Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019519.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19552, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5637
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Found at i:4851 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3565--5189 Score: 1900
Period size: 333 Copynumber: 4.9 Consensus size: 331
3555 CGACCGATCA
* * * *
3565 AAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTAAATTG
1 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTAAATCG
* ** *
3630 AAACATGATTTAGATG-TGCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGTTTGAGATTTGGTTTGA
66 AAACATGATTCAGATGCT-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * *
3694 TGGATATAGATATTTCAATGAGAT-TTGGCGCAAAAAATCAGGCAAAACAGAGCCGGGACCCCGA
130 TGGATATAGATATTTCAATGAG-TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-GCCCGG
* * * ** *
3758 AACACGTTTTTAGTAAAAAACCGATTTTGTAAAACACGTTTTTACACGATTACAGCTAAAATTTT
193 AACGCGTTTTTAGCAAAAAACCG----TG----ATA-GTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
* * * * * *
3823 GCAAAAATTGACACGAAACATTTCTCCTCAATTTCCGACCACCATATTCAT-AAAAATATATAAT
249 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAAT
*
3887 TCAACACCAAAAAAATTG
314 TCAACACCAAAAAGATTG
* * * * *
3905 AAGGGCCT-CTCACGATTCTAATATTATTTTT-TTA-TTTTTCTGAATTAATT-TCTAATTAAAT
1 AAAGG-CTATTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCT-TAATTAAAT
** * *
3966 CGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTGTGGCTGAGATTTCGTTA
64 CGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTA
** * * *
4031 GATAAATATAGATATTTCATTGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCCGGGGACCCG
128 GATGGATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG-CCCG
* * ** *
4096 GAGCGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACCGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAA
192 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACA-CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAA
*
4161 TTGACCCG-AAGAATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACA
256 TTGACCCGAAAG-ATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACA
*
4224 CCAAGAAGATTG
320 CCAAAAAGATTG
** * * *
4236 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAACCG
1 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTAAATCG
* * * *
4301 AAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGAT
66 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * *
4366 GGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGACGGGGCTCCAGAA
131 GGATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGAA
*
4431 CGCGTTTTTAGTC-AAAAACCGTGATGGTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAT
195 CGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGAT--AGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * *
4495 TGACCCGAGAA-ATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACTATATTCATAAAAAATATATAATTCAACGC
257 TGACCCGA-AAGATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACAC
4559 CAAAAAGATTG
321 CAAAAAGATTG
* *
4570 -AAGGACT-TCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTA-TTTTTCCGAATTAATT-TCTAATT
1 AAAGG-CTAT-TCACGCTTCTAATA---TTATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCT-TAATT
* * * * *
4631 AAATCGAAATC-GGAATGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTTT
60 AAATCGAAA-CATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
** * * *
4695 GTTAGATAAATATAAATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGC
124 GTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
* *
4760 CCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAA
189 CC-GGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAA
* *
4825 AAATTGACCCGAAAGAGTAT-TCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAATATATATAATTC
253 AAATTGACCCGAAAGA-TTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATACTCATAAAAA-ATATATAATTC
4889 AACACCAAAAAGATTG
316 AACACCAAAAAGATTG
* * *
4905 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAATTCTTAATTGAATCG
1 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTAAATCG
* * *
4970 AAACATGATTCATATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGAG-TAAGATTTGGTTAGA
66 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG-GCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * **
5034 TGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCACCGAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCACCAAA
130 TGGATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGA
* * * * * *
5099 ATGCGTTTTTAGTAAAAAAATCGTGATGGTTTGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATT
194 ACGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT
* *
5164 GACCCGAAAAATTTCTACTCAATTTC
258 GACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTC
5190 GAGCCACTCT
Statistics
Matches: 1095, Mismatches: 149, Indels: 88
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 33 0.03
331 87 0.08
332 107 0.10
333 246 0.22
334 220 0.20
335 52 0.05
336 160 0.15
337 10 0.01
338 64 0.06
339 91 0.08
340 23 0.02
341 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTAAATCG
AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
GGATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCGGAAC
GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
CCGAAAGATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAA
AGATTG
Found at i:4962 original size:669 final size:660
Alignment explanation
Indices: 3565--5202 Score: 2390
Period size: 669 Copynumber: 2.4 Consensus size: 660
3555 CGACCGATCA
* * * *
3565 AAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTAAATTG
1 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAATCG
* * ** * *
3630 AAACATGATTTAGATG-TGCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGTTTGAGATTTGGTTTGA
66 AAACATGATTCATATGCT-CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAGA
* * * * *
3694 TGGATATAGATATTTCAATGAGATTTGGCGCAAAAAATCAG-GCAAAACAGAGCCGGGACCCCGA
130 TGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATC-GTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCAG-
* * * * *
3758 AACACGTTTTTAGTAAAAAACCGAT-TTTGTAAAACACGTTTTTACACGATTACAGCTAAAATTT
193 AACGCGTTTTTAGTAAAAAACCG-TGATGGT-------G-TTGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
* * *
3822 TGCAAAAATTGACACGAAACATTTCTCCTCAATTTCCGACCACCATATTCATAAAAATATATAAT
249 TGCAAAAATTGACCCGAAA-ATTTCTCCTCAATTT-CGGCCACTATATTCATAAAAATATATAAT
* *
3887 TCAACACCAAAAAAATTGAAGGGCCTCTCACGATTCTAATATTATTTTTTTATTTTTCTGAATTA
312 TCAACACCAAAAAAATTGAAGGACCTCTCACGATTCTAATATTATTTTTTTATTTTTCCGAATTA
* *
3952 ATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTGTGG
377 ATTTCTAATTAAATCGAAACCGGAATGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAATGTGG
* * * *
4017 CTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCATTGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACT
442 CTGAGATTTCGTTAGATAAATATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * *
4082 GAGCCGGGGACCCGGAGCGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACCGATTTTGGCTA
507 GAGCCGGAGACCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACCGATTTCGGCTA
*
4147 AAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
572 AAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGAATATTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATA
*
4212 TATAATTCAACACCAAGAAGATTG
637 TATAATTCAACACCAAAAAGATTG
* * *
4236 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAACCG
1 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAATCG
* *
4301 AAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGAT
66 AAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAGAT
*
4366 GGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGACGGGGCTCCAGAA
131 GGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCAGAA
*
4431 CGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT
195 CGCGTTTTTAGTAAAAAACCGTGATGGTGTT-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT
*
4496 GACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACTATATTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCA
259 GACCCGA-AAATTTCTCCTCAATTTC-GGCCACTATATTCAT-AAAAATATATAATTCAACACCA
* * * *
4561 AAAAGATTGAAGGACTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTCCGAATTAATTTC
321 AAAAAATTGAAGGACCTCTCACGATTCTAATA---TTATTTTTT-TATTTTTCCGAATTAATTTC
*
4626 TAATTAAATCGAAATCGGAATGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAAATGTGGCTGAG
382 TAATTAAATCGAAACCGGAATGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAATGTGGCTGAG
* *
4690 ATTTTGTTAGATAAATATAAATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
447 ATTTCGTTAGATAAATATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
4755 GGAG-CCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACA-CGATTTCGGCTAAAAT
512 GGAGACCC-GGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACCGATTTCGGCTAAAAT
*
4818 TTTGAAAAAATTGACCCGAAAGAGTATTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAATATATA
576 TTTGAAAAAATTGACCCG-AAGAATATTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAA-ATATA
4883 TAATTCAACACCAAAAAGATTG
639 TAATTCAACACCAAAAAGATTG
*
4905 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAATTCTTAATTGAATCG
1 AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAATCG
*
4970 AAACATGATTCATATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAGAT
66 AAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAGAT
* * *
5035 GGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCACCGAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCACCAAAA
131 GGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCAGAA
* * *
5100 TGCGTTTTTAGTAAAAAAATCGTGATGGT-TTGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATT
195 CGCGTTTTTAGT-AAAAAACCGTGATGGTGTTGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT
* *
5164 GACCCGAAAAATTTCTACTCAATTTCGAGCCACTCTATT
259 GACCCG-AAAATTTCTCCTCAATTTCG-GCCACTATATT
5203 AATTTCAAAT
Statistics
Matches: 879, Mismatches: 70, Indels: 39
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
663 3 0.00
664 66 0.08
665 51 0.06
667 37 0.04
668 223 0.25
669 290 0.33
670 16 0.02
671 189 0.22
672 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (660 bp):
AAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAATCG
AAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGAGTAAGATTTGGTTAGAT
GGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCAGAAC
GCGTTTTTAGTAAAAAACCGTGATGGTGTTGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
CCCGAAAATTTCTCCTCAATTTCGGCCACTATATTCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAA
ATTGAAGGACCTCTCACGATTCTAATATTATTTTTTTATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
CGAAACCGGAATGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAATGTGGCTGAGATTTCGTTA
GATAAATATAAATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGACCCG
GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACCGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAA
TTGACCCGAAGAATATTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACC
AAAAAGATTG
Done.