Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019424.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19457, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* ** *
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCA-GATTCAAATGCTCGTAAAAAC-AATTTTTAAATCCAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * ** * * *
64 TGTAGCTGATATTTGATTAGATGAATATGGATACCTCAAAGAATCTTGGCGCCAAAAA-CATGC-
65 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
*
127 AAACTTAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCG
130 AAACTGAGCC-GGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG-TTATTACACGATTTCG
* * * * * ** *
192 GCTAGAATTTTGCAAAAATGGACTCGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAA
192 GCTA-AATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-AT-TTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAA
* * * * *
257 AATTATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTCATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATT
254 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
*
322 ATTTTCCG
319 -TTTTCTG
* *** *
330 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCATT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * *
394 GTGGATTAGATTTGGTTAGATTAATATCGATATTTCAAGGAGTCTCAGCGCAAAAAATCATGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * * *
459 CACTGAACCGGGCCTCGGAACGCGTCTTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGACTAACTTACACGATT
131 AACTGAGCCGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA--T-G--TTA-TTACACGATT
* *
524 TCGGCTAATATTTTATAAAAATTGACCAGAAATAGTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCAT
189 TCGGCTAA-ATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-A-TTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCAT
* * * * * * * *
589 AAAATATATATAATTCAACTCCGAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCA
251 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGG-GTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
*
654 TA-TTTTT-AG
315 TATTTTTTCTG
* * * *
663 AAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAT-ATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATGCA
1 -AATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC-ATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * *
727 ATGTGGCTGAGATTTGATTAAATGAATAT--ATATTTCAAGAAGCCTCGACGCCAAAAATCATGC
64 ATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGC
** * * *
790 AAAACTGAGCCGGGGCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAACCATGATGGTTAATACACGAT
129 AAAACTGAGCC-GGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGC---CAAAAACCGTGAT-GTTATTACACGAT
** * * * *
855 TTCACCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGCCA-AAAAT-CT
188 TTCGGCT-AAATTTTG-TAAAAATTGACCCGAAAA--TTTTCCTCAATTTTTG-GATAAAATACT
* ** *
918 GCCA-AAAAAATAATTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACACATGAAATATATATAGTTTAACGCCA
248 --CATAAAAAAT-A-T-AT-AA---TT--C---AACGC-CA--AAA-AGAT-T-G---AA-G---
* * ** * * ** * *
982 AAAAGATTGGAGGACTTTTCACGAT-TTTTATATCGTTTTTATATTTTTTCTG
286 ---GGTTTTCACG-CTTCT-AATATCGTTT-T-TC------CTATTTTTTCTG
* * * *
1034 AATTAATTTTTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * **
1099 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGTAGT-TTAGCGCCAAAAATCATGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * *
1163 AACTGACCCGGGGCCCTGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGA-TTCAG
131 AACTGAGCC-GGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG-TTATTACACGATTTCGG
* * * *
1227 CTAAAATTTATCAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAAATTTTT--ACTAAATTA-TCATTA
193 CTAAATTTTGT-AAAAATTGACCCGAAA-AT-TTTCCTC-AATTTTTGGA-TAAAATACTCA-TA
* * * * *
1289 AAAAA-A-ATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTTCA
252 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT
* *
1352 ACTTTTTCCG
316 ATTTTTTCTG
* * * *
1362 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCG-AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * *
1427 TTTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAGTTCAAGGAGACTTGGTGCCAAAAATCATTCA
65 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * **
1492 ATACTGACCCGAGATCCC-GAAGCGCTTTTTTAGTTAAAAAAAACCGTGATG---TTACACGATT
130 AAACTGAGCCG-G-GCCCGGAA-CGCGTTTTTAG---CCAAAAACCGTGATGTTATTACACGATT
* * * * ** *
1553 TCGGCTAATATTTTGCAAAAAATGACCTGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAG-CCACA-ACTCAT
189 TCGGCTAA-ATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-A-TTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCAT
* * * *
1616 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTATTACCGTTTTCCCT
251 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT
1681 ATTTTTTTTCTG
316 A--TTTTTTCTG
* * *
1693 AATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATAATTCAGATG--C-T-----C--A----TAAAACC-AT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * *
1743 -TGGTTGGGATTTGGA-TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCGTTCA
66 GTGGCTGAGATTT-GATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
*** * * * *
1806 AAACTGAAATGGGCTCGGAACGCGTTTTTAGCC--AAATCGTGAAGATTATTACACGATTTTGGC
130 AAACTGAGCCGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG-TTATTACACGATTTCGGC
* * *
1869 AAAAATTTTGTAAAAATTGTCCCGAAAGATATTTCCGT-AATTTTTAGCCAT-AAA-ACTCATAA
194 -TAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-AT-TTTCC-TCAATTTTT-G-GATAAAATACTCATAA
* * * *
1931 AAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTTACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
253 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA
1996 TTTTTT-TG
317 TTTTTTCTG
* * * *
2004 AATTAATTTCTAATTGAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGC
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-ACAAATCCTTAAATCC
* * * * * * * *
2068 AATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAGTATACATATTTCAAGGATTGTCAGCACCAAAAATCATG
63 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATG
* * * *
2133 CAAAACTGAGCTGGTACACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
128 CAAAACTGAGCCGG-GC-CCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGAT-GTTATTACACGATT
* * * *
2198 TTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATATTTCCGCAATTTTTGGATAAAATACTCAT
189 TCGGCT-AAATTTTGTAAAAATTGACCCG-AAAAT-TTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCAT
** * * * *
2263 AAAAAATATATAATTCAACGGTAAAAAGATTGGAGAAGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCA
251 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG-GGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
*
2328 TAATTTTTCTG
315 TATTTTTTCTG
* * *
2339 AATTAATTTCTAATTAAATCTAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGC
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-ACAAATCCTTAAATCC
* * * * *
2403 AATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTAAAGGATTGTCGGCGCCAAAAATCATG
63 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATG
* ** * *
2468 CAAAACTGAGCTGTTATCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTT
128 CAAAACTGAGCCG--GGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTATTACACGATTT
* * *
2533 TGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATA
190 CGGCT-AAATTTTGTAAAAATTGACCCG-AAAA-TTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATA
* ** * * *
2598 ATATATATATATAATTCAACGGTAAAAAGATTGGAGGAGTTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTC
252 A-A-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGG-GTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
* *
2663 ATA-TTCTTCTG
314 CTATTTTTTCTG
** * * * ** ** *
2674 AATTAAAATCTAATTAATTCGAAACAAGATTTAGATGCTTATAAAAACAAATTGTTAGATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * *
2739 GTGGCTGAGATTTGTTTAAATGAATATAGAAATATT-AAGGAGTCTTGGCGCCAAGAATCATGCA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT-TTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * *
2803 AAACTGAGTCGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCG
130 AAACTGAG-CCGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTATTACACGATTTCG
2868 GCTAAACTTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATCTTTTTGGATAAAATACTCATA
192 GCTAAA-TTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-AT-TTTCCTCAA--TTTTTGGATAAAATACTCATA
* ** * * *
2933 AAATATATATAATTCAACGGTTAAAAAGATTGGAGGAGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCA
252 AAAAATATATAATTCAAC-GCCAAAAAGATTGAAGG-GTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
2998 TA-TTTTTCTG
315 TATTTTTTCTG
* * *
3008 AATTAATTTCTAATTAAATCTAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGC
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-ACAAATCCTTAAATCC
* * * * * *
3072 AATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTAAAGGATTGTCAGCGCCAAAAATCATG
63 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATG
** ** * * *
3137 CAAAACTGAGTTGTTACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGGGATGGTTAGTACACGATTT
128 CAAAACTGAGCCG--GGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTATTACACGATTT
* * * * ** *
3202 CCGCTTAAATTTTGTAAAAATTGATCCGAAAGTATTTCCCTCAAATTTTGGCCACAATACTCATA
190 CGGC-TAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA--ATTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATA
* * * * * *
3267 AAAAGTATATAATTCAACACCAAGAAGATTGAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATTGTTTTTCTT
252 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT
*
3332 ATTTTTTCTA
316 ATTTTTTCTG
* *
3342 AATTAATTTCTAATTAAATTGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * *
3407 TTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTAT-AAGGATTCTTGGAGCCAAAAATCATGCA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT-TCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCA
** * ** * *
3471 AAACTGAGTTAGAGCCTCGGAACGCG-TTTTAGCCAAAAAAATGTGATGGTTAGTACGCGATTTC
130 AAACTGAG-CCGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGAT-GTTATTACACGATTTC
* * * * * *
3535 CGCTTAAATTTTG-CAAAATTGATCGGAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTGG-TCATAATACTCATA
191 GGC-TAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-ATTTT-CCTCAATTTTTGGAT-AAAATACTCAT-
* * * **
3598 AAAAAATATAGAATTCATCCCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGAGTCTAATATCG-TTTTCC
251 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
3662 ATATTTTTTTTTCTG
315 -TA---TTTTTTCTG
* * * * * **
3677 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATTATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCCTCAAATATAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * *
3742 GTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGACAAAAATCAAGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
* * ** * * *
3807 AACTGAGTCGGGCCTCGGAATGTATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGCTCAGTT-TACGATTTCGG
131 AACTGAGCCGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG-TTA-TTACACGATTTCGG
* * *** * ** * *
3871 TTAAAATTTTGTAAAAATTAAATTGAATGATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACCCAT---A
193 CT-AAATTTTGTAAAAATTGACCCGAA--AATTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAA
** * * * * * *
3933 AATATATAATTCATTGCAAAAAAAAAAATCGAAGGGCTTTTTACGCATCTTATATCGTTTTTCCT
255 AATATATAATTCAACGC---CAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCT
*
3998 AAATTTTTCTG
316 -ATTTTTTCTG
* *
4009 AATTAATTTCTAATTAAATTG-AA-ATCGATTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT-GA-TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * ** * * ** * * * *
4072 TTGT-TCTTGAGATTCGGCTAGATGAAGATAGATAATTCAATTACTGTAGGCACCAAAAATCATG
64 ATGTGGC-TGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATG
* * * * * **
4136 CAAAACTGAGCGGGTGCCCCGAAATGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGGACACGATTT
128 CAAAACTGAGCCGG-G-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTATTACACGATTT
* * * * *** * *
4201 CTGCTTAAATTTTGCAAAAAATGAACC-AAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTGCCCACATTACTCAT
190 CGGC-TAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAA--TTTT-CCTCAATTTTTGGATAAAATACTCAT
* * * * *
4265 AAAAAGTATATATTTCACCGCCAAGAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCC
251 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
4330 TA----TT-T-
315 TATTTTTTCTG
* * * * *
4335 --TT--TTCCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
4396 GTGCCTGAGATTTGGTTAGA
66 GTGGCTGAGATTTGATTAGA
4416 ATAAAGATAT
Statistics
Matches: 3350, Mismatches: 521, Indels: 437
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
307 9 0.00
310 1 0.00
311 83 0.02
312 21 0.01
313 48 0.01
314 83 0.02
315 4 0.00
316 6 0.00
320 1 0.00
322 59 0.02
323 5 0.00
324 4 0.00
327 7 0.00
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330 149 0.04
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332 335 0.10
333 421 0.13
334 532 0.16
335 545 0.16
336 258 0.08
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340 2 0.00
342 2 0.00
343 2 0.00
345 3 0.00
346 2 0.00
347 1 0.00
348 7 0.00
349 7 0.00
350 1 0.00
351 3 0.00
352 4 0.00
354 1 0.00
355 2 0.00
357 2 0.00
360 6 0.00
361 9 0.00
362 4 0.00
363 2 0.00
364 4 0.00
365 1 0.00
366 39 0.01
367 15 0.00
368 21 0.01
369 4 0.00
370 91 0.03
371 44 0.01
372 11 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (325 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
AACTGAGCCGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTATTACACGATTTCGGCTA
AATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATA
TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTG
Found at i:2511 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 923--4415 Score: 2997
Period size: 334 Copynumber: 10.6 Consensus size: 331
913 AATCTGCCAA
* * * * * * *
923 AAAAATAATTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACACATGAAATATATATAGTTTAACGCCAAAAAGA
1 AAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* * * * * *
988 TTGGAGGACTTTTCACGATTTTTATATCGTTTTT-ATATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAA
66 TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
1052 TCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
131 TCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* * * * * * *
1117 GATGAATATGGATATCTCAAGTAGTT-T-AGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCT
196 GATGAATATAGATATTTCAAGGA-TTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGCCC-
* * * * *
1180 GGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGA-TTCAGCTAAAATTTAT-CAAAA
259 GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT-TGCAAAA
*
1243 ATTGACCAG
323 ATTGACCCG
* * *
1252 AAAGATATTTCCTCAAATTTTT--ACTAAATTA-TCATTAAAAAA-A-ATAATTCAATGCCAAAA
1 AAAAATATTTCCTC-AATTTTTGGA-TAAAATACTCA-TAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
1312 ATATTGAAGGGTTTTTCACG-TTTCTAATATCGTTTTTTCA-ACTTTTTCCGAATTAATTTCTAA
63 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTT-TAATATCG-TTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* * * * *
1375 TTAAATCGAAAAAAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATT
126 TTAAATCG-AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* ** * * * * * *
1440 TGATTAGATGAATATAGATAGTTCAAGGAGACTTGGTGCCAAAAATCATTCAATACTGACCCGAG
190 TGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-G
* * * ** *
1505 ATCCCGAAGCGCTTTTTTAGTTAAAAAAAACCGTGAT-G-T--TACACGATTTCGGCTAATATTT
254 AGCCCGAAACGCGTTTTTAG---CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
* *
1566 TGCAAAAAATGACCTG
316 TGCAAAAATTGACCCG
* * * ** * *
1582 AAATATTTTTCCTCAATTTTTAG-CCACA-ACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATA
1 AAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* * * * **
1645 TTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTATTACCGTTTTCCCTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
66 TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTT-TC-ATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
* * * * *
1709 AAACGAAACATAATTCAGATGCTC----------A----TAAAACC-AT-TGGTTGGGATTTGGA
129 AATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GA
* * * * ** *
1758 -TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCGTTCAAAACTGAAATGG-GCT
193 TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGCC
* * * * * * * *
1821 CGGAACGCGTTTTTAGCC--AAATCGTGAAGATTATTACACGATTTTGGCAAAAATTTTGTAAAA
258 CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
*
1884 ATTGTCCCG
323 ATTGACCCG
* * *
1893 AAAGATATTTCCGT-AATTTTTAGCCAT-AAA-ACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAA
1 AAAAATATTTCC-TCAATTTTT-G-GATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
1955 AGATTGAAGGGTTTTTTACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-ATTTTTTTGAATTAATTTCTAATT
63 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * *
2019 GAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTAAGATT
128 AAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-AAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* * * * * *
2083 TTATTAGATGAGTATACATATTTCAAGGATTGTCAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGT
190 TGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGG-
*
2148 A-CACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTT
254 AGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
*
2212 GCAAAAAATGACCCG
317 GCAAAAATTGACCCG
* **
2227 AAAAATATTTCCGCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGGTAAAAAGA
1 AAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* *
2292 TTGGAGAAG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
66 TTGAAG-GGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *
2356 ATCTAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTT
130 ATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-AAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * * *
2420 ATTAGATGAATATAGATATTTAAAGGATTGTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGTTAT
192 ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-GAG
* *
2485 CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAA
256 CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
*
2550 AAAATGACCCG
321 AAATTGACCCG
* * **
2561 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAATATATATATATAATTCAACGGTAAAAA
1 AAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAA-A-AAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * **
2626 GATTGGAGGAG-TTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-ATTCTTCTGAATTAAAATCTAATT
64 GATTGAAGG-GCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * ** * ** * *
2689 AATTCGAAACAAGATTTAGATGCTTATAAAAACAAATTGTTAGATCCAATGTGGCTGAGATTTGT
128 AAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA
* * * * * *
2754 TTAAATGAATATAGAAATATT-AAGGAGTCTTGGCGCCAAGAATCATGCAAAACTGAG-TCGGGG
193 TTAGATGAATATAGATAT-TTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GGAG
* * * * * * *
2817 CCCCAGAACGCTTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAACTTTTGTA
256 CCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
2882 AAAATTGACCCG
320 AAAATTGACCCG
* * **
2894 AAAGATATTTCCTCAATCTTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGGTTAAAA
1 AAAAATATTTCCTCAA--TTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-GCCAAAA
*
2959 AGATTGGAGGAG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-ATTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
63 AGATTGAAGG-GCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * *
3022 TAAATCTAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTAAGAT
127 TAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-AAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * * * *
3086 TTTATTAGATGAATATAGATATTTAAAGGATTGTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGT
189 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-
* * * * *
3151 TACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGGGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTTAAATTTTG
253 GAGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* *
3216 TAAAAATTGATCCG
318 CAAAAATTGACCCG
* * ** * * * *
3230 -AAAGTATTTCCCTCAAATTTTGGCCACAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACACCAAGAAG
1 AAAAATATTT-CCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
* * * * * *
3294 ATTGAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
65 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* * * * * *
3359 ATTGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGCCTGAGATTTGGTT
130 ATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
* * * *
3424 AGATGAATATAGATATTAT-AAGGATTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTAGAGCCT
195 AGATGAATATAGATATT-TCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGCC-
* ** * * *
3488 CGGAACGCG-TTTTAGCCAAAAAAATGTGATGGTTAGTACGCGATTTCCGCTTAAATTTTGC-AA
258 CGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
*
3551 AATTGA-TCG
322 AATTGACCCG
* * * * * * *
3560 GAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTGG-TCATAATACTCATAAAAAAATATAGAATTCATCCCCAAAA
1 AAAAATATTT-CCTCAATTTTTGGAT-AAAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
** * * *
3624 AGATTGAAGGGCTTTTCACGAGTCTAATATCGTTTTCCATATTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTA
63 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA---ATTTTTCTGAATTAATTTCTA
* * * * * ** *
3689 ATTAAATCGAAATATTATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCCTCAAATATAATGTGACTGAGATT
125 ATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* * * * * * *
3754 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGACAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGG
190 TGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GG
* * ** * * * ** *
3818 -GCCTCGGAATGTATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGCTCAGTTTACGATTTCGGTTAAAATTTTG
254 AGCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * ***
3882 TAAAAATTAAATTG
318 CAAAAATTGACCCG
** * ** * * ** *
3896 AATGATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACCCAT---AAATATATAATTCATTGCAAAAAAAA
1 AAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGC---CAAAA
* * * * *
3958 AAATCGAAGGGCTTTTTACGCATCTT-ATATCGTTTTTCCTAAATTTTTCTGAATTAATTTCTAA
63 AGATTGAAGGGCTTTTCACGC-TTTTAATATCGTTTTTCAT-AATTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* * * * *
4022 TTAAATTG-AA-ATCGATTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT-TCTTGAGA
126 TTAAATCGAAACAT-GA-TTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGC-TGAGA
* ** * * ** * * * * *
4084 TTCGGCTAGATGAAGATAGATAATTCAATTACTGTAGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCGG
188 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG
* * * * * * *
4149 GTGCCCCGAAATGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGGACACGATTTCTGCTTAAATTTT
253 GAG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* *
4214 GCAAAAAATGAACC-
317 GCAAAAATTGACCCG
* * *** * * * * * *
4228 AAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTGCCCACATTACTCATAAAAAGTATATATTTCACCGCCAAGAAG
1 AAAAATATTT-CCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
* * * * *
4293 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCT-A---TT-T---TT--TTCCGAATTAA
65 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* ** * * *
4348 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTT
130 ATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
4413 AGA
195 AGA
4416 ATAAAGATAT
Statistics
Matches: 2631, Mismatches: 413, Indels: 247
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
307 8 0.00
309 1 0.00
311 93 0.04
312 17 0.01
313 45 0.02
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315 4 0.00
316 6 0.00
320 1 0.00
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324 4 0.00
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333 334 0.13
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336 223 0.08
337 10 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
TCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
GATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGCCCGA
AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
GACCCG
Found at i:3079 original size:669 final size:659
Alignment explanation
Indices: 931--4415 Score: 3014
Period size: 667 Copynumber: 5.3 Consensus size: 659
921 AAAAAAATAA
* * * * *
931 TTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACACATGAAATATATATAGTTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGA
1 TTCCTCAATTTTTGG-TAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGA
* * * * *
996 CTTTTCACGATTTTTATATCGTTTTT-ATATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAATA
65 GTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
1060 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA
129 TGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA
* * * * * ** * *
1125 TGGATATCTCAAGTAGTT-T-AGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCTGGAACGCA
193 TAGATATTTCAAGGA-TTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGTAGCCC-GAAACGCG
* *
1188 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGA-TTCAGCTAAAATTTAT-CAAAAATTGACCA
256 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTT-TGCAAAAATTGACCC
* * * *
1251 GAAAGATATTTCCTCAAATTTTT--ACTAAATTA-TCATTAAAAA-AAATAATTCAATGCCAAAA
320 GAAAAATATTTCCTC-AATTTTTGGA-TAAAATACTCA-TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* *
1312 ATATTGAAGGGTTTTTCACG-TTTCTAATATCGTTTTTTCA-ACTTTTTCCGAATTAATTTCTAA
382 AGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTT-TAATATCG-TTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* * * * * *
1375 TTAAA-TCGAAAAAAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGAT
445 TTAAATTCGAAACATA-ATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * * * * * ** *
1439 TTGATTAGATGAATATAGATAGTTCAAGGAGACTTGGTGCCAAAAATCATTCAATACTGACCCGA
509 TTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG
* **
1504 GATCCCGAAGCGCTTTTTTAGTTAAAAAAAACCGTGAT-G-T--TACACGATTTCGGCTAATATT
574 GACCCCGAA-CGCTTTTTTAG--CCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA-ATT
* * *
1565 TTGCAAAAAATGACCTGAAATATTT
635 TTGCAAAAAATGACCCGAAAGATAT
* ** * * *
1590 TTCCTCAATTTTTAGCCACA-ACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGG-G
1 TTCCTCAATTTTTGGTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGAG
* * * * * *
1653 TTTTCACGCTTCTATTACCGTTTTCCCTATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAAC
66 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTT-TC-A-TATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * *
1718 ATAATTCAGATGCTC-----ATAAAA-C-------C-AT-TGGTTGGGATTTGGA-TAGATGAAT
128 ATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTT-GATTAGATGAAT
* * * ** * * *
1767 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGCGCCAAAAATCGTTCAAAACTGAAATG-GGCTCGGAACGCGT
192 ATAGATATTTCAAGGATTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGTAGCCCGAAACGCGT
* * * * * *
1831 TTTTAGCC--AAATCGTGAAGATTATTACACGATTTTGGCAAAAATTTTGTAAAAATTGTCCCGA
257 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
* * *
1894 AAGATATTTCCGT-AATTTTTAGCCAT-AAA-ACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA
322 AAAATATTTCC-TCAATTTTT-G-GATAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * *
1956 GATTGAAGGGTTTTTTACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTTTGAATTAATTTCTAATTG
383 GATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
* * * *
2020 AA-TCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTAAGATT
448 AATTCGAAACATAATTCAGATGCTC--ATAAAA-ACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* * * * ** *
2083 T-TATTAGATGAGTATACATATTTCAAGGATTGTCAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CTG
510 TGT-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-G
* * * *
2146 GTACACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTT
573 GGACCCCG-AACGCTTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAATTT
*
2211 TGCAAAAAATGACCCGAAAAATAT
636 TGCAAAAAATGACCCGAAAGATAT
* ** *
2235 TTCCGCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGGTAAAAAGATTGGAGAA
1 TTCCTCAATTTTTGG-TAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGA
*
2300 GTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCTAAACA
65 GTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-ATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
2365 TGATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAA
129 TGATTCAGATGCTCGT--AAAA-AAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAA
* * * *
2430 TATAGATATTTAAAGGATTGTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGTTATCCCGAAACGC
191 TATAGATATTTCAAGGATTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-TAGCCCGAAACGC
* * * *
2495 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC
255 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
* **
2560 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAATATATATATATAATTCAACGGTAAAA
320 GAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAA-A-A-ATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * **
2625 AGATTGGAGGAG-TTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTCTTCTGAATTAAAATCTAAT
382 AGATTGAAGG-GTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * ** *
2688 T-AATTCGAAACA-AGATTTAGATGCTTATAAAAACAAATTGTTAGATCCAATGTGGCTGAGATT
446 TAAATTCGAAACATA-ATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* * *
2751 TGTTTAAATGAATATAGAAATATT-AAGGAGTCTTGGCGCCAAGAATCATGCAAAACTGAGTCGG
510 TGTTTAGATGAATATAGATAT-TTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG
* * * *
2815 GGCCCCAGAACGCTTTTTTATCC-AAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAACTTTT
574 GACCCC-GAACGCTTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA-TTTT
* *
2879 GTAAAAATTGACCCGAAAGATAT
637 GCAAAAAATGACCCGAAAGATAT
* **
2902 TTCCTCAATCTTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGGTTAAAAAGATTGGA
1 TTCCTCAA--TTTTTGG-TAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-GCCAAAAAGATTGGA
*
2967 GGAGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCTAAA
62 GGAGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* *
3032 CATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAGAAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATG
127 CATGATTCAGATGCTCGT--AAAA-AAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
* * * *
3097 AATATAGATATTTAAAGGATTGTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGTTACCCCGAAAC
189 AATATAGATATTTCAAGGATTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-TAGCCCGAAAC
* * * * * * *
3162 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGGGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTTAAATTTTGTAAAAATTGAT
253 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
* * ** * * *
3227 CCG-AAAGTATTTCCCTCAAATTTTGGCCACAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACACCAAG
318 CCGAAAAATATTT-CCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAA
* * * * * * *
3291 AAGATTGAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATTGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
381 AAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * *
3356 TAAATT-GAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGCCTGAGATTT
446 TAAATTCGAAACATAATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT
* * * **
3420 GGTTAGATGAATATAGATATTAT-AAGGATTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGT-TAG
511 GTTTAGATGAATATAGATATT-TCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG
* * ** * *
3483 AGCCTCGGAACGC-GTTTTAGCCAAAAAAATGTGATGGTTAGTACGCGATTTCCGCTTAAATTTT
575 A-CC-CCGAACGCTTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-TAAATTTT
* * * *
3547 GC-AAAATTGATCGGAAAG-TTT
637 GCAAAAAATGACCCGAAAGATAT
* * * * *
3568 TTCCCTCAATTTTTGGTCATAATACTCATAAAAAAATATAGAATTCATCCCCAAAAAGATTGAAG
1 TT-CCTCAATTTTTGGT-AAAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAG
** * *
3633 G-GCTTTTCACGAGTCTAATATCGTTTTCCATATTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
63 GAG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA----TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * ** * *
3697 GAAATATTATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCCTCAAATATAATGTGACTGAGATTTGGTTAGA
123 GAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAAT-CTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
* * ** * * * * *
3762 TGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGACAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCG-GGCCTCGG
187 TGAATATAGATATTTCAAGGATTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GTAGCC-CGA
* ** * * * * * *
3825 AATGTATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGCTCAGTT-TACGATTTCGGTTAAAATTTTGTAAAAAT
250 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTA-TTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* *** ** * ** * * **
3889 TAAATTGAATGATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACCCAT--AAATATATAATTCATTGCAA
314 TGACCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGC--
* * * * * *
3952 AAAAAAAAATCGAAGGGCTTTTT-ACGCATCTT-ATATCGTTTTTCCTAAATTTTTCTGAATTAA
377 -CAAAAAGATTGAAGGG-TTTTTCACGC-TTTTAATATCGTTTTTCAT-ACTTTTTCTGAATTAA
* * *
4015 TTTCTAATTAAATT-GAAATCGAT--TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT-
438 TTTCTAATTAAATTCGAAA-C-ATAATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * ** * * ** * * * *
4076 TCTTGAGATTCGGCTAGATGAAGATAGATAATTCAATTACTGTAGGCACCAAAAATCATGCAAAA
501 GC-TGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * *
4141 CTGAG-CGGGTGCCCCGAAATGCGTTTTTAACC-AAAAACTGTGATGGTTAGGACACGATTTCTG
565 CTGAGTCGGG-ACCCCG-AACGCTTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * *
4204 CTTAAATTTTGCAAAAAATGAACCAAAAG-TTT
628 C-TAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAGATAT
** * * * * * * *
4236 TTCCCTCAATTTTTGCCCACATTACTCATAAAAAGTATATATTTCACCGCCAAGAAGATTGAAGG
1 TT-CCTCAATTTTTG-GTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
* * * * *
4301 -GCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTA---TT-T---TT--TTCCGAATTAAATCGAAAC
64 AG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* ** * * *
4356 AAGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGA
128 ATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATC-TTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
4416 ATAAAGATAT
Statistics
Matches: 2344, Mismatches: 366, Indels: 237
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
640 29 0.01
641 60 0.03
642 68 0.03
643 169 0.07
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653 2 0.00
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671 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (659 bp):
TTCCTCAATTTTTGGTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGAG
TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATG
ATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
ATATTTCAAGGATTCTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGTAGCCCGAAACGCGTTTTT
AGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAA
TATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
GGTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTCGAA
ACATAATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGA
ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAACGC
TTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTGCAAAAAATGACCC
GAAAGATAT
Done.