Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019403.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19436, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
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511 CAAGATTCAA
* * * *
521 ATGCTCGTGAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGTATGTAAATATT
1 ATGCTCGT-AAAA-ACATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * * *
586 TCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCATGGGCCCTAGAACGTGTTTTTAGCC
64 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCTGGCCCCGA-AACGCGTTTTTAG-C
* * *
651 AAAAATCGTGATGACGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGTAAAAA-TTTACCCGAAAGAATTTT
127 AAAAACCGTGATG--GTACACGATTTAGG----AA---T-TAAAAATTTTACACAAAAGAATTTT
* * *
715 CCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAACGATTGAAAGGTT
182 CCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTT
* * *
780 TTTCACGTTTATAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCACAAATAT
247 TTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCA-AAACAT
* * * * * *
844 GATTCAGATTCTCGTAAAAGCAAATCCTAAAATCCAATGTAGATGAGATTTTGTTAGATGAATAT
311 GATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGAGGAATAT
* * ** * * *
909 AGATAATTCAATGATACTTGATGCTAAAAATCATGCAAAACATAGACGGGG-TCCGGAACGCGTT
376 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* ** * * *
973 TATATAGT-AAAAACCCGTGATGGTTAGTACACAATTTCAACTAAAATTTTGCACAACTTTACCC
441 T-T-TAGTCAAAAA-CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
* * *
1037 GAAAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAG
503 GAAACATTT-TCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAG
* * * * * * *
1102 TTTGAAGGGCTCTCACGCTTTTAATATTGTTTTTCCTAATTTTTTCCAAATTAAATTCTAATTAA
567 ATTGAAGGGTTCTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
*
1167 ATCGAAACCGGATT-GAG
631 ATCGAAACAGGATTCGAG
* * * * * * * *
1184 ATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATTCAACGTGGTTGTGATTTCGCTAGATGAATATAGGTATT
1 ATGCTCGTAAAA--ACATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * **
1249 TCAATGAGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAAAA-TAGAGACGGGGCCCC-AGAACGCGTTTTTAG
64 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-GAG-CCTGGCCCCGA-AACGCGTTTTTAG
* *
1312 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAATTTCGTAAAAA-TTTACACAAAAGGAT
126 -CAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTAGG---AA--T--TAAAAATTTTACACAAAAGAAT
* * *
1376 CTTT-CTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAACAAATATATAATTCAACGCTAAAAATATTGAAA
179 -TTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAA
* * *
1440 GGTTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTCCGATTTAATTTCAAATTAAATCAAAA
243 GGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAA
** *
1504 TTTGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGGGAGATTTGGTTAGAGGAA
308 CATGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGAGGAA
* *
1569 TATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCTAAAAATCATGCAAAACATAGCCAGGGCCCCGGAACGC
373 TATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCGGGGCCCCGGAACGC
* * *
1634 GTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GTAACAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
438 GTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGT--TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
* ** *
1698 CCGAAAAATTTCTCTCCGAAAGTTTTTCTCTCAATTTTTAGCTACAATACTCATAAACTATATTT
501 CCG--AAA--------C---A--TTTTC-CTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
* *
1763 AATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTTTC
550 AACTCAACACCAAAAAGATTGAAGGG-TTCTCACGCTTCTAATATCGTTTT-CCTA-TTTTTTTC
** *
1828 TTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCG-G
612 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCGAG
* * * *
1864 ATACTCGTAAAAACCTCCGTAAATCCAATATGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
1 ATGCTCGTAAAAACATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
* * * * *
1929 AAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATTCAAAACTGAGCCTCGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCAAA
66 AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCT-GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-AA
* * * *
1994 AAACCGTGATGGTACATGATTT-GGATAAAATTTTACAAAAATTTACTCAGAAATAATTTTCCTC
129 AAACCGTGATGGTACACGATTTAGG----AA--TTA-AAAATTTTACACA-AAAGAATTTTCCTC
* * *
2058 AATTTTTGGCCACGATGCTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTC
186 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTTTC
* **
2123 ACGCTTCTAATATATG-TTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACATGATT
251 ACGCTTCTAATAT-TGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATGATT
* * *
2187 CAGATACTCGTAAAA-AAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTTGATGG-ATATAGA
315 CAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGA-GGAATATAGA
* * * * * **
2250 TATTTTAACGAGACTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAATACGTTTTT
379 TATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTT
** * * *
2315 AGTCAAAAACTTTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATTTGACACGAAACA
444 AGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACA
* ** * *
2380 TTTCTCCTCAATTTTTGGATACAATACTCATAAAATATATATATAACTCAACATCAAAAACATTG
509 TTT-TCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAA-A-ATATATAACTCAACACCAAAAAGATTG
* *
2445 AAGGGTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCT-TTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
571 AAGGGTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTT-CCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
*
2509 AAACCGGA-TCGAG
635 AAACAGGATTCGAG
* * * * *
2522 ATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGGGTGCGATTTGGTTAGATGGATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAAC--ATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * * *
2587 TCAATGAGACTTGGAGCCGAAAATCATGCAAAACAGAGCCAGTGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTC
64 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCTG-GCCCCGAAACGCGTTTTTAG-C
** **
2652 AAAAA-C-TG-T-G-ACACGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAATTGAAATTTGA-AATGAA-AC
127 AAAAACCGTGATGGTACACGATTT--A--GGAA--TT--AAAAATT----TTACACAA--AAGA-
* *
2710 ATTTCTCCTCAATTTTTTGGGCACAATACTCAT-AAAAA-ATAT-A-T-AA---C--------T-
177 ATTT-TCCTCAA-TTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
* * * *
2758 ---GGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTACCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATC
240 AAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* ** * * **
2820 GAAACCGGA-TCGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTCCGTTAG
304 AAAACATGATTC-AGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAG
* * **
2884 ATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-TGAGCCGGGGCTACG
368 AGGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAT-AGCCGGGGCCCCG
* * *
2948 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGAT-G--AGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
432 GAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * * *
3010 TGACTCGAAAGAGTTTTTCTCAA-TTTTAGACCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCATA-A
497 TGACCCGAAACA-TTTTCCTCAATTTTTAG-CCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCA-ACA
* * *
3073 CCAAAAAGATTGAATAGCTAT-TCACGCTTCTAATATCGGCTGTT-CTA-TTTTTTCCGAATTAA
559 CCAAAAAGATTGAA-GGGT-TCTCACGCTTCTAATATC-G-TTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAA
*
3135 TTTCTAATTAAATCGAAACATGATTC-AG
620 TTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCGAG
* *
3163 ATGCTCGTAAACACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
1 ATGCTCGTAAA-A-ACATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* *
3228 TCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAA-TAGAG-CTGGGCCCCCGAAACGCGTTTTTAG
64 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGCCT-GG-CCCCGAAACGCGTTTTTAG
* ** * *
3291 TCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTGAAAATTTTGCAAATATTGACCCGAAAAATT
126 -CAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTT-AG-G--AA--TTAAAAAT-TTTACAC--AAAA--
* * * **
3356 TCTCTCTGAAATTTTTTCTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTCAATTC
175 -------G-AA--TTTTC-CTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGC
* *
3421 CAAAAAGATT-AAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTT-C------TT---AATTAATTT
229 CAAAAAGATTGAAA-GGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTT
* * * * * * *
3475 ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTTAAAA--AAGTCCGTAAATCCAATATGGATG
293 CTAATTAAATCAAAACATGATTCAGATGCTCG--TAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTG
* * * * * * * *
3538 AGATTTGGTTAGATGAATATAGTTATTTTAAGGAGTCTGGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTTAG
356 AGATTTGGTTAGAGGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAG
** * * * * *
3603 CCTCGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAGAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGG-TAAAAT
421 CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * **
3663 TTTACAAAAATTTACTTAC-AAAGAATTTTTCCTCAATTTTT-GTCCATGATACTCATTAAAAAA
486 TTTGCAAAAATTGAC--CCGAAA-CA-TTTTCCTCAATTTTTAG-CCACAATACTCA-TAAAAAA
* * * * *
3726 TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATATGTTTTCCTA-TTT
545 TATATAACTCAACACCAAAAAGATTG-AAGGGTTCTCACGCTTCTAATAT-CGTTTTCCTATTTT
* *
3790 TTTCTGAATTAATTTCTAATTTAAATCGAAACATGATTC-AG
608 TTTCCGAATTAATTTCTAA-TTAAATCGAAACAGGATTCGAG
* * * *
3831 ATGCAT-GTGAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGGATATAGATAT
1 ATGC-TCGT-AAAA-ACATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* * ** **
3895 TTCAATGAGACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAAAGTCGGGGCCCCGGTGGCCAAAACGCGT
63 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCTGGCCCC----G---AAACGCGT
* * ** * * * *
3960 TTTTAATCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGAATAAAATTTTGAAAAAAATTGACCCG
120 TTTT-AGCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGA-TTT--A-GGAA--TT--AAAAATTTTACACA
* ** * * * *
4025 AAA-AATTTGTCTTCAATTTTTAGG-CATAATAATCATAAAAAATATATAACTCAATGCGAAAAA
172 AAAGAATTT-TCCTCAATTTTT-GGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * * *
4088 AATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTATCCTTCTTCTTTTTTTTCCGAATTAATTT
235 GATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATAT--TGTT-T--TTC--CTATTTTTTCCGAATTAATTT
* ** * * * *
4153 CTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAG
293 CTAATTAAATCAAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAG
* * * * * * *
4218 ATTTCGTTAGATGAATATAGATTTTTCAATAAGTCTTGGCGCCAAAAATCTTGCAAAAC-TGAGT
358 ATTTGGTTAGAGGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAT-AGC
** ** ** *
4282 CGGGATCCCAAAACATGTTTTTAGACAAAAACCGTGATGGT
422 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGT
4323 AATAGTCTTG
Statistics
Matches: 2588, Mismatches: 354, Indels: 377
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
640 26 0.01
641 170 0.07
642 79 0.03
643 36 0.01
644 50 0.02
645 107 0.04
646 2 0.00
647 1 0.00
648 6 0.00
649 3 0.00
650 15 0.01
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656 8 0.00
657 37 0.01
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660 126 0.05
661 112 0.04
662 35 0.01
663 281 0.11
664 173 0.07
665 36 0.01
666 171 0.07
667 80 0.03
668 122 0.05
669 9 0.00
672 6 0.00
673 7 0.00
674 64 0.02
675 242 0.09
676 71 0.03
677 33 0.01
678 302 0.12
679 23 0.01
680 47 0.02
681 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (648 bp):
ATGCTCGTAAAAACATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAA
ACCGTGATGGTACACGATTTAGGAATTAAAAATTTTACACAAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGC
CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAA
TATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATGATTCAGATGCTCGT
AAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGAGGAATATAGATATTTCAATGAG
ACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCG
TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATTTTCCTCAATT
TTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTCTCACGCT
TCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGATTCGAG
Found at i:2711 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 514--4317 Score: 3037
Period size: 333 Copynumber: 11.4 Consensus size: 330
504 GCCGATACAA
* * * * *
514 GATTCAAATGCTCGTGAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGTATGT
1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * ** ** *
579 AAATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCATGGGCCCTAGAACGTGTT
66 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* * * * * * * ***
644 TTTAGCCAAAAATCGTGATGACGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGTAAAAATT-TACCCGAAA
131 TTTAGTCAAAAACCGTG-TTA-GTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTAAATTTGAAA
* * ** *
708 -G--AATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAACGA
194 TGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGA
* * * * *
770 TTGAAAGGTTTTTCACGTTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
259 TTG-AAGGGTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* *
835 CACAAATAT
323 C-GAAACAT
* * * * * *
844 GATTCAGATTCTCGTAAAAGCAAATCCTAAAATCCAATGTAGATGAGATTTTGTTAGATGAATAT
1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * ** * * * *
909 AGATAATTCAATGATACTTGATGCTAAAAATCATGCAAAACATAGACGGGG-TCCGGAACGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* * * * * **
973 TATATAGT-AAAAACCCGTGATGGTTAGTACACAATTTCAACTAAAATTTTGCACAACTT-TACC
131 T-T-TAGTCAAAAA-CC--G-T-GTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTAAATT
* * *
1036 CG--A--AAAATTTCTCCCCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCA
189 TGAAATGAAAATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCA
* * * * * * *
1097 AAAAGTTTGAAGGGCTCTCACGCTTTTAATATTGTTTTTCCTAATTTTTTCCAAATTAAATTCTA
253 AAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTT-CT-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTA
**
1162 ATTAAATCGAAACCG
316 ATTAAATCGAAACAT
* * * * * * * *
1177 GATTGAGATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATTCAACGTGGTTGTGATTTCGCTAGATGAATAT
1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * * *
1242 AGGTATTTCAATGAGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAAAATAGAGACGGGGCCCCAGAACGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* * * *
1307 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGA-T-AAATTTCGTAAAAATTTACA---
131 TTTAGTCAAAAACC--G-T-GTTAGTACACGATTTC-GACTAAAATTTTGCAAAAA-TTAAATTT
* ** * * * *
1367 CAAA--AGGATCTTT-CTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAACAAATATATAATTCAACGCTAA
190 GAAATGAAAAT-TTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAA
* * * * * * *
1429 AAATATTGAAAGGTTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTCCGATTTAATTTCAAAT
254 AAAGATTG-AAGGGTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* **
1494 TAAATCAAAATTT
318 TAAATCGAAACAT
* * *
1507 GATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGGGGAGATTTGGTTAGAGGAATAT
1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * *
1572 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCTAAAAATCATGCAAAACATAGCCAGGGCCCCGGAACGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* **
1637 TTTAGTCAAAAACCGTGATGTAACAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
131 TTTAGTCAAAAACCGTG-T-T---AGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATT-------
*** * * * ** *
1702 AAAATTT-CTCTCCGAAAGTTTTTCTCTCAATTTTTAGCTACAATACTCATAAACTATATTTAAT
184 -AAATTTGAAAT--GAAA-ATTTTC-CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAAT
* * **
1766 TCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTTTCTTA
244 TCAACACCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATTGTTTT---TCTTTTTTTTCCGA
*
1831 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
305 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
* * * * * *
1857 GATTCGGATACTCGTAAAAAC--CTCCGTAAATCCAATATGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * ** * * *
1920 AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATTCAAAACTGAGCCTCGACCCCGAAACGTGTT
66 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* * * * * * * **
1985 TTTAG-CAAAAAACCGTGATGGTACATGATTTGGA-TAAAATTTTACAAAAATTTACTCAGAAAT
131 TTTAGTC-AAAAACCGTGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTAAATTTGAAAT
* * * *
2048 ---AATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATGCTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGAT
195 GAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGAT
* * * *
2110 TGAAAGGATTTTCACGCTTCTAATATATGTTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
260 TG-AAGGGTTTTCACGCTTCTAATAT-TGTTTTTCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
*
2175 TGAAACAT
323 CGAAACAT
* * *
2183 GATTCAGATACTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTTGATGGATAT
1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * **
2247 AGATATTTTAACGAGACTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAATACGTT
66 AGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
* * *
2312 TTTAGTCAAAAACTTTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGC----A--AAATTTGA
131 TTTAGTCAAAAAC--CG-T-GTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTAAATTTGA
* * ** * *
2371 CACGAAACATTTCTCCTCAATTTTTGGATACAATACTCATAAAATATATATATAACTCAACATCA
192 AATGAAA-ATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAA-A-ATATATAATTCAACACCA
* *
2436 AAAACATTGAAGGGTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTTTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAA
253 AAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTTTTTTTT-CCGAATTAATTTCTAA
**
2501 TTAAATCGAAACCG
317 TTAAATCGAAACAT
* * * *
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* * * *
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*
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*
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194 TGAAA-ATTT-TCCTCAA-TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAA
* * * *
2757 ----T---GGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTACCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATT
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**
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* **
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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**** * * *
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** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * ** ** * * *
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* * * * * * * * **
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* * ** *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*** * * * *
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184 AAATTTGAAATG-AAAATTT-TCCTCAATTTTT-GGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
** * * *
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**
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* * * *
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1 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * * ** ** **
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GAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACAT
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* * * *
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* *
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*
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1 T
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*
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1 A
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** ***
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* * * * * * *
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* * *
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**
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* * *
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* ** * *
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*
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*
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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** * *
56799 -AAATTTTGCATAAAATATATACAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGAA-CTTTTCACGCTTTTA
258 AAAATACT-CATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GA-AAGCTTTTCACGCTTTTA
56862 ATATCG-T
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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Statistics
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324 2 0.00
325 1 0.00
326 2 0.00
327 2 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
TTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
ATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA
CCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGCCCCGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA
ATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTATAAA
ATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGT
T
Found at i:59197 original size:656 final size:655
Alignment explanation
Indices: 57883--59872 Score: 2593
Period size: 656 Copynumber: 3.0 Consensus size: 655
57873 TAATGGTTGG
* * * * * * * * * *
57883 GATTTTATTAGATTAATATAGATAT-TTCAAGGAGTCTCGACACAAAAAATCATTCAAAATTGAA
1 GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTT-AAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * * *
57947 CC-GGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAC-AGTGATAATTATTACACGATTTCGGATAACA
65 CCGGGGCCCTAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTA-TGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAA
* * * * ** * * *
58010 TATTGCAAAAATTGACCCGAAAGGTATTTCCTCAATTTTTAGTC-ATAATACTCATAAAAAATAT
129 TTTTGTAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAA-TTTTAGGCTAAAATACTTATAAAAAATAT
* * * * *
58074 ATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACACTTT-TAATATCGTTTTTCATATTTTTT
193 ATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTGAC-GTTTCCAATATCG-TTTTCCTATTTTTT
* * * *
58138 CTAAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC
256 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * ** * * * * *
58203 AATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGCGCCAAAAATCATG
321 AATGTGGATGAGATTTGATTAGACAAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGAGCAAAAAATCATG
* * * *
58268 TAAAACTGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC---------CGTACACGATTTT
386 TAAAATTGAGCCGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGATTAGTACACGATTTT
* * **
58324 GGGTAAAACTTTGCAAAAAATGACCCGAAATTTTTTTCCCCTATTTCTTGATAAAATTA-TCAT-
451 GGCTAAAACTTTGCAAAAAATGACCAGAAA-AATTTTCCCCTATTTCTTGATAAAA-TACTCATA
58387 AAATATATATAATTTAACACCAAAATGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT
514 AAATATATATAATTTAACA-C---A-GATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT
* *
58452 ATTTTTATGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAAATCTT
574 ATTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTT
*
58517 AAATCCAATGTGGTTGA
639 AAATCCAATGTGGCTGA
*
58534 GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
1 GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
58599 CGGGGCCCTAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
66 CGGGGCCCTAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
*
58664 TTGTAAAAATTGATTAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTTATAAAAAATATATA
131 TTGTAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTTATAAAAAATATATA
* *
58729 ATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGTTTCCAATATCGTTTTCCTATTTTTTCCAAA
196 ATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTGACGTTTCCAATATCGTTTTCCTATTTTTTCCAAA
* *
58794 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
261 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* *
58859 GGATGAGATTTGATTAGACAAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGAGCAAAAAATTATGCAAAA
326 GGATGAGATTTGATTAGACAAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGAGCAAAAAATCATGTAAAA
*
58924 TTGAGCCGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACGGTGATGATTAGTACACGATTTTGGC
391 TTGAGCCGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAAC-GTGATGATTAGTACACGATTTTGGC
58989 TAAAACTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATTTTCCCCTATTTCTTGATAAAATACTCATAAAATA
454 TAAAACTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATTTTCCCCTATTTCTTGATAAAATACTCATAAAATA
59054 TATATAATTTAACAC-GATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGA
519 TATATAATTTAACACAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGA
*
59118 ATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTATTAAATCCAATG
584 ATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATG
59183 TGGCTGA
649 TGGCTGA
* *
59190 GATTTGATTAGATAAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
1 GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * *
59255 CGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTAGCCAAAATCTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
66 CGGGGCCCTAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
59320 TTGTAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAAATACTTATAAAAAATATAT
131 TTGTAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCT-AAAATACTTATAAAAAATATAT
* * * *
59385 AATTCAACGTCAAAAATATTGAACGGCTTTAGACGTTTCCAATATCATTTGTCCT-TTTTTTCCA
195 AATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTGACGTTTCCAATATCGTTT-TCCTATTTTTTCCA
* *
59449 AATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
259 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
59514 GT-GACTGAGATTTGATTAAACAAATATAGATATTTCAAGTATTCTTGGAGCAAAAAATCATGTA
324 GTGGA-TGAGATTTGATTAGACAAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGAGCAAAAAATCATGTA
* *
59578 AAATTGAGTCGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTTGTTAGTACATGAT
388 AAATTGAGCCGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-GTGATGA----TTAGTACACGAT
* * ** * * * * *
59643 TTTAGCTAAAATTTTATAAAAATTGACACA-AAAGATTTCTCCTCAATTT-TTGGCTAAAATACT
448 TTTGGCTAAAACTTTGCAAAAAATGAC-CAGAAAAATTT-TCCCCTATTTCTT-GATAAAATACT
* * ** * *
59706 CATAAAA-ATATATAATTCAACACAAAAAGATTGAAGTGCTTTTTACGCTTTTAATATCGTATTT
510 CATAAAATATATATAATTTAACAC----AGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT
* * * * * *
59770 CTTATTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAAA
571 CATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGT--AAAAACAA
* *
59835 ATTCTTAAATCTAATGTTGCTGA
633 ATTCTTAAATCCAATGTGGCTGA
*
59858 GATTTGGTTAGATGA
1 GATTTGATTAGATGA
59873 TGTAAAGTAT
Statistics
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0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
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652 146 0.12
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662 59 0.05
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666 46 0.04
668 40 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (655 bp):
GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
CGGGGCCCTAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
TTGTAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTTATAAAAAATATATA
ATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTGACGTTTCCAATATCGTTTTCCTATTTTTTCCAAA
TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
GGATGAGATTTGATTAGACAAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGAGCAAAAAATCATGTAAAA
TTGAGCCGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGATTAGTACACGATTTTGGCTA
AAACTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATTTTCCCCTATTTCTTGATAAAATACTCATAAAATATA
TATAATTTAACACAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAAT
TAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTG
GCTGA
Found at i:59510 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 57883--59870 Score: 2102
Period size: 331 Copynumber: 6.0 Consensus size: 331
57873 TAATGGTTGG
* * * * * * * *
57883 GATTTTATTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACAAAAAATCATTCAAAATTGAAC
1 GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * * * *
57948 C-GGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATAATTATTACACGATTTCGGATAACATA
66 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
* ** * *
58012 TTGCAAAAATTGACCCGAAAGGTATTTCCTCAATTTTTAGTC-ATAATACTCATAAAAAATATAT
131 TTGCAAAAATTGACCAGAAAAATATTTCCTCAA-TTTTAGGCTAAAATACTCATAAAAAATATAT
* * *
58076 AATTCAATGC-CAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCT
195 AATTCAA--CACAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCT
* * *
58140 AAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
258 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
*
58205 TGTGGCTAA
323 TGTGGCTGA
* * * * * *
58214 GATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGC
1 GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * * *
58279 CGGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-----CG-----TACACGATTTTGGGTAAAACT
66 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * ** * * * * * *
58334 TTGCAAAAAATGACCCGAAATTTTTTTCCCCTATTTCT-TGATAAAATTA-TCAT-AAATATATA
131 TTGCAAAAATTGACCAGAAAAATATTTCCTCAATTT-TAGGCTAAAA-TACTCATAAAAAATATA
* * * * *
58396 TAATTTAACACCAAAATGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTAT
194 TAATTCAACA-CAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCT
* * *
58460 GAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAAAT-CTTAAATCCA
258 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC-AAATCCTTAAATCCA
*
58524 ATGTGGTTGA
322 ATGTGGCTGA
* * * *
58534 GATTTGATTAGATGAATATGGATATCTT-AAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
1 GATTTGATTAGATAAATATAGATAT-TTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG
** * *
58598 CCGGGGCCCTAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTATGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAAT
65 CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAAT
* ** *
58663 TTTGTAAAAATTGATTAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTTATAAAAAATATAT
130 TTTGCAAAAATTGACCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTCATAAAAAATATAT
* * * * * * *
58728 AATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACG-TTTCCAATATCG-TTTTCCTATTTTTTCC
195 AATTCAAC-ACAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATATTTTTTCT
* *
58791 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
258 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
*
58856 TGTGGATGA
323 TGTGGCTGA
* * * * *
58865 GATTTGATTAGACAAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTGGAGCAAAAAATTATGCAAAATTGAGC
1 GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * * * *
58930 CGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACGGTGATGATTAGTACACGATTTTGGCTAAAAC
66 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * * *
58995 TTTGCAAAAAATGACCAGAAAAAT-TTTCCCCTATTTCT-TGATAAAATACTCATAAAATATATA
130 TTTGCAAAAATTGACCAGAAAAATATTTCCTCAATTT-TAGGCTAAAATACTCATAAAAAATATA
* * * *
59058 TAATTTAACAC-----GATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTG
194 TAATTCAACACAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTA
* * **
59117 AATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTATTAAATCCAAT
259 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
59182 GTGGCTGA
324 GTGGCTGA
* * *
59190 GATTTGATTAGATAAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
1 GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * *
59255 CGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTAGCCAAAATCTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
66 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * *
59320 TTGTAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAAATACTTATAAAAAATATAT
131 TTGCAAAAATTGACCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCT-AAAATACTCATAAAAAATATAT
* * ** * * * *
59385 AATTCAACGTCAAAAATATTGAACG-GCTTTAGACG-TTTCCAATATCATTTGTCCT-TTTTTTC
195 AATTCAAC-ACAAAAAGATTGAA-GAGCTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATATTTTTTC
* * *
59447 CAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
257 TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
*
59512 ATGTGACTGA
322 ATGTGGCTGA
* * * * * * * *
59522 GATTTGATTAAACAAATATAGATATTTCAAGTATTCTTGGAGCAAAAAATCATGTAAAATTGAGT
1 GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * **
59587 CGGGTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTTGTTAGTACATGATTTTAGCTAA
66 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGA----TTATTACACGATTTCGGCTAA
** * *
59652 AATTTTATAAAAATTGACACA-AAAGAT-TTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-AAAAA
127 AATTTTGCAAAAATTGAC-CAGAAAAATATT-TCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTCATAAAAAA
* * * *
59714 TATATAATTCAACACAAAAAGATTGAAGTGCTTTTTACGCTTTTAATATCGTATTTCTTATTTTT
190 TATATAATTCAACACAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT
* * * *
59779 TCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAAAATTCTTAAA
255 TCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT--AAAAACAAATCCTTAAA
* *
59844 TCTAATGTTGCTGA
318 TCCAATGTGGCTGA
*
59858 GATTTGGTTAGAT
1 GATTTGATTAGAT
59871 GATGTAAAGT
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 233, Indels: 101
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
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322 51 0.04
323 2 0.00
324 54 0.04
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327 1 0.00
329 3 0.00
330 70 0.05
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337 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
GATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGC
CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
TTGCAAAAATTGACCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTAGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATA
ATTCAACACAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTAAA
TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
GGCTGA
Found at i:60748 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 60725--60754 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
60715 CAACCACTAA
60725 ATTAAATATTCAAAT
1 ATTAAATATTCAAAT
*
60740 ATTATATATTCAAAT
1 ATTAAATATTCAAAT
60755 CATACTGTAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.00, T:0.43
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ATTAAATATTCAAAT
Found at i:61948 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 61912--61949 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
61902 AACTTGGAAA
*
61912 ATGATATAAAATACTTAATG
1 ATGATATAAAATAATTAATG
*
61932 ATGAT-TAAATTAATTAAT
1 ATGATATAAAATAATTAAT
61950 AATATATTTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.69
20 5 0.31
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Consensus pattern (20 bp):
ATGATATAAAATAATTAATG
Done.