAAAACAAATCCT
* * * *
13275 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAA
65 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAA
* * * *
13340 AATCATGCAAAACTTA-CTCGGGGACCC-AGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAG
129 AATCATGCAAATCTGAGC-CGGGGACCCGA-AACGCGTTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGATTAG
* * *
13403 TACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACT-ACCCG---AAATTTTTTTTAAATTTTTGGCCA
191 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTT-AATTTTTGGCCA
* * * * *
13464 CAATACTCGTAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAGGGATTTTCACGCTTCTAAT
255 CAATACCCGT-AAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
13529 ATCATTTTTGCTA
319 ATCGTATTTCCTA
* * * * *
13542 TTTTTTTCCAAAATAATTTCT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCTAGT-AAAACAAAATC
1 -TTTTTTCCGAATTAATTT-TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAAC-AAATC
* ** * *
13605 CTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTTGTGTGTCTTGTCGCCA
63 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCA
* *
13670 ATAATCATGCAAAACTGAG
127 AAAATCATGCAAATCTGAG
13689 TCGGTAACCC
Statistics
Matches: 4573, Mismatches: 713, Indels: 450
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 7 0.00
327 23 0.01
328 159 0.03
329 599 0.13
330 586 0.13
331 808 0.18
332 627 0.14
333 402 0.09
334 551 0.12
335 148 0.03
336 32 0.01
337 7 0.00
338 19 0.00
339 19 0.00
340 70 0.02
341 92 0.02
342 151 0.03
343 18 0.00
344 6 0.00
345 2 0.00
347 4 0.00
348 1 0.00
350 4 0.00
351 3 0.00
352 3 0.00
354 1 0.00
355 1 0.00
356 13 0.00
357 5 0.00
358 6 0.00
359 2 0.00
360 5 0.00
361 5 0.00
362 14 0.00
363 1 0.00
364 1 0.00
366 3 0.00
367 4 0.00
368 3 0.00
370 1 0.00
371 5 0.00
373 2 0.00
374 9 0.00
375 17 0.00
376 16 0.00
377 19 0.00
378 19 0.00
379 12 0.00
380 15 0.00
381 14 0.00
382 7 0.00
383 6 0.00
384 8 0.00
385 3 0.00
386 1 0.00
387 12 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTTCCGAATTAATTTTAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT
AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAA
TCATGCAAATCTGAGCCGGGGACCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACAC
GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAACCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATAC
CCGTAAACAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTAT
TTCCTA
Found at i:11582 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 11566--11591 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
11556 GAATTAATTT
11566 TAGATTAAATCGA
1 TAGATTAAATCGA
11579 TAGATTAAATCGA
1 TAGATTAAATCGA
11592 AACATGATTC
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
TAGATTAAATCGA
Found at i:12584 original size:329 final size:331
Alignment explanation
Indices: 11579--13692 Score: 2324
Period size: 329 Copynumber: 6.4 Consensus size: 331
11569 ATTAAATCGA
* *
11579 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAAC-AATCCATAAATCCAA------T---
1 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * * *
11634 -TTT-GGTAAATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAACAGGCAAATCTGAAC-
66 ATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT
* * ** ** *
11696 CGAGGACCCGAGACGCGTTTGAAGCC-AAAAACTGTGATGGTTAGTACATTTATTTTGGCTAAAT
131 CGGGGACCAGA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGA--G-TAGTACA-CGATTTCGGCTAAAT
* * *
11760 TTTTGCAAAAACTGATCCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCTGTAAAAAAATAT
191 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATAT
* * *
11825 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGATGCGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTATTTCCAATTTTTTC
256 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTC
11890 TGAATTAATTT
321 TGAATTAATTT
* * * * * *
11901 TAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGATCGTAAAAGCAAATCCTTTAATCCAATGTGGCTAAG
1 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * **
11966 ATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTA-TGAGT-TATGTCGCAAAAAATCATATAAAACTGA-
66 ATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTC-AGTGAGTCT-TGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* ** * * *
12028 ATATGGGATCCAGAACGCATTTTTAGCAAAAAAAAAAAAACTGTGATATATAGTACACGATTTCG
129 CTCGGGGA-CCAGAACGCGTTTTTAGC------CAAAAAACTGTG--A-GTAGTACACGATTTCG
* *
12093 GCTAAATTTTTTCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCTTTAA-TTTTGCGCCACAATACCCGTAA
184 GCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTG-GCCACAATACCCGT-A
* *
12157 AAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTTACG-TATCTAATATCGTATTTC
247 AAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCT-TCTAATATCGTATTTC
* *
12221 CGTTTTTTTTCCGAATTAATTT
311 C-TATTTTTTCTGAATTAATTT
** * * *
12243 CGGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCAAATGTGGCTGAG
1 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * ** *
12308 ATTTGGGTAGATGAATATAGAAATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTTAGCT
66 ATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT
* * ** *
12373 -GGGGAGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCTGTGA-T-GTACACGATTTCAACTAAAATTTT
131 CGGGGA-CCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGAGTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTT
* * * * *
12435 GCAAAAACTAAACCGAAAAAAATTGCTTTAATTTTTGTCCACAATACCCGT-AAACAATATATAA
195 GCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATATATAA
* ** *
12499 TTCAATTCCAAAATGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTGTTATTTTCATCTGA
260 TTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTT-TTCTGA
* *
12564 ACTAGTTT
324 ATTAATTT
* * *
12572 CT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCGCGT-AAAACAAAATCCTTAAATCCAATGAGG-TG
1 -TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAC-AAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-
* * * * * *
12634 GAGAATTGGTTAGATGTATATAGATA-TTCTGTGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAACGGA
63 GAGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * * * * *
12698 G-TCGAGAACCCGGAATGTGTTTTTAGCCAAAAAACTGT-AAT-GCTACACGATTTCAGCTAAAT
128 GCTCGGGGA-CCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGAGTAG-TACACGATTTCGGCTAAAT
* *
12760 TTTTGCGAAAACTGACCCGAAAAAGATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGT-AAAAAATAT
191 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATAT
12824 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTC
256 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTC
12889 T-AATTTAATTT
321 TGAA-TTAATTT
* *
12900 TAGATTAAATTGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
1 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * *
12965 ATTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCATATCTAAGC-
66 ATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT
*
13029 CGGGGACCCA-AGACGCGTTTTTAACC-AAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAT
131 CGGGGA-CCAGA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTG--AG-TAGTACACGATTTCGGCTAAAT
* * * *
13092 TTTTGCAAAAACTTAACCGAAAACAATTTCTTTAATTTTTTGCCACAATACCCGT--AAAAA-AT
191 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATAT
* *
13154 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTATTTCCTA-TTTTTC
256 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTC
*
13218 TAAATTAATTT
321 TGAATTAATTT
* * *
13229 TAGATTAATTCGAAACATTATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
1 TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * *
13294 ATTTGGCTAGATGAATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAACTTA-CT
66 ATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT
*
13358 CGGGGACCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATT
131 CGGGGA-CCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGA--G-TAGTACACGATTTCGGCTAAATT
* * *
13423 TTTGCAAAAACT-ACCCG---AAATTTTTTTTAAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAAATAT
192 TTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTT-AATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATAT
* * * * * *
13484 ATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTGCTATTTTTTT
256 ATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTA-TTTTTT
** *
13549 CCAAAATAATTT
320 CTGAATTAATTT
* * *
13561 CT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCTAGT-AAAACAAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTG
1 -TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAC-AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* ** * *
13624 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTTGTGTGTCTTGTCGCCAATAATCATGCAAAACTGAG
64 AGATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
13689 -TCGG
129 CTCGG
13693 TAACCCAGAT
Statistics
Matches: 1519, Mismatches: 205, Indels: 126
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
322 34 0.02
323 13 0.01
326 8 0.01
327 25 0.02
328 163 0.11
329 483 0.32
330 163 0.11
331 71 0.05
332 199 0.13
333 6 0.00
334 56 0.04
335 5 0.00
336 10 0.01
339 5 0.00
340 59 0.04
341 78 0.05
342 138 0.09
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
TAGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
ATTTGGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT
CGGGGACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACTGTGAGTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTG
CAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATATATAAT
TCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCTGAAT
TAATTT
Found at i:13047 original size:657 final size:652
Alignment explanation
Indices: 11581--13682 Score: 2531
Period size: 657 Copynumber: 3.2 Consensus size: 652
11571 TAAATCGATA
* *
11581 GATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAAC-AATCC----AT-AAA--T--C-CA-AT
1 GATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGAT
* * *
11634 TTTGGTAAATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAAACAGGCAAATCTGAA-CCG
66 TTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCT-AAGCCG
* ** ** *
11698 AGGACCCGAGACGCGTTTGAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATTTATTTTGGCTAAATTTT
130 GGGACCC-AGACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGA--G-TAGTACA-CGATTTCGGCTAAATTTT
* * * * *
11763 TGCAAAAACTGATCCGAAAAAATTTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCTGTAAAAAAATATATA
190 TGCAAAAACTAAACCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGTCCACAATACCCGT--AAAAATATATA
* * *
11828 ATTCAATTCCAAAAAGAATGATGCGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTATTTCCAATTTTTTCTGA
253 ATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTA-TTTTTCTGA
*
11893 ATTAATTTTAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGATCGTAAAAGC-AAATCCTTTAATCCAAT
317 ATTAATTTTAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGATCGTAAAA-CAAAATCCTTAAATCCAAT
* * **
11957 GTGGCTAAGATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTATGAGT-TATGTCGCAAAAAATCATATA
381 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTGTGAGTCT-TGTCGCAAAAAATCATGCA
* * *
12021 AAACTGAATATGGGATCCAGAACGCATTTTTAGCAAAAAAAAAAAAACTGTGATATATAGTACAC
445 AAACTGAAT-CGGGACCCAGAACGCGTTTTTAGC------AAAAAAAC--TG-TA-ATAGTACAC
*
12086 GATTTCGGCTAAATTTTTTCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCTTTAA-TTTTGCGCCACAATA
499 GATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAA-TTTCTTTAATTTTTG-GCCACAATA
*
12150 CCCGTAAAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTTACG-TATCTAATATC
562 CCCGT-AAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCT-TCTAATATC
* *
12214 GTATTTCCGTTTTTTTTCCGAATTAATTTCG
625 GTATTTCC-TATTTTTTCC-AATTAATTT-T
* *
12245 GATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCAAATGTGGCTGAGAT
1 GATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGAT
* * * * *
12310 TTGGGTAGATGAATATAGAAATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATTTTAGCTGG
66 TTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTAAGCCGG
* * ** *
12375 GGAGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCTGTGA-T-GTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCA
131 GGACCCAG-ACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CTGTGAGTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCA
*
12438 AAAACTAAACCGAAAAAAATTGCTTTAATTTTTGTCCACAATACCCGTAAACAATATATAATTCA
194 AAAACTAAACCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGTCCACAATACCCGTAAA-AATATATAATTCA
* ** *
12503 ATTCCAAAATGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTGTTATTTTCATCTGAACTA
258 ATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTT--TCTGAATTA
* * * * ** *
12568 GTTTCT-GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCGCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATGAGG
321 ATTT-TAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGATCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * *
12632 -TGGAGAATTGGTTAGATGTATATAGATA-TTCTGTGAGTCTTATCGCCAAAAATCATGCAAAAC
385 CT-GAGATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAAC
* * * * * * * *
12695 GGAGTCGAGAACCCGGAATGTGTTTTTAGCCAAAAAACTGTAAT-GCTACACGATTTCAGCTAAA
449 TGAATCG-GGACCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTAATAG-TACACGATTTCGGCTAAA
*
12759 TTTTTGCGAAAACTGACCCGAAAAAGATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGT-AAAAAATA
512 TTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAA-ATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATA
*
12823 TATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTT
576 TATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTT
*
12888 CTAATTTAATTTT
641 CCAA-TTAATTTT
* * *
12901 AGATTAAATTGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
1 -GATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGA
*
12966 TTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCATATCTAAGCCG
65 TTTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTAAGCCG
*
13031 GGGACCCAAGACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTT
130 GGGACCC-AGACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTG--AG-TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTT
* *
13096 GCAAAAACTTAACCGAAAACAATTTCTTTAATTTTT-TGCCACAATACCCGTAAAAA-ATATAAT
191 GCAAAAACTAAACCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGT-CCACAATACCCGTAAAAATATATAAT
* * *
13159 TCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTCTAAATT
255 TCAATTCCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTCTGAATT
*
13224 AATTTTAGATTAATTCGAAACATTATTCAGATGATCGTAAAA-ACAAATCCTTAAATCCAATGTG
320 AATTTTAGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGATCGTAAAACA-AAATCCTTAAATCCAATGTG
* *
13288 GCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAAC
384 GCTGAGATTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAAC
* * *
13353 TTACTCGGGGACCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
449 TGAATC-GGGACCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGT-A---ATAGTACACGATTTCGGCT
* * *
13418 AAATTTTTGCAAAAACT-ACCCG--AAATTTTTTTTAAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAA
509 AAATTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTCTTT-AATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAA
* * * * *
13480 ATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTGCTATTT
573 ATATATAATTCAATTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTA-TT
*
13545 TTTTCCAAAATAATTTCT
637 TTTTCC-AATTAATTT-T
* * *
13563 GAATAAATCGAAACATGATTCAGATGCTAGT-AAAACAAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGA
1 GATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAC-AAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGA
** * * *
13627 -TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTTGTGTGTCTTGTCGCCAATAATCATGCAAA
65 TTTTGG-TAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
13683 ACTGAGTCGG
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 143, Indels: 109
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
656 9 0.01
657 239 0.19
658 134 0.11
659 87 0.07
660 140 0.11
661 193 0.16
662 36 0.03
663 1 0.00
664 42 0.03
665 4 0.00
669 10 0.01
670 109 0.09
671 142 0.11
672 7 0.01
673 1 0.00
674 1 0.00
675 3 0.00
676 78 0.06
677 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (652 bp):
GATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGAT
TTTGGTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAATCTAAGCCGG
GGACCCAGACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAGTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAA
AACTAAACCGAAAAAAATTTCTTTAATTTTTGTCCACAATACCCGTAAAAATATATAATTCAATT
CCAAAAAGAATGAAGCGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTT
AGATTAATTCGAAACATAATTCAGATGATCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGTATATAAATATTTCTGTGAGTCTTGTCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAATCG
GGACCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTAATAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAA
AAACTGACCCGAAAAAATTTCTTTAATTTTTGGCCACAATACCCGTAAAAAAATATATAATTCAA
TTCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTATTTCCTATTTTTTCCAATTAATT
TT
Done.