Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019443.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19476, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4486
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:1533 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1509--1542 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
1499 CAAAAAAAAA
1509 AAATCATTATGAGCC
1 AAAT-ATTATGAGCC
1524 AAATATTATGAGCC
1 AAATATTATGAGCC
*
1538 TAATA
1 AAATA
1543 GATATTTGGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.78
15 4 0.22
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
AAATATTATGAGCC
Found at i:2266 original size:630 final size:626
Alignment explanation
Indices: 1469--2717 Score: 1835
Period size: 630 Copynumber: 2.0 Consensus size: 626
1459 TCTGCACGTG
* * * *
1469 ATGTTAACACTAATAAATCATTATGAATTCCAAAAAAAAAAAATCATTATGAGCCAAATATTATG
1 ATGTTAAAACTAATAAATCATTATGAAATCCAAAAAAAAAAAATCATTAAGACCCAAATATTATG
* * *
1534 AGCCTAATAGATATTTGGTAGTTGTATTACTTATTAACAAGAAACAAAATTTAAGACAAAGATGT
66 AGCCAAATAAATATTTGGTAGTTGTATAACTTATTAACAAGAAACAAAATTTAAGACAAAGATGT
* * *
1599 CTACAATCACTTATTTGTATATATAGGTGGTTCAATAATGCACCTTTAATAATTTTCCACGTTAA
131 CCACAATCACTTATTCGAATATATAGGTGGTTCAATAATGCACCTTTAATAATTTTCCACGTTAA
* *
1664 ATTTCATTTCATTGCAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGATTTATATGTTTAATATGATGG
196 ATTTCATTTCATTACAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGATTTATATGTTTAATATAATGG
* * * * * * *
1729 GTTAGTAGC-TCCTGACTTATCAAATTGTACATTAATTGGCAGATTTGTATGTTTAATAGGATGG
261 CTTAATA-CAACCTGACTTATCAAACTGTACATCAATTAGCAGATTTGCATGTTTAATAGGATGG
*
1793 GTCTATAGATGCAAACTTCTAAGTAGGTTCCATGAGGGATAGATTTATAAATAAAGAGAGTTTAC
325 GTCTATACATGCAAACTTCTAAGTAGGTTCCATGAGGGATAGATTTATAAATAAAGAGAGTTTAC
* *
1858 TGGGCAACTCCTTGATTCAATGATAATATTGAATATGTGTTTAGAAACTATTGCAACTTTTCTAA
390 TGGGCAACTCCTTGATTCAATGATAATATTGAATATGTGTTTAGAAACTATCGCAACTTTACTAA
* * * *
1923 CGACA-TATTAGACGAGATATTAGCTAATGAAATTAGGCCGG-GCAAGTAACATTATTATAAAGT
455 CGACACGA-TAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGG-CGGAGCAAGTAACATTATTACAAAGG
* * * *
1986 TGATCCAAAGATGTACAAAGTTTTTTGTCGCACGTCATTATCGAA-CTCTACATTTTCTCCACAA
518 AGATCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTCACACGTCATTATC-AATCTCTACATTTTCTCCACAA
* *
2050 TTTCTCTACACGTGATGTTAATAATAATGAATCATTATGACTCAT
582 TTTCTCTACACGTGATATTAATAATAATGAAACATTATGACTCAT
* *
2095 ATGTTAAAACTAATGAATCATTATGAAATCCAAAAAAAAAAAAATTATTACAAGACCCAAATATT
1 ATGTTAAAACTAATAAATCATTATGAAATCC-AAAAAAAAAAAATCATT--AAGACCCAAATATT
*
2160 ATGAGCCAAATAAATATTTGGTAGTTGTATAACTTATTAAGAAGAAAACAAAA-TTATAGACAAA
63 ATGAGCCAAATAAATATTTGGTAGTTGTATAACTTATTAACAAG-AAACAAAATTTA-AGACAAA
*
2224 GATGTCCCCAATCA-TGTATTCGAATATATAGGTGGTTCAATAATGCACCTTTAATAATTTTCCA
126 GATGTCCACAATCACT-TATTCGAATATATAGGTGGTTCAATAATGCACCTTTAATAATTTTCCA
* * * *
2288 CGTTGAATTTCATTTCGTTACAGACTTATGTATGTACACTTAGGGGCAGATTTATATGTTTGATA
190 CGTTAAATTTCATTTCATTACAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGATTTATATGTTTAATA
** *
2353 TAATGGCTTAATACAAGTTGACTTATTAAACTGTACATCAATTAGCAGATTTGCATGTTTAATAG
255 TAATGGCTTAATACAACCTGACTTATCAAACTGTACATCAATTAGCAGATTTGCATGTTTAATAG
* * * *
2418 GATGGGTCTATACATGCAGACTTCTAAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAGATTTATAAATAAGGAGAG
320 GATGGGTCTATACATGCAAACTTCTAAGTAGGTTCCATGAGGGATAGATTTATAAATAAAGAGAG
* * *
2483 TTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTTAGAAATTATCGTAACTTT
385 TTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATAATATTGAATATGTGTTTAGAAACTATCGCAACTTT
* *
2548 ACTAATGACACGATAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAGCAAGTAGCATTATTACAA
450 ACTAACGACACGATAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAGCAAGTAACATTATTACAA
* * *
2613 AGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAATCTCTACATTTTCTCCAT
515 AGGAGATCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTCACACGTCATTATCAATCTCTACATTTTCTCCAC
* * * *
2678 AATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTAT
580 AATTTCTCTACACGTGATATTAATAATAATGAAACATTAT
2718 AACCCTTATG
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 59, Indels: 16
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
626 28 0.05
627 16 0.03
629 62 0.11
630 447 0.81
631 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (626 bp):
ATGTTAAAACTAATAAATCATTATGAAATCCAAAAAAAAAAAATCATTAAGACCCAAATATTATG
AGCCAAATAAATATTTGGTAGTTGTATAACTTATTAACAAGAAACAAAATTTAAGACAAAGATGT
CCACAATCACTTATTCGAATATATAGGTGGTTCAATAATGCACCTTTAATAATTTTCCACGTTAA
ATTTCATTTCATTACAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGATTTATATGTTTAATATAATGG
CTTAATACAACCTGACTTATCAAACTGTACATCAATTAGCAGATTTGCATGTTTAATAGGATGGG
TCTATACATGCAAACTTCTAAGTAGGTTCCATGAGGGATAGATTTATAAATAAAGAGAGTTTACT
GGGCAACTCCTTGATTCAATGATAATATTGAATATGTGTTTAGAAACTATCGCAACTTTACTAAC
GACACGATAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAGCAAGTAACATTATTACAAAGGAGA
TCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTCACACGTCATTATCAATCTCTACATTTTCTCCACAATTTC
TCTACACGTGATATTAATAATAATGAAACATTATGACTCAT
Found at i:2971 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2946--2980 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
2936 ATTCAAAAAA
2946 AAAATCATTATGAGC
1 AAAAT-ATTATGAGC
*
2961 CAAATATTATGAGC
1 AAAATATTATGAGC
2975 AAAATA
1 AAAATA
2981 GATGTTTGGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.78
15 4 0.22
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (14 bp):
AAAATATTATGAGC
Found at i:4302 original size:806 final size:801
Alignment explanation
Indices: 2144--4482 Score: 3487
Period size: 786 Copynumber: 2.9 Consensus size: 801
2134 AAAAATTATT
* * * * * *
2144 ACAAGACCCAAATATTATGAGCCAAATAAATATTTGGTAGTTGTATAACTTATTAAGAAGAAAAC
1 ACAAGAGCCAAATATTATGAGCAAAATAGATATTTGGTAGTTGTATTATTTATTAACAAGAAAAC
* ** * *
2209 AAAA-TTATAGACAAAGATGTCCCCAATCATGTATTCGAATATATAGGTGGTTCAATAATGCACC
66 AAAATTTA-AGACAAACATGTCAACAATCACGTATTC--ATATATAGGTGGTTCAATAAAGCACC
* *
2273 TTTAATAATTTTCCACGTTGAATTTCATTTCGTTACAGACTTATGTATGTACACTTAGGGGCAGA
128 TTTAATAATTTTCCACGTTGAATTTCATTTCGTTGCAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGA
* * * * * * * * * * *
2338 TTTATATGTTTGATATAATGGCTTAATACAAGTTGACTTATTAAACTGTACATCAATTAGCAGAT
193 TTTATATGTTTGATATGATGGGTCAGTACATGCTGAATTATCAAATTGTACATTAATTGGCAGAT
* * *
2403 TTGCATGTTTAATAGGATGGGTCTATACATGCAGACTTCTAAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAGATT
258 TTGTATGTTTAATAGGATGGGTCTATAGATGCAGACTT-TTAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAGATT
2468 TATAAATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTTAGA
322 TATAAATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTTAGA
* *
2533 AATTATCGTAACTTTACTAATGACACGATAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAGCAA
387 AATTATCGTAACTTTTCTAATGACACGTTAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAGCAA
*
2598 GTAGCATTATTACAAAGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAATCT
452 GTAGCATTATTATAAAGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAATCT
2663 CTACATTTTCTCCATAATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTATAACCCTTATG
517 CTACATTTTCTCCATAATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTATAACCCTTATG
*
2728 GATTTTTGTTCGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTTATAACAAAATTTAAGACAACATGCAT
582 GATATTTGTTCGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTTATAACAAAATTTAAGACAACATGCAT
2793 AAAAAACGTACATATAGGTGGCCCAACTTGGTAGTTATTGTATTTATTGACACGACAACAACTTT
647 AAAAAACGTACATATAGGTGGCCCAACTTGGTAGTTATTGTATTTATTGACACGACAACAACTTT
* * * * *
2858 TCTGTTACACGCCATTATCGATCTTTAT-TTTTTTTTCTTAATTTCTGTATGTATGTTAATACTA
712 TCTGTCACACGCCATTATCGATCTTTATATTTTCTTTCTTAATATATGTACGTATGTTAATACTA
2922 ATGAATCATTATGAATTCAAAAAAAAA
777 ATGAATCATTATGAATTC--AAAAAAA
* *
2949 ATCATTATGAGCCAAATATTATGAGCAAAATAGATGTTTGGTAGTTGTATTATTTATTAATAAGA
1 A-CA--A-GAGCCAAATATTATGAGCAAAATAGATATTTGGTAGTTGTATTATTTATTAACAAGA
*
3014 AAACAAAATTTAAGACAAACATGTCTAA-AATTACGTATTC-T-TATA------T--AT--AG--
62 AAACAAAATTTAAGACAAACATGTC-AACAATCACGTATTCATATATAGGTGGTTCAATAAAGCA
* *
3064 -------TAATTTTCCACGTTGAATTACATTTCGTTGCAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCG
126 CCTTTAATAATTTTCCACGTTGAATTTCATTTCGTTGCAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCA
*
3122 GATTTATATGTTTGATATGATGTGTCAGTACATGCTGAATTATCAAATTGTACATTAATTGGCAG
191 GATTTATATGTTTGATATGATGGGTCAGTACATGCTGAATTATCAAATTGTACATTAATTGGCAG
* * * *
3187 ATTTGTATGTTTAATAGAAAGAGTCTATAGATGCAGAATTCTTAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAGA
256 ATTTGTATGTTTAATAGGATGGGTCTATAGATGCAGACTT-TTAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAGA
3252 TTTATAAATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTTA
320 TTTATAAATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTTA
*
3317 GAAATTATCGTAACTTTTCTAATGACACGATT-GACGAGATACTAGCTAATAAAATTAGGCGGAG
385 GAAATTATCGTAACTTTTCTAATGACACG-TTAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAG
* *
3381 CAAGTTGCATTATTTTAAAGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAA
449 CAAGTAGCATTATTATAAAGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAA
3446 TCTCTACATTTTCTCCATAATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTATAACCCTT
514 TCTCTACATTTTCTCCATAATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTATAACCCTT
*
3511 ATGGATATTTGTTCGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTTATAACAAAATTTTAGACAACATG
579 ATGGATATTTGTTCGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTTATAACAAAATTTAAGACAACATG
*
3576 CATAAAAAACGTACATATAGGTGGCCCAACTTGGTAGTTATTTTATTTATTGACACGACAACAAC
644 CATAAAAAACGTACATATAGGTGGCCCAACTTGGTAGTTATTGTATTTATTGACACGACAACAAC
*
3641 TTTTCTGTCACACGCCATTATCGATCTTTATATTTTCTTTCTTAATATATGTACGTATGTTATTA
709 TTTTCTGTCACACGCCATTATCGATCTTTATATTTTCTTTCTTAATATATGTACGTATGTTAATA
* *
3706 CTAATGAATTATTATGAATTC-CAAAAA
774 CTAATGAATCATTATGAATTCAAAAAAA
*
3733 A-AAGAGCCAAATATTATGAGCAAAATAGATATTTGTTAGTTGTATTATTTATTAACAAGAAAAC
1 ACAAGAGCCAAATATTATGAGCAAAATAGATATTTGGTAGTTGTATTATTTATTAACAAGAAAAC
3797 AAAATTTAAGACAAACATGTCAACAATCACGTATTCTTATATATAGGTGGTTCAATAAAGCACCT
66 AAAATTTAAGACAAACATGTCAACAATCACGTATTC--ATATATAGGTGGTTCAATAAAGCACCT
*
3862 TTAATAATTTTCCACGTTGAATTTCATTTCGTTGCAGACTTATGTACGTACATTTAGGGGCAGAT
129 TTAATAATTTTCCACGTTGAATTTCATTTCGTTGCAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGAT
*
3927 TTATATGTTTGATATGATGGGTCAGTACATGCTGAATTATCCAATTGTACATTAATTGGCTGGCA
194 TTATATGTTTGATATGATGGGTCAGTACATGCTGAATTATCAAATTGTACATTAA-T---TGGCA
*
3992 GATTTGTAAGTTTAATAGGATGGGTCTATAGATGCAGACTTTTCAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAG
255 GATTTGTATGTTTAATAGGATGGGTCTATAGATGCAGACTTTT-AGTAGGTTCCTTGAGGGGTAG
*
4057 ATTTATAAATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATAATATTGAATATGTGTTT
319 ATTTATAAATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTT
* *
4122 AGAAATTATTGTAACTTTTCTAATGACACGTTAGATGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAG
384 AGAAATTATCGTAACTTTTCTAATGACACGTTAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAG
* * * * * * *
4187 CAAGTAGCATTATTATAAAGGTGGTCCAAAGATGTTCAAAGTTTTTTGCTAGACGTCATTATCGA
449 CAAGTAGCATTATTATAAAGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAA
* * * *
4252 TCTCTACATTTTCTTCATAATTTCTCTACATGTGATGTTAATACTGATGAATCATTATAACCCTT
514 TCTCTACATTTTCTCCATAATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTATAACCCTT
* * *
4317 ATGGATATTTAG-TGGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTT-TACCAAAATTTAAGACAAAAT
579 ATGGATATTT-GTTCGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTTATAACAAAATTTAAGACAACAT
* * * ** * * * *
4380 ACCTTAAAAGCATATATATATAGGTGGCTCAACTTGGTATTTATAGTATTTATTGACA-GACAAC
643 -GCATAAAA-AACGTACATATAGGTGGCCCAACTTGGTAGTTATTGTATTTATTGACACGACAAC
* *
4444 AACTATTCTGTCACACACCATTATCGATCTTTATATTTT
706 AACTTTTCTGTCACACGCCATTATCGATCTTTATATTTT
4483 TTTT
Statistics
Matches: 1393, Mismatches: 100, Indels: 81
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
778 2 0.00
779 90 0.06
780 1 0.00
782 2 0.00
783 4 0.00
784 6 0.00
786 573 0.41
787 49 0.04
789 1 0.00
791 2 0.00
793 2 0.00
795 1 0.00
797 2 0.00
799 1 0.00
802 111 0.08
803 1 0.00
805 27 0.02
806 393 0.28
807 41 0.03
808 1 0.00
809 80 0.06
810 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (801 bp):
ACAAGAGCCAAATATTATGAGCAAAATAGATATTTGGTAGTTGTATTATTTATTAACAAGAAAAC
AAAATTTAAGACAAACATGTCAACAATCACGTATTCATATATAGGTGGTTCAATAAAGCACCTTT
AATAATTTTCCACGTTGAATTTCATTTCGTTGCAGACTTATGTACGTACACTTAGGGGCAGATTT
ATATGTTTGATATGATGGGTCAGTACATGCTGAATTATCAAATTGTACATTAATTGGCAGATTTG
TATGTTTAATAGGATGGGTCTATAGATGCAGACTTTTAGTAGGTTCCTTGAGGGGTAGATTTATA
AATAAGGAGAGTTTACTGGGCAACTCCTTGATTCAATGATATTATTGAATATGTGTTTAGAAATT
ATCGTAACTTTTCTAATGACACGTTAGACGAGATATTAGCTAATAAAATTAGGCGGAGCAAGTAG
CATTATTATAAAGGAGGTCCAAAGATGTACAAAATATTTTGTTACACGTCATTATCAATCTCTAC
ATTTTCTCCATAATTTCTCTGCATGTGATATTAATACTGATGAAACATTATAACCCTTATGGATA
TTTGTTCGTTGTAGTACTAGTTAGTTGTAGTACTTATAACAAAATTTAAGACAACATGCATAAAA
AACGTACATATAGGTGGCCCAACTTGGTAGTTATTGTATTTATTGACACGACAACAACTTTTCTG
TCACACGCCATTATCGATCTTTATATTTTCTTTCTTAATATATGTACGTATGTTAATACTAATGA
ATCATTATGAATTCAAAAAAA
Done.