Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019398.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19431, whole genome shotgun sequence
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296 ATCAGGTTAG
* * *
306 GTTAATTCAAGTTTGGGTTTGGATTGGGTTTTGACTTGATCATTTATTTTTGCCTTTTGGATTAA
1 GTTAATTCAAGTTTGGGTTTGGATTCGGTTTCGACTTGATCATTTATTTTTGCCTCTTGGATTAA
* * *
371 TTTAAAAAATTTTGATTTGCTTAATTAGTATCAAATTCGTGTTTTTCGAATTCGATCAA
66 TTTAAAAAATTTTAATTTGCTTAAATAGTATCAAATTCGGGTTTTTCGAATTCGATCAA
* *
430 GTTAATTCAAGTTTGGGTTTGGATTCGGTTTCGGCTTGATCATTTATTTTTG-CTACTTGGGTTA
1 GTTAATTCAAGTTTGGGTTTGGATTCGGTTTCGACTTGATCATTTATTTTTGCCT-CTTGGATTA
*
494 ATTTAAAAAATTTTAATTTGCTTAAATAGTATCAAATTCGGGTTTTTCGAGTTCG
65 ATTTAAAAAATTTTAATTTGCTTAAATAGTATCAAATTCGGGTTTTTCGAATTCG
549 GATTCAGGTT
Statistics
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GTTAATTCAAGTTTGGGTTTGGATTCGGTTTCGACTTGATCATTTATTTTTGCCTCTTGGATTAA
TTTAAAAAATTTTAATTTGCTTAAATAGTATCAAATTCGGGTTTTTCGAATTCGATCAA
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2133 TGGTTAATAT
** * * * * * *
2143 ACGATTTCGGTTAAAATTTTACATAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAA
* * ** * * *
2208 TACTTAT-AAAAATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAATGCTTCTAATATTG
66 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * *
2272 TATTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGT-TAA
130 TTTTTCCTATTTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* * * * * *
2336 ACCAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGATAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
194 ACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * * * **
2401 CGCAC-AAAAAAATCATGCAAAACTAAGCC--GGCTCCGCGAACGCATTTTTAG-C-CGAAAACC
259 -GC-CGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCG-GAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAACC
2461 GTGAT-GTAAC
321 GTGATGGT-AC
* * * * *
2471 ACGATTTCGGCTAAAATTTTAC-AAAAATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTAGCGAAAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAA
* * * *
2535 TACTCAT-AAAAATATATGATTCAACACCAAAAAAATTGAAAGCTTTTTTCACGCTTCTAATATC
66 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGC--TTTTCACGCTTCTAATATC
* * * * * * * *
2599 GTTTTTTCTAATTTATTTCTAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGTTTGTAA
129 GTTTTTCCT-ATTTTTTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * *
2664 AAACAAATCCTTAAATAC-----GGCTGAGATTTGGTTACATGAATAAAGATATATTTTAAGGAA
192 AAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAG--ATATTTCAAGGAG
* * *** *
2724 TCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGGCAATGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAAC
255 TCTTGCCGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAAC
2789 CGTGATGGTAC
320 CGTGATGGTAC
* * * * * *
2800 ACGATTTCGATTAAAGTTTTACAAAAAATTGACCCGAAATATTTTT-CTCATTTTTTAGCCACAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAA
* **
2864 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATTA
66 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * * *
2929 TTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTATAATCAAATTAAGAACATGATTCAAATGCTCATAAAA
130 TTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATTGA-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* * * * *
2994 A-AAATCCTTAAATACAATGTGACTAAGATTAGGTTAGATGACTATAGATATTTCAAGGAGTTTT
194 ACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * * * * * *
3058 GCCACAAAAAATCAGGCAAAAGTTACCCGGGACCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAAACTGTG
259 GCCGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAACCGTG
*
3123 ATGATAC
324 ATGGTAC
* * ** * *
3130 ACGATTTC-AGTTAAAATTTTGC-AAAAATAGACTTGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACA
1 ACGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAA
* * * * * * * * *
3193 ATACTCGTAATATATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGGAGGATTTTTTACGCTTTTAATATC
65 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGG-CTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * *
3258 -ATTTTCCATATTTTTCTAAAATTAATTTCTAATTAAA-TGAAAATAAGATTCAGATGCTCGTAA
129 GTTTTTCC-TATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATTG-AAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * *
3321 AAACAAATCAC-TAAATTCAAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAGTATAGTTATTTCAAGGAG
192 AAACAAATC-CTTAAATAC-AATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* ** * * * * * *
3385 TCTTGGCGCCTAAAATCATGAAAAACTAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAAT-AAAAAAAA
255 TCTTGCCGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAAC
*
3449 CGTGATGGTTAGTAT
320 CGTGAT-G---GTAC
* * * * * *
3464 ACGA-TTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATT-ACCTGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCAAAA
1 ACGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAA
* * * * *
3527 ATACTCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAACATAGCAGGACTTTTCACGCATT-TAATAT
65 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGG-CTTTTCACGC-TTCTAATAT
* * * * * * * **
3591 CGCTTTTTCATA-TTTTCT-GAATTAATATCTAAACTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTAATA
128 CG-TTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCT-AATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
* * * *
3654 TAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA-TTCAATGAGT
191 AAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* ** * * * **
3718 CTCGATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCAAAACGCGTTTTTTAG-C-AAAAAAC
256 CTTGCCGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCG-TTTTTAGTCAAAAAAAC
*
3781 CATGATGGTTATTAC
320 CGTGATGG----TAC
* * * * *
3796 ACGATTTC-AGCTAAAATTTTGCAAAAAATT-ACCCGAAAAATATTTCCTTAATTTTTGGCTAAA
1 ACGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAA
* ** * * * * * *
3859 ATACTCAT---GAA-ATATAATTTTATGCAAAAAAGGTTGAAGGATTTTCGA-GCTTTTCATATC
65 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTTC-ACGCTTCTAATATC
* * * *
3919 GTTTTT-TTATATTTTTT-ATGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTA
129 GTTTTTCCTAT-TTTTTTCA--AATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-
* * * *
3982 AAAAAGCAAATCCATAAATGCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGA
190 AAAAA-CAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* * *** * * * ** *
4047 GTCTTGGCGTC-AAAAATCATGCAAAACTGACACGGGGCTTTGGGACACCTTTTTTTTGC-CAAA
254 GTCTTGCCG-CAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGT-CAAAAA
* *
4110 AATCGTGATGTATTTTAC
317 AACCGTGATG----GTAC
* ** * * * *
4128 ACGATTTCGGCTAACTTTTTGCAAAAAA-TGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAA
* * * *
4192 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCATAAATATTGAAGGGATTTTTACGCTTCTAATATCG
66 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * * * * *
4257 TTTTTCCTACTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAATCAAGATTTAGTTGCTCGTAAAAA
130 TTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * * * *
4322 CAAAACCTCAAATCCAATGTAGCTAAGATTTGATTAGATGAATAAAAATATTTCAAGGAGTCTTG
195 CAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG
* * * * * * **
4387 GCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACTCGGGGCCCTGGAAGGCGTTTTTACCCAAAAAAACCGTGA
260 CCGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAACCGTGA
**
4452 TAATAC
325 TGGTAC
* * * * * **
4458 AAGATTTCGGCTAATATTTTGC-AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGTCACTA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAA
*
4522 TACTCATAAAAGAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
66 TACTCATAAAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * *
4587 TTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAA-TCACAACATGATTCAGAT-C-C-T----
130 TTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATTGA-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* * * * *
4644 -----T--GTAAAAACAA--TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC
194 ACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * * * *** *
4700 GGCGCCAAAAACCGTGAAAAACTGA-ATTGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG-C-CAAAAACCGTG
259 GCCGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAACCGT-
** *
4762 AAGATTATTAT
323 --GA-TGGTAC
* * * * * *
4773 ACTATTTCGGCTAAATTTTTTC-AAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGTCC-CA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAG-CCAAA
* * * *
4836 CTACTCATAAAAAATATATAACTCTACACCAAAAAGA
65 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
4873 CTGAGACATT
Statistics
Matches: 1958, Mismatches: 359, Indels: 184
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
311 9 0.00
312 1 0.00
313 19 0.01
314 83 0.04
315 67 0.03
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325 26 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
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ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAA
TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
TTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
AAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGC
CGCAAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAACCGTGAT
GGTAC
Found at i:3772 original size:664 final size:659
Alignment explanation
Indices: 2129--4872 Score: 2285
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2119 GTCTAAATTT
* * * *
2129 GTGATGGTTAATATACGATTTCGGTTAAAATTTTACATAAAATTGATCC-GAAAGATATTTCCTC
1 GTGAT-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGA-CCTGAAAGATATTTCCTC
* * ** * *
2193 AATTTTTGGCTAAAATACTTAT-AAAAATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTA
64 AATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTC
* * * * * * *
2257 ATGCTTCTAATATTGTATTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAATAAGATT
129 ACGCTTCTAATATCGT-TTTTC-ATATTTTTCCAAATTAA-TTTAAACTAAATCG-AACAAGATT
* * * * * *
2322 CAGATGCTCGT-TAAACCAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGATAATTGGTTAGATGAATATAGAT
190 CAGATGCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * *
2386 ATTTCAAGGAGTCTTCGCAC-AAAAAAATCATGCAAAACTAAGCC-GGCTCCGCGAACGCATTTT
255 ATTTCAAGGAGTC-TCG-ACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCG-GAACGCGTTTT
* * * * * *
2449 TAGCC--GAAAACCGTGATG-TAACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGATCCGAAAGA
317 TAGCCAAAAAAACCGTGATGAT-ACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAAATA
* * * *
2511 TTTTTCCTCAATTTCTAGCGAAAATACTCATAA-AAATATATGATTCAACACCAAAAAAATTGAA
381 TTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAACTCCAAAAAAATTGAA
* * * * *
2575 AGCTTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCTAATTTATTTCTAAATTAATTTCTGATTAAATC
446 GGATTTTTT-ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT-ATTT-TTT-AAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * ** * *
2640 GAAATAAGATTTAGATGTTTGTAAAAACAAATCC----TT-AAATACGGCTGAGATTTGGTTACA
507 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTAAATTCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * * * * **
2700 TGAATAAAGATATATTTTAAGGAATCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGGCAATGGGCCCCG
572 TGAATATAG-T-TATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAGCACGGGGCCCCG
* *
2765 AAACGCGTTTTTAGTCAAAAAAACC
635 AAACGCGTTTTTAATCAAAAAAAAC
** * * * * *
2790 GTGATG---GTACACGATTTCGATTAAAGTTTTACAAAAAATTGACCCGAAATAT-TTTTCTCAT
1 GTGATGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTCAA
* * * *
2851 TTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGG-CTTCTCA
66 TTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGGACTTTTCA
** * * * *
2915 CGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTATAA-TCAAATTAAGAACATGATT
130 CGCTTCTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCCAAATTAATTTA-AACT-AAA-T-CGAACAAGATT
* * * * * * *
2979 CAAATGCTCATA-AAAAAAATCCTTAAATACAATGTGACTAAGATTAGGTTAGATGACTATAGAT
190 CAGATGCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * * * * * * *
3043 ATTTCAAGGAGTTTTGCCACAAAAAATCAGGCAAAAGTTACCCGGGACCCCGGAATGCGTTTTTA
255 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTA
* * **
3108 GCCAAAAAAACTGTGATGATACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATAGACTTGAAATATTT
319 GCCAAAAAAACCGTGATGATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAAATATTT
* * * * *
3173 TTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCGTAATATATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGGAGGA
384 TTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAACTCCAAAAAAATTGAAGGA
* *
3238 TTTTTTACGCTTTTAATATC-ATTTTCCATATTTTTCTAAAATTAATTTCTAATTAAAT-GAAAA
449 TTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-TATTTTT-TAAAATTAATTTCTAATTAAATCG-AAA
* *
3301 TAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCACTAAATTCAAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGA
511 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC-CTAAATTCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* * *
3366 GTATAGTTATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCTAAAATCATGAAAAACTAAGC-CGGGGCCCCGAAAC
575 ATATAGTTATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AGCACGGGGCCCCGAAAC
3430 GCGTTTTTAAT-AAAAAAAAC
639 GCGTTTTTAATCAAAAAAAAC
* * * * * * *
3450 GTGATGGTTAGTATACGATTCCAGCTAAAATTTTGCAGAAAATT-ACCTGAAAAATTTTTCCTCA
1 GTGAT-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTCA
* * * * * *
3514 ATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAACATAGCAGGACTTTTCA
65 ATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCA
**
3579 CGCATT-TAATATCGCTTTTTCATA-TTTTCTGAATTAATATCTAAACTAAATCGTAACAAGATT
130 CGC-TTCTAATATCG-TTTTTCATATTTTTCCAAATTAAT-T-TAAACTAAATCG-AACAAGATT
* * *
3642 CAGATGCTAATATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
190 CAGATGCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * **
3707 A-TTCAATGAGTCTCGATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCAAAACGCGTTTTTT
255 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG-GCCCCGGAACGCG-TTTTT
* *
3771 AG-C-AAAAAACCATGATGGTTATTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAA-ATTACCCGAA
318 AGCCAAAAAAACCGTGAT-G--A-TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATA-GACCCGAA
* * * * * * ** * *
3833 AAATATTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTC---ATGAA-ATATAATTTTA-TGCAAAAAAGGT
378 ATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAACTCCAAAAAA-AT
** * * ** * *
3893 TGAAGGATTTTCGA-GCTTTTCATATCGTTTTTTTATATTTTTTATGAATTAATTTTTAATTAAA
442 TGAAGGATTTTTTACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTA-AAATTAATTTCTAATTAAA
* * *
3957 TCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAGCAAATCCATAAATGC-AATGTGGCTAAGATTTGA
505 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAA-CAAATCC-TAAATTCAAATGTGGCTGAGATTTGA
* * * *
4021 TTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACT-GACACGGGGC
567 TTAGATGAATATAGTTATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAG-CACGGGGC
*** ** * * ** * *
4085 TTTGGGACACCTTTTTTTTGC-CAAAAATC
631 CCCGAAACGCGTTTTTAAT-CAAAAAAAAC
** ** *
4114 GTGATGTATTTTACACGATTTCGGCTAACTTTTTGCAAAAAA-TGA-CTCGAAAGATATTTCCTC
1 GTGATGT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCT-GAAAGATATTTCCTC
* *
4177 AATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCATAAATATTGAAGGGA-TTTT
64 AATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-GGACTTTT
* * * *
4241 TACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAATCAAGATT
128 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCCAAATTAATTTA-AACTAAATCGAA-CAAGATT
* * * * * * * * *
4306 TAGTTGCTCGTAAAAACAAAACCTCAAATCCAATGTAGCTAAGATTTGATTAGATGAATAAAAAT
190 CAGATGCTCATATAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGAT
* * * * * *
4371 ATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGA-CTCGGGGCCCTGGAAGGCGTTTTT
255 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC-C-GGGCCCCGGAACGCGTTTTT
* * * * * *
4435 ACCCAAAAAAACCGTGATAATACAAGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATT
318 AGCCAAAAAAACCGTGATGATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAAATATT
* ** * *
4500 TTTCCTCAATTTTTAGTCACTATACTCATAAAAGAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAG
383 TTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACTCATAATA-AATATATAATTCAACTCCAAAAAAATTGAAG
* * ** *
4565 G-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATC-ACA
447 GATTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTT-AAAATTAATTTCTAATTAAATCGA-A
* * * *
4628 ACATGATTCAGATCCTTGT-------AA----AAA--C-AA--TGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
510 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTAAATTCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* * * * * * ** *
4677 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAACCGTGAAAAACT-GAATTGGGCCCCGGAACG
575 ATATAGTTATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAGCACGGGGCCCCGAAACG
* * *
4741 CGTTTTT-AGC-CAAAAACC
640 CGTTTTTAATCAAAAAAAAC
* * * * * * *
4759 GTGAAGATTATTATACTATTTCGGCTAAATTTTTTC-AAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCA
1 GTGATG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTCA
* ** * * * *
4823 ATTTTTAG-TCCCACTACTCATAAAAAATATATAACTCTACACCAAAAAGA
65 ATTTTTGGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
4873 CTGAGACATT
Statistics
Matches: 1683, Mismatches: 314, Indels: 188
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
644 6 0.00
645 94 0.06
646 2 0.00
647 15 0.01
648 60 0.04
650 3 0.00
652 3 0.00
655 6 0.00
656 69 0.04
657 223 0.13
658 20 0.01
659 88 0.05
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661 83 0.05
662 141 0.08
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665 77 0.05
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668 7 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (659 bp):
GTGATGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCTGAAAGATATTTCCTCAA
TTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCCAAATTAATTTAAACTAAATCGAACAAGATTCAGATG
CTCATATAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
AGGAGTCTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA
AAACCGTGATGATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAAATATTTTTCCTCA
ATTTTTAGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAACTCCAAAAAAATTGAAGGATTTTTTA
CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
ATGCTCGTAAAAACAAATCCTAAATTCAAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGTTATT
TCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAGCACGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAATC
AAAAAAAAC
Found at i:5377 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 4371--5383 Score: 1605
Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 509
4361 GAATAAAAAT
* * * *
4371 ATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACTCGGGGCCCTGGAAGGCGTTTTTA
1 ATTTCAAGGAGACTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAAGGCATTTTTA
*
4436 CCCAAAAAAACCGTGATAATACAAGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT
66 CCCAAAAAAACCGTGATAATACAAGATTTCGACTAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT
* *
4501 TTCCTCAATTTTTAGTCACTATACTCATAAAAGAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGG
131 TTCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGG
* *
4566 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATCACAACA
196 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATCAAAACA
*
4631 TGATTCAGATCCTTGTAAAAACAATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
261 TGATTCAGATCCTTGTAAAAACAATGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
** * *
4696 TCTCGGCGCCAAAAACCGTGAAAAACTGAATTGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
326 TCTCGGCGCCAAAAACCGTGAAAAACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGT
* * * *
4761 GAAGATTATTATACTATTTCGGCTAAATTTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATT
391 GAAGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACCGAAAGATATTTCCTCAATT
*
4826 TTTAGTCCCACTACTCATAAAAAATATATAACTCTACACCAAAAAGACTGAGAC
456 TTTAGTCCCAATACTCATAAAAAATATATAACTCTACACCAAAAAGACTGAGAC
4880 ATTTCAAGGAGACTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAAGGCATTTTTA
1 ATTTCAAGGAGACTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAAGGCATTTTTA
** * * *
4945 CCCAAAAAAACCGTGATGGTACACGATTTCGACTAATATTTTGCAATAGTTGACCCGAAATATTT
66 CCCAAAAAAACCGTGATAATACAAGATTTCGACTAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT
* * * *
5010 TTTCTCAATTTTTAGCCA-TAATACTCGTAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAG
131 TTCCTCAATTTTTAGCCACT-ATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAG
5074 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATCAAA
195 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTA--TTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATCAAA
* * * *
5139 ATATGATTCAGATGCTTGTAAAATCAATGGCTGGGATTTGCTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
258 ACATGATTCAGATCCTTGTAAAAACAATGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
* * * * *
5204 GAGTCTCGGCGCCAAAAACCTTGCAAAATTGAACCGGGCCCTGAAACGGGTTTTTAACCAAAAAC
323 GAGTCTCGGCGCCAAAAACCGTGAAAAACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAAC
* * *
5269 CGTGATGATTCTTATACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAATTGAACCGAAAGATATTTCCTCA
388 CGTGAAGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACCGAAAGATATTTCCTCA
* * *
5334 ATTTTTAGTCCCAATACTCATGAAAACTATATAATTCTACACCAAAAAGA
453 ATTTTTAGTCCCAATACTCATAAAAAATATATAACTCTACACCAAAAAGA
5384 TTGGAGGGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 206 0.45
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ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (509 bp):
ATTTCAAGGAGACTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAAGGCATTTTTA
CCCAAAAAAACCGTGATAATACAAGATTTCGACTAATATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT
TTCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGG
CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAATCAAAACA
TGATTCAGATCCTTGTAAAAACAATGGCTGAGATTTGCTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
TCTCGGCGCCAAAAACCGTGAAAAACTGAACCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGT
GAAGATTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACCGAAAGATATTTCCTCAATT
TTTAGTCCCAATACTCATAAAAAATATATAACTCTACACCAAAAAGACTGAGAC
Found at i:5850 original size:334 final size:327
Alignment explanation
Indices: 4880--6520 Score: 1331
Period size: 334 Copynumber: 5.0 Consensus size: 327
4870 AGACTGAGAC
* * * * ** * * * *
4880 ATTTCAAGGAGACTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACCCGGGGCCCCGGAAGGCATTTTTA
1 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGAC-AGGCCCCGAAACGCGTTTTTA
* * * * ** *
4945 CCCAAAAAAACCGTGATG----GTACACGATTTCGACTAATATTTTGCAATAGTTGACCCGAAAT
65 GCC--AAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA-CCGAAAG
* * * * * *
5006 ATTTTTTCTCAATTTTTAGC-CATAATACTCGTAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATT
127 ATATTTCCTCAATTTTTGGCTCA-AATAATC---ATAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATT
* * * ** *
5070 -GAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTTCCGAACTAATTTCTAATTAAA
188 GGAA-GCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTT-TC-ATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * *
5134 TCAAAATATGATTCAGATGCTTGT--------A-----AAAT-CAA--TGGCTGGGATTTGCTTA
250 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
5183 GATGAATATAGAT
315 GATGAATATAGAT
* * * * * * *
5196 ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAACCTTGCAAAATTGA-ACCGGGCCCTGAAACGGGTTTTTA
1 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGA-CAGGCCCCGAAACGCGTTTTTA
* ** * * *
5260 ACCAAAAACCGTGATGATTCTTATACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAATTGAACCGAAAGAT
65 GCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATG-ACCGAAAGAT
* * *
5325 ATTTCCTCAATTTTTAG-TCCCAATACTCATGAAAACTATATAATTCT-ACACCAAAAAGATTGG
129 ATTTCCTCAATTTTTGGCT-CAAATAATCAT-AAAA-TATATAATT-TAACACCAAAAAGATTGG
* * * *
5388 AGGGCTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAA
190 A-AGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * ** * * *
5453 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATGAAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATA
254 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
5518 AATATAGAT
319 AATATAGAT
* *
5527 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGACCCCGAAACCCGTTTTTA
1 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGACAGG-CCCCGAAACGCGTTTTTA
* *
5592 GCCAAAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAGAAAATGACCTGAAA
65 GCC--AAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA-AAAATGACC-GAAA
* * * * *
5657 AATTTTTCCTCAATTTTTGGAT-AAATAATCATAATATATATATAATTTAATACCAAAAGGATTG
126 GATATTTCCTCAATTTTTGGCTCAAATAATCATAA-A-ATATATAATTTAACACCAAAAAGATTG
*
5721 GAAGATATTTCACGCTTTTAATATCGTATTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC
189 GAAGCT-TTTCACGCTTTTAATATCGT-TTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * **
5786 GAAACAAGATTCAGATGCTCG-AAAAAAAAATTCTTAAATCCATTGTAACTGAGATTTGATTAGA
252 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
*
5850 TGAATATGGAT
317 TGAATATAGAT
* * ** * * *
5861 ATCTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCGAAAA-TGAGCCAGTGCCCCGGAACGCTTTTTT
1 ATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGC-AAAACTGAGACAG-GCCCCGAAACGCGTTTTT
** * * * * *
5925 AGCCAAAAATGGTGATGGTTATTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAAAAGACCCGAAAG
64 AGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAAATGA-CCGAAAG
* ** * * * **
5990 ATATTTCATCAATTTTTTTCTAAAATACTCATAAAAAATATATATTTTAATGCCAAAAAGATT-G
127 ATATTTCCTCAATTTTTGGCTCAAATAATCAT--AAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGG
* * * * * *
6054 AAGGGGTTTTGACGTGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAAT
190 AA--GCTTTTCACG-CTTT-TAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * *
6119 CGAAACAAAATT-AGGATGCTCGTAAAAACAAA-TCTTTAAATTCTATGTGGTTGAGATTTGATT
251 CGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAACAAATTC-TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
6182 AGATGAATATAGAT
314 AGATGAATATAGAT
*** * * * * * * *
6196 ATTTCAAATCGTCTCGGA-GTCAAAAGTCATGC-AAACTTGAGGCAAGTCCGCGGAACGCATTTT
1 ATTTCAAGGAGTCTC-GACGCCAAAAATCATGCAAAAC-TGAGAC-AGGCCCCGAAACGCGTTTT
* * * *
6259 TAGCCAGAAACCGTTATTG-TTAGTTTATACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACAC
63 TAGCCAAAAACCGTGA-TGATTAG----TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC-C
* * * *
6323 GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCT-AAA-AACTCATAAGAATATATAATTCAACGCTAAAAAG
122 GAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTCAAATAA-TCATAA-AATATATAATTTAACACCAAAAAG
* ** * *
6386 ATGGGGGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTATTTCTTA-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
185 AT-TGGAAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
* * * * *
6450 ATAGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATTCTTAAATCCAATGTCGCTGAAATTTGGTT
249 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
6515 AGATGA
314 AGATGA
6521 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 174, Indels: 125
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
313 13 0.01
314 1 0.00
315 70 0.06
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317 84 0.08
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323 1 0.00
328 4 0.00
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331 64 0.06
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (327 bp):
ATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGACAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG
CCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCGAAAGATAT
TTCCTCAATTTTTGGCTCAAATAATCATAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAAGCTT
TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
AT
Found at i:11083 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 11026--11079 Score: 90
Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
11016 GCTATAGTAC
*
11026 TATATATATACTGTTCATATTAGCAACA
1 TATATATATACTGTTCACATTAGCAACA
*
11054 TATATATATACTGTTCACATTGGCAA
1 TATATATATACTGTTCACATTAGCAA
11080 TATACAAGGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 24 1.00
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Consensus pattern (28 bp):
TATATATATACTGTTCACATTAGCAACA
Found at i:12218 original size:327 final size:325
Alignment explanation
Indices: 11615--12327 Score: 1038
Period size: 327 Copynumber: 2.2 Consensus size: 325
11605 AAGAACAATA
* *
11615 AAAAAACATGCAAAATTGAGTCGGGACTCCGAAACGCATTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAG
1 AAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGAAACGCATTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * *
11680 TACATGATTTTGGCTAAAAACCGACCCAAAATTTTTATCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAA
66 TACACGATTTCGGCTAAAAACCGACCCAAAATTTTTATCTCAAATTTTTGCCACAATACTCAGAA
* * * *
11745 AAAATTATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCC
131 AAAA-TATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCC
* *
11810 TTTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAAAAACAAA
195 TTATTTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAAAAACAAA
* * * * *
11875 TCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGC
260 TCCATATATCCAATATGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTACGC
11940 C
325 C
* * *
11941 AAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGGAATGCCTTTTTAG-CTAAAAACCGTGATGGTTA
1 AAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGAAACGCATTTTTAGTC-AAAAACCGTGATGGTTA
* *
12005 GTACACGATTTCGGCTAAAAACGGCCCCGAAAAGTTTTT-TCTCAAATTTTTGCCACAATACTCA
65 GTACACGATTTCGGCTAAAAACCGACCC-AAAA-TTTTTATCTCAAATTTTTGCCACAATACTCA
12069 GAAAAAA-ATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
128 GAAAAAATATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCG-TTT
* *
12133 TCCATTATTTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCTAAAAAT
192 TCC-TTATTTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAAAAA
*
12198 CAAATCCATATATTCAATATGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTT
256 CAAATCCATATATCCAATATGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTT
12263 ACGCC
321 ACGCC
* * * * * * * * *
12268 AAAAATCTTCCAAAACTGAGCCGGGGC-CCCAGAACGCGTTTTTAGCCATAAGCCGTGATG
1 AAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGA-AACGCATTTTTAGTCAAAAACCGTGATG
12328 AGTAAATGAT
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 34, Indels: 13
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
325 50 0.14
326 89 0.26
327 201 0.58
328 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (325 bp):
AAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGAAACGCATTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAG
TACACGATTTCGGCTAAAAACCGACCCAAAATTTTTATCTCAAATTTTTGCCACAATACTCAGAA
AAAATATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCT
TATTTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAAAAACAAAT
CCATATATCCAATATGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTACGCC
Done.